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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00458



RNA: CRW_00458
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((((((((((((((((((((..(((.(((.(((..((....))..(((.(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((.........((((...)))).(((((...........)))))...)))..)))))).....)))))).......(((((((.........)))))))...)))..)))))))...((((((......((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))...(((((.....(((((((....)))..((((((((..(((((((((....((((((..((........))...)))))).(((.........))).....)))))))))....(((((...........((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........)))))))...)))))........))))).)))....))))....(((..(((((((((((((.(((((...((((.....((......((((........)))).......))......(((((......((.........)).......)))))..))))..)))))(((.((((((((((.....(((((.((((..((((((((..((((((((..((((((((...........)))).))))..))))))))...)).))..))))..(((((((........))))))).........))))))).))..(((....))).)))))).)))).....))).)))))))........)))))).)))...((((((..((......(((.....................))).......))..))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......)))))).((((((((..(((((........................................((((...(((......)))...))))................(((.....)))..........................(((....)))............................(((....)))............))))).....((((((((.......))))))))........................))))))))........................................((((((((......(((((.................))))).......................)))))))).........................(........((((.........)))).....)((((.......))))(((((((..........)))))))................((....)).............(((..(((((((.........(((....)))..............(((........)))..............................(((((((...........((...(((.....))).))..............)))))))....................((((((((...................)))))))).(((((....)))))............(((((((........)))))))................................((((((.(.............).)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.....((((.......)))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))((((((((((((((((((((...(((.(((..((....))......(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((....(((..((((...)))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).).)).)))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))).....(((.......((((...((((.............((((((((.....((((((..((........))...)))))).....)......(.((....))))))))))....))))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((.(...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....((....))......).).).)))...))))))))....).)))))..)).)))))))).)...(((((....))))).......((....))............................))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.....(((......(((.....)))....)))......)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))(((((((((((((((((...........((........................((((((.(.(((......))).).)))).)).............(((.....))).(((((...........)))))....(((....))).....))....................((((....))))..........)))))))...(((((((((.......))))))))(((()))).............).))))))))))..(((..........)))(...........)........((((((((....(((((((..((........))...)))))).)............((....))))))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........)))))))(......).......(((....)))............(((..(((((((.........((((()))))...(((((((...((((........))))...............(((((((.......(((((((.((...((...((...((((...)))).))...))...))....)))))))..........))))..)))(((((((((.((.............)).)))))))))(((((....)))))..(.....(...(((((((........)))))))...)..).................))))))).((((((.((...........)).)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.....(((((.....))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((((((((((((((((((((......(((.(((............(((.(((.......((((...(((......)))...))))....(((.........((((...)))).((((((((....))).)))))...)))..)))))).....)))))).(((...)))((((.(((((....)))))....)))).)))))))...((((((......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))...(((((.....(((((((....)))(((((.......(((((((((....((((((.(((........)))..))))))(((........))).......))))))))).........(((....))).((((((.((((...))))..(((........)))..))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....)))......))))....(((..(((((((.........(((....)))...(((((((...((((........))))........(((...(((.((((((((.....((((((...((((..(((...((((...)))).......(((..........)))..........)))))))...)))))).....)))))))).)))...)))(((((...(((((....)))))..((((......(((((((........)))))))....)))).....)))))......))))))).((((((.................)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.....((((.....))))...)))......)))..))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((.(((((((((((((((((.((((.(((.(((.......(((......))).....((((((...(((......)))...)))).)).(((.((.(((..((((...)))).)))...)).)))..((........))(((...))).....)))))).......(((((((.........)))))))...)))).)))))))...((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((.((..((((.((((.....(((((...(((((((((((((..((((((((.(((........)))..)))).))))..................))))))))).))))....(((....))).((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....))).)))).))))....(((..(((((((((((((...(((....))).(((((((((...((((........)))).............(((((((.....))).(((((((.((...((...((...((((...)))).))...))...))....)))))))........(((((((((.((((((((..((((((((...........)))).))))..)))))))).))....)))))))..(((((((........))))))).))))..((((((....)))))).))))))).))(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((.....................)))......)))..)))))).)).)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.......))))))(((((((((...(((.....................<<<<..............((((((...(((......)))...)))).))..................................................(((....)))...........................((((....))))............)))......((((((((.......))))))))...>>>>.................)))))))))...........................(((((.......((((((((.....((((((..((........))...))))))..............((....))))))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).)))))........(([[..))]]