|
|
|
CACAGGUUUGGUCCUGGCCUUUCUAUUAAUUCUUAAUAAAAUUACACAUGCAAGUAUCCGCGCCCCGGUGAGAAUGCCCUCCAGAUCUUAAAGAUCAAAAGGAGCAGGUAUCAAGCACACCUAUAACGGUAGCUCAUAACGCCUUGCUCAACCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUAUUAAUUAGAGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAAUUAAUAGAUCCACGGCGUAAAGAGUGUUUAAGAAAAAAAAAUCACAAUAGAGUUAAAUUAUAACUAAGCUGUAAAAAGCCCUAGUUAAAAUAAAAUAACCCACGAAAGUGACUCUAAUAAUCCUGACACACGAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACCCAAAUAGUUACAUAACAAAACUAUUCGCCAGAGUACUACUCGCAACUGCCUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUCACAUCCACCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAGACCUUACCAACCCUUGCCAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAAAAGGAACAAUAGUAAGCACAAUCAUAGCACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCUUAUGGGUUGGAAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACAUAAGAAUAUCCACCACACGAAAGUUUUUAUGAAACUAAAAACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUCAAGAAUAGAGUGCUUGAUUGAAUAAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUUACC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....)))....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....))))))))).....)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<.....))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))...........(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((.........................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))......) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((..(((((((..(((...((((((....((((((.(((..((....))..(((((((....((((((...(((((...)))))...))).)))(((....((((.(((......))).((.......))..))))..))).))).....)))).....)))))).)))..))))))...)))..))).((((((((.((((.((((((((...(((((((.......)))))))......(((..........)))..)))))))).......((((...((.(((((((.((........))....(((((((........(((..(((......)))....((((........)))).......)))))))))).......))).))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).)).......(((((((.........))))))))))).((((...))))..))))........(((....(((..(((((((.(((...(((...((((((((((((((.....((((........))))....(((.(((((((.(((.......((.........))........)))...(((....))).......((((((((((((.((((..........))))))).....))).))))))))))))).))).))))))))....))))))(((((((((...............)))))))))...............))).((((((....))))))..)))....((((((...((........))..)))))).....))))))).))).......((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))...))))).))).))))(((((((((....))))))))))))))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((....(((......((((((.......(((.(((..((.(((.(.....((((........((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....)))).....)))).)).))))))......)))))).....(((....))).............(((((.......(((.((((...((((.((....)))).))...)))).)))...))))))))........................................(((((((..(((.((((((.(((......)))..)))))).))).....)...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....)))..........................((((((((((((..(((.......)))(((((..(((...(((........))))))..(((.(((((((....................(........................................................................)..........))))))).)))...)))))....................((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).)))................((((((((((....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((((.........(...(((.(((..((....))......(((....((((((....((((...))))....))).)))(((....(((..(((......))).)))......))).........)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).)...............(((........(((.....((....)).......)))..)))...)))))))))).....(((.......((((...((...............((((((.....(.(((((..(((......)))...))))).)..........(.((....)))))))))......))...))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.....)))(......(((.........)))....((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..)).....(...).........).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....))))..(((.((........(((((((......)))))))....)).)))))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).).).(.(..((.(...(((.((..(((((...................................)))))..)).)))....).))...)..).((((((((((....))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((...(((((.....((((((.......(((.(((..((.(((.((....((((.(......((...(((((...)))))...))((((((((....(((..(((......))).)))......))).)))))...).))))....))))).)).))))))......))))))....((((....)))).............(((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).))))))))))...............(((................)))..((((((((.(((.((((((.(((......)))..)))))).)))....))...(((....)))))))))...................))))))))).)))))(((.........)))......................(((((((.........))))))).....(((.....))).....................(((((((((((((((((..(((.......)))((((((((((...(((........))))))).(((.(((((((...........((...((((((......................................................................))))))))....))))))).)))..))))))......((((.....)))).((((.((........(((((((......)))))))....)).)))).........(((((((.........)))))))...........))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..))))).......((((((((((((....)))))))))).....)) |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......)))).....((((((((((((((((.......(((.(((.....(((.......((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))......)))....))))))......))))))...(((((....))))).((((..........))))....(((.....[[[[[...[[[)))..]]]..]]]]]........)))))))))).....((((......(((((...................((((((....(((((((((.(((......)))..)))))...)))).......(((....)))))))))........)))))......((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))..........(((((((.........))))))))))).((((..........[[[[[[....)))).........]]]]]](((....((((.(((.....(((((((((((...(((........))))))......(((((((..........(((...((((((...((((.........(((....))).....................(((..........)))))))...)))))))))...))))))).....))))))))....((((...((((((((...............))))))))))))...........))).))))..))).................((((((..........[[[....)))))).........]]].......(((.....(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).....)))................((((((((((....))))))))))....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((((((((((((((((..(((...((((((....((((((.(((..((.(((.((....((((.((......))..(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)))..))))))...)))..))))).....((((..........)))).(((((((.......)))))))..(((.((((....((((......))))....)).)).)))(((.....(((((...................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))........))))))))...))))))).)))))))(((.((((....................)))).))).(((((((.........))))))).((..((((...))))))...................(((..(((((((((((...........))))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((.(((.......((.........))........)))...(((....))).......((((((((((((.((((..........))))))).....))).)))))))))))))..(((((((.....)).))))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))....)).((((.....((((((((((....))))))))))..)))