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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00496



RNA: CRW_00496
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.......(((((((((((...(((((((((((((((.(((.........(((((((..((((((((..(((((((..(((.......))).....)))))))...(((....(((....)))..(((((.....)))))...(((((((((.........))))))))).......((((.(.(((..........))).))))).))).................))))).))))))).))).((....))......)))....((((.((((................((((((....))))))..((((.((((((.((.((((((........(((((...))))).(((..((....))...))).))))))....)).)))))).)))).....((((((....))))))...))))..)))).))))))).)).((((((......))))))......)))))).......((((.....))))..................))))))))))).......(..(..((((((....))))))..)..)...(((((((.....(((.((((.(((((((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))..((((.((((.(((((((((..((((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))))...(((.(((((........((((((........)))))).............(((.((((((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((..((((....)))).((((((..((((..((((...((((((((.....((...(((.....))).)).....(((((((((........)))))))))....(((......)))...(((((((.((..((((.((((.(((((.((((.((....((..(((((..(((((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))..((..(((......)))..)).))))))))..))))).)).........((((((((........((((((...(((((((..(((((....)))))..((((.(((((((.(((((((...(((((..((((((((....))))))))..(((((((...(((((((...(((((...............((((((.....)))))).(((.((...((((((...((((((((..((.....)))))))))).........(((((.(((...(((....)))...)))..))))).(((((........))))).))))))....))))).(.((....)).)....)))))....)))))))....)))))))..........(((((.((((((((((..((....))..)))))))....)))............((..(((((....)))))...))......)))))..))))).((((..(((...((((.....)))).......((...((((..(((......)))..))))...(((....)))...((((((((....))))))))..)).....)))....(((.(((((..((((....)))).(((((((.(((..((((...(((((((((......))))....(((((.......(((((.(((.(((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......))))))))..)))..)))....))))).............(((((..((....))...))))).))))).)))))))))..))).))).))))......))))).)))...........))))..((((((.....)))))).))))))).((((.........)))).))..))))))))).....(((((...)))))....)))))..))...))))))..((((.....).)))..)).))))))...)))))).))))))))).....((((((..(((.((((.(.((.((.((...((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))......)))))).).)))).)))..))))))......((((.(((...))).)))).))))..)).)))))))))))))))..))))...(((((((((...........))))))).))..(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((....(((..((((((((((.......)))))))))).)))...)))....))))..))))))..))))))))..)))).)))))..(((......)))...)))))....))))))))....))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).)))(((((.....)))))......))))))))).....(((....))).........((((((((((((((.....((((((((.(((..(((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))....))).))))))))(((((.....)))))................)))))..)))))))))..)))).))))...)))))))))).)))).)))..((((....))))..)))))))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.......((((((((((.....((((((((((((((((........((((((........))).....(((((((....((........))....)))))))...)))....(((....)))((((((.......)))))).(((((((((.........)))))))))......(((((......((....)).......)))).).....................(((((......)))))((....)).....((((.((.(((....(((((...(((.......((((((....))))))........(((.......)))............))))))))........))).))........((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))..)))).........((((.....)))).............).....))))))))))....(((((....((((((....)))))).)))))...((((.(.......(((((((....((((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..(((.......))).....))))))))))))))..(((.(...(((((((...(((.((((..((((...((((((......))))))....)))).......(((((........)))))(.(((.(((((((.((((((((..(((((..........((((((........)))))).....(((((....))))))))))...(((...((....)).........((((........(((......)))..(((((((((((..(...............(...)..................((((((((((......)))))))))).)..))...........(((((((.......(((((((((.((.......((..........)).....)))))...........((((((((......(((((((((...........(((((.(.((((.......)))).)...)))))....))))...(((.(((.......))).)))..))))).((((.........((((........))))....(((((....((......((((((((....))))))))...))...)))))))))....)))))))).............((((((.....))))))((((.(....((((((....(((((((..((.....)))))))))..........(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).))))))....).))))...))))))......)))..))))(.(((((..........))))).)...))))))))).(((((((((..........)))))))))....))))..............(((((....)))))..............)))))))))))..((((((...........))))))......................))))))).))).)..........)))))))...(..(((..((((((((..................(((((....(....).....))))).((((....((((...((((.....))))...))))...))))..........((((((((((..(.(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..)))))))).(((((.(((...((((((..(((........(((((..((....))...)))))........)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))(((((.......)))))..........)))))....)))))))).)))....)))))))).)))....).......)))))))......).)))....((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...((.(((((((((((((((((.((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).)))).)))))))))))...(((.(((.((.....)).))))))...)))))).))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((......((((((((.((((((.......))))))...))))).))).......))........((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......))))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))..........(((((...........)))))........))))......))))))))))))))).......).))))(((((.(....).)))))........(((((..(.....(((((....)))))....)...))))).........((....))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(.(..((((((....)))))).)...................(((((......(((((.((((.(((((((((((((.((((.(......((.....((((....(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........))))))))).(....)((((.(.(((..........))).))))).......((((((......)))))).......(((((..((....))......))).))..((....(((((((.((.....((.((((((....)))))).))...(((((.......)))...)).....)).)))))))...)).......((.....)).((((((((.........))))))))......((((((....))))))............................((........))......((..(((.........((((.....))))............)))....))(((((())))))(((((....((((((....)))))).)))))(((((((((((......((((...(((((((.((((((...........((.....))..(((((..(((..((((.(((((.((..(((((..........(((....))).....((((((((((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))))(((.....)))..))..))))))(((........))).................(((((((((((((.((.(((((((((..((((.....(((.((((.(.(((((((.....))))).)).).)))).)))..)))).....)))))).))).)))))........(((((((((((....)))))))))))....(((......))).(((((((.(((...(((((((.(((........(.......)...(((((..(((((.(((...(((((((.(((((.......))))).)))))......(((......)))...))))))))))..))))).............(((.((((.....)))).)))...((((..((.(((((....))))).)).))))....((((((((...(((......((((((((....))))))))...)))..))))).))).....(........)....(....(((((((.....)))))))...)......((......((((((((..((.....))))))))))......)).((((..(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))...............))).)))))))..))).)))..))))..(((((..........)))))...............(((((((((.((.....)))))))))))....................)))))))))).(.(.....((.......)).....).)..((.((((((...........)))))).))........((((..(((......)))..))))..........((((((()))))))((..((((((((.(((...(.........)(((((.....(((....))))))))(((((....((((...(((((())))).)...))))...))))).........(.(...........(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))....((.((.((.((((((..((((..((((((((((..((....))...)))))..)))))))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).........((((.........))))))).)))).)))))))).))..............))))))).))))).))))...))).)))))..((((.......))))(((((((.(((((.(((.(((((((((((((((((.((((.(.((.((......((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))........)))).).)))).)))))))))))...(((.(((.(((...))).))))))...)))))).)))..)))))..........((..(((((((...........)))))))..)))))))))((((((((((((.....)))))))..)))))...........((....))...((((..(((......)))..))))..))))))))))))).....))))((((((((((.......))))))))))........))))))))))).....))))....))(((((((((((...((.......))...))))))))).))).))))..)))))))))))).)(((((((((((......)))))).)))))..)))).)))))(((.....))))))))).....(((.(..(((((((....))).)))).).)))(((((((..........((((((((....(...(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))(..(((....(((((...........)))))....))).))........))))))))((((((...))))))........(((((.....))))))))))))((((((.(((...((((((....))))))..))..)))))).).......(.....))))))))
