CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00459



RNA: CRW_00459
Rfam family: -

CACAGGUUUGGUCCUGGCCUUUCUAUUAAUUCUUAAUAAAAUUACACAUGCAAGUAUCCGCGCCCCGGUGAGAAUGCCCUCCAGAUCUUAAAGAUCAAAAGGAGCAGGUAUCAAGCACACCUAUAACGGUAGCUCAUAACGCCUUGCUCAACCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUAUUAAUUAGAGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAAUUAAUAGAUCCACGGCGUAAAGAGUGUUUAAGAAAAAAAAAUCACAAUAGAGUUAAAUUAUAACUAAGCUGUAAAAAGCCCUAGUUAAAAUAAAAUAACCCACGAAAGUGACUCUAAUAAUCCUGACACACGAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACCCAAAUAGUUACAUAACAAAACUAUUCGCCAGAGUACUACUCGCAACUGCCUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUCACAUCCACCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAGACCUUACCAACCCUUGCCAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAAAAGGAACAAUAGUAAGCACAAUCAUAGCACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCUUAUGGGUUGGAAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACAUAAGAAUAUCCACCACACGAAAGUUUUUAUGAAACUAAAAACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUCAAGAAUAGAGUGCUUGAUUGAAUAAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUUACC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....)))....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....))))))))).....)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<.....))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))...........(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((.........................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..(((((..(((((((..(((...((((((....((((((.(((..((....))..(((((((....((((((...(((((...)))))...))).)))(((....((((.(((......))).((.......))..))))..))).))).....)))).....)))))).)))..))))))...)))..))).((((((((.((((.((((((((...(((((((.......)))))))......(((..........)))..)))))))).......((((...((.(((((((.((........))....(((((((........(((..(((......)))....((((........)))).......)))))))))).......))).))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).)).......(((((((.........))))))))))).((((...))))..))))........(((....(((..(((((((.(((...(((...((((((((((((((.....((((........))))....(((.(((((((.(((.......((.........))........)))...(((....))).......((((((((((((.((((..........))))))).....))).))))))))))))).))).))))))))....))))))(((((((((...............)))))))))...............))).((((((....))))))..)))....((((((...((........))..)))))).....))))))).))).......((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))...))))).))).))))(((((((((....)))))))))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((......((((((.......(((.(((..((.(((.(.....((((........((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....)))).....)))).)).))))))......)))))).....(((....))).............(((((.......(((.((((...((((.((....)))).))...)))).)))...))))))))........................................(((((((..(((.((((((.(((......)))..)))))).))).....)...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....)))..........................((((((((((((..(((.......)))(((((..(((...(((........))))))..(((.(((((((....................(........................................................................)..........))))))).)))...)))))....................((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((((((.........(...(((.(((..((....))......(((....((((((....((((...))))....))).)))(((....(((..(((......))).)))......))).........)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).)...............(((........(((.....((....)).......)))..)))...)))))))))).....(((.......((((...((...............((((((.....(.(((((..(((......)))...))))).)..........(.((....)))))))))......))...))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.....)))(......(((.........)))....((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..)).....(...).........).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....))))..(((.((........(((((((......)))))))....)).)))))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).).).(.(..((.(...(((.((..(((((...................................)))))..)).)))....).))...)..).((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((...(((((.....((((((.......(((.(((..((.(((.((....((((.(......((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))...).))))....))))).)).))))))......))))))....((((....)))).............(((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).))))))))))...............(((................)))..((((((((.(((.((((((.(((......)))..)))))).)))....))...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....))).....................(((((((((((((((((..(((.......)))((((((((((...(((........))))))).(((.(((((((...........((...((((((......................................................................))))))))....))))))).)))..))))))......((((.....)))).((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..))))).......((((((((((((....)))))))))).....))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......)))).....((((((((((((((((.......(((.(((.....(((.......((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))......)))....))))))......))))))...(((((....))))).((((..........))))....(((.....[[[[[...[[[)))..]]]..]]]]]........)))))))))).....((((......(((((...................((((((....(((((((((.(((......)))..)))))...)))).......(((....)))))))))........)))))......((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))..........(((((((.........))))))))))).((((..........[[[[[[....)))).........]]]]]](((....((((.(((.....(((((((((((...(((........))))))......(((((((..........(((...((((((...((((.........(((....))).....................(((..........)))))))...)))))))))...))))))).....))))))))....((((...((((((((...............))))))))))))...........))).))))..))).................((((((..........[[[....)))))).........]]].......(((.....(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).....)))................((((((((((....)))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((((((((((((((((..(((...((((((....((((((.(((..((.(((.((....((((.((......))..(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)))..))))))...)))..))))).....((((..........)))).(((((((.......)))))))..(((.((((....