|
|
|
GGUCAAAGUAAUAAGAGUCUAUGGUGAAUGCCUAGGAGCUUUAAGGCGAAGAAGGUCGUGGUAAGCUGCGAAAAGCUUGGGGGAGAAGCAAACAUUUAUUGAUCCCAAGAUUACCGAAUGGAGUAAUCCAGCUAGCAAGAUGCUAGCUAUCUAUUAUUUAAAUAAUAGAGGCGAUACCAGGGGGAAGUGAACCAUCUAAGUACCCUGAGGAAAAGAAAUCAAGGAGAUUCCCUUAGUAGUGGCGAGCGAAAAGGGAGUAGCCCAAACUUUAAAUGUGUCAAGCUGCAGAGCGUUGCAUUUAUGGGGUUGUAGGACGUUUAGGCUUAGUCUGUAAUAAGCAAAAAAGUUACAAAAUAUUUAUAUAGAAGAAUAAUCUGGAAAGUUUAACCAAAGAAGGUGAUAGUCCUGUAAUUUAAAUGUAAAUAUCUUUUUAAAAUGUUCCUGAGUAGGACGAGGCACGAGAAACCUUGUUUGAAGCUGGGGAGACCACUCUCCAAGGCUAAAUACUAGAAAGCUACCGAUAGAGAAGAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAACUGAAACCGUAGACUUACAAGCAGUCAAAGCCGUAAUUUAUUGCGGUGAUGGCGUGCCUUUUGCAUAAUGAACCUGCGAGUUAUCAUGUCUAGCAAGAUUAAAGCAUAGAAGUGCUGGAGUCGAAGCGAAAGCGAGUCUUAAAAGGGCGAUUUAGUUAGAUGUGGUAGACCCGAAGCCGAGUGAUCUAUUUAUGGCCAGGCUGAAGCUUGGGUAAAACCAAGUGGAGGGCCGAACUCUAGUCUGUUUAAAAAGGCAGGGAUGAGCUGUGAAUAGGAGUGAAAGGCUAAACAAACUCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGGAUUUAAGUUCAGCCUUAUUUUAGUUUAAUAGAGGUAGAGCACUAAUUGAGCUAGGGCCUGUCAAAGGGUACCAAACUCAGUUAAACUCCGAAUGCUAUUAAAUGAUGAAUAGGAGUGAGACUAUGGGCGAUAAGGUUCAUAGUCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAACAGCUAAGGUCUCAAAAAUGUGUUAAGUGGAAAAGGAGGUUUAGGUACGUAAACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUACCUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUACUUAAGCGCCGAUAAUGUAACGGGGCUAAACACAUUACCGAAGCUUUGGAUCUUAACGAAAGUUAAGAUGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCAGAGAAGUUAAACUGGAAAGUUUGAUGGAGGUAUCAGAAGUGAGAAUGCAGGUAUGAGUAACGAAAAAAUGGGUGAGAUUCCCAUUCGCCGAAAACCUAAGGUUUCCUGGGUAAAGGUCGUCUUCCCAGGUUAGUCGGUCCCUAAGGCAAAGCUGAAAAGUGUAGUCGAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUACCUCUUAUAGUUUCGAUGGAGUGACGCAUGAGGUUAACUACUGCUAGGCGAUGGUUGUCCUAGUUUAAGCAUUAAGGUGAUGAUCUUGAUAGGAAAAUCCGUUAAGAGAGCUAAGAUGUGAUGAUGAGUGCUAUUUAGGUAGCAUGAAAUGUAGGUAGUCAAGGUGCCAAGAAAUAGCUUCUAAGGUUAGGCUAUAAGGGACCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGGUGGGAUGAAAAUUCUAAGGCGCGCGAGAGAAUCCACGUUAAGGAACUCUGCAAAAUACGUACGUAACUUCGGGAUAAGUACGACCUAAGCAAUUAGGUAGCAUAAAAAUGGUCCAAACGACUGUUUACCAAAAACACAGGUCUCUGCAAAUCUGUAAAGAGAAGUAUAGGGACUGACACCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGAUGUUAGUUUAUGCGAACGUUGAAUUUAGCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAUGGUGUAACGAUUUGGACGCUGUCUCAACGUGGAGCUCGGUGAAAUUGAAGUAUCGGUGAAGAUGCCGAUUACUUGUGGUUAGACGGAAAGAUCCGUGAACCUUUUACUAUAGCUUGGUAUUGAGAUUUGAUUAAAUAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGACUUUGAAGCUAUCUCGUCAGGGGUAGUGGAGUCAAUCUUGAAAUACCACCCUUGUUUAAUUAGGUUUCUAACUUAUAGAAAUAUGAGGAGAGUGCCAGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGUGCGCAAAGGUUACCUUAGAGUGGUUGGAAAUCACUCUGUAAGUGUAAAGGCAUAAGGUAGCUUAACUGUAAGACUGACAAGUCGAACAGAUACGAAAGUAGGUCUUAGUGAUCUGGCGGUGGCAAGUGGAAGCGCCGUCACUUAACGAAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUUAUCCUUCCCAAGAGUUCACAUCGACGGAAGGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUAGGGCUGGAGCAGGUCCUAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUUGGUCCCUAUCUGCCACAAGCGUUGGAUAUUUGAGAGGAGCUAUCUUUAGUACGAGAGGACCGAGAUGGACGAACCUCUAGUGUACCAGUUAUCCUGCCAAGGGUAAGUGCUGGGUAGCUACGUUCGGAAAGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGUGGGAAGCCUUCCUCAAGAUGAGAUAUCCUUUAAGGGUCCUGGAAGAAUACCAGGUUGAUAGGUUAGAAGUGUAAGUAUAGCAAUAUAUUAAGCUGACUAAUACUAAUUACCCGUAUCUUUGGCCAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.dd.dddd)))...D.(((((((..(((DDD.DD.))).....)))))))...))))...(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).))....(((.(((.....((....))......))))).).........((...))..((((((.....((.....))....)))))..((((....((.((((((((....(((....)))..)))))))).))......((((((((...(((((((....)))))))...........(((((((((((((.(((...(((((......)))))(((...).{{{.....))}}}...)))...)))))))))).)))....)))).)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..hhhh)))))..))))..)..)).))))))).))..............((....))....)).........((((....))))............).....)))))))))).....(.(((((((((((((....)))))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....)).(((((.....))))).....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((.(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((....))))).))...)))).)))..)).)....))))))))))..)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....bbbbbbb...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))...)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....BBBBBBB)))...)))))))((((((((....))))))