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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00476



RNA: CRW_00476
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.dd.dddd)))...D.(((((((..(((DDD.DD.))).....)))))))...))))...(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).))....(((.(((.....((....))......))))).).........((...))..((((((.....((.....))....)))))..((((....((.((((((((....(((....)))..)))))))).))......((((((((...(((((((....)))))))...........(((((((((((((.(((...(((((......)))))(((...).{{{.....))}}}...)))...)))))))))).)))....)))).)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..hhhh)))))..))))..)..)).))))))).))..............((....))....)).........((((....))))............).....)))))))))).....(.(((((((((((((....)))))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....)).(((((.....))))).....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((.(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((....))))).))...)))).)))..)).)....))))))))))..)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....bbbbbbb...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))...)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....BBBBBBB)))...)))))))((((((((....))))))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))...((ffff.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..((((((...((((..(((...(((((((((((..........))))))((..((((...(((.....(((((((.((.....)))))))))..)))...))))...)).(((((((((....)))))))))..)))))...)))...)))).........))))))..))...)))))))))))FFFF..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((....))))))(...).......(((((((((..((<....(....>))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(.(...((.(((((((..((....))..))))))).))..)))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((.....((((.(((((((..((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ggggg..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).GGGGG))))))))))))))))))...((((((....)))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ee....eeeeee((.((((((.......))))))...))ee)(.(((EE....EEEEEE....(((((((([...(..])))))))).(((....))).EE))).).....(((((((.((..HHHH..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...iiiiiiii..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...IIIIIIII...(.(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((.((((((.((((((.((((((.....(((((((....................)))))))..(((((..((((....))))..((((.....))))....((((((((....))))))))((((((((((..(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.(((((.(((((((.((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..)))))))))))))))).))))))))....((((...((((((((.......(((((((((((((.((....((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..))))))))...((....))...)).))).))).))))))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))).....(((((.((...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..((((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).......))))........)))).....)).)))))(((((....(((((....)))))..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).....((((((((((......))))))))))..).)))).)))))))...((((.((((..(((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))..))))))))((((((((....)))))))).)))))).)))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).....(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((.((.......(((((((....)))))))....((((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...(((.(((.((((((((((((....))))...((...((.((((..(((.......))).))))))......(((((...............)))))((((((....)))))).......((((((((.....)))))))).)).........((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..))).)))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))..((((.....)))).(((((((((.((..(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..))))))).)).)))))).)))..)))).........)))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((((((..((((((....)))))).)))).))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).))))....)).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....)))))......(((((((((((......)))))).))))).))).)).)))))........)))))))).))).(((..((((..(((....)))..))))..)))....))))))..((.((((((.(((.((.((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))..........)).)).)))..)))))))).....))))))(((.....)))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))).).)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((.....((((.((((((((((....))))).....(((((((..(((.......))).....)))))))..........(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).......((((((......((....))......))))).)..((((.......((....(((((.....((.....))....)))))....))....))))....(((((..(((....)))..((((((((.......(((((((......(((((........)))))...........................(((....)))..........(((......)))....)))))))....)))))))..)..............((((.......))))..))))).....))))).))))..(((..(((((....)))))..)))...........))))).))..............((....))....)).........((((....))))............).....)))))))))).............(((((((....)))))))....(((((((((...........((((((...((((((((((((((..(((...(((((....)))))...)))...((....))..(((.......)))......))))))))))))))..(((((((........(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))....(((.((((........)))).)))....)))))))))))......((((((.(((......(((((........)))))((.....))......))).))))))......(((((((((.(...(((.....((((((.(.((((((......)))).)).).))))))....)))....).)))))))))...............((((((((((......))))))))))................(((((.........)))))....((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((.(((((.......)))))..))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))......)))))))((((((((....))))))))............(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))........))))))..............((((((.......))))))......(((((...)))))((((((.............)))))).....(((((((...(((...(((....)))...)))...(((..(((((........)))))..)))(((((((((....((((....((((..((((..((((.((((((..........))))))....(((((...((.....(((((((..........)))))))..))...))))).....(..(((((((....)))))))..)..))))..))))...))))..........)))).......))))))))))))))))..((((..(((......)))..))))............)))))))))..(((..(((((((........(.(((......(((((....(....).....))))).(((((....)))))..))).)......(((((((...((((...........))))((((((((...(((....)))...)..)))))))..(((((...(..((((...........((((((.(....((((....))))..........(((........)))((((((.......))))))............).))))))(((((.......)))))..)))))...))))).....))))))).........))))))).)))..............(((((........)))))..((((((((.(((.((.....((((.((((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))))))))))))))...((((((....)))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........)))))).......(((((((..(((((((.......)))))))....((......))....)))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).......(((...((((((((...........)))))))).)..)).....))))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((.((((....))))...................(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))..((((....(((((...........)))))....))))))))......)))))))).....(((.(((((.......))))).............((.....(((((....)))))....))...............)))....))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((....((((.(((()))).))))........((((((....)))))).....((((((....................))))))((((((........)))))).((((((((...)))))))).(((((((((())))))))))........(((((....................)))))...............((..((((((((....((.....))...))))))))..))....((.((((((((.(..(((....)))).)))))))).))(((((((((((......(((((........)))))...............................................(((......)))....))))))))))).............((....................((((((((.........))))))))..((((((((((....))))))..))))................................((..........)).....))..((((....)))).................)))))))))))....(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))..............(((((((.(((((((((((((((.(((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....).)))))))))))))).).)((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(.....(((((((....))))))))..).)))))))))))).......))))........))(((((........)))))((......(........)(.(((((((((..(((((((((.(.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..).)))))))))...))))))).))).((((((((((......))))))))))....(((......)))(((((.........)))))....((((((((.(((.......(..((((((((((.....(.(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).))))).).)))))))))).)((.........))..))).)))))))).(((((())))))((((((((....))))))))....))...((.(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))))......))))))..............((((((.......))))))..((...((((...)))).((((((..(((.....)))))))))......))((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))(((((.....(((.(......).)))....)))))........((((((..........))))))......(((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))(((((((...((((((((())))))))).....((.(((.(((.(((((((((...(((((((........)))))))............(((..(((......)))..)))((((....))))....((()))..(((..((((((((.(((..............(((((...............)))))((((((....)))))).......((((((((.....))))))))............(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..((((.....))))................))).)))))))).)))..(((((...(((((((((((....)))))).)))))..((((..(((((....))))).)))))))))((((.((((((((((((((((((((((((((.(.........(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..))........)))))).))))))))))))))))(..((((((....)))))).).))))))))))..))))..........(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...)))))))))....((((....))))))))))))))(.((((..((((....))))..)))).)((....)).((((.....))))((((((((.(........)))))))))...........................(((.....)))(((((((...((.......))...))))))).))))))))).)))))).)))))))))(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))...................(((.((.(((((((....))).)))))).)))..((..............)).....(((.(.((((((......(((.(((((..((.......))..))))).))..)(((((((((((....)))))))...)))))))))).).)))..((((((((.(((((...........)))))((....)).............))))))))..(((.(((((.......)))))....((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..))))).)))....)))....))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....................(((((.....[[[[.)))))..]]]].((((((....))))))...((((..[[[[.)))).............]]]]..((((((........)))))).((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..((((......((((((.............(((((..((((((...((((.....)))).((((((.........(((((..((((((.(((((...................(((((((((((.(((((.(((((...((((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((...(((....)))(((..(((..(((......))))))..)))..........)))))))))))))))).))))).))))).((((...(((((((.........((((((.((((..(((((....)))))..)))).............((((...........................(((........((((....))))(((........)))...))))))).....))))))((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))).....(((((......((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))(((..........((((.....))))..))).))))))))))))))........((((((..((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))))(((.....)))......))))))........))))).)))))))))).........(((..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((.....((((......))))......))))))))..)))......)))))))))...)))))))..)))((((((((((......)))))))))).............(((..((((....(((((((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))......))))))).(((((((....)))))))))))..)))))))))))))).(((......((((((((....))))))))...))).(((....)))...(((........))).........)))))...)))))).))))).......)))))))))))))))))........))))))......)))).((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........))))).(((((((........(((...[[[[.)))...]]]]......(((((((((...))).))))))....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))..((((..(((((((....)))))))........[[[[))))...]]]].(((.[[[[[[))).......]]]]]]..((((((((.......(((..[[[.)))..]]]((((....))))........(((......[[[.)))...]]]....(((......[[[[[)))............]]]]]((((((....)))))).(((...((((((((.....)))))))).........[[[[[[...)))..]]]]]].......(((.[[[[.)))....]]]].....((((((...((((((....((((((......[[[[))))))...)))))))))))).........]]]]......))))))))((((..[[[.....))))((((((.....)))))).]]].(((((.........)))))..(((.[[[[[[[.)))(((((.(((((((...((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))))))))))..)))))....]]]]]]]...............((((((.[[[[...((((((...((((((((....)))))))))))))).))))))...]]]]((((...........(((((((..((((((....)))))).)))).))).[[[))))......]]]...(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...)))))))))....((((....))))))))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((......[[[..))))))))...................]]]...........(((.((((((((.............[[[[))))))))..)))........]]]](((..[[[[(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))....))).....]]]]((((((.(((((..(((....)))..))))).)))......[[[..)))..]]].....))))))).(((.[[[[[)))....]]]]]..(((.....[[[[[)))((((....((((((((((....))))))...))))....)))).]]]]]..((((....(((((.....[[[[[.)))))....)))).....]]]]]...((((......[[[[(((((.......)))))..)))).(((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).......]]]]....))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....)))))).((.(((((((....................))))))).)).(((((((.(((.((((((((((((...))))))((.((((((((....))))))))))..((((.(((((...((...((((((...(((((..((((((.(((.((.....)))))((((((......((.(((((..((((((.(((((..((.((((((((....(((....)))..)))))))).))..((((((....(((..(((((........)))))..)))..)))))).((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..))))))))))...........((((((.(((.((((((((.........))))))))...))).)))).))((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..)))))))).......(((...((((((..(((((..(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))...(((((.((((..(((((..(((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((((...)))))......)))))))))))).)))(((((((((.((((.(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((..............))))(((((........)))))((.....)).........((..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...)))))))..)).((((((((((......))))))))))....(((......))).((((.........))))........(((((..........((..(((((......)))))..)).(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).))))).))))))..)))))))((((((((....)))))))).)))))....)))).))))).((((..........))))....(((((((....))))))).)))))..))).)))...)))..........)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))....((..(((((........))))).)).(((((.((.(((......))).)))))))((((.(((.(((((((((.((.(((((((.(((...(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))...)))..(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((.(((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).))).....)))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).)))))......))))))).)))).))).))))..))).))))....((((((((.....)))))))).((.........))((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.((((((...((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))).((((((.......))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((..((..(((..(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.(((((((((.((((((((((((((((.(((((...((((.....((((((...((((((((....))))))))))))))...))))...)).)))...))))))))))))))))...((((((....))))))....)))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).(((((((.(........))))))))...............((....)).(((((((.....))))))).)))).(((((.(((((((.((............))))))))).)))))..(((..(((((((((......)))))).)))((((.(((.............))).))))))).)))))))))...))))..)))))))))...))))..))))))..))..))))))........))))))))))).))))...)))).)))).))))))))...))))).))))..((.(((((((....))))))).)))))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..............((((.....((..((..................((((((....))))))....(((((((....................)))))))..........(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....))))))))............((((((.............(((((.........................((((((......((.((((...((((((.((((..................(((bbbb)))..................((((((......(((((........)))))...............aaaaaaa..........................((......)).....))))))..........AAAAAAA........................(((((((ccc......)))))))...((((((((((....))))))..))))................................((....))...............((((....)))).((........))......................((((..(((((((....)))))))..))))CCC.........................(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((.......)))......))))))))))))).......((((......((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))).......))))..........................((((....................(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).....((((((((((......))))))))))...................((((.(((...(((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))...)))))))((((((((....))))))))....))))......BBBB...........((((((((....))))))))..........................................ee))))...))))))EE)))))).....))))))...<<<)))))........))))))>>>........((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))...........................................................(((.............................)))......................((((((((....(((((((....))))))).............((.(((((((((...(((((((........))))))).................................(((((....)))))........((((....((((((((..................(((((...............)))))((((((....))))))........(((({{{{{{{....)))).............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..(((((........))))).......))))).....}}}}}}}........)))))))).)))).........(((((((((((....))))))).))))..((((..(((((....))))).)))).....(((..((((((((((((((((((((((((((...((.((.....(((((((((((...((((((((....))))))))))))))..))))).....))))...))))))))))))))))...((((((....))))))...))))))))))...)))...............(((((((...........))))))).....((((((((((((((((((.....))))))))................))))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..............((((((.............))))))......................................((((((((...((.......))...))))))))))))))))).))........))))))))(((((((((......))))))).))....................................((ddd((..(((((....))).)).))ddd))...................................................DDD...........DDD..........(((((((((((....)))))))...))))................(((....(((((...........)))))....)))...........................))[[)).....))))]]........(((((.(((....(((((....)))))...)))..)))))...............))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....))))))....(((((((....................)))))))....(((((((.(((.((((((((((((...))))))((.((((((((....))))))))))..((((.(((((...((...((((((...(((((..(((((....((((.....)))).((((((......((.(((((..((((((.(((((..((.(((((((.....(((....)))...)))))))...))...........(...