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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00495



RNA: CRW_00495
Rfam family: -

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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((....))))).(((((.(((....))).(((((.(((........(((.((((...((.....))(((((((((((((.(((.....))))))((((....))))...(((....))).((((((......))))))..(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((((......))))).)))))...........((....)).)))))))))))))).))).((....(((((...(((((((.((((((((((.((((.........((((...))))....((((......)))).((((........))))(((..((..(((....)))))...)))..........((((((.....)))))).(((...((((((((.........))))))))...)))..((((((.(((((((((((.......((((((((.((((((((((...((((((((....(((..(((((.......((((....))))((.((......))))..........((((((.....((((..((((......))))..)))).((((.((((..((..((((((((...((((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..(((((...)))))......))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))))..)))).(((((....)))))..((((((......(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))......)))))).....(((((((((........)))))))))....(((......)))...((((.((((..(((........(((((((.(((......((.(((((((...(((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))).)))))))))..............))).))))))).)))..)))))))).(((((((...)))))))(((((.(((.(((((((.(((((((((...(((((.((....)).)))))..))))).....)))))))))))((((((............(((((.......)))))))))))....(((......((((((((...........))))))))......))).((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..(((((((((((.................((.(((((.((((((((((.(((...)))))))))))))((......)).(((((((.((.....)))))))))..(((...(((((((......((....((....)).....))........))))))).)))..............))))).))..)))))))))))))).)))))..(((......))).))))((((.....))))...)))))).((.((((.(((((...((..(((..((.......((((......)))).......((((((....))).)))..))..)))..))..))))).))))..))....(((..((((.(((...(((....)))...))).)))).))).))))).)))))))))))..((((..((....(((((.(((....)))..)))))....))..)))).......((((...)))).)))))..))))))))))).)).......)))))))))))..)))))).)))))))).))))))......)))))))....)))))...))......((.((((((((((((((((((....)))))).)))(((........))).....((((((.(((((.......))))).)..(((((((....((((((..((((((((..((((((.((((.....((((((((....))))))))..)))).)).......))))..))))))))...(((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))).))))))))))))).))))).((.(((((((...........))))))).))..((((((((((.((((((((...)))))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))..(((((((.(((((((((((((..((((((.(((.((.((((.........)))).))((((.......)))).(((.(((......))).)))...(((((.((((((.....)))))).)))))((.....))(((((((((((......)))))).))))).((((.....))))........(((((((.(((.(((((((....(((....)))..((((((((((..(((.....(((((..............))))).....)))....)).)))))))).)))))...))))).))))))).))).))))))...))).)))))))))).))))))).((((.(((......(((...........)))......)))..))))...))))))))))).(((....)))....(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...))))))).))))).)))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..........((((((((((...................((((.................))))..........((......................)).............((((....))))((((((......))))))....(((((((.........)))))))..........(((((...((..........))..)))))..............................................((.....dd))bbb((((..eeeee)))).......((.((((........<<(((...(((.......((((........)))).........(((....)))...........)))....)))......)))).>>)).((...((((((((.........))))))))...))...bbbbbb.bbbbbbbbbbb.........bbbbbb.bbbb.bbbbb..(((....((....))....)))........((((....))))..................))))))))))........((((..(((((....)))))..)))).(((((((.(((((((((((((((....(((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..(((.......)))......))))))))))))).........((((((((.(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))).(((....)))...))..)))))).....))))))))..........(((......)))...((((((......(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))......)))))).....((((((((((......))))))))))..........(((((((.........................((.......)).....((.(((((((...(((.(((...(((((((.(((((.......))))).)))))...((((........))))..)))))..))).))))))))).........................................(((((.....)))))..............((((((((.........(((((.((....)).))))).....))))))))...........................((((((.......)))))).......(((((....[[[((((((...((.....)).))))))...........((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..(((((((((((....................(((((.((((((((((.((.....)))))))))))).....(((((((((((((..........)))))))........(((((..............((....)).................)))))))))))............))))).....))))))))))).......................))))).(((.....)))(((((.......(((..((((((((..................(((((...............)))))((((....))))..............((........((.........))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..((((..((....((((..(((....)))...))))....))..))))))))))...)))....((.BBBBB.))BBBBBBBBBB..........BBBBBBBBBBB..BBBBBB.....EEEEE.)))))).....BBB))DD........)))))))).))).......)))))..(((((((....)))))))......................................