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))...((ffff.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..((((((...((((..(((...(((((((((((..........))))))((..((((...(((.....(((((((.((.....)))))))))..)))...))))...)).(((((((((....)))))))))..)))))...)))...)))).........))))))..))...)))))))))))FFFF..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((....))))))(...).......(((((((((..((<....(....>))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(.(...((.(((((((..((....))..))))))).))..)))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((.....((((.(((((((..((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ggggg..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).GGGGG))))))))))))))))))...((((((....)))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ee....eeeeee((.((((((.......))))))...))ee)(.(((EE....EEEEEE....(((((((([...(..])))))))).(((....))).EE))).).....(((((((.((..HHHH..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...iiiiiiii..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...IIIIIIII...(.(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((.((((((.((((((.((((((.....(((((((....................)))))))..(((((..((((....))))..((((.....))))....((((((((....))))))))((((((((((..(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.(((((.(((((((.((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..)))))))))))))))).))))))))....((((...((((((((.......(((((((((((((.((....((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..))))))))...((....))...)).))).))).))))))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))).....(((((.((...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..((((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).......))))........)))).....)).)))))(((((....(((((....)))))..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).....((((((((((......))))))))))..).)))).)))))))...((((.((((..(((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))..))))))))((((((((....)))))))).)))))).)))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).....(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((.((.......(((((((....)))))))....((((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...(((.(((.((((((((((((....))))...((...((.((((..(((.......))).))))))......(((((...............)))))((((((....)))))).......((((((((.....)))))))).)).........((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..))).)))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))..((((.....)))).(((((((((.((..(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..))))))).)).)))))).)))..)))).........)))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((((((..((((((....)))))).)))).))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).))))....)).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....)))))......(((((((((((......)))))).))))).))).)).)))))........)))))))).))).(((..((((..(((....)))..))))..)))....))))))..((.((((((.(((.((.((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))..........)).)).)))..)))))))).....))))))(((.....)))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))).).) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((((((((.....(((..(((((((.....((((.((((((((((....))))).....(((((((..(((.......))).....)))))))..........(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).......((((((......((....))......))))).)..((((.......((....(((((.....((.....))....)))))....))....))))....(((((..(((....)))..((((((((.......(((((((......(((((........)))))...........................(((....)))..........(((......)))....)))))))....)))))))..)..............((((.......))))..))))).....))))).))))..(((..(((((....)))))..)))...........))))).))..............((....))....)).........((((....))))............).....)))))))))).............(((((((....)))))))....(((((((((...........((((((...((((((((((((((..(((...(((((....)))))...)))...((....))..(((.......)))......))))))))))))))..(((((((........(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))....(((.((((........)))).)))....)))))))))))......((((((.(((......(((((........)))))((.....))......))).))))))......(((((((((.(...(((.....((((((.(.((((((......)))).)).).))))))....)))....).)))))))))...............((((((((((......))))))))))................(((((.........)))))....((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((.(((((.......)))))..))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))......)))))))