CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00501



RNA: CRW_00501
Rfam family: -

GGUUAAGUUAGAAAGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGGAGCCGAAGAAGGACGGGACUAACACCGAUAUGCUUUGGGGAGCUGUACGUAAGCGUUGAUCCAGAGAUUUCCGAAUGGGGGAACCCACUAUCUUUAGUCGGAUAGUAUCCUUACGUGAAUACAUAGCGUGAGGAAGGCAGACCCAGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCUGGAGGAAGAGAAAGAAAAAUCGAUUUCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAACGGAAAGAGCCCAAACCAAGAAGCUUGCUUCUUGGGGUUGUAGGACACUCUAUACGGAGUUACAAAAGAAAGUUAUAAAUGAAGCGGUCUGGAAAGGCCCGCCAAAGACGGUAACAGCCCGGUAGUUGAAAUGGCUUUCCCUCCAGAGUGGAUCCUGAGUACGGCGGAACACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCCGGGAGGACCAUCUCCCAAGGCUAAAUACUCCCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAACAGUUCCUGAAACCGUGUGCCUACAAGUAGUUAGAGCCCGUUAAUGGGUGAUAGCGUGCCUUUUGUAGAAUGAACCGGCGAGUUACGAUUUGUUGCAAGGUUAAGCGGAAAAAGCGGAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGCAUAAGUAACAGGUCGUAGACCGAAACCAGGUGAUCUACCCAUGUCCAGGAUGAAGGUAAGGUAAUACUUACUGGAGGUCCGAACCCACGCACGUUGAAAAGUGCGGGGAUGAGGUGUGGGUAGCGGAGAAAUUCCAAUCGAACUUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCGAGGUAAAGAGUCAUGGAGGUAGAGCACUGUUUGGACUAGGGGCCCUUCUCGGGUUACCGAAUUCAGAUAAACUCCGAAUGCCAUGUACUUAUACUCGGGAGUCAGACUGCGAGUGAUAAGAUCCGUAGUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGUUAAGGUCCCCAAAUAUAUGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGGGUUGCUUAGACAACCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCAUUGAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACCCCGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACAUAUUACCGAAACUGUGGAUGAACCUCUUUAGAGGUUCGUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCGGUGAAGUCAGACCGGAAGGACUGGUGGAGCGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUAUGAGUAGCGAAAGAAGGGUGAGAAUCCCUUCCACCGAAUAUCUAAGGUUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAUACGUAGGCGAUGGACAACAGGUAGAGAUUCCUGUACCAGUGCUAAUUGUUUAACCGAUGGGGUGACACAGAAGGAUAGGGAAUCGCACGAAUGGAAAUGUGCGUCCAAGCAGUGAGUGUGAGAAGUAGGCAAAUCCGCUUCUCGCGAAGCAUGAGCUGUGAUGGGGAAGGAAAUUAAGUACGGAAGUUCCUGAUUUCACGCUGUCAAGAAAAGCCUCUAGGAAGAGUAGUACUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGAUGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGAGCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUAUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCAAAACCGUAAGGUGACGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGUGCUUAGCUUCGGCGAAGGUACGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGGUGAAAUUAUAGUACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAACCUGAUAUGGAAUGUUUGUACCGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCGAAGAGACGUGUGCGCUAGCAUACGAGGAGGCAAUGGUGGGAUACUACCCUGGCUGUAUGACCAUUCUAACCCGCACUUAGCGCGUGGGGAGACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGAUGGAAAUCAUUCGCAGAGUGUAAAGGCACAAGGGAGCUUGACUGCGAGACUGACAAGUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGCUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGCGGGCGCAGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACACACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCCGCCAGGAGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGUGGCAGGGAUAAACGCUGAAAGCAUCUAAGCGUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUUCUUCGGAAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUAGAUAGGUUUGGAGUGGAAGUGUAGCGAUACAUGGAGCGGACAAAUACUAAUCGAUCGAGGACUUAACCAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.dd.dddd)))...D.(((((((..(((DDD.DD.))).....)))))))...))))...(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))))).))....((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(.((((......)))))(((...).hhh.....))HHH...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..iiii)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....))))..............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....)).(((((.....))))).....)))))))))))))..(((...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((.(..(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).)....)))))).)))).)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....[.[[[[[[...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....]]]]]]])))...)))))))(((((((((....)))))))))....))))))(.((((((((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((cccc.((...(((.(.(......).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((......((..((((((...((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...(((((((((((.((.....))))))))).....))))...))))...)).((((((.......))))))..)))))...)))...))))........)))))).))..)))))))))))CCCC..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((....((((....))))...)))))(...).......(((((((((..((e....