CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00505



RNA: CRW_00505
Rfam family: -

GUGAAAGUUUCCAAGGGCGCAUGGUGGAUGCCUUGGCAACAGGAGCCGAAGAAGGACGUGGGAAUCUGCGAUAAGCCUGGUGGAGUCGAUAACCGGACGUUGAGACCAGGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCCGCACGACGUGUCGUGUGACCCCCGGUUGAACACAUAGGCCGGGUGGAGGGAACGUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCACAGGAAGAGAAAACAAAAGUGAUUCCGUUAGUAGUGGCGAGCGAACGCGGAUGGGGCUAAACCGUAUGUGUGUGAUACCCGGCAGGGGUUGCAUGUGCGGUGUUGUGGGCCCCUCCUUGUCAUGUCUGCCGGCAUGGCGCAGUGAGGUGCGGGCAUAUAGACGAACCAGUGUGGAUGCUGGACCGUAGAGGGUGAGAGUCCCGUAGUCGAAAUGUGUUCCGCCGCUGUUGGAGGGUUGCCCGAGUAGCACGGGGCCCGAGGAAUCCCGUGUGAAUCUGCCAGGACCACCUGGUAAGCCUGAAUACUACCUGUUGACCGAUAGCGGAUCAGUACCGUGAGGGAAUGGUGAAAAGUACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGUACCUGAAACCAUGUGCCUACAAACCGUUGGAGCCUCCUUGUGGGGUGACAGCGUGCCUUUUGAAGAAUGAGCCUGCGAGUUAGUGAUACGUGGCGAGGUUAACCCGUGUGGGGAAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGAUUGAGUCGCGUGUCCUAGACCCGAAGCGGAGUGAUCUACCCAUGGCCAGGUUGAAGCGCGUGUAAGAACGCGUGGAGGACCGAACCCACUUCAGUUGAAAAUGGAGGGGAUGAGUUGUGGGUAGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACUCCGUGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGCAUUUAGGUGCAGCGUCACGUGUUUCUUCCCGGAGGUAGAGCUACUGGAUGGACGAUGGGCCCUACAAGGGCUACUGACUUCAGCCAAACUCCGAAUGCCGGGAAGUGAGAGCGUGGCAGUGAGACUGUGGGGGAUAAGCUUCAUAGUCGAGAGGGAAACAGCCCAGACCACCGGUUAAGGCCCCUAAGCGUGUGCUAAGUGGGAAAGGAUGUGGAGUUGCUGAGACAACCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUGAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCAAGUGAUUCCGCGCCGACAAUGUAGCGGGGCUCAAGUACACCGCCGAAACCGUGGCAUUCAGUUUUGCUGGAUGGGUAGGGGAGCGUCGUUCACGAGGUGAAGCCAGCGGGUAACUUCUGGUGGAUUGUGGACGAGUGAGAAUGCAGGCAUGAGUAGCGAAAGACGGGUGAGAAACCCGUCCGCCGGAUGACUAAGGGUUCCAGGGUCAAGCUAAUCUGCCCUGGGUAAGUCGGGACCUAAGGCGAGGCCGACAGGCGUAGUCGAUGGACAACGGGUUGAUAUUCCCGUACCAGUGAAGAACCGCCCAUGCUGAGCCGGUGAUACUAACCGCCCGAACCAUCCCGAACCUCGUCUUUGACGGGGUCGGUGAUGGGGAGCGCGGGACCUGAACCGGGGAGGCAAGCGCAUUAACAGGUGUGACGCAGGAAGGUAGCCGGGCCGGGCAAUGGAAAUGACCUGGUCUAAGGGUGUAGGGCUGCCGGUAGGUAAAUCCGCCGGCUGUAUGCCUGAGACCUGAUGGGCGCCCACAUGGUGGGUGAUCCGGUGAUCCUAUGCUGCCUAGAAAAGCAUCGGCGCGAGGUUCAAACUGCCCGUACCCUAAACCGACACAGGUGGUCAGGUCAGAGAAUACUAAGGCGAUCGAGAGAAUCAUGGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGCCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGGGCCCCAACCUUGAGCACCACGUGCUGGUGUGAGGGGAUCGGGGCCGCAGAGACCAGGGGGAAGCGACUGUUUAUCAAAAACACAGGUCCAUGCGAAGUCGUAAGACGAUGUAUAUGGACUGACUCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGGGGACCCGUUAGCUUCGGCGAAGCGGAGAACUUAAGCCCCAGUAAACGGCGGUGGUAACUAUAACCAUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGAGUAACGACUUCCCCGCUGUCUCAACCAUGAACUCGGCGAAAUUGCAUUACGAGUAAAGAUGCUCGUUACGCGCAGAAGGACGGAAAGACCCCGUGACCUUUACUAUAGUUUGGUAUUGGUGUUCGGUGUGGCUUGUGUAGGAUAGGUGGGAGACUGUGAAGCGGGCACGCCAGUGUUCGUGGAGUCGUCGUUGAAAUACCACUCUGGUCACUCUGGAUAUCUAACUUCGGCCCGUGAUCCGGGUCAGGGACAGUGCCUGAUGGGUAGUUUAACUGGGGCGGUUGCCUCCUAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGCCUGGUUGGUAAUCAGGUGUCGAGUGCAAGUGCACAAGGGAGCUUGACUGUGAGAGUGGCAGCUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGACUAGUGAUCCGGCGGCUCGUUGUGGAACGGCCGUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACCUCGGGGAUAACAGGCUGAUCUUGCCCAAGAGUCCAUAUCGACGGCAUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGGAGUAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCUCUGCGCGCGUUGGAAAUUUGAGAAGGUCUGUCCCUAGUACGAGAGGACCGGGACGGACGAACCUCUGGUAUGUCAGUUGUACCGCCAGGUGCAUGGCUGAUUAGCUACGUUCGGGAUGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCGGCUUCGAGAUGAGAUUUCCUUGCCCCUUUGAGGGUGUGAGGCCCCCAGCUAGAACACUGGGUUGAUAGGCUGGAUGUGGAAGCGAGGACUGAAGACUCGUGAAGCUGACCAGUACUAAUAGGCCGAUGACUUACACACA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((.................................................................................................................