((((((((....))))))))............(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))........))))))..............((((((.......))))))......(((((...)))))((((((.............)))))).....(((((((...(((...(((....)))...)))...(((..(((((........)))))..)))(((((((((....((((....((((..((((..((((.((((((..........))))))....(((((...((.....(((((((..........)))))))..))...))))).....(..(((((((....)))))))..)..))))..))))...))))..........)))).......))))))))))))))))..((((..(((......)))..))))............)))))))))..(((..(((((((........(.(((......(((((....(....).....))))).(((((....)))))..))).)......(((((((...((((...........))))((((((((...(((....)))...)..)))))))..(((((...(..((((...........((((((.(....((((....))))..........(((........)))((((((.......))))))............).))))))(((((.......)))))..)))))...))))).....))))))).........))))))).)))..............(((((........)))))..((((((((.(((.((.....((((.((((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))))))))))))))...((((((....)))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........)))))).......(((((((..(((((((.......)))))))....((......))....)))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).......(((...((((((((...........)))))))).)..)).....))))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((.((((....))))...................(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))..((((....(((((...........)))))....))))))))......)))))))).....(((.(((((.......))))).............((.....(((((....)))))....))...............)))....)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((((((((....((((.(((()))).))))........((((((....)))))).....((((((....................))))))((((((........)))))).((((((((...)))))))).(((((((((())))))))))........(((((....................)))))...............((..((((((((....((.....))...))))))))..))....((.((((((((.(..(((....)))).)))))))).))(((((((((((......(((((........)))))...............................................(((......)))....))))))))))).............((....................((((((((.........))))))))..((((((((((....))))))..))))................................((..........)).....))..((((....)))).................)))))))))))....(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))..............(((((((.(((((((((((((((.(((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....).)))))))))))))).).)((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(.....(((((((....))))))))..).)))))))))))).......))))........))(((((........)))))((......(........)(.(((((((((..(((((((((.(.(.(((...((((((((.(.((((((......)))).)).).))))))))..))).)..).)))))))))...))))))).))).((((((((((......))))))))))....(((......)))(((((.........)))))....((((((((.(((.......(..((((((((((.....(.(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).))))).).)))))))))).)((.........))..))).)))))))).(((((())))))((((((((....))))))))....))...((.(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))))......))))))..............((((((.......))))))..((...((((...)))).((((((..(((.....)))))))))......))((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))(((((.....(((.(......).)))....)))))........((((((..........))))))......(((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))(((((((...((((((((())))))))).....((.(((.(((.(((((((((...(((((((........)))))))............(((..(((......)))..)))((((....))))....((()))..(((..((((((((.(((..............(((((...............)))))((((((....)))))).......((((((((.....))))))))............(((((((((...(((....)))...)..)))))))).......(.(((.(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..((((.....))))................))).)))))))).)))..(((((...(((((((((((....)))))).)))))..((((..(((((....))))).)))))))))((((.((((((((((((((((((((((((((.(.........(((((((((((((...((((((((....))))))))))))))..))........)))))).))))))))))))))))(..((((((....)))))).).))))))))))..))))..........(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...)))))))))....((((....))))))))))))))(.((((..((((....))))..)))).)((....)).((((.....))))((((((((.(........)))))))))...........................(((.....)))(((((((...((.......))...))))))).))))))))).)))))).)))))))))(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))...................(((.((.(((((((....))).)))))).)))..((..............)).....(((.(.((((((......(((.(((((..((.......))..))))).))..)(((((((((((....)))))))...)))))))))).).)))..((((((((.(((((...........)))))((....)).............))))))))..(((.(((((.......)))))....