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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00488



RNA: CRW_00488
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((((((((......(((...((((((((((((..(((((.....))))).)))..)))))))))...)))...((((((..((((.......)))).....))))))(((.((....(((....)))..(((((.....)))))...(((((((((.........))))))))))).)))..(((((..(((((......))))).))))).(((......(((.......((((((.....((.....))....)))))).......((((((((..((.((((((((((((((((((((....((((..((((..(((((.........((.((....)).))..((.(((.(((......))).)))..))..)))))..))))..))))))))..(((((.(((((((((...........)))))).((...(((((((....)))))))..))......))).)).....(((((((((......))))))..)))..)))..........((((((((((((((............((((.(((((.(((....)))...((..((((.((.(((((....))))).))))))..))((((((((((((...((((((((.(((((((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))..((((...((((((...(((((((..(((.((((...(((.((......)).)))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((..((((.(((((((.....((((((.((((((((.(.......((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))..........((((........))))....))))))))..(((.........)))..).)))))))).((((((((((...(((((.(((((((((.((((.((((..(((.......((((((((...(((((......(((((((((((......(((((..(((((.(.....).)))))..........((((........)))).)))))..))))))))))).((..........)).))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))((.((..((((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).....(((((.(((...............(((((((....).)))))).(((..........)))..))))))))..))))..)).))))))))).))...)))))........(((....)))...))))))))))..(((((.........)))))....)))))).(((((((...(...(((((.....)))))...)..(((((........)))))....((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..)))))))))))))......))))))))))).)))).)))).......))))))..................(((((.((((.......((((((((.(((.((((.((((..(((.(......).)))..(((((....))))).........(((((...(((((((((...((((....))))(((.((((.(((..(((((((((.((((((.(((((((..(((..(((((.((((....(((((((((...............((((.((.(((((...(((.....)))..))))))).))))..((.((((....((((...((((...(((..((((..(((....)))...))))....))).)))).))))...((((.(((((.......))))))))).))))))..........((((((.....)))))).(((((.....))))).)).)))))))....)))).........((((((((((((((....(((((((((.....((((((((......)).............)))))))))))))))..(((((((..((((((..((((((((...(((...(((((((....)))....((((((((....)))))))).........))))...)))......))))))))..))))))...((((.(((((......))))))))).....)))))))...))))))))))))))))))).((((((...........)))))).)))..)))))))....))))))..)))))))))..((.(((((.............((((((..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))))......(((((((..........))))))).))))).))...))).)))).))))))))))))...)))))))))))))..((.......))...))).)))))))))))))))))...))))))))..(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).))))).)))))))..))))).))))....(((....))).(((((((...((((((((.((((((.((..((((((.......(((.((((........)))).)))..(((.((((.((((.(.....).)))).)))))))..........)))))).)).)))))).)))))))).((.......))........))))))))))))))..)))))))...))))))..)))))))))).))..))))))))))).((((((.((.....(((((....))))).)).))))))............)))..))))))))))))