..................(((((((...................(((((((......((((........))))........(((((....(((...........(((((.((...((...((...((((...)))).))...))...))....)))))..........................)))......)))))......)))))))......((((....)))).............(((((((........)))))))....................(((.........{{{{{{)))..............}}}}}}.....))))))).......((((((..(((.....(((.....................)))......)))..)))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((.(((((((((((((((((.((((.(((.(((.......(((......))).....((((((...(((......)))...)))).)).(((.((.(((..((((...)))).)))...)).))).............(((....))).....))))))........((((((.........))))))....)))).)))))))...((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((.....((((..(.......(((((....((((((((((((..((((((((.(((........)))..)))))).))..................))))))))).))).....(((....))).((((((...(.....)((.........)).......))))))..........(((((((..........))))))).))))).........(((....))).)..))))....(((..(((((((((((((...((......))...(((((((...((((........))))...((((.......(((.((((((((.....((((((....((....((...((((...)))).((........))....................))..))....)))))).....)))))))).)))...............((((....)))).............(((((((........)))))))....)))).((((....))))...)))))))...(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((......((.......))....)))......)))..))))))....)))))....)))).((((((((....)))))))).))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((.(((..((....))..(((.(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((.........(((.....))).((((((((....))).)))))...)))..)))))).....))))))................((((....)))).....)))).)))))))...((((((......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))...(((((.....((((.((((.....(((((............((((((.(((....)))..(((..((((.((((((..............((((....))))...........(((.(((....))).....)))....))))))))))...))).........))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....))).)))).))))....(((..(((((((.........(((....)))...(((((((...((((........))))...((((.(((...(((.((((((((.....((((((...((((..(((...(((.....))).((........))....................)))))))...)))))).....)))))))).)))...)))........(((((....)))))............(((((((........)))))))....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).)))...((((((..((......))..(((.(((((.....))))).)))...........))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((.(((..((....))..(((.(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((.........(((.....))).((((((((....))).)))))...)))..)))))).....))))))................((((....)))).....)))).)))))))...((((((......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))...(((((.....((((.((((.....(((((............((((((.(((....)))..(((..((((.((((((..............((((....))))...........(((.(((....))).....)))....))))))))))...))).........))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....))).)))).))))....(((..(((((((.........(((....)))...(((((((...((((........))))...((((.(((...(((.((((((((.....((((((...((((..(((...(((.....))).((........))....................)))))))...)))))).....)))))))).)))...)))........(((((....)))))............(((((((........)))))))....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(......))))))((((((((((.((((((.((...((..))((((....(.((.(.((((...)))).(((((..(((......)))..)))))(.............)(((((...)))).)...))))...))))(((((.((.((.(((..)))(((((........).))))..).)..))((((..))))...))))))).))))))....((((((((.............)))).................)))).))))))))))..(((..(......))))((((..((.(((((..(........)))).))((...))......(((..((((.((((((.((..)).)))...(((((...(((.((.............)))))..))))).....(((..))))))))))...))))(((.((((((((..((((..((((.((((((..........))))))((.......))(((.......))).))).).....))))((((((((((((((......((((..))))((..((((((................(((((..((..((((((((((((((((((...((((((((................(((((....(....)...)))).).).)))))))....)..)))))))..))))).((.((..)))))))))..))((((((...))))))...))))).))))))))...(((....(((..........).((.(((((......))))).))..(((((((.(......)))))))).))..))).(..))))(..)....)))))..((.(...((((((((((((((..(((.....................)))..)).))))))))))))....).))..)))))))))))))).))).((((..)))))..)))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((((((((((((((((((((......(((.(((................(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((.........((((...)))).(((((...........)))))...)))..)))........))))))................((((....))))..........)))))))...((((((......(((((..................))))))))))).))))))))))...(((((.....((((.((((.....(((((.......((((((((...((.(((((.(((........)))..)))))..))...........((....))))))))))....................((((((..............................))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....))).)))).))))....(((..(((((((................................((((........))))..............(((.((((((((.....((((((...............((((...))))...........................................)))))).....)))))))).)))...............(((......))).............(((((((........)))))))................................((((((...((........))..)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.....................)))......)))..))))))....)))))...)))))(((((((((....)))))))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((..(((..((((((((((((((((((((((.((((.(((.(((..((....))..(((.(((.....((((((...(((......)))...)))).)).(((.........(((.....))).((((((((....))).)))))...)))..)))))).....))))))................((((....)))).....)))).)))))))...((((((......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))...(((((.....((((.((((.....(((((...((((((((((((...((((((((.(((........)))..)))).))))...........((....)))))))))).))))...............((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).))))).......(((....))).)))).))))....(((..(((((((.........(((....)))...(((((((...((((........))))...((((.(((...(((.((((((((.....((((((...((((..(((...(((.....))).((........))....................)))))))...)))))).....)))))))).)))...)))........(((((....)))))............(((((((........)))))))....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((.....(((((.....))))).)))......)))..))))))....)))))...)))))(((((((((....))))))))))))..)).