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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00478



RNA: CRW_00478
Rfam family: -

GGUCAAGCGAACAAGUGCAUGUGGUGGAUGCCUUGGCGAUCACAGGCGAUGAAGGACGCGGUAGCCUGCGAAAAGCUACGGGGAGCUGGCAAACGAGCUUUGAUCCGUAGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCGGCCCUUUUGGGUCAUCCUAGACUGAAUACAUAGGUCUAGUGAGGCGAACGCGGUGAACUGAAACAUCUAAGUAACCGCAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCAAAGUAGUGGCGAGCGAAAUGGGAAGAGCCUGUACUCUUUAUUUGUAUUGUUAGCCGAACGCUCUGGAAAGUGCGGCCAUAGCAGGUGAUAGCCCUGUAGGCGAAAACAGUAUGAAAGAACUAGGUGUACGACAAGUAGGGCGGGACACGUGAAAUCCUGUCUGAAGAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCGUGAUCGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAUCCUGAAACCGCAUGCAUACAAACAGUCGGAGCCUCUUCGGGGGUGACGGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUACGUUCAGUAGCAAGCUUAACCGAAUAGGGCAGGCGUAGCGAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGUUCAGUUGCUGGGCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUAUCCAUGGCCAGGAUGAAGGUGCGGUAACACGUACUGGAGGUCCGAACCCACUAACGUUGAAAAGUUAGGGGAUGAGCUGUGGAUAGGGGUGAAAGGCUAAACAAACCUGGAAAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAACUAUUUAGGUAGUGCCUCGUGUCUCACCUUCGGGGGUAGAGCACUGUCAUGGUUGGGGGGUCUAUUGCAGAUUACCCCGCCAUAGCAAACUCCGAAUACCGAAGAGUGCAAUCACGGGAGACAGACAUCGGGUGCUAACGUCCGGUGUCAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCCAAAUAUGGCUAAGUGGGAAACGAAGUGGGAAGGCUAAAACAGUCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGAUCGAGUCGUCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAGCCAUAUACCGAAGCUGCGGAUGCGAGCUAGUCUCGCAUGGUAGGAGAGCGUUCCGUAAGCCUGCGAAGGUGCGUUGAAAAGCGUGCUGGAGGUAUCGGAAGUGCGAAUGCUGACAUGAGUAGCGAUAAAGGGGGUGAAAGGCCCCCUCGCCGUAAGCCCAAGGUUUCCUACGCAACGUUCAUCGGCGUAGGGUGAGUCGGCCCCUAAGGCGAGGCAGAAAUGCGUAGCUGAUGGGAAGCAGGUCAAUAUUCCUGCACCGUCGUUAGAUGCGAUGGGGGGACGGAUCGCGGAAGGUUGUCCGGGUGUUGGAAGUCCCGGUCGCUGCAUUGGAGAAGGCGCUUAGGCAAAUCCGGGCGCAGGAUUCAAGGGUGUGGCGCGAGCUCCUUCGGGAGCGAAGCAAUUGGAAGUGGUUCCAAGAAAAGCCUCUAAGCUUCAGUCUAACGAUGACCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGAGAUGAGUAUUCUAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGAGAAGGAACUCGGCAAAUUGGUACCGUAACUUCGGGAUAAGGUACGCCCUGGUAGCUUGACUGGCCUGCGCCAGAAGGGUGAAGGGGUUGCAAUAAACUGGUGGCUGCGACUGUUUAAUAAAAACACAGCACUCUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGAUUAAAUGAUGGGGUGCAAGCUCUUGAUUGAAGUCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAACGAUGGCCACACUGUCUCCUCCCGAGACUCAGCGAAGUUGAAGUGUUUGUGAUGAUGCAAUCUACCCGCGGCUAGACGGAAAGACCCCAUGAACCUUUACUGUAGCUUUGCAUUGGACUUUGAACCGAUCUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUAUGAAACCGGAAUGCUAGUUUCGGUGGAGCCGUCCUUGAAAUACCACCCUGGUUUGUUUGAGGUUCUAACCUUGGCCCGUGAUCCGGGUCGGGGACAGUGCAUGGUAGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCCAAAGCGUAACGGAGGAGUACGAAGGUACGCUAGGUACGGUCGGAAAUCGUGCUGAUAGUGCAAUGGCAUAAGCGUGCUUAACUGCGAGACCGACAAGUCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGUAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCUGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCUCAUCCUGGGGCUGUAGCCGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGAGGUACGUGAGCUGGGUUUAAAACGUCGUGAGACAGUUUGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGUUGGAAGUUUGAAGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGAACCUCUGGUGUACCGGUUGUGACGCCAGUCGCAUCGCCGGGUAGCUAUGUUCGGAAGAGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAACUCGCCUUAAGAUGAGACUUCCCCGGGGACUUGAUCCCCUUGAAGGGUCGUUCGAGACCAGGACGUUGAUAGGUCGGGUGUGUAAGCGCAGUAAUGCGUUCAGCUAACCGAUACUAAUUGCCCGUACGGCUUGAUCCUA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.hh.hhhh)))...H.(((((((..(((HHH..HH.))).....)))))))...))))...(((....)))(((((....))))).(((((((((.........))))))).)).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((.(((((.(((((((((((((((.(((...(((((......)))))(((...).<<<.....))>>>...)))...)))))))))))))))...)))))..........(((((((((.......)))))))))......(((((..gggg)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....)).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((..(((((((((((....(((...(((.((((...((.(((((.....))))).))...)))).)))..)).)....))))))).)))..).)))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....ddddddd...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....DDDDDDD)))...)))))))