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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00454



RNA: CRW_00454
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ................(((((...{{{.))))).(((..((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((....)))))))))......(((......((((((((......(((((...((((((.....))).(((((...))))).......))))))))..))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))).)))..........(((((...<.((((.(.(((.((((((.((.(((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))...))))))))...(((((((((..(((((((.((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((((((((((((((.....)))).)))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....((.(((((..........................................................................................................................)))))))....((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....(((((.(.(((((((...(((((.((((.....................))))))))).))))))))..(((((....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...((((.((......(((..((...(((....)))...))....))).....))))))......(.(.((((((((........)))))))).).).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...(((((((((..(((((((((((....(((((.(((..((((((((..(((.......((((((.(((....)))))))))..))))))....))))).)))))).))...)))))))))))..)))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((.........................(((((((..............)))))))...((((((....)))))).....................................(((..................................)))((((((((((((....((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))......................................(((((((((.....((((....))))...........(((((.....................)))))......(((((.................((((((((((((....((((((...)))))).......)))))))))))).........)))))........(((((((((((((((........))))))))))).))))............................................(((.....((((................................((((((((........))))))))..............................(((((((...((.....))...)))))))................(((................)))....)))).......)))................((((.(((((......((((((.......(((.....(((((((.........((((.....))))......)))))))......)))((((((((........((((................((((((((..........................................................((((((((.....(((((((((((.......((((.........))))....))))))))))).....))))))))..........((((((.....)))))).............(((((((((((((((((((.............(.(((((((..................))).)))).)...(((((((((.(((.....(((((............)))))...........))).)))))))))...............((((((......))))))((((((...........)))))).........................))))))))).))))))))))......................(((((.((..(((((((...........)))))))..))....)))))((((.(((((((((.(.......).)))))))))))))......((.......(((((((..(((....)))...))))))).....))..........))))))))...((((((((((.....(((((((((((((........((((((.........))))))......((((......................)))).)))))))))))))....))))))))))................)))).........)))))))).......................(((((((.........))))))).................))))))....)))))))))...(((.(((((....((((................))))...))))).)))....)))))))))............))))))).)))))........................................................((((((((((....))))))))))...))))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((......(((((.((((...........(((((..............)))))(((..((((((....)))))))))....))))........................................(((((((...(((((.......((.((((((((((((((...(((....(((..((((((.(.......).)))))))))......)))..((((((((....))))...))))......((((((.(((((((((.....((((....))))((((((((.....((((((((.((.(...............(((.((...((((.((((((((((.....((((((((((((....((((((...)))))).......))))))))))))..........................(((((((((((........))))))))))).))))))))))....))))...)).))).....((...(((......)))))).)).)))))))).......))))))))........((((........))))(((((((.........(((((((((((...............))))))).))))((...((.(.................(.((((((......(((((.....((....)).......))))))))))).).((((((.((.....((.........))........)).)))))).................).)).))..)))))))....(((((.(((((..........))))).)))))((((((((....((((((........((((......................((((((....((....))......................(((((((......((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((...(.((((.((((((.....)))))).)))).)......((....))....))))))).)))))))))))))((((....))))...))))...))))))((((.(((((..(((((((((((.((((((((((...........(((((...........(((((.(........(((((..........)))))...).)))))..((((((..(.....)..))))))...............((((((((...((....((.((((....)))))).....))))))))))....))))).(((((...(((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((.....))))...))))))(((((...........)))))...((((((...(((....)))....))))))....(((.((((......(((...........))).....)))).)))...)).).)))...))))))))).....)))))...)).)))))))).).....................((...(((....)))...))......................(((....(((((((........))))))).......)))))))))))))(((((((.........))))))).............)))))))).))))))))).......((((.(((((...((((((..............))))))..))))).))))...)))))))))...))))))..))))))))).))))).)).(((...)).).....))))))))))))((((.......)))).....)))))(((((((((....)))))))))....))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((((((.......))))).........(((((((..............)))))))((.(((((((())))))))..))...................((((...........((((.(((.....))).))))..........))))...((((((((((((((.((((((((((((..((((((.(.......).)))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))......((((((.(((((((((.