|
|
|
GGUUAAGUUAGAAAGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGGAGCCGAAGAAGGACGGGACUAACACCGAUAUGCUUUGGGGAGCUGUACGUAAGCGUUGAUCCAGAGAUUUCCGAAUGGGGGAACCCACUAUCUUUAGUCGGAUAGUAUCCUUACGUGAAUACAUAGCGUGAGGAAGGCAGACCCAGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCUGGAGGAAGAGAAAGAAAAAUCGAUUUCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAACGGAAAGAGCCCAAACCAAGAAGCUUGCUUCUUGGGGUUGUAGGACACUCUAUACGGAGUUACAAAAGAAAGUUAUAAAUGAAGCGGUCUGGAAAGGCCCGCCAAAGACGGUAACAGCCCGGUAGUUGAAAUGGCUUUCCCUCCAGAGUGGAUCCUGAGUACGGCGGAACACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCCGGGAGGACCAUCUCCCAAGGCUAAAUACUCCCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAACAGUUCCUGAAACCGUGUGCCUACAAGUAGUUAGAGCCCGUUAAUGGGUGAUAGCGUGCCUUUUGUAGAAUGAACCGGCGAGUUACGAUUUGUUGCAAGGUUAAGCGGAAAAAGCGGAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGCAUAAGUAACAGGUCGUAGACCGAAACCAGGUGAUCUACCCAUGUCCAGGAUGAAGGUAAGGUAAUACUUACUGGAGGUCCGAACCCACGCACGUUGAAAAGUGCGGGGAUGAGGUGUGGGUAGCGGAGAAAUUCCAAUCGAACUUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCGAGGUAAAGAGUCAUGGAGGUAGAGCACUGUUUGGACUAGGGGCCCUUCUCGGGUUACCGAAUUCAGAUAAACUCCGAAUGCCAUGUACUUAUACUCGGGAGUCAGACUGCGAGUGAUAAGAUCCGUAGUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGUUAAGGUCCCCAAAUAUAUGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGGGUUGCUUAGACAACCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCAUUGAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACCCCGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACAUAUUACCGAAACUGUGGAUGAACCUCUUUAGAGGUUCGUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCGGUGAAGUCAGACCGGAAGGACUGGUGGAGCGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUAUGAGUAGCGAAAGAAGGGUGAGAAUCCCUUCCACCGAAUAUCUAAGGUUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAUACGUAGGCGAUGGACAACAGGUAGAGAUUCCUGUACCAGUGCUAAUUGUUUAACCGAUGGGGUGACACAGAAGGAUAGGGAAUCGCACGAAUGGAAAUGUGCGUCCAAGCAGUGAGUGUGAGAAGUAGGCAAAUCCGCUUCUCGCGAAGCAUGAGCUGUGAUGGGGAAGGAAAUUAAGUACGGAAGUUCCUGAUUUCACGCUGUCAAGAAAAGCCUCUAGGAAGAGUAGUACUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGAUGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGAGCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUAUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCAAAACCGUAAGGUGACGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGUGCUUAGCUUCGGCGAAGGUACGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGGUGAAAUUAUAGUACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAACCUGAUAUGGAAUGUUUGUACCGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCGAAGAGACGUGUGCGCUAGCAUACGAGGAGGCAAUGGUGGGAUACUACCCUGGCUGUAUGACCAUUCUAACCCGCACUUAGCGCGUGGGGAGACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGAUGGAAAUCAUUCGCAGAGUGUAAAGGCACAAGGGAGCUUGACUGCGAGACUGACAAGUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGCUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGCGGGCGCAGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACACACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCCGCCAGGAGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGUGGCAGGGAUAAACGCUGAAAGCAUCUAAGCGUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUUCUUCGGAAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUAGAUAGGUUUGGAGUGGAAGUGUAGCGAUACAUGGAGCGGACAAAUACUAAUCGAUCGAGGACUUAACCAAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.dd.dddd)))...D.(((((((..(((DDD.DD.))).....)))))))...))))...(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))))).))....((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(.((((......)))))(((...).hhh.....))HHH...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..iiii)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....))))..............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....)).(((((.....))))).....)))))))))))))..(((...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((.(..(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).)....)))))).)))).)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....[.[[[[[[...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....]]]]]]])))...)))))))(((((((((....)))))))))....))))))(.((((((((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((cccc.((...(((.(.(......).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((......((..((((((...((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...(((((((((((.((.....))))))))).....))))...))))...)).((((((.......))))))..)))))...)))...))))........)))))).))..)))))))))))CCCC..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((....((((....))))...)))))(...).......(((((((((..((e....(....E))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((....))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ggggg..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).GGGGG))))))))))))))))))...(((.(((.......))))))......)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ff....ffffff((.((((((.......))))))...))ff)(.(((FF....FFFFFF....((((((((a...(..A)))))))).(((....))).FF))).).....(((((((.((..IIII..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...{{{{{{{{..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...}}}}}}}}..((((....)))).(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))...
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((........))).....(((((((..(((.......))).....)))))))...)))....(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))))).......((((((.....((....))......))))).)...................(((((......((.....)).....))))).((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((........(((((((.........((((.((.....)).))))......(((.......)))...........))))))).)))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....))))..............).....))))))))))...........((((((((((........))))).(((((..(((...............((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))))..........((((..((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))....((.(((((........))))).))....)).)))))))).(((....)))...........(((((..........)))))......(((....(((....((((((....((((((((((.....(((...((((((((.(.((..(((.....)))...)).).))))))))..)))......))))).)))).).)))))).....(((((((............)))))))....(((......)))...((((((((.......(((....(((((((.(((..........((((((((((((......((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))..)))))))))))).(((.........))).))).)))))))............(((((...(((((..............)))))..)))))...)))((((........)))).....))))))))...................))).........)))....((((((.......))))))))))...)))..)))))((((...)))))))))((((((((...(((.(((((.......((....(((........)))..(((....((((........))))..))).........))....))))).....)))...............(((((((....((((((((((((((..(((((..((((..(((((..........))))).......))))..)))))...)))...((.......((((((.(((...(..((((..(((.........))).....))))..)....)))..))))))......))..((((((((....((((.....)))).......((..(((..(((((((..........(((.......((((....(....).....))))..(((.....((((....))))..))).)))((((((........(((((..((((...........))))((((((((...(((....)))...)..)))))))....)))))(((((((((((..(((((((.......)))))))..(((...(........)...)))))))))...(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)...............)))))))))))....))))))).))).))..........)))))))).............((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((..(((((.((((((.(((.(.........(((((..(((.......(((((((....)))))))....)))............)))))).))).)))))).)))))...(((((.(.....).))))).......)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))(((.....((((((((.((((((.......))))))...))(((......)))..))))))....((((..((((....))))..)))).(((....))).))).........(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))))))((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......)))))))))))))))...............(((((.......)))))....................)))...)))).....))))))))...................))))))))... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((.((((.(((((((...(((.......)))((((.....(((........))).....))))......((.......))((((.((((..............(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((((....))..))).))))).......((........))(((((((((....(((((((((..........(((.(((((((((((((....))))))))(((.(..(((((((((....)(((........(((((((((.......(((((((....))).))))......(((.......))).........))))))))).)))..)))))..)))(((.(.((((((((.........))))))))..)).))(((((....)))))(.(((((((.((((((((..(((((.........(((((((((....((..(((((....((.((((....)))).)).....((((((((..........((((((((((.((((..((((((()))))))..))))..))...))))))..............((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))(.((((.....)))).)....))))))))))))))(((.......))).(((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....)))))))))))((((((..((((((......))))))...........))))))...(((((....)))))..((((((.....(((((((((.(...(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))....).))))).))))...))))))..((.(((((((.((......)).)))))))))..(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((.(((......((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))))))(.........)...))).))))))).)))..))))))))(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))))).....))))...........((...((((((.......))))))...))..............((((((...((.....)).)))))).....((((..(((......)))))))......((((.(((...(((((.(....).))))).))).))))....(....(((.....)))....)..........(((..((((((........)))))))))..(((((..(((((((((((.((.....)))))))))))).....)..)))))(((((.....(((((((.(.((....)).).)))))))...))))).........((((....))))..((((.....)))).....(((......)))..)).((((.....))))......(((((((....)))))))..................(((((.....(((....))))))))(((((.((.