(....E))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((....))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ggggg..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).GGGGG))))))))))))))))))...(((.(((.......))))))......)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ff....ffffff((.((((((.......))))))...))ff)(.(((FF....FFFFFF....((((((((a...(..A)))))))).(((....))).FF))).).....(((((((.((..IIII..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...{{{{{{{{..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...}}}}}}}}..((((....)))).(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((........))).....(((((((..(((.......))).....)))))))...)))....(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))))).......((((((.....((....))......))))).)...................(((((......((.....)).....))))).((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((........(((((((.........((((.((.....)).))))......(((.......)))...........))))))).)))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....))))..............).....))))))))))...........((((((((((........))))).(((((..(((...............((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..........((((..((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))....((.(((((........))))).))....)).)))))))).(((....)))...........(((((..........)))))......(((....(((....((((((....((((((((((.....(((...((((((((.(.((..(((.....)))...)).).))))))))..)))......))))).)))).).)))))).....(((((((............)))))))....(((......)))...((((((((.......(((....(((((((.(((..........((((((((((((......((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))..)))))))))))).(((.........))).))).)))))))............(((((...(((((..............)))))..)))))...)))((((........)))).....))))))))...................))).........)))....((((((.......))))))))))...)))..)))))((((...)))))))))((((((((...(((.(((((.......((....(((........)))..(((....((((........))))..))).........))....))))).....)))...............(((((((....((((((((((((((..(((((..((((..(((((..........))))).......))))..)))))...)))...((.......((((((.(((...(..((((..(((.........))).....))))..)....)))..))))))......))..((((((((....((((.....)))).......((..(((..(((((((..........(((.......((((....(....).....))))..(((.....((((....))))..))).)))((((((........(((((..((((...........))))((((((((...(((....)))...)..)))))))....)))))(((((((((((..(((((((.......)))))))..(((...(........)...)))))))))...(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)...............)))))))))))....))))))).))).))..........)))))))).............((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((..(((((.((((((.(((.(.........(((((..(((.......(((((((....)))))))....)))............)))))).))).)))))).)))))...(((((.(.....).))))).......)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))(((.....((((((((.((((((.......))))))...))(((......)))..))))))....((((..((((....))))..)))).(((....))).))).........(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))))))((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))))))))))...............(((((.......)))))....................)))...)))).....))))))))...................))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((((.(((((((...(((.......)))((((.....(((........))).....))))......((.......))((((.((((..............(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((....))..))).))))).......((........))(((((((((....(((((((((..........(((.(((((((((((((....))))))))(((.(..(((((((((....)(((........(((((((((.......(((((((....))).))))......(((.......))).........))))))))).)))..)))))..)))(((.(.((((((((.........))))))))..)).))(((((....)))))(.(((((((.((((((((..(((((.........(((((((((....((..(((((....((.((((....)))).)).....((((((((..........((((((((((.((((..((((((()))))))..))))..))...))))))..............((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))(.((((.....)))).)....))))))))))))))(((.......))).(((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....)))))))))))((((((..((((((......))))))...........))))))...(((((....)))))..((((((.....(((((((((.(...(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))....).))))).))))...))))))..((.(((((((.((......)).)))))))))..(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((.(((......((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))))))(.........)...))).))))))).)))..))))))))(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))))).....))))...........((...((((((.......))))))...))..............((((((...((.....)).)))))).....((((..(((......)))))))......((((.(((...(((((.(....).))))).))).))))....(....(((.....)))....)..........(((..((((((........)))))))))..(((((..(((((((((((.((.....)))))))))))).....)..)))))(((((.....(((((((.(.((....)).).)))))))...))))).........((((....))))..((((.....)))).....(((......)))..)).((((.....))))......(((((((....)))))))..................(((((.....(((....))))))))(((((.((.((((....)))))).)))))............))..))).))((((((.....)))))..).(((((((...(((....)))...)..))))))))).))))).)))))))))))..))))))).)))))).))))))).)..................((((((((((((...((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))((((.......)))............(((((((((.....)))))..))))........(((((((((....))))))).))........).((((.......))))..........(((.(((((((((((((((.((((((.((.....(((...........(((.......(((((((....)))))))....)))...(((((....)))))))))).)))))).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..))))))).))))))))((.(((((((...........))))))).))...(((((((((.((((((.(....)))))))...).((((....)))).))))))))(..((((..((((....))))..)))).(((....))))........((..(((((((((.........))))))))).))............).)))(())...(((.....)))(((((((...((.......))...))))))))))))...))).......)))))))))((((((((((((....))))))).)))))(((((.....)))))......((.(.((((((.((((.((.(((((((....))).)))))).))).)..).))))).))))))))))))...........((((((.......)))))).........(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))....)))).))))......)))))))..))))..))))..(((..(......(((((.........))))).....((((((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))))))))))))))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((...(((....))).(((...[[[[[[.....[[[..)))...]]].....]]]]]]((((((.......))).....)))((((((.[[[[[..(((....)))...))))))..]]]]].....(((((((((.........)))))))))...(((..[[[[[...))).............]]]]].....................(((((........[[[.........)))))..]]]....((((((((....))))))))..(((((....(((((....))))))))))..(((((((((.........(((((....))))).........(((...[[[[)))...]]]]..)))))))))....(((...[[[[.)))....((((((((.........))))))))..]]]]((((((....))))))............(((((....................[[[[...)))))..]]]].......((((....))))...................))))))))))).......((((..(((((.[[[)))))..)))).......]]]......((((((((...((((((((((((((..((((...............)))).............((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((((((((((((.....((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).......)))))))).((((...)))).)))..)))))).....)))))))).....(((.[[[[)))...]]]]..(((.[[[[[..))).(((((.....(((...((((((((.....(((((.....)))))......))))))))..)))......)))))]]]]].((((.........[[[[[[[))))........]]]]]]]....(((......)))...((((.((((..(((........(((((((.(((.........(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).)))))))))))))(((.........))).))).))))))).)))..))))))))(((((((((....)))))))))((((...((((((((((....((((..[[[[..))))....]]]]..))))))))))...........))))(((((...........((((((.......)))))).[[[..)))))...]]].......(((.[[[[[.))).....]]]]].(((((..(((..[[[.)))))))).....]]]........(((((........))))).(((.......((((...(((.....)))...))))........[[[..[[[[[[..)))...]]]]]]]]].(((.(((..((((((((((.......[[[))))))))))...)))..))).......]]]..(((((((.[[[[[[.......)))))))..(((.........)))((((....)))).........]]]]]].....(((..[[[.))).....((((.....))))...]]](((((((....)))))))......(((((.......[[[[[......)))))....]]]]].((((....((((....)))).)))).(((....[[[[[[[.....)))..]]]]]]](((.........[[[..)))...(((....)))]]]......((((........))))...(((((....[[[[.....[[[[[[....)))))..]]]]]]...]]]].((((((((.......((((((.[[[...))))))....]]].(((.....[[[[((((((.....)))))).)))....]]]]...........(((..[[[[[(((.((((...)))).))).........((((((......))))))..)))..]]]]].((((.......))))........(((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).))))))..(((.(((.......)))))).....)))))))))..)))))...))))))))....((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.........))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))))))......((((((((....))).(((..[[[)))...]]]..)))))..(((((.....[[[[[.....)))))...]]]]].....(((.[[[[[)))...(((((.....)))))]]]]]......(((((((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....))))).(((.....(((....(((((((....))).))))...)))..[[[[[[)))(((..................)))((((((.......))))))...]]]]]].((((.[[[[))))..]]]](((((..[[[[)))))...]]]]...((((....)))).(((....(((((...........)))))....))).((((..((((...[[[[[)))).....]]]]]....(((((((((.......)))))..(((..(((((........(((((....)))))........)))))....)))))))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((.........))))).(((.......))).........(((........))).....(((((((..(((.......))).....))))))).(((((((((((((((....(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..)))))).....(((((((((...(((....(((.((((((....(((((((.((((((((((.((....((((((....((((........(((((((((.......(((((((....))).))))(((...((((....).)))