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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00490



RNA: CRW_00490
Rfam family: -

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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((((((.....))..))))).(((.............................((...(((((((dddddd..................))))).........((((....))))((((....)))).((((....)))).......((((..(((((......))))).))))..............................hhhhhhh.....hhhhhh...((........((((((((....))))))))..........(((((.....((..((((((.(((..(((...((((((....))))))(((......)))............)))....))).))))))))..)))))...............((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((...............................((....))...............((((....)))).....................(((............((((((((((ff.....))))))))))................(((((.......(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((...(((.((((((((..................(((((......)))))......(((.....)))..................................................................................(((..<<<<)))..>>>>.((...........))................(((......(((......))).......)))........................................(((((((.(((..bb))).)))))))....................................................((......((((eeeeee))))......)).(((((BB((((.......))))..))))).............))))))))))).)))))EEEEEE....((........)).)))))....................(((..((((((((...)))))))))))............(((((((...((....(((((.((....)).)))))....))))))))).....((((((((....((((.......((((((.......))))))..((....))....((((((((((((.....((((((...........................((((((......(((((((((.....(((((........)))))............................................(((.......))).......(((((((({{....((((((((...((............cc.....))CC...(((((...((((((((.((.((.........................)).))..))))))))..))))).......)))))))))))..}}...))))).....((....(((((....)))))....)).....(((..((((((((.((.......((......(((((...............)))))((((((((...)))))))).)).......(((((((((.....................(((((((((...(((.....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..(((...((...(((((....)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........)))..((((.......))))..........)))))).....))))))).))..)).)))))))).)))...........))))))))).......))))))..........)))))).....))))).))))))))))).....))))))))((((((((((((((((............((((..((((((...((((((((....))))))))....)))..)))......))))...))))))))))))))))...((((((........))))))...............................((.(((((((...........))))))).))...((((((....(((((((.....)))))))..................FF))))))...aaaa..aaa...)))AAA..AAAA.(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....)))))))).....................[[[))((((((((((.........))))..))))))...]]]............DDDDDD...(((((((((((......))))))).))))hhhh))...))HHHH........((((((.....HHHHHH.(((((((....))).)))).........HHHHHHH........................((((((...............))))))..(((((....(((..((((((((((((....))))))...))))))..)))..)))))....((....(((((...........)))))....)).........................................(((((.......)))))............))))))......................gggggg)))...GGGGGG...)))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...)))..)))))..(((((...((......)).(((........((((..((((((((((((((((.....((((((((.(((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..)))).)))).)))).(((((..(((.(((((((((.(..((((((((....))))))))...)......(((((.....((..((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))))..)))))..(((....)))...((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((...((.....)).((....))....(((.......))).)))...)))))))..((((((((((((.((.((..(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((..((.((.(((((((...(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).((((((..(((.((((((((.(((.(((..((((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))..(((..(((....))).))).....((((.....(((((.((......))...)))))....))))((..........(((((...)))))))...))))))..))).)))...((((((....((((.((((((((...((((................(((((...(((............))).)))))..(((((((.(((....))).)))))))....(((......)))........)))).))))))))...(((((((...)))))))...(((((....)))))....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...))))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).)))...))))))).)).))..))))).((((((.......))))))....)))))..)).)).((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).)))))....(((.((((((........)))))).))).(((((((((.(((((((.....(((((((((..((....((((((((.(((.(((...))))))((((...)))).((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..))))))......)))))))).....))..)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......))))).((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))....((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((.....)))...))..))))))).........(((..(((((..(((....(...(((((....)))))...)....))))))))...))).((((((.......))))))...)))).))))).)))))).(((((.....)))))((((((((...(((((..(.....).)))))(((((.....)))))................(((((((....)))))))....))).)))))....((((..((...))..)))).))))))).)))))))))..))))))).)))))............((((.((((.((..((((((((....))))))))((((((...((((......))))...((((........))))..(((((((......)))))))((((((.((..(((((...)))).).)).))))))))))))..........)).)))).)))).((((((((((.((((((((...)))))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..)))..)....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).)))))..))))........)))((((((...((((.(((.(((((.(....).).)))).((((.....((((...))))..((((((((...(((.((((((......((.((.((.(((.......))).)).)).))..((((((((((((....))))))...))))))......((((((...)))))).(((((...........)))))