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((....(((((((...............(((.(((...............((((........((...(((((...)))))...))((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....)))).............))))))................((((....))))....................................................................)))))))................(((................)))..((((((.......((((((.(((......)))..)))))).............(((....)))))))))...................)))))))).))))))(((.........)))......................(((((((.........)))))))..............................................((((((((...((.((......((((((((.....((((........))))....(((.(((((((......................................(((....)))........................................................))))))).))).))))))))..........(((.....................[[[[[[))).....]]]]]]....)).))...........(((((((.........)))))))...........))))))))...................(((.((..(((((..(((((....((.......))...))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((...(((((((((.((((((......((((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).)))))).)....))))))....((((....))))..((.((((.....)))))..)..(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))...))))))))).......................................((((((....((.((((((.(((......)))..)))))).))..........(((....)))))))))...(((.((...)).))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).((..((((...))))))....(((............(((..(((((((..((.............))...(((((((...((((........))))...((((.(((((((...........((....((((.................(((....))).(......)..((.........)).....................)))).))....)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((.((........))..))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.((..((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).)))))..)).)))..............))).((((((((....))))))))......... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......)))).)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((......(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((............(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).......((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))....... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((...((((((((((((((((....((((((.(((.....(((.((....((((.............(((((...))))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....)))))....)))))).)))..))))))...(((((....))))).((.(((((...)))))))....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..))))))))))...............(((................)))..((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...(((.........))).)))))))).))))(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).....((((...))))......((((...........(((..(((((((.......(((.......)))..(((((((...((((........))))...((((.(((((((..........(((...((((((...(((..........(((....)))......................................)))...)))))))))...)))))))..(((((((.....)))).))).(((((((((...............))))))))).............))))..((((((....)))))).))))))).((((((.((.(........))).)))))).....))))))).)))...(((.....((((((.(((((...((((.....))))..)))))...).))))).....))).............))))(((((((((....)))))))))........ |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((.(((((....((((((..........(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........((((((((.(....(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))).)))))))).......)))...)))))).....)))))............((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))......(((((...................((((.......((....)).....))))....(((..(((((((.......(((.......)))((.((((.(((.((((........))))...(((((......(((((..................((........))....(((....))).......)))))..((((((.(((((.......(.((.(((.((((((((((((((...((....))..))))))))))))))...(((((((((.((........))..))))))))).........))).)).)..((((((....)))))).........)))))))))))..)))))..))).)))).))...))))))).)))...(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).......)))))....((((((((((....))))))))))....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...).)))))(((........(((((.......(((((........)))))((((...).))))))))..(((.(.(((((...))))).).))))).)((((.(((((((((((((((((.(((.(((((((.(((((..))).(((..((((..)))..).....)))).)))))......(..)((((..)))))))))))))))))..(((((((((((((.............))))(((.((((...(.(((((((..)))))))))).)).))).((((.......)))).((..((((((((..(((((..........).))))..))))))))..))..(((((......))))).((((..)))))))))))))...(((.(.(.((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..))....(((((((.(......)))))))))).)))((..((((..(.(((......))))..))))((((((.(.((((((((...((((((((((((((..)))))...((((((........))))))(((.(((((((((((..)..))..((((....(.((.((...............)).)))...))))(((((((((.(.((((..........)))))..(..))))).))))))))))))).)))((((((...))))))))))((((((((....(.(......))..))))))))...(((((..(.......)..))))).....(((((((.(......)))))))).))).))....))))))))((...........))....((((((((((((((.((.((((((.............)))))))).).))))))))))))))))))))....(((...)))...))...)..)))))))))...)))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((..........................(((.(((..((.(((.((....((((.............(((((...))))).....((((.(((....(((..(((......))).)))......)))..)))).....))))....))))).)).))))))...........(((..((((....))))..........(((((((............(((...(.((.((....))))..)...)))........))))))).......)))...............................((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))...................))))))))..............................................((((...........)))).......(((.....)))..........................((((((((((((.((((.(((.....(((((((......((((........))))........(((((((................((((((................(((....)))............................................))))))......)))))))......)))))))..........((((((((.................))))))))..............))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..))))))........)))))).......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).................(((((((((....)))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((...((((((((((.((((((.((((.(((.(((..((.(((.((....((((.............((((.....)))).....((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).....))))....))))).)).))))))................((((....)))).....)))).))))))........(((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))..))))))))))...............(((((...((........))....((((((...(((.((((((.(((......)))..)))))).))).........(((....)))))))))........)))))......)))))))))....(((((..(((........)))..)))))....)))))..(((((((.........))))))).(((.((((.......((....)).....))))....(((((((((.(((((((.((((.(((...((((((..((.....((((........))))....(((.(((((((..((............((((((...((((..(((....(((....)))...........((.........))..........)))))))...))))))))....))))))).))).))..)))......((((.....))))..)))...........(((((((......)))))))...))).))))...((....(((((((.........))))))).......))..)))))))))).................(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |