|
|
|
UAAGGCAGUGGUAGCGCUGAAGAAUGUUCGUGCAAUUGUCGUUAUUCAUUAUAAAAGGGCGGGUUUUAAAGGAUAUUUUAAAAUUUAAAACAAGCUUUUAAGAGCAGAUGGCGGAUGCCUUGCCAAAGAGAGGCGAUGAAGGACGUACUAGACUGCGAUAAGCUAUGCGGAGCUGUCAAGGAGCUUUGAUGCGUAGAUGUCCGAAUGGGGCAACCCAACUAAUAGAGAUAUUAGUUACUCUAACAGAGAGCGAACCUAGUGAAGUGAAACAUCUCAGUAACUAGAGGAAAAGAAAUCAACGAGAUUCCCUAAGUAGUGGCGAGCGAACGGGGAAAAGGGCAAACCGAGUGCUUGCAUUCGGGGUUGAGGACUGCAACAUCCAAGAGAACGCUUUAGCAGAGUUACCUGGAAAGGUAAGCCAUAGAAAGUGAUAGCCUUGUAUGCGACAAGGCGUUUUUAGGUAGCAGUAUCCAGAGUAGGCCAGGACACGAGGAAUCCAGGUUGAAGCCGGGGAGACCACUCUCCAACUCUAAAUACUACUCUUUGAGCGAUAGCGAACAAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCGCAGUGAGCGGAGUGAAAUAGAACCUGAAACCAUCUGCUUACAAUCAUUCAGAGCCCUAUGAUUUAUCAGGGUGAUGGACUGCCUUUUGCAUAAUGAUCCUGCGAGUUGUGGUAUCUGGCAAGGUUAAGCGAAUGCGAAGCCGUAGCGAAACGAGUUCUUAAUAGGGCGAACAAGUCAGAUGCUGCAGACCCGAAGCUAAGUGAUCUAUCCAUGGCCAAGUUGAAACGCGUGUAAUAGCGCGUGGAGGACUGAACUCCUACCCAUUGAAACGGGUUGGGAUGAGCUGUGGAUAGGGGUGAAAGGCCAAACAAACUUAGUGAUAGCUGGUUCUCUUCGAAAUAUAUUUAGGUAUAGCCUCAAGUGAUAAUAAAAGGGGGUAGAGCGCUGAUUGGGCUAGGGCUGCUCGCCGCGGUACCAAACCCUAUCAAACUUCGAAUACCUUUUAUCGUAUCUUGGGAGUCAGGCGGUGGGUGAUAAAAUCAAUCGUCAAAAGGGGAACAACCCAGACUACCAAAUAAGGUCCCUAAGUUCUAUUCUGAGUGGAAAAAGAUGUGUGGCUACUAAAACAACCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAAAGCGUAACAGCUCACUGGUCUAGUGGUCAUGCGCUGAAAAUAUAACGGGGCUAAGAUAGACACCGAAUUUGUAGAUUGUGUUAAACACAGUGGUAGAAGAGCGUUCAUACCAGCGUUGAAGGUAUACCGGUAAGGAGUGCUGGAGCGGUAUGAAGUGAGCAUGCAGGAAUGAGUAACGAUAAGAUAUAUGAGAAUUGUAUCCGCCGUAAAUCUAAGGUUUCCUACGCGAUGGUCGUCAUCGUAGGGUUAGUCGGGUCCUAAGCCGAGUCCGAAAGGGGUAGGUGAUGGCAAAUUGGUUAAUAUUCCAAUACCGACUGUGGAGCGUGAUGGGGGGACGCAUAGGGUUAAGCGAGCUAGCUGAUGGAAGCGCUAGUCUAAGGGCGUAGAUUGGAGGGAAGGCAAAUCCACCUCUGUAUUUGAAACCCAAACAGGCUCUUUGAGUCCUUUUAGGACAAAGGGAGAAUCGCUGAUACCGUCGUGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCAUAUCCAUAGUCGUCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGAUGAGAUGAGUAUUCUAAGGCGCGUGAAAGAACUCUGGUUAAGGAACUCUGCAAACUAGCACCGUAAGUUCGCGAUAAGGUGUGCCACAGCGAUGUGGUCUCAGCAAAGAGUCCCUCCCGACUGUUUACCAAAAACACAGCACUUUGCCAACUCGUAAGAGGAAGUAUAAGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCUCGAAGGUUAAGAGGAUGCGUCAGUCGCAAGAUGAAGCGUUGAAUUGAAGCCCGAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGUUAAAUACCGACCUGCAUGAAUGGCGUAACGAGAUGGGAGCUGUCUCAACCAGAGAUUCAGUGAAAUUGUAGUGGAGGUGAAAAUUCCUCCUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGGACCUUUACUACAACUUAGCACUGCUAAUGGGAAUAUCAUGCGCAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUAAGGGCUUUGGCUCUUAUGGAGUCAUCCUUGAGAUACCACCCUUGAUGUUUCUGUUAGCUAACUGGCCUGUGUUAUCCACAGGCAGGACAAUGCUUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCUCCUAAAAAGUAACGGAGGCUUGCAAAGGUUGGCUCAUUGCGGUUGGAAAUCGCAAGUUGAGUGUAAUGGCACAAGCCAGCCUGACUGUAAGACAUACAAGUCAAGCAGAGACGAAAGUCGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGUGUGGAAGGGCCAUCGCUCAAAGGAUAAAAGGUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCAAGAGCUCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGGAGCAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGUAGGAAAGUUGAGGAGAGCUGUCCCUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGUGUCACUGGUGCACCAGUUGUCUGCCAAGAGCAUCGCUGGGUAGCACACACGGAUGUGAUAACUGCUGAAAGCAUCUAAGCAGGAACCAACUCCAAGAUAAACUUUCCCUGAAGCUCGCACAAAGACUAUGUGCUUGAUAGGGUAGAUGUGUGAGCGCAGUAAUGCGUUUAGCUGACUACUACUAAUAGAGCGUUUGGCUUGUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................................................................................((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((.......((((((((......)))).....(((((((..(((.......))).....)))))))...))))...(((....)))((((((((....)))))))).((((...))))......((((((.....((....))......))))).).........((...))...(((((.....((.....))....)))))..((((....(((((((....)))))))......(((((((.........(((((((((((.(((...(((((......)))))..(...).(((.......)))...)))...))))))))))).....))))..)))......(((((((((.......)))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))).......(((((((((((..((....)))))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..((....))..))))...(.....).(((((......))))).....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....)))))..((((((.(.(.(((((((((....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)).)....)))))))))...)))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((......(.(((((.(...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))...................))))))))))...)))))))(((((((...)))))))....))))))(.((((((((.((......((((((((.....))))))))...))))))))))..).....))))))..............((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))......((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..((((((((((..((..((((((...((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...(((....(((..((.....)).)))....)))....))))....)).(((((((((((((...)))))))))))))..)))))...)))...))))........))))))..))...))))))))))))))..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((....))