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AAAAGAAAGAAUUUAAUUUUGGUUCCGAUUGAACGUUUUUCAGUAGUUUUAAGACAUGCAAAUCGUUAUUUCUGAAAGUAAAUUUUUAUUUAAAAUUAUAUAAAUAAUAACUAAAUAAAAAUGAUAAUAUGAAAUAAGGUGUAGAGGUGAGGAUAGUAAAUAAGAUACCCUGUAGUCUUCAUAGAUAGAAGAUAUUAUUCUAAGUAAAUUUUUUAAAUUUAUUACUAGUAUUUUUAAAUUAAUUUGCUUGCAUUAUAUAAAAUUAUAAUUGUUUUUCAUUAAUUGCAAAAAUUUAAAUAAAAAUGACUAAAGCAAAAAAAUUAUUUAAAUAACAAUAAUGUAAAAUAAAUGAAUAAAAUAAAAAAGCUAUUUUUAUUAAAAAAAGGAAAUUUUCUGCUAUAGGAUUCUAUUUAUUUUGAUUAGGUAGUUGGUAUGGGUAAAGGCCUACCAAGCCGACAAUCAAUAGCCAUGCUUGACAGAGCAGAUGGCCACAUUGGGAAUGAAAUCUCCCAAGUAGUUUUAUACUACCAGCAGUCAAGAAUAUUAGUCAAUGCUCGUAAGAGUGAACUAGCUAACUGAAAUCGCAAAUGUGUCAUUUGUGAUAAAGUAAGAGAAAAUUAUGAUAUUAUCUUACUACUAGUGCUGUCCAAAACUGGUGCCAGAAGACUCGGUAAGGCCAGAGGCGCAAACGUUAGUCGUCCUAAUCAGGCGUAAAGGGUUUGUAGGCUGCUUUGAAAGUCUUAUUAUUAUAAUAGCUAUUAAAUGAUAAGAUGAAUUGAAGCUAGAAUCUAAUAGAGGGUAAAACAAAUAAUAUUUAAAGUAAGGAUUAAAUCUCAAGAGUUUAGAUGGAAUACUAACGGUUAAAGCUUUUAUCUAUCUACAGAUUGACGCUGAGAAACGAAAGGGAGGUAAGGAAACAGGAUUAGAUACCCAACUACUGCUCCCUGUCAACGAUGAAUGGUGGUUGCUAGUUAUAACUACUUUAAGUAAAUAUUUUAUAUUAUAUAAGAUAAAAUAAGUAGUUAAAAUGACUGGUAGCGAUGCUAACGCGUUAACCAUUCCGCCUUGUGAGUACGACUGCAAAGUUGAAAACAAAAAAAUUAGUCGGUUUCGAAGCAAACGAAGUGAAGCAUGUUAUUUAAUACGAUAAUCCGCGUAAAAUCUUACCAGUUCUUGCAUACAAACUUUUUUUAUAAUAAUUUAAAUUAAAUUUUAAAUAGUUAUUUAAAAAGGAGUGUUUUUACUUUUUUAAAAAUACUUAGAUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGUCCGUGCUGUGAGAAGUUUGGUUAAAUCCGCUAACGGACAAAAUCCCUGUUGUUAAUUUAUACUUAACAAUUAAUGAUACUGAUAGAGCAUCAUUUGGGGCGAAGACAAGUCGUUAUGGCCCUCAUGAACUGGGCUAUAGACGUGCCACAAAGACUUUAACAAAGUGAAGCGAUACUGUUCCCUUAAUAUUUUUCUAAAGAAUUUUAUUAGAUUUAAUUAUAACAAUUAAAUUAUAGGGAAUUUAAGGAGGAGCUAAUCAUUAAAAAAAGUCAAACUAUUAAAUAUAGUCGGAUUGUCAUCUGAAACUCGGGGACAUGAAGAAGGAAUUUCGAGUAAUCGUUGAUCACUACGCAACGGUGAAGCUAGCAUUCGGAAUGAACUAACCGUCUGUCGCUGGGAAGGAGCUUAACUUGGUGGAAACUGGAAUGAAGUUUUAACUUUUACAAAAAUUAAAUUUUUAUUUAGUAUCUUUGAUAUUUUAUUUUUAAUUUAUUAGUUUUUUUUUCGUUAGAUUUUUUUUAAUUUAUUGCUUAAUUAAAAAGUAUUAUUUUUGUUUAAAGAAUAAAUACUUGUCUAACAAUGUUAAAUUUAAAACGAUUUUGUUAAGCAAAUUAGCUCUAGUUAAACCAAUUAAGUAACAUCUCAAAAGUCAUAGCAAGGUAGCCGUACUGGAAAGUGCUGCUGUAAAAUAAAACGA |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((.(((((((........)))))))..))))))....((((((.(((........(.(((((((.........(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))........))))))).)....((((((.((((((((...(((((........)))))..(((.(((((((((......((((((((((.((((((..(((.....)))..))))))..))))))))))...........(((((((((..(((((.......((.................(((((((((((.((((.(((((((....(((....)))....)))))))....((((((((.....))))))))............)))).))))...............((((((((.(((.((((((...((((......))))..)))))).)))....(((((((((....)))))..))))....((((((........))))))(((((.....)))))....))))))))...)))))))..((((....))))......))..(((...((((((((((...))))))))))..)))..))))))))))))))..)))))).)))))).))))))))....((((((((((....)).)))...))))).(((((((((.((...((.(((....)))))...)).))))))..)))((((..(..(((((((((((.((((....)))))))))))))))...)..)))).((((((((((.(((((.(((((.(((((.........(((((((.((((.((((((..((((((((((...(((.((((((((((((..........(((.((..(((..((........((((..(((..........)))..).))).......(((((.(.(((.((((..(((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...)))))))))))..(((....))).....(((((((..((((...(.(((((....))))))..))))........((..((((((.......((.(((((..((((((.........(((((((((..............(((((((.(.......((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..))))))..(((((((((......))))))))).........((((((((.((((.(((.((.((((((...(((.((............)))))..))))))....((((.((((((((.......)))))))).((((((.((.....)).)))))).)))).)).)))..(((..((((((((.........)))))))))))..)))).....(((((...)))))...))))))))((((((((((((...(((....)))...)))))(((((((((.....)))))))))..)))))))....).)))))))...................(((((.....))))))))))))))..(((.....))).))))))............(((....)))....))))).))......))))))..))...))))))).....)))))..)))).))).).)))))....))..)))..)))))....)))))))))))).)))............))))))))))..)).)))).)))).)))))))..))))).))))).)))))))))))))))..........((((((((((...(((((((((((((.....)))))).)))))))...((((((((((........))))...))))))......(((((....)))))...))))))))))))))))....))).........