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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00462



RNA: CRW_00462
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((.....((((((((((...((((.....(((.(((....(((((.((((..(((....((((((....((((.......))))....))).)))..)))..))))..........((((((............)))..))).........)))))....))))))...((((((............))))))(((((....(((....)))...((((((((.......)))))))).....))))).....))))...))))))))))......((((((..((((......))))..............((((((...)))))).........)))))).(((((...............)))))...(((.(((..(((((.........))).))...))).)))..)))))))))))..))...((.(((((((........)))))))...(((............)))....))...((((.((((....(((..(((.....(((..((((((((((((........)))))..((.((((((((.((((........))))....(((.(((((((.......(((.((((....(((.....(((..(((((((((....))).......))))))...((........))....)))...)))..)))))))......)))))))....((((..(((((....(((..((.(((..............))).)).....(((..((...))..))).)))....)))))..))))......))).(((((.......))))).)))))))).))...))))))).)))...((((((.................(((((....)))))..........))))))...)))..)))..))))(((((((((....)))))))))..)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...((((.(((((((((((((.................................((((((....((((.......))))....))).))).......(((...............)))......................(((....)))............................(((....)))......................((((((((.......)))))))).(.....................................)........(((....((((.............(((((..........................................................))))).....)))).....)))..................((((.........))))..............................................................(((((((.................)))))))(((((........)))))..((((.........(((........))).((...((.(((((((.(((...(((.((((.....((..........(((((((((....))).......)))))).........................))...))))))))))...))))))))).))...))))....((((((.....))))))............((((........))))........................................))))))))))))).))))......................(.....((((((.................(((((....)))))..........))))))......).........((((((((((....))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(((((((((.............(((.(((.(((....))).....(((....((((((....((((.......))))....))).)))(((....(((..(((......))).)))......)))..((...)))))...((....)).....))))))....(.((..((...(((((....))))).)).)).)...........(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))......(((.....((((......)))).............((((....))))..................(((((.......................(((((........)))))............((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))))......................))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((((((((....))).......))))))......((.....)).....)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).(((((((...))))))).....................((((...........))).)..))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(.((((.(((((((((((((............((....))(((..........((((((....((((.......))))....))).)))((.....(((..(((......))).))).......)).............(((....))).....)))......((((((..(.......).))))))......................((((((((.......))))))))((((..(.............................)))))......(((((...((((............(((((((......(((((.................))))).......................)))))))....))))....))))).................((((.........))))....((((((........)))))).......((.......))............(.(((...(((((((.....((....))....)))))))(((((........))))).((((((((.....((((........))))((...((.(((((((.(((...(((.((((....(((.....(((..(((((((((....))).......))))))...................)))...)))..))))))))))...))))))))).))))))))))...(((((((...)))))))((...(......((((.(....).)))).....)...)).......))).).................))))))))))))).)))).).....(((.......))).((.(...((((((.................(((((....)))))..........))))))....).))........((((((((((....))))))))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..(((....)))..))).........................(((......[[[)))...]]](((((.........)))))................((((((((....(((..(((.[[[[[))).)))......))).)))))..............]]]]].........................((((....))))................(((.[[[[[[)))....(((((...((((...))))..))))).]]]]]]................((((((..((((......))))..........(((.((((((...))))))....)))..)))))).(((((...............))))).(((((........)))))............((((((........((((......[[[)))).....))))))...........]]].((((((((.....))))).....(((.......(((....))).....)))...)))...(((((((.........))))..[[[[.))).........((((........))))...]]]].(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((.(((.....))))))..))))))))))...)))))))...(((.[[[..))).(((((((...)))))))]]]........((((........(((((((.[[[.......)))))))..]]]...........))))((((.((((.......)))).))))(((.......)))(((.((((.(((...((((..(((((.....(((((....)))))(((.........))).............)))))..))))...))).))))....))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((....((.(((.((((.(((((((((((((((.............((((((....)))).)).((((((....((((.......))))....))).)))((((((.(((..(((......))).)))......................(((....))).(((((.(((...((((((((((((.(((((....))))).....................(((((((.......)))))))(((((..(((....((((......))))....).))..)))))....((((......))))..)))).....)))))))).......)))...)))))......(((((((....(((..............(((((........)))))..............)))......)))))))....))))))......(((((((........)))))))...............(((((........((((((((.(((((((.....((...)).....)))))))(((((........))))).((((((((.....((((........))))....((..(((((((.(((...((((.(((....(((.....(((..(((((((((....))).......))))))...................)))...)))..))))))))))...)))))))..)).))))))))....((((((...)))))).((..((......((((........)))).....))..)).....)))))))).......))))).)).))))))))))))).)))).))).))..)).)).))).((.((((((.(((...((((..(((((.((..(((((....))))).((.........)).........))...)))))..))))...))).)))).))..)).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((.(((((((((((((.................................((((((....((((.......))))....))).))).......(((...((......))[[)))......................(((....)))...........................((((....)))).....................((((((((.......))))))))......................................((((((..((........<<))......................................))))))..........................................>>..............((((.........((((.........))))....{{))))............}}......................................(((((((.................)))))))....................((((((......((((........))))........(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..............................))))))))))...)))))))......))))))]]..((((((.....))))))............((((........))))........................................))))))))))))).))))............................((((((.................(((((....)))))..........)))))).................(((((((((....))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..(((((((((........