(((((........)))))...)............((((((((.............(((.......(((......))).....)))..........)))))))).((((((((.....(((((.....((((((((.........))))))))..((((..(((((....)))))..))))...((((......(((....))).....))))......)))))...)))))))).((((....)))).((........))....((((((..(((((..(((((((..(((((((....)))))))..)))).))).....((...........))...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((((...)))))......))))))))))))))........((((.....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))..((.....)).........))))............((((((.............((((.(((((.((.......))..))))).))))..((((((((...((((((......)))).))...)))))))).(((((......................)))))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.((((..(((......((((((((..........((..(((((......)))))..)).(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).)))))))))))..)))))))).(((((((....))))))).....))))))....(((.....)))....((((((((....)))))))).............)))))..))).)))................)))))...)))))).))))))).....)))))).))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))........(((((........))))).((((.....((.((....))...))....))))....(((.(((((((((.((.(((((((.(.....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))........(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((.(((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).))).....)))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).)))))..)...))))))).)))).)))).)))..)))..........(((((((.....)))))))...............((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))).((((((.......))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((...(..((...(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......((((((((((......)))))).))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.(((((((((.((((((((((((((((............(((((.((((((...((((((((....))))))))))))))...))........)))...))))))))))))))))...((((((....))))))....)))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((.(((((((((...)))))))))....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).(((((((.(........))))))))...............((....)).(((((((.....))))))).)))).(((((.(((((((.....((........))))))))).))))).....(((((((((((......))))))).)))).((((.....))))......(((...)))..)))))))))...))))..)))))))))...))))..))).))..)...))))))........)))))))))))).)))...)))).)))).))))))))...))))).))))..((.(((((((....))))))).)))))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((....(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....))))))....(((((((....................)))))))....(((((((.(((.((((((.(((((...)))))(((.((((((((....))))))))))).((((.(((((........((((((...(((((..((((((.(.((((.....)))))((((((......((.(((((..((((((.(((((.....((((((((....(((....)))..))))))))....((((((.....(((..(((((........)))))..)))..........aaaaaaaaa.............(((..(((..(((......))))))..)))))))))....AAAAAAAAA((((((((.....(((((.....((((((((.........))))))))..((((..(((((....)))))..))))...((((......(((....))).....))))......)))))...)))))))).((((....))))(((........)))...((((((..(((((.((((((((..(((((((....)))))))..)))).))).)....................((((((((((((((((.((((..(((((....)))))..)))).............(((((...)))))....).)))))))))))))).)....((((<<<<..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((.[[[....)))))))).)).)))))))))))).......))))......>>>>...((((.......(((((((]]])))......((((.(((((((....{{{{.)).))))).))))..((((((((...((((((......)))).))...)))))))).(((((......((((}}}}))))....)))))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.((((..(((......((((((((..............(((((......))))).....(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).)))))))))))..))))))))((((((((....))))))))......))))..(((((.....)))))..((((((((....)))))))).....))))....)))))..))).)))................)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))........(((((........)))))(((((.....(((..........)))....))))).......(((((((((.((.((((((((((....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))........(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((((((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).)))....))))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).))))).)))..))))))).)))).))).))))..............((((((((.....))))))))..............((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.(((((...(((((((....((((((..........))))))...))))))))))))..))).(((((((....).))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((......(((..(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......(((((((((((....))))))).))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.((((((((((((((((((((((((((...............(((((((((...((((((((....))))))))))))))..)))..............))))))))))))))))...((((((....))))))...))))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((.(........))))))))).(((.....)))..........((((((((.....)))))))))))).(((((.(((((((.....((((...)).))))))))).))))).....((((((((((((...).))))))).))))(((((.....))))).....(((...)))..)))))))))...))))..)))))))))...))))..))))))......))))))........)))))))))))).)))...)))).)))).)))))).....))))).)))).....(((((((....)))))))...)))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).))).))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......(((..(....)..)))....((((((((((..((............((((......(((((..((((....))))((((((.....))))))..((((((((....))))))))(((((...(((.(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.(((((.(((((((...(((((((.(((((........))))).....((((((....(((((........)))))....(((..(((..(((......))))))..))).))))))))))))).....(((((((......(((((.(((.((((((((.........))))))))...))).)))))..((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..)))))))).....(((((.(((((((..........(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))............(((((.((...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..((((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).......))))........)))).....)).)))))........)))).))).))))).(((((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).))..((((((((((......)))))))))).))))))).)))))))...((((.((((..(((......((((((((.(((..........((((((((((.....(.(((((.(((((((((.......))))).)))).....((((........)))).))))).).)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))..)))))))).