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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00500



RNA: CRW_00500
Rfam family: -

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((......((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((.....)))........(((((((..((.........)).....)))))))...)))...((((....))))((((((((.....(((((.(((((((.........))))))).....)))))((((......((....)).......)))).............................))))))))..((....))......(((....((((((((....))))))))......((((((((..........(((((.((((.((....((((((....))))))........(((.......)))....))...)))).)))))......))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))......)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....))))))).((((((((.((.((.(((((....))))).....)).)).))))))))......(((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))((((......((((((..(((((((((((..(((....((((((......)))))).....)))....(.((((((........)))))).)....))))))))))).(((....)))...........(((((..........)))))......(((((.(((((((((((.........(((((((((.(...(((...((((((((......((((.....)))).......))))))))..)))....).))))))))).......(((((...)))))..((((......((.((((.....(((......))).........)))).)).((((.(.......((.......))....).))))...))))..........))))))))))).)))))((((((.((...........)).))))))))))))....(((....(((((.......(((((((...................(((((..(((((((...)))))))......))))).(((((((.(((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).........))))))).....))))).((((((.......)))))))))...........)))).((((((.............))))))....)))))..((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))...(((((((((......((((....(((((.(((...((...(((((..........)))))....(((((..((.(.((((((((.....)))))))).).))........)))))...(((...(((((....)))))...)))))....)))..))))).........)))).........))))))))).)))..(((((....(..((((((((.(.(((((.....))))).)...((((((....(((((((...................(((((....(....).....)))))((((((......)))))).((((((......((........(((((.....)))))..((.((((.((.((((....((((.((..((((.(....).))))..)).))))....)))).)).)))).))...(((....)))...))...........(((........((((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).))...))).............))))))....))))))).))))))..........))))))))..)..)).)))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.(((...(((.((((..(((((.((((((((((.(.........(((((..(((.....(((((((((....)))))))))..)))............)))))).)))))))))).)))))....((.(((((.......)))))))......)))).)))....)))..((((.....))))((((((...........))))))........((((((((.((((((.......))))))...)).(....).......))))))....((((..(((......)))..))))...........(((........)))((((((.((........)))))))).............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((.((.((((((.......)))))).))......(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))).((((....))))...(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))....))))).))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.......((((((((..(((((((.(((((.(...((((((((......(((.....)))..((.(((((.(((((((..((((((.(......(((((((((..((((..((((....))))(((((((((.((.(((((((((((((.........)))))))....))))))((((.(.(((..........))).))))).......((((((....))..)))))).)))))))))(((...............((((.((((((((....))))))))..))))((((((((.....((...(((((.((((.(((((.((((((....)))))).)).....(((.......)))...)))...)))).)))))..))..)))))..)))((...((((((((.........))))))))...).)((((((....))))))((((.....((((((((..(((((.........(((((((((.(.(((..(((((.......((((....))))..........)))))......(.....((((((((.((((..((((((()))))))..)))).....)))))))).......)((((((((((((((((((((.(((((..(((....((((((..((....))...))..))))......)))))))).)))))))))))))).(((((((((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((.((((((........)))))))).)).)))))))))))((((((..........(((((((.......)))))))))))))...(((((....))))).(((((((...((.(((((((((.(.(.(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..))).)..).))))))))).)))))))).)((.(((((((.((......)).)))))))))..(((......))).((((.........))))........................((.(((((((((((.(.(((..(..(((((.(((((.......))))).)))))...)((((.((....)).)))).)))).)))))))))))))......(((((((..............(((((())))))(((((((...)))))))..((.....((.(((((((.(((......(((((.((....)).)))))...)))))))))))).....))))))))).....(((...((((((.......))))))...)))...))).)))))))..))).....))))))((((.((((((......)))))).))))..(((....)))...(((....))).(((((........)))))(((((((((((((((..((((((..((((((.(((..(((((.(((((..........)))))((..(((((..(((((((((.((((.....)))).))))....)))))..)))))...))(...(((((....)))))...))))))...)))..)))))........))))))))))....))))))))))............(((......))).((((((((.....))))).)))...(((((....)))))............((......))(((.....(((....))))))))((((((......))))))...(.......(((....))..))(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..)))))))....))).).)))))))))