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((..((((.((.((((((((((((........))))).........(((((((....((.....)).((((((((((((((.((((....(((((((.(((.(((((.((((....))))((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))).......((((...(((..........)))..)))).......((((((......)))))).....((..(((..((....))......)))..)).((((((((((...(((.(((((..((((((....)))))).(((((.((((((....((((((.((((.........(((((((.....))).))))....)))))))))).......)))))).)))))....((((((....))))))...........))))).))).(((....(((..(((((((((....((..(((((.......((((.....)))).((........)).....(((((((((((....((((.((..((((((....))))))..))(((((((((((.......(((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))))))....((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))......((((((((((((((..(((.(((((((...((((((((....(((((((((..((((.....(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))).....)))))).)))...))))).((((.(((((((((........)))))))))....(((......))).((((.........)))).....))))......(((((.....((((((((..((((.....)))).(((((.(((((.......))))).))))).............(((((((((..((((.((.((....)).)).(((((..((.((((...............)))).))))))).((((((.(((((((...((.((.....)).))..)))))))..)))))).))))..))))))))).(((((((...(((((((...(((((..............(((((((.....))))))).(((((...(((...))).(((((((..((.....))))))))).....)))))(((((.(((...(((....)))...)))..))))).(((((........))))).(((....)))((((..(((....)))..)))))))))....)))))))....))))))).((((...(((.....(((((((((((.((.....))))))))))....))).....)))...)))).(((((....))))).............)).)))))).........))))).(((.....)))..((......)).((((..(((......)))..))))...(((....))).)))))))))))))..))))).))..)))))))((......)).(((......))).)))))))))))(((((((..(((...((..(((((......)))))..))...)))...)))..))))((((....(((((.....)))))))))...))))...(((....))).)))))))))))....))))).)))))))))))........((((((((((..((....))...)))))..))))).((((((((((((...((((((.......)))).)).((((..........))))((((((.....)))))).(((.......)))....((((((...)))))).((((((((...(((((...)))))..)))((((..((.(((((.....))))).))..)))).........((((....))))........(((((((.(((((((((.((((.(((((........((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))......)).)))...)))).))))))))).....(((.(((.(((...))).))))))..))))))).)))))...)))).))))))))...(((((((...........))))))))))...)))))))).)))))..))))).))).)).))))).(((..........))).......((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..))......((((((((((((...((.......))...))))))).))))).))))..)))))))))))).))((((((((((......)))))).)))).(((((.....)))))......)))))))......(((....(((((((....))).))))...))).))))))).)).)))).((((((((.(((..(((((((((..((........)).))))))).(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))....))).))))))))((((((...))))))...((((.((((((...)))))).....((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))...)))).))..)))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((((....((((.(((((((((................................(((((((....((........))....))))))).........((((....))))((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))).......((((...(((..........)))..)))).......((((((......)))))).........(((..((....))......)))............(((((............((((((....))))))......<<(((aa.....)))..........<<<<)))))>>>>...................((((((((.........))))))))..............AA...>>...............))))))).))..........................))))........((((.....))))..................))))))))))).......((((..((((((....))))))..))))(((((((((((..............((.((((((((..........................((....)).......(((....bbb))).{{{{{{{{{)))))))).........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......))))))....(((((((............((((....))))........(((...((((((((((((..(((.......(((...((.((((.....))))..))...)))..((((.(((((.........(((.....(((........((((((((((......))))))))))....(((......)))...((..............................................................(((((.(((((.......))))).)))))...................................................(((.(((.......))).)))...((((..((.(((((....))))).)).))))........................((((((((....)))))))).........................................(((((((.....)))))))..........((((....((((((((..((.....))))))))))...............(((...(((....)))...)))........(((((........)))))..))))........................................................................(((((((((.((.....)))))))))))......................(((((....)))))...........................((((((...........))))))...........ffff..(((......)))))FFFF..................ddd)))....)))DDDee.........(((......(((((...............))))))))..))))).))))....))).))))))))))))...)))..........)))))))..((}}}}}}}}}.............(((((((((...(((....)))...))..))))))).......(((BBB.(((((..((((...(((((((((..((....))...)))))..)))).)))))))))....)))((((((.......))))))..((((..........))))..((.........))............cc.........))CC..........EE.........................((((........))))...........................................(((.