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....(.(((((((((((((((((((........((((......((((((.......(((....((((((((..((((.......)))).....)))))))).((((((((((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........))))))))).....((((((((..(((((......))))).)))))..........(((.....)))(((((.....((.....))....)))))(.(((((((((((((((...))))))).......(((..............((((..(((((.......(((((.....)))))...((.(((.((((....).))))))..))..)))))..)))))))((((((.....))))))(((((((...........)))))))....((((((((....))))))).).(.........)...............(((((.(((((((..........(.......)((((.....))))..........((((((.....((((((((((....((((...))))....((((((()))))((((((......(((()))).....))))))..........))(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((.........)).....))))))))))))).............))))))))))......))))))...(((.(((.....))))))............(((.((((........)))))))(((((((((...((.((((((...((((.......(((((((.(((((((((((((......(((((....)))))..(((((((.((..((((((((.(.(.(((...(((.((((.(.(((((((....))))).))..))))).)))..))).)..).))))))))))))))))).....((((((((((......))))))))))....)))))))(((((.((((.........)))).....(((((((((...(((((..((..(((((((((((..((...((((((((.(.(((.......))).).))))....((((........)))).)))))).))))))))))).)).............))))))))))))))((...((((((.((((((....)))))).)))))).))(..((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))))).....)..............(((....((((((.......))))))...))).......((((((((((((...((.....)).))))))(((....))).((...(((...(((....)))...)))...)(.(..(((((.........)))))..).)((........))............(((((((((..(((((((((((........)))))))((((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..))))))))...((....))...........................((((....((((.....))))))))......((((....))))...(((......))))))).....)))))))))......((((((...((((.....))))..))))........(((((.....(((....)))))))).)).(((.((((...((((.....))))...)))).))))(((((........)))))((((((.((((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..)))))))).)))))).((...(((....)))....))(..((((..(((....)))...))))....)................((.((((((.......)))))))).............(((((((((((.....))))))..((((.....))))...........((((((((.......))))..))))........(..((((((....))))))...)......)))))..............))))))(((((((.((((((((..((((((((((((((((.(.........(((((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)).........)))))).))))))))))))))))...(((.((((((......))))))))).....))))))).).))))).......((((....((((((...........))))))))))...((((....(.(((((((((.))))))))))..))))..))..................((((..(((......)))..)))).(((....)))))))).(((((..(((((((..........))))))))))))..........))))))))))))).......))))(((((((((...((.......))...)))))))))...)))))).))..)))))))))..(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).....)))))))........)))))....((((....))).))))))))))((((((..........))))))(......)...(((((((..((.(....).)).))))))).....(.....).)))(((((((((((....))))))..)))))...()...)))))))........)))......)))))).........)))).........))))))))))((((..((((.((((.....)))).)))).))))(((((.(((.((.(((((....))))).))))..))))))))))))).)))...))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((......((((..[[[[[[[[[..))))....................]]]]]]]]](((.......[[[[)))((((.......))))..((((....))))..]]]].(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((......))))).)))))....................((((((.....[[[[[........)))))).........(((((((...))))))).]]]]]((((((((....((((..((((..(((((..(((..(((.........(((......))).(((.......))))))..))).)))))..))))..))))))))).)))...((((.[[[[[.........)))).......]]]]](((((....)))))..(((....[[[[[......)))...]]]]]......(((((........((((........(((((...)))))...........)))).....)))))(((....)))(((.[[[[))).....]]]].......(((((.....(((((..(((((...........(((......((((((((((((((..((((..(((((....)))))..)))).......(((((..(((.....)))))))).))))))))))))))((((....((((((...(((((((((((..((((...(((.((((...)))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))......))))))...((((..((((.(((((((.....(((((((((...(((((((.....((((((((.(((((....(((........)))....)))))..........((((........))))....))))))))..))))))).....)))(((....)))..(((((((((((...(((((...(((((((.((((.((((..(((.......((((((((...(((((......(((((((((((......(((((..(((((.........)))))..........((((........)))).)))))..)))))))))))................))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))....(((((((.((((((((.........(((((..........))))).....)))))))).....((((((((((.(((.......)))((((((.......)))))).)))))((((.....))))...)))))..)))....)))))))))))......)))))