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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00503



RNA: CRW_00503
Rfam family: -

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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.((..((((..((((((((((((((........)))))........(((((((.((((((....((((.(((((((((((((....((((...((((((((((((((....((((....(((((((((....))))))))).((((((((.........)))))))).........(((((....(((......)))...)))))................((((.((((((.....((.....))....)))))).(((((((.((((((....))))))..))).(((.(((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..)))))))))))..))))))))...)))((...((((((((.......))))))))...))((((((......)))))).))))....(((((((((........(((((((((..(((..(((((...(((....((((((((....))))...........))))...))).(((((......(((((((..(((((....)))))..))))))).(((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..(((.....)))..)))))..((....))..(((((...)))))...)))))))))))))).(((((...)))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((((....)))).))))).)).)))))))))))(((......))).((((.......)))).))))))))...)))))))((((....)))).))))).(((((....(((((...(((((((((.(((((.(((((((...(((((((..((.((((((.(((......((((.((..((((((((...((((((((.((((.((.((((((((((((.((((.((((((...(((......)))....(((.((((..(((((((...((((.....(((.(((((.((.(((...((((.....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...(((((.((....)).))))).))).)).))))).))).....))))...))))...........)))..))))))).((((((((....))))))))((((.....((.((((((((((.......((((.((....)).))))....)))))))))))).....)))).((((.....)))).((((((.......))))))..(((...((((((....(((((((..((((...)))))))))))))))))))).((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).(((.((((...))))...))))))))).)))).))))...)))))))).)).)))))))))))).(((....))).(((((((.((.....))))))))).......))))))))....))))))......))).)).))))))..))))))).....))))))).))).))...((((.....)))).......((...(((.(((((((..(((......)))..)).((((.....))))..(((((.(((((...((((((((..................(((((...............)))))((((((......)))))).(((((.((((.((((.((((...((((.....)))).((.((((((((...(((....)))...))))).))).))....(((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))...)))))((((.......))))..(((.((..........))))).((((.....)))))))).)))).(((((...))))).)))).)))))...))))))))))))).)))...)).))))).)))..))...((((((......))))))((((.......))))..)))))))))...)))))....)))))......(((((.(((.....)))))).)).(((.((.((((((((((....))))))))....)).)).))).........))))))))..)))))))))))))))))).(((((..(((((((...((((..((((.....))))))))))))))))))))(((((((...........))))))))))).(((((((((..((((.((((....((.......))...)))).)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((...))))).(((.((((......)))).)))...))))..)))))....))..))))))).....))))....)))))))...(((((.(((((((.((..((.....)).))))))))).)))))......))))))))))...))))))((....)).(((((.....))))).......))))))).....(((.((((.(((((....))).)))))).))).)))))))))))))...((((((((((...(((((((((((......)))))..))))))..((((((.(.((((..((((((((((((....))))))..))))))..))))))))))).((((((....(((...))))))))).((.((.....)).))....))))))))))..(((((.....))))).((((......))))(.(((.((((........))))..))).).((((((....)))))).....(((((((....))))))).)))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((...(((((((.(((((........)))))...............(((((((....((((.((((((((((.......((((...(((((((..(((((............(((((((((....)))))))))(((((((((.........)))))))))........(((((...................))))).......................................((....)).......((....((((((....))))))......(((.(((((.....((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..))))))))))).))..)))))...))).....((((((((.......))))))))......((((..((((((........((((((((........(((((..............((....))...............(((aa....)))........................(((((((.....((((..(((((....)))))..))))................((((((((ee..(((((((((((((...(((...(((.....))).<<)))...((....))....>>.............)))))))))))))(((((...bb)))))...(((((((((((..(((....((((((......)))))).....)))...(((.((.((((....)))).)))))....))))))))))).......................BB....))))))))EE........