CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00464



RNA: CRW_00464
Rfam family: -

CAAAGGUUUGGUCCUAGCCCUUCCGUUAGUUUUUAAUAAAAUUAUACAUGCAAGCUUCCACGCCCCAGUGAGAAUGCCCUUCAGAUCCCUACAGCCGAUCAAAAGGAGCGGGUAUCAAGCACACUCAACGAGUAGCUCACAACGCCUUGCUCAACCACACCCCCACGGGACACAGCAGUAAUAAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUCGACUAAGUUAUAUUAAUCAUAAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAACUAACGGGCUCACGGCGUAAAGCGUGUAAAAGAUCUACCUACACUAAAGUUAAAAUUUAACCAAGCCGUAAAAAGCUGCCGUUAAUACAAAAUAUACUACGAAAGUGACUUUAAUAAUUCUGAUUACACGAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACAUAAAUAAUUCACUUAACAAAAUUAUCCGCCAGAGAACUACUAGCAAUAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUCACAUCCCCCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCACCUCUUGCUAAUCCAGUCUAUAUACCGCCAUCCUCAGCAAACCCUUAAAAGGAAAGAAAGUAAGCAUAAUCAUCGCACGUAAAAAAGUUAGGUCAAGGUGUAACCCAUGAGGUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAAACAAGAACACACCGUACGAAAGUUAUUAUGAAACUAAUAACUAAAGGUGGAUUUAGUAGUAAACUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAACUGGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAAUAACCUCAAAGCACAUACAUAAAUCAAUAUAAAACCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUAAAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.........)))....))).)).(((..(.(((..((((...)))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))......((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((...........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[......))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...))))).........(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((......................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((..(((((((((...((((((((((........((((.(((..((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..)))).))).))))...((.........(((((((.......))..))))).......(((....))).....)).....))))))))))....(((((....)))))...................)))))))))......(((((...(((.....)))..))))).....)))))))...(((((...((((((...(((((((.(((...........(((((((.....(((((..(((........)))...))))).............((....))))))))).....)))..)))))))....((((..(((.....))).)))).........)))))).)))))...........................((((((.((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((......(((((...((((((((.....((((........))))....((..(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))......)))))))..)).))))))))...(((((((..........((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))))..........)))))...))))))........)))))).......((((((..............................................))))))..))))).......)).(((((((((....))))))))))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......((((....(((((((((....))))))).))..((....((((((......))).)))...((((..((((.........))))..)))).)))))).(((((((((((.....(((((((......((((((....(((...(((....))).....((..(((((.......((...(((((....))))).))......)))))........((((((((.......))))))))...)))))..(((((((...........((((((....((.((...((((((......(((..(((..((..((((.....(((((..(((........)))...))))).........((((((..((((((...((....((.((...........((((((...((...((((.........))))...))))))))......)).)).))..)))))).........(((((((.(((...((..(((....)))))...))).......(((((((((.............((((((((((((((((...((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((((....)).))..........))))))....))))))......)))))))..))).)))))))....))))))..........)))))).))).((((((((......))))))))...)))))))...)))))))))).))..))))))(((((.......)))))......))))))..)).))))))))....((((((......((.........................))...........))))))...))))))).)))))).))).))))....))))))))))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((((((((.............................................((((..((((.........))))..))))(((..(.....(((..((((...)))).))).......)...)))........(((....)))..........................(((((....)))))......................((((((((.......))))))))((....))..............)))))))))).....((((.......((((.............))))....................)))).................................................................((((((........((((.........)))).....)))))).................................................(((....))).............((..((((((((((((...(((........(((..........((((........))))........(((((((.((................(((......................................................................)))......)).))))))).................................((((.......((((((((......))))))))...))))...(((((.....))))).........)))..........)))...)))))))........))))).))....((((((..............................................))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((.......)))).))(((((((((.(((((((((...(((.(((..((......))....(((.....(((((....(((.........)))....))).))((((....(((..((((...)))).)))......))))........)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).).)).))))))......(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))......(((.....(.((((...(((...........((((((......((((((.(((........))))..)))))...........(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..................................)))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...(((.((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....(............).).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....))))..((((........(((((((......)))))))....))))..))))).....((.((((.........)))).)).....)))