..))))).))))))))(((.(((....))).)))............((((((((((((...((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).(((.......))).......((((((((((((((.......(((((((((((......(((((((((....))))))).))(((........)))...(...(....)..)))))))).)))).......(((((.((((((((((.(.........((((((.(((.(...(((((((((....))))))))).)))).)..........)))))).)))))))))).)))))....(..(((((.......))))))))))))))))))))......)))).))))))))((.(((((((...........))))))).))...))))(((((.((((((((...))))))))...))))......((....)))...(((.((((..(((......)))..)))).)))(..(((.......)))...)(((((((.((........))))))))))))..))))..........)))))))))....)))))))))))))).)))))))..(((......(((((.....))))))))))))))))(((((((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....))))).((((((.((((.((.(((((((....))).)))))).))).)..).))))).......((((..........(((((((((.......))))))......))).))))(((((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)).)...........).)))))..))))))).))))...))))..((.......)).......((((....))))...(((((((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).)))))).....)))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((..(((((((...........(((((((((.....(((.....)))...........(((((((..((((((........((((((((...((((..((((....))))(((((((((....(((((((((((((.........)))))))....))))))((((...(((..........)))..)))).....((((............))))...)))))))))((((((..........((((...((((((((....))))))))........((((((...........................((((((....))))))......(((((((...((((((.............((((.((((((.(((((((((((((((((..(((....((((......))))..)))((((((....))))))..))))).......)))))......(((((((.......(((((.(((..(((((.......((((....))))..........)))))....(((((((((((......((((..(((((....)))))..)))).((((((((((.....((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..)))).............((((.....))))......))))))))))))))........((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))....))))))))))).((((...))))......)))))).....))))))))...........(((((((((((.(((((.........((((......((((((....(((((((((..(((((..((((.(((((...))))).))))..)))))...........(((...((((((.(((.(((((((............)))))))....(((......))).))).....(((.(((((((..(((....)))..(((((......(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((..........)))).)))..)))))))))))(((.........))).((((..((((((.((((....))))(((((((...)))))))((((........((((((((.........(((((..........))))).....)))))))).......))))))))))..))))..(((((........))))).))))).....((((((....(((((((.............))))))))))))))))))))..)))...))))))..(((..(((....)))..((((((......(((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((.(((...(((.....))).)))))))))...((((((((...((((.((((.....)))).)))))))..))))).))))))........(((((....)))))...))))))...)))))..(((..((((....)))).)))....))))))))))(((.........((((((.......)))(((((.....))))).)))...(((((....)))))........((((((......)))(((......))))))..))))))))))......)))))).))).))).....)))))))))....))))))....)))).((((((((....(((....)))......)))))))))))))(((((...((((((..((((.......((((((.(((....)))..)))))).......))))))))))...))))).............))))))))))).(((.........((((((.....)))))).)))))))))))))........)))))))....(((.((((...)))).))).........((((((......)))))).............)))).....))))))))....))))))).....)))))))....((((((.......)))))).)))))).))))......(((((((((....)))))))))..........))))))..)))))))..................(((((((((.......)))))..((((..(((((...)))))))))...))))))))))((((((...........))))))))))......((((((.((((((((...)))))))).....((((...((((...(((.......((((..(((......)))..)))).(((....)))(((........))))))..))))))))....))))))))))))..))))...........)))))))).....))))))))))))).........))))((((..(((((.....)))))..)))))))))(((((((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....)))))............(((((((((((....))).)))..((((((.((((((.............((((....))))..((((((.......))))))...))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..)))))).....))))).))))))).))))...)))).((((.........(((...((((....)))))))(((((((((.......)))))..(((..(((((........(((((....)))))........)))))....)))))))))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((.....((((((((..(((((((.(((((.((..(((((((((.....(((.....))).(((((((((.(((((((..((((((........(((((((((..((((...(((....))).(((((((((.((((.(((((((((((.........)))))))...((((....(((....)))....)))).)))).)))).....((((..((....))..))))...)))))))))(((((...((........))...((((((((....))))))))((((((..(((((.((.((........)).)).)))))..)))))).((..(((.(((((((((((((((.((.(((((..((((.......((((.((((((.(((....)))..((((((((((.........))))).........(((((......)))))..)))))..(((((..((..(((..(((((((...(((.(((((.(((..(((((......(((((.....))).)).......)))))...((((.(((((((......((((..((((......))))..)))).((((((((((.((..((((((((...((((((((((((((.(((((..(((..(((..(((..((....))...)))..)))......)))))))).))