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..((((..((.(((((((..(((....)))...))))))).))..)))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))).............(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))(((((...........)))).)..((....((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....(((((((((......))))))))).(((....))).))..........(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..(((((((((......)))))))..)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((..(((((((...(.(....).)..)))))))((((((...(.(....((((((((((....))).))..)))))....)).))))))..(((....(((((...........)))))....)))))))......)))))))).....(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).....))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((((((((.(((.....)))))))..(((((((..(((.......((((((..((((((((.............))))))))..))))))..(.((((..(((....))))))))...)))..)))))))......))))..))))).((((((((.((((((((.(((.(((((((.((((((((((((((((...(((....)))..((((((....))))))...(((.....))).((..(((((((((.((..............(((((.((((...............)))))).)))..(((((..(((.(((((....((((...(((((((....))))))).((((((.((..((..........(((((((((.((...(((((((((((.((....)).............(((((((.....)))))))..))))))))))).((((..(((((.((((.(((.........))).))))......((((((....)))))).)))))..))))..........))....((..((((((.((....))....((((......(((((.((((((.((((((...((....((....))....)).....))))))..(((((((.(....(((((.((.....(((.(((((((......((.((.((...(((..(((((((((..((((..((....))..))))............(((((....)))))......)))))))))..))).......(((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))....((((((((........))).)))))...))))))))))).(((.....)))......)))))))....)).)).))...........((((((((.....))).)))))....))))))).)))...)).)))))....)))))))))))))).)))))........(((((..........................((((.((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).))))....((((((....((((((.....))))))..((.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..))))).)))))))))))))))...........))))))..))))).))))..))))))..((((((.....)))))).))...))))))))).......(((((..((((((((.((..((((((((.(.((((((((.............((((((..((((.....((((((.......)))))).(((((..(((((.....(((((((.(((....)))..)))))))....((((........)))).(((....))).))))).)))))......)))).)))))).....((((((((((..(((...(((((..(((((.(((..(((((((((((..........))))))....(((..(((((((((((.............)))))).)))))...))).......((((((..((((.....))))..))))))..)))))...))).).)))).........)))))...))).))))))))))..))))))))..(((......)))........).))))))))...)).((((((...((.((((((..((....))...))))))....))...))))))....)))))))).))))).))..)))))))).....)))).)))))...((.(((((...((((.((((((((....(((....)))......))))))))..((.(((((...((((((..((((..((....((((..(((....)))...))))....))..))))))))))...))))).))...((((..(((((((...((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).)).....(((((((.(((((((.......................(((((........)))))..(((((((((.((((...((.(((((.((((((((..(((.(((.((((..((((((((((((((((.....(((...(((((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))))......)))..)))))))))))))))))))...((.(((((((.....))))))).))....)))).)))..)))..(((((((((((....)))))................((((((.(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))...)))))).......)))))).....(((....))).(((....(((..((((((((((.......)))))))))).)))...))).)))))).)).))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))...)))).(((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))))....)))).(((..(.(((((((....))).)))))..)))....))))))))).........)))))))..)))..)))).........)))))))..))))..))))...))))).))...)))..)))))...)).))))))))).)).....))))))).....)))).....))))).)))).(((......)))...........))).))))))))................(((..((((((((..((.((((((((....))))))))))...))))).)))...)))))).))))))))...) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((........(((((..(((((((((((....(((((((((((((((...(((((((((((((((((.............))))))))..........((((((((((.....(....(((.......))).........((((......))))....(((.(((...((((((((((((.......(((....(((((....(((....)))((((((((....)))))))).((((.....))))....((((((.....((....))......))))).)..................((((((.....((.....))....))))))..)))))..(((((((....)))))))...(..(((........)))...)...))).........((((((((((((.......(...).........((((((.......)))))).))))))))))))(((((..(((((.((((.(((.........))).))))......(((((......))))).)))))..))))).))))))).((....)).........((....))....(((.......))))))))..))).)))..........).....)))))))))).......((((..((((..(((....)))))))..)))))))))))))..........(((((....(((((((((((((..((((..((....))..))))............((((......))))......)))))))))))))........(((((((..((((((((((((.........((((((......))))))((((.......))))..((((...........))))....)))))))))))).((..........))..)))))))....(((.((((((((.....(((((....)))))..((((((.....((((((((.....(((...((((.(((.(.