(((((((.....)))))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....(([[[[.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..((((((...(((((((....(((((((((((..........))))))((..((((....((((((((((.((.....)))))))))...)))....))))..)).(((((((....)))))))..)))))....)))))))........))))))..))....)))))))))))]]]]..)).....((......)).)))).(((.......)))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((....(((((((((((....)))))))))))...)))))(...).......(((((((((..((a....(....A))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((....))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..iiiii..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).IIIII))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ff....ffffff((.((((((.......))))))...))ff)(.(((FF....FFFFFF....((((((((e...(..E)))))))).(((....))).FF))).).....(((((((.((..GGGG..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...cccccccc..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...CCCCCCCC..(((((.....)))))..(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))))...
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((.((((.......)))))))).((...((.((((((..((....(((((((.((.......((((((((((((........)))))...)))))))...(((......))).((((((((.(((((((((.(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((..........))).)))))................((...(((((...(((.(((((..(((.(((((...(((((((((.(((..(((((((((((.(((...(((.((....)).)))......((((((....).))))).)))...)))))))))))......))).))))........((((((((.........))))))))......((((((....)))))).))))).....)))))..)))..))........))).))).....)))))...)).......((((....))))........((.((((((..((.(((..(((((((..((((..(((((....)))))..))))......))))))).))))))))).)))).((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))).)))))))))((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))...((((.(((((((((((((..((((((((...((..((((((...(((((((((.....(((...(((.(((((.(((((((((.....))))).))))))))).)))..)))......)))))).)))....))))))..)).(((((((((........)))))))))....(((......))).((((.........)))).(((....)))))))))))...............(((((....((((((....))))))(((.(((((((.((((((((....(((......))).(((..((.((.(((((...((((.(((((....((((((((((......(((.((((((((.((((((.....)))))).((.((((((((((((((...((((.(...((((((((....))))))))).))))..))))).)))..............((((((((..(((((((.....))))))).((((.(((((...)))))(((((((..((.....)))))))))......))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).(((((((.....))))))).(((((..(((.((((......))))))).......))))).)))))))).(((((....((((((.((.....))))))))....))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.((..((((((....)))))).....)).))...))))).((((...((..(((((..(((..(((......)))..)))..))).))..))..)))).((((((....)))))).)))))).))))........(((((...............))))).((((....((((..(((((....)))))..))))..))))((((((.............)))))).((((.....))))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((((.((((((..((((.(((...(((((....)))))..)))..))))))))))..))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..))).....))))).......)))))))).)))))))).((.(((((((...)))).))).))...(((......)))...))))))))...)))..((((((((((.(((((.(((((.(((.(((((((.........((.((((((.....)))))).)).((((.....((((((((....))))))))..))))..(((((((..(((.....)))...)))))))......((((((((((.....)))))))))).))))))).)))..))))).......((((((((((((((...........))))))).....(((((((((.((((((((.....))))))))....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..))............)))))))..(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).....((((((((((((....))))))).))))).((((.....))))......))))).))))....)))))).....(((....))).))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))).))).(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))..))))).)))))...))))).)))))..)))))))....((((((((((((...)))).))).))))).(((.(((..(((((.....)))))......((((......)))).))).)))....))))))))......(((((....))))).))))).))))...)).)))))).)).))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((................................((((((((((((........))))))...))))))..........(((....)))(((((....)))))...(((((((.........)))))))..........(((((..(((..........))).))))).....................((((((.....((.....))....))))))..(((.((((......(((((((((((.(((...