((((....)))))).)))))............))..))).))((((((.....)))))..).(((((((...(((....)))...)..))))))))).))))).)))))))))))..))))))).)))))).))))))).)..................((((((((((((...((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))((((.......)))............(((((((((.....)))))..))))........(((((((((....))))))).))........).((((.......))))..........(((.(((((((((((((((.((((((.((.....(((...........(((.......(((((((....)))))))....)))...(((((....)))))))))).)))))).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..))))))).))))))))((.(((((((...........))))))).))...(((((((((.((((((.(....)))))))...).((((....)))).))))))))(..((((..((((....))))..)))).(((....))))........((..(((((((((.........))))))))).))............).)))(())...(((.....)))(((((((...((.......))...))))))))))))...))).......)))))))))((((((((((((....))))))).)))))(((((.....)))))......((.(.((((((.((((.((.(((((((....))).)))))).))).)..).))))).))))))))))))...........((((((.......)))))).........(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))....)))).))))......)))))))..))))..))))..(((..(......(((((.........))))).....((((((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))))))))))))))))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......(((((((((((...(((....))).(((...[[[[[[.....[[[..)))...]]].....]]]]]]((((((.......))).....)))((((((.[[[[[..(((....)))...))))))..]]]]].....(((((((((.........)))))))))...(((..[[[[[...))).............]]]]].....................(((((........[[[.........)))))..]]]....((((((((....))))))))..(((((....(((((....))))))))))..(((((((((.........(((((....))))).........(((...[[[[)))...]]]]..)))))))))....(((...[[[[.)))....((((((((.........))))))))..]]]]((((((....))))))............(((((....................[[[[...)))))..]]]].......((((....))))...................))))))))))).......((((..(((((.[[[)))))..)))).......]]]......((((((((...((((((((((((((..((((...............)))).............((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((((((((((((.....((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).......)))))))).((((...)))).)))..)))))).....)))))))).....(((.[[[[)))...]]]]..(((.[[[[[..))).(((((.....(((...((((((((.....(((((.....)))))......))))))))..)))......)))))]]]]].((((.........[[[[[[[))))........]]]]]]]....(((......)))...((((.((((..(((........(((((((.(((.........(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).)))))))))))))(((.........))).))).))))))).)))..))))))))(((((((((....)))))))))((((...((((((((((....((((..[[[[..))))....]]]]..))))))))))...........))))(((((...........((((((.......)))))).[[[..)))))...]]].......(((.[[[[[.))).....]]]]].(((((..(((..[[[.)))))))).....]]]........(((((........))))).(((.......((((...(((.....)))...))))........[[[..[[[[[[..)))...]]]]]]]]].(((.(((..((((((((((.......[[[))))))))))...)))..))).......]]]..(((((((.[[[[[[.......)))))))..(((.........)))((((....)))).........]]]]]].....(((..[[[.))).....((((.....))))...]]](((((((....)))))))......(((((.......[[[[[......)))))....]]]]].((((....((((....)))).)))).(((....[[[[[[[.....)))..]]]]]]](((.........[[[..)))...(((....)))]]]......((((........))))...(((((....[[[[.....[[[[[[....)))))..]]]]]]...]]]].((((((((.......((((((.[[[...))))))....]]].(((.....[[[[((((((.....)))))).)))....]]]]...........(((..[[[[[(((.((((...)))).))).........((((((......))))))..)))..]]]]].((((.......))))........(((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).))))))..(((.(((.......)))))).....)))))))))..)))))...))))))))....((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.........))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))))))......((((((((....))).(((..[[[)))...]]]..)))))..(((((.....[[[[[.....)))))...]]]]].....(((.[[[[[)))...(((((.....)))))]]]]]......(((((((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....))))).(((.....(((....(((((((....))).))))...)))..[[[[[[)))(((..................)))((((((.......))))))...]]]]]].((((.[[[[))))..]]]](((((..[[[[)))))...]]]]...((((....)))).(((....(((((...........)))))....))).((((..((((...[[[[[)))).....]]]]]....(((((((((.......)))))..(((..(((((........(((((....)))))........)))))....)))))))))))))))))))... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((.........))))).(((.......))).........(((........))).....(((((((..(((.......))).....))))))).(((((((((((((((....(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..)))))).....(((((((((...(((....(((.((((((....(((((((.((((((((((.((....((((((....((((........(((((((((.......(((((((....))).))))(((...((((....).)))....)))..))))))))).))))))))))((((((((((.((((((((.........))))))))......(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).((..((((((((((((...(((((...(((((((((((((..((((......))))..)))).)))...))))))...((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).(((.....))).(((.........))).))))))))