((((((.......)))).)).).))).))))...))).....)))))))).....)))))).....((((((.(((......))).))))))..))).)))))...(....(((((................(((((.......)))))......((((((((((((.......(((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))...)))))))))))).............(((.((((...))).).))).........(((((((...))))))))))))......)((((((((.((......(((((.((.....)).)))))...))))))))))...)))..))))))))))))))))))))((((((.......)))))).(((..........)))..((...(((((((...)))))))..))...(((((.(((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))..((((((((((..((...((((....((((..((....((((((((((..........))))))....(((..(((((((((((.............)))))).)))))...))).......((((((..((((.....))))..))))))..)))).....))...)))).........))))...))...))))))))))...........).))))).............)))))))))))..))))).........((((((((.(((.(((((((......(((((...............)))))((((((....))))))....))..)))))..(((((...(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...(((((...(((.........(((...(((....)))....))).........))).)))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........)))))........)))))...))).)))))))).............((((((((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...((.((((..((((((((((((((((.(.........(((((....((.....((((((((....))))))))(((....)))...))...)))))).))))))))))))))))...((.(((((((.....))))))).))....)))).))....))))..((((.....)))).((((...........))))........((((((((((.((((((.......))))))...))(((......)))..))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......))))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...((.....((((((((((....))).))..)))))....)).)))))..........(((((...........))))).......))))......)))))))).....(((((((((....((((.......))))......)))))))))(((....)))............))))).....((((.....)))).)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....)))))....................(((((((........((((((..(((((((((....).......))))))))..)))))).......)))))))..((((((.(....).)))))).....((((((................((((((((((((.......))))))...))))))))))))....(((....)))((((((((....)))))))).(((((((.((((......................)))).))...)))))(........((.....))..)........((.((((((...((((((((.(......(((((((....)))))))(((((...(((((.....((...((((((((((......(((((((....)))))).).....)))))....(((((((.....))))))))))))..))..)))))................((((((....((((.((((....(.((((((....))((((((((.......((((.((....((....))......(((((((...(....(((.......)))...((((((((((.................)..))))))))).....((((..(((((..((....)))))))..))))..................(((((((.(((((((((((((((..((((..((...((((....))))))..)))..(((((....)))))...)..)))))))))))))).).)...(((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))....((((((((........)))).)))))).))))))))))))(((.....)))......)))))))...........((((((.....((((....))))...((((((..((.((((((((.....(((...((((.(((.(.(((((((.....))))).)).).))).))))...))).....)))))))).))..))))))((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).........((((((...(((((.........)))....(.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..))))).))))))))))))))..........))))))))......................(((((((...)))))))....))))))(.((((((((.((......(((((.((.....)).)))))...))))))))))).......))))))..............((((((.......)))))).(((..........)))...)...((((((((((.(((((..((((..(((........((((..((((....(((((((((........(((((........)))))))((((((((((..(((.((((((..(((((.((.(..((((((((((((......)..))))))(...(((..(((((((((((...((.....)).)))))).)))))...))).....).((((((..(((((...)))))..))))))..)))))...)))...))))........)))))))..))).)))))))))).......)........((((((((......((.......))..............(((((((((((.(((.(((((((......(((((....(....).....)))))((((((....))))))....))..))))).)((((((.((((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((.(.((((((..((((..((.(((((.((.(((....))))).)))))...))..))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........))))).....).))))))....)).)))))))).)))((((((.(((((((((((((...............((((((...............))))))))))))))))))).))..))))((((((((((((((((.(.........(((((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))).........))))).))))))))))))))))......))))))))((((((((((((......)))))).))))))((((((((((((((()))))))................((((((.(((((((((((((((((((...))))))))..)))((((....))))..))))))))...)))))).......))))))))...(((....)))((((.....))))((((((((((.......))))))))))................))))))..))))....))))(((((((((...((.......))...))))))))).)))))))))))).)))).))))))(((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).....))))))).......(((.((.(((((((....))).)))))).)))...........)).))))...))))..))))......)))).)..(....))))).))))...))))))((((((()))))))...((((.....)))..........)..((((....))))....(((((...........)))))....)))))..........)))))))))..)))))))).....(((.((((((..((((((((..((.((((((((....))))))))))...))))).)))...)))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((.(((.