((((.(((((.........)))))..))))..................((((.....((((((((....))))))))..))))...........................(((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))).....................((.(((((((...........))))))).))....((((((...(((((((.....)))))))...................))))))((..cccc..(((......)))))CCCC.(((....)))..............(((((((...........))))))).........................]]].......((.((((((((...((.......))...))))))))..)).......................((((((((((......))))))).))).)))))))..................................(((((((....))).))))(((((..................................aaaaaaa..........)))))AAAAAAA......................))))))).)))))))...................((...((......(((...........)))......))....)).................((....)).....(((((((((.......)))))......))))...{{{....(((((....)))))...............................)))))}}}..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((..((((((((((((((.....(((((((((((...........(((.((((...((.....))((((((((((....(((.....)))...((((....))))...(((....))).((((((......))))))..(.(((((((.........)))))))..).......(((((..(((((......))))).)))))....................)))))))))))))).)))........(((.....)))...(((((.....)))))(((......)))...((.(((((((((...(((((..((.((((........)))).))......(((....)))......(((....)))........)))))))))))))).)).((((((((.........))))))))......((((((....))))))...........)).))))))).))........(((....((....))....)))........((((....))))..........))))....))))))))))))))....((((..((((......))))..)))).(((((((.(((((((((((((((..(((((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..(((((...)))))......)))))))))))))).)......((((((((.(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))).(((.....)))..))..)))))).....)))))))).(((((....((((....))))...((((((......(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))......)))))).....(((((((((........)))))))))....(((......))).((((.........))))......(((((.....)))))........)))))..((((........(((((((((.((....))))))).)))).......))))......((((.(...((((((...((((((((....(((((.((((((((......((((((...((((..((((((((...)))))))).))))....(((((((.(((((((.....(((((.((....)).)))))....))).....)))))))))))))))))...))))....((((((.......))))))..(((((.(((...))).((((((((...........))))))))...)))))..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).)))).)))))..........((((((((...........(((((((((.(((...)))))))))))).((......)).(((((((.((.....)))))))))...((....)).......(((.(((((((....)).....(.(......((((..(((((((...(((......)))...(((..(.....)..))).((((((...(((......))).....((((.....))))..(((((((..(((..((((((((.((......((((.....(((((.((((((((.......((((((((....))))............))))..((((((((((.....)))))..((.....))...)))))....)))))).)).)))))......))))(((((((.((..((...((((...(.(........(((((......)))))....(((.........)))((((((.......))))))...).).........)))).((((((.....))))))..((((.....)))).))...)).))))))).)).)))))))).))).(((((.((((.(((((((((....))))))).))(((........))).....(((((.((((((((.(((.((((((((.(((((((....((((((..((((((((....(((..((((.....((((((((....))))))))..)))).)))..((....))..))))))))...(((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))).)))))))))))))..(((.....(((((((...........))))))))))..((((((((((.((((((((...)))))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..))))........)))))))).(((((..((((..((((....))))..)))))))))...)))...)))))).)).)))))......(((.......))).)))).)))))..(((((.((((((.....)))))).))))))))))))..(((((((((((......))))))).)))).((((.....))))........)))))).)))))))..)))).....).)......))))).)))...)))))))).))))))))..))))))))))).(((((((...............))))))).......(((((....))))).))))))).)))))))...............((((((..(((......((.............))......)))..((......))......))))))...........(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...))))......)))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((..((((((((((((((.....(((((((((((...........(((.((((............(((((((((((((.(((.....))))))((((....))))..((((....))))((((((.(...)))))))..(((((((((.........))))))).)).......(((((..(((((......))))).)))))....................)))))))))))))).)))........(((.....)))...(((((.....)))))(((......)))......(((((((((...(((((.....((((........))))........((((....))).)....(((....)))........))))))))))))))....((((((((.........))))))))......((((((....))))))...........)).))))))).))........(((................)))........((((....))))..........))))....))))))))))))))....((((..(((((....)))))..))))((((((((.(((((((((((((((..(((((.((((((((((..((((..(((.....)))..)))).............(((((...)))))......)))))))))))))).)......((((((((((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))))))))))).((((...)))).)))..)))))).....))))))))((((((...(((((....)))))..((((((......(((((((.....(((...(((.((((((((.aaaaa)))..AAAAA.....))))).)))..)))......)))))))......))))))..((.((((((((((......))))))))))))..(((......))).((((.........))))......(((((.....)))))........))))))(((((........(((((((((.((....))))))).)))).......))))).....((((.(...((((((...((((((((....(((((.((((((((......((((((((({{{{..{{{{{{{{)))}}}}}}}}.}}}}....(((((((.(((((((((...(((((..........)))))..))))).....)))))))))))))))))...))))....(((((((....).))))))..(((((((((...))).