((((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((.((.....)).))))......(((((((((.(((...((.(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((((.((((..(((((((...(((((.............((.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).)))))))))))))))....)))))..))))...........)))..))))))))(((((((((....))))))))).......((((((((((((..((((........))))......))..))))))))))........))...)))))))))))).((...((((((.......))))))...)).........)))..)))))))).)))))((((.(((.((.((((.......)))).)))))(((........)))...)))).(((((........))))).((.((.((..((((...(((.....)))...)))).)).)).)).....(((((........)))))))))))))))))...(((((((((.((.....)))))))))))..)))..)))))))..))))))...........))))).(((((((........(((.........)))((((....))))..((.(((((.((..((.....))..)).))))))).((((.....))))......(((((((....))))))).))))))).(((......((((((......)))).......(((((((....((((....))))...)))).))).))......))))))).)))))))).)).......(((.(((((((...(((....)))...))..)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).)))))).((((....)).)).......((((((((((((((.((((((.......)))))))).(((..........))).((((((.....))))))((........)).((....((((((.(((((((((..((((...)))).............((((((......))))))..((((((.((((.(((((((..((...))..)))).)))...))))...(((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).)))))))...(((.....))))))))))))))))))))))))..)).)))).))))))))((.(((((((...........)))))))))...(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).))))(((((((.((........)))))))))((....))......)).))))))))))...)))))))..((((((...((.......))...))))))))))))...)))..)))..))))))))).(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....((.(((((..(((((((....(((((((....))).))))...)))..((((((.(((.........(((...(((((....)))))))).........))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))..)))).))))).)).(((....(((((...........)))))....)))..((((...)))).))))))))....)))))))....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))...)))))))))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((((((((.........(((((((((.............(((........)))....(((((((...(((.......)))......................(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))................((..........))...(((((((.........................................................((((((((....))))))))...........((((......)))).......................(((((((....))).))))......(((.......)))..................)))))))..(((..((((....((((((((.........)))))))).....))))ee..))).EE.))))))).........))))))).))........(((....((....))....))).....((.((((....)))).))................))))))))))).........((..cccccc...cccc...))(((((((...........((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).........(((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).........ff.......)))))FF....))))))))...........((((((.......((ddddd.........ddddd.))..(((aaaa(((((((....[[[[[.[[[[[[[[..[[[...)))))))...)))......DDDDD.(((((((DDDDD......(((((((............)))))))....(((..bbbb)))..........................................((.(((((((((((((.....(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))).))))))))))))))).......................................(((((((((....)))))))))............(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))).............))))))).......((((((.......))))))..............]]]..]]]]]]]].]]]]].................................................(((...(((((........))))).))).............................................((((((........)))))).......AAAA...(((((((((..........)))))))))..............((((......(((((((...((....))...)))))))....))))..........................................................((((.....))))................(((((((...................(((((...............)))))(((((....((((....))))...)))))............((((((......(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).......(((...((((((..((((..((...(((((..((....))...)))))...))..))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........)))...(((((........)))))..................))))))..{{{{{{.)))))))..................(((((((....)))))))....................................(((((.(((((((((((((((.((((((................................(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).))))))..(((((.........)))))}}}}}})))))))))..)))))...........((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......)))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).............(((((((((.........))))))))).....................................((((((((...((.......))...))))))))................<<<<<.....((((((((((((....)))))))).))))((((BBBB...)))).)))))))))))))>>>>>(((....(((((((....))).))))...)))..CCCC..CCCCCC....((((.............(((((.........)))......))...(((((....(((...(((((((((((....))))))..)))))...)))..)))))...(((....(((((...........)))))....)))..............))))...