|
|
|
UAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUUUAUUAAUUCUUAGUAGACUUACACAUGCAAGUAUCCCCGCCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAUCUCCAUAAGGAUCUAAAGGUGCAGGUAUCAAGUACGCUCUCUCGAGCAGCUCAUGACACCUUGCUACACCACACCCCCACGGGACACAGCAGUGAUUAAAAUUGAGACAUAAACGAAAGUUUGACUGAGUUAUACUAAUAAUUAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCUAGUUAAUAAAACACGGCGUAAAGCGUGAUUAAGGAAUAACCCCAAAUAAGAUUAAGCUCUGACUAAGCUGUAAAAAGCCUUAGUUAAAAUAAAAAUUUAUAAACGAAAGUAAUCUUACAACCCCUGAAUUCACGAUAGCUAAGGCCCAAACCGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACAUAAAUACUCAAAUAACAAGAGUAUUCGCCAGAGAACUACUAGCCACUGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUACCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGUUAAACCUCACCACUCUUUGCAAUGUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAUAAGGUAUCGCAGUAAGCACAAGAAUUCUGCAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCUAUAGAGUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAAUUUCUUUAGAACAUUUCACGAUAGCUGUCAUGAAACAUGAUCAGCCCAAGGAGGAUUUAGUAGUAAGUUGGGAAUAGAGUGCCCAACUGAAUUGGGCAAUAAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCUUCAAGCAUCCAUGAUAACCCAUAUAAAUAAUACAAAAAUCUCCUAAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAACAUACUGGAAAGUGUGUUUGGAAUAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....(((....))).....))).)).(((..(.(((..((((....)))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))......((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))....(((((.....((((...(((............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(..((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<.....))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...((((((.....)))))).......(..(((((((((.......))).))))))..).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((.................................................))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((....(((..(((((.......(((((((((.......(((.(((.....((((.......(((.......(((.....(((....))).....))).(((((..(((((...((((....))))..))..)))...))))).....)))........))))....))))))......))))))).))..((((.....((((....((((.....(((((((((((((......(((((...((....)).....)))))))))))))))))))))).....(((((...(((((.............(((((...........(((((.((((((.((.....((((((((((........(((((.......(((....)))........)))))......))))))))))....)).(((.........))).....))))))...........(((((((.........)))))))...))))).((((((((.(((((((.................))))))).........(((((...((((..(((((((.((..(((..(((.((((..((((........(((((.......((.........))........)))))........))))...((((..............)))).....))))...))).((((((((((((((.............))))))))))))))...)))..)))))))))))))......(((((((((...))))).))))....)))))..))))))))...))))).......((((((.......))))))......)))))....)).))).))))..((((((..((((....(((......................))).....))))..)))))).....))))...)))))(((((((((....))))))))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((..............(((((((((((.(((.(((..((.((((.(...............(((.....(((....))).....))).((((((.(((.(..(((((....)))).)..).))).)))).))...............))))).)).))))))................((((....))))....))))).))))))((((((((((((((.........)((.((....))))........)))))))))))))......((((........))))....................(((((........(((((((((......)).)))))))..........................))))).....................))).))).)))))))(((.........)))......................(((((((.........)))))))..........................................(((((((((((((...(((....))).....................................(((((((......................................((((((........((((..............))))........))))))................)))))))..................((((((.....))))))............(((((((((...))))).))))..................................(((((((.....))))))))))))))........)))))).......((((((..((((.....................................))))..))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((...((((((((((..(((.(((................(((.......(((.....(((....))).....))).((((((....(((..(((......))).)))......)))).)).....)))...((....)).....))))))..........((...(((((....))))).)).)))).))))))...(.((((((........(((.....((....)).......)))..))))))).))))))))....(((.......((((...(((............((((((........(((((((...........))))))).................((....)).)))))).....)))....))))....((((((...((....(((.........)))....))))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...(((.((((((.((((((((((...(.((........)).)........(((((((...........((.((((..((((((.(.(........((......))....((((..............))))......).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((((.....)))))).......(....(((((((((...))))).))))....).....))))).....(((((((.........))))))).....)))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..((((....((........................)).....))))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((...(((((......(((((((((((((((.(((..((.((((.(.....(((.......(((.((..(((....)))..)).)))(((((((.(((.(..(((((....)))).)..).))).)))).))...)...))).....))))).)).))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))((((((((((((((......((((((.((....)))))...)))))))))))))))))))))).((((.(.....))))).....((.......))...((((((((.....((((((((((......)).)))))))).......................))))))))....................))).))).)))))))(((.........)))