(((((.................(((......))).............((((.(((((((...(((((((..((.((((((..((......((((....(((((((...((((((((((..(((....((((((((((((.((((.((((((.................................................................................(((((.(((((.......))))).)))))..............................((...(((..........................................((((((((....))))))))((((.....((.((((((((((......(((((.((....)).)))))...)))))))))))).....)))).[[)))....))]](((((((.......)))))))..................((((((...(((....)))))))))................(((...(((....)))...)))........(((((........)))))......................)))))).)))).)))))...)))))))....))).))))))))))..........(((((((..........))))))).........))))))).....))))......))..)).))))))..))))))).....))))))).)))).............)))))......((((....(((.((((.((((((....((((((((((((......((((..(((((............))))).)))).............(((((...............))))).............(((((.(((((((((.....(((.(((...((..............((((((((...(((....)))...)))))..)))......(((((...((((((..((((..((...(((((..((((....))))...)))))...))..))))))))))...)))))ddd.......))DDD)))...((..........))............((((((((((......(((.....)))...........((.........)).................(((((((....))))))).........))))))))))....)))......))))))))).)))))................................................((((((((....)))))))).......................)))))))))))).))))))....))))..))).....))))................)))))))......AA........(((((((...........)))))))...................))))).......)))))))).....))))))....))))......((((..((((....))))..))))..((....))...............cccc...............))CCCC......)))))........))))))).....))))(((((((((((....{{......{{{..))))))))).)))))).}}}((....}})).....))))))))))...)))))))........(((((.....)))))...................(((.((.(((((((....))).)))))).)))..))))))).))))...((((((((((...((((((((((........))))..))))))..((((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))).........(((((...........)))))................))))))))))..((((........)))).......................................((...((((((....))))))..)).(((((((....)))))))...)))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((....(((((.....(((((.(((((........)))))........(((((((.((((((....((((.((((((...(........).....((..(((..(.(......).......(((((((((....))))))))).((((((((.........)))))))).........(((((....(((......)))...))))).....................((((((.....((.....))....))))))....(....((((((....))))))..........(((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..)))))))))))..))))))))...(((((((((((.......((........(((.((.((((((...((....))....(((....(((....((..(((((((((((((((..(((..(((((...(((........((((....))))...................((((((....((..(..((((..(((((....)))))..))))....).(((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..(((.....)))..)))))..((....))..((((.....))))...)))))))))))))).(((((...)))))....(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((((....)))).))))).)).)))))))))))(((......))).((((.......)))).))))))))...))))).(((((....)))))......(((((....(((((...(((((((((..((((.(((((((...(((((((..((.((((((.(((......((((.((..((((((((...((((((((.((((..(.((((((((((((.((((.((((((...(((......))).................((....((((((((...(.................((((.....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...(((((.((....)).))))).(((.((((....)))))))............)...)))))))).((........)).(((((((....))))))).((((.....((.((((((((((.......((((.((....)).))))....)))))))))))).....)))).((((.....)))).((((((.......))))))........((((((....(((((((..((((...))))))))))))))))).)).((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).....((((...))))......)))))).)))).)))))...))))))).)..)))))))))))).(((....))).(((((((.((.....))))))))).......))))))))....))))))......))).)).))))))..))))))).....))))))).)))).....((((.....))))......((((....))))...((..(((......)))..)).((((.....))))..(((((.(((((...((((((((..................(((((...............)))))((((((......)))))).(((((.((((.((((.(((...(((((.....)))))...((((((((...(((....)))...)))))..))).......((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....)))).)).)))))