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))..)).......(((((((((((.((((((((.(((..(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))))))))))))))))).))..(((((((.((......)).)))))))....(((......))).((((.........))))(((..............)))....((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))))))))))))).......(((.(((((((.....((((((...(((((..(((((((...)))))))......))))).((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).......(((.((((((.((.(((...((((((.......))))))...)))..(((..((.(((((...))))).)).)))((((.((((((......)))))).))))..(((....)))...(((....))).(((((........)))))...((((((((((((..((((((...(((((.(((..(((((..(((.....))).((((.(((...(((((..(((((((((.((((.....)))).))))....)))))..)))))))).)))).(((((....)))))....)))))...)))..))))).........)))))))))....))))))))))).))))))))).(((......)))....(((((.....))))).))))))(((((....)))))..................)))))))))).((((....))))..((((((((......))))).))).((((((((..........))))))))..........(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((.(((((.(.((((((..((((..((...((((((.(((....)))..))))))...))..))))))))))..)))))).))).........))))))))))).(((.........((((((.....)))))).)))))))))))))........))))))).(((((.....))))).)))).........((((((((......))))).)))(((........))).....)))))))).)))))))))).)))...))..)))))((((((.......)))))).)))))).))))...(..(((((((((....)))))))))..).))))..))))))).))))))...))).)))))).)))..)).((((((...((((.((((..((((..(((((...)))))))))..)).)).))))(((((((...........)))))))...........((((.((((((((...))))))))...))))............))))))....((((..(((......)))..))))...(((.((((.....))))..))).(((((.((........))))))))))))..))))..........))))))))).....))))))))))))).)))))....)))).(((((..((...)).))))).)))))))))(((((.(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....)))))...(((((((..((((........)))).)))))))((((((.((((((.(((......(((......(((((....)))))..))).......))).))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..)))))).)).)))))..))))))).))))...))))..((((...)))).((((......)))).......(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))).))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((.....(((((((((((........((((((((((...............................((((((((...((((........)))).))))))))........((((....))))(((((((((.((.(((((.(((((((.........))))))).....)))))((((...(((..........)))..)))).......(((............))))).))))))))).......................((((((((....))))))))......((((((((.....((...(((((.((((.(((((.((((((....)))))).)).....(((.......)))...)))...)))).)))))..))..)))))..))).....((((((((.........))))))))......((((((....))))))..............))))))).)))..............((....))....((((.......((((....))))..........))))....))))))))))).........((((((((((...bbbbb....(((((((.((((.(((..((((((((....(((((((((((((..(([[..(((.....)))....))...((....))..(((.......)))]]....))))))))))))).........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).((.......))......)))))).....))))))))))).))))...((((((((((....((((((.(((..(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))))))))))))))))).....(((((((............)))))))........(((((((((................((.......................((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))...((((........))))....)))..))))))))))))).........((((((((..............))))))))((((((.....))))))............((((((((.((......(((((.((....)).)))))...))))))))))........<<<<<<<<<<<........((((((.......))))))......<<<.<<...<<<<<<<<<<...<<<<...<<<<<<<<<........))......(((...(((....)))...)))........(((((........)))))..((((((((((....................(((.........((aa.....))...AA.)))...(((((..(((((((((((((.....))))))))......)))))..))))).........(((((....)))))............................................))))))))))............................(((((.....))))).......((((....((((((((..................(((((...............)))))((((((......))))))................((...ccccccc............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..((((..((...(((((..(((....)))...)))))...))..))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..(((((........)))))......))))))......)){{{{{{{{{{{{)))))))).)))).............(((((((....)))))))....................................................(((((.((((((((((...........(((((..(((.....(((((((((....)))))))))..)))............)))))..)))))))))).))))).......(((((.......))))).}}}}}}}}}}}}...CCCCCCC....>>>>>>>>>.(((((((...........)))))))................(((((((.....))))))).............................((((..(((......)))..)))).(((....))).............(((((((.((........))))))))).............>>>>.>>>>>>>>>>...>>.>>>((((((((...((.......))...)))))))).......>>>.>>>>>>>>........(((((((((((....)))))))).))).))))))))).))))..))))))))))))).....(((....(((((((....))).))))...)))........))))..........(((....))).(((((((...............)))))))..........(((...(((((((((((....)))))