(((((((((((((((((.((((..............((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))...............)))).)))))))))))...((..(((.((.....)).))).))...)))))).))).....................(((((((...........))))))).......((((((...(((((((.....)))))))...................))))))....((((..(((......)))..))))..((....))..))..........((((((((((.......))))))))))........)))))))))))..((((........((((((((((((...((.......))...)))))))).))))..(((((((......(((((((((((((((((......))))))).))))...((.....((((.......))))......))........(((((((....))).))))....((((((((((((((.....((((((((........(((((((..((........)).))))))).(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))(((((.....)))))................)))))..))))))))).[[[........)))))).....)))))))....]]]..........))))....)))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((..(((((((((((....(((((........)))))............((......))......(((((((..(((.......))).....)))))))..........(((....))).((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))).......((((...(((..........)))..)))).......((((((......)))))).(((.....(((..((....))......)))......)))........((((.(((((..((((((....)))))).(((((.((((((....((((((..((....(((((...)))))..................)).)))))).......)))))).)))))....((((((....))))))...........))))).)))).((.((((((......))))))...))..............((((.....)))).((........)).....))))))))))).......((((..((((((....))))))..))))................(((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))))))..((((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((((..(((((.......(((((((........)))))).)......((....)).(((((..((.(.....)...((((((((.(((.(((((..((((.((((....))))))))......(((....((((((((.....((...((((...)))).)).....(((((((((........)))))))))....(((......)))...(((((((.((..((((.((((.(((((.((((.((........(((((..(((((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))..((..(((......)))..)).))))))))..))))).............(((.((((.....)))).))).((((((((...(((((....))))).(((((.(((((((.(((((((.(((((((..((((((((....))))))))(.(((((((...(((((((...(((................(((((((.....))))))).((((....(((...))).(((((((..((.....)))))))))......))))(((((.(((...(((....)))...)))..))))).(((((........))))).........(.((((..(((....)))..)))).))))....)))))))....))))))).)........(((((...(((((((((.((.....))))))))))).....((......))...((..(((((....)))))...))......)))))..)))...((.((((((...........)))))).))...)))).((((..(((......)))..))))...(((....)))...((((((((....)))))))).(((((....((......(.((((...((((....)))).((((((((((((..(((...((..(((((......)))))..))...)))...)))..)))))).)))..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..)))))))..((.(((.(((.((((((..((((..((((((((((..((....))...)))))..)))))))))))))))..)))))).))(.......))))).).......))....))))).((((((.....)))))).))))))).((((.........)))).))..))))))))))....(((((...)))))...((((((......))))))...))))))))...(((.......)))....)))))).))))))))).....(((((((((((.((((.(((((........((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))......)).)))...)))).)))))))))))......((((.(((...))).)))).))))..)).)))))))))))))))...))).((..(((((((...........)))))))..)).(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..)).))))))))..)))).)))).((.......))......(((((...)))))))......))))).....(((((((((((......))))))).)))).)))))..))))).......(((...)))..))))))))..(((((((....))).)))).......((..(((...))))).((((((((.(((..((..(.(((...............))).)...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....))..))....))).))))))))((((((...))))))...((((.((((((...)))))).....((((((((....((.((((((....))))))..))...))))).)))...)))).))..)))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((((<<<.(((((........)))))...........(((......))).....(((((((..(((cccc...))).....)))))))...(((....(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((.........))))))))).......((((...(((..........)))..)))).)))...((((((......))))))((((.(.(((((................))).)))..)))).......((((.(((((..((((((....)))))).(((((.((((((....((((((.((((...(((((...))))).................)))))))))).......)))))).)))))....((((((....))))))...........))))).))))....((((((......))))))...................((((.....))))..................)))))))))))....((.((((..((((((....))))))..)))))).((((((((((..((((((.......(((((((((((((..((((.............)))).............((((.....)))).....)))))))))))))))))))(((((((((..((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))))((((((.(((((.......(((((((........))))).))...(((((....))))).................(((((((((.(((.(((((..((((.((((....))))))))......((((...((((((((..........((((...))))........(((((((((((....)))))))))))....(((......)))...(((((((.....((((.((((.(((((.((((.((........(((((..(((((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))......(((......))).....))))))))..))))).............(((.((((.....)))).))).((((((((...((((({{{.)))))((((((.(((((...(((((((.(((((((..((((((((....))))))))..(((((((.(((((((((.((((aaa...)))).......(((((((.....))))))).(((((...