((((....))))........(((((.......))))).........(((........(((((....)))))........)))................)))))))))... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((.((((.(((((((.(((((.......))))).......(((........)))....((((....))))........((((((.((((...............((....)).(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..)))))).....(((((((((...(((....(((.(((((((...(((((((.((((((((((.((.....(((((....((((........(((((((((.......(((((((....)))).)))(((...((((....).)))....)))..))))))))).)))))))))(((((((((((.((((((((.........))))))))......(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).....((((((((((((....((.....(((((((((((((..((((......))))..)))).)))...))))))...((((((((....(((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))))))))).(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).(((.....))).................)))))))).(((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((.((.....)).))))......(((((((((.(((...((.(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...(((..((((..(((((((....(................((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))))))))))))))))))).......)...))))...........)))..)))).)))(((((((((....)))))))))........((((((((...(((......)))...(((.......))).)))))))).........))...)))))))))))).((...((((((.......))))))...)).........)))..)))))))).)))))((((.(((.((.((((.......)))).)))))(((........)))...)))).(((((........))))).((.((.((..((((...(((.....)))...)))).)).)).)).....(((((........)))))))))))))))))..((((((((((.((.....)))))))))))).)))..)))))))..)))))..............)....((..((........((...........))((((....)))).....(((((..(..(.......)..)..)))))...((((.....))))......(((((((....))))))).))..))..).........((((...............))))((((((....((((....))))...))))).).............)))).))))))))..........(.(((((((((...(((....)))...))..)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))(((((....)).)))......((((((((((((.((((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))((........)).......(((((.((((((((((..((((...)))).............((((((......))))))..((((((.((((.(((((((..((...))..)))).)))...))))...(((((((.((((((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))))).)))))))...(((.....))))))))))))))))))))))))..)).)))).))))))))((.(((((((...........))))))).))..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).)))))((((((.((........))))))))...............)).))))))))))...)))))))...(((((...((.......))...))))))))))))...)))..)))..))))))))).(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).....((.(((((..(((.(((....(((((((....))).))))...)))..((((((.(((...............(((((....)))))............))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))...))).))))).))..)))).))))))....)))))))..))))..))))..((((...)))).(((((.........))))).....((.(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).)).))....)))))))))... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....((((.((((.(((((((.(((((.......))))).......(((........))).(((((((....)))).)))....((((((.((((.....((((.....{{{))))}}}(((((((......))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).)))))((((((...............)))))).....((((((((((..(((....(((.(((((((...(((((((.((((((((((........((((......)))).......(((((((((.......(((((((....)))).)))(((..(((((....)).)).)..)))..)))))))))..........(((((((((((.((((((((.........))))))))......((((((....))))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((.......((((....)))).....((((((((((((...........(((((((((((((..(((((....)))))..)))).)))...))))))...((((((((...((((((((((((((..((((...............)))).............((((.....))))......))))))))))))))(((.......)))...(((((((((.((.((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((.((...))))))))))....))))))))))).((((...)))).................))))))))((((((..(((((((....(((.(((((................)))))....((((((((((((...(((((.((((((((..(((..((((...........))))......(((((((((.(((......(((((((............)))))))....(((......)))...(((..((((..(((((((...((((([[[..........((.(((((((((((((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))))))....)))))..))))...]]].....)))..)))).)))(((((((((....))))))))).......((((((((....(((......)))..................)))))))).............))))))))))))......(((((((....).))))))..............)))..)))))))).)))))((((((((.((.(((((....).)))).)))))(((........)))..))))).(((((........)))))...........((((...(((.....)))...))))..............(((((........)))))))))))))))))..((((((((((.((.....)))))))))))).)))..)))))))..))))))..(((((((..........<<<<)))))))..(((.........)))((((....)))).....................................((((.....))))......(((((((....)))))))..>>>>...(((.......((((...............))))((((((.((.((((....)))))).))))).)..........))))))).))))))))..........((.((((((.....(((....))).......)))))))