..))))))...)))..........(((....(((((...........)))))....)))................BBBBB(((....)))........(((((.......)))))..((.(((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))..)))))))).)))))).))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((.....((((((((..(((((((.(((((.((..((((((((......(((.....))).(((((((((.(((((((..((((((........(((((((((..((((...(((....))).(((((((((.((((.(((.(((((((.........)))))))...((((....(((....)))....))))..))).)))).....((((..((....))..))))...)))))))))(((((...((........))...((((((((....)))))))).((((((....))))))...(((............)))...((((((....))))))......(((((((...((((((..((((.......((((.((((((.(((....)))..((((((((((.........))))).........(((((......)))))..)))))...((((..((..(((..(((((((...(((.(((((.(((..(((((.......((((....))))..........)))))...((((.(((((((......((((..((((......))))..)))).((((((((((.((..((((((((...((((((((((((((.(((((.......(((..(((..((....))...)))..))).........))))).))))))))))))))........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))..))......((((....))))...((((((......(((((((((.....(((...((((((((...((.((((.....))))..))...))))))))..)))......)))))))))...)))))).....(((((((.((......)).)))))))....(((......))).((((.........))))(((..............)))....((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))))))))))))).......((.((((((((......(((((...(((((..(((((((...)))))))......))))).(((((((.(((......(((((.((....)).)))))...)))))))))).......((.(((((((.(..(((...((((((.......))))))...)))..(((..((.(((((...))))).)).)))((((.((((((......)))))).))))..(((....)))...(((....))).(((((........)))))..((((((((((.((((((((((.......((((((...(((..(((.....)))..))))))))).(((((..(((((((((.((((.....)))).))))....)))))..))))).........(((((....)))))....)))))...)))))...((..(((......))).)).....))))))))))).))))))))).(((......)))....(((((.....))))).))))).(((((....)))))..................)))))))))).((((....))))..((((((((......)))))).)).((((((((((....))..))))))))..........(((((((((...(((....)))...))..)))))))..((....((((.((((((..((((..((...((((((.(((....)))..))))))...))..))))))))))..))..((((((.......))))))....))...)).........((((((.....))))))....))))))))))........))))))).(((((.....))))).)))).........((((((((......)))))).))(((........))).....)))))))).)))))))))).)))...))..)))).((((((.......)))))).)))))).))))...(..(((((((((....)))))))))..).))))..))))))..))))))).......((..(...)..)).((((((....(((.((((..((((..(((((...)))))))))..))))..))).(((((((...........)))))))...........((((.((((((((...))))))))...))))............))))))....((((..(((......)))..))))...(((.((((.....))))..))).(((((.((........))))))))))))..))))..........))))))))).....))))))))))))).)))))....)))).....((((.......))))...))))))))(((((.(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).....)))))...(((((((..((((........)))).)))))))((((((.((((((.(((........................(((((.......)))))))).))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..)))))).)).)))))..))))))).))))...))))..((((...))))........(((....)))....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))).))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....((((((((..(((((((.(((((.....(((((((((.....(((.....))).(((((((((.(((((((..((((((.....((.((((((((((.((((..((((....))))(((((((((.((((.(((((((((((.........)))))))...((((....(((....)))....)))).)))).)))).....((((............))))...)))))))))(((((..................((((((((....)))))))).((((((....))))))...((((......bbb.))))...((((((....))))))......(((((((.(.((((((..((((...BBB.((((.((((((.(((....)))..((((((((((.........))))).........((((((....))))))..)))))..(((((......(((..(((((((...(((.(((((.(((..(((((.......((((....))))...{{{{{..)))))...((((.(((((((......((((..(((((....)))))..)))).((((((((((.....((((((((..(((((((((((((((.(((((.......(((..(((.............)))..))).........))))).)))))))))))))).)......((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((.((...)))))))))).)).))))))))))).((((...))))......)))))).....)))))))).........((((aaaaa.)))).(((((((.(((..(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))))))))))))))))).)((.(((((((............)))))))))..(((.<<<..))).((((.........))))(((.(((....)))...)))....((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((..........)))).)))..))))))))))))).......((.((((((((.....((((((...(((((..(((((((...)))))))......))))).(((((((.(((......(((((..........)))))...)))))))))).......((.(((((((....(((...(((((((....).))))))...)))..(((.....(((((...)))))....)))((((.((((((......)))))).))))..(((....)))...(((....))).(((((........)))))..((((((((((.(((((............((((((...((((.(((.....)))).))))))))).(((((..(((((((((.((((.....)))).))))....)))))..))))).........(((((....)))))............))))).......(((......)))........))))))))))..))))))))).(((......)))....(((((.....))))).))))))(((((....)))))..................)))))))))).