((((((((...........))))))))..))))))..((.(.(((...(((....)))...)))..)))...(((((........))))).)))).)))))..........((((((((....(((...((((((((((.(((...)))))))))))))..........((((((((.((.....))))))))))...........((((..[[[.[[[[[..)))).......<<<......<<<<..<<<<<<<...((((....)))))))((((((.....)))))).((((((...(((......))).....((((.....))))..(((((((..(((..((((((((.(((.....((((.....(((((.((((((((.........((((((....)))).))...............((((((((((.....)))))..............)))))....)))))).)).)))))......))))(((((((.(((.....(((((((.((((.....bbbbbbbb))))BBBBBB.BB................((((((.......)))))).............)))))))((((((.....))))))..((((.....)))).....))).)))))))))).)))))))).))).(((((.((((.(((((((((....))))))).))(((........))).....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((....((((((.(((((((((...((((..((((.....((((((((....))))))))..)))).))))(((....))).))))))))).((((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))))))))))))))))).((((.....(((((((...........))))))))))).((((((((((.((((((((...))))))))................).)))))))))..((((..(((.(...))))..))))........)))))))).(((((..((((..((((....))))..)))))))))..)))).).)))))).)).)))))......(((.(....)))).)))).)))))..(((((.((((((.....)))))).))))))))))))..((((((((((((...).))))))).))))(((((.....))))).......)))))).>>>>>>>..>>>>.....>>>......]]]]].]]]...)))))))).))))))))..))))))))))).(((((((...............))))))).......(((((....))))).))))))).))))))).).............((((((..(((......(((...........)))......)))..................))))))...........(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))).....))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((....))))).(((((..((((.(((.(((.((.(((((......(((........)))......(((((((.((..(((.(((....(((((.(((((((((....((((....))))...((....((((.(((((.((......)))))))........((((..(((...(((((..(((((......))))).)))))..................((((((((...((.(((((..((.....(((.....)))...(((((.....)))))....))..).)))).))..)))).))))..))).))))....))))....)).((((((((....(.(((..(((.....(.(....))....((((((((.(((((((((..(....(.(((((((.(((...((..((((........((((((.(((((..((((.......((((((((.((((((((((...((((((((....(((..(((((.......((((....))))...................((.(((((((.......((((..(((((....)))))..)))).((((.(((((.....((((((((...((((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....)))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....)))))))).....(((((((.....(((((...((((((......(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))......)))))).....(((((((((........)))))))))...........)))))...((((.((((..((((((....(((((.....)))))...((.((..(((...(((.(((.....(((((.((((((....).))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))).)))..))))...........))))))..(((...)))...)))))))).....))))))).))))).))))(((((((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...))))))))))............((((.(((.((....((((((.......))))))((((...((((((.....(((((((..(((.....))))))))))...(((((.......(((.(.(((....))).).)))..(((((.(((((........)))))..(((((((((((.......((((..(((((...((.(.((((((((((.((.....)))))))))))).)...(((((.(((((((.((.....)))))))))........(((((((......((....((....)).....))........))))))).)))))..)).....)))))..))))..)))))))))))...)).)))...))))).....))))))((((.....))))..)))).))....((((.(((((...((..(((..((.....(((((....(....).....)))))((((....)))).....))..)))..))..))))).)))).)))...)))).))))))).....(((....))).))))))).)).....))))).)))))))))))..((((..(((............(((((((((....)))))).))).)))..(....)...))))...)))))..))))))))))).)).......))))..)))))..))))))...(((.(....))))...))))..)).)))))))))).).((.(((((.......((.(((((((((((....)))))))..(((((..(((...((......))..)))..((.((((((((((..(.........)..)).))))).))).)).....)))))..)))).)).((((((((....)))))))).)))))))..)..)))))))))......................(((.((((((.....))))))))).)))))))).)))..))).)))))))))...((.(((((((...........))))))).))...))))))))).)))))...(((((((.(((...(((......(((.....((((((((.((((..(((......)))..)))).(((....)))..(((((((.(((((((((((((.((((..((((.((.(((((..(((((.........((((.......))))....(((((((((..(((((.(.((((((.((((((.....)))))).))))))...(((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))))..).)))))(((..(.(((((((....))).)))))..))).........)))))).)))..)))))..))))).)).))))..))))........((.(.(((((....(((((....))))))))))).))..))).)))))))))).)))))))..........))))))))....((......)).....)))..)))...)))..))))))).........))))))..))))))))).....))))).))..((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).))).)))))).)))).....)))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..................................................(((.((((.(((.(((.(((((((....(((((((...((.(((....((((....))))..((((....))))......))).))..))))))).(((((((.........))))))).)))))))..(((((..(((((......))))).))))).....................))).)))..)))).))).......(((((...(((((((.((((((((((.((((.....(((.((((....(((..((((...(((.......((((........)))).........(((....)))...........)))....))))..)))))))...)))((...((((((((.........))))))))...))...((((((.(((((..((((.......((((((((.(((((.((((...((((((((....(((..(((((.......((((....))))....................................((((..(((((....)))))..))))................((((((((....