..))..))))))))))...))))(((((.......))))).((.(((..........))))).((((.....)))).))).)))).(((((...))))).)))).)))))...))))))))))))).)))...))....(((((((....)))))))........(((((..........)))))..)))))))))...)))))....)))))......(((((.(((.....)))))).))..........((((((((....))))))))....))...))))))...))).))))))))..)))))))))...))))))..))(................))))...))).)))))).)).))).((((.(((((((((...........))))))).))..(((((((((..((((.((((....((.......))...)))).)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((...))))).(((.((((......)))).)))...))))..))......)))))))).)))........)...((((((((...((.......))...))))))))....)..)))))...............))))))))))...)))))).........(((((.....))))).......))))))).....(((..(.(((((((....))).)))))..)))..)))))...))))...((((((((((...(((((((((((......)))))..))))))..((((((.(.((((((.(((((((((((....))))))..)))))))).)))))))))).((((((....(((...)))))))))....................))))))))))...((((......))))...........)...(.(((.((((........))))..))).).((((((....)))))).....(((((((....)))))))...)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((..((((..((((((((((((((........)))))).......(((((((.((((((....((((.((((((...........((((............(((......((((....(((((((((....)))))))))(((((((((.........)))))))))........(((((....(((......)))...)))))...................(.((((((..................)))))))........((((((....))))))..........(((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..)))))))))))..))))))))...ccc.ccccccc(((((..<<<..)))))(((....((((((...............((((.((......(((..dddddd(((((((((.((((..(((((...((((...((((((((....))))...........))))....((((((...((((...(((((..(((((....)))))..)))))....((((((.....((((((((....((((((((((((((.(((((..(((.....)))..)))))............(((((...)))))...))))))))))))))((((((...))))))...(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.((.((((....)))).))))).)).)))))))))))(((......))).((((.......)))).))))))))...))))))(((((....)))))......(((((....(((((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((((((..((.((((((.(((......((((.((((((((((((..(((((((((.((((....((((((((((((.((((.((((((...(((......))).......(((((...........((((((((......((((...........((((.....)))).(((((.(((((.......))))).)))))...(((((..........))))).bbb.bbbb))))BBBBBBB................)))))))).{{{.)))))}}}((((((((....))))))))((((.....((.((((((((((.((...(((((..........))))).)))))))))))))).....)))).((((.....))))((((((((....).)))))))(((....eeeeee))).(((((((..((((...)))))))))))EEEEEE....((.(.(((...(((....)))...)))..)))...(((((........))))).((((((((...)))).).))))))))).)))).)))))...)))))))....)))))))))))))(((....))).(((((((.((.....))))))))).......))))))))).).))))))......))).)).))))))..)))))))..)).))))))).)))).)...((((.....))))......((((....)))).......(((......))).....((((.....))))....(((.(((((...((((((((.(((...)))........(((((...............)))))((((((.(...))))))).(((((.((((.((((.((((..(((((.....)))))(.(((((((((.(.(((....)))..))))))..))))).....((((...((((((..((((......(((((((.((((....)))).).))))))......))))))))))...))))((((((....).))))).((.(((.(.......)))))).((((.....)))))))).)))).(((((...))))).)))).)))))...))))))))))))).))).........(((((((....)))))))......(.(((((..........)))))).)))))))))...)))))....)))))......(((((.(((.....)))))).))..........((((((((....))))))))...))))..))))))..)))).)))))))).)))))))))))))DDDDDD...(((..............)))..)))))).))))))....)))......(((((((((...........))))))).))..(((((((((..((((.((((..................)))).)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((...))))).(((.((((......)))).)))...)))).>>>)))...CCCCCCC..CCC.....))))..(((((((((.....aaa.aaa.....)))))))))...........AAA.AAA........))))))))))...)))))).........(((((.....))))).......))))))).....(((.((.(((((((....))).)))))).)))..))))))))))))...((((((((((...(((((((((((......)))))..))))))..((((((.(.((((((.(((((((((((....))))))..)))))))).)))))))))).((((((....(((...)))))))))...........(((...)))))))))))))..(((((......)))))................(((.((((.....[[[))))..)))...((((((....))))))....((((((((.]]]))))))))))))))))))).)