........(((....)))...))))))))))).(((((.........)))))....)))))).(((((((.......(((((.....)))))....(((((((........)))))))..((((((..((((.((((((..........))))))....))))..)))))))))))))......))))))))))).)))))))))))..))))).....(((((...))))).))))).....)))))(((((....(((......))))))))...(((..........[[[[[((((...((((.....))))..))))))).......]]]]]..((((....)))).(((((.....(((((....)))))...[[[[[..)))))(((((((((........))))))(((((..(((...)))....((((....(((((...((((...))))..)))))...)))).))))).))).]]]]].........((((((..(((..(((....)))...)))(((((((((.....(((((((((((((((((.......))))).........((((........((((((.....)))))).........(((((...(((((((((((((((((((.(((.....)))((((((((((....(((((((((.(((.........))).....(((.........)))....)))))))))..(((((((..((((((..(((((((((((...)))..(((((..((((((...((((((((....))))))))....)))..)))......)))))..))))))))..))))))...((((.(((((......))))))))).....)))))))...))))))))))))))))))).((((((...........))))))))))).((((((((((.((((((((...))))))))...((((.....(((......((((((..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))))...))).((((((((.........))))))))))))..((((..........))))))))))...))))))))).))))).(((((.(((((((.(((.........))).))))))).))))).))))(((((((((((......)))))).)))))..))))))))))))......(((...)))....)))))))))...(((....))).(((((((...((((((((.((((((.....((((((.......(((.((((........)))).)))....((((.(((...))).))))....(((.(((.....))).)))))))))....)))))).))))))))...(((...........)))))))))).))))))..............((((..(((..((((..[[[))))..))).))))(((((........(((((....)))))........)))))........]]]...))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....((..(((((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.(((((......)).))).))))))....))).((((....((((...((((((((((((....))))......(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))((((.....)))).(((((((((.((((........))))........((.....)).(((((.....((.....))....)))))...((((...(((((((...))))))))))).(((((((..........))))))).)))))))))....))))))))...))))....)))).(((.......))).(((((..............(((((((((.....))))))))).(((((............)))))....(((((((....))))))).))))).......))))))).(((((((((......))))))..))).(((((.......).)))).(((((((((............(((..(((((.(((....))).(((((....((((.(((((....))))).))))))))).((((((((((((..(((((((((.....(((((((((((((((..((((..(((........)))..))))...((....))..(((((...))))).....)))))))))))).)))......((((((...(((((((((((((((((...(((.((......)).)))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))...((((..((((.(((((((.(((((....)))))..(((((((.....((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))((....))..((((........))))....))))))))..))))))).....((((((((((......))))))))))...(((((.(((((((((.((((.((((..(((.......((((((((...(((((..((..(((((((((((..((...((((..(((((.((...)).)))))..........((((........)))).)))))).))))))))))).)).............))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))((.(((.((((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).....(((((.(((...............((((((.......)))))).(((..........)))..))))))))..)))).))).))))))))).))...)))))..(((...(((....)))...))).........(((((.........))))).(((.((((....))))...)))..(((((.....)))))....(((((((........))))))).(((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..)))))))............))))))))))).)))).((.(((.....)))..))(((((...))))).(((.(((.((((((.(((((....(((......)))))))).....(((........))).((((((....))))))........(((((...(((((((((...((((....))))....((.(((....(((((((((.((((((.(((((((..(((((((((........))))))(((((..(((...)))....((((.((.(((((...(((....)))...))))))).)))).))))).(((...(((....)))....)))..((((..(((....)))...))))...(((...((((((((((.((((.(((((.......)))))))))(((..........))).((((((.....)))))).(((((.....))))).((.(((((.((.(((((((.(((.....))).))).((((.((((.((((((((.....((((((((......)).............)))))))))))))))))).))))...((((((((((((((((....(((.........((((((.....((((((((....))))))))..)))).)).........)))....))))))))))))))))...((((.(((((......))))))))))))).))))))))).......))))))))))))).((((((...........)))))).)))..)))))))....))))))..)))))))))....))))).....(((((....((((((........)))))).......(((...(((....)))..))).(((((..(((((((..........)))))))))))).............))))).)))))))))...))))))))))).))).)))..(((((((.(((.(.....).))).))))))).))))))))).(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).))))).)))))))..)))))..))).........(((((......))))).(((((((.((((((.((..((((((.......(((.((((........)))).))).((.((((.(((...))).)))).)).(((.(((.....))).))))))))).)).)))))).)))))))..((.(((...((((....))))))))))))))))))