|
|
|
CAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAACUAUUAGUAAAAUUACACAUGCAAGUAUCCGCACUCCAGUGAGAAUGCCCUCUAAAUCACCCAUAACGAUUAAAAGGAGCAGGUAUCAAGUACACUAAUAACAGUAGCUAACAACACCUUGCUCAACCACACCCCCACGGGAGACAGCAGUGACAAAAAUUAAGCAAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUACUAAGCAGAGCCGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGCCAUACGAUUGACUCAAAUUAAUAGAACCUCGGCGUAAAGCGUGUCAAAGAUAUAACCCCUAAUAAAGUUAAAAACAUAGUUAAGCUGUAAAAAGCUAUAACCAAGAUAAAAUAAACCACGAAAGUGACUUUAAUAUAUCACCCACACUACAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCCAAACUCAAAUAAUUCUUCCCAACAAAAUUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCCUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCCCCUAGAGGAGCCUGUUCCAUAACCGAUAAACCCCGAUAAACCUUACCAGCCCUUGCUAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCCAACCCUAAAAAGGAACCAAAGUAAGCACAAGUAUAAGACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCUUAUGGGAUGGAGAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACUUCAAGAACAACAACUACCCAAACGAAGGCUUUUAUGAAAUUAAAAGCUAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAACCAGGCCAUAAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUUAAAUAUCAUAAACCACAACACAACAUAUUAACGUACGUUGAACAUAUAAAAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCGCUUGGAUAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.........)))....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))))).....(((((.....((((....(((...........((((((((...((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....)))))))))....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{{.......))..}}}}}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....)))))...............(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((.....................................))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))......
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(((....)))..)))))..(((....(((..........))).)))((((((((((((((..((.((((((((..(((.........))).....))))..))))))....(((((......(((((...........)))))..(((...(((....))).(((....(((((...((((((((..........((((((((((.((((((((..(((..((.((((.......)))).))...(((.....((((.((((.((.........))...))))))))..))))))...)).))))))...((((...))))......))))))))))........((((..(((.((((...((((.(((....)))..))))...)))).((((..((((.(((..((((...((.(((.........)))..(((((((.((.....(((..(((((((...........))))))).((..((((.....(((.......)))..))))..((((..((((((((.....((((........((((....))))......)))).......(((...((....(((....))).....))..))).))))))))))))..))....(((....)))......)))..))..)))))))............))..))))..)))))))....)))).)))..........((((.(((((((.((((.....................))))(((((((......)))))))....))))))).))))............))))...))))))))......(((...................))).))))).((((((..((((....(((.......................)))....))))..))))))....))).......))).))))))))))..)))))....))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.........)))................................................................((((.........)))).....(((((((..................................))))))).......(((....)))............................(((....)))..................................((.(((.((....)))))....))........................................................................(((.((((......))))..)))...(((.........(((....)))..........)))............((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((...........))))))...........................................(((((((((((((.(((.......)))((((((((.............................................((((((.......((((((............................................................................)))))).......))))))......................................((((((((......))))))))...................(((((((.........)))))))))).))))).))))))))........))))).......((((((..(((.......................................)))..))))))................((((((((((....))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((...((((((((....(((.(((..((....)).((((.(((....((((((....(((.........)))....))).)))(((....(((..(((......))).)))......))).................))).))))...)))))).......(..((...(((((....))))).)).).)).))))))................(((.....((....)).......)))..........)))))))).....(((.....(.(((...................................((((((((......)))).))))...((((....((..(((....)))..)).....))))...))).)....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((...........))))))).))).(((........((....))......)))........(((((.((((((((..((..((((((.((((((((.....(.((........)).)........(((.(((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....((.....))......).).).)))...))))))))....))).))).....)))))))).)...((((......))))..........((.......((((((((......))))))))......)).))))).....(((((((.........)))))))......))..))))))))))).))....(..((.(...((((((..((((.....................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........................................(((....)))........((...((((.........))))...))((((((((..........(((.......)))........).))))))).....(.(((....))).).........................((((....)))).....................((((.......(((((((.((....)))))...))))......................)))).............................................((((((((......)))).))))...((((...((((.(((....)))..))))...))))............((((((...(....((((.........))))....)))))))..........