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UACCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAGAUCGCAAGAUCUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUACCCUUAGGAGGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCCAUAUGCCAUUCGUGGUGAAAAGAGUAAUCUGCCUGAGGAAGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGACGGCCUGUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUUAGGGAAGAAUCAAUGACGGUACCUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGAGUUCGUAGGUGGCUAAGCAAGUCUGUUGUUAAAGGCUGGGGCUUAACCCCAAAAAGGCAAUGGAAACUGUUUGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCAGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUUACUGACACUGAGGAACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACUAUGGAUACUAGGUGUUGUGCGUAUCGACCCGUACAGUACCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCGCGAAUUUUCUUGAAAGAGAAAAGUGCCUUCGGGAACGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAAAGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUCGGGACAAUAGGUUGCCAACUUGCGAAAGUGAGCUAAUCCGUUAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
.........(((((...bbb.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((....))))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(.(((((((...(.........)....))))))).)...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..((((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).)))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..((((((((((((......))))))))))))...aa..))AA.....AAAAAA.))).(((......((((....))))....)))...BBB..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((..((((((((........))))))))..)).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))..((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...))))..((((((((..................))))))))....(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((..((((((......(((((((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))...((((.((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))........))))).......((((...((((((((((((..((((((((........((((.....))))......))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..))))))..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..))))).((((..((((....))))...)))).(((((..((((((((((....((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..(((((((....((((((((.............))))))))))))).))..(((.((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...))))))))))))..))).))))))).......))))))).((..(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))..))..)))))).)).(((((((..........)))))))......))))))).((((((((((((((.(((((......)))))((((.((((.((((..........((((..((.....)).))))..((((...))))))))))))))))..)))...)).))).))))))(((((((((....)))))))))...)))..))))). |
Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................((((((....))))))...................................(((((((...................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..........((((((....))))))........(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))).....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))............................................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))....................................................................................)))))))))......................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((....))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))........((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..)))......... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((((.(((((((((........((...((.((((((....)))))).)).....))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...............))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...((((.......(((((((((.((....)))))...)))))).)))).........................................(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))...(.(((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))))..)..................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..................(((((((((((........)))))))))))...........))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))........(((((((...((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.........(((...(((((((....)))))))..............)))..........((((.((((((.(((((((((((.((....))....(((......)))...))))))............(((((.(((((.........).))))..)))))....((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))).........)))))))......)))))))).....(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)).))))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........))))))).............................)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))(....)....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((.(((((((((.(......((((.((.((((((....)))))).))..).)))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((....(.(((((...(((((....))))).)))))..)..))))..((((....(((((((())))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................((((.......))))....(.(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))....)......(((...((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))))..........(((..(((((((((((........))))))))))))))......).))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))..((((..((((((((((((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(..(())(((((..(((((((....))))))).............)))))....(((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((.(.(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))).((.(((((.....))))).))......))..))))).).)))))))))..)))).).)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)).)))))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))...((((.((......(((((((..........))))))).....))))))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......)))).. |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((((....))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).((((((......))))....))........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.)...)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(.....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...((((....))))...)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))....((....))..)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((..(.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..)))).))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((.(.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.......((((.((((((.((((((.((..................((.((((((....)))))).))..................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...............((((((....[[))....(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))............(((((.((((............))))..))))).......(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....))))))).......))))))).....(((((((......((..((....((((....))))))....))......)))))))...........(((((((........)))))))..............]]....(((((((..........))))))).............))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))... |
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((......))).....((....)).)))))))).))).))))))........(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(......).......))))).)))...))).)))....(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))).......................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))..(((((((......(((((..(..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))..........)...)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...((((.....((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.((((((((...)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))))...))))))))))))))))..........................................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...(.((((.((((..((.....)))))).)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((.((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))..(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)..((((((((((....))))..................(((........)))....(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....)))))))..(((.(((......))).....)))....((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....))))))....)))))))).................(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)))).))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))...))))))))))).((((((((((..((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....))))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....(((((....))))).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((((((((....(((((.(((((.(((((((((((......(((..((((....((((((....)))))).....).)))..)))......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....))).(((((.......))))).....(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((.......((((.<<.<<<<.))))....))))))).(((...)))(((((((.(((((((((((>>>>>>..)))))))))))...............))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(((.....)))..((((((((((....))))...{{{{{{{{.(((..((((........)))))))(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((..[[[))).)))))]]](((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....))))))....))))))))....}}}}}}}}.....(((((((..(((.(((((((.((((....))))).)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((.(.....))))))))))))((((....))))....(((((((..........)))))))...)))))))))))(((((((((((..((((((((((...........(((((.((((......((((.((((...........)))).)))).....)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(((..((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))))).)))....)))))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).... |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..((((((....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......))))).).)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................((.........(.(.(((((.....(.(...(.(....).)..................(.(..(.(....(......(((..............................)........)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)........((((((....(((....))).).)))))...........((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((......(((((.....)))))....)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((................)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((..(.................)............)..)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(..(((((.(.((...(...((.((....(...(.(....).)....).............(.(..(.(....(....(.......................................)......).((.(((.((...((((((((.......)))))))).))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...)).)......((((((....(((....))).).)))))..).....)..((((.(.((...((...)).)).)...)))).((...((((....(...........).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)))...........))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((........))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(.(.(..........).).).............)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((.......((.((((((....)))))).)).......((((((((..((((.(((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((.............(((....))).(((((((((..((((.((((.((...(((..((((((((.......))))))))))).....))....((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))))))))))..........((((....((((((....))))))...)))).)))))))))..............))).)))))))....(((....)))..)))))))...(((((((((......((((.((((....)))).)))).........(((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((.((((((........)))))).))))...((....))....))))))).)))....((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))...(((((((.........(..........)..........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......((((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))......)).))))))).......))))))).....(((((((..((..((((.....((..(....)..))..))))..))...)))))))...........))).)))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).)))))(((.((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).))..)))...(((((((((....))))))))))))))))))))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((..((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((......)))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...((((((((((((..((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).))))...))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).(((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))....(((((((((....))))))))))))))))))))... |