(((.((((....)))).))).....((..((((.(((((((......((.((((.((((((..((((((..(((............((((((((((((..((((((((...))))))...))..)))))))))))).....))).))))))......((((((((((((((((........))))))))))).)))))..(((((.((((((((((...(.((((((....))))))..................(((((.......)))))..(((....((((.....(((((((...(((....)))..))))))).....))))......)))..(((((((...((.....))...)))))))........(.((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).)....................)...))))))))))..)))))((((.((.(((((((.........((((.....))))......)))))))...))))))((((((((((.(((((((((((((((((...((...((((((((.........((((((((((.((((.(((((((((....)...................((((((((.....(((.(((((((...(...((((.........))))...)))))))).))).....))))))))..(((((((.((((((.....)))))).)))..((.........))))))(((((................(.((((....))))........................)(.(((((((((((...(..((((((............)))))))...)))........))))))))..)))))).....((((((((......))))))))..........)))))))).)))).))).)))))))(((((((((...(((...(.(((((....))))))....))))))))))))..((((((((..(((((((...........)))))))..)))...)))))((((.((((.((((.((.....)).)))).)))))))).((((((((.(.((.(((((((..((((()))))...))))))))).)))))))).)....))))))))...((((((((((..(..(((((.(((((((...(((..((((((.........))))))...)))((((.(.(((.((.....)).)))).)))).))))))).)))))..).)))))))))).))...))))))..))))))).))))).)))))))))(.(.(..................(((((((.........)))))))......((((.........))))...........).).).................))))))....))))))....)))))))))))...)))))))))))...)))))))))))))))).))))))((((((((((((....(.((((......)))).)....))))))))..))))((.((((((((((....))))))))))..)))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................((((.........(((((((..............)))))))...[[[[[.....))))..]]]]]....(((......((((((((......(((((((((...(((....))).(((.(((....))).))))))).)))))..))))))))(((((((((((..(((((...........)))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))))).(((((..[[[[......))))).((((....))))..]]]]....(((((((....[[[[[[.........)))))))...]]]]]]...((((((((.......((((((((((((....((((((...)))))).......)))))))))))).....(((((((((((.....((((((((((((((((........))))))))))).)))))....(((((..((((........((((((....))))))..(((((.............((((.((((....)))).))))(((((........))))).)))))))))..)))))..))).))))))))...........(((((((...............))))))).....))))...))))(((......[[[))).......]]].......((((((((((...((((((...))))))...(((((.....)))))..[[[[[............((((.....)))).....))))))))))..]]]]].((((((((......)))))...)))((((((((.(((.[[[[[)))....]]]]]...(((....)))...((((.....((((....)))).......))))......(((.[[[[[[[[)))......(((((((.......((((.........))))....))))))).........]]]]]]]].(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))........((((((....((((((...((((......((((.[[[))))....))))......]]]................))))))(((...[[[[[....))).....]]]]]((((((....[[[[..))))))...]]]]........((((((((......))))))))............(((((..(((..[[[[))).))))).......]]]]........)))))).(((.[[[....)))....]]].....((((.....[[[[[[[..)))).....]]]]]]]..(((((((((....)))...[[[[[..........))))))..]]]]]..(((((((((......(((((((..(((....)))...)))))))....))))).))))....((((....[[[[.))))...]]]].((((..(((((((...(((..((((((.........))))))...)))((((...(((...........)))..)))).)))))))..))))...............(((.[[[[[))).....(((((((........)))))))]]]]]..........((((((((((((.....[[[[))))))).......)))))......]]]].))))))))................((((.....)))).........(((........[[[[[[[[[)))...]]]]]]]]]......((((((((.....[[[[[[[[))))))))...(((((..((((((........))))))))))).]]]]]]]](((((((((....)))))))))............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((.(((...........((((.((((((((((((..............))))))....((((((....)))))).((......))..(((((.(((((((......(((((((((..((((...)))).(((.(((....))).))))))).)))))..))))))).((((((((((..((((((.(........))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))((((.((((............))))..((((....)))).(((((((....(((((((((((((.((((...(((.((.......(((((((..((((((((((.....((((((((((((..((((((((...))))))...))..)))))))))))).........((..........))...(((((((((((........))))))))))).))))))))))))))))).....)).)))....)))).)))))...............))))))))......)))))))..(((((...((((.....(((((((..((((....)))).))))))).....)))).....))))).(((((((...((.....))...)))))))...(((((..(((((((((.........))).....((.((......)).)))))))).)))))...))))(((((.(((((......((((((.(((.......(((..((((((.........((((.....))))......))))))))).((((..(((((((((((((.((((((((.((((....)))).(((((((((...((.((((((((((((.((((.((((((((.((.(((.......(((....))).((((((((.....(((.(((((((.......((((.........))))....))))))).))).....)))))))).(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))....)))...(((((.....((((((((.......((.(((((((..(((........)))..))).)))).)).........)))))))).((((((......)).))))..))))).(((((.(((........)))...)))))......((((((((......)))))))).....))...)))))))).)))).))).))))))))).)).((.((((.((..((.((((....))))))..)).))))..)).....((((((((..(((((((...........)))))))..))...)))))).(((.((((.((((...........)))).))))))).(((((((((.(.(((.((((((..(((....)))...))))))))).)))))).)))).)).)))))))...((((((((((.....(((((.(((((((........((((((.........))))))......((((...(((.((.....)).)))..)))).))))))).)))))....)))))))))).(((......))).)))))))).)))).)))))))))..)))).((.(((...))).)).(((((((.........)))))))..............)))))))))....)))))))))).((((.(((((...((((((..............))))))..))))).))))....((((((.(((....)))))))))))))).)))))).))))((((((...(((((.((..(((((...)))))..)))))))..)))))).(((((((((....))))))))).)))))))))))