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((..(..(((((((((((........)))))........((((((((((((((....((((.((((((((..(((..(.((((...(((((((.((((((.((((((((.((.((((((((....)))))))).(((((((((.........)))))))))........(((((..(.(((......))).).))))).............)).)))...))))).......(((((((....))......(((((..((...((((......((((..((((.(((((....(((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..)))))))))))..))))))))...))))....((((((((.......))))))))......))))..((((((((((..((((...((((.(((.((((.(....((.........((....))....(((....((((((((....))))...........))))...)))....((((.......((((..(((((....)))))..))))..(((((((((.....((((((((...((((((((((((((..(((((..(((.....)))..)))))..((....))..((((.....))))....)))))))))))))).......(((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((((....)))).)))))..).))..)))))))(((......)))......)))))))....))))))))...))))))).))....))))..))....).)))).))).)))).))))...((((((((.(((((....(((((.....))))).....))))).....(((((..(((((((((((((((............((((((((((......))))))))))..(((((....(((((.(((((((.......(((((((((.........(((((...(((.((....(..((..........(((((.(((((.......))))).)))))....))..)...))..(((((((.(((((((((((..((((..........(((..............))).........((((((((....))))))))((((..(..((.((((((((((......(((((.((....)).)))))...))))))))))))..)..))))))))..)).))))))))))))))))....)))..((((....((((..((((.....))))..))))(((.(((((...(((((((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))........)))))))))))))).)))......)))).)))))..(((....))).)))))))))..(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))...............))))))).((((((...((.((((........)))).)).......)))))).)))))......(((((..(((((.....(((((..((((((..(((...(((((((((....(((((.(((..(((((((((((((((..(((((((.........(((......)))....((((((.(((((......(((((..((((((((.(((.(((.((((((((.........(((..((((((((...(((....)))...))))).))))))....(((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))...)))))..........))))))))...(((.(((..((((..((.((((..........)))))).))))..))).)))...((((..(((((((((((....((..((......))..))(((((((....)))))))..)))....)))))))).))))))))))....))))))))..))))).....)))..)).)))).)).)))))))....((((...(((.((.((((((((((....))))))))....)).)).)))....))))..)))))))))))....))))...))).)))))..)))))..))))..)))..)))...)))..).)))).))))).)))))(((((((...........)))))))..........))))).(((((((.....))))))).))))))).)))))))).))))).(((..((((..((((....))))..))))..)))...))))....)))).))))))))))))))...))..))))).)))))...)))))).......))))))).....)))).)..)))..))...(((((.(((((((.(((........)).).))))))).)))))......))))))))))...)))))))........(((((.....))))).......))))))).....(((..(((.(((((....))).)))))..))).))))))..)))))...((((((((((...(((((((((((......)))))..))))))..((((((......(((.(((((((((((....))))))..)))))))).....))))))...(((((.(((((...........))))).....)))))......))))))))))..(((((......)))))....((((((((((.....))))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))...)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((..(..(((((((((((........)))))........(((((((.((((((....((((.((((((((..(((..(.((((...(((((((...(((.......((.....((((((((....))))))))..(((((((...........)))))))..)).....(((((..(.(((......))).).))))).)))..................(((((............((....)).............((((((....))))))..........(((((.........(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..))))))))))).....)))))...........((((((((.......)))))))).............(((((((((...................(((((..............(((..........(((((......(((((....((....................))...(((((((.....((((..(((((....)))))..))))....((((((((....((((((((...(((((((((((((((.(((((..(((.....)))..)))))..((....))..((((.....))))...))))))))))))))).......(((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((((....)))).))))).)).))..)))))))(((......)))......)))))))....))))))))......((.((((((((.(((((((......((((......)))).......)))..((((.(((((((...(((((((..((.(((.((.(((......((((.((..((((((((..(((((((.(.((((..(.(((((((.((((.((((.((((((.........................................................................................................................................((((((((..((((........................................(((((((....))))))).((((..(..((.((((((((((.......((((.((....)).))))....))))))))))))..)..))))))))..)).)))))).(((((.......)))))....................((((((.............))))))................((....((......))....))........(((((........)))))......................)))))).)))).))))