((((((((.(((.(.((((((....))))))).)))..))))).)))....)))....)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....................(((((.....[[[[.)))))..]]]].((((((....))))))...((((..[[[[.)))).............]]]]..((((((........)))))).((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..((((......((((((.............(((((..((((((...((((.....)))).((((((.........(((((..((((((.(((((...................(((((((((((.(((((.(((((...((((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((...(((....)))(((..(((..(((......))))))..)))..........)))))))))))))))).))))).))))).((((...(((((((.........((((((.((((..(((((....)))))..)))).............((((...........................(((........((((....))))(((........)))...))))))).....))))))((((..(((((((....)))))))..))))))))))))))).....(((((......((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))(((..........((((.....))))..))).))))))))))))))........((((((..((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))))(((.....)))......))))))........))))).)))))))))).........(((..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((.....((((......))))......))))))))..)))......)))))))))...)))))))..)))((((((((((......)))))))))).............(((..((((....(((((((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))......))))))).(((((((....)))))))))))..)))))))))))))).(((......((((((((....))))))))...))).(((....)))...(((........))).........)))))...)))))).))))).......)))))))))))))))))........))))))......)))).((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........))))).(((((((........(((...[[[[.)))...]]]]......(((((((((...))).))))))....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))..((((..(((((((....)))))))........[[[[))))...]]]].(((.[[[[[[))).......]]]]]]..((((((((.......(((..[[[.)))..]]]((((....))))........(((......[[[.)))...]]]....(((......[[[[[)))............]]]]]((((((....)))))).(((...((((((((.....)))))))).........[[[[[[...)))..]]]]]].......(((.[[[[.)))....]]]].....((((((...((((((....((((((......[[[[))))))...)))))))))))).........]]]]......))))))))((((..[[[.....))))((((((.....)))))).]]].(((((.........)))))..(((.[[[[[[[.)))(((((.(((((((...((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))))))))))..)))))....]]]]]]]...............((((((.[[[[...((((((...((((((((....)))))))))))))).))))))...]]]]((((...........(((((((..((((((....)))))).)))).))).[[[))))......]]]...(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...)))))))))....((((....))))))))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((......[[[..))))))))...................]]]...........(((.((((((((.............[[[[))))))))..)))........]]]](((..[[[[(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))....))).....]]]]((((((.(((((..(((....)))..))))).)))......[[[..)))..]]].....))))))).(((.[[[[[)))....]]]]]..(((.....[[[[[)))((((....((((((((((....))))))...))))....)))).]]]]]..((((....(((((.....[[[[[.)))))....)))).....]]]]]...((((......[[[[(((((.......)))))..)))).(((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).......]]]]....)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....)))))).((.(((((((....................))))))).)).(((((((.(((.((((((((((((...))))))((.((((((((....))))))))))..((((.(((((...((...((((((...(((((..((((((.(((.((.....)))))((((((......((.(((((..((((((.(((((..((.((((((((....(((....)))..)))))))).))..((((((....(((..(((((........)))))..)))..)))))).((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..))))))))))...........((((((.(((.((((((((.........))))))))...))).)))).))((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..)))))))).......(((...((((((..(((((..(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))...(((((.((((..(((((..(((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((((...)))))......)))))))))))).)))(((((((((.((((.(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))((((..............))))(((((........)))))((.....)).........((..(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...)))))))..)).((((((((((......))))))))))....(((......))).((((.........))))........(((((..........((..(((((......)))))..)).(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).))))).))))))..)))))))((((((((....)))))))).)))))....)))).))))).((((..........))))....(((((((....))))))).)))))..))).)))...)))..........)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))....((..(((((........))))).)).(((((.((.(((......))).)))))))((((.(((.(((((((((.((.(((((((.