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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00471



RNA: CRW_00471
Rfam family: -

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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((((((.((((.(((((((((((.((........))...((((((........(((((((..((.((.......)).))..)))))))..........(((....))).((((((....))))))..(((((((((.........))))))))).......(((((....(((......)))...)))))...................(((((((......((.....))....))))))).....((((..((((((((((((((...(...(((.((....)).)))...(((..(((......)))..))).)...)))))))))))))))))).......((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))))))))....)).))))))).))...............((....))...))))........(((((...)))))...........)))....))))))))))).(.((((((((..(((((.....)))))..))))((((.....))))....(((((((...(((((((((.((((..((((..((.....))..)))).(((.((((((..((((((...((((((((((.(((.((((....))))...(((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))))..((((.((((.(((((((((((((......(((((((((((.((((((((((.(((((((.(((.((((.((((...((.((((.....))))..))...))))...............((((.((((((((((((.(((...(((((((((........)))))))))....(((......))).(((((((.((....))((((....((..(((........)))..))))))..(((.......))).(((((.(((((.......))))).)))))......(((......)))..(((((((((...((((((.((((..((....(((.((.........)).))).((((((((.(((((((....))))))).(((.((((....((((((.(((((.((..(((.(((((((.....(((((((((................(((......)))..((....(((((((.....))))))).(((...........))).(((((((..((.....)))))))))......))..(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))....((..((..............))..))............((((((....(((((((..(((...((((((((((...(((((((.((.....))))))))).....((.((((.(((..(((..((((((....)))))).....((......))..)))..)))......))))...)).((.(((((.(((.(((((((((............(((((....((((.....))))....)))))........(((.((((((..((...((......))...))..)))))).))).))))))..))).)))))))).)).))))))))))..)))...))))))).......))))))((((....(((((((...........(((((((((...(((....)))...))..)))))))...((((..(((....))).))))........((((((..(....)................))))))..))))))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....)))))).(((.......))).......))))......)))))))))....)))))))..........((((((......)))))).))))))))))..))))))...))))....)))....)))))))).......((((((((((.(((((....(.((......((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......)))....))))).))))))))))...(((.((((((.....)))))))))....)).))))))))))..))))))))))))))))((((((...........))))))......(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((((.......)))))))))))))..)))))....)))))))))))....)))))))..)))).)))..(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).....(((((((((((......))))))).)))))))).))))))..........(((.((.(((((((..((..((...))..))..))))))))).))).....))).))))))))..........((((.....))))...........((((((((......).)))))))...(((((((((((....))))))..))))).)))))...)))))...))).))))))))...))).)))))).....))))...))))))..)))))).)))((((.....)))).(((...((((((((.......)))).......)))).....)))..)).)).))).)))))).))))))).........)))).)....))))))))...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((((((((((((((((((((((((((........)))..((((((........(((((((.....................)))))))((((((....(((....)))(((((((....))))))).(((((((((.........))))))))).......(((((....(((......)))...)))))......)))))).......(((((((...................))))))).....((((..((((((((((((((.......(((..........)))...(((..(((......)))..))).....)))))))))))))))))).......((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))))))))....)).))))))).)).........................)))))........(((((...)))))..........))))....)))))))))))...((((((((..(((((.....)))))..))))((((.....))))....(((((((...(((((((((.((((..((((.............)))).(((.((((((..((((((.(.((((((((((.((((((((....))))...(((((((..((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))))(((.....)))......)))))))..((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((((...(((((((.....))))).))...))))...............((((.((((((((((((.(((...(((((((((((....)))))))))))....(((......))).(((((((.........((((..(((...(((........)))))).))))..(((.......))).(((((.(((((.......))))).)))))......(((......)))..(((((((((...((((((.((((..((((..(((...............)))(((((((((((((((((....))))))))((((((((....((((((.(((((.((..(((((((((((.....(((((((((...............((((..{{{.))))}}}....(((((((.....)))))))........((((......((((((((...........)))))))).........(((.(.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........))))).......................(((............))).[[[[[[...[[[[[[[[..[[[...[[[[[[[[[[...(((((((.((.....)))))))))........((((((((..((((.((((((....))))))....(((......)))))))..))).....)))))..........[[[[.[[[....[[[[[[................)))).((((.....)))).................(((.((((((........................)))))).))).]]]]]]......]]]]]]].....]]]]]]]]]]..]]]...]]]]]]]]......]]]]]](((((((.((((((((..........(((((((.....(((....))).......)))))))...((((..(((....))).)))).......