((((......))))....)).)).)))(((.....(((((...................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))........))))))))...))))))).)))))))(((.((((....................)))).))).(((((((.........))))))).((..((((...))))))...................(((..(((((((((((...........))))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((.(((.......((.........))........)))...(((....))).......((((((((((((.((((..........))))))).....))).)))))))))))))..(((((((.....)).))))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))....)).((((.....((((((((((....))))))))))..)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((....(((((((...............(((.(((...............((((........((...(((((...)))))...))((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....)))).............))))))................((((....))))....................................................................)))))))................(((................)))..((((((.......((((((.(((......)))..)))))).............(((....)))))))))...................)))))))).))))))(((.........)))......................(((((((.........)))))))..............................................((((((((...((.((......((((((((.....((((........))))....(((.(((((((......................................(((....)))........................................................))))))).))).))))))))..........(((.....................[[[[[[))).....]]]]]]....)).))...........(((((((.........)))))))...........))))))))...................(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((...(((((((((.((((((......((((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)....))))))....((((....))))..((.((((.....)))))..)..(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))...))))))))).......................................((((((....((.((((((.(((......)))..)))))).))..........(((....)))))))))...(((.((...)).))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).((..((((...))))))....(((............(((..(((((((..((.............))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((...........((....((((.................(((....))).(......)..((.........)).....................)))).))....)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))..............))).((((((((....)))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......)))).)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((......(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....)))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((((((...((((((((((((((((....((((((.(((.....(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....)))))....)))))).)))..))))))...(((((....))))).((.(((((...)))))))....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..))))))))))...............(((................)))..((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...(((.........))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).....((((...))))......((((...........(((..(((((((.......(((.......)))..(((((((...((((........))))...((((.(((((((..........(((...((((((...(((..........(((....)))......................................)))...)))))))))...)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((...............))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.....((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).))))).....))).............))))(((((((((....)))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((.......(.((.(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).)).)..((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....)))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...).)))))(((........(((((.......(((((........)))))((((...).))))))))..(((.(.(((((...))))).).))))).)((((.(((((((((((((((((.(((.(((((((.(((((..))).(((..((((..)))..).....)))).)))))......(..)((((..)))))))))))))))))..(((((((((((((.............))))(((.((((...(.(((((((..)))))))))).)).))).((((.......)))).((..((((((((..(((((..........).))))..))))))))..))..(((((......))))).((((..)))))))))))))...(((.(.(.((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..))....(((((((.(......)))))))))).)))((..((((..(.(((......))))..))))((((((.(.((((((((...((((((((((((((..)))))...((((((........))))))(((.(((((((((((..)..))..((((....(.((.((...............)).)))...))))(((((((((.(.((((..........)))))..(..))))).))))))))))))).)))((((((...))))))))))((((((((....(.(......))..))))))))...(((((..(.......)..))))).....(((((((.(......)))))))).))).))....))))))))((...........))....((((((((((((((.((.((((((.............)))))))).).))))))))))))))))))))....(((...)))...))...)..)))))))))...))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((..........................(((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........(((((((............(((...(.((.((....))))..)...)))........))))))).......)))...............................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................))))))))..............................................((((...........)))).......(((.....)))..........................((((((((((((.((((.(((.....(((((((......((((........))))........(((((((................((((((................(((....)))............................................))))))......)))))))......)))))))..........((((((((.................))))))))..............))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((...((((((((((.((((((.((((.(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))................((((....)))).....)))).))))))........(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..))))))))))...............(((((...((........))....((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))........)))))......)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))..(((((((.........))))))).(((.((((.......((....)).....))))....(((((((((.(((((((.((((.(((...((((((..((.....((((........))))....(((.(((((((..((............((((((...((((..(((....(((....)))...........((.........))..........)))))))...))))))))....))))))).))).))..)))......((((.....))))..)))...........(((((((......)))))))...))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..)))))))))).................(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........