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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00453



RNA: CRW_00453
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(((...((((((((((...((((.(((((...(((........))).....)))))..(((((((.(((((.......))))).((.(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....))).....)).((((((....(((((((.........)))))))...)))))).........)))..))))....(((((...(((.....)))..)))))))))...)))))))))).....))).......((((((..(((...........((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))(((((.((((....(((((...............((((..((.......((((.((.((((((((....((((.((((((.....((((....)))).....))))))))))...)))))..)))..)).(((((.....(((.((((............))))))).)))))......))))........))...)))).((((((((.........(((((............(((..((((......))))))).....((.......................))..)))))...(((((......(((((((...((((((((((...((((((((...))))))))((((..((((((((....(((((((...............)))))..))....))))).)))...((((.........)))).........))))......)))))))))))))))))......))..))).........................))))))))....)))))....)))).)))))...)))..))))))..))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...((((((((.......))))................................(((.(((.(((((.......))))).)..)).)))(((..........(......)...........))).............(((....)))...........................((((....)))).....................(((.(((.........))).)))...........................)))).((((.(((....((((((..............................................))))))...))).))))............................................................((((.........)))).........(((((......((.((((((.....((((....)))).....)))))))).....)))))................................................................................(((((((.(((...(((.((((................................((((...................................)))).))))))))))...)))))))...((((((((....((((((((...))))))))..((...(((((((.......)))))))..))..................(((((((.........)))))))..................((.......))))))))))(((((((.........................................)))))))............(((((((((((((....))))))))))..)))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(((((((((.............(((.(((..((....))......(((....(((((....((((.......)))).....)).)))(((....((((...........))))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)..............(((.(........(((.....((....)).......)))..).))).))))))))).....(((.....(((((....................................))))).....(((((((.(((.......................(((...................)))................(.((((.........)))).)..))).)))))))......(((((((.........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((.(((...((((((.((((((((((................(...)......(((((((...........((.((((..((((((.((...((.((((((....))).......))).))...((........)).....)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).(((((((...)))))))...(....(((((((.......)))))))......).....))))).....(((((((.........)))))))......)))..)))))))))).))....(..((.(..(((((((.........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).((((((((((.....))((((........))))...................(((.(((.(((((.......))))).)..)).)))(((....(((..(((....))).)))......))).............(((....)))..........................(((((....)))))....................((((((((.......)))).((....))))))...............))))))))((((.(((....((((((((((.....................................))).)))))))...))).))))(....)...........................................((.........((((.........)))).......))(((((....((((.((((((.....((((....)))).....))))))))))...)))))............(.(.((((((.(((((((((((((....((((.....))))....................(((....(((((((.(((...(((.((((..................(((........)))((((...................................)))).))))))))))...)))))))...))))))))))..((((((((...))))))))..((...(((((((.......)))))))..))..................(((((((.........)))))))...........))))))(((.......))))))))).(((((((.........................................)))))))...).).....((((((((((((((....))))))))))..)))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((.....((((((((((........(((((...(((........))).....)))))...((((...............(((((((..(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))....(((((((.....))))..))).(((((....))))).)))))))...........)))).(((.....(((((...(((.....)))..)))))...))).)))))))))).(((((((((...))))....................((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))...............))))).............))))))))))))......((((((....)))))).....((((((((.......)))))))).(((((((.......(((....))).....)))....((((((((((.((((((......(((...)))(((((((((....(((......((((...(((....(((((((.(((...((((.(((....(((.............((((((....))).......))).................(((.....))))))..))))))))))...)))))))...))).))))....((((((((...))))))))..)))..(((((((.......))))))).....))))...(((((.......(((((.........)))))))))).)))))..))))))(((.......))))))))..(((((((.........................................))))))).)))))......))))(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((((((.....((((((........)))))).(((......))).....((((.......(((((....((((((..(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))....(((((((.....))))..))).(((((....))))).))))))))))).......)))).(((.....(((((((.((....)))))...))))...))).)))))))))).(((..((((...))))..)))...............))))))))............((((((......))))))...((((....)))).......((((.......)))).((((....(((((..(((((........((((.........)))).(((((....)))))..))))).((((((.....((((....)))).....))))))...(((.(((((.((..(((..(((((........))))).((((((((...((((.....)))).....((........))..........(((((((.(((...((((.(((....(((.....(((..((.((((((....))).......))).))...................)))...)))..))))))))))...))))))).....))))))))..((((((((...))))))))..((...(((((((.......)))))))..))...)))..)).))).)).(((((((.........)))))))......))).....((((.((.......)).))))..(((((((.........................................)))))))...)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((....<<<<...))...(((((((((...........................................(((.....(((((.......))))).......)))....................aaaaaaaa....aaa..aaaa.......(((....))).aaaaaaa.aaaaa........aa...((((....))))...................................................................))))))))).........................................AA........AAAAAAAAAAAA.(((((((.(((...(((......)))...................................................((((.........))))....))).))))))).......((((({{.....{{{.)))))}}}.....}}...........................AAAA..AAA............................................................(((((((.(((...(((..((....................((..[[....))]]............................................)).))))))...))))))).......AAAAAAAA((((((((...)))))))).......(((((((.......)))))))......................(((((((.........))))))).....................................(((((((.........................................)))))))............