[[[[)))))))......]]]].................(((((((((((....))))))))))).......((((....))))...((((....[[[[[))))....]]]]]......((((((..[[[.(((((...((((......))))((((((....)))))).)))))))))))...((((....)))).]]]...(((((....(((.((((...)))))))....[[[[[..........)))))....]]]]]....................((((((........[[[[[[[...))))))..............]]]]]]]....(((((((.......)))).))).......((((((......[[[[[[[[[[[[............))))))...(((((((.....))))))).]]]]]]]]]]]].......(((((((....(((.........))).(((....)))((((((....))))))..[[[......)))))))..]]]...........................((((.............[[[[[[[[[..........)))).......]]]]]]]]]......(((..[[[[[.)))......]]]]].......(((.....)))......(((((((..((((((((((((((..((((.......[[[..))))...]]]......(((((....)))))......)))))))))))))).......(((((((..((((((((((((..((((....(((((((....)))))))...))))....((((((((........))).)))))...))))))))))))(((.....)))......)))))))...............................(((.[[[[[.....))).......]]]]].(((...[[[[.[[[.....[[[[)))....]]]]......]]].]]]]..............((((((.....((((.((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).))))....((((((....((((((.....)))))).....(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..))))).))))))))))))).............))))))..))))))..............(((((((...)))))))...........((((((.((((((.......[[[[[[[........))))))..]]]]]]]..)))))).))))))).......(((((.............))))).(((.((((...((((.....(((((((.(((....)))..))))))).((((((((((....(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).))))))))))).....)))).))).(((.[[[......)))..]]](((..[[[[))).....]]]].(((..(((((((((((...[[[.......)))))).)))))...))).......((((((..(((((...)))))..))))))....]]]........((((((.(((......))).........(((..(((((..((((.............))))))))).)))..........))))))........((((((((...(((((..........[[[[[...))))).......]]]]]((((((....)))))).........(((...((((((((((((.........((((...((((((...(((....)))...))).))).))))(((.(((((...((((((..((((.....(((((....(((....)))...))))).......))))))))))...))))).)))......)))))))........(((..((((...((((((.....))))))......))))..)))........)))))....))))))))))).(((.......[[[[[[[[[[[[[)))............((((((...............))))))]]]]]]]]]]]]].........((((((((((((((((.....(((((.[[[[[..((((((...((((((((....))))))))))))))))))).......]]]]]..)))))))))))))))).....(((((((....(((.[[[[[[)))...]]]]]]...(((.[[[..)))(((((....)))))........]]]....((((....(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))[[[[....(((......)))))))...(((....)))]]]]......(((((((((((((.......))))))))).[[[...)))).............]]]...)))))))(((((((((...[[[[[.........))))))))).((((......))))]]]]].....(((((((((((.[[[[[)))))).))))).....]]]]](((......[[[)))......]]].(((...(((((((....))).)))).[[[[......)))..]]]].(((...((((......))))[[[[)))........]]]]..........(((..(((((....)))))...(((((...(((...))).)))))[[[[)))...]]]]....(((((......[[[[.)))))............]]]]..............(((((((((....((((.......))))[[[[[.)))))))))(((....))).............]]]]]....((((.....))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((......(((((((....(((((((((((((.....((((((..((((((((.............))))))))..))))))....(((((.(((((..((.(((((((((((....((((....((.((((((..(((......((((((((((((.......)))))...))))))).(((((.....)))))....((((((((....)))))))).((((...)))).)))...))))))..))....))))..((((..(((((.........(((((..((((((....((..((((..((......(((......(((.(((((((....)))))))..)))...(((((.....((.(((((.((((((.......((((((....)))))).......))))))...(((((((.....))))))).))))).))..))))).)))...))..))))..))....))))))...)))))....((((((....))))))..)))))..)))).))))))).))))..)).........((....))....(((.......)))...(((((((((......(((...)))......))))))))).....((((..(((((..........)))))..))))))))).)))))........((((((...(((((((((((((..((((..((....))..))))............(((((....)))))......))))))))))))).(((....(((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))....((((((((........))).))))).).))))))))))).(((.....)))......))))))).......)))(((.((((.((((.(((((((......((((((..((.((((((((.....(((...((((.(((...(((((((.....))))).))...))).))))...))).....)))))))).))..))))))((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).))))(((......))).)))))))..)))).)))).))).(((((((.((.(((.((((..(((((....)))))..)))).))).))))).))))...............(((((((.(((((........((.(((.........))).)).....)))))..((..(((.((.(((((((...)))))))..)).)))..)).(((((((.((......(((((.((.....)).)))))...)))))))))))))))).)))))).))))))))))))).((((((.......)))))).(((((.......(((...)))..((((((((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..((((((((((..(((...(((((..((((..(((..(((((....(((......))).((((((((......)))))))).(((........)))....((((..(((.....))))))).((((((..(((((...)))))..))))))..)))))...)))...)))).........)))))...))).))))))))))............(((......)))......(((.((..((((............))))..)).))).(((.(((((((.......((((...............)))).((((((....))))))....))..))))).))))))))))((((.....))))...(((((((((...(((....)))...)))..))))))...((((((((((((((((..((((..((.(((((.(((.((....))))).)))))...))..))))))))))...((.((((((.......))))))))..((((.......((((.((((((.....)))))).((((.......(((.((....(((((((.(((((.....))))).(((((...(((((((((((((...............((((((......((.....))))))))))))))))))))).....)))))(((((((((((((((.....(((...(((((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))))......)))..))))))))))))))))))....(((.((((((.....)))))))))(((....((((((.((....)).))))))...))))))))))....)).)))......)))).(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).....)))).......))))))))).....))))).(((((((((...((.......))...)))))))))..)).)))))))).)))).)))))).((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....))))).))))))).(((....(((((((....))).))))...)))((((((((((((((.((((((((((..((((..(((((((..((........)).))))))).(((((...((.(((.((((((((((....))).))..)))))))).)).)))))....((....(((((...........)))))....)).))))......)))))).))))..)))))).......((((.......)))))))))))).....(((((....))))).)))).).)))))))).(..((((.....))))..)... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((((((((((........((((<<(((((((((....)).......)))))))..))))......(((..(((.....(((((........)))))............................((((((((((((.......))))))...)))))).........((((....))))(((((((....)))))))...................................................................................[[[[[[...[[[[[[[...((......{{{{{))..}}}}}[[[[[[[....[[[................(((((......ggg(((eeeee.))).........)))))....(((((((.....)))))))..EEEEE...GGG..............[[[[[[[[[[[...................((((((....)))))).......................................((....))................(((.cccc)))[[..................)))]])))CCCC.....((((..(((((..........)))))..))))>>.(((((((.........ddddd....(((((((((((((..(((...((....))...)))............(((((....)))))......)))))))))))))........ddddddd..((((((((((((..((((...((((((......))))))..aa))))...AA((.((((........)))).)).....))))))))))))dd)))))))DD......DDDDDDD.....................................((((((.....((((((((.....(((...((((.(((...(((((((.....))))).))...))).))))...))).....)))))))).....)))))).....((((((..............))))))....(((......)))...(((((......((((((..........................(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..))))).))))))))))))).............)))))).......................(((((.....))))).))))).......((((((((.((......(((((.((.....)).)))))...))))))))))........DDDDD..))))))))))))....................................((((((((((((((((((.(((((.(((................(((...(((....)))...)))........(((((........)))))..((((((((((...((...(((((..(((........(((((((((((..........))))))....(((.......((((((.............)))))).........))).......((((((..(((((...)))))..))))))..)))))..........))).........)))))...))..))))))))))................((((((((...............................(((((((((((.....((((.((......(((((...............)))))((((((....))))))....))...))))..(((((....................(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...((((((..((((.....(((((.((.(((....))))).))))).......))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........)))))........))))).......)))))))).))).......((((((((((((........)))))...((((((.............ff))))))bbbbb.))))))).........((((((((((((((((......((......((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......)).....))))))))))))))))......))))))))((((((((((((......))))).)))))))(((((((.(((((....)))))................((((((.(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))...))))))........)))))))...(((....))).............((((((((((.......))))))))))............BBBBB.......FF.......((((((((((((...((.......))...)))))))).)))).)))))))).)))).))))))(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))...................(((....(((((((....))).))))...)))..............))))))))...........(((((((...............))))))).]]]]]].]]]]]((.(((((.................)))))...))....................((...........))]]]....]]]]]]]..........]]]]]]]..]]]]]].............(((......(((((......(((((((....)))))))......)))))........)))............... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((......(((((((....((((((((((((......((((((..((((((((.............))))))))..))))))....(((((.(((((..((.(((((((((((....((((....((.((((((....(......((((((((((((.......)))))...))))))).(((((.....)))))....((((((((....)))))))).((((...)))).).....))))))..))....))))..((((..(((((.........(((((..((((((....((..((((..((......(........(((.(((((((....)))))))..)))...(((((.....((..(((..((((((.......((((((....)))))).......))))))...(((((((.....)))))))..)))..))..)))))...)...))..))))..))....))))))...)))))....((((((....))))))..)))))..)))).))))))).))))..)).........((....))....(((.......)))...(((((((((.......((...)).......)))))))))......(((..(((((..(......))))))..))).))))).))))).......(((((((.(((((((((((((((..((((..((....))..))))............(((((....)))))......))))))))))))).(((....(((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))....((((((((........)))).)))).).))))))))))).(((.....)))......))))))).......))).((((((.......(((((((......((((((..((.((((((((.....(((...((((.(((...(((((((.....))))).))...))).))))...))).....)))))))).))..)))))).(((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).))).(((......))).)))))))((((((...))))))..((((((.((.(((.((((..(((((....)))))..)))).))).)))))).))........((......)).((((.....)))).....((.((...........)).)).......................(((((((...)))))))....))))))..((((((((.((......(((((.((.....)).)))))...))))))))))....)).))))))).)))))))))))).((((((.......)))))).(((((.......(((...)))..((((((((((.(((((.(((......(((........)))..(((....(((((((((((((((..(((((........)))))..((((((((((..(.(...(((((..((((..((...(((((....(((......))).((((((((......)))))))).(((........)))....((((..(((.....))))))).((((((..(((((...)))))..))))))..)))))....))...)))).........)))))...).).)))))))))).((...((((..(((......)))............((.......((((((((..((((((((((..(((((...(((...(.((.(((((.(((.(((......))).((((((....))))))......(((.((((......)))).)))............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((.(.((((((..((((((...(((((.(((.((....))))).)))))...))..))))))))))..)))))).))).)))...))))).))..)...)))...))))).((((((.....))))))..((.......)).....(((((((...))))))).))))))).))).......(((((((((((((...............((((((......((.....))))))))))))))))))))).(((((...)))))........))))))))....))....(((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))...(((.(((((((.....((((((((.........(((((.((..(((((((((((......))))).)))))).........(((((....)))))..........)).))))).((..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))....))..(((......)))..))))))))....)..(((((...))))).)))))))))..))))..)))))))))))..............))))))..)))......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).)))))))).)))).)))))).((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....))))).))))))).(((....(((((((....))).))))...))).(((((((..((((.((((((((((..((((..(((((((..((........)).))))))).(((((...((.(((.((((((((((....))).))..)))))))).)).)))))..........(((((...........))))).......))))......))))))).)))..))))(((((.......))))).......))))))).....((((((....)))))))))).).)))))))).(..((((.....))))..)... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((((.....(((((((...(((((((((((((((((..((((((..((((((((.............))))))))..))))))....(((((.(((((.(((.(((((((((((....((((.......((((((...........((((((((((((.......)))))...))))))).(((((.....)))))....((((((((....)))))))).((((...)))).......))))))........))))..((((..(((((.........(((((..((((((.(......((((..........(((......(((.(((((((....)))))))..)))...(((((........(((((.((((((.......((((((....)))))).......))))))...(((((((.....))))))).))))).....))))).))).......)))).......)))))))...)))))....((((((....))))))..)))))..)))).))))))).))))..)))....................(((.......)))...(((((((((.((...(((...)))....))))))))))).....((((..(((((..........)))))..))))))))).))))))))....(((((((...(((((((((((((..((((............))))............(((((....)))))......))))))))))))).(((.(..(((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))....((((((((........)))).)))))).))))))))))))(((.....)))......)))))))......)))).((((((.......(((((((......((((((.....((((((((.....(((...((((.(((...(((((((.....))))).))...))).))))...))).....)))))))).....))))))((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).))))(((......))).)))))))((((((...)))))).(((((((.((.(((.((((..(((((....)))))..)))).))).)))))).)))......((((((...((.((((.aaaa))))))..))))))......................AAAA.............(((((((...)))))))....))))))..((((((((.((......(((((...........)))))...)))))))))).......)))))))))))))))))))))(((((((....).)))))).(((((.......(((...)))..((((((((((.(((((.(((.....((((........))))((((....(((((((((((((((..(((((........)))))..((((((((((...............((((..(((..(((((..<<<<<<.........((((((((......)))))))).(((........)))...(((((..(((.....))))))))((((((..(((((...)))))..))))))..)))))ccc)))CCC))))...........{{{.......))))))))))......(((((.(((......))).....................((((((((..(((((((((((((((((...(((...((((.(((((((((((((......))).((((((....))))))......(((.((((......)))).)))............(((((((.....(((....))).......))))))).((((.((((.(.((((((..((((.....(((((.(((.((....))))).))))).......))))))))))..)))))).))))))).).))))).))).)...)))...))))))((((((.....)))))).(((.......)))....(((((((...))))))))))))))).)))(((....(((((((((((((...............((((((...............))))))))))))))))))).[[[[[)))]]]]]........))))))))..........}}}((((((...((((((((....)))))))))))))).......(((.((((((.........(((((>>>>>>...(((((.(((((((((((((((......)))))).))))))....((((bbbbb))))BBBBB.........))).))))).....(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))........