..)))))))))(((((.((...(((((((...))))))))).))))).(((..((....(((((....)))))...))...))).))))))))..))...))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((.........(((((((((((((.((((((((.((((((..........................(((((<<<<<(((.......)))...<<<<<))))).........(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((...((..........))..)))))......................(((......((.....)).....)))..........{{{{{{{.....{{{{{{{{{.{{{{............((((..(((......................................(((.......)))......................((((((.......))))))((((((...........)))))).......((((((....))))))...............................................................................................................((((..((((....(((((....)))))...))))..))))............................(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))....................)))))))))))))..........((((....(((((((((((..((((....(((............)))...))))...((((.((((........))))))))....)))))))))))...................)))).......................(((((....)))))..(((((((.....((((((((.....(((...(((.((((...(((((((....))))).))...)))).)))..)))......))))))))..))))))).....((((((((((......))))))))))...................[[[..[[[)))aa))))...(((((((((...(((((......(((((((((((......(((((((((...(((.......)))...))))....((((........)))).)))))..)))))))))))................))))))))))))))AA...]]].]]]((((((((....)))))))).............(((((((.........(((((.((....)).))))).....)))))))..............................((((((.......))))))......................>>>>>....>>>>>...((((((((...((((((((..(((...(((....)))...)))...(((((.(((((.........)))))..............................((((((((..((((((((((..........))))))((((((((..((((.((((((..........))))))....))))..)))))))).........((....))...............................................................................)))).....))))))))..........(((....((.......))...))).........(((((...............)))))...............((((.....))))...))))).)))))))).........)))))))).....(((.......)))...(((((((((...((......))...)))..))))))..))))))..))))))))..........(((........(((....)))......(((((((((.((..(((((((((((((((((.......))((((((.............(((((..(((((((..................................((((.................))))...........(((.......)))...)))))))...)))))........(((((...((((((.......(((((....((((((((((((((((............((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............))))...))))))))))))))))...(((.((((((......))))))))).....bb)))))....BB.........((((....((((((...........))))))))))...(((.......(((((((.....)))))))....)))..............((((((........))))))......((((...(((....)))..)))).((((..(((((((..........)))))))))))..........))))))....)))))...........((((((((...((.......))...))))))))..))))))..cccc..))).CCCC..(((((((((((......))))))).))))..))))))))))))......(((...)))..)))))))))))...(((....)))............(((((((.((((((..................(((((((...............)))))))...........((...(((((((((((....))))))..)))))...))..)))))).)))))))..(((((...........))))).......))).........)))))))}}}}...}}}}}}}}}.....}}}}}}}.......((((........(((((....)))))........)))).))))))........))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....((..(((((((.(((((((((((((((.(((((...(((((.(((((....(((((((..(((((((..((((.......)))).....))))))).(((((...(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((......))))).)))))......................((((.....((.....))...(((((((..((((...(((((((...)))))))))))..((((((..........))))))...................(((.....))).....(((.(((.......))))))(((..............(((((((((.....))))))))).(((((............)))))....(((((((....))))))).))).................(((((((((......))))))..)))....((.......))(.........)(.........(..(((((((((.((.((((((..((..(((..((((.((.(((((....))))).))))))..)))(((((.....)))))....((((.(((.((((((((((((((..((((..(((........)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...(((.((......)).)))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).........(((((((((....(((((....)))))..(((((((.....((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))((....))..((((........))))....))))))))..))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...(((.(((((..(((.......((((((((...(((((......(((((((((((..(...(((((..(((((.((...)).)))))..........((((........)))).)))))).))))))))))).((..........)).))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))))..))))))).((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).......))).))))..............((((((.......)))))).)).))))))))..)))))).)))..).....)..)))))))