((((....))))..((((((((......)))))).)).((((((((..........))))))))..........(((((((((...(((....)))...)))..)))))).......((.((.((((((..((((.......((((((.(((....)))..)))))).......))))))))))..))))(((((((....).))))))AAAAA...............((((((.....))))))....))))))))))........))))))).(((((.....))))).))))...}}}}}.(((((((((....))))))).))(((........))).....)))))))).)))))))))).))).......)))))((((((cccc...)))))).)))))).))))......(((((((((....)))))))))....))))..))))))).)))))))CCCC...(((((...))))).((((((...((((.......((((..(((((...)))))))))........))))(((((((...........)))))))...........((((.((((((((...))))))))...))))............))))))....((((..(((......)))..))))...(((.(((((...)))))..))).(((((.((........))))))))))))..))))........).)))))))))))...))))))))))))).)))))....)))).....(((((.....)))))..)))))))))(((((((((((((((((....)))))))).))))(((((.>>>.))))).....)))))...(((((((..((((........)))).)))))))((((((.((((((.(((........................(((((.......)))))))).))))))(((((...((((.(.(((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))..))))))....)))))..))))))).))))...))))..((((...)))).((((..[[[[))))]]]]...(((((((((.......)))))..((((((((((........(((((....)))))........))))).))).))))))...)))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((.....((((((((..(((((((.(..((.((..(((((.......(((((......((.(((((((((.(((((((..((((((........(((((((((..((((..((((....))))(((((((((.((((.(((((((((((.........)))))))...((((....(((....)))....)))).)))).)))).....((((..((....))..))))...)))))))))((((((...........(((...((((((((....)))))))).((((...((((((.....(((((((.(((((.(((((.......((((((.(((.((((..(((.((.....(((((.....(.((((((.((((.(((((..((.(((((((((((((((((((.........))))).........(((((......)))))..))))).......))))).....)))).))..((((((((....((...(((((.......((((....))))..........)))))....))......((((((((.((((..(((((....)))))..)))).....))))))))...((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))....(((..(((((....)))))...)))........).)))))))))))))))).)))))).)....))))))).)))..)))))))..))))))....(((((((((............)))))).)))..)))))..))))))))).)))))))))....(((......)))....)))).)))..(((((...(((....)))..((((....((.((..((((..(...(((.....(((((.((((((....).))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)..))))..)))).......((((((((((((.....(((((...(((((((((((((.((..((((((((((.....((.((((((((.((......(((((.((....)).)))))...)))))))))))).....))))....(((((..(((..((((((.......))))))..((((.((((....((((((........(..((((((((.((((((......)))))).))))..(((....)))......))))..)..(((((((((((.(((((..((((..((((((((((.(((((....((((..((((..((((((..(((((((.((((..((((.(((((..(((((((((.((((.....)))).))))....)))))..)))))...(((...(((((....)))))...)))...(((((((.(((((..((.((((((((..((.....))....(((..((((.((.........((((((((...(((((.....)))))...(.((((((....((((((((.((..(((((((......(((((....(....).....)))))...(((......))).)))).)))..(((((((((((((.((((.((((........(((.....)))..(((....))))))).))))(((((..(((.((((...((((((..((((..((...((((((.(((....)))..))))))...))..))))))))))...((.((((((.......))))))))..)))))))..)))))..((((((.....)))))).(((.(....))))...)).))))))).)))))).)))))))).)))))).)........))))))))..(.(((.((....))))).).))))))..)))......)))))))).))))))).))))))).....((((((.......)))))).))))..)))))))))))(((((..((....))..)))))..)))))).))))..)))).))))).).))))))))).))))....))))).)).)))))))))))))))...)))).)))).(((.....)))..)))..(((((((...........)))))))...........))))).))))))..)).))))))).)))))).....)))))...((.......((((..(((......)))..)))).(((....)))))..)))))..)))))))...))))......))))).))))))..))))..........))))))))).....))))))))))))).)))))....)))).))..(((((.....))))).))))).(((((((((..((((((((((....))))))).)))..(((((.....))))).....)))....))))))..))))).(((((((....))).)))).((((((.((((((.(((...............(((((....)))))....(....)..))).))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..)))))).)).))..)..))))))).))))...))))..(((.....))).......((((....))))...(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))).))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((......((((((((..(((((((.(..((.((..(((((.........................(((((.(((((((..((((((........(((((((((..((((..((((....))))(((((((((.((((.(((.(((((((.........)))))))...((((....(((....)))....))))..))).)))).....((((..((....))..))))...)))))))))((((((.........((..(...((((((((....)))))))).((((((....))))))..)..))...........((((..((((((....))))))..)...(((((((...((((((..((((.......(((..((((((.(((((((..((((....(((((.........))))).........(((((......)))))..........))))...........(((((((...(((.(((((.(((..(((((.......((((....))))..........))))).........((((((......((((..(((((....)))))..))))..(((((((((.....((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..(((.......)))......))))))))))))))........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))...........