(..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((..((((((((((((.....))))))))))))...)))))(...).......(((((((((..(([....(....]))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((....))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..<<<<<<<<.<<<.<<......<<<<<<<<<<<.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..bbbbb..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).BBBBB))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))<(dd....dddddd((.((((((.......))))))...))dd)(.(((DD....DDDDDD....((((((((c...(..C)))))))).(((....))).DD))).).....<<<<<<<.<<..))))..>>>>>>>>>.....>).....>>>>>..>>>>>>........(((.((..((((...((.......))...)))).)..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....>>..>>>>>>>>>>>(...eeeeeeee..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...EEEEEEEE....((((...))))..(..(((((((((........)))))....(((((((((((..(..(((((((.....))))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((......((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((((....))))).....(((((....(.((.........)).)....)))))...)))....(((....)))(((((((....)))))))...(((((((.........))))))).........((((((.....((....))......))))).)....................(((((.....((.....))....)))))..((((...((((((((((((.....(((....)))..)))))))))))).....(((.((((((..((((((((....))))))))(((((..((((.((((((((.(((...(((((......)))))........(((.......)))...)))...))))))))))))))))).))))))...))).....((((((((.........)))))))).....((((((......)))))).)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....))))))))))......(((((..(((((.....)))))..))))).(((((...........((((((........((((((((((..(((...(((....)))...)))...((....))..((((.....))))......))))))))))...((((.(...((((((..((((((((((((..((((....(((((......))))).....))))....((.(((((........))))).))....))))))))))))((.......))......))))))......).))))((((((....(((((....)))))..(((((((....((((((((.....((....(((((.(.......(((((.....))))).....))))))......))......)))))))).....))))))).(((.((((((((((......))))))))))....(((......)))....)))(((((..(((......(.(((((((..............(((((((((((.......((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))...))))))))))).(((.........)))......)))))))))))..)))))(..(((((((.....))))))).)..))))))..((((((((((......(((((.((....)).)))))...))))))))))........)))))).............(((((((.....)))))))((((((....(...((((.(((((((...........)))))))...........((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..............))))..).....))))))......((((((...............(((((.....)))))(((((....(((.....((((.(((.....))).......((((.......(((((...((((.((((..(((((((((((...((....)).))))).....((((.(.((((.((((((.((.....)))))))).....)))))..))))......(((((((...))))))).))))))...))).).))))........))))).)))).............))))..)))....)))))...))))))................)))))......(((..((((((((..................(((((....(....).....)))))(((((...(((..((((((.....))))))..)))....)))))....(((((...(((((((...((((...........))))((((((((...(((....)))...))..))))))..(((((.(((...((((((.....((((.....(((((.((....))..)))))....))))....))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))(((((.......)))))