(((((((...........)))))))(....)(((.......((....)).....))).....(((..(((((((((((((.(((.......)))((((((((....................................((((((...(((((((....(.(((((((.(((....((......))..................................................)))...))))))).)....)))))))......((........))................(...((((((((......))))))))...)......))))))...(((((((.........)))))))))).))))).))))))))........))))).))(...((((((..((((.....................................))))..))))))....).).........((((((((((....))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....(((.(((((((((...((((((......(((.(((...........((((.((((((......))).((((.........)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))...........))).))))...)))))).....((((......(((((....)))))....)))).))))))...(((.((((......((((...(((.....)))..)))))))).)))...)))))))))....)))....(((((((....((((((........((((((..........((((((((......)))).))))...............(((....))))))))).))))))....))))....))).....)))))).(((..[[[...)))..]]]...........................(((..............(((.((((.....(((.......)))..))))....((((((((((((((((((.(((.......)))((((((((...................(((...))).......((((((((((..(((........(((((((........(((....))).......(((((((((.......(((.(((.....))).)))....))).))))))))))))).......((((.......((((......)))).........))))......((((((((......))))))))..))).))).)))))))..(((((((.........)))))))))).))))).)))))))))............)))....((((((..((((..............((((.(((....))).))))...))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..(((.((((((((....(((.(((....)))........((((((((......))).).)))).(((((((((..((..............((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).......(((....))).((((((.(((((.....((((((...........))))))....)))))..........(((((......(((((((.((....)))))...)))).....................))))).....)).))))...((((((........((((((..........((((((((......)))).))))...............(((....))))))))).)))))).((((..(((((.((..((((.....((((.........)))).(((((((.((...............................(((((....))))).((((.((....))............(((..((((((((...((((........((((.((.(((........((........)).........).))))))))(((.....))).))))))))))))..))).......(((....)))......)))).))..))))))).(((........))).)))).)).)))))....)))).((((((((((((.....)).))))).))))).......................((((((((......))))))))...))..))))))).))..)))....))))))))))).....).))))))))...............(((...((.....((((((..((((..............((((.(((....))).))))...))))..))))))......))......))).((((((((....))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................((((.((((.......((.((...((((.........))))...))[[))..........................................]].......(((....)))...........................((((....))))....................................(((.........)))........................................(((.....(((((.........................((((((((......)))).))))...............(((....)))........))))).....)))....((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((...........)))))))..............................................(((((((((.(((.......)))((((((((....................................((((((.((.((((........(((((..........(((....)))............................................<<<<<<....<<..)))))......>>))))>>>>>>.................................((((((((......)))))))).......)).))))))...(((((((.........)))))))))).))))).)))))))))............((.....((((((..((((.....................................))))..))))))......)).........{{{{...))))...))))}}}}....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))....)((.........))..........((.((((....((((((((((((.....(((.....((((.........)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).......(((....)))..(.....(((((.............(((((....)))))...........(((((((.((..((((....(((((((.((....)))))...))))........................((.....))((((....((((((........................((((((((......)))).))))...............(((....))).......))))))....)))).....((((..((((...)))).)))).))))...)).)))))))...........(((((((...........)))))))................((....))..................(((((((((((((...(.......)..((((((((......((........)).................(((((((.((..(((.......((........))....(((....))).......................(((..((.....))..)))...................(((((((.(((.....)))..))).))))........................((((((((......))))))))..)))..)).)))))))...((((((.........)))))).))).))))).))))))))........))))).))))).((((((..((((....(...........((............)))....))))..)))))).....)........))).....)))))))..))))))))).))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(((((..(((((((((...((((((.((((.(((.(((..((((...(((....)))...))))........((.(((..............((((((((....(((..(((......))).)))......)))).))))..............))).))..))))))...............(((((....)))))....)))).))))))...(((.(((......(((((...(((.....)))..)))))))).)))...)))))))))....((.(((....((((....((((((........................((((((((......)))).))))...............(((....))).......))))))....)))).....((((..(((.....))).)))).))).)).....))).))..))))))).....................(((((((.((.((((.......((....)).....))))....((((((((.(((((((((.....((....)).((((((((...................................(((((((.((..(((......((...((((((.((...(((....))).......(((((((((.......(((.(((.....))).)))....))).)))))).)).))))))....((((.......((((......)))).........))))..))..