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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00468



RNA: CRW_00468
Rfam family: -

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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).(((((.((((..((((..(((((...........))))).))))))))....((((((...(((.......)))......)))))).((((.....))))...((((.....(((((.....))))))))).((((((((.(((((......)))))...((((((.......((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..(((((((((((((.(((((.(.((((......)))))........((((....))))(((((((.....)))))))(((.(((....))))))....(((((((........)))))))......(((((.......)))))..((((...(((.((((......(((((((((((.(((((((......))))))).......((((......))))(((.....(((.((....))))).....))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....))))).((((...((.....))...))))..((((..(((((...)))))..))))..((((((.(((((((((((...((((...))))...)))).((((((....))))))((((((((((((((.(((.(((....))).....(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).))).)))).))).....)))))))..((((......))))......(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))((((((....((.(((((.((((((((((((.....)))))))))).)).(((......)))...((((((((..(((........(((((((.(((...(((.......((((.(((((((((.(.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..))))))))))))))......)))....)))..))))))).)))..)))))))).((.(((.((.((((........)))))).))).)).((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........))))).))......)))))).......(((((.....(((((((((((...((((..((..((((((((...........))))))))....)).))))............(((((..((((.......(((((((...........))))))).........))))...)))))..((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....((((.....(((.....)))......)))).....)))))..........)))))))...))))))))(((((....((((....((.((((.((.......)).))))))..))))))))).(((....))).))))).)))))).((..((((((((.((((....(((..((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......)))))........))))))))))....)))......))))))))))))))((((....((((((......))))))...))))...)))))..((((.((((....(((((.(((((((.(((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((...(((((.....(((.(((((....)))))..))).....)))...))....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))).((((((((((.....((((((((.......)))))))))))))..)))))(((..((((((.......))))))..))).(((....))).............(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((..((...(((((.((((((.....))))))))))).))..))).))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).)))).))))))))))))).((((((((((((......)))))).))))))....)))))).))))).....)))).))))))).(((....))).))))))))).)))))))))(((((..((.(((.......(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))).))...((((((.....))))))..))))).))))))))((((.(((...(((((((...))))..))).))).)))).............))))).........
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).(((((...(..(((((..(((((...........))))).))))))(.....((((((...(((.......)))......)))))).....)....((((...)))).....(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).............(...........)(.(.((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....)))))..(((....(((((((((((((.(((((.(.((((......)))))........((((....))))(((((((.....)))))))(((.(((....))))))....(((((((........)))))))......(((((.......)))))...........(..(((.....((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....)))))....)))....((((((.((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...)))))).))))))...(((....))).....((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).......(((((....)))))............(((((....)))))........((((((((((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))(((((((....((.(((((.((((((((((((.....)))))))))).)).(((......)))...((((((((..(((.........((((((......)))))......((..(((((((((.((.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..))))))))))).)).......................)..)))..)))))))).((.(((.((.((((........)))))).))).)).((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........))))).))......)))))))...(((((((....)).))))).........((....(..((((((((...........)))))))).....)..))...............................((((((.............))))))........................(((((((((......((((((((...(((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.............(..((.....))..)..(((....((((..((((...((.((((.......)))).))))))))))..((..((((((((.(((.....(((......))).....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((((......(((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))).))))))))))))).)))....((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..((((((((((((((((((.........(((((...((........(((.(((((....)))))..)))...........))....)))))))))))))))))))..)))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).)))...(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))...........((((((((...((.......))...))))))))...))))))))..........(((.((((((((((((......))))))).))))))))..)................((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))..((.......)).......(((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))...)))...((((((.....))))))........((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))).)).).).........))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))((((((.(((..(((((..(((((.(........)))))).))))))))....((((((...(((.......)))......))))))..........((((...))))...(.(((((.....))))))......(((((..(((((......))))).)))))........................((((((((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....)))))(((((....(((((((((((((.(((((.(.((((......)))))........((((....))))(((((((.....)))))))(((.(((....))))))....((((((((.....).)))))))......(((((.......)))))..............((((....((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((......((((.(((....(.((.(((((....)))))..)))....))).)))).....)))))))))))).(((((....)))))...))))....(((((((((((((..((((..(((((...)))))..)))).....aa.a..aaaa(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))aaa)))))))))))))...(((....))).....(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).......(((((....))))).AAA........(((((....)))))........((((((((((((((((.(.(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))...))))))))).((((((.......((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))...((((((((..(((..........(((((({{{.))))))......(((.(((((((((.((.....((((((((((.((((.......))))).))))......((((......)))).)))))..)))))))))))))).............}}}..........)))..))))))))....(((.((.((((........)))))).)))....((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........))))).........))))))....(((((((....)).)))))........((((..(.((((((((((...........))))))))...))).))))..((((.........[[[))))]]].....(((((((...........)))))))..((((....))))...(((....(((((((((......((((((((..((((.(((((((..(((((...(((......((((...)))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((................(((...)))...(((((....((((..((((......((((.......))))...))))))))......((((((((.((((....(((...<<<))).....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((((......(((((((...(((((.(((.......((((((((....(((....)))......))))))))....((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))(((.(((((((.(((....))))..)))))))))..(((((.......))))))))......)))))>>>)).)))))))))))))))))))))))...)))))..((((((......)))))).(((....))).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((.....(((.....(((.(((((....)))))..))).....))).........)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))))))))))..))))..(((((((((.......)))))))))......(((((((((.((((((.......))))))).....(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))......((((((((.................))))))))...)))))))).AAAA..AAA....((((((((((((......))))))).)))))......................((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))...........bbbbb.b.((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))..))))).((((((.....))))))........((((((((.......(((......)))........)))).)))).)))))).))......)))))).BBBBBB.