((((.(((((....))))).)))).....)))))).) |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((((((((((.....................(((((((.........(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))........)))))))......................................(((((.......)))))........((((((((((.((((((...............))))))..)))))))))).........................................(((((((((....................))))))))).........................................................................(((((.........((((......(((((((..(((....)))))))).....)).))))...(((((((((....)))))..))))....((((((........))))))(((((.....)))))........................((((....))))................((((((((((...))))))))))..(((((((.((..........)).))))))).................................................((((((......((((.......))))......)))))).....(((((((..(((((((((((.((((....)))))))))))))))...)))))))..)))))....................................................................................................)))))))))))(.((((((................................)))))).).......(((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...)))))))))))...(......)....))))))).............((((((.....................)))))).............................................................................(((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))(((((((((((......))))))))))).............(((((((((....))).))))))...................((((....))))..........((((((((.......))))))))..(((((.(.......).)))))(((.((((.........(((((((((((.........)))))))).))))))).)))..........................(((((((..........................(((((((((.....)))))))))..)))))))........(((((((..(((((((((((((.................(((((....)))))..(((((((................))))))).(((((((.........)))))))............................................................................((..............))..........................................................)))))))))))))...(((((((((....((((((((((((.......)))))).))))))..............................))))))))).)))))))..........................................((((((((((....))))))))))............. |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((.......)))))...)....(((((..(((((((.....(((((((....(.(((((((..........((((((((((...((((.......)))).)))))))))).........))))))).)..........(((...(((.......))))))...(((....((((((((..((((((((((((((((((((...)))))))))..)))....(((((((.((((...((((.(((((......)))))((((............)))).......................))))...)))))))))))....))))))))....................(((((((.(((((.....)))))........((((((.(...(..(........(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......))).......)..)...).))))))..(((...((((((........))))))(((((.....)))))..(((((........(.(((...(((((....))))).))))..........(((((((((.....)))))))))...((((((.(....).........)))))).......)))))......(((((.((((....)).))....))))).))).....(((((((((((.......)))).................((((((...(((((((((((.............)))))))))))....))))))....((((((..((((.................................))))......)))))).....))))))).....))))))).))))))))......)))(((..(((((....(((.(((.((......((........))......))))).))).........(((((((.((((((((....((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))).......)))))))).((((....))))..)))))))....((((......((((....))))....))))............)))))..)))............)))))))......((((........))))....(((.(((((.............((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..)))))).((((((((((......)))))))))).......(((.((((..((((((((.....((((((.(((....(((.(((......))).....(((.....)))..((((((((.......)))))))).......)))......))).)))..))).....))).)))...))))))))).........((((((.....(((......(((((............((((((..(((((((.((((...(((....)))...)))).((((((((.......))))))))..)))))))..........((((.(................(((((.....)))))(....((((.((........)).))))....)...............(((((((.........)))))))...).)))).....................))))))(((((.(...(((...((((.....((((((.(...(((((((.((..((.....(.((((....))))).......(((((..(((....)))..)))))...........((((((.(((..((((........))))..)))((((((((((((.......))))))).))))).))))))...))..)).)))))))...((((.....))))...).))))))....))))..)))...).))))).)))))...)))