..........))))).....)))))))...))))))))))))).)))..............(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.((((((.(((((.(((.((((..(((((((((.((((((.(.........(((((..(((.((...((((((((....))))))))...)).))).........)))))).)))))).)))))))))...(((.((((((.....)))))).)))....)))).)))..))))).......((((....((((((...........))))))))))....((((((((.((((((.......))))))...))((((....))))..))))))....((((..((((....))))..))))........((((((.(....).))))))...((((((....((....))....))))))....)))))..).))))).......(((((.(.((((...((.......))...)))).).)))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..(((((((((((((...............)))))))))((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))).....((....(((((...........)))))....))..))))......))))))))...(((......))).....(((((((((........)))))....((((((((..(.....(((((.........)))))....)...))))).)))...))))....)))).)))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((...[[[.......)))...((((....)))).]]]......((((((((.......((((...[[[[[[...))))................]]]]]].(((((....(((....)))(((((((....)))))))...(((((((.........)))))))....))))).(((((..(((((......))))).))))).((((................)))).......(((((((((......(((.((((((..((((((((((((.....(((....)))..))))))))))))......)))))))))..((((((((....))))))))(((((..((((.((((((((.(((...(((((......)))))........(((.......)))...)))...)))))))))))))))))....(((...........[[[[[[[[)))......]]]]]]]].....(((((((....)))))))..............(((((..(((....))).[[[[((((((......)))))).......((((....)))).....)))))...]]]].....((((((((.....(((((..(((((.....)))))..)))))(((.(((((.(((((.(((.......((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((((((((((((......((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))........))))))).(((.....))).)))..)))))))....))).)))))...))))).)))..))))))))..(((((((.(((((((((((.((((....))))((((((......((((((...)))))).(((....))))))...))).....)))))))..))))))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((....)))[[[.(((....)))..))))...]]].((((((((((((......(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))..))))))))))))(((.........)))(((.......[[[.)))......]]]((((((.(((((.(((......))).))))).((((((((((......(((((.(((...))))))))...))))))))))....)))))).(((.....[[[[....(((((((.....))))))).)))...(((((...........))))).]]]]....(((.(((((..[[[[[.))))).)))....]]]]].((((..(((....))).(((((........)))))..[[[[.......))))...]]]]..(((((........((((.....(((((((((.(((((((...))))))))))).))))).....))))..[[[..)))))..]]]....((((((....))))))((((.....[[[[[[[((((((((............))))))))....))))..]]]]]]]..(((((.....[[[[(((.....)))....)))))..((((((((((...))))))).)))]]]]..((((((((.........))))).[[[[..))).......]]]].....(((..[[[[[[..)))..]]].]]].....((((((((((((((((.(((..((((((((................(((((((.....(((....)))))))((((((..((((..((((((.....))))))..))))...)))))))))(((((...(((((((....(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((.(((...((((((..((((.(((....(((((...........)))))....))).))))))))))...)))((((((.......)))))).....((((...........((((((.....))))))))))......))))).....)))))))...))))))))))))).)))..)))..))))...(((((((....)))))))........(((((((((.......))))..))))).......)))))))))(((((((((.((((((......(((..((((...(((..(((.((((((((....))))))))....)))..)))....))))..))))))))).))))))))).......((((((.....)))))).(((.[[[[.))).............]]]]((((....((((((...........))))))))))..(((((((((..((((((((...))))))))[[[..((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..]]].....((((((((((.((((....)))))))))).