(((......)))..)))))(((....)))(((((...))))).))))))))).)))))....)))))))))..............))))))..)))).....((((((((((((.................))))))))).))).)))))))).)))).))))))((((((((((((...).))))))).))))(((((.....))))).....))))).))))))).(((.((.(((((((....))).)))))).))).(((((((..((((.(((((((((((.((((..(((((((...............))))))).(((((......(((.((((((((((....))).))..))))))))....)))))..........(((((...........))))).......))))....).))))))).)))..))))(((((.......))))).......)))))))......(((((....)))))))))).).))))))))(((.((((.....))))).)).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((....(((((..((.(..((((..(((.......((((((..((((((((.............))))))))..))))))..(.((((..(((....))))))))...)))..))))..).((((((.(((..(((((........))))).((.((((((....)))))))).)))))))))...((((....))))(((((((....)))))))(((((((.....(((((...(((((..(.(((......))).).))))).((((...............))))...(((..((((((((...((((((((..........(((((....)))))(((((((.(..((((.((((((.......(((((.((.((.(((((((((((.((....)).............(((((((.....)))))))..))))))))))).((((..(((((.((((.(((.........))).))))......((((((....)))))).)))))..))))..))))..)))))...((((((.....((....))....(((.......)))(((((..(((((((.......((((......(((((((((............(((((((((((..((((..(((..(((..(((((((((.......((((((...(((..(((((((((..((((..((....))..))))............(((((....)))))......)))))))))..)))..((...(((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))....((((((((........))).)))))...))))))))))).(((.....)))......)))))))....((((((..(((((((....((((((((.....))).))))).........(..((((((((((.(((.(((...(((((((.....))))).))...))).)))...((((...((((.((((((.....((((.((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).))))....((((((....((((((.....))))))..((.(((((((((((((.....(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..))))).)))))))))))))))...........))))))..))))))..............((((((.....)))))))))))))).)))))).))))..).)))))))...))))))..)).(((((...((........)).)))))))))))..............((((((.......))))))....))))....))))).)))..)))..))))....))))))))))).(((((.......(((.(.(((....))).).)))....((..(((((........)))))..((((((((((..(((...(((((..(((((.(((..(((((((((((..........))))))....(((..(((((((((((...((.....)).)))))).)))))...))).......((((((..((((.....))))..))))))..)))))...))).).)))).........)))))...))).))))))))))........))...)))))..)))))))))....((((.(((..........)))...)))).)))).....)))))))..))).)).......))))))......((((((..(((((((((((.(((......))).))....((((((..(((((...((((.((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((.(((((.(((.((....))))).)))))...))..))))))))))...))))).)))..((((..(((((((...((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).)).....(((((((.(((((((.......................(((((........)))))..(((((((((.((((...((.(((((.(((((((((((...(((.((((..((((((((((((((((.....(((...((((((((((((....((((((((....)))))))).))))).))))......)))..)))))))))))))))))))...((.(((((((.....))))))).))....)))).))).))).(((((((((((((....)))))...........(...(((((((.(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))...)))))).)...).))))))))...(((....))).(((....(((..((((((((((.......)))))))))).)))...))).)))))).)).))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))...)))).(((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))))....)))).(((..(.(((((((....))).)))))..)))....))))))))).........)))))))..)))..)))).........)))))))..))))..))))...)))))...))))))..........)))))))))....))))))..))))))......(((.....))).....))))...)))))))).........))))))))..)))))).))...)))...)))))..)))))))..))..)))))(((....))).)))))).).))))))))....((((.....))))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((....(((((..((.(.(((((..(((.......((((((..((((((((.............))))))))..))))))....(((...(((....))).)))....)))..))))).).((((((.(((..((((..........)))).((.((((((....)))))))).)))))))))...((((....))))(((((((....)))))))(((((((......(((....(((((..(.(((......))).).)))))...........((.....)).......(((..((((((((...((((((((..........(((((....)))))(((((((.(..((((...............((...(((((.(((((((((((.((....)).............(((((((.....)))))))..)))))))))))..............(((((((((((................(((.((....)).((((((((.(((.....(((((((((..((....)).........((....)).......(((.((((((((.(((((((((......((.....))......))))))))).(((((.((..(((((..(......))))))..))....((((((..(..........(.((.((((..(((((((((..((((..((....))..))))............(..((....))..)......)))))))))..))).).)).).........(((((((((((((.((((....((((((......))))))...))))....((((((((........)))).)))).).)))))))))))).)..))))))............))))).)).)))))).)))....................................))))))))).(((((..(((((((((.(((((((((...(....).(((((((.......((..(((..(((((((((.((..((.((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).))......((((((....((((((.....))))))..((.((..(((((((((.....(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..))))).)))))))))