(((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....))))))))).)).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))(((((............(((((...((((((......(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))......)))))).....(((((((((........)))))))))...........)))))..((((........((((((....(((((.....)))))...((.((..(((...(((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.(......).)))).)))..))).)))..))))...........))))))............(((((............)))))......)))).)))))....................(((((.((....)).))))).........................................(((((.......))))).((((...((((((.....((((((((...........))))))))...(((((.......(((.(.(((....))).).)))...((...(((((........)))))..(((((((((((..........................((((((((((.(((...))))))))))))).....(((((.(((((((.(......).)))))))........(((((((......((....((....)).....))........))))))).)))))......................)))))))))))......))....))))).....))))))((((.....))))..))))............((((....((..(((..(......(((((....(....).....)))))((((....))))......)..)))..))...)))).............................(((....)))................))))).)))))))))))..........................((((((....))))))..........(....)..........))))...))))))))))).)).......))))..)))))..)))))).))))))))).)))))......)))))))....))))).........................(((((((....)))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((..((((.(((((((............((((((..((((((((...((((..((((.....((((((((....))))))))..)))).)))).((....))..))))))))...(((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))).)))))).(((((((..........((((((...........))))))......((((((((((.((((((((...)))))))).....((......)).).))))))))).................)))))))..........)))))))........................................))))....))))).)).)))))........................((((....(((((.((((((.....)))))).)))))....(((((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....)))))....))))........(((((((....))).))))........)))))))))))................(((((........((.(....).))......(..(((((...((((...(((((((..((....))..))..)))))...)))).)))))..).......))))).............................................((....)).........(((((.......))))).........(((.(((....(((((....)))))...)))..)))...................)))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((....))))).(((((..((((.(((.(((.((.(((((......(((........)))......(((((((.((..(((.(((....(((((.(((((((((((..((((....))))...((((((.(((..(((....(((((((.........))))))))))..)))..(((((..(((((......))))).))))).((............(((...(((.((((((....((..((....(((((...(((((((.((((((((((.((((.....((((((((....(((..((((...(((.(((((.((((........)))).))......(((....))).....)))...)))....))))..)))))))..))))((...((((((((.........))))))))...))...((((((.(((((..((((.......((((((((.((((((((((...((((((((....(((..(((((.......((((....))))...................((.(((((((.......((.(((((.((((..(((((((((((.....(((((..((..((((((((...((((.((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((..(((....)))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))))..)))))..((((..((((((((.((.........(((((((.....(((...(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))..)))......)))))))....((((((...(((.(((((((((........)))))))))....(((......))).)))...........(((((...((((...((....))....))))...))))).......)))))).)).))))))))..)))).))))))..........((((.....((((.....((((((..((((..(((((....((.((..(((..(((...((((((...((((..((((((((...)))))))).))))....((.((((((((.((......((((..((....))..))))...))))))))))))........)))))).....((....((((((.......))))))((((...((((((.....((((((((...........))))))))...(((((.......(((...(((....)))...)))..(((((.(((((........)))))..(((((((((((.......((((..(((((..(((....(((((((((.((.....))))))))))))))...(((((.(((((((.((.....)))))))))........(((((((......((....((....)).....))........))))))).))))).........)))))..))))..)))))))))))...)).)))...))))).....))))))((((.....))))..)))).))......)))...)))..)).)))))))........((((......))))...))))..))))))..))))))))........)))))))))..(((((.....)))))..)))))..))...(((....))).))))))).)).....))))).)))))))))))..((((..((....(((((.(((....)))..)))))....))..)))).......((((...)))).)))))..))))))))))).)).......))))..)))))..)))))).)))))))))).))))......)))))))....))))))).))..)))))).)))..)))...(((((((....)))))))...))..)))))).))))....(((((..(((((.......)))))....(..((((....((((((..((((((((...((((..((((.....((((((((....))))))))..)))).))))(((....))).))))))))..((((.(((((..(((.((((((.....))))))))).))))).))))))))))))))..).))))).((.(((((((...........))))))).)).....))))))).)))))...(((((((.(((...(((.....(((((......)))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((((.(((...((((..((((....))))..)))).((((((.((((((..((((((((..((((((((.(((.(((...(((((.((((..(((((((..((........))...)))))))..)))).....(((((((((((......)))))).)))))))))).))).))).........(((((((.(((.((((((.(((((((....))).)))).(((((...........(((((..............)))))((((((......)).)))).)))))))))...))))).))))))).))))))))(((...)))......))))))))...)))...)))..))))))...............))).)))))..)))...)))..))))))).........))))))..))))))))).....))))).))..((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).))).)))))).)))).....)))))..