|
|
|
UACCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAGAUCGCAAGAUCUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUACCCUUAGGAGGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCCAUAUGCCAUUCGUGGUGAAAAGAGUAAUCUGCCUGAGGAAGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGACGGCCUGUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUUAGGGAAGAAUCAAUGACGGUACCUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGAGUUCGUAGGUGGCUAAGCAAGUCUGUUGUUAAAGGCUGGGGCUUAACCCCAAAAAGGCAAUGGAAACUGUUUGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCAGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUUACUGACACUGAGGAACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACUAUGGAUACUAGGUGUUGUGCGUAUCGACCCGUACAGUACCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCGCGAAUUUUCUUGAAAGAGAAAAGUGCCUUCGGGAACGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAAAGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUCGGGACAAUAGGUUGCCAACUUGCGAAAGUGAGCUAAUCCGUUAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...bbb.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((....))))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(.(((((((...(.........)....))))))).)...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..((((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).)))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..((((((((((((......))))))))))))...aa..))AA.....AAAAAA.))).(((......((((....))))....)))...BBB..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((..((((((((........))))))))..)).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))..((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...))))..((((((((..................))))))))....(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((..((((((......(((((((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))...((((.((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))........))))).......((((...((((((((((((..((((((((........((((.....))))......))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..))))))..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..))))).((((..((((....))))...)))).(((((..((((((((((....((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..(((((((....((((((((.............))))))))))))).))..(((.((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...))))))))))))..))).))))))).......))))))).((..(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))..))..)))))).)).(((((((..........)))))))......))))))).((((((((((((((.(((((......)))))((((.((((.((((..........((((..((.....)).))))..((((...))))))))))))))))..)))...)).))).))))))(((((((((....)))))))))...)))..))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................((((((....))))))...................................(((((((...................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..........((((((....))))))........(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))).....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))............................................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))....................................................................................)))))))))......................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((....))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))........((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((((.(((((((((........((...((.((((((....)))))).)).....))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...............))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...((((.......(((((((((.((....)))))...)))))).)))).........................................(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))...(.(((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))))..)..................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..................(((((((((((........)))))))))))...........))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))........(((((((...((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.........(((...(((((((....)))))))..............)))..........((((.((((((.(((((((((((.((....))....(((......)))...))))))............(((((.(((((.........).))))..)))))....((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))).........)))))))......)))))))).....(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)).))))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........))))))).............................)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))(....)....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((.(((((((((.(......((((.((.((((((....)))))).))..).)))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((....(.(((((...(((((....))))).)))))..)..))))..((((....(((((((())))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................((((.......))))....(.(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))....)......(((...((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))))..........(((..(((((((((((........))))))))))))))......).))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))..((((..((((((((((((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(..(())(((((..(((((((....))))))).............)))))....(((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((.(.(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))).((.(((((.....))))).))......))..))))).).)))))))))..)))).).)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)).)))))...)))))))....((((...(((((((........)))))))))))...((((.((......(((((((..........))))))).....))))))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......)))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((((....))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).((((((......))))....))........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.)...)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(.....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...((((....))))...)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))....((....))..)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((..(.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..)))).))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((.(.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..((((....((((((....))))))..))))((((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).))))..((((((......((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...))))))(((...((((....)))).[[[[[[.......))).((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))..(((....)))..]]]]]](((...[[[[[[)))....((((.((((....)))).)))).......(((((.......)))))...]]]]]].......(((((((((..(((.[[[[[)))..]]]]]....))))))))).........................(((((((....((((((((((.(((......)))....)))))))))).......[[[[[[.......)))))))..]]]]]]...........((((((((.....(((((.....[[[[[[[[..)))))...]]]]]]]].((((.......(((((((.(((((((((((........))))))))))).((((......)))))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))....((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))))))...)))...)))))))............(((....[[[[[[[....)))........(((((....))))).............]]]]]]]......(((..[[[[[[))).......]]]]]](((.((((....))))....[[[[[[[.)))......]]]]]]]...))))))))...(((((((........(((((......)))))((((((((.((((......(((..((((...........))))..))).....)))).)))...)))))[[[[[[[.......)))))))(((((((((....)))))))))...]]]]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..((((((((.((.((((((.((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....)))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))).(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))....(((.(((((((.(((((.((((....(((((....(((((..((.....((((((((((...)))))...))))).....)).)))))..)))))....)))).)))))...((.....)).((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))))..((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((...((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))).(((......)))..((((((.......)))))).((((.((((..((......))))))..)))).....((.(((((.....))))))).((((.((...((((.....)))).....))))))..)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))....)))))))))).((((((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.......((((.((((((.((((((.((..................((.((((((....)))))).))..................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...............((((((....[[))....(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))............(((((.((((............))))..))))).......(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....))))))).......))))))).....(((((((......((..((....((((....))))))....))......)))))))...........(((((((........)))))))..............]]....(((((((..........))))))).............))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((.((....)).))).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.(........).)....((....)).))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((......))).....((....)).)))))))).))).))))))........(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(......).......))))).)))...))).)))....(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))).......................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))..(((((((......(((((..(..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))..........)...)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...((((.....((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.((((((((...)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))))...))))))))))))))))..........................................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...(.((((.((((..((.....)))))).)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((.((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))..(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)..((((((((((....))))..................(((........)))....(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....)))))))..(((.(((......))).....)))....((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....))))))....)))))))).................(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)))).))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))...))))))))))).((((((((((..((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....))))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....(((((....))))).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((((((((....(((((.(((((.(((((((((((......(((..((((....((((((....)))))).....).)))..)))......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....))).(((((.......))))).....(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((.......((((.<<.<<<<.))))....))))))).(((...)))(((((((.(((((((((((>>>>>>..)))))))))))...............))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(((.....)))..((((((((((....))))...{{{{{{{{.(((..((((........)))))))(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((..[[[))).)))))]]](((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....))))))....))))))))....}}}}}}}}.....(((((((..(((.(((((((.((((....))))).)).)))).)))...)))))))....((((...(((((((.(.....))))))))))))((((....))))....(((((((..........)))))))...)))))))))))(((((((((((..((((((((((...........(((((.((((......((((.((((...........)))).)))).....)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(((..((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))))).)))....)))))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..((((((....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......))))).).)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...)))).))).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................((.........(.(.(((((.....(.(...(.(....).)..................(.(..(.(....(......(((..............................)........)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)........((((((....(((....))).).)))))...........((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((......(((((.....)))))....)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((................)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((..(.................)............)..)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(..(((((.(.((...(...((.((....(...(.(....).)....).............(.(..(.(....(....(.......................................)......).((.(((.((...((((((((.......)))))))).))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...)).)......((((((....(((....))).).)))))..).....)..((((.(.((...((...)).)).)...)))).((...((((....(...........).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)))...........))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((........))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(.(.(..........).).).............)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((.......((.((((((....)))))).)).......((((((((..((((.(((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((.............(((....))).(((((((((..((((.((((.((...(((..((((((((.......))))))))))).....))....((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))))))))))..........((((....((((((....))))))...)))).)))))))))..............))).)))))))....(((....)))..)))))))...(((((((((......((((.((((....)))).)))).........(((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((.((((((........)))))).))))...((....))....))))))).)))....((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))...(((((((.........(..........)..........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......((((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))......)).))))))).......))))))).....(((((((..((..((((.....((..(....)..))..))))..))...)))))))...........))).)))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).)))))(((.((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).))..)))...(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((..((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((......)))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...((((((((((((..((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).))))...))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).(((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))....(((((((((....))))))))))))))))))))... |