CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00466



RNA: CRW_00466
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

UACCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAGAUCGCAAGAUCUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUACCCUUAGGAGGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCCAUAUGCCAUUCGUGGUGAAAAGAGUAAUCUGCCUGAGGAAGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGACGGCCUGUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUUAGGGAAGAAUCAAUGACGGUACCUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGAGUUCGUAGGUGGCUAAGCAAGUCUGUUGUUAAAGGCUGGGGCUUAACCCCAAAAAGGCAAUGGAAACUGUUUGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCAGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUUACUGACACUGAGGAACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACUAUGGAUACUAGGUGUUGUGCGUAUCGACCCGUACAGUACCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCGCGAAUUUUCUUGAAAGAGAAAAGUGCCUUCGGGAACGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAAAGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUCGGGACAAUAGGUUGCCAACUUGCGAAAGUGAGCUAAUCCGUUAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .........(((((...bbb.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((....))))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(.(((((((...(.........)....))))))).)...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..((((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).)))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..((((((((((((......))))))))))))...aa..))AA.....AAAAAA.))).(((......((((....))))....)))...BBB..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((..((((((((........))))))))..)).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....)))))))))).............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.....((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))..((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...))))..((((((((..................))))))))....(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((..((((((......(((((((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))...((((.((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))........))))).......((((...((((((((((((..((((((((........((((.....))))......))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..))))))..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..))))).((((..((((....))))...)))).(((((..((((((((((....((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..(((((((....((((((((.............))))))))))))).))..(((.((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...))))))))))))..))).))))))).......))))))).((..(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))..))..)))))).)).(((((((..........)))))))......))))))).((((((((((((((.(((((......)))))((((.((((.((((..........((((..((.....)).))))..((((...))))))))))))))))..)))...)).))).))))))(((((((((....)))))))))...)))..))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................(((((((.......................((((((....))))))...................................(((((((...................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..........((((((....))))))........(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))).....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))............................................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))....................................................................................)))))))))......................................................................................................................((((((((((....)))))))))).............
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((....))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))........((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((((((...))))))))))...(((((.(((((((((........((...((.((((((....)))))).)).....))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...............))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...((((.......(((((((((.((....)))))...)))))).)))).........................................(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))...(.(((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))))..)..................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..................(((((((((((........)))))))))))...........))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))........(((((((...((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.........(((...(((((((....)))))))..............)))..........((((.((((((.(((((((((((.((....))....(((......)))...))))))............(((((.(((((.........).))))..)))))....((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))).........)))))))......)))))))).....(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)).))))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........))))))).............................)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))(....)....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((.(((((((((.(......((((.((.((((((....)))))).))..).)))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((....(.(((((...(((((....))))).)))))..)..))))..((((....(((((((())))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................((((.......))))....(.(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))....)......(((...((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))))..........(((..(((((((((((........))))))))))))))......).))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))..((((..((((((((((((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(..(())(((((..(((((((....))))))).............)))))....(((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((.(.(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))).((.(((((.....))))).))......))..))))).).)))))))))..)))).).)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)).)))))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))...((((.((......(((((((..........))))))).....))))))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((((....))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).((((((......))))....))........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.)...)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(.....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...((((....))))...)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))....((....))..)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((..(.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..)))).))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((.(.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..((((....((((((....))))))..))))((((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).))))..((((((......((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...))))))(((...((((....)))).[[[[[[.......))).((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))..(((....)))..]]]]]](((...[[[[[[)))....((((.((((....)))).)))).......(((((.......)))))...]]]]]].......(((((((((..(((.[[[[[)))..]]]]]....))))))))).........................(((((((....((((((((((.(((......)))....)))))))))).......[[[[[[.......)))))))..]]]]]]...........((((((((.....(((((.....[[[[[[[[..)))))...]]]]]]]].((((.......(((((((.(((((((((((........))))))))))).((((......)))))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))....