((((((((((..(((((.........((((.............((.(((((((((..(((((..((((..((((...))))..))))..)))))............................(((((((..(......)..)))))))....(((......))).........((..(((((((..............(((((...((.((..((((..(...(((.....(((((.((((((....).))))).)))))....((((.(......).)))).)))..)..))))..))))........................................((((((...)))))).............(((((((..((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))............................................))))).....((((((....(((((((.............))))))))))))))))))))...))...(((....))).................((((..((..((((((..(((((((((.(((((.((((..(((((((((((..((....(((.....)))..)).)))))...(((((......((((((..(...)..)))))).......))))).))))))........(((((....)))))....))))....))))).......((((....))))........)))))))))..((..(((....(((......)))....(((((.....))))).)))...........((((((...((..((..(((......)))..))..)).))))))..))..))))))..))..))))...............)))))))))..))..........))))..(((((.((...(((....)))...))...))))).)))))(((((...((((((..((((..((...((((((.(((....)))..))))))...))..))))))))))...)))))..............)))))))))).............((((((.....))))))....))))))))).........))))))..................................(((((......))))).......................)))))))).)))))))))).....)))))))....((((((.......)))))).))))))..)))......(((((..((....))..)))))....))))..))))))..))))))))))............................................((((.....))))................(((((((...........)))))))................(((((((.....)))))))...................................(((......))).......(((....))).....................................))))))..))))..........))))))))).....))))))))))))).))))).............(((((.....))))).......((((..(((.(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).....)))......))))..))))).(((((((....))).)))).((((((......(((.(((.((((....((....))................................))))..))).)))..(((((((((((....))))))..)))))...............)))))).)).))..)..))))))).))))...))))....................((((....))))...(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))....))))).))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((.....((((((((..(((((((.(..((.((..(((((.......(((((......((.(((((((((.(((((((..((((((........(((((((((..((((..((((....))))(((((((((.((((.(((((((((((.........)))))))...((((....(((....)))....)))).)))).)))).....((((..((....))..))))...)))))))))((((((...........(((...((((((((....)))))))).((((...((((((((((((......((((((...(((((.((((((....)))))).)).....(((.......)))...))).((((((.((((.(((((..((.(((((((((((((((((((.........))))).........(((((......)))))..))))).......))))).....)))).))..(((((((.....((...(((((.......((((....))))..........)))))....))......((((((((.((((..(((((....)))))..)))).....))))))))...((((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))....(((..(((((....)))))...)))..........)))))))))))))))).))))))......(((((..((((..((((...))))..))))..))))).))))))......))))))..)))))).(((((((..(......)..)))))))....(((......)))....)))).)))..(((((...(((....)))..((((....((.((..((((..(...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..)..))))..)))).......((((((((((((.....(((((...(((((((((((((.((..((((((((((.....((.((((((((.((......((((..((....))..))))...)))))))))))).....))))....(((((..(((..((((((.......))))))..((((.((((.((((((.(((((((.....(((((((((.((((((......)))))).)))...(((....)))...((((.(((...(((((........)))))..((((((((((.(((((((((((.((((((((((((.((....(((.....)))..))))))))...(((((.((...(((((((.......)))))))...))..))))).))))))........(((((....)))))...))))))...)))))...((..((((....)))).)).....)))))))))).....((((((......((((((((...(((((.....))))).....((((((....((((((((.((..(((((((.....((((((....((((....))))))).)))(((......))).)))).)))..(((((((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..((((..((...((((((.(((....)))..))))))...))..))))))))))...)))((((((.......)))))).....((.(((.........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).))))))..........))))))))....))).)))...))))))).)))))).....)))).)))))))))(((((...........(((((.(..(((((((..................(((.....(((((..((....))..)))))..)))......(((......))).)))))))..).)))))....((.(((((.......)))))))..))))))))).)))).(((.....)))..)))..(((((((...........)))))))...........))))).))))))..)).))))))).)))))).....)))))...((.((((((..((....))......))))))...(((....)))))..)))))..)))))))...))))......))))).))))))..))))..........))))))))).....))))))))))))).)))))....)))).))..(((((.....))))).))))).(((((((((.(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))..))))).(((((((....))).)))).((((((.((((((.(((......(((......(((((....)))))..))).......))).))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..)))))).)).))..)..))))))).))))...))))..(((.....))).......((((....))))...(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))).))..