......................(((((((.........)))))))...............(((....)))............((((((((((((((((((.(.((((())))).)...(((((.....(...........((((.((((..........((............................))....((((((........((((..............))))........))))))....((((((((((((.............))))))))))))((((((.....))))))............(((((((((...))))).)))).....))))..)))).........))))))....(((((((.....))))))))))))))........)))))).......((((((..((((....((........................)).....))))..))))))..))))).........((((((((((....))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.....(((.............(((((((((((((((.(((.....((((.......(((.......(((.....(((....))).....)))...((((.((((((..((((....)))).)))..))).))))..........)))......))))....)))))).(((....)))....(((((....)))))..)))))).))))))((((((((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))))))))).........)))......(((((...(((............((((((((.....((((((((...........))))))))..((((....)))).........)))))))).....)))....)))))...........)))))))(((.[[[[....))).(((....)))..]]]].....(((((((.........))))))).(((.(((.......(((....))).....)))....((((((((((((((((((...(((....)))......((((((..(((((.(((...)))...((((.((((((((((......)))....((((((................((((((........((((..............))))........))))))....))))))......))))))).......((((((.(((.((((((.....))))))..(((((.(((....))).))))).)))...))))))..))))(((....)))..)))))..))))))(((((((.....))))))))))))))))............)))....((((((..((((....(((......(((.....))).....))).....))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((........(((((.(((((((((((.(((.(((..((.((((.(.((..((((((..........))).)))..)).......(((((((((.((((((..((((....)))).)))..))).))).)))...))).........))))).)).))))))...............(((((....)))))...))))).)))))).))))).((((((((.......))))))))..(((.((......((((((....)))))).....)).))).....(((((...(((............((((((((...((((((((((((......)).))))))))..................))...)))))))).....)))....)))))...))).))).)))))))(((........)))..(((....))).((........(((((((.........))))))).(((.(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((..((.(((((((..(((.(((.....))))))...)))...))))....(((((((.(((((.(((((((......((((((..(((..((((((((....(((.((((..............))))))).....))))).....)))...).))..))).)))......)))))))))))).(((((.....))))).............(((((((((...))))).)))).)))))))............))..))).))))))(((((((.....)))))))..............))))))).)))...((((((..((((....(((......................))).....))))..))))))..............))).((((((((....)))))))).))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((....((((.......(((((..((..(((.(((.....((.(((.......................(((....))).........((((((.((((((..((((....)))).)))..))).)))).))...............)))))....))))))................((((....)))).....))...))))).((((((((((((((.......((.<<.......))>>.......))))))))))))))))))...............(((....................((((((.......(((((((((......)).))))))).........................))))))..............)))....))).))).)))))))(((.........)))..........((((........(((((((.........))))))).........((((((...............................[[[[[[[[[..................................................(((((((......................................(((((.........((((..............)))).........)))))...{{{{{{{{{{{{{)))))))......}}}}}}}}}}}}}(((((.....))))).............(((((((((...))))).)))).............)))))).(((((((.........))))))).....)))).]]]]]]]]]............((.....((((((..((((....(((......................))).....))))..))))))......)).........(((((((((....)))))))))........ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((...............((((((((((.(((.(((..((.(((.((.......................(((....)))......(((((((((.((((((..((((....)))).)))..))).)))).))...))).........))))).)).))))))...............(((((....)))))...))))).))))).((((((((((((((......((((((.((....)))))...)))))))))))))))))......((((........)))).....((......))....((((((((.....((((((((((......))).)))))))...((......))..........))))))))....................)))).)).)))))))(((........))).......................(((((((.........))))))).....(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((.....(.((...)).).(((((((.....((........)).............(((((((..((((.(((((((......(..............((((((....(((.((((..............))))))).....))))))....(((...))).........)......))))))))))).((((((.....))))))............(((((((((...))))).)))).))))))).(((((....)))))..)))))))...((((((.....))))))..))))))........)))))).)))...((((((..((((....(((......................))).....))))..)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.[[[[[[)))))............(((((((.((((..(((((..((.((((.......(((....((((((.((..(((....)))..)).))).)))(((.((((((..((((....)))).)))..))).)))...........)))......)))).)).((.(((.....((((.((...(((((....))))).)).)))).......((((((((((((((.....(((((........))))).......))))))))))))))......))).)).....))))).....((.......))...))))......(((((.((((((........((((((((((................((....))..............((....))...)))))))))).......(((.........))).....))))))...........(((((((.........)))))))...)))))..)))))))..................]]]]]].(((((((.........(((....))).((.((((((((..(((((..((....(((((((((.(((((((..((.......))...((((((((........))....((((((....(((.((((..............))))))).....))))))....))))))......))))))).......