((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))))))...)))...)))))))............(((....[[[[[[[....)))........(((((....))))).............]]]]]]]......(((..[[[[[[))).......]]]]]](((.((((....))))....[[[[[[[.)))......]]]]]]]...))))))))...(((((((........(((((......)))))((((((((.((((......(((..((((...........))))..))).....)))).)))...)))))[[[[[[[.......)))))))(((((((((....)))))))))...]]]]]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((..((((((((.((.((((((.((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....)))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))).(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))....(((.(((((((.(((((.((((....(((((....(((((..((.....((((((((((...)))))...))))).....)).)))))..)))))....)))).)))))...((.....)).((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))))..((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((...((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))).(((......)))..((((((.......)))))).((((.((((..((......))))))..)))).....((.(((((.....))))))).((((.((...((((.....)))).....))))))..)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))....)))))))))).((((((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.....(((((.......((((.((((((.((((((.((..................((.((((((....)))))).))..................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...............((((((....[[))....(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))............(((((.((((............))))..))))).......(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....))))))).......))))))).....(((((((......((..((....((((....))))))....))......)))))))...........(((((((........)))))))..............]]....(((((((..........))))))).............))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((.((....)).))).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.(........).)....((....)).))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((......))).....((....)).)))))))).))).))))))........(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(......).......))))).)))...))).)))....(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))).......................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))..(((((((......(((((..(..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))..........)...)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...((((.....((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.((((((((...)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))))...))))))))))))))))..........................................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...(.((((.((((..((.....)))))).)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(..((((((.((.((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))..(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)..((((((((((....))))..................(((........)))....(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....)))))))..(((.(((......))).....)))....((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....))))))....)))))))).................(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)))).))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))...))))))))))).((((((((((..((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....))))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....(((((....))))).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(..(((((((((....(((((.(((((.(((((((((((......(((..((((....((((((....)))))).....).)))..)))......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....))).(((((.......))))).....(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((.......((((.<<.<<<<.))))....))))))).(((...)))(((((((.(((((((((((>>>>>>..)))))))))))...............))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(((.....)))..((((((((((....))))...{{{{{{{{.(((..((((........)))))))(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((..[[[))).)))))]]](((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....))))))....))))))))....}}}}}}}}.....(((((((..(((.(((((((.((((....))))).)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((.(.....))))))))))))((((....))))....(((((((..........)))))))...)))))))))))(((((((((((..((((((((((...........(((((.((((......((((.((((...........)))).)))).....)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))...
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((..((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(((..((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))))).)))....)))))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..((((((....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......))))).).)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................((.........(.(.(((((.....(.(...(.(....).)..................(.(..(.(....(......(((..............................)........)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)........((((((....(((....))).).)))))...........((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((......(((((.....)))))....)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((................)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((..(.................)............)..)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........)).))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................(..(((((.(.((...(...((.((....(...(.(....).)....).............(.(..(.(....(....(.......................................)......).((.(((.((...((((((((.......)))))))).))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...)).)......((((((....(((....))).).)))))..).....)..((((.(.((...((...)).)).)...)))).((...((((....(...........).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)))...........))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((........))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(.(.(..........).).).............)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(..((((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((.......((.((((((....)))))).)).......((((((((..((((.(((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((.............(((....))).(((((((((..((((.((((.((...(((..((((((((.......))))))))))).....))....((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))))))))))..........((((....((((((....))))))...)))).)))))))))..............))).)))))))....(((....)))..)))))))...(((((((((......((((.((((....)))).)))).........(((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((.((((((........)))))).))))...((....))....))))))).)))....((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))...(((((((.........(..........)..........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......((((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))......)).))))))).......))))))).....(((((((..((..((((.....((..(....)..))..))))..))...)))))))...........))).)))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).)))))(((.((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).))..)))...(((((((((....))))))))))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((..((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((......)))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...((((((((((((..((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).))))...))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).(((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))....(((((((((....))))))))))))))))))))...