[[[...))))............]]](((....[[[..)))..]]].....(((.[[[[[[[.)))............]]]]]]]..)))))))))(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))....(((...[[[[[.)))(((....(((((((....))).))))...)))...........]]]]]...............(((((((((.......[[[[[...)))))))))...]]]]].....((((((((((((....))))))..))))))...))))))))((((.......(((((.....[[[[[.)))))((((....)))).]]]]].....)))).((((......))))....(((((((((........)))))....((((((((...(((..(((((.........)))))....))).))))).)))...))))...............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.(((((.(((.((.....((((((....)))).))(((((..((((((((.((((.((.((..(((((((((((..(((((((((.(((((((....(((((.(((...(((....)))(((((((....)))))))..((((((((((((......(((((((.........(((((..(((((......))))).))))).............((..(((((((...((..(((((((...(((((((((.((((((..(((((((..(((..((.(((....)))))..))))))))))......)))))))))..((((((((....)))))))).......(((((((((((....(((..(((((......)))))..))).....))).....)))))).)).....)))))))))))))..))...(((((((..((((((((((((.........))))))))...((((((..(((((((((((...((((..(((.(((((((((((..((((..((((...((....))...))))......((((((((((((..(((((....(((((((((.................(((((..(((.((....)))))..))))).((.(((((..((..(((((.((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))))....)).)))))))..))))).)).)))))))))....))))...)..)))))))).))))..))))..)).....((....(((......(((((.....((((.((((...((((.....))))..((....)).)))).....(((((((..(......)..)))))))..)))).....)))))...((.((((((.(((.(((...((((..((((..((.....((.((((((((..((..(((...((((.(((.((((.......)))))))))))....((((.((....)).)))).))).))..))))))))))..))...)))).((((...((((((((.((((.(((...((((((.((((..(((......)))..)))).((((((((((......(((((..(....)..)))))...))))))))))....)))))).((((.((.((((....(((((((.....))))))).......(((((..((...))..))))).)))).))))))...)))...)))).......(((..(((.....((((...((..(((...(((((........))))).))).....))..))))...)))..))))))).))))....))))...(((((((((.(((((((...))))))))))).)))))...))))))).))).)))))))).)))...))..))))))))))))...))))..(((....((((((((..((....))..)))))))).(((((...((((.((((((.((.....))))))))........((((.(((...((((((((((...))))))).))).(((..((.(((((.........))))).))))).)))))))....))))..)))))..))).)).))))))))).)).))))...))))..)))))))....)))))))..)).....))))))).....((((((....((((....))))))))))(((..((((..((((((.....))))))))))((((((((((((.((.((((((((((.((((((..(((........((((((((((((((..(((....)))..)))..))))))..((..(((((...((((((..((((.(((....(((((.((....))..)))))....))).))))))))))...)))))..))..((...(((((((((....(((....((((..((((((.....))))))((((.((...(((((....)))))..(((((..(((....)))...)))))..........(((((((....)))))))..)).))))......))))..((.(((..(((..(((((.....)))))..)))...))).)).)))....)))))).)))...)).)))))..(((..(((....)))..))).)))..))))))......)).))))))))....(((....))).)).)))))).))))))..((((((.......)))))))))..)))))))))))))))..((((((...........)))))).(((..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))))))......)))))((((((.((((....)))))))))).)))))))........(((((...(((..(((((.(..(((((((....(((((.(((((((.((..((.....))))))))))).)))))...)))...(((((((......))))))).))))..).)))))..)))........))))).......((((((.(((((((....))).)))).(((((..((((((.((..(...(((.....((.....))..)))...)..))))))))..)))))....))))))))))).))))..))...)))))))))..)).)).))))..)))))))).....((....(((((...........)))))....))..)))))...........)).)))))))).))........(((((((((........)))))....((((((((..((....(((((.........)))))...))...))))).)))...))))...))))).)))...