(((...(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))...)))..(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((.(((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).))).....)))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).)))))......))))))).)))).))).))))..))).))))....((((((((.....)))))))).((.........))((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.((((((...((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))).((((((.......))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((..((..(((..(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.(((((((((.((((((((((((((((.(((((...((((.....((((((...((((((((....))))))))))))))...))))...)).)))...))))))))))))))))...((((((....))))))....)))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).(((((((.(........))))))))...............((....)).(((((((.....))))))).)))).(((((.(((((((.((............))))))))).)))))..(((..(((((((((......)))))).)))((((.(((.............))).))))))).)))))))))...))))..)))))))))...))))..))))))..))..))))))........))))))))))).))))...)))).)))).))))))))...))))).))))..((.(((((((....))))))).)))))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..............((((.....((..((..................((((((....))))))....(((((((....................)))))))..........(((....)))((((((((...)))))))).((((((((....))))))))............((((((.............(((((.........................((((((......((.((((...((((((.((((..................(((bbbb)))..................((((((......(((((........)))))...............aaaaaaa..........................((......)).....))))))..........AAAAAAA........................(((((((ccc......)))))))...((((((((((....))))))..))))................................((....))...............((((....)))).((........))......................((((..(((((((....)))))))..))))CCC.........................(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((.......)))......))))))))))))).......((((......((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))).......))))..........................((((....................(((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).....((((((((((......))))))))))...................((((.(((...(((......((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))...)))))))((((((((....))))))))....))))......BBBB...........((((((((....))))))))..........................................ee))))...))))))EE)))))).....))))))...<<<)))))........))))))>>>........((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))...........................................................(((.............................)))......................((((((((....(((((((....))))))).............((.(((((((((...(((((((........))))))).................................(((((....)))))........((((....((((((((..................(((((...............)))))((((((....))))))........(((({{{{{{{....)))).............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..(((((........))))).......))))).....}}}}}}}........)))))))).)))).........(((((((((((....))))))).))))..((((..(((((....))))).)))).....(((..((((((((((((((((((((((((((...((.((.....(((((((((((...((((((((....))))))))))))))..))))).....))))...))))))))))))))))...((((((....))))))...))))))))))...)))...............(((((((...........))))))).....((((((((((((((((((.....))))))))................))))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..............((((((.............))))))......................................((((((((...((.......))...))))))))))))))))).))........))))))))(((((((((......))))))).))....................................((ddd((..(((((....))).)).))ddd))...................................................DDD...........DDD..........(((((((((((....)))))))...))))................(((....(((((...........)))))....)))...........................))[[)).....))))]]........(((((.(((....(((((....)))))...)))..)))))...............)))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....))))))....(((((((....................)))))))....(((((((.(((.((((((((((((...))))))((.((((((((....))))))))))..((((.(((((...((...((((((...(((((..(((((....((((.....)))).((((((......((.(((((..((((((.(((((..((.(((((((.....(((....)))...)))))))...))...........(...(((((........)))))...)............((((((((.............(((.......(((......))).....)))..........)))))))).((((((((.....(((((.....((((((((.........))))))))..((((..(((((....)))))..))))...((((......(((....))).....))))......)))))...)))))))).