(((.((....)).)))......(((((.......))))).)))...)))))))))))..........))))........((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).))).........))))))).))...............((....))..)))))........((((....))))..........))))....))))))))))).......((((..(((((....)))))..))))................(((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))))))....((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))).................))))))...((((((((...........(((((....)))))..((((((...(((((((((.....(((...(((.(((((.(((((((((.....))))).))))))))).)))..)))......)))))).)))....)))))).....((((((((((......))))))))))....(((......))).....)))))))).((.......((((((((..............((((((.((((....((((........(((((....eee)))))bbbbbbbb.....((......))..))))....)))).)))))).....................)))))))).............(((((((.....)))))))............(((((...((((.....((((((((....))))))))..))))..)))))............................(((((((.....)))))))...................(((((((..((.....)))))))))..........(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).(((((((.....)))))))...........((((..(((...(((((..........)))))..(((((((((((....((((((..........))))))....)))...))))))))((..(((((....)))))ccc))..((((((..aa))))))......AA.......CCC..((....))..)))...))))....................................((((.(((....((((((((.((...............(((((...............)))))(((((....((((..(((((....)))))..))))...)))))............(((((((....((((.......))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...((((((..((((.......(((((....))))).......))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........))).(((((.......)))))..........))))).....))))))).....)).)))))))).)))))))..................................................(((((...((((((.((((.(((.(((((((((((((((((.((((......((......((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)))).......)).....)))).))))))))))....((((((((((.....)))))))))).))))))).)))..)))).((((((....(((((((((((...........))))))(((....dd)))....((((((((.....)))))))).......................DD...{{{{..)))))...))))))}}}}.(((....))).............((((((((((.......))))))))))...........))))))....))))).......((((((((((((...((.......))...)))))))).))))...........((((((....((((((((((((....)))))))).))))(((((.....))))).............))))))(((....(((((((....))).))))...))).......................BBBBBBBB....EEE...............((((((.........))))))....(((((((((((....))))))..)))))................(((....(((((.....[[[[..)))))....))).......]]]]..........<<<<<))...>>>>>.................................(((((.......((((((....)))))).......)))))................))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((((((.((((.(((((((((..(((........)))...(............((((((((((((........)))))...)))))))..........(((....)))(((((....))))).(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((..........))).))))).....................((((((.....((.....))....))))))..(((.((...((...(((((((((((.(((...(((.((....)).)))......((((((....).))))).)))...))))))))))).......))...))........((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).))))........))))))).))...............((....))...))))........((((....))))...........)))....))))))))))).......((((..(((((....)))))..))))................(((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))))))....((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))...((((.((((((((((((....((......))((..((((((...(((((((((.....(((...(((.(((((.((((.((((.....))))..))))))))).)))..)))......)))))).)))....))))))..)).(((((((((........)))))))))....(((......))).((((.........)))).........(((((.(.......)..(((......))).....((((((....))))))(((.(((((((.((((((((....(((......)))......((.((.(((((...((((.(((((....((((((((((......(((.((((((((.((((((.....)))))).((.((((((((((((((...((((.(...((((((((....))))))))).))))..))))).)))....(....)....((((((((..(((((((.....))))))).((((..((((...)))).(((((((..((.....)))))))))......))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).(((((((.....))))))).(((((..(((.((((......))))))).......))))).)))))))).(((((....((((((.((.....))))))))....))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.((..((((((....)))))).....)).))...))))).((((...((..(((((..(((..(((......)))..)))..))).))..))..)))).((((((....)))))).)))))).))))........(((((...............))))).