((((((.....((((((.....))))))..(((((.(((....))).))))).......))))))..)))).)))))..))..)))))..))))).(((((((.....))))))).....))).))...))))))).......((((((..((((....(((......................))).....))))..))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((.((.......(((((((((((((((.(((.(((.....(((.((.....(((...............(((....)))......(((((((((.((((((..((((....)))).)))..))).)))).))...))).))).....)))))....))))))...............(((((....)))))...))))).))))))((((((((((((((......((((((.((....)))))...)))))))))))))))))......((((.(.....)))))...................((((((((.....((((((((((......))).)))))))..((((....)))).........))))))))........)))).....).))))).)).)))))))(((....<<<<)))...((((.(((....))).))))(((((((.........))))))).(((.(((..{{{{.(((....))).....)))....(((..(((((((((((((....((((...)))).(((((((.(((.((........))))).......((([[[[[[[.[[[[[.[[[[[[[.....................((((((....(((.((((.((.........))))))))).....))))))...((((...))))......)))......]]]]]]]]]]]]((((((.....))))))............(((((((((...))))).)))).]]]]]]].(((((}}}})))))..)))))))..(((((((.....))))))))))))))........)))))).)))...((((((..((((....(((......(((.....))).....))).....))))..))))))..............)))(((((((((....)))))))))....>>>> |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((((.(((((.......(((((.(((((((((((((((.(((..((.((((.......(((....((((((.((..(((....)))..)).))).)))(((.((((((..((((....)))).)))..))).)))...........)))......)))).)).))))))...............(((((....)))))..)))))).)))))).))))).((((((((.......)))))))).....)))..)).)))))).))))...........(((((.....(((((.............(((((...........(((((.((((((........((((((((((................((....))..............((....))...)))))))))).......(((.........))).....))))))...........(((((((.........)))))))...))))).((((((((.(((((((.....(.....).....))))))).........(((((...((((....))))...((((......((((((....((..(((((((..((.((..(.(((((.(((((........................))))).((((....(....)....))))..........)))))...)..)).))....)))))))..)).)))))).......((((((.....)))))).......)))).(((((((((...))))).))))....)))))..))))))))...))))).......(((((((.....)))))))......))))).................((((((..((((....(((......................))).....))))..))))))....))))).......((((((((((....))))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..((((((.......((((((((((((((((..((..))..(((......))).((((......)).(((((..(((....)))((((((((((.((((((((((.((((((((..))).)).((..))))))))))))..)))))))(((..))).(((....))))))).)))))))((.((((((..)))))))))))))).))))))))))))((((((((((((((((...((..(.............)((((((....))))))(((.((((.((...)))))).)))...(((((.(........).))).))..))((((((((..(..))).))))))......)))))))))..((..(((..))).)))))))))((((..))).)).).))).)..)))))))(((.(((..)))))).(((....)))..(((((((..(((((((((.....)))))))))((((.((((((................))))))))))((((((.(.(((((((((.(((((((...)))...(........).(((((((.(((((......))((((((((((((...)).(((((.......................(((((((((((((.(((((((.......))).))))))))))).))))))...)))))......))))))))))..((((((.........(((((((...))))))))))))).((..))((((((((...))))).))).((..))))).)))).)))..(((((((.(......)))))))).))..))...)))))))))((...........))....((((((((((((.(..)(((((.(..............)))))).....)))))))))))))))))))..((((((((((..))))))).)))..))))))).))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((...(...(((((((....(((((((((((((((.(((..((.((((.................(((.((..(((....)))..)).))).((.(((.((((((..((((....)))).)))..))).)))..))................)))).)).))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))..((((((((((((..............................))))))))))))))))))).....).......(((((..................(((((((......(((((((.((......))..)))))))................((....)))))))))............)))))........)).))))))).....................................(((((((.........))))))).........................................................................................................(((((((..((........(((.....................................((((....(....)....))))...........)))..........))....)))))))..................((((((.....))))))............((((((((.....)))).))))..................................(((((((.....)))))))............................((((((..((((....(((......................))).....))))..)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((((((.......((((((.(((((((((((((((.(((..((.((((.......(((.......(((.((..(((....)))..)).))).((((((.((((((..((((....)))).)))..))).))).))).....)))........)))).)).))))))...............(((((....)))))..)))))).)))))).))))))((((((((.......))))))))..(((.((......((((((....)))))).....)).))).....(((((...(((.........................((((((((((......)).))))))))................((....))............)))....)))))...))).))).)))))))(((...(((((......))).))...)))........(((((((.........))))))).(((.(((.......(((....))).....)))....((((((((((((.........(((....))).((.((((((((..(((((..((....(((((((((.(((((((..((.((..(.(((((.(((((........................))))).((((..............))))..........)))))...)..)).))....))))))).......((((((.....((((((.....))))))..(((((.(((....))).))))).......))))))..)))).)))))..))..)))))..))))).(((((((.....))))))).....))).))...))))))).......((((((..((((....(((......................))).....))))..))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |
