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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00474



RNA: CRW_00474
Rfam family: -

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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....))))))))))..((((....))))....................................((((((.((((.........))))....)))))).........((((....)))).....(((.(((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))).)))............(((((((((..........))))).)))).......(((((..(((..........))).)))))...................................................((((((...((((((((((.(((.........((((((....))))))........(((.......)))...........)))))))))))))........((((((((.........)))))))).......((((.((((((...((((.....((((((((...............((((....((....))....)))).......((((.....)))).................................(((......(((((.((.....)))))))..(((((((((((((((.....(((((.......(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))))))....((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((((....)))))))))).)).))))))))))))(((.....)))......))))))........((((((((((....(((((....)))))..((((((((..(((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))).))).)))))))).....((((((((((......))))))))))...((((......)))).............................................((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))))).............((((((....(((((((((...........((((((((....))))))))............(((((...bbbbbbb..(((((.(((....))))))))........)))))............................(((((((.....)))))))..................((((((((..((.....)))))))))).........(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))...(((((((.((...((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).........)))))))))......................BBBBBBB.....((((.....))))...........(((..((((((((..................((((.....((((....))))))))((((((((((((....))))))))))))........................((.........))...((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((.(((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........)))..((((.......))))...........)))))....................)))))))).))).................((((......))))((.....{{{{{{{..........))............................((((((((((((((......((((...(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..........)))))))))))))))))))))))))}}}}}}}((((((.....)))))).......)))))))))................(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((..(((((((.....)))))))(((...aaa))).AAA..)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...............cc.)))))).)))).))))))CC..........)))))))))))))))..........(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....................(((((((((((......))))))).)))).<<<<)))..>>>>....................(((....(((((((....))).))))...)))..................[[............((((((((..((........)).))))))))((((.....(((...(((((((((((....))))))..)))))...)))...))))...(((....(((((...........)))))....)))........))))))))]].)))).....)))))).)))).(((((((.........)))))))..(((((....)))))............................)))))).............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...))))))))))).((((((((......(((((((......((((((....((((((....((((.(((...((((((((.((((((....(......(((((...((((....)))).....(((.(((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))).))).........((.(((((((((..........))))).)))).))....(((((..(((..........))).))))).)))))...............((.(((((....)))))))....((((((...((((((............(......)....((((((....)))))).........((.......))....(((......((......)).......)))((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).......(((((.((((............)))).)))))(((..((...(((((.....((((((......))).)))......)))))....))..)))..((((((..((((..(((((.((.....)))))))..))))......))))))...((((((.......(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((((....)))))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))......)))))).))))))....((((....))))...(((((((...(((((((((.....(((...(((.((((...((.((((.....))))..))...)))).)))..)))......)))))).)))..))))))).....(((((((((........)))))))))...((((......))))....(((......))).(((((((....)))...))))............)...........(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))......)))))).)))))))).............(((....))).....))).))))....((((((((....)))))))).))))))..)))))).....)))))))..(((((.(((....)))))))).))))))))....((.((....)).)).((((.((((((..(((((((.....))))))).(((((............(((((((((.........)))))))))....)))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))...(((((((.((...((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).........))))))))).((((.((((((((....((((((((((((..(((((((((.....(((..((((.(((....((((((((.....((.(((((...))).)).))..((((....)))).((.((((((((((((....)))))))))))).))..((((.((((((.((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((.(.(((.((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))..))))((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..........)))))..)).)).)))).)))))).)))))))).)))))))...))).........((((((.(((((((((....((......))....)))))))))...)))))).....)))))).))).)))))))))))).(((((.......(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..........))))))).(((((.(((((..(((((...((.((((((.....)))))))))))))...)))).).)))))......((((.((..(((((((...........)))))))..)).(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((.(((....((((((.(((........))))))))).((..(((............)))..))......)))..))))))))).(((((.(((((((.((.(((....))).))))))))).)))))..)))))..(((((((......))))))).)))))))))))).(((........)))...........(((....(((((((....))).))))...)))..((((((((((....(((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))...(((....(((((..((....)).)))))....))).))))......)))))))).)......))))))))))...(((((((((....))).))))))..(((((....))))).(((((...(((.(((...))))))...))))).))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...))))))))))).((((((((......(((((((.(((..((((((....((((((....((((.(((...((((((((.((((((...........(((((...((((....)))).(((.(((.(((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))).)))......)))...(((((((((..........))))).)))).......(((((..(((...{{{{{{.))).))))).)))))...............((.(((((....)))))))....((((((...((((((.....((((((((......)))).((((((....))))))(((......)))............[[[.[[[......)))).....]]].]]]((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))...bbbb(((((.((((............)))).)))))(((.......(((((.....((((((......))).)))......)))))........)))..(((((((.((((..(((((.((.....)))))))..))))).....))))))...((((((.......(((((((((((((..(((((.(((....))).))))).............((((<<<<.))))>>>>.)))))))))))))))))))...((((((((((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...((((.((((((....)))))))))).)).))))))))))).(((.....))).)))..))))))......)))))).))))))...(((((BBBB)))))..((((((((..(((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))).))).)))))))).....(((((((((((....)))))))))))...((((......))))....(((......))).(((((((....)))...))))...}}}}}}...............(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))......)))))).))))))))......(((....(((....))).))).))).))))....((((((((....)))))))).))))))..)))))))))..)))))))..(((((.(((....)))))))).))))))))...................((((.((((((..(((((((.....))))))).(((((............(((((((((.........)))))))))....)))))(((.(.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........)))))...(((((((.(((..((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).......).))))))))).((((.((((((((....((((((((((((..(((((((((.....(((..((((.(((....((((((((........(((((...))).)).....((((....))))....((((((((((((....)))))))))))).....((((.((((((.((((..(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((.(.(((.((((((..((((.......(((((....))))).......))))))))))..))))(((((((....).))))))..((((.((.....))))))((((((.....))))))..........)))))..)).)).)))).)))))).)))))))).)))))))aaa))).........((((((..((((((((..................))))))))....)))))).....)))))).))).)))))))))))).(((((.......(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..........)))))))..((((.(((((.((((((...((.((((((.....))))))))))))).).)))).).)))).AAA...((((.....(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((((((....((((((.(((........))))))))).....(((............)))..........))).)))))))))).(((((.(((((((.((.(((....))).))))))))).)))))..)))))..((((((((...).))))))).))))))))))))((((........)))).........((((.((.(((((((....))).)))))).))).)((((((((((....(((((((((..((((.((((((((...............))))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))).)......))))))))))...(((((((((....))).))))))..(((((....))))).(((((...(((.(((...))))))...))))).))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....)))))))))).((((((((......(((((((..((..((((((....((((((....((((.(((...((((((((.((((((.((((.((......((...((((....)))).....(((.(((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))).)))........))..(((((((((..........))))).)))).((..((((.((((.((...((((((....((((.((((...((((.(((.((....(((((...(((.(((...(((....(((...(((((((.((((((((((.(((...(((...((((((....))))))........(((.......)))...))).....))))))))))))).))).((.((((((((.........))))))))..)).(((((((....))))))).))))..(((....)))....)))....))).))).))))).))).....)))))......((((.....)))).......(((((((((...(((..((((((......((((..(((((.((.....)))))))..)))).....((((((.....(..(((((...((((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((((....))))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....)))))..)...))))))......))))))....(((((((...(((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......))))).))))..))))))).......))))))))))))..))))...((((..((((......))))..))))..)))))))).(((((((....)))...))))...))))))..)).))))..........(((((.(((((.......))))).))))).......))))....))..)).)))).....)))))).)))))))).....((((....(((....))).))))))).))))....((((((((....)))))))).))))))..))))))..)).)))))))..(((((.(((....)))))))).))))))))....((.((....)).)).((((.((((((..(((((((.....))))))).(((((.....((((((.(((((((((.........)))))))))...((.(..(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..).))...(((((((((.((((.((((((.((...((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).........)))))))).(((..(((((((......((((((((((((..(((((((((.....(((..((((.(((....((((((((.....((.((((.....)).)).))..((((....)))).((.((((((((((((....)))))))))))).))..((((..((((.(((.(((((((.............((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).)).....))))...)))).)))))))).)))))))...))).........((((((.(((((((((..(.((......)).)..))))))..))).)))))).....)))))).))).))))))))))))((((((((((...((((((((((((....((((((((....)))))))).)))))..........))))))))))))..)))))..(((((...((.((((((.....)))))))))))))..)))))))..)))((((((((....(((((((((((...........)))))).((((.(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))...)))).)))))...))))))))...(((....))))))).......((.(((((((((((.((((...(((...(((................(((((((((((...................(((((.(((((((.((.(((....))).))))))))).))))).((.((((((((.(((((..(((((((....(((((..((...((((.......((((((...((...(((..(.(((((((....))).)))))..)))..)))))))).))))..)).)))))....)))))))..)).))).(....)..))))))))))..)))))))))))..(((((((((((....))))))..)))))..)))......(((.(((.....))))))..))).)))).))))))...))))).))..))))))))))))))).((((((((((.....))))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))..)))))...))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((...)))))))))..............................(..((((...((((((.((..(((.(((((.........................(((.(((...((((....))))((...(((.(((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))).))).............((((((((..........))))).))).........(((....)))...................))...))).)))........)))))..))).)).)).))))..))))..).........(((((((((.((((...((....((((((....))))))........(((.......)))....)).....))))))))))))).......................................(((((......))))).........................(((((.((((..................................................................................(((((.((.....)))))))..(((((((((((((((....((((((.......(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((((....)))))))))).)).))..)))))))((.(....).))......)))))).....(((((..(.((((....(((((((((.((....(((((((...(((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))).)))..))))))).(((.(((((((((........)))))))))...((((......))))..............))).........)).)))))))))...((.((..(((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........)))))))..)))).........(((((((((..(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).(((.((((.(..((((((..(((((((..(((((.(((....))))))))...(((.((((..............................(((((((.....)))))))..................(((((((((.........))))))))).........(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..(((((........)))))...(((((((.((...((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).........)))))))))............)))).)))..))))))).(((..((((.((....(((..(((..(((....((((((((.....((.(((((...))).)).))..((((....)))).((.((((((((((((....)))))))))))).))...((....(((.(((.(((((((.............((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).)).....))).....))..)))))))).))).)))...))).....((((((......)))))).)))))).)))..))))))...).))))..)))....)))))))))).....((((((..((((((......((((...(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..........)))))))))))))))))..)))))).....(.((((((.....)))))))......)))))))))((((....((((....(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).)))).....))))..)))))))))))))..)..)))..)).......))))))))))))))).........................(((((.(((((((.((.(((....))).))))))))).))))).......(((((((((......))))))).))...........................................(((((((....))).)))).......................................(..((((.....(....)....))))..)..........))))..(((((((((((....))))))..)))))...)))))...............((((.............))))....................................((((.......)))).....................(((((....)))))...............................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.....)))))))))).((((((((......(((((((..((..((((((....((((((....((((.(((...((((((((.((((((...(((((.(((.(((...((((....))))(((..(((..((((((((.((((((((((((....))))))))))))))))))))..))).......((((((((((((((..........))))).))))........(((....)))...........)))))..)))...))).)))..(((..(((.....)))..))).........)))))..((((((((((((...................((((((....))))))(((......)))....(((((((.(((......((......)).......)))..)))))))((((...((((((..((....(((((((....)))))))((((((....(..((((.............((((....((....))....)))).....((((((.....(((((((..............(((..(((((((((.....((((..(((((.((.....)))))))..)))).....((((((.....(..(((((...((((((((((((((..(((((..((....))..)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((((....))))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....)))))..)...)))))).........)))).))))).)))..)))))))..))))))..))))..).)))))).(((((((((((.((....))...(((..(((...((((......)))).....(((((((..(((.(((((((((........)))))))))...((((......))))..............))).)).)))))........)))...)))..)))))))))))....))..))))))..(((((.......))))).............))))...))).)))))))))....)))))).)))))))).............(((....))).....))).))))....((((((((....)))))))).))))))..))))))..)).)))))))..(((((.(((....)))))))).))))))))....((.((....)).)).((((.((((((..(((((((.....))))))).(((((.....((((((.(((((((((.........)))))))))...(((((.(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))...(((((((.((...((((((....((((((((((((..........))))))))))))...)))))).........)))))))))..................))))).(((((((...((((.....))))....((((.(((....((((((((.....((.((((.....)).)).))..((((....)))).(..((((((((((((....))))))))))))..)..((((..((((.(((.(((((((.............((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((..((..((((...((((((.....))))))......))))..))..)).....))))...)))).)))))))).)))))))............(((((..((((((....(((..(((((((..((....(((((((..(((....(((((.((..((((((((((((..((((((......((((...((((((((((((....((((((((....)))))))).)))))..........)))))))))))))))))..))))))....((.((((((.....))))))))....))))))..))..))))).((((....(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).))))..)))...))).))))(((((((.....(((...(((...........((((.(((((((((((.....((((..((((....(((((.(((((((.((.((......)).))))))))).)))))..(((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))..((....)).))))))))...(((....))).(((((.((((..(((..((((....((((......(((((...))))))))).))))...)))..))))))))).))))))))))).))))..((((((....)))))).)))..))).....))))))).))...))))))).))).))))))..)))))....)))))))............)))))).((((((((((.....))))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))..)))))...))))))))))...