((([[[)))((((((((...........))))))))....)))))(((((.(((...(((....)))...)))..))))).(((((........))))).]]].......((((..(((....)))..))))AAA......)))))))..)))))))))........(.(((((((((((((((((.((.....)))))))))))...((((......)).))....(((((....)))))......)))..)))))).)))......((((((...........))))))......)))).((((..(((......)))..))))...(((....)))...((((((((....))))))))((((((..........(((........((((....)))).((((((((((((..(((.......(((((......))))).......)))...)))..)))))).)))..(((((.....)))))..(((((((.....(((....))).......))))))).......((.((.((((((..((((..((((((((((.............)))))..)))))))))))))))..))))..(((((....).))))..)))...........))))))((((((.....)))))).))))))).((((((....)).)))).....)))))))))))...(((((}}}))))).(.(((((((....))))))))..))))))))....................)))))).))))))))).....(((((((((((.((((.(((((...(.((.((..((((((...((((((((....))))))))))))))..)))))...)).)))...)))).)))))))))))....(.((((.(((...))).))))))))).....)))))))))))))))..)))).....(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).....((((..........)))).....))))))))..)))).)))))..................................CCCC..........((((((((((((...).))))))).)))).))))).)))))).......(((...)))..))))))))).(((((((....))).))))........>>>(((...)))...bbbbbbbb.bbb..bbb.bbbbb..))))))))))...BBBBB...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))BBB....BBB.BBBBBBBB((((((...))))))...(((((((((((...)))))))....((((((((.(.....((((((....))))))......)))))).)))...)))).....)))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((..(((..((.((..((((((((........))))).......(.(((((((....(((((.((((..((((((((((((.((((.(((..((((....((((((..((((....))))((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))).((..((((((...((((....(((((..((((((((((((..((((((......)))))).(((.(.(((((..((....))......))).)).).)))..((.....(((.(((((..((((((....)))))).(((((.((((((.((.((((((.((((...(((((...)))))......(....).....))))))))))....)).)))))).)))))....((((((....))))))...........))))).)))(((((........(((((((((....((..(((((.......((((.....))))..................(((((((((((....(((((....((((((....)))))).)))))......((((((...((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...(((((((((((((((((.........((((...(((....)))...)))))))))).....(.((((.(((((((.((((((..(((((.(((((((((..((((((........(((((((..((((...(((.(....).((((((((..(....)..))))))))))).(((......))).(((((((.(((...(((((((.((((.((((((((.(....)..((((((..((((.....)))).(((((.(((((.......))))).)))))................)))))).(((((.(((.(((((.(.((.(((((..((.((((...............)))).)))))))............(((((..(((((.(((((((((.((((......((((((((....))))))))...(((((.....)))))..)))).))))))..........(((((((.....)))))))))).((....)).....)))))..))))).....)).).))))).))).)))))(((((.(((.(.(((....))).).)))..))))).(((((........))))))))))))).))..))....)))))))..))).)))..))))....)))).)))).))).))))))...)))))))))))))).((((((((...((((((..(((((......))).)).....((..(((((....)))))...))...............))).)))...)))..)))))...((.((((((....((...((((..(((......)))..))))...(((....)))...((((((((....))))))))..))..(((.((......(((((....(....).....)))))....)).)))...)))))).)).))))))...))))))).)))))..))).))))))))((((....(((((.....)))))))))....))))))(((....))).)))))))))))....))))).)))))))))))..(((((.((((((((((..((....))...)))))..))))).(((((.......)).)))..)))))....)))))........))....)))))))..))))).....((((((((.(((.((((.........))))..(((((((((.(((...((((((.((((((...(((((((((((..((((.....))))......((((.......))))....))))))........((((((((((((..(((.((((.(.((.((.((...((..(((((....((((((((....)))))))).)))))..))......)))))).).)))).)))..))))))...(((.(((.(((...))).))))))...)))))).))))).)))))).)))))).))).(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))...)).))))))).....))).)))))).))....)))))..))))..))))))((((((.......))))))...))....))))))...((....))..)))))))..((..((((((((...((.......))...))))))).)..)).))))..))))))))))))..(((((((((((......)))))).)))))..)))).))))).........)))))))).....(((....(((((((....))).))))...))).)))..)).))..))).((((((((.(((..(((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))....))).))))))))(((((.....)))))...((((.((((((...)))))).....((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))...)))).))..)))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((..(((..((.((..((((((((........))))).........(((((((....(((((.((((..((((((((((((.((((.(((..((((....((((((..((((....))))((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))).((..(((((....((((...........((((((((((((..((((((......))))))((((.(.(((((..((....))......))).)).).)))).((.....(((.(((((..((((((....)))))).(((((.((((((....((((((........(((((...))))).....................)))))).......)))))).)))))....((((((....))))))...........))))).)))(((((........(((((((((....((..(((((.......((((.....))))..................(((((((((((.......(..(..((((((....))))))..)..)...............((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))..)))))))((.(....).))......))))))...((((((((((....