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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00463



RNA: CRW_00463
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))...(((((((....(((...((((((.(((..((....))..(((((((.....((((((...(((((.....)))))..)))).)).(((....((((......................))))..))).....)))..)))).....)))))).)))..(((((...(((((........)))))..)))))..)))......(((((......(((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))....((..((((((..((((((((..((((.......((((((..............((....)).((((((((.(((.........))).)))))))).))))))......))))...)))..)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))................))))))...))(((((((....(((((.....................(((..((((((((((((...((...((((((((((((((..((...(((......)))....)).((.(((((((.(((...(((.(((((((........((((...........))))........)).)))))....((((((..............)))))).)))...)))...)))))))))...))))))))....))))))....(((((.....(((..(((((..........))))).....)))..)))))...(((((((((.........)))))))))....))...))))))........)))))).)))..((((((((...(((((......))))).(((........)))......))))))))....)))))...))))(((((((((....))))))))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))................................(((....(((....)))....))).((((..(((((.....))))).))))((((.(((.((((((..........)))..))).)))..)))).((....(((....)))......))...........(((((..(((((........))))).)))))...........(((((((((((((((((((..(((((...))))).)))))))........))))))).....((((...(((........................................)))..))))((((((((.(((.........))).)))))))).)))))...........................((((((...(....((((.........))))....)))))))...................(((..(((((((((........((((....))))......................(((((.............)))))..................................(((((((.(((............................(((...(((....)))..........)))....(((....))).......................)))...)))))))..................(((((.....))))).........(((((..........)))))....))))))))).)).)(((((((((.........)))))))))...................................((((((((........................................))))))))...............((((((((((....))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......)))))).).(((((((.(..(((((....(((.(((..((....))..............((((((...((((.......))))..)))).))..((....(((..(.....).)))....)).(((((..............))))).......))))))...............((((........))))..)))))..).........(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))).......((((....((((((...((((.........((((((..............((.......))((((((.(((.........))).))))))...))))))..........))))....))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))....................)).......)))).(......((((....)))).....).........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((................(.....)....(((((((...........((.((((..((((((.((...(((.(((((....))).......)).)))...((((....)))).....)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((((.....)))))....(((...((((..........))))......)))..)))))....((((((((.........)))))))).....))...)))))))))).))....(..((.(..((((((((........................................))))))))...).))...)....((((((((((....))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))................................((((...(((....)))...))))(((((..(((((.....))))).)))))(((.(((.((((((..........)))..))).)))..)))((((....(((....)))......))))........((((((..(((((........))))).)))))).........((((((((((((((((((((..((((((.)))))).)))))))........))))))).....((((...(((.((.....(((.......)...........)).....)).)))..))))((((((((.(((.........))).)))))))).))))))..........................((((((...((...((((.........))))...))))))))...................(((..(((((((((........((((....))))....((....))..........(((((.............)))))............(((......)))......(...(((((((.(((.................((((...(((((((.(((((....))).......)).))))..((((....))))..........)))...))))..)))...)))))))...).((((.....))))(((((.....))))).........(((((..........)))))....))))))))).)).)(((((((((.(......))))))))))...............(((.......)))..(....((((((((........................................)))))))).....).........((((((((((....))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((((.........((((((..(((......(((.(((..((((...(((....)))...)))).......(((((.....)))))....(((((.(((.((((((..........)))..))).)))..)))))......(((....)))......))))))......((((((..(((((........))))).))))))..))).....))))))((((..(((((((..(((((...))))).)))))))...((((((...........((((...(((........(((.......))).((((...)))).......)))..))))((((((((.(((.........))).)))))))).................))))))......)))))))))))..))))))(((..[[[...)))..]]]..............(((((.................[[[[[[[......((((....))))......)))))...]]]]]]].(((((.[[[.........)))))..]]]..................(((........(((((((.(((...(((.((((.........(((....((((...(((....)))..........))))..((((....))))....)))..))))...)))...)))...))))))).........)))................(((......[[[..[[[[[))).......]]]]].....]]].......((((((((((((.........)))))))))..[[[[..)))....(((.......)))]]]]...((((((((........................................))))))))................(((((((((....))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).((((((.........................((((...(((....)))...))))(((((..(((((.....))))).)))))(((.(((.((((((..........)))..))).)))..)))((((....(((....)))......))))))))))..((((((..(((((........))))).)))))).........((((((.(((((((((((((..(((((...))))).)))))))........)))))).....(((((...(((.((.....(((.......))).((((...))))....)).)))..)))))(((((((.(((((....)).))).)))))))