((((....)))).((........))....((((((..(((((..(((((((..(((((((....)))))))..)))).))).....((...........))...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..(((((...)))))......))))))))))))))........((((.....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))..((.....)).........))))............((((((.............((((.(((((.((.......))..))))).))))..((((((((...((((((......)))).))...)))))))).(((((......................)))))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.((((..(((......((((((((..........((..(((((......)))))..)).(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).)))))))))))..)))))))).(((((((....))))))).....))))))....(((.....)))....((((((((....)))))))).............)))))..))).)))................)))))...)))))).))))))).....)))))).))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))........(((((........))))).((((.....((.((....))...))....))))....(((.(((((((((.((.(((((((.(.....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))........(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((.(((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).))).....)))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).)))))..)...))))))).)))).)))).)))..)))..........(((((((.....)))))))...............((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.(((((...(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))))))))..))).((((((.......))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((...(..((...(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......((((((((((......)))))).))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.(((((((((.((((((((((((((((............(((((.((((((...((((((((....))))))))))))))...))........)))...))))))))))))))))...((((((....))))))....)))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((.(((((((((...)))))))))....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).(((((((.(........))))))))...............((....)).(((((((.....))))))).)))).(((((.(((((((.....((........))))))))).))))).....(((((((((((......))))))).)))).((((.....))))......(((...)))..)))))))))...))))..)))))))))...))))..))).))..)...))))))........)))))))))))).)))...)))).)))).))))))))...))))).))))..((.(((((((....))))))).)))))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((....(((..(((((.....((((((.((((((((.((......((((((....))))))....(((((((....................)))))))....(((((((.(((.((((((.(((((...)))))(((.((((((((....))))))))))).((((.(((((........((((((...(((((..((((((.(.((((.....)))))((((((......((.(((((..((((((.(((((.....((((((((....(((....)))..))))))))....((((((.....(((..(((((........)))))..)))..........aaaaaaaaa.............(((..(((..(((......))))))..)))))))))....AAAAAAAAA((((((((.....(((((.....((((((((.........))))))))..((((..(((((....)))))..))))...((((......(((....))).....))))......)))))...)))))))).((((....))))(((........)))...((((((..(((((.((((((((..(((((((....)))))))..)))).))).)....................((((((((((((((((.((((..(((((....)))))..)))).............(((((...)))))....).)))))))))))))).)....((((<<<<..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((.[[[....)))))))).)).)))))))))))).......))))......>>>>...((((.......(((((((]]])))......((((.(((((((....{{{{.)).))))).))))..((((((((...((((((......)))).))...)))))))).(((((......((((}}}}))))....)))))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.((((..(((......((((((((..............(((((......))))).....(((((((((((.......))))).))))))...((((((....(((....))).....)))))).(((.(((.........))).))).)))))))))))..))))))))((((((((....))))))))......))))..(((((.....)))))..((((((((....)))))))).....))))....)))))..))).)))................)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..((((.((((..(((((..(((((((((((.(((...(((....)))...)))........(((((........)))))(((((.....(((..........)))....))))).......(((((((((.((.((((((((((....(((((..(((.....(((((((.(((...))))))))))..)))..)))))........(((((((....)))))))...(((((.(((......(((((.(((((((((((........))))))).......(((.((((..(((......)))..)))).)))....))))..)))))((.((((..(((.......))).))))))....))).))))).)))..))))))).)))).))).))))..............((((((((.....))))))))..............((((((((....)))..)))))....)))))))))))))))).(((.(((((...(((((((....((((((..........))))))...))))))))))))..))).(((((((....).))))))((((((((((.....(((((((((((.....))))))(((.(((......(((..(((..(((((((((((((((((.(((((((((.......(((((((((((....))))))).))))..((((..(((((....))))).))))....(((((.