..)).)))))))......))))))))..(((.....)))...)))).(((((.......)))))....))).)))))))))).(((((....)))))..)))))(((((((....)))))))...)))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((((((...))))..))))..((((((.............(((........(((((.((((((((((((((((.....((((((((((((((....))))).((((....))))((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).((((((((((.((((((((((((.((((((((....))))))))..))).....(((((...(.((..((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))))).))))).((((....))))..((((((((((..(((((......(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((.........................(((.......))).)))...)))))))..((((((((((((........(((((..(((((((((((((.......)))))))))).))).(((((........(((((((..((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....)))).......))))))))))))))((((((..(((.((((((((.(((.(((.(((((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))..((((.(((....))))))).....((((.((..(((((.(((....)))...)))))..))))))......(((..[[[[[[)))]]]]]]....)))))).)))).)))...((((((....((((.((((((((...((((................(((((...(((............))).)))))..(((((((.(((....))).)))))))....(((......)))........)))).))))))))...(((((((...)))))))...(((((....)))))....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...))))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.........(((((..........)))))......))))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....)))))........((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((.(.((((..(((....))).).)))..)))...(((((........))))).)))))....(((.((((((........)))))).)))((((((((((.(((((((.....(((((((((........((((((((((((.(((...))))))((((...))))(((.((((...((((((((........(((..((((......))))..)))......))))))))..)))))))....))))))))).........)))))).)))(((((..(((((....)))))..)))))(((((......)))))(((((((.(((((.((((.(((((.....(((....))))))))((((((((...))))))))....((((((((..........))))))))..........(((((((.....(((.....))).......))))))).........(((..<<<<<..<<<....))).(((((....)))))........>>>>>>>>.......(((((((....).))))))...)))).))))).)))))))(((((.....)))))((((((((...(((((..........)))))(((((.....))))).((((...))))....(((((((....)))))))....))).)))))....((((...........)))).))))))).)))))))))).))))))).)))))............((((.((((.....((((((((....))))))))((((((...((((......))))((({{{{{..))).}}}}}..(((((((......)))))))((((((.((.((((((...)))).)))).)))))))))))).............)))).)))).((((((((((.((((((((...))))))))................).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).))))))))).....))))).)).))))))))..((((((....)).)))).)))))))))(((((((.........)))).)))..))))))....))))...))))))))))).(((((((((((......))))))).)))).))))).)))))........)))((((((.(((((...(((........)))..)))))..(((......((((...))))..((((((((...(((.(((((((...(.((.......(((.......))).......)))(((((((((((((....))))))...)))))).)....((((((...)))))).(((((...........)))))).)).)))))))......))))))))..(((.....)))....))).(((((.......)))))............))))))((((((....))))))))))))(((((((....)))))))...)))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((..((.((((((.(((.....))).)).)))).))......(((((((.......(((((.(((((.((((((((((.....(((((((((...(((((.(((...((((....))))((((....)))).((((....)))).)))..(((((..(((((......))))).)))))....................)))))))))).)))).((((((((((.(((((((((....((((((((....)))))))).(((((....(((((.....((..((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))))..)))))..((((.((((.(..((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((...(((((((.....(((.............((....))....(((.......))).)))...)))))))........((((....((((.........(((((((.(.((((((.(((.(((((((((((((((...(((((..((((..((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))))........((((((...(((((((..((((..((((..(((((......)))))((((((((((...)))).))).)))........)))).)).))..))))))).(((.....)))......)))))).....))..))))..(((((.((((.(((((((...(((((((((...((((.((((((...(((...(((.((((...((((((......)))).))...)))).)))..)))....)))))).).)))..))))).(((((.(((((((..((....))..)))))))....(((......)))..(((((((((....((((((...(.(((((((.........((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)))))))))))))....((((((((.((((......((((((........(((..((((((((...))))))))))))))))).)))).(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))....(..(..((((..............((((((.......))))))((((((...(((.....((((((((...((.....)).))))))))..))).((.(((......)))))..))))))..))))..)..).(((((........))))).))))))))...))))))).))))))).................((((.....))))...))))).)))).)))))..))))((((((...((.....)).))))))....))))))))))).))))).)))))((((((.((...(((((....(((((((.((..((((....))))...(((......)))...))))))..)))...)))))....)).)))))).............))))))))..(((..((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))..............(((((((....)))))))....))))))).(((.......((((((.(((((..(((...(((.(((((.(..(((((((((((((..................((((.(...((((((((....))))))))).))))...((((......))))..)))))))))))))..)...(((((((......)))))))....))))).))).)))))))).)).)))).((.(((((((...........))))))).))....)))..(((.(((((((.....)))))))...))).......))).)))))).).)))))))........)))).....))))(((....))).))))).)))...))))))).))))))))).))..)))))....)))))))).).))))..)))).))))).))))))))).(((((.((.......))..))))).))))))....))))...))))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))))........(((((((((...((((.(((.(((((((....))).)))).((((.((((.(..((((.....((((((((.(((((..(..((((..((.(....).)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).))))))))..))))....).)))))))).(((((.......)))))....))).)))))))))).))).......))))))).)).(((((((....)))))))...)))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.........................................................