..)))))).((((.(((((((((...........((((((...((...((((.........))))...))))))))((.......)).........((..(((((((((........((((....))))....((....))((..(((((.(((((.............))))))))))..))...(((......)))(((...((..(((((((.(((...(((.((((((.........((((.((.....)).))))..........))))))...((((....))))................)))...)))...)))))))..))...)))((......(((((.....))))).....))..(((((..........)))))....))))))))).))..(((((((((.(......))))))))))....(((...((.(((.........))))))))..((((((((........................................))))))))))))).)))).))))((((((((((....))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...................(((.....(((...............((((...(((....)))...))))(((((..(((((.....))))).)))))(((.(((.((((((..........)))..))).)))..)))........(((....)))....................((((...((((........))))..))))....)))........)))......((((((....((((...))))...))))))....................((((...(((..........................[[[....[[.....)))..)))).(((((((]]((]]]......))..))))))).........<<<<.<<<<<<<<<...........<<<<<<...<<)))((((.........))))...>>>>>>>>....................((..(((((((((.......................................((({{{{{......)))....}}}}}..................................(((((((.(((...(((..((.................((((.(((((....))).......)).))))........................))....)))...)))...)))))))...................((((.....))))..........(((((..........)))))....))))))))).))..(((((((((.........))))))))).............(((.........))).......((((((((........................................))))))))>>>>>.>>>>.>>>>((((((((((....))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).((((((.((....((((..........(((.(((....(((....)))....)))(((((..(((((.....))))).)))))(((.(((.((((((..........)))..))).)))..))).)))....(((....)))...)))).))))))))..((((((..(((((........))))).)))))).........((((((.(((((((((((((..(((((...))))).)))))))........)))))).....(((((...(((.((.....(((.......))).((((...))))....)).)))..)))))(((((((.(((.(....)..))).)))))))..)))))).((((.(((((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))....................((..(((((((((........((((....))))................(((((.(((((.............)))))))))).......(((......)))......((..(((((((.(((...(((.(((((..........(((..((.....))..)))...........)))))...((((....))))................)))...)))...)))))))..))..(((.....))).(((((.....))))).........(((((..........)))))....))))))))).))..((((((((.((......))))))))))..........((.((...........)))).....((((((((........................................))))))))))))).)))).)))).(((((((((....))))))))).....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).((((((.((....(((((.........(((.((((...(((....)))...))))(((((..(((((.....))))).)))))(((.(((.((((((..........)))..))).)))..))).)))....(((....)))..))))).))))))))..((((((..(((((........))))).)))))).........((((((((((((((((((((..(((((...))))).)))))))........)))))))....(((((...(((........(((.......))).((((...)))).......)))..)))))(((((((.(((((....)).))).)))))))..)))))).((((.(((((((((...........((((((........((((..[[[....))))]]]..))))))..........(((......(((..(((((((((........((((....))))................(((((.(((((.............)))))))))).......(((......)))......(((.(((((((.(((...(((.((((((.........((((...........))))..........))))))...((((....))))................)))...)))...)))))))).)).((((.....))))(((((.....))))).........(((((..........)))))....))))))))).)).)((((((((.((......))))))))))..........((.(((.........))))))))..((((((((...(((((......))))).(((........)))......))))))))))))).)))).))))((((((((((....))))))))))....
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((...........))........................................................(((((((..(((((.....))))).))))).)).(((.((..((..........))....)).))).............(((....)))...........................((((........))))..............................(((((((..(((((...))))).)))))))....................((((...(((........(((.......))).(((.....))).......)))..)))).(((((((..(...........)..)))))))..................................((((((........((((.........)))).....))))))............................(((((((......((((....))))....((....))..))))))).(((((.............)))))..............................((..(((((((.(((...(((............................(((....)))..................(......)..................)))...)))...)))))))..))..............(((((.....)))))...............................................((((((((.((......))))))))))..(((((...((.(((.........))))).....((((((((...(((((......))))).....................))))))))...)))))........(((((((((....))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))............(((..(..((((.((((...((((((((.((.(((.......(((((((..(((((.....))))).))))).)).(((.(((.((........((((((((......((((((((.....(((....))).......(((((.....)))))..)).)))))).....((((((((((((..((((......(((.((((((((((((((..(((((...))))).)))))))........)))))))..))).((((((..(((((...((((.........((((((((((..(((((.((((.......))))..)))))))))).........((....))..)))))..........))))....)))))...((((((........((((.........)))).....))))))................))))))......(((((((......((((....))))....((....))..))))))).(((((.............))))))))).))).))))))........)))....((..(((((((.(((...(((.((((................((((.(((((....))).......)).))))..((((....)))).........))))...)))...)))...)))))))..))..))))))))....(((((.....))))).....)).((....)).))).)))....))).))))))))...))..(((((((((.(......))))))))))..(((((...((.(((.........))))).....((((((((........................................))))))))...)))))..))))))))(((((((....))))))))..))).