(((((((........................))))))))))))))).(((((((....).))))))..((((..........))))((((((.....)))))).(((.......)))...)).)))))......)))))))))....)))))))..........(((((((....))))))))))))))))))..))))))...)))).)..)))....)))))))))......((((((((((.(((((...((.((......((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......))))...))))).))))))))))...(((.((((((.....))))))))).).))).))))))))))..))))))))))))))))((((((...........))))))......(((((((((..(((((((.....)))))))..................)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((((.......)))))))))))))..)))))....)))))))))))...))))))))..)))).)))..(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).....((((((((((((...).))))))).)))))))).))))))..........(((.((.(((((((..((.(((...)).)))..))))))))).))).....))).))))))))....))))).((((.....))))...........((((((((......).)))))))...(((((((((((....))))))..)))))))))))...)))))...))).))))))))..)))).)))))).....)))))..))))))..)))))).)))((((<<<<<)))).......((((((((.......)))).......))))....>>>>>.)).)).))).)))))).))))))).........))))......))))))))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((..(((.(....).)))..((((((..((....(((((((..((.((.......)).))..)))))))...))....(((((((....(((((((....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((.(.(((......))).).))))).((................(((((((......((.....))....)))))))..((((((...((((((((((((((.(((...(((.((....)).)))........(((.......)))...)))...))))))))))))))...........((((((((.........))))))))....))))))...)).))))))))))))).......))))))).))...............((....))..)))))........((((.....))))..........))))....)))))))))))((.(((((..(..(((((.....)))))..)..).........((((....(((((((...(((((((((.((((..((((..((.....))..)))).(((.((((((..((((((.((((.(((((((.((((((((....))))...(((((((..((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....)))))))))..).))..))))))))..(((........))).)))))))..((((.((((.(((((((((((((......((((((((.((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((((...(((((((.....))))).))...))))...............((((.((((((((((((.(((((.((((((((..(....)..))))))))....(((......))).(((((((......((((((....((((......))))....((.((..((..(((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))..((..(((......)))..)).)))..)))..))..))))...........)))))).(((((((.((((.(((((((((.(((((((....))))))).(((.((((....((((((.(((((.....(((.(((((((.....(((((((((.......(((((....((((((........((((..(((((((.....)))))))((((....((((...)))).((((((..((.....)))))))))))).))))..(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..(((((........))))).(((((.(((....(.....)...))).))))).....))))))..(.(((((..((.(((.(((.((((((((((((..((((((((.((.....(((((((((...(((...(..(((.......((((((....))))))...(((((((.((.((.(((..(((((..(((....(((.(((.(((((.(((.(((((((((...........((((((.(..((((.....))))..).)))))).......(((.((((((..((...((......))...))..)))))).))).))))))..))).)))))))).))))))))))))))))))).)).)))))))......)))..)...)))..(((((.....))))).)))))))))....(((....)))...)).))))))))...)))))).((.((((....((((...((((((((((.((....))..))))))..)))).)))).........((.((((((.......))))))))..)))).))...))))))((((((.....))))))...)))...)))))...))))).).))))).)))))))))....)))))))..........((((((......)))))).)))..)))))..))))))...))))....)))....)))))))))(((((.((((((..((.(((((.(.((.((.((...(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....)))))).).))))).))..))))))...(((.((((((.....)))))))))....))))).)))).)))))))......))))))).(((((...........))))).((((..(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..))))))))........)))))..(((..((((((((((.......)))))))))).))).)))))....)))))))))))...))))))))..)))).)))..((((..(((((((....((((.....)))))))))))..)))).....(((((((((((......)))))).))))))))).)))))))).........((((...((...(((....(((((((....))).))))...)))..))))))..))))))))......(.(((((.((..(((...((.(....).))..)))..))....))))).)....(((((((((((....))))))..))))).)))))...))))...)))).))))))))..)))).))))))).....))))..))))))..)))))).)))....(((((((((((((..((..(((((.......)))))))..))))..))))))))).)).)).))).)))))).))))))).))))....)))).))...))))))))...........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((..(((.(....).)))..((((((........(((((((.....................)))))))....................(((((((....))))))).(((((((((.........)))))))))..............(.(((......))).).........................(((((((......((.....))....)))))))...........((((((((((((((.......(((.((....)).)))...(((..(((......)))..))).....))))))))))))))...........((((((((.........)))))))).......................)))))).......))))))).))...............((....))..)))))........(((((...)))))..........))))....)))))))))))((.(((((..(..(((((.....)))))..)..).........(((.....(((((((.....(((((((.......((((..((.....))..)))).(((.((((((..((((((.((((.(((((((.((((((((....))))...(((((((..((((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))..)))))))).................)))))))..((((.((((.(((((((((((((......((((((((.((.((((((((((.(((((((.(((.(((((((((...((.((((.....))))