..))))))..))))).))).))))))).......))))). |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........))))........(((((((((((.(((.............(((.(((((((.....((..(((((((((((..(((((....)))))...))))))))))).)).....))))))))))...(...........((.........))......((((((.......)))))).......((((((((((.((((((..((.......))..))))))..)))))))))).((((((......))))))((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).)))))).........((((((((.....))))))))................((.((((.((((((((......((((((.(((..((((((..(((....))))))))))))...))))))..(((((((((....)))))..))))....((((((........))))))(((((.....)))))....((((.......(((((...(((((....))))).))))).........((((((((((...))))))))))..(((((((.((.((....)).)).))))))).....(..........)((((((((.((....)))))...)))))....((((((......((((.......))))......)))))).))))(((((((..(((((((((((.(((((()))))))))))))))))...))))))))))))))).)))).))............................................((((((((..................)))))))).)........))))))))))))))(.((((((....(......((........))......)..)))))).).......(((((((.((((((((((((((((((((.........(((((((.(((()))).))))))))))))))))...)))))))))))(((((....))))).))))))).............((((((.....(((....)))......)))))).(((((.......))))).........((((........)))).....((((....)))).................((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..))))))(((((((((((......))))))))))).............(((((((((....))).))))))...................((((....))))..........((((((((.......)))))))).((((((.((.....)).))))))((.((((.......(((..((((((((.........))))))))))).)))).))....(.........)..........((((((((((((((...(((....)))...)))))(((((((((.....)))))))))..)))))))...))..(((((((((.(((((((((((((.((((((.....))))((((((....))))))..(((((.((((..........(((((((((.(((((((.........))))))).........)))))))))............)))).)))))..............(((.((((((.......)))))).)))...........(((((....))))).(.........)...............................)).)))))))))))))...(((((((((.((((((((((((((((.....)))))).)))))))..........................))).))))))))))))))))))........................................(((((.(((((....))))).)))))............ |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((((((........)))))))..)))))).((((((....))).)))......(((((((.........(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))........)))))))(((((....[[[[[[[[..........))))).....]]]]]]]]...((((((((.((((((((((((((((.((((((..(((.....)))..))))))..)))))))))).(((.((((....))))..((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).)))))))))))))))((((((((.....))))))))...........))))))))..........................(((.((((((...((((..[[[[))))..)))))).)))........(((((....)))))...]]]]...((((((........))))))(((((.....))))).....((((......(((((...(((((....))))).....))))).....((((((((((...))))))))))..[[[[[[[........))))....]]]]]]]((((((.[[[......))))))..]]]....(((....[[[[[.)))((((....(((((.....)))))...))))....]]]]]...((((((((((...(((((((((((.((((....)))))))))))))))(((((((((..((((((((((............((((...))))..............((((.........))))...(((((((.((((((((((((......(((((........(((..(((((...(((((((((........................)))..)))))).....(((((((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....))))))))...))))))))))))(((((....))))).)))))))....((((.....(((((....)))))...))))........)))))))))..))).....((((.((((.((((....)))).(((((((((...........((((((((((((((((...((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..))))))(((((((((((......)))))))))))........)))..(((((((((....))).))))))))))))))..)))))....((((....))))....(((...((((((((.......))))))))....)))..((((((.......((((.((((...........(((((((((.........)))))))))...)))).))))((((((.....((((((((......((((((((((((...(((....)))...)))))(((((((((.....)))))))))..)))))))..........)))..)))))....))))))...))))))........))))))))).(((....(((((.((((..........(((((((((....(((..(((((.......))))))))....)))))))))............)))).)))))..))))))).)))).))))).........)))))))))))).....((((((...))))))..)))))))...(((((..(((....)))..)))))...........))))))))))))))))))).((((((((((...(((((((((((((.....)))))).)))))))...((((((((((........))))...))))))......(((((....)))))...)))))))))).................))))))))))