((((....((((..(((((....)))))..))))..))))((((((.............))))))(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.((.((.((((((..((((.(((...(((((....)))))..)))..))))))))))..))))((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..........))))).......)))))))).))))))))..(.(((((((...))))).)).)....(((......)))...))))))))...)))..((((((((((.(((((.(((((.(((.(((((((.(((((((((..((((((.....)))))).((.((((.....((((((((....))))))))..))))..)).......(((.....)))..))))))))).....((((((((((.....)))))))))).))))))).)))..)))))........(((((.(((((((...........))))))).....(((((((((.((((((((.....))))))))....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..)).............)))))...(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).....((((((((((((....)))))))).))))(((((.....))))).....))))).))))....)))))).....(((....))).))))))))))))))).))))))))))).))...))))))))))))))).))).(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))..))))).)))))....)))).)))))..)))))))....((((((((((((...))))).)).)))))...((((...(((((.....)))))..))))((((......))))..........((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))............))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((((((((((((((((((((((((((((((........)))..((((((........(((((((((((((.....).)))))...)))))))..........(((....)))(((((....))))).(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((..........))).))))).....................((((((..................))))))......((((......(((((((((((.(((...(((..........)))....(.((((((....)).))))))))...)))))))))))..........))))........((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))))))))....)).))))))).)).........................)))))........((((....))))..........))))....)))))))))))((((((.((((..(((((....)))))..)))))).....))))....((((((<<<<...(((((((((((((..((((.............)))).............((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((..((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((.((...)))))))))).)).))))))))))))(((.....)))......))))))...((((.(((((((((((((...(((....)))....(((((((..(((((((((.....(((...(((.(((((.(((((((((.....))))).))))))))).)))..)))......)))))).)))..).)))))).....(((((((((((....)))))))))))....(((......))).((((.........))))......((((((((............(((......))).....((((((....))))))(((.(((((((.(((((((((...(((......))).........((.(((((...((((.(((((....((((((((((......(((.(((((((((((((((.....)))))))((.(((((((((((((((..((((.....((((((((....))))))))..))))).))))).)))..(((....)))..((((((((..(((((((.....))))))).((((..((((...))))((((((((...........)))))))).....))))(((.(.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........))))).(((((((.....))))))).(((((..(((.((((......))))))).......))))).)))))))).(((((....((((((.((.....))))))))....))))).((((((((.((((.((((((......(((((..((((((....)))))).............))))).((((...(((.(((((..(((..(((......)))..)))..))).))).))..)))).((((((....)))))).)))))).))))........(((((......aaaa.....))))).((((..(.((((..(((((....)))))..))))).))))((((((.....AAAA....))))))(((((.....)))))(.(((((((.....(((....))).......))))))))(((((.((.((.((((((..((((.(((...(((((....)))))..)))..))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........))))).......)))))))).))))))))....(((((((...))))).))...((([[[...)))]]]...))))))))...)))..((((((((((.(((((((((((.(((.(((((((((((((((((..((((((.....))))))..((((((.....((((((((....))))))))..)))).))........(((.....)))..))))))))))....((((((((((.....)))))))))).))))))).)))..)))))..............(((((((...........))))))).....(((((((((.((((((((.....))))))))..(.((((....))))))))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).....((((((.....)).))))............((((((((((.....{{{.{{{.....))))))))).).........}}}.}}}.......((((((((((((....)))))))).))))(((((.....)))))....)))))).))))....)))))).....(((....))).))))))))))))))).))))))))))).....)))))))))))))))).))).(((.(((((...............))))).)))..(((((((((((....))))))..))))).))))))))))))).)))))..)))))))....((((((((((((...))))).)).)))))...((((...(((((.....)))))..))))((((......))))....>>>>..((((((((.(.....((((((....))))))......)))))).)))..........).))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((((((((((((((((((((..(((........)))..(((((((((.....((((((((((((.(....).)))))...)))))))..((((....