(((.......................(((...(((((..(((((..(((........................................(((((.(((((....((...(((((...(((.(....).(((((((((........)))))))))....(((......))).(((((((.(((...(((((((..........(..(.(....).)..)....................((((.(((((.......))))).)))).....................((.(((((.(((.(((((.(.((.(((((..((.((((...............)))).)))))))............(((((..((((.....((((((.((((......((..((((....))))..))...(((((.....)))))..)))).))))))..........(((((((.....)))))))..................))))..))))).....)).).))))).))).)))))(((((.(((.(.(((....))).).)))..))))).(((((........)))))....)).............)))))))..)))......((((.((.......((((..((((.((...((((.......((((((((..(......)..))))))))......................(((((....))))).....))))...))))))..))))...((((((...........)))))).............)).))))......))))))).....)))..)))))...((((((((....))))))))..)).....(((......(((((....(....).....))))))))..))))).)))))...))).)))))..)))))...)))..)))..)).))))))))((((....(((((.....)))))))))..........(((....))).)))))))))))....))))).)))))))))))........((((((((((..((....))...)))))..)))))..............................)))))........))....)))))))..))))).....((((((((.(((.((((.........))))..(((((((((.......((((((.((((......((((((......)))))).((((((.((((............................))))..((((((((((((..(((.((((...((.((......((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))........))))...)))).)))..))))))...((.((((.(((...))).))))))...))))))..)))))).)))).)))))).....(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))...)).))))))).....))).)))))).))...........))))...)))))((..((.......))..))...))....))))))...((....))..)))))))..((..((((((((...((.......))...))))))))...)).))))..))))))))))))..(((((((((((......))))))).))))..)))).))))).........)))))))......(((....(((((((....))).))))...))).)))..)).))..))).((((((((.(((..(((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))....((....(((((...........)))))....)).)))....))).))))))))((((((...))))))...((((.((((((...)))))).....((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))...)))).))..)))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.......(((((((((((....((((((((((((((.(((.........(((((((..((((((((..(((((.((((((.......)))......(((.......((...((((....))))((((((.....))))))..(((((((((.........))))))))))).....((((...(((..........)))..)))).))).......))).))))).))))).))))))).))).((....))......)))....((((.((((................((((((....)))))).(((((.((((((....((((((........(((((...))))).(((..((....))...))).)))))).......)))))).)))))....((((((....))))))...))))..)))).))))))).)).((((((......))))))......)))))........((((.....))))..................))))))))))).......(..(..((((((....))))))..)..)...(((((((.....(((.(((..(((((((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))..((((.((((.(((((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).((((((..((((........((((((........)))))).............(((.((((((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((..((((....)))).((((((..((((..((((...((((((((..........(((.....)))........(((((((((........)))))))))....(((......)))...(((((.((((.((((.....(((((......(((((..((..((((((..((...((((((((.........(((....))).(((((((((...((..(((......)))..)).((((..(((((......((((.......(((.((((.....)))).)))..(((((..((.(((((....))))).)).....((((.(((((((...((((.....((..((((....))))..))....((((((((..(((((.(((((.........(((((..(((((((.....)))))))((((((...(((......((((((((..((.....))))))))))........(((((((((((..((((....((.((((..((((...(((((........)))))..(((((((((((((...((((..((((.((.(((......))))).)))).(((..((((.((...((((.((....((((((((..((....))..))))))))....))............((..(((((....)))))...))))))...))))))..)))........))))...))....))))))))))).)))).((((..(((......)))..))))...(((....)))...(((..(((....)))..))).....)))).))....))))..)))..))).)))))..)))...))))))...)))))..(((....))).....(((((..(((((...........)))))...)))))..............))))).)).)))..(((....)))...........))))))))(((((...((((((..((((..((((((((((..((....))...)))))..)))))))))))))))...)))))))))...))))))).))))...)))))....))))..((((((.....))))))..)).))).))))..)))))))))..)))))))))).)))...)))..))...........((((((......))))))..)))))...))))).....))))..((((....))))..))))..((((((((((((..((..((((...((.((.((...((..(((((....((((((((....)))))))).)))))..))......))))))...))))..))..))))))...(((.((..(((...)))..)))))...)))))).)))))))))))))..)))).((..(((((((...........)))))))..)).(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((....(((..((((((..((.......))..)))))).)))...)))....))))..))))))..))))))))..)))).)))))..(((......)))...)))))....))))))))....))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))..))))))..................))))))))).(((((((....))).))))....((((((((((((((.....((((((((.(((..(((.(((((..((........)).)))))...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))....))).))))))))(((((.....)))))................)))))..)))))))))..)))).))))...))))))))))..))).)))..((((....))))..)))))))))))))