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..............................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((....)))..((((((((((((....)...........((..((.(((((......))).))..))((((..((((.........))))..))))(((((((....(((..((((...)))).)))......)))).)))........(((....))).....))...((......))..(...(((((....))))).).........((((((.....((((((((.......))))))))(((()))).....))))))...)))))))))))(..(((((.......(((((...........)))))....................))))).....)..........................................................((((((...(....((((.........))))....))))))).......................................(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((...(((.......((((((((((....((((........))))....(((.(((((((.((.............((((((.....((.........................................................))....))))))...)).)))))))).)).((((.....))))((((.....))))..((((.......((((((((......))))))))...))))...(((((.....)))))))))))...)))).........)))...)))))))........))))).)))...((((((..............................................))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.(((....(((.....((((((((((....)))))))...)))...))).))).)))...(((((.(((((((((.((((.........)))).....))).))))))..[[[[.((((...))))..))))).......]]]]........(((....))).....(((((................(((((....)))))...........((((((.....((((((((.......)))))))).[[[.........))))))..........]]](((.[[[[[....)))(((((...........)))))....(((((...)))))...]]]]].....)))))..................(((....)))...........((((((.........[[[[[[.((((...))))))))))............]]]]]].............................(((((((((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((...(((........((((((((.....((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))..................................))))))....))))))......))))))).....))))))))...(((((((..........((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))))............)))...))))))))............))))...((((((.................................(((......))).))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((....(((((((((....))))))).))........((((((......))).))).((((((..((((.........))))..)))).)))))).(((((((((((...(.(((((((......((((((.............((.(((..........(((((..((((.((...(((((....))))).)).)))).)))))........((((((((.......)))))))).))).))...(((((((..(((........)))(((..((((.....(((((((.(((...........((((((((....(((((..(((........)))...)))))....................)))))))).....)))..)))))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((..........)))))).)))).))).......(((....)))............(((..((((((((((((...(((....((.((((.(.((((((.((((........))))....((..(((((((.((.............((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))...)).)))))))..)).((((.....))))((((.....))))..((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....)))))).)))))))))))..)).....)))...))))))........)))))).)))...((((((..............................................))))))...))))))).)))))).))).)))))...)))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................((((((..((((.........))))..)))).))..................................................(((....)))...........................((((....)))).......................((((((((.......)))))))).........................................................................................((........)).........................................................((((((........((((.........)))).....))))))................................................(([[..))]].......................(((((((...(((........(((((((......((((........))))........(((((((........................................................................................................)))))))......)))))))....................((((.......((((((((......))))))))...))))....((((.....)))).......................)))...))))))).............((.....((((((..............................................))))))......)).........(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((......(((((((....))))))).........((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..))))...)))).(((((((((((.((((.((((((....(((.((((..........(((....)))......................((..(((((....)))))......................((((((((.......))))))))...................(((........)))......)).......(((((...........)))))....((((.....)))))))).)))....))))))))))...................................................((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((...........((((............)))).......(((.......(((....))).....))).........((((((((((((...(((.......((((...((((((.((((........))))....((..(((((((.(((.......)....((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))...)).)))))))..)).((((.....)))).(((.....)))...((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....)))))).)))))).)))).........)))...)))))))........))))).......((((((..............................................))))))..............)))))))))).)))..)))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((((((((...((((((((((........((((.(((..((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..)))).))).))))...((.........(((((((.......))..))))).......(((....))).....)).....))))))))))....(((((....)))))...................)))))))))......(((((...(((.....)))..))))).....)))))))...(((((...((((((...(((((((.(((...........(((((((.....(((((..(((........)))...))))).............((....))))))))).....)))..)))))))....((((..