(((....))).(((((((((.(((.(((((((((.........))))))).))))).....(((....)))..(((((((.((....(((((........((....))..((((((.....((.....))....))))))...)))))........((..(((((((.(((...(((.((....)).)))......(((((.(....)))))).)))...)))))))..))...)))))))))....)))).))))).)))).)))...................(((((.....))))).)))))).......))))))).))...............((....))..)))))........((((....))))..........))))....))))))))))).......((((..(((((....)))))..))))..(((((((((....((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((..(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)))))))))))).......(......)..))))))...((((((((..(((((....(((((....)))))....((((...(((((((((.....(((...((..(((((.(((..((((.....))))..))).)))))..))..)))......)))))).)))....)))))))))..((((((((..(....)..))))))))....(((......))).....))))))))..((((((..((((((((.(((.(....)...(..(((.((((....((((..(((((.(((((.......))))).)))))......(((......))).))))....)))).)))..).(....)..........))).)))))))).(((.(((((((.((.....((.(((((((....((((...((((((((...((((.(...((..((((....))))..))).))))..))))).)))....((((((.......((((....((((((.....))))))))))...(((((...)))))(((((((..((.....)))))))))....)))))).))))..)))))))))..)).)))))))..)))...(((((........))))).(((((((.....))))))))))))).....))))))))).((.((((((((((..((((.((((...(((((((.(.(((((.(((((((.((((.((((((((..(((((((((((.(((..(((((....)))))...))..((.((((((((.((((.....(((......((((.((((.(.((((..(((..(((..(((......)))..)))..)))..)))).).)))).((((((....)))))).))))......)))...)))).)))...))))).))....).)))))))).......)))....))))))))....))))...(.(((..(.........)..))).)...)))))))......((((.(.((.(((...(((....)))...))).))).)))).))))).))))))))((((.((((.......((((..((((..((((...((((((........((((((......((((..(((((((...((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).))....((((((((((((((..(((((.....(((((((((.((((...(.(.(.(((...(((..((((.....).)))..)))...))).).))..)))).)))))))))...((((((..(((.((((.(.((.((.((...((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)))).....)))))).).)))).)))..))))))....)))))((((.....))))..))))))))))..)))).......((((((((((((((((((((((....((...))..(((((((..(((((((((.((((((((.....))))))))....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((....(((..((((((((((.......)))))))))).)))...))).....))))))).)))....((((((..((.((((((.((((..(((((((....((((.....)))))))))))..)))).....((((((((((((....))))))).)))))..(((.((((((.((((....))))..)))))).(((.(((((..(((....)))..))))).))).....))).)))))).))..)))))).)))))))))).)))))).))).)))))))..)))).(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..........))))))....(((((((((((....).)).))).))))).))))))..))))..))))..))))......)))).)))).)))).))))........(((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))).)))))).)).))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((((((((..(((........)))..((((((........((((((((((((.(....).)))))...))))))).(((((....(((....))).(((((..(......(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((..........))).))))).....................((((((.....((.....))....))))))................((..(((((((.(((...(((.((....)).)))......(((((.......))))).)))...)))))))..)).................)...))))).)))))....................(((((((....))))))))))))).......))))))).))...............((....))..)))))........((((....))))..........))))....))))))))))).......((((..(((((....)))))..))))........)))...(((((((((((...(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))(((((....((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))).................))))))...((((((((..(((((....(((((....)))))....((((...(((((((((.....(((...((..(((((.(((..((((.....))))..))).)))))..))..)))......)))))).)))....)))))))))..(((((((((........)))))))))....(((......))).....))))))))((((((((...............(....).....((((((.(........((((..((((.((((((.(((((((.(((((((((....((((....(((((((...(((.((..(((((((.((..((((..(((((((..(((.(((.(((......)))))).).)).)))))))....((((((((.(.(((((...((((.(...((..((((....))))..))).))))..)))))..(((...(((..(....).)))......((((((.....)))))).)))...........).))))))))...))))...)).)))))))..)).))).........((...(((....)))...)).........(((((........))))).........................((((.............)))).(((((((....(((.(((.((((.(((((....((......))...)))))..)))))))....))).((((..((.(((((....)))))