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((.(((..((((((.(((...)))...(((((((..............)))))))...((((((....)))))).((......)).((((((.((..(((.............(((.((((...)))).)))............)))...(((((((((((((..((((((((((((..((((((.(........))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))......(((....(((((((((..((.((((....)))).))............(((((.....((((...................(((((...((............((((((((((((..((((((((...))))))...))..)))))))))))).....))..))))).......((((((((((((((((........))))))))))).)))).).(((((.((((((((((.....(((((......)))))...(((((..(..((((((.........(....)..(((((...((((.....(((((((..((((....)))).))))))).....)))).....))))).(((((((...((.....))...)))))))....(((...(((((((((.........))).....((.((......)).))))))))..)))...))))))..)..))).)).))))))))))..)))))....(((..((((((.........((((.....))))......))))))))).((((..(((((((((((((.((((((((.((((....)))).((((((((........(((((((((((.((((.((((((((..............(((....))).((((((((.....(((.(((((((.......((((.........))))....))))))).))).....)))))))).(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))..........(((((.....((((((((.......((.(((((((..(((........)))..))).)))).)).........)))))))).(((((........).))))..))))).(((((.(((........)))...)))))......((((((((......))))))))..........)))))))).)))).))).)))))))).((((((..(((.((..((.((((....))))))..)).)))))))))....((((((((..(((((((...........)))))))..))...)))))).(((.((((.((((...........)))).))))))).(((((((((.(....(((((((..(((....)))...)))))))...))))))).)))...))))))))...((((((((((.....(((((.(((((((........((((((.........))))))......((((...(((.((.....)).)))..)))).))))))).)))))....)))))))))).(((......))).)))))))).)))).)))))))))..)))).((.((.....)).)).(((((((.........)))))))......)))).....)))))..................((((.(((((...((((((.........).....)))))..))))).))))...)))))))))......))))).))))))).))))))...)).))))))...(((((..((((((........)))))))))))...))))))(((((((((....))))))))).)))))))))))
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((.((((.((((((.....(((((..(((((((((((((((((.....((((.((((.((((((....))))))..)).)).)))).)))).((((((((......(((((((((...(((....))).((((.....)))).....)))).)))))..)))))))).....)))))))))))))........(..(((.((((((((((((.......))))....(((((((...(((..((.((((((.(((((((((...(((((((((.(...(((((.....(((((((..........((....)).))))))).....(((((..(((.((((.......((((((((((((..(((((((.....)))))...))..)))))))))))).....(((((((((((.....((((((((((((((((........))))))))))).)))))....(((((..((((........((((((....))))))..(((((.......((((((((((.....))))))).)))..(((((........))))).)))))))))..)))))..))).))))))))...........(((((((...((.....))...))))))).....))))...))).(((.........))).))))).)))))....).))))))))).............(((((.(((((......((((((.(((...........(((((((.........((((.....))))......)))))))...((((..(((((((((((((..(((((((((((((...((...((((((((.......(((((...((((..(((((..((((((....))..((((((.....((((.((((((((.....(((.(((((((.......((((.........))))....))))))).))).....)))))))).(((.((((.((((((.....)))))).)))).)))....(((.(((((((((((((.((((..(((((((..((((....)))).........((((((((..(....)........(((((...((..(((((............)))))))...)))))..)))))))).......)))))))...((((((((......))))))))..(((((..(((((((.((.....)).)))))..))..))))).))))))))))).)))))).)))..)))).(((((...((((...((((((((..(((((((...(.....).)))))))..))...))))))((((.((((.((((...........)))).)))))))))))).)))))......))))))...............)))).)))))..)))).)))))..))))))))...((((((((((.....((((..(((((((........((((((.........))))))......((((...(((.((.....)).)))..)))).)))))))..))))....)))))))))).))...))))))..)))))))..)))).)))))))))..)))).))).....((.((((((((((((.........))))))).......))))).))..))))))....)))))))))).((((.(((((...((((((..............))))))..))))).))))...)))))))))...))))))))..)))....))))))))))))))).)))..)..)))))........((((.......))))....)))))).(..(((((....)))))..).))))))))))))
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