((((((((((((((((((((((((((...............(((((((((...((((((((....))))))))))))))..)))..............))))))))))))))))...((((((....))))))...))))))))))..))))).....(((((((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((.(........))))))))).(((.....)))..........((((((((.....)))))))))))).(((((.(((((((.....((((...)).))))))))).))))).....((((((((((((...).))))))).))))(((((.....))))).....(((...)))..)))))))))...))))..)))))))))...))))..))))))......))))))........)))))))))))).)))...)))).)))).)))))).....))))).)))).....(((((((....)))))))...)))))).))).))))))).((((....(((((...........)))))....)))).((((...))))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).))).)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((......(((..(....)..)))....((((((((((..((............((((......(((((..((((....))))((((((.....))))))..((((((((....))))))))(((((...(((.(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.(((((.(((((((...(((((((.(((((........))))).....((((((....(((((........)))))....(((..(((..(((......))))))..))).))))))))))))).....(((((((......(((((.(((.((((((((.........))))))))...))).)))))..((((((((..((((...........)))).(((.............((....))....(((.......))).)))..)))))))).....(((((.(((((((..........(((((((..(((((((....)))))))..)))).)))............(((((.((...((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..((((((((......(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).......))))........)))).....)).)))))........)))).))).))))).(((((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).))..((((((((((......)))))))))).))))))).)))))))...((((.((((..(((......((((((((.(((..........((((((((((.....(.(((((.(((((((((.......))))).)))).....((((........)))).))))).).)))))))))).(((.........))).))).)))))))))))..)))))))).(((((((....)))))))..)))))).)))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).(((.(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((.((.......(((((((....)))))))....((((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...(((.(((.((((((((((((....))))....((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((....(....).....)))))((((((....)))))).))....((((((((.....))))))))............((((((((.(..(((......)))..).))))))))..))))))))..))).)))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))(((((((...(((((..........)))))(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..)))))))...........))))).))......)))))))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((((((..((((((....)))))).)))).))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..((((((((((((((((((.....)))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).))))....)).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....))))).)))..(((((((((((......)))))).)))))....))).)))))........)))))..(((((.(((..((((..(((....)))..))))..)))...(((((...(((..(((.(((...(((((.((((((((..((.(....).)).))))))).)...)))))...)))))).(((((((....)))))))..))).)))))....)))))....))))..(((((...........)))))...))))))))))))........)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.............(((((.....((((((.((((((.....................................(((.((((.........((((......((((..................(((((((...)))))))..((((((((....))))))))............((((((((..((.......(((((..((((((....(((.....)))..((((((......((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(.......(((((((...........(((((........)))))......(((((..........................(((.......(((......))).....))).))))).............((..((........(((((.....(((((((.........))))))).......((((((.(((..((((........................................(((((.....(((........((((....))))(((........)))...))).....))))).....((((..(((((((....)))))))..))))..((((((..(.............(.(((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).).)............(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).)))))))))))).)..))))))...........)))).....)))..)))))).....((......((((..((..................))..))))..((((((((...((((((......)))).))...))))))))....))....................)))))....((((((((((......))))))))))..))..)).)))))))..(((.....((((((..((...((((((((.(((..........((((((((((.......(((((((((((((((.......))))).)))))....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))...))..)))))).(((((((....))))))).)))...).))))))))))).)).......((((((((....)))))))).))..)))..)))))............................)))))...)))))).))))))).....)))))))))))))))))..)).)).)))))).....))))..((((...(((...(((....)))