(((((..(((((.((..((.....))..)).))))))))))..((....))....))..))))...))))))).)))))))...(..(..(........(((..(((....((((((((.(((......((((....(((((....(....).....))))).((((....((((..(((((....)))))..))))...)))))))).........((((((..(((((((.............(((((((.....(((....))).......))))))).(((.(((((...((((((..((((.(((...(((((....)))))..)))..))))))))))...))))).)))......))))))).....((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).))...))))))....))).)))))))).))).))).........)..)..)....))))..((((((((((((.((.........(((((.((((((((.((((.(((.((((((((((((..(((.((((.(.((.((......((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)))).......)))).).)))).)))..))))))...((((((((((.....))))))))))..)))))).))).(((.((((((((....(((((((((((...........))))).(((...(((((((((.((((((((.....))))))))....((((....)))).)))))))))...))).))))))...))))))))...(((....))).))).....((..((((((((((.......)))))))))).)).))))...))))))..))))))).......((...(((((((...((.......))...)))))))....))...........((((((.(((.(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).....))).....))))))(((........(((....)))........)))...))))))))))...))))..)))))))))))))))).)))..((.(((((..((.......))..))))).))...(((((((((((....))))))..)))))..)))....(((....)))..)))).))))...(((((((((((....).))).)).))))).).)))))).))))))))............)))))..............))))).((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))...))))))...))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((..(((........)))..(((((.(((.....((((((((((((........)))))...)))))))..((((....(((....))).(((((.....(((...(((((((.........)))))))..((((....(((((..(((..........))).))))).....................((((((.....((.....))....))))))..))))((((.(((..((..(((((((.(((...(((.((....)).)))......(((((.......))))).)))...)))))))..))......))).)))))))....))))).)))).))).................(((((((....))))))).))))).......))))))).))...............((....))..)))))........((((....))))..........))))....))))))))))).......((((..(((((....)))))..)))).......))))...(((((((((((...((((..(((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))..))))(((((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((..(((((....(((((....)))))....((((...(((((((((.....(((...((..((((..(((..((((.....))))..)))..))))..))..)))......)))))).)))....)))))))))..(((((((((........)))))))))....(((......))).....))))))))((((((((.......(((..((.....))..)))((((((..........((((..(((((((((((.(((((((.(((((((((..((((((..(((...(((.(((..(((.((((((((....((((((.(((((((...(((.(((((..(((((((.((.....((.(((((((....((((...((((((((...((((.(...((..((((....))))..))).))))..))))).)))....((((((.......((((....((((((.....))))))))))...(((((...)))))(((((((..((.....)))))))))....)))))).))))..)))))))))..)).)))))))........(((((........))))).(((((((.....)))))))..(((((.(((......)))))))).)))))))).))))))).....))))))(((....((......))...)))..)))))))).....((.(((((..((.(((((....)))))(((((..(((((.((..(((...)))..)).)))))))))).(((....)))...))..)))))..))..........)))..))).)))...)))..)))))).......((((((((.(((......((((....(((((...............))))).((((..((.(((..(((((....))))).))).))..)))))))).........((((((..(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((.(((...(((((....)))))..)))..))))))))))...))))).)))......))))))).....((..((..((((...((((((.....))))))......))))..))..))...))))))....))).))))))))..((((((........(..((......))..)......((((((((..((((...((.(((((.((((((((.((((.((..((((((((((((..(((..(((...((.((.((...((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)))).....))))))...)))..)))..))))))...((..((((((.....))))))..))..))))))..)).(((.((((((((....(((((((((((...........))))).(((...(((((((((.((((((((.....))))))))....((((....)))).)))))))))...))).))))))...))))))))...(((....))).)))....(((..((((((..((.......))..)))))).)))))))...))))))..))))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))...)))).(((((((((..((((((((((....))))))).)))..(((((.....))))).....)))....)))))).(((....(((((((....))).))))...))).....))))))))))))))...)))))))))))))))).))).(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))..)))))..)))))..(((....)))...))).))))...(((((((((((....).)).))).)))))...)))))).))))))))............)))))..............))))).((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))...))))))...))))))))...