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))(((((....)).)))......((((((((((((...(((((((....).))))))..((((.(.......)))))((((((.....)))))).................(.(((((.((((((((((..((((...))))(((....)))..((((((((....))))))).)((((((.((((.(((((((...........)))).)))...))))...(((((((.(((((((((((.(((.......))).)))).)......(((((((....)))))))....((((..(((((....))))).).))))))))).)))))))...(((.....)))))))))))))))))))))))))....)))).))))))))...(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((.........))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).)))))((((((.((........))))))))..................))))))))))...)))))))...(((((.....(((......)))))))))))))))...)))..)))).)))))))))((((((((((((....)))))))).))))(((((.....)))))........(((((..(((((((.((.(((((((....))).)))))).)))..((((((.(((...............(((((....)))))............))).)))))).(((((...))))).(((((((((((....))))))..)))))..)))).))))).....)))).))))))....)))))))..))))..))))..((((...)))).(((((.........)))))....(((((((((.......)))))..((((((((((........(((((....)))))........))))).))).))))))...)))))))))... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..((((((.((....((((((.((((((((..((((....)))).........((((.......(((((((((.........)))))))))..((....(((((..(((..........))).)))))((((((.((........))..))))))..))..))))........))))))..((((...((((((((....)))))))).....(((((((((((....((((........(((((((((.......(((((((....))).))))(((..(((((....)))..))..)))..))))))))).))))))))))..))))).....(((((((((..........((((((.....(((((......)))))..((((((.((((((((..(((((.........((((((((....(((..(((((....((.((((....)))).)).....(((((((((...((((.(((((((.....((((..(((((....)))))..))))..(((((...(((...((((((((...((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......((((((...(((((((((.((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).((((...))))......)))))).....))))))))..(((((..((.(((((.((((.(((....)))....)))).))))).)).(((.(((..(((((...(((((.((((((((..(((......(((((...((((..((.((((((((((.(((.((..(((.(((((((..(......)..)))))))....(((......))).)))..))))))))).........)))))).))..))))...((.((((((((..(((.(((......((((.(((((.......))))).)))).....((((.((....)).)))).))))))..))))))))))..........(((.((((..(((((..............(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).))))))))).....)))).)))))..))))....((((((.......))))))..)))..)))))..)))..)))))))).))))))))))..))).)))..)))))..)))....)))))......)))))))))))...((..(((((((..(((((.....((((((..(((...((....((((..(((...(((((..(((..((((((........))))))))).(((.(((..((((((((((.((.....))))))))))))...)))..))).((((((.(...(((((((.(.((....)).).))))))).).)))))).......((((........(..((((.....))))..)..(((......)))....)))).....)))))...)))(((((((....))))))).....(((((((......(((((....(....).....))))).((((....((((....)))).)))).)))).)))......)))).)).)))...)))))).....))))))))))))...(((....)))...)).))))))))).))))).)))))))))))..))))))).)))))).))))))))))))..(((((..((((......))))...((((((..((..((((..(((((((((((((((.....(((((((((((.....)))))).(((.(....))))......((((..(((((((((.....)))))..))))..........((((((......))))))..((((((((.(((.(((....(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.((((.(((.......))).))))........(((((((....)))))))....(((...(((((....)))))...))))))..).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..)))))....((((((((((.((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...........(((((((....))).)))).)))).)))))))..)))...)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((..((((((((((....))))))).)))..(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))..)))...)))))))))))..))))........))))))))).))))........)))))))..))))..)).))))))..)))))...))))))))).)).)).)).)))))).))))))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((..(.((((....)))))..)))))(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))....))))))))))))... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..(((((..((....((((((.((.(((((..((((....))))....................(((((((((.........)))))))))........(((((..(((..........))).))))).............................................)))))...((((...((((((((....)))))))).....(((((((((((....((((........(((((((((.......(((((((....)))).)))(((....................)))..))))))))).))))))))))..))))).....(((((((((..........((((((.....(((((......)))))..((((((.((((((.(..(((((.........((((((((....(((..(((((....((.((((....)))).)).....(((..((((...((((.(((((((.....((((..(((((....)))))..))))(.(((((.........((((((((...((((((((((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......((((((...((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)..)))))))).((((...))))......)))))).....)))))))).............................................................((((...(((((.((((((((..(((......(((((................(((((((((.(((......(((((((..(......)..)))))))....(((......)))