....)))..))))))))).))))))))))((((((((((.((((((((.........))))))))......(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).((..((((((((((((...(((((...(((((((((((((..((((......))))..)))).)))...))))))...((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).(((.....))).(((.........))).))))))))((((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((.((.....)).))))......(((((((((.(((...((.(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((((.((((..(((((((...(((((.............((.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).)))))))))))))))....)))))..))))...........)))..))))))))(((((((((....))))))))).......((((((((((((..((((........))))......))..))))))))))........))...)))))))))))).((...((((((.......))))))...)).........)))..)))))))).)))))((((.(((.((.((((.......)))).)))))(((........)))...)))).(((((........))))).((.((.((..((((...(((.....)))...)))).)).)).)).....(((((........)))))))))))))))))...(((((((((.((.....)))))))))))..)))..)))))))..))))))...........))))).(((((((........(((.........)))((((....))))..((.(((((.((..((.....))..)).))))))).((((.....))))......(((((((....))))))).))))))).(((......((((((......)))).......(((((((....((((....))))...)))).))).))......))))))).)))))))).)).......(((.(((((((...(((....)))...))..)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).)))))).((((....)).)).......((((((((((((((.((((((.......)))))))).(((..........))).((((((.....))))))((........)).((....((((((.(((((((((..((((...)))).............((((((......))))))..((((((.((((.(((((((..((...))..)))).)))...))))...(((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).)))))))...(((.....))))))))))))))))))))))))..)).)))).))))))))((.(((((((...........)))))))))...(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).))))(((((((.((........)))))))))((....))......)).))))))))))...)))))))..((((((...((.......))...))))))))))))...)))..)))..))))))))).(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....((.(((((..(((((((....(((((((....))).))))...)))..((((((.(((.........(((...(((((....)))))))).........))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))..)))).))))).)).(((....(((((...........)))))....)))..((((...)))).))))))))....)))))))....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((((((.........(((((((((.............(((........)))....(((((((...(((.......)))......................(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))................((..........))...(((((((.........................................................((((((((....))))))))...........((((......)))).......................(((((((....))).))))......(((.......)))..................)))))))..(((..((((....((((((((.........)))))))).....))))ee..))).EE.))))))).........))))))).))........(((....((....))....))).....((.((((....)))).))................))))))))))).........((..cccccc...cccc...))(((((((...........((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).........(((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).........ff.......)))))FF....))))))))...........((((((.......((ddddd.........ddddd.))..(((aaaa(((((((....[[[[[.[[[[[[[[..[[[...)))))))...)))......DDDDD.(((((((DDDDD......(((((((............)))))))....(((..bbbb)))..........................................((.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).))))))))))))))).......................................(((((((((....)))))))))............(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).............))))))).......((((((.......))))))..............]]]..]]]]]]]].]]]]].................................................(((...(((((........))))).))).............................................((((((........)))))).......AAAA...(((((((((..........)))))))))..............((((......(((((((...((....))...)))))))....))))..........................................................((((.....))))................(((((((...................(((((...............)))))(((((....((((....))))...)))))............((((((......(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).......(((...((((((..((((..((...(((((..((....))...)))))...))..))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........)))...(((((........)))))..................))))))..{{{{{{.)))))))..................(((((((....)))))))....................................(((((.(((((((((((((((.((((((................................(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).))))))..(((((.........)))))}}}}}})))))))))..)))))...........((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......)))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).............(((((((((.........))))))))).....................................((((((((...((.......))