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((.....((((((((((....(((((((((((((.((((((((.....((((.((((..((..((.((((((...(((.......)))......)))))).))..))...(((.....)))........)))).))))...((((...(((((..(((((......))))).))))).............((((((......)))).))...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))))))))..(((((..(((((....((((......)))))))))....((((....))))(((((((.....)))))))....)))))...(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))....((......(((((((......)))))))......((((....))))..))......)))))....))))))))))..((((((((((((((((....((((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).((...(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))))).((((.((((((((..(((((((((((((.....)))))))))).))).((..(((((((((((((((.....((.((((....(.((((((....)))))).)...((((.(((.((..(((((....((((...((((.((((((.(.(.(((((((((......((((......))))..((((...(((((((((.((((....(((((((..(.....(((((((...(((.......(..(((.((.((((.(....).)))))).)))..))))...))).)))).((((((((....)))))))))..))))))).........((((.((((...((....))....((((((.......))))))))))....))))..)))).)))))).))))))).......))))).)))).).).))))))..)))).....(((((((.(.((((..(((((...........)))))..(((.(...((.((((...(((((.(....).))))))))))).)))).))))).)))))))..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))..))))....)))))...)).)))...)))))))).))..........(..((((((.(((.......(((((((((..(((((((.....(((....))).((((.(..((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).))))..)..((((((......)))))).)))).).))))))...((((.(((((...(((((.((((((((.((((.((((((((..(((.((..((((((((((.........(((((......((((...(((.(((((....)))))..)))..(....).))))....)))))))))))))))..)).)))...((((....)))).....)))))))).....(((.(((.(((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))).)))....(((((.((((((.....)))))))))))..).))).)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...))))))))))))).))))..)))))))))((((.(((((((((((......)))))).)))))))))................))).))))))..)..(((...(((((((....))).)))).))).)))))).)))))).)))...(((((((..((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).))....))))))))...))))..((((..(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..)))...))))..))))).).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......))))))..(((((...(((((((((...((((((((.....((((.((((.........((((((...(((.......)))......))))))..........(((.....)))........)))).))))..........(((((..(((((......))))).)))))...................................((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....)))))))).((((....(((((....((((......)))))))))....((((....))))(((((((.....)))))))............(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))..............................(((((((......))))))).....................................................((((((((((((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..)))))).)))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....)))))).......))))))...))))))).............(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..................(((((((((((((.....)))))))))).)))......................................((((((....))))))..........((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...)))))))))).............................................................................................((((((((....))))))))...............................(......)....((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...........................................(((((.............))))).........................(((((((((......((((((((...(((((((((((..(((((...((....)).((((...)))).......)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((...........(((..(((((((((...(((((....(((((...((..........(((....)))....)).)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))......)))))...))))...)))........))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((.((..((((((((((.........(((((...((........(((.(((((....)))))..)))...........))....)))))))))))))))..))...))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).)))...(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).....................................................................((((((((((((......))))))).)))))......................)))).)))))))))....(((((((....))).))))........)))))...............(((((.......((((((....(((((...((.....(((...(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...))))...................)))....))..)))))......)))))).(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))).)))))...................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......)))))).(((((((.((((((((((...(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((....(((.....))).....(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).))))......((..((((......)))).))...))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).((((..(((((((....((((......)))))))))....(((((((((((.(((((((.....)))))))......(((.(((....(((.(((((((........)))))))......(((((.......)))))...)))...))).)))...((((((((..((....(((((((.(((...(((((((.(((...(((((..(((..(((...((((((....(((((((((((......(((((((..(((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....)))..))))))).(((((....))))).))).(((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..)))))).)))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))....))))))))((((((...(((((((.(((((..(((((....))))).(((((((((...(((.....((..((((((.(((.((((....)))).)))))))))..))...)))....)))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..............))))))..))))((((((....))))))..(((.((.(((((((...........(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...((((((((...(((.........))).))))))))......)))))))...)).(((((.......))))).)))....)))))).))))))....(((....((((((((....))))))))((((((..(((.......((((((..((((..(((..((....((((((.......)))))).)))))))))...))))))(((((((...........))))))).)))..))))))...)))....)))..)))..))))).....(((((((...........)))))))...))).)))))))...))).)).(((((((((......((((((((..((((((((((((..(((((...((....)).(((.....))).......)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..((((((..((((((((((.........(((((...(((((.....(((.(((((....)))))..))).....)))...))....)))))))))))))))..))..)))).((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))))).))..)))))))).....((((((((((((......)))))).)))))).)))))).))))).....))..)))).))))))))))...(((((((....))).)))).......)))))))..(((((..((((((((((.......(((((((...(((((...(((.((.((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....))).......)))))).)))..))))).....))))))).(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..))).)))))....)))))....))))).