..))))...........))))))..))..................(((((((...)))))))............((((((((.((......(((((.((.....)).)))))...)))))))))).....................)))))))))..)))..))..........((((...(((......((((((..((((.....)))))))))).(((((((..((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........))))).))))))).))).....)))).........)))))))..))))))...........))).))))))))).))))))))))))))))..))).................((.....))......((((((..(((((...)))))..))))))..(((((((......((((((.................(((..(((..(((((..((((.............))))))))).)))..))).....))))))........((((((((......(((...................................(((((....)))))..........)))...(((((....................(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((.(((((...((((((..((((.....(((((.((.(((....))))).))))).......))))))))))...))))).)))..................((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).)).....))))).......))))))))..))))))).........................(((((((((((((...........(((((.((((((((...((.(((.((((..((((((((((((((((..............((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))))..............))))))))))))))))...(..(((((((.....)))))))..)....)))).)))..)).(((((((((((((....)))))................((((((.(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))...)))))).......))))))))...(((....))).(((....(((..((((((..((.......))..)))))).)))...))).)))))).)).))))).......((...(((((((...((.......))...)))))))....))...........((((((((((.(((.((((((......))))))..))).(((((.....))))).....)))))....)))))(((....(((((((....))).))))...)))....)))))))))..))))............................................)))))).)))))....................................................)))))....))......))))...)))))))).........))))))))..)))))).))...)))....)))...)))))))..))..)))))(((....))).)))))).).))))))))....((((.....))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((.(((.....)))))))..(..((((..(((.......((..((..((((((((.............))))))))..))..))....((((..(((....)))))))....)))..))))..)......))))..))))).((((((((.((.(((((.(((.(((((((.((((((((((..(((...((((....)))).....(((((.(((((((..((((..((((((((.....((.(((..((...))..))).))..((((((........(((((..((((((....((..((((..((......(((......(((.(((((((....)))))))..)))...(((((.....((.(((((.((((((.......((((((....)))))).......))))))...(((((((.....))))))).))))).))..))))).)))...))..))))..))....))))))...))))).(((.((....)).((((((((.(((.....((((((..(..((....)).......(((..(((((.......(((.((((((((.(((((((((......(((...)))......))))))))).((((((((..(((((..........)))))..))....((((((..(.........((.((.((((..(((((((((..((((..((....))..))))............(..((....))..)......)))))))))..)).)).)).))........((((((((..((..((((...((((((......))))))....))))....((((((((........))).)))))...))..)))))))).)..))))))...........)))))).)).)))))).)))....(((((....))))).))))).)))........)..)))))).(((((..(((((((((.((((((.(((((...(((...((((((((..((((....(((((.((((((...((((.((((.((((((.(((......))).))))))....(((......))).)))).))))....((((((....((((((.....))))))..((.((..(((((((((.....(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..))))).)))))))))..))))...........))))))..........((..........((((((.....)))))).(((.....((.((((((((.((......((((..((.....))..))))...)))))))))))).....))).))........)))))).((((((.......))))))............))))).(((((((.(((....)))..))))))).(((((((..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).))))))).))))..))))))))..........)))...))).)).))).......))).))))))))).))))))))))))))))..))).......))))))..................)))))))).((((.....))))....))))....))))))).((.((((((.(((......))).((.(((..(((..(((((..((((.............))))))))).)))..))).))..))))))))......))))).....)))..)))))....(((((..((....(((((.....((((((..(((((((((((.(((......))).))....((((((..(((((...((((.((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((....((((..(((....)))...))))....))..))))))))))...))))).)))..((((..(((((((...((..((..((((...((((((.....))))))......))))..))..)).....(((((((.(((((((.......................(((((........)))))..(((((((((.((((...((.(((((.((((((((.((((.....((((..(((((..(((((((((.....(((...((((((((((((....((((((((....)))))))).))))).))))......)))..))))))))))))..)))))...(((.((((((.....))))))))).....))))..))))...(((((((((((((....)))))................((((((.(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))...)))))).......))))))))...(((....))).(((....(((..((((((..((.......))..)))))).)))...))).)))))).)).))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))...)))).(((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))))....)))).(((..(.(((((((....))).)))))..)))....))))))))).........)))))))..)))..)))).........)))))))..))))..))))...)))))...))))))..........)))))))))....)))))).....)))))..)))))))...))))).)))).(((......)))...........))).)))))))))).............((((..((((((((..((.((((((((....))))))))))...))))).)))...))))...)))))))).... |