...))))))))................<<<<<.....((((((((((((....)))))))).))))((((BBBB...)))).)))))))))))))>>>>>(((....(((((((....))).))))...)))..CCCC..CCCCCC....((((.............(((((.........)))......))...(((((....(((...(((((((((((....))))))..)))))...)))..)))))...(((....(((((...........)))))....)))..............))))...((((....))))........(((((.......))))).........(((........(((((....)))))........)))................)))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((((.(((((((.(((((.......))))).......(((........)))....((((....))))........((((((.((((...............((....)).(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..)))))).....(((((((((...(((....(((.(((((((...(((((((.((((((((((.((.....(((((....((((........(((((((((.......(((((((....)))).)))(((...((((....).)))....)))..))))))))).)))))))))(((((((((((.((((((((.........))))))))......(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).....((((((((((((....((.....(((((((((((((..((((......))))..)))).)))...))))))...((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).(((.....))).................)))))))).(((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((.((.....)).))))......(((((((((.(((...((.(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...(((..((((..(((((((....(................((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))))))))))))))))))).......)...))))...........)))..)))).)))(((((((((....)))))))))........((((((((...(((......)))...(((.......))).)))))))).........))...)))))))))))).((...((((((.......))))))...)).........)))..)))))))).)))))((((.(((.((.((((.......)))).)))))(((........)))...)))).(((((........))))).((.((.((..((((...(((.....)))...)))).)).)).)).....(((((........)))))))))))))))))..((((((((((.((.....)))))))))))).)))..)))))))..)))))..............)....((..((........((...........))((((....)))).....(((((..(..(.......)..)..)))))...((((.....))))......(((((((....))))))).))..))..).........((((...............))))((((((....((((....))))...))))).).............)))).))))))))..........(.(((((((((...(((....)))...))..)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))(((((....)).)))......((((((((((((.((((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))((........)).......(((((.((((((((((..((((...)))).............((((((......))))))..((((((.((((.(((((((..((...))..)))).)))...))))...(((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).)))))))...(((.....))))))))))))))))))))))))..)).)))).))))))))((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).)))))((((((.((........))))))))...............)).))))))))))...)))))))...(((((...((.......))...))))))))))))...)))..)))..))))))))).(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).....((.(((((..(((.(((....(((((((....))).))))...)))..((((((.(((...............(((((....)))))............))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))...))).))))).))..)))).))))))....)))))))..))))..))))..((((...)))).(((((.........))))).....((.(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).)).))....)))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((((.(((((((.(((((.......))))).......(((........))).(((((((....)))).)))....((((((.((((.....((((.....{{{))))}}}(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((...............)))))).....((((((((((..(((....(((.(((((((...(((((((.((((((((((........((((......)))).......(((((((((.......(((((((....)))).)))(((..(((((....)).)).)..)))..)))))))))..........(((((((((((.((((((((.........))))))))......((((((....))))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).....((((((((((((...........(((((((((((((..(((((....)))))..)))).)))...))))))...((((((((...((((((((((((((..((((...............)))).............((((.....))))......))))))))))))))(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((.((...))))))))))....))))))))))).((((...)))).................))))))))((((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((...........))))......(((((((((.(((......(((((((............)))))))....(((......)))...(((..((((..(((((((...((((([[[..........((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))))))....)))))..))))...]]].....)))..)))).)))(((((((((....))))))))).......((((((((....(((......)))..................)))))))).............))))))))))))......(((((((....).))))))..............)))..)))))))).)))))((((((((.((.(((((....).)))).)))))(((........)))..))))).(((((........)))))...........((((...(((.....)))...))))..............(((((........)))))))))))))))))..((((((((((.((.....)))))))))))).)))..)))))))..))))))..(((((((..........<<<<)))))))..(((.........)))((((....)))).....................................((((.....))))......(((((((....)))))))..>>>>...(((.......((((...............))))