((..(((((((((....)))))))))>>>>))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.((((((.((((((((((.......((((........))))...(((......))).....((((.......(((((....((((((..(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))....(((((((.....))))..))).(((((....))))).))))))))))).......)))).(((.....(((((((.((....)))))...))))...))).)))))))))).(((..((((...))))..)))................)))))).............((((((......))))))...((((....)))).........((.......))...((((....(((((.((((((........((((.........)))).(((((....))))).....((.((((((.....((((....)))).....)))))))).((....))......(((..(((((........))))).((((((((...((((.....)))).....((........))..........(((((((.(((...((((.(((.....................(.(((....)))........)..............(((............)))..))))))))))...))))))).....))))))))..((((((((...))))))))..((...(((((((.......)))))))..))...)))..))))))....(((((((.........)))))))..............((((.((.......)).))))..(((((((.........................................)))))))...)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(((.((((((((((((........(((((...(((........))).....)))))...((((.......(((((.......((((.(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))......................))))(((((....))))).......))))).......)))).(((.....(((((...(((.....)))..)))))...))).)))))))))).))..))).......((((((..(((...........((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))(((((.((((....(((((..(((((........((((.........)))).(((((....)))))..))))).((((((.....((((....)))).....))))))...(((...(((.((..(((..(((((........))))).((((((((...((((.....))))...........................(((((((.(((...((((.(((.................((.((((((....))).......))).))..........(((.(((.....))))))..))))))))))...))))))).....))))))))..((((((((...))))))))..((...(((((((.......)))))))..))...)))..)).))).((.(((((((.........)))))))...)).))).....((((.((.......)).))))..(((((((.........................................)))))))...)))))....)))).)))))...)))..))))))..))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((((((((((((((((.....((((((........))))))((((......))).)...((((....((.(((((....((((((..(((.(((((....((((.(((....)))))))......)))).)))).......(((....)))....(((((((.....))))..))).(((((....))))).))))))))))))).....)))).(((.....(((((((.((....)))))...))))...))).)))))))))).((((.((((...))))).)))...............))))))))...........(((((((......)))))).).((((....)))).......((((.......)))).((((....(((((.(((((..(((....((((.........))))((((((....))))))...(((.((((((.....((((....)))).....)))))))))[[[................(((((........))))).((((((((...((((.....))))...........................(((((((.(((...((((.(((....................((((((....))).......))).............(((.(((.....))))))..))))))))))...))))))).....))))))))..((((((((...))))))))(.((...(((((((.......)))))))..)))..)))...)))))....(((((((.........)))))))......]]]....(((((.............)))).)(((((((.........................................)))))))...)))))....))))(((((((((....)))))))))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(((...((((((((((........(((((...(((........))).....)))))...((((.......(((((.......((((.(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))......................))))(((((....))))).......))))).......)))).(((.....(((((...(((.....)))..)))))...))).)))))))))).((((((.((....((.((..................((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))................(((((((....(((....((((.(((((((((............(((((....((((.((((((.....((((....)))).....))))))))))...)))))......((((.....)))).))))).)))).))))....))).)).))))).....))))....)).))))))........((((((((.........((...((((((..........((.((((((....))).......))).))..........(((.(((.....))))))...)))))))).((((..(((((.((((((((((...((((((((...))))))))..((..((((.........(((..(.....)..)))........((.((.(((((((.........)))))))...))..)).))))..))..........)))))))))).)))))..)))).................................))))))))..............)))(((((((((....)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.(..(((.((((((((((((.(.(((((((((..))))))))).(((......)))..(.(........).).....(((((((((((.(((((.((..)))).....((((...))))..((........)))))).)(((..((((..)))..).....)))(((((..)))).).((((.((.((........))...).).))))((......))))))))..)))(..).((((...........))))).))))))))))))(((.(((.((.(...((((((...((........))...((((.....(........)....(.(((((((((((((.((........))...((.....)).((((...(((.(.........)))).))))((....))((((.(((..)))))))..))))))))))))).)((((.((((((........).)))))((.(..((((((................)))))))))((((........)))))))).((.......))).)))(((((((..(((((..))(((.((.(((.((.((((((((((.(..(((.((((.................(((((.(((....)))(((((((.....................))))).)))))))..)))))))))).).)))))))).)))))))))((((((((((((...)))))))).))))(((((((((((...))))))))).)).((......))..(.(..(((((((((((..))).))))))))..)))))..)))))))..))))))..)))))).)))(((((((.((.(((((.(..((.............).)..))))))))))))))).))).....((..))..(((((((((..))))))))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((((((((........(((((...(((........))).....)))))...((((.......(((((............(((.(((((....((((.(((....)))))))......)))).)))).......(((....)))..........................(((((....))))).......))))).......)))).(((.....((((....(((.....)))...))))...))).)))))))))).....................................((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))................((((.......(((....((((.(((.(((((............(((((.....(((.((((((.....((((....)))).....)))))))))....)))))....................)))))..))).))))....))).....))))..............................((((((((..............((((((................(((....)))............................................))))))...((((..(((((.((((((((((...((((((((...))))))))......((....................................((....(((((((.........))))))).......))...))..............)))))))))).)))))..)))).................................)))))))).................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..(((.((((((((((((........(((((...(((........))).....)))))...((((.......(((((.......((((.(((..((((....((((.(((....)))))))......))))..))).......(((....)))......................))))(((((....))))).......))))).......)))).(((.....(((((...(((.....)))..)))))...))).)))))))))).))..))).......((((((..(((...........((((((((............((((((......))))))...((((....)))).........))))))))(((((.((((....(((((...............((((....((((((............(((((....((((.((((((.....((((....)))).....))))))))))...)))))......((((.....)))).)))))).......((((...((((.....))))......)))).............)))).((((((((.........((...((((((..........((.((((((....))).......))).))..........(((.(((.....))))))...)))))))).((((..(((((.((((((((((...((((((((...))))))))..((..((((....((((.(((..............))).))))((....(((((((.........))))))).......)).))))..))..........)))))))))).)))))..)))).................................))))))))....)))))....)))).)))))...)))..))))))..))))))..