(((((....))))).................. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((((((........)))))))..)))))).(((((..((((((.(((..(((.(((((((((.......(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))...................))))))))).))).(((((((.((...((((((((((((.......)))))...(((((.(((((((((.((((((..((((...))))..))))))..)))))))))....((((......)))).(((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).)))))))..))))).((((((((.....))))))))......((((....)))).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((.((.......)))))))))))...))))))..(((((((((....)))))..)))).....(((((........))))).))))))))).)))))(((((((........(((((....(((.((........)).)))..))))).((((((((((...))))))))))..(((((((................))))))).(((((((.........((((((((((....)).)))...)))))....((((((.((...((.(((....)))))...)).)))))).((((((((((...(((((((((((.((((....)))))))))))))))(((((((((..((((((((((.(((((.(((((.(((((.(((.((((((((((((((.(((((.(.(((((((((((....(((.(((....))).)))))))))))......))).))))))...((.((((((...((......((........))......)).)))))).))......(((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...)))))))))))(((((....))))).))))))).((.((.((((..((((((.....(((....)))......))))))..))))))))..((.((((.((((..............(((((((((.........((((((((((((((.......((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..)))))).((((((((((......))))))))))..............(((((((((....))).)))))).)))))))..)))).))).((((....))))..........((((((((.......)))))))).((((((.((.....)).))))))((.((((.........(((((((((((.........))))))).)))))))).))..((((((.....((((((((....(((((((((.((((...(((....)))...)))).(((((((((.....)))))))))..)))))))...)).....)))..)))))....))))))..(((((.....)))))))))))))).(((....(((((.((((.((...((..(((((((((....((((.(((((.......)))))...)))))))))))))...)).....)))))).)))))..))))))).)))).)).((.((((.(((((((.(((((.(((....))).))))).))))))))))).)).))))).))))))))).)))))))).))))).)))))))))))))))))))))))).((((((((((....((((((((((((.....)))))).)))))).((.((((((((((........))))...)))))).))...(((((....)))))...)))))))))).................))))))))))))))))).....)))))))............. |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((........))))))........(.(((((.....(((.(((..(((.(((((((((.......(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))...................))))))))).))).(((((((.((...((((((((((((.......)))))...(((((.(((((((((.((((((..((((...))))..))))))..)))))))))...(((((......))))).((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).))))))...))))).((((((((.....))))))))......((((....)))).)))))))..))))))))).((((((.(((..(((((..((((....))))))))))))...))))))..(((((((((....)))))..)))).....(((((........))))).(((((.....)))))..)))))).......(((((...(((((....))))).))))).........((((((((((...))))))))))..(((((((................))))))).(((((((.........((((((((.(......))))...)))))....((((((.((...((.(((....)))))...)).)))))).((((((((((...(((((((((((.((((....)))))))))))))))(((((((((..((((((((((.(((((.(((((.(((((.(((.((((((((((((((.(((((.(.(((((((((((....(((.(((....))).)))))))))))......))).))))))...((.((((((....(......((........))......)..)))))).))......(((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...))))))))))).((((....))))..))))))).((.((.((((..((((((.....(((....)))......))))))..))))))))..((.((((.((((..............(((((((((...........((((((((((((.......((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))..)))))).((((((((((......))))))))))..............(((((((((....))).)))))).)))))))..)))))....((((....))))..........((((((((.......)))))))).((((((.((.....)).)))))).(..(((.........(((((((((((.........))))))))).)))))).....((((((.....((((((((....(((((((((.((((...(((....)))...)))).(((((((((.....)))))))))..)))))))...)).....)))..)))))....))))))..(((((.....))))))))))))))..((....(((((.((((.((...((..(((((((((....((...(((((.......))))).))....)))))))))...)).....)))))).)))))..)).)))).)))).)).((.((((.(((((((.(((((.((......)).))))).))))))))))).)).))))).))))))))).)))))))).))))).)))))))))))))))))))))))).((((((((((....((((((((((((.....))))))).))))).((.((((((((((........))))...)))))).))...(((((....)))))...)))))))))).................))))))))))))))))).....))))).)............. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((((((........)))))))[[[)))((((......((({{{.{{{..(((.(((((((((.......(((((((((((..(((((....)))))...))))))))))).....(((........)))))))))))).)))((((((((.(((..((((((((((((.......)))))..((((((((((((((((.((((((..((((...))))..))))))..)))))))))).((((((......))))))((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).))))))...))))))((((((((.....))))))))......((((....)))).)))))))).))))))))))((((((.(((..((((((..(((....))))))))))))...))))))..(((((((((....)))))..))))....((((((((...)).)))))){{{{{.))).}}}}}..}}}}}}.......(((((...(((((....))))).)))))....)))).((((((((((...))))))))))..(((((((...(((......))).))))))).(((((((.........((((((((.((....)))))...)))))....((((((......((.(((....)))))......)))))).((((((((((...(((((((((((.((((....)))))))))))))))(((((((((..((((((((((.(((((.(((((.(((((.(((.((((((((((((((((((((.(.(((((((((((....(((.(((....))).)))))))))))......))).))))))......((((((.(.((......((((...)).))......))))))))).........(((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...)))))))))))(((((....))))).)))))))....((.((((..((((((.....(((....)))......))))))..)))))).......((((.((((.((((....)))).(((((((((.........(((((((((((((((......((((((..(((((.((((((((...).))))))).)))))..))))))(((((((((((......))))))))))).............(((((((((....))).))))))))))))))..))))).)).((((....))))..........((((((((.......)))))))).((((((...........))))))...((((.........(((((((((((.........))))))))).)))))).....((((((.....((((((((......((((((((((((...(((....)))...)))))(((((((((.....)))))))))..)))))))..........)))..)))))....))))))..(((((.....)))))))))))))).(((....(((((.((((.((.......(((((((((.........(((((.......))))).......)))))))))..........)))))).)))))..))))))).)))).......((((.(((((((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))...)))))).))))))))).)))))))).))))).)))))))))))))))))))))))).((((((((((....((((((((((((.....))))))).)))))(((.((((((((((........))))...)))))).)))..(((((....)))))...)))))))))).................))))))))))))))))).....................]]]. |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((((((........)))))))..))))))....((((((.(((......(((.(((((((.........(((((((((((..(((((....)))))...)))))))))))........))))))))))...((((((.....((((((((.((...((((((((..........(((((((.((((((.(((((((((.((((((..(((.....)))..))))))..)))))))))...................(((((((.(((((.(((.....((((((((((....................))))))))))..)))))))).)))))))..))))))((((((((.....))))))))...........)))))))))))))))..)))))))))).((((((((..((((((...((((......))))..))))))........(((.(((((....)))))..(((((...((((((........))))))..((((((....((((((.....................((((....))))....((((..((((..((((((((((...))))))))))..(((((((................)))))))..)))))))).......))))))....))))))......)))))..)))...............)))))))).((.(((..((((((((((((((((..(..(((((((((((.((((....)))))))))))))))...)..)))).(((((((((..((..(.(((((.(((((.(((.(((((((..((((((.......................(((..(((((((((((..(((((((((........(((..(((((((.((((((...((......((........))......)).)))))).))..(((((((((((.((((((((((((((((((((........(((((((((...)))))))))....)))))))))...))))))))))).((((....))))..)))))))....((((.....(((((....)))))...))))........)))))))))..))).....((((.((((..............((((((((((..........(((((((((..(.(((...((((((..((((..(((((((......)))))))..))))..))))))(((((((((((......)))))))))))........)))..(((((((((....))).)))))).)..))))..)))))....((((....))))....(((...((((((((.......))))))))....)))..((((((.......((((.((((..((....)).(((((((((.........)))))))))...)))).))))((((((.....((((((((....((((((((((((((...(((....)))...)))))(((((((((.....)))))))))..)))))))...)).....)))..)))))....))))))...))))))......).))))))))).(((....(((((.((((.((...((..(((((((((....(((..(((((.......))))))))....)))))))))...)).....)))))).)))))..))))))).)))).)))))...))))..)))))))))))..))).....(((((((....)))))))...))))))...))))))).)))))))).))))))..))..)))))))))..........(((((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))..........(((........)))......)))))))))...))).)))..))))))..))).))..))))))....))).........((((.(((((....))))).)))).....)))))).. |