..........((.((...(((...(((....)))...)))...)).)).(((((.........))))).(((.((((....))))...)))..(((((.....)))))....(((((((........))))))).(((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..)))))))...)))).......)))))..)))).)))....)))))...))))).(((((...)))))................(((((....(((......))))))))....................((((((....))))))....................((((.....(((....))))))).....((...(((...((((.....))))...)))...))((((((........))))))....(...(.....).....((((.((.(((((...(((....)))...))))))).)))).))))))..)))))))...........(((..((((..(((....)))...)))).((((((..((..(((((..((((((((((.......)))))(((.....)))..........((((((.....)))))).(((((.....))))).(((((..(((....(.(((.(((.....))).))).......((.(((((......)))))..))((......)).........(((((.(((((((.....(((....)))..((((((((((((((((.(.....)...(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..))))))))))))))))...(((.((((((......)))))))))...((((((.....)))))).......((((....((((((...........))))))))))...((((......((((((((...))))))))...))))..............((((((........)))))).......(((...(((....)))..))).(((((..(((((((..........))))))))))))..........)))))..)))))))...)...)))))))).......(((((.(((((((.(((.(.....).))).))))))).))))).....(((((((((((......))))))).))))..)))))..)))))......(((...)))..)).))))))...........((((......)))).((((((((.((((((.((..((((((.......(((.((((........)))).))).((.((((.(((...))).)))).)).(((.(((.....))).))))))))).)).)))))).)))))))).((.......((........))...))..))).......))))))))(((((.((...(((((((...))))))))).))))).(((......(.(((((....))))).)......)))..)))))))..))...))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((........(((((((.(((((((((((((((.((((((.........(((..((((((((((......(((((((((.......)))).))..))).....((((((..(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((......))))).))))).....................(((((.......<<<........)))))...((((...(((((((...))))))))))).(((((((..........))))))).(((((...........((((.....)))).....((.(((.......)))))cccc...)))))......(((((((((.....))))))))).(((((............)))))....(((((((....))))))).CCCC................(((((((((......))))))..))).(((((.......))).)).fffffffff..........(((.(((((.((.((((((..(((......((((.((.(((((....))))).))))))......((((..[[[))))ddd..((((.(((.((((((((((((((..((((..(((((....)))))..)))).............(((((...))))).....))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...(((.((.(...))).)))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).........(((((((......(((((....)))))..(((((((.((..((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))..........((((........))))....))))))))))))))))).....((((((((((.(...)))))))))))....(((......)))...(((.(((((..(((.......((((((((...(((((......(((((((((((......(((((..(((((.........)))))..........(((((.....).)))).)))))..)))))))))))................))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))....)))))))(((((((((.((......(((((..........)))))...)))))))))).).....))).))))..............(((((((....).))))))))).))))))))..)))))..)))........................>>>.........(((...(((....)))...))).........(((((.........))))).(((.((((....))))...)))..(((((bbb..)))))....(((((((.((...)))))))))((((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..))))))))............))))))..)))).))).))).)))..........(((((...)))))................(((((....(((......)))))))).........BBB.......((((((({.{{)))))))..}}}...........eee(((.....((((....)))))))................((((.....))))eeeeee.....((((((........)))))).......(((...)))....((((.((.(((((...(((....)))...))))))).)))).))))))..)))))))................((((..(((....)))...))))(((((((..........((((....((((((....).))))).....................((((((.....)))))).(((((.....))))).(((((...((.((((.(((.(((.....))).))).......((((((((......)))))).))...................(((((.((((((((...((((....)))).(((((((((((((((((((...)))..(((((((((((.....((((((((....))))))))..)))).)).........)))))..))))))))))))))))...(((.((((((......)))))))))...((((((.....)))))).......((((....((((((...........))))))))))..EEEEEE.....((((((((...)))))))).....................((((((........))))))......((((...(((....)))..))))(((((..(((((((..........)))))))))))).........))))))..)))))))EEE)))))).))))).......(((((.(((((((.(((.........))).))))))).)))))DDD..(((((((((((......))))))).))))aaaaa.))))AAAAA..]]]..............)))))))....(((....)))...........((((((((.((((((.....((((((.......(((.((((........)))).)))(((.((((.(((...))).)))).)))(((.(((.....))).)))))))))....)))))).)))))))).((.(((...((((....)))))))))FFFFFFFFF...))))))))(((((......(((((((...)))))))