..))...))))...............((((.((((((((((((.(((((.(((((((((........)))))))))....(((......))).(((((((......((((((.................(....)...(..((..(((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))..((..(((......)))..)).)))..)))..))..)..............)))))).(((((((.((((.(((((((((.(((((((....))))))).(((.((((....((((((.(((((.....(((.(((((((.....((((((((.....................................(((((((.....)))))))...................(((((((..((.....)))))))))..........(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..............................................................((((((....(((((((..(((...((((((((.(((.((((((..(......)..))))))....)))......(((..(((..((((((....)))))).....((......))..)))..))).................................................(((((.....((((.....)))).....)))))........((.((((((..((................))..)))))).))............................))))))))..)))...))))))).......))))))((((((..((((((((......(((.((((((((....(((....)))......))))))))...((((..(((....))).))))...))).(((((((.((....))...............))))))))))))))).((((((.......)))))).....)))))).........((((((.....))))))................................))))))))....)))))))..........((((((......)))))).)))..)))))..))))))...))))....)))....)))))))))(((((.((((((..((.(((((.(.((.((......((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......)))).).))))).))..))))))...(((.((((((.....)))))))))....))))).)))).)))))))......))))))).(((((...........))))).......(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..))))............)))))..(((..((((((((((.......)))))))))).))).)))))....)))))))))))...))))))))..)))).)))..((((..(((((((....(((((...))))))))))))..)))).....(((((((((((......)))))).))))))))).)))))))).........((((...((...(((....(((((((....))).))))...)))..))))))..))))))))...........................(....)...........................(((((((((((....))))))..))))).)))))...)))))...))).))))))))..)))).))))))).....))))..))))))..)))))).)))((((.....))))..........(((((.......))))).........)))))))....(((((....)))))...)))))))..)))....)))).))...))))))))...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((..(((........)))..((((((.......((((.((((...(((((((.....))))..)))..(((((((...((((....))))((((((....))))))..(((((((((.........))))))))).......(((((....(((......)))...)))))......)))))))......(((((((......((.....))....)))))))..)))).....(((((((((((..(..((...(((.((....)).)))...(((..(((......)))..))).))..)..)))))))))))......)))).((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))))))))).......))))))).))...............((....))..)))))........((((.....))))..........))))....)))))))))))((.((((((..(..(((((((((((((((..((((((((((((....(((((.(((((...(((((..(((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))..))))).......(((((((..((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....)))))))))..).))..))))))))..(((........))).)))))))....)))))......((((..(((((....)))))...)))).((((((((((.(((((((.(((.(((((((((...((((....)))).......((......))......))))...((((.((((((((((((.(((((.(((((((((........)))))))))....(((......))).(((((((......((((((....((((......))))....((.((..((..(((...(((......((((.(((((.......))))).))))...((..(((......)))..)).)))..)))..))..))))...........)))))).(((((((..(((.(((((((((((((((((....))))))))(((.((((....((((((.(((((.....(((.(((((((.....(((((((((...(((..(((((.........((((((........(((((((.....)))))))((((....((((.(((((((((((((..((.....)))))))))).....(((.(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))..(((((((((((((...((((.(((............))).((((((((.....)).))))))....((((((((((((((((((..((....))..))))))...))))).........((((..((((((....))))))......))))......)))))))........))))...))....))))))))))).))).)))))..(((......))))))).((((.....))))..)))).........)))).))..((((((...(((....((((...(((.((((....)))).)))(((((..(..((...((((.....))))...))..)..))))).......)))).)))(((((..((((((((......(((.((((((((....(((....)))......))))))))...((((..(((....))).))))...)))..((((((.((....)).....((......)))))))).)))))))).((((((.......)))))).....)))))....))))))((((((.....)))))).)))))....(.(((....))).)....))))))))))))....)))))))..........((((((......)))))).)))..)))))..))))))...))))....)))....)))))))))(((((.((((((..((.(((((...((.((.((...(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....))))))...))))).))..))))))...(((.((((((.....)))))))))....))))).)))..)))))))......))))))).(((((...........))))).((((..(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..))))))))........)))))..(((..((((((..((.......))..)))))).))).)))))....)))))))))))...))))))))..)))).)))..((((..(((((((....((((.....)))))))))))..)))).....(((((((((((......)))))).))))))))).)))))))))))..))))))))))))....(((....(((((((....))).))))...)))....)))))..(((.((((((((((...(((.((((.((((........)))).)))).....(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).)))......))))))))..(((((.....)))))....)).)))((((.......))))...))))))))))..((....(((((....)))))...)).........)..)))))).))...))))))))...........