...)))...))))......))))(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........((((((((((..(((((...(((((....(((((((.....))))..)))..)))))....)))))......((((((((.(........(((((((....))))))).....(((..((((((((.((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...((..(((.((((((((................((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((....(....).....)))))((((((....)))))).))....(((..(((.....)))..)))............((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..)))..))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...)))))......((..((((((.....))))))..(((((....((((..........)))).(((((((..(.(((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))).)..)))))))...........)))))..........)).)))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))........(((......((((((....))))))......))).....)))).))))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).)))......).))))))))...))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....)))).))).......((((..(((((((.................)))))))..)))).....(((((((((((......))))))).))))..(((.....))).....................(((..((((..(((....)))..))))..))).................((((((((........((((((......(....).....))))))....................(((((((....)))))))........................((....(((((...........)))))....))............)))))))).)))))).)))))).....)))))...........(((.(((....(((((....)))))...)))..))).................)))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........(((..(((((.....((((((.((((((((.((.((((((.((((((.((((((.....(((((((....................)))))))..(((((..((((....))))((((((.....))))))..((((((((....))))))))((((((((((..(((((((((.((.......(((((..((((((...((((.....)))).((((((..((..((.(((((..((((((.(((((.(((((..(((..((..(((((((((((((.(((((.(((((...((((((((((..(((((........))))).((((((.......((((((((((....((((.((..(((..(((..(((......))))))..))).)).))))..)))))))))))))))).))))).))))).((((...((((((((.......(((((((.((((..(((((....)))))..))))..........(((((((...............((....))....(((........((((....))))(((........)))...))))))).))).))))))).((..(((((((....)))))))..)).)))))))))))).....(((((.((...((((((..((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))......))))))..))))))..((((((((......((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..)))))))).......))))........)))).....)).))))).))))))))))........(((.(((((((((..(((((((((.....(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))......)))))))))...))))))).))..(((((((..(......)..)))))))......)))....(((..((((....((((((..((...((((((((.(((..........((((((((((.......(((((.(((((((((.......))))).)))).....((((........)))).)))))...)))))))))).(((.........))).))).))))))))...))..)))))).(((((((....)))))))))))..))))))))))))).))).......((((((((....)))))))).))..)))..))))).....(((........))).........)))))...)))))).)))))))...)))))))))))))))))))..))))).)))))).(((.(((((.((((...(((...(((....)))...)))...))))..((((....(((((((((((((.((((....(((...((((((((...........(((((((((((.(((((...(((((..(((((.((((......))))))))))))))....)))))......((((((((......((..(((((((....)))))))...)).....(((((((..((((..((.((((((((.((((((..(((((..((((((((.((((...((..(((.((((((((((((....))))....((..((.((((..(((.......))).))))))......(((((...............)))))((((((....)))))).))....(((..(((.....)))..)))............((((((((....(((....)))......))))))))..))))))))..)))..))..(((((((....((((((.((....)).))))))...))))))).........))))...........))))))))...))))).....((((.((((((.....))))))(((((((...(((((..........)))))(((((((..(..((((.((((((....((((((((((......))))).)))))..((((..(((((....))))).)))).))))))..))))..)..)))))))...........))))).))......)))))))))))))))))).))..(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))....((..(((..((..((((((....))))))...)).)))..)).))))..)))))))..(((..(((((((...........))))))))))..(((((((((((((((((((...))))))))))...((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).))))))))..)))))))))))...(((....)))))))))))..))))))).))))))...)))))))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))))....))))).)))..(((((((((((......)))))).))))).))).))).))))........)))))))).))).(((..((((..(((....)))..))))..)))....))))))..((.((((((.(((.((.((((((((((...((((((((((..((.......))..)))))..)))))((.(((((((....))))))).))..))))))))..((((.....))))..)).)).)))..)))))))).....))))))(((.....)))...)))))))))).)))))).....)))))....))).(((....(((((.(((.((((..........))))))).)))))....))).....)))))))).. |