((((((.((.((((....)))))).))))).)..........))))))).))))))))..........((.((((((.....(((....))).......)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))(((((....)).)))......((((((((((((...(((((((....).))))))..((((.(.......)))))((((((.....)))))).................(.(((((.((((((((((..((((...))))(((....)))..((((((((....))))))).)((((((.((((.(((((((...........)))).)))...))))...(((((((.(((((((((((.(((.......))).)))).)......(((((((....)))))))....((((..(((((....))))).).))))))))).)))))))...(((.....)))))))))))))))))))))))))....)))).))))))))...(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((.........))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).)))))((((((.((........))))))))..................))))))))))...)))))))...(((((.....(((......)))))))))))))))...)))..)))).)))))))))((((((((((((....)))))))).))))(((((.....)))))........(((((..(((((((.((.(((((((....))).)))))).)))..((((((.(((...............(((((....)))))............))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))..)))).))))).....)))).))))))....)))))))..))))..))))..((((...)))).(((((.........)))))....(((((((((.......)))))..((((((((((........(((((....)))))........))))).))).))))))...)))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..((((((.((....((((((.((((((((..((((....)))).........((((.......(((((((((.........)))))))))..((....(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..))))))..))..))))........))))))..((((...((((((((....)))))))).....(((((((((((....((((........(((((((((.......(((((((....))).))))(((..(((((....)))..))..)))..))))))))).))))))))))..))))).....(((((((((..........((((((.....(((((......)))))..((((((.((((((((..(((((.........((((((((....(((..(((((....((.((((....)))).)).....(((((((((...((((.(((((((.....((((..(((((....)))))..))))..(((((...(((...((((((((...((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......((((((...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).((((...))))......)))))).....))))))))..(((((..((.(((((.((((.(((....)))....)))).))))).)).(((.(((..(((((...(((((.((((((((..(((......(((((...((((..((.((((((((((.(((.((..(((.(((((((..(......)..)))))))....(((......))).)))..))))))))).........)))))).))..))))...((.((((((((..(((.(((......((((.(((((.......))))).)))).....((((.((....)).)))).))))))..))))))))))..........(((.((((..(((((..............(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))))).....)))).)))))..))))....((((((.......))))))..)))..)))))..)))..)))))))).))))))))))..))).)))..)))))..)))....)))))......)))))))))))...((..(((((((..(((((.....((((((..(((...((....((((..(((...(((((..(((..((((((........))))))))).(((.(((..((((((((((.((.....))))))))))))...)))..))).((((((.(...(((((((.(.((....)).).))))))).).)))))).......((((........(..((((.....))))..)..(((......)))....)))).....)))))...)))(((((((....))))))).....(((((((......(((((....(....).....))))).((((....((((....)))).)))).)))).)))......)))).)).)))...)))))).....))))))))))))...(((....)))...)).))))))))).))))).)))))))))))..))))))).)))))).))))))))))))..(((((..((((......))))...((((((..((..((((..(((((((((((((((.....(((((((((((.....)))))).(((.(....))))......((((..(((((((((.....)))))..))))..........((((((......))))))..((((((((.(((.(((....(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))..).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..)))))....((((((((((.((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...........(((((((....))).)))).)))).)))))))..)))...)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((..((((((((((....))))))).)))..(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))..)))...)))))))))))..))))........))))))))).))))........)))))))..))))..)).))))))..)))))...))))))))).)).)).)).)))))).))))))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((..(.((((....)))))..)))))(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))....))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..(((((..((....((((((.((.(((((..((((....))))....................(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).))))).............................................)))))...((((...((((((((....)))))))).....(((((((((((....((((........(((((((((.......(((((((....)))).)))(((....................)))..))))))))).))))))))))..))))).....(((((((((..........((((((.....(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((....((.((((....)))).)).....(((..((((...((((.(((((((.....((((..(((((....)))))..))))(.(((((.........((((((((...((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......((((((...((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)..)))))))).((((...))))......)))))).....)))))))).............................................................((((...