...)))))((((.(..(((.(((((....))))).)).)..))))).))))))).......))))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....(((((..(((.((((((((((((((((.((((((...........(((.....(((((..(((.((((.((((.......))))....(((((((.((.(((...(((....)))(((((((.....)))))))..((((((((.........)))))))).(((((((((((((..(((((......))))).)))................(((((..((((......((.....))....(((((.....((...((((((.....)))))).((((((((.(((((....(((..((....((((((......(((((((..((.(((......))).((((.....((((.(((((.........(((..(((((((((.....))))))))).(((((............)))))..)))((((((....))))))..)))))...............(((((((((......))))))..)))...)).)).....))))...))..)))))))...))))))..))..)))...(((....))).)))))...))))))))..(((((((.(((((.((..(((((..(((((.(((.................(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).((((....((((((...(((((((..(((.((((...(((.((......)).)))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((..((((.(((((((.....((((((..(((((((.(.......((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))..........((((........))))....))))))))..((((....)...)))..).))))))).(((((((((((...(((((.(((((((((.((((.((((..(((.......((((((((...(((((......(..((((((((......(((((..(((((.(.....).)))))..........((((........)))).)))))..))))))))..).((..........)).))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))((.((..((((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).....(((((.(((...............(((((((....).)))))).(((..........)))..))))))))..))))..)).))))))))).))...)))))........(((....)))...))))))))))).(((((.........)))))....)))))).(((((((.......(((((.....)))))....(((((((........)))))))..((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..)))))))))))))......))))))))))).)))))))).))).))))).....((((.....)))).)))))..)).)))))(((((....(((......)))))))).........)))))))..)).((((...((((.....))))..))))........)))))....((((....))))))))..))))).))))).)))))....)))...)).)))))))..)))).)))......((....)).)))))..))).....((((.((.(((((...(((.....)))..))))))).)))).))))))..))))))).........((((((.......(((....)))......(((((((((.((..(((((((((((((((...........(((((...(((.((((...(((((..((((((((........(((((.....)))))...((((...((((((..(.((((..............)))).)..)))))).))))....))))))))...)))))........(((((.((((((((.((((....(((((..((((((..((((((((.(.(((...(((((((....))).((.((((((((....))))))))....))...))))...)))....).))))))))..))))))...((((.(((((......))))))))).....)))))(((((.(.((((((((.((((....((((((...........))))))))))........(((((((((...(((..(((((.....((((......................((((..(((......)))..)))).(((....)))..)))).))))))))))))))))))))))))).)))))).....))))...))))))..)))))))............)))).)))..((((..(((((((.(((.(.....).))).)))))))..))))...))))).(((((((......)))))))..)))..))))))))))))......(((...)))..)))))))))))...(((....))).(((((((...((((((((.((((((.((..((((((.......(((.((((........)))).)))..(((.((((.((((.(.....).)))).)))))))..........)))))).)).)))))).)))))))).((.......))........))))))).)))))).....))))))))))))..)).)))......((((...((((.....((((((.((.....(((((....))))).)).))))))...))))...))))...))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((............((.((((((((.(((((((.((((((.......................................................................(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((......))))).)))))...........................................................(((((((...)))))))...............................................................(((.(((......))).))).................(((((((((.....)))))))))...........................(((((((....))))))).....................((.((((((......))))))...))....................................................................................................................................(((((((((((((..((((..((((......))))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).........((((((...(((((((..((((((((...(((.(........).)))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..)))))))((.(....).))......))))))........................................(((((.....((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))..........((((........))))....))))))))..))))).......(((((((............)))))))...................(((..((((..(((.......((((((((...(((((......(..((((((((......(((((..(((((.((...)).)))))..........((((........)))).)))))..))))))))..).((..........)).))))))))))))))))..)))).)))((((((((....))))))))............((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).............................((((((.......))))))............................................................