(((((((....)))))))..)))))).)))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).(((.(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((.((.......(((((((....)))))))....((((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...(((.(((.((((((((((((....))))....((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((....(....).....)))))((((((....)))))).))....((((((((.....))))))))............((((((((.(..(((......)))..).))))))))..))))))))..))).)))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))(((((((...(((((..........)))))(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..)))))))...........))))).))......)))))))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((((((..((((((....)))))).)))).))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..((((((((((((((((((.....)))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).))))....)).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....))))).)))..(((((((((((......)))))).)))))....))).)))))........)))))..(((((.(((..((((..(((....)))..))))..)))...(((((...(((..(((.(((...(((((.((((((((..((.(....).)).))))))).)...)))))...)))))).(((((((....)))))))..))).)))))....)))))....))))..(((((...........)))))...))))))))))))........)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............(((((.....((((((.((((((.....................................(((.((((.........((((......((((..................(((((((...)))))))..((((((((....))))))))............((((((((..((.......(((((..((((((....(((.....)))..((((((......((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.......(((((((...........(((((........)))))......(((((..........................(((.......(((......))).....))).))))).............((..((........(((((.....(((((((.........))))))).......((((((.(((..((((........................................(((((.....(((........((((....))))(((........)))...))).....))))).....((((..(((((((....)))))))..))))..((((((..(.............(.(((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).).)............(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).)..))))))...........)))).....)))..)))))).....((......((((..((..................))..))))..((((((((...((((((......)))).))...))))))))....))....................)))))....((((((((((......))))))))))..))..)).)))))))..(((.....((((((..((...((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))...))..)))))).(((((((....))))))).)))...).))))))))))).)).......((((((((....)))))))).))..)))..)))))............................)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..)).)).)))))).....))))..((((...(((...(((....)))...)))...))))......))))(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........((((((((((..(((((...(((((....(((((((.....))))..)))..)))))....)))))......((((((((.(........(((((((....))))))).....(((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...((..(((.((((((((................((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((....(....).....)))))((((((....)))))).))....(((..(((.....)))..)))............((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..)))..))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...)))))......((..((((((.....))))))..(((((....((((..........)))).(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..)))))))...........)))))..........)).)))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((......((((((....))))))......))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).)))......).))))))))...))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....)))).))).......((((..(((((((.................)))))))..)))).....(((((((((((......))))))).))))..(((.....))).....................(((..((((..(((....)))..))))..))).................((((((((........((((((......(....).....))))))....................(((((((....)))))))........................((....(((((...........)))))....))............)))))))).)))))).)))))).....)))))...........(((.(((....(((((....)))))...)))..))).................))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((.((((((.((((((.((((((.....(((((((....................)))))))..(((((..((((....))))((((((.....))))))..((((((((....))))))))((((((((((..(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(((((.(((((...((((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..)))))))))))))))).))))).))))).((((...((((((((.......(((((((.((((..(((((....)))))..))))..........(((((((...............((....))....(((........((((....))))(((........)))...))))))).))).))))))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))).....(((((.((...((((((..((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))..))))))..((((((((......((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..)))))))).......))))........)))).....)).))))).))))))))))........(((.(((((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).))..(((((((..(......)..)))))))......)))....(((..((((....((((((..((...((((((((.(((..........((((((((((.......(((((.(((((((((.......))))).)))).....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))...))..)))))).(((((((....)))))))))))..))))))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).(((.(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((......((..(((((((....)))))))...)).....(((((((..((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...((..(((.((((((((((((....))))....((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((...............)))))((((((....)))))).))....(((..(((.....)))..)))............((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..)))..))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))(((((((...(((((..........)))))(((((((..(..((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))..)..)))))))...........))))).))......)))))))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))....((..(((..((..((((((....))))))...)).)))..)).))))..)))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....))))).)))..(((((((((((......)))))).))))).))).))).))))........)))))))).))).(((..((((..(((....)))..))))..)))....))))))..((.((((((.(((.((.((((((((((...((((((((((..((.......))..)))))..)))))((.(((((((....))))))).))..))))))))..((((.....))))..)).)).)))..)))))))).....))))))(((.....)))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....))))))))..