(((((.(((((.((((((((((.....((((......((((....))))...(((....))).((((....)))).((((....))))......(((((..(((((......))))).))))).......((........))............)))).((((((((((.(((((((((....((((((((....)))))))).(((((....(((((.....((..((((((.(((..(((...((((((....))))))........................)))....))).))))))))..)))))..((((.((((....((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((...............................((....))...............((((....)))).................................((((((((((((((....).)))))))))).)))............(((((.((....(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((...(((.((((((((.(((.(((..(((..(..(((((......))))).(((((((....((((...(((......)))..))))...((((((.((((((..((..........))..)))))).)))))).)))))))((((..(((((....)))))...))))...)..)))..))).)))...((((((....((((.((((((((...((((......................................(((.(((.....(((((((..((....))..))))))).....(....)..))).)))....)))).))))))))...(((((((...))))))).....................)))).(((((.(((((.......))))).)))))...))))))....))))))))))).)))))......)).((((......))))))))).......(((((.............((((((((...))))))))...))))).......................(((((.((....)).))))).............(..(((.(((((((...((((.......((((((.......))))))..((....)).....(((((((((((.....((((((((...(((...............(((...(((((.((((..((((........(((((........)))))......................................................))))..)))).)))))........((((((((.....((.....))...(((.....)))((..((((...((((((((.((.((.(.((..(..(....).)..)).).)).))..))))))))..)))).)).....))))))))..)))..............(((((..((((......))))..))))).........((((((((.........(((......(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).))).....((((((((((((...................((((((.((...(((.....)))...))...))))))..((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...)))))...)).))))))).)))....))))))))..................((((((......))))))..)))...)).)))))).....))))).)))))).))))...).))))))..(..(((((((((((((..............(((.((((.(...((((((((....))))))))).))))...(((.....))).))).)))))))))))))..)...(((((((......)))))))..)))..)..........................(((((((...........)))))))......(((((((...((((((((...))))))))...................)))))))...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))))...))))..)))).))))).)))))))))..........................))))))....))))...))))))))))..((((.((((((......))))))..)))).))))).)))))........(((((((((............(((((((....))).)))).......................((((((((.(((((..(..((((..((.(....).)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))....).)))))))).....................(((((.......)))))............)))))).))).......................................)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......(((..((((((...(((((((((.(((((((((.......(((........(((((.(((((.((((((((((.....((((((((((((((....)))))..(((....))).((((....))))(((((....))))).....(((((..(((((......))))).))))).((((..(((......)))..))))))))).)))).((((((((((.(((((((((....((((((((....)))))))).(((((....(((((.....((..((((((.(((..(((...((((((....))))))..((((.....)))).........)))....))).))))))))..)))))..((((.((((....((((((((....(((((.((...(((((((((((((((((((.(((((.....(((((....(((....((((......((....))...((((((......((((....))))......((((((((((((.((.((..(((((..((((((((..(((.......)))..))))).)))........((....(((((((...(((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....)))).......))))))))))))).((((((..((((.(((((((.(((.(((..(((..(..(((((......))))).(((((((....(((..((.((......))))..)))...((((((.(..(((..((..........))..)))..).)))))).)))))))((((..(((((....)))))...))))...)..)))..))).)))...((((((....((((.((((((((...((((................(((((....((((.........)))).)))))..(((((((..((....))..)))))))....(((......)))........)))).))))))))...(((((((...)))))))...(((((....)))))....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...))))))....)))))))))))))))))...((.((.((((......)))).))))......((((((........(((..((((((((...)))))))))))))))))...((((((((((.((......((((..((....))..))))...)).))))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))..)).)).((((((((...(((...))).))))))))..(((((..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).)))))...((((.((((((........)))))).))))(((((((((..((((((....((((((((((((......(((((((((..((............(((.....)))...(((((...((((((((..((....(((..((((......))))..)))...)).))))))))..)))))))....))))))))))))))...))))..(((.((.(((....((((..(((..(((..(((.((((....((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((...)))))))).))))...(((((((((((((...................((((((((....(((.....)))......)))))))).(((((((((((.((((....)).))..))).)).(((((.(((((...........(((.....))).((((((.......)))))).....)))))..........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))))))...)))....(((((((....)))))))........))).))))....))))).))).)))....))))))..)))))))))..)))))).))))))............((((.((((.((..((((((((....))))))))((((((...((((......))))...(((((......)))))..(((((((......)))))))((((((.((..((..(...)..).)..))))))))))))))..........)).)))).))))....))))))..((((((((...)))))))).....))))...)))........(((((((((((....)).)).))))))).)))))........))))).)))...))))))).)))))))))..)).)))))....))))))))...))))..)))).))))).))))))))).(((((.((.......))..))))).))))))....))))...))))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))))........))).((((((..(((....)))..)).)))).......)))).)))))..))))).))))...((((((((..((((..(..((((..((........)).))))..).(((((...((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))))......))))))))))))))..)))......(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...))))...)))))))))....