(((.(.(((....))).).))).........(((((.........)))))..........................((((.....)))).....((((((..........))))))..((((((..((((.((((((..........))))))....))))..))))))................................................((((.....))))...............................................................((((....(((.....)))...))))........((((......(((....))).))))................(((.....)))....................................................((((.((.(((((...(((.....)))..))))))).)))).))))))..)))))))..........(((((..(((..(((....)))...))).(((((((..((...((((((..(((.(((.........)))......................((((((.....))))))..((((.....))))......................................................................................(((((...(((..........(((((((..((((((..((((((((.(.....)...................((((((((....)))))))).........................))))))))..))))))...(((.((((((......))))))))).....))))))).......................((((((...........)))))).......................................................................(((......))).......(((....)))..............((((((..........))))))..................)))....)))))......................((((..(((((((.(((.(.....).))).)))))))..)))).......((.((((((......))))))..))....)))..)))))).......((.....))..)).)))))))....(((....))).(((((((...((((((((.((..((.((..((((((.............................................................................)))))).)).))..)).)))))))).((.......))........))))))).))))).......)))))))))).............................................(((((....)))))...........................))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....(((((..(((.((((((((((((.((..((.((((..((((((((((..(((........((((((((..(((..(((((.((((((((((...(((((((....(((....)))(((((((.....))))))).((((((((...........))))))))........(((((..(((((......))))).))))).)))................((((((.....((.....))....))))))..))))...(((((((...))))))).......))))).......(((..((....((((((......(((((((..((.(((......))).((((.....((((.(((((..............(((((((((.....))))))))).(((((............)))))....(((((((....))))))).)))))...............(((((((((......))))))..)))...)).)).....))))...))..)))))))...))))))..))..)))))))))))))))).))))))))......(((((....)))))...)))..)).)))).)))))))).))..))))).(((((.(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).((((....((((((...(((((((..(((.((((...(((.((......)).)))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((..((((.(((((((.....((((((.((((((((.........((((((((.(((((.((.(((........)))..)))))))..........((((........))))....))))))))..(((.........)))....))))))))(((((((((((...(((((.(((((((((.((((.((((..(((.......((((((((...(((((......(..((((((((......(((((..(((((.(.....).)))))..........((((........)))).)))))..))))))))..).((..........)).))))))))))))))))..))))))))((((((((....))))))))((.((..((((.((((((((.((......((((..((....))..))))...)))))))))).....(((((.(((...............(((((((....).)))))).(((..........)))..))))))))..))))..)).))))))))).))...)))))........(((....)))...))))))))))).(((((.........)))))....)))))).(((((((.......(((((.....)))))....(((((((........)))))))..((((((..((((.((((((.((.....))))))))....))))..)))))))))))))......))))))))))).))))))))((((....((((((((........((((.(((.(((..((((....))))..((((((((((.((((((..((((((........((((.((((((....))))))........(((((...((((((((....((((....)))).((((..((((...(((((((((..(((((.(((((((..(((..(((((.((((....(((((((((...............((((.((.(((((...(((.....)))..))))))).)))).(((.((((....((((...((((...(((..((((..(((....)))...))))....))).)))).))))...((((.(((((.......))))))))).))))))).........((((((.....)))))).(((((.....))))).)).)))))))....)))).........((((((((((((((....(((((((((.....((((((((......)).............)))))))))))))))..(((((((..((((((..((((((((...(((...(((((((....)))....((((((((....)))))))).........))))...)))......))))))))..))))))...((((.(((((......))))))))).....)))))))...))))))))))))))))))).((((((...........)))))).)))..)))))))....)))))...)))))))))..((..((((.............((((((........))))))...(((((((...(((....)))..)))...)))).(((((((..........))))))).))))..))......))))..))))))))))))...))))).)))).....((((..(((((((.(((.(.....).))).)))))))..))))..)))))).(((((((......))))))).....(((((.....)))))........))))))......(((((.....(((....)))..(..(((((.((((((..((....))))))))((((..(((((...)))))....)))).)))))..)......))))).....)))))))))).......))).)))....(((((........)))))..))))......)))))))).......))))....))))).......))))))))))))..)).)))......((((...((((.....((((((.((.....(((((....))))).)).))))))...))))...))))...))))))))))).