....))))))).)..))))).)))))))...........(((((((.(.......)))))))).......))))))))....))))))......))).))..)))))..))))))).....))))))).)))).....))))..)))))))).))...(((...((((.(((((((((((.(((.((((..(.((((.....))))..)..).))).)))...(((((((((((..(((((((.........(((......)))....((((((...(((......(((((..((((((((.....((((((((((((.........(((.....(((((...(((....)))...)))))....)))....(((((...((((((..((((..((...((((...((((....))))....))))...))..))))))))))...)))))..........))))))))...(((..((..((((..((...................)).))))..))..)))....(((..((((((((.......((..((......))..))(((((((....))))))).........)))))))).))).))))......))))))))..))))).....))).....)))).)).)))))))....((((...(((.((.((((((((((....))))))))....)).)).)))....))))..)))))))))))..)))))))...))))..))).)...))).))))))))........)))))))......)))))....)))))........)))................(((((((.........................................)))))))...((((..((((....))))..))))...........))))).....))))))))).........................))))).........))))))).....)))).)..)))..))...(((((.(((((((..((........))...))))))).)))))......))))))))))...)))))).........(((((.....))))).......))))))).....(((..((.((((((....))).)))))..))).))))))..)))))...((((((((((....(((((((....((.(....).))...))))))).....((((.(((((((((((((((....))))))..)))))..(((....((((.....))))...)))...))))...))))..................))))))))))...((((.....))))......((((((((((.....))))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))...)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((((..(..(((((((((((........)))))........((((((((((((((....(((.(((((((((..(((....((((...(((((((...(((.......((.....((((((((....)))))))).(((((((((.........))))))))).)).....(((((....(((......)))...))))).))).............((...(((((..(..(((((..((....)).((((..(((...((((((....))))))(((..(.((((((((...((((..(((((((((((.......((((((....))))))..((((..((((....))))....))))..)))))))))))..............(((.(((((((((((.......))))))).....)))).))).))))...))))))))............((((((...((((.....(((((((......((((((.......(((.((((..((((((........((((...((((.(((((((..(..((((..(((((....)))))..))))..).(((((((.....((((((((...((((((((((((((..(((((..(((.....)))..)))))..((....))..((((.....))))....)))))))))))))).......(((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((((....)))).)))))..).))..)))))))(((......)))......)))))))....))))))))...))))))).(((((..(((((((((((((....((((((((((......((....(((.(((((....(((((.....))))).....))))).)))....)).....))))))))))...)))))).(((.(((((((..(......)..)))))))....(((......))).))).........((((((....((((((((.......................((((..(((((....)))))..))))....((((.(((((....(((((.((....)).))))).(((.((((....)))))))......))))))))).))))))))..((.(((((((.((((((((....))))))))((((.....((.((((((((((.......((((.((....)).))))....)))))))))))).....))))..))))))).....(((((((.......)))))))..))...((((((....(((((((..((((...))))))))))))))))).))))))..)))..))))..))))))))))))))))....))))....))))))..).))).(((((((((((..(((.((((.......))))))).(((((....((((..((((.((((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))).((((((..(((..((.((((((...(..((((........))))..).......)))))).)))))..))).)))....))))..)))).....(((((.....(((...(((((((((....(((((.(((..(((((((((((((((..(((((((.........(((......)))....((((((.(((((......(((((..((((((((.....((((((((((((.........(((..((((((((...(((....)))...))))).))))))....(((((....(((((..((((..((.(..((.((.((((....)))).)).))..)..))..)))))))))....)))))..........))))))))...(((..((..((((..((.((((..........)))))).))))..))..)))...((((..(((((((((((....((..((......))..))(((((((....)))))))..)))....)))))))).))))))))......))))))))..))))).....)))..)).)))).)).)))))))....((((...(((.((.((((((((((....))))))))....)).)).)))....))))..)))))))))))....))))...))).)))))..)))))..))))..))).))))).)).)))))))))))))))))..(((((((((...........))))))).)).....)))))).(((((((((...))))))))).........))))))).....))))...((((..((((....))))..))))..((....)).)))))).)..))).))).))))...........)))))..)...))))).....))..))))))).....))))....)))..))...((((..(((((((..((........))...)))))))..))))......))))))))))...)))))))........(((((.....))))).......))))))).....(((..(((.(((((....))).)))))..))).))))))..)))))...((((((((((...(((..((((((......)))))..)..)))..((((((......(((.(((((((((((....))))))..)))))))).....))))))..(((....(((((...........)))))....))).........))))))))))..(((((......)))))....((((((((((.....))))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))...)))))))))..