..........................................((.((((((((..(((.((...((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))))))..)))))))))).......................................(((((((((....)))))))))...............................((.((....)).)).........................))))))))))))......((((((.......)))))).......)))))..)))..)))))))).)))))))))..........................)))))).....))))))))))).......(((((((..(((((.....(((((..................................(((..((((((........)))))))))..........((((((((((.(......).)))))))))).......................(((((((.(.((....)).).))))))).................................................(((......)))........................(((((((....)))))))...........................................(((((....((((....))))...)))))...........................))))).....))))))))))))...(((....)))......))))..))).))))).)))))))))))..)))))..))))))).))))))))))))..((((((.((((......))))...((((((..((..((((..(((((((...(((.((((.((((..((((((.....))))))..((.(....))).............(((((((((.....)))))..))))..........((((((......))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.((((.(((.......))).))))........(((((((....))))))).....((...(((((....)))))...)).)))..).))))))..(((((.(.....).)))))......)))))))))..)))))..............(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...................................................)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((.(((.(((((((....)))))))..))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))........)))))))))))....)))).)))).((((......))))..)))...)))))))..))))..)).)))))).))))))...))))))))).)).)).)).)))))).)).)))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((..(.((((....)))))..)))))(((((.......)))))..((.(((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))..))....))))))))))))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((......((((.((((.(((((((.(..((........((((((.....(((........))).....))))))...((..(((((.(((....((((((.(((((((...((((....))))((((((...(((((......(((((((((.........))))))))).(((((...(((....)))......(((....((((((((........((....))..((((.(((.(((((...................((((..((((((((....))))))))..........((((((((.(((....((((.............(((...((((((((..((((((..(((..(((((....)))..))..)))....((((..((((...(((((((((((((...((((((((.........))))))))...)).(((((......))))).))).........(((((((..(((((((((.(((....(((((((((((..((.....((.((((....)))).))....))..)))))...(((......(((((((((((((..(((((....)))))..)))).)))...))))))...((((((((...((((((..((((((..((((..((.......))..))))...((....))..((((.....))))......))))))..)))))).......((((((...((((((((..((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)..)))))))).((((...))))......)))))).....))))))))....(((..(((((....)))))...))).)))......)))))).)))....))))).)))))))))))(((.((((((((..(((......(((((...((((..(..((((((((((.(((.((..(((.(((((((..(......)..)))))))....(((......))).)))..))))))))).........))))))..)..))))...((.((((((((..(((.(((......((((.(((((.......))))).)))).....((((.((....)).)))).))))))..))))))))))..........(((.((((..(((((..............(((((((((....)))))))))((((.....((.(((((((.((.......((((.((....)).))))....)).))))))))).....)))).)))))..))))....((((((.......))))))..)))..)))))..)))..)))))))).)))..))))))))))))..))))))).)))...)).))))))...))).(((..(((...(((((........))))).)))..)))..))))....))))))))))).(((((........(((..((((((........))))))))).....(((..((((((((((.((.....))))))))))))...)))...))))).))))....(((((((...((....))...))))))).)))))))).))))..)))))))).....)))..)))))...........)))))..))))))...((((.....))))..(((.(((((((....)))))))..(((((...((......(((((.....(((....))))))))(((((....((((....))))...))))).)).(((....((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......))))))))..)))))).(((.((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))..))).))))....((((..(((((((...(((.((((.(((((.((((((.....)))))).(((.(((...((.((......)).))...(((((.....)))))))))))..........((((((......))))))..((((((((.(((.(((....(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((.(..(((.(((..................(((.......(((((((....)))))))....)))...(((((....)))))..))).)))..).))))))..(((((.........)))))......)))))))))..)))))....((((((((((.((((((...........))))))((((..(((((((((..(((((.((....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...........(((((((....))).)))).)))).)))))))..)))...)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).....((..((((((((((((.(((((((((((....))))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))..)))...)))))))))))...))))).)))).(((((....)))))..)))...)))))))..)))).)))...(((((....))))).)))))))).)))).))).)))))).))))))))..))..........))..)..)))))))..))))..)))).((((.......(((((....((((....))))...)))))(((((.......)))))..((((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).)))....))))))))))))... |