((((((((......))))))))..)))..)).)))))))..(((((((.........))))))))))).)))).))))))))))).................((((((..((((..............((((.(((....))).))))...))))..)))))).)))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......))))....((((((...))))))............((((....((((((((((((....(((......((((.........)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).......(((....))).(((....(((((.............(((((....)))))....((((...(((((((.....((((....(((((((.((....)))))...))))(((..............................[[[[))).((((((............(((...)))...((((((((......)))).))))..........((((.(((....)))..)))).))))))....]]]].....((((..((((...)))).)))).))))......))))))).....))))..(((((((.((......))))))))).....((((....................)))).........(((((((((((((.(((.......)))((((((((...................................(((((((.....(((.(((((.................(((....)))........{{{{{{{{.))))).(((.(((.....))).)))....}}}.}}}}}((((.((((((((((((.....)))).))).))))).............))))......(((((((((...).))))))))..))).....)))))))..(((((((.........)))))))))).))))).))))))))........))))).))))).((((((..((((....(((............(((....))).)))....))))..))))))....)))........)))....)))))))..)))))))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(((((..(((((((((...((((((.((((.(((.(((..((((.(.(((....))).).))))........((.(((..............((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))..............))).))..))))))...............(((((....)))))....)))).))))))...(((.(((......(((((...(((.....)))..)))))))).)))...)))))))))....((.(((....((((....((((((........................((((((((......)))).))))...............(((....))).......))))))....)))).....((((..(((.....))).)))).))).)).....)).)))..))))))).....................(((((((.((.((((.......((....)).....))))....(((((((((.((((((((.....((....)).((((((((...................................(((((((.((..(((......((...((((((.((...(((....))).......(((((((((.......(((.(((.....))).)))....))).)))))).)).))))))....((((.......((((......)))).........))))..))..((((((((......))))))))..)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))))).))))).))))))))))).................((((((..((((..............((((.(((....))).))))...))))..)))))).)))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((.((....((..(((........)))....(((((........)))))(((......)))))((((.((((((.(.(.(((((((((.(((...(((((((((..........(..(.(((((((((((....(.(((((..))).(((..((((..)))..).....))))((((.((.............).).))))(((.(((...))).))..(((.((((.............))).((..)).((......)))))).(((......)))).(.((((...)))))((...)).(((((..........)))))))...))))))..))))).(((((.(...((((((((((.((((.((((..))))..)))).)))))).....(......)(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..))....(((((((.((((..)))))))))))((((.((((.(................).))))))))...))))...))))))...).((......)))))))))))).))).))(((((((...)))))))...((.(((((((((((......((.((((((....(((((.............)))))..............).)))))))((......)).))))..))))).)))).))))))))).)))))((((((...))))))...(.(((..))).))))))..((........))((((((......))))))(((((......))))).....((((((((((..))).))))))).))))))))).........((...........))....((((((..(((.............(.((((.(((....))).)))))...)))..))))))((((((...(((((...)))))..(........).)))))).))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(((....(((((((((...((((((.(((..(((.(((..((((...(((....)))...))))............................((((((((....((...(((......)))..))......))).)))))......................))))))...............(((((....))))).....))).))))))...(((.(((......((((..................))))))).)))...))))))))).......((.....((((....((((((........................((((((((......)))).))))...............(((....))).......))))))....)))).....((((..((((...)))).))))..))...........)))..)))))))............................(((.((((.......((....)).....))))....((((((((((((((((((..............((((((((....................................((((((................(((((..........(((....))).......(((((((((.......(((.((.......)).)))....))).))))))..)))))...................................................((((((((......))))))))..........))))))....((((((.........)))))).))).))))).))))))))........))))).......((((((.................................................))))))..))))).......))).((((((((....))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(((((..(((((((((((.((((((.((((.(((.(((..((((...(((....)))...))))........((.(((..............((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))..............))).))..))))))...............(((((....)))))....)))).))))))..))....(((.....(((((...(((.....)))..)))))...)))....)))))))))....((.(((....((((....((((((........................((((((((......)))).))))...............(((....))).......))))))....)))).....((((..(((.....))).)))).))).)).....)).)))..))))))).....................(((((((.((.((((.......((....)).....))))....(((((((((.((((((((.....((....)).((((((((...................................(((((((.((..(((......((...((((((.((...(((....))).......(((((((((.......(((.(((.....))).)))....))).)))))).)).))))))....((((.......((((......)))).........))))..))..((((((((......))))))))..)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))))).))))).))))))))))).................((((((..((((..............((((.(((....))).))))...))))..)))))).)))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))) |