(((.....))).)))).........)))))).)))))...........................((((((.((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((......(((((...((((((((.....((((........))))....((..(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))......)))))))..)).))))))))...(((((((..........((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))))..........)))))...))))))........)))))).......((((((..............................................))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((....(((((((((....))))))).))......((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..))))...))))((((((((((((.((((.((((((....(((.((((..........(((....))).........((((....)))).(((.(((((....)))))......................((((((((.......))))))))......(((....)))...(((........))).....))).......(((((...........)))))[[[[(((((...))))))))).)))....))))))))))...........((((.....))))..]]]].....................((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.(........((((((..........))))))......(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((...(((..(.((.((((.(.((((((.((((........))))....(((.(((((((................((((((.....(((.(((....(((....)))...........((((....)).))..........))))))....))))))......)))))))).))(((((.....)))))(((.....)))...((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....)))))).)))))))))))..)))....)))...)))))))........))))).)))...((((((..............................................)))))).............))))))))))).)))..))))))))))).)....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((((((((...((((((((((........((((.(((..((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..)))).))).))))...((.........(((((((.......))..))))).......(((....))).....)).....))))))))))....(((((....)))))...................)))))))))......(((((...(((.....)))..))))).....)))))))...(((((...((((((...(((((((.(((...........(((((((.....(((((..(((........)))...))))).............((....))))))))).....)))..)))))))....((((..(((.....))).)))).........)))))).)))))...........................((((((.((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((......(((((...((((((((.....((((........))))....((..(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))......)))))))..)).))))))))...(((((((..........((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))))..........)))))...))))))........)))))).......((((((..............................................))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....)))..((.(.((((..(.(((........))))......(..)((.....((((......))).)..)).(((((.((.............))).)))))).)))...(((((((((((..((.(((((...((......)).((.(..((...(((..))).(...)...((((.(((((((((.(..(((((..))))))((((.((((...))).).)).)(((((((((((((.(((((.(.(...)))).)).........(((........)))..((((.((...)))))).((((..............))))..)))))))).)))).)).(((((((((.......).))))))))..(((.(((..(.......)...)))...........)))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..).((.(...).)).....))))))))))))).))..).)).).)))).)).((..(((((...(....(((((.(((((((((((((...(((((.(.(.(...(((((((.((....(((((((...))))))).(((((((.((((((((.(..).((...(((.(.....((((..........).).))((.((((........)))).))...))))....))))))..))))((...)).(..)).))))))(((((..........)))))))...)))))).)....).).)((((.(....)))))((..((((((......))))))..))((((((((((..))).))))))).))).))....)))))(..)....))))))))))))).((((((...((...(.(.(.((....................)))).).)).))))))))))))..)).(((...))).....(..)))))))))))).).)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((......(((((............................(((....((((((......))).)))...((((..((((.........))))..)))).....................................................((......)).....)))..................(((((....))))).....................)))))........((((..................)))).......))))....(((((...((((((...(((((((.(((...........(((((((.....(((((..(((........)))...))))).............((....))))))))).....)))..)))))))....((((..(((.....))).)))).........)))))).)))))...........................((((((.((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((..............(((((((......((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))......)))))))......)))))))....((((((..........((((.......((((((((......))))))))...))))..((((((.....))))))..))))))...................)))))))........))))).......((((((..............................................))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((((((((...((((((((((........((((..((..((((((((......))).))).))((((..((((.........))))..)))).))..))))...((.........(((((((.......))..))))).......(((....))).....)).....)))))))))).....((((....))))....................)))))))))......(((((...(((.....)))..))))).....)))))))...(((((...((((((...(((((((.(((...........(((((((.....(((((..(((........)))...))))).............((....))))))))).....)))..)))))))....((((..(((.....))).)))).........)))))).)))))...........................((((((.((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((...(((.......(((((((((((...((((........))))....((..(((((((..(((.....)))...((((((.....(((.(((....(((....)))...........((.........))..........))))))....))))))......)))))))..))......(((((...((((.....))))..((((.......((((((((......))))))))...))))......)))))......)))))))...)))).........)))...))))))........)))))).......((((((..............................................))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..