((........)).((((..((((((....((((......))))..((((.......))))......((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).......(((....))).....))))))...)))).........((((....))))....................(((((((((.......))....(.......)........))))))).)))))))))......((((((..((((......))))..............(((((.....))))).........)))))).(((((...............))))).(((((........)))))...........................(((.........)))....(((((((........)))))))..................................(((....)))............(((..((((((((((((........)))))..((.(((((((..((((........))))........(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((............)))..))))))))))...)))))))................(((((((...)))))))............((((........))))..................(.........)...........(((((.......)))))..))))))).))...))))))).)))...((((((.((.......)).....(((((....)))))..........))))))................((((((((((....))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......((((........(((((((((((((...(((.(((........((((...((..((..((((((....((((.......))))....))).))).......(((..(((......))).)))........))..))))))....(((....))).....)))))).....(((((......((((....)))).((((((((...........(((((((......(((((...((((...))))..))))))))))))..............((..((((...(((((...((((.((((..........(((((.....)))))...........(((..(((((...............)))))..)))......))))))))....)))))........((((((...((((.((((((((((((...(((((((........))))))).(((.............(((......))).....(((....)))...........)))..))).)))).))))).))))....(((.((((((((((...((((........))))........(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((.(((.....))))))..))))))))))...)))))))..)).))))))))...(((((((...)))))))............))).........)))))).))))..))..)))))))).............))))).)))))))))))))))))....((.((.((.......)).))))...[[[[[[....)))))).......(((((....)))))..........]]]]]]............((..((((((((((....))))))))))..))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((<<<<...)))))).((((((((({{{{{...............((((((.((((((....((((......))))..((((.......))))......((((((((....(((..(((......))).)))......))).))))).......(((....))).....)))))))..))))).......(((((....)))))...................(((((((................................))))))).)))))))))......((((((..((((......))))..............(((((.....))))).........)))))).(((((....(((...)))..))))).(((((........)))))......(((((...............((((>>>>.....))))...(((((((........)))))))...((((((.....)))).)).......((((((......................[[[....[[[[[(((((........))))).....[[[[[[[[.((((........))))........(((((((.(((...(((..(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((.(((.....))))))..))).))))))...)))))))................(((((((...)))))))............((((........))))..................))))))................(((((}}}}}..))))).]]]]]]]]......]]]]]...]]]...((((((.................(((((....)))))..........))))))....))))).......((((((((((....))))))))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((....((.(((.(((..(((((((((((((((...((((..(((((..(..(((((.((((......))))..........(((((.......(((((((((....(((..(((......))).))).......((((.(((((.....(((....)))...((((.((((((.............((((....)))).....................((((((((.......)))))))).....))))))...........(((((((.((..(((.((((((..((((......))))..............(((((.....))))).........)))))).(((((...............)))))..))).))))))))).))))............)))))........((((.((((((((((((...(((((((........))))))).(((.............(((......))).....(((....)))...........)))..))).)))).))))).))))....)))).)))))))))....)))))............((.((.(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((.(((.....))))))..))))))))))...))))))))).))..)))))..).(((((((...))))))).....)))))....)))).....(((((((...(....)..))))))).................)).)))))))))))))..))).))).))..)).)).))).((.((((((.(((...((((..(((((.((..(((((....)))))(((.........)))........))...)))))..))))...))).)))).))..)).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((((((((...(((((((((((((((.((.(..((..))........(((((..)))))(((.(........).)))(((((.((.............)).))..................)))...((((....(((..((((.(((..((((..)))..).....))).))))....))).))))((((..))))..))).))))))))))).))))(((((((((..))...)))))))(((..))).....(.((((((..)))))))..(((((((......)).))))).....(.((.(((((((.((((((((.(((...........))).))(((.((((((.((..........))))))).)))))))))).))).)).)).)))...).).))))))).)))))).((((((.(((.(((((((....)))).).).)..))).))))))((((((...))))))((((.((((((................))))))))))((((((((((((((((.............)))).(.((((((((((..)))..((((..(((.(.((.((((((((((.(..(((.((((.................(((((.(((....)))(((((((((((.(((((..))))))))))))))))).))))..)))))))))).).)))))))))))))).)))..(..(((((((...)))))))..)....((((((.((.(........).))(((((((((...)))))))))..((((((((((..))).))))))).).)))))..))))))))......))))))).......(((((((((.(((...........................)).))))))))))..)))))...((..)).((((((((((..)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((......((..((.(((..(((((((((((((((.........................................((((.......))))..................(((..(((......))).)))......................(((....)))...........................((((....)))).((((((((...........((((((((..............................))))))))..............((..((((...(((((...((((.((((.......((((((.......((((((...............))))))........................))))))))))))))....)))))........((((((...((((.((((((((((((...(((((((........)))))))..................................(((....)))................))).)))).))))).))))....((((((((((((.....((((........))))........(((((((.(((...(((..(((.................(((((((((....))).......))))))..............................))).))))))...))))))).....))))))))...(((((((...)))))))...........)))).........)))))).))))..))..))))))))................)).)))))))))))))..))).))..)).....)).)))......((((.(((...((((..((((......(((((....)))))(((.........)))..............))))..))))...))).))))............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((....((..((.(((..(((((((((((((((...((((..(((((....((((...(((...((((((....((((.......))))....))).)))....)))))))...........(((((((((.((......................((((........((((((.............((((....)))).....................((((((((.......)))))))).....)))))).((((((............((((((..(((......(((((...((((.((((..........((((((...))))))...........(((..(((((...............)))))..)))......))))))))....)))))..........(((....((((.((((((((((((...(((((((........))))))).(((.............(((......))).....(((....)))...........)))..))).)))).))))).))))....)))..))))))))).))))))......)))).......((.(((((((.(((...((((.(((.................(((((((((....))).......))))))..........(((.(((.....))))))..))))))))))...))))))))).)).))))))))).(((((((...))))))).....)))))....)))).....(((((((...........))))))).................)).)))))))))))))..))).))..))..)).)).))).((.((((((.(((...((((..(((((.....(((((....)))))(((.........))).............)))))..))))...))).)))).))..)).....