(((((.((((((((..(((......(((((................(((((((((.(((......(((((((..(......)..)))))))....(((......)))..........................................((.((((((((..(((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))..)))))))))).......................................(((((((((....)))))))))...............................((.((....)).)).........................))))))))))))......((((((.......)))))).......)))))..)))..)))))))).)))))))))..........................)))))).....))))))))))).......(((((((..(((((.....(((((..................................(((..((((((........)))))))))..........((((((((((.(......).)))))))))).......................(((((((.(.((....)).).))))))).................................................(((......)))........................(((((((....)))))))...........................................(((((....((((....))))...)))))...........................))))).....))))))))))))...(((....)))......))))..))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))))))))..((((((.((((......))))...((((((..((..((((..(((((((...(((.((((.((((..((((((.....))))))..((.(....))).............(((((((((.....)))))..))))..........((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.((((.(((.......))).))))........(((((((....))))))).....((...(((((....)))))...)).)))..).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..)))))..............(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...................................................)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((.(((.(((((((....)))))))..))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))........)))))))))))....)))).)))).((((......))))..)))...)))))))..))))..)).)))))).))))))...))))))))).)).)).)).)))))).)).)))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((..(.((((....)))))..)))))(((((.......)))))..((.(((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))..))....))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..(((((.(((....((((((.(((((((...((((....))))((((((...(((((......(((((((((.........))))))))).(((((...(((....)))......(((....((((((((........((....))..((((.(((.(((((...................((((..((((((((....))))))))..........((((((((.(((....((((.............(((...((((((((..((((((..(((..(((((....)))..))..)))....((((..((((...(((((((((((((...((((((((.........))))))))...)).(((((......))))).))).........(((((((..(((((((((.(((....(((((((((((..((.....((.((((....)))).))....))..)))))...(((......(((((((((((((..(((((....)))))..)))).)))...))))))...((((((((...((((((..((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))..)))))).......((((((...((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)..)))))))).((((...))))......)))))).....))))))))....(((..(((((....)))))...))).)))......)))))).)))....))))).)))))))))))(((.((((((((..(((......(((((...((((..(..((((((((((.(((.((..(((.(((((((..(......)..)))))))....(((......))).)))..))))))))).........))))))..)..))))...((.((((((((..(((.(((......((((.(((((.......))))).)))).....((((.((....)).)))).))))))..))))))))))..........(((.((((..(((((..............(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((.......((((.((....)).))))....)).))))))))).....)))).)))))..))))....((((((.......))))))..)))..)))))..)))..)))))))).)))..))))))))))))..))))))).)))...)).))))))...))).(((..(((...(((((........))))).)))..)))..))))....))))))))))).(((((........(((..((((((........))))))))).....(((..((((((((((.((.....))))))))))))...)))...))))).))))....(((((((...((....))...))))))).)))))))).))))..)))))))).....)))..)))))...........)))))..))))))...((((.....))))..(((.(((((((....)))))))..(((((...((......(((((.....(((....))))))))(((((....((((....))))...))))).)).(((....((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......))))))))..)))))).(((.((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))..))).))))....((((..(((((((...(((.((((.(((((.((((((.....)))))).(((.(((...((.((......)).))...(((((.....)))))))))))..........((((((......))))))..((((((((.(((.(((....(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.(((..................(((.......(((((((....)))))))....)))...(((((....)))))..))).)))..).))))))..(((((.........)))))......)))))))))..)))))....((((((((((.((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...........(((((((....))).)))).)))).)))))))..)))...)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((.(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))..)))...)))))))))))...))))).)))).(((((....)))))..)))...)))))))..)))).)))...(((((....))))).)))))))).)))).))).)))))).))))))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((....((((....))))...)))))(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))....))))))))))))...