RNA Secondary Structure Atlas
- RNASTRAND
- CRW_00505
RNA: CRW_00505
Rfam family:
-
|
|
|
GUGAAAGUUUCCAAGGGCGCAUGGUGGAUGCCUUGGCAACAGGAGCCGAAGAAGGACGUGGGAAUCUGCGAUAAGCCUGGUGGAGUCGAUAACCGGACGUUGAGACCAGGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCCGCACGACGUGUCGUGUGACCCCCGGUUGAACACAUAGGCCGGGUGGAGGGAACGUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCACAGGAAGAGAAAACAAAAGUGAUUCCGUUAGUAGUGGCGAGCGAACGCGGAUGGGGCUAAACCGUAUGUGUGUGAUACCCGGCAGGGGUUGCAUGUGCGGUGUUGUGGGCCCCUCCUUGUCAUGUCUGCCGGCAUGGCGCAGUGAGGUGCGGGCAUAUAGACGAACCAGUGUGGAUGCUGGACCGUAGAGGGUGAGAGUCCCGUAGUCGAAAUGUGUUCCGCCGCUGUUGGAGGGUUGCCCGAGUAGCACGGGGCCCGAGGAAUCCCGUGUGAAUCUGCCAGGACCACCUGGUAAGCCUGAAUACUACCUGUUGACCGAUAGCGGAUCAGUACCGUGAGGGAAUGGUGAAAAGUACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGUACCUGAAACCAUGUGCCUACAAACCGUUGGAGCCUCCUUGUGGGGUGACAGCGUGCCUUUUGAAGAAUGAGCCUGCGAGUUAGUGAUACGUGGCGAGGUUAACCCGUGUGGGGAAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGAUUGAGUCGCGUGUCCUAGACCCGAAGCGGAGUGAUCUACCCAUGGCCAGGUUGAAGCGCGUGUAAGAACGCGUGGAGGACCGAACCCACUUCAGUUGAAAAUGGAGGGGAUGAGUUGUGGGUAGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACUCCGUGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGCAUUUAGGUGCAGCGUCACGUGUUUCUUCCCGGAGGUAGAGCUACUGGAUGGACGAUGGGCCCUACAAGGGCUACUGACUUCAGCCAAACUCCGAAUGCCGGGAAGUGAGAGCGUGGCAGUGAGACUGUGGGGGAUAAGCUUCAUAGUCGAGAGGGAAACAGCCCAGACCACCGGUUAAGGCCCCUAAGCGUGUGCUAAGUGGGAAAGGAUGUGGAGUUGCUGAGACAACCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUGAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCAAGUGAUUCCGCGCCGACAAUGUAGCGGGGCUCAAGUACACCGCCGAAACCGUGGCAUUCAGUUUUGCUGGAUGGGUAGGGGAGCGUCGUUCACGAGGUGAAGCCAGCGGGUAACUUCUGGUGGAUUGUGGACGAGUGAGAAUGCAGGCAUGAGUAGCGAAAGACGGGUGAGAAACCCGUCCGCCGGAUGACUAAGGGUUCCAGGGUCAAGCUAAUCUGCCCUGGGUAAGUCGGGACCUAAGGCGAGGCCGACAGGCGUAGUCGAUGGACAACGGGUUGAUAUUCCCGUACCAGUGAAGAACCGCCCAUGCUGAGCCGGUGAUACUAACCGCCCGAACCAUCCCGAACCUCGUCUUUGACGGGGUCGGUGAUGGGGAGCGCGGGACCUGAACCGGGGAGGCAAGCGCAUUAACAGGUGUGACGCAGGAAGGUAGCCGGGCCGGGCAAUGGAAAUGACCUGGUCUAAGGGUGUAGGGCUGCCGGUAGGUAAAUCCGCCGGCUGUAUGCCUGAGACCUGAUGGGCGCCCACAUGGUGGGUGAUCCGGUGAUCCUAUGCUGCCUAGAAAAGCAUCGGCGCGAGGUUCAAACUGCCCGUACCCUAAACCGACACAGGUGGUCAGGUCAGAGAAUACUAAGGCGAUCGAGAGAAUCAUGGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGCCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGGGCCCCAACCUUGAGCACCACGUGCUGGUGUGAGGGGAUCGGGGCCGCAGAGACCAGGGGGAAGCGACUGUUUAUCAAAAACACAGGUCCAUGCGAAGUCGUAAGACGAUGUAUAUGGACUGACUCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGGGGACCCGUUAGCUUCGGCGAAGCGGAGAACUUAAGCCCCAGUAAACGGCGGUGGUAACUAUAACCAUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGAGUAACGACUUCCCCGCUGUCUCAACCAUGAACUCGGCGAAAUUGCAUUACGAGUAAAGAUGCUCGUUACGCGCAGAAGGACGGAAAGACCCCGUGACCUUUACUAUAGUUUGGUAUUGGUGUUCGGUGUGGCUUGUGUAGGAUAGGUGGGAGACUGUGAAGCGGGCACGCCAGUGUUCGUGGAGUCGUCGUUGAAAUACCACUCUGGUCACUCUGGAUAUCUAACUUCGGCCCGUGAUCCGGGUCAGGGACAGUGCCUGAUGGGUAGUUUAACUGGGGCGGUUGCCUCCUAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGCCUGGUUGGUAAUCAGGUGUCGAGUGCAAGUGCACAAGGGAGCUUGACUGUGAGAGUGGCAGCUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGACUAGUGAUCCGGCGGCUCGUUGUGGAACGGCCGUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACCUCGGGGAUAACAGGCUGAUCUUGCCCAAGAGUCCAUAUCGACGGCAUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGGAGUAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCUCUGCGCGCGUUGGAAAUUUGAGAAGGUCUGUCCCUAGUACGAGAGGACCGGGACGGACGAACCUCUGGUAUGUCAGUUGUACCGCCAGGUGCAUGGCUGAUUAGCUACGUUCGGGAUGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCGGCUUCGAGAUGAGAUUUCCUUGCCCCUUUGAGGGUGUGAGGCCCCCAGCUAGAACACUGGGUUGAUAGGCUGGAUGUGGAAGCGAGGACUGAAGACUCGUGAAGCUGACCAGUACUAAUAGGCCGAUGACUUACACACA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((.................................................................................................................(..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((..((((((((((((.....))))))))))))...)))))(...).......(((((((((..(([....(....]))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((....))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..<<<<<<<<.<<<.<<......<<<<<<<<<<<.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..bbbbb..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).BBBBB))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))<(dd....dddddd((.((((((.......))))))...))dd)(.(((DD....DDDDDD....((((((((c...(..C)))))))).(((....))).DD))).).....<<<<<<<.<<..))))..>>>>>>>>>.....>).....>>>>>..>>>>>>........(((.((..((((...((.......))...)))).)..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....>>..>>>>>>>>>>>(...eeeeeeee..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...EEEEEEEE....((((...))))..(..(((((((((........)))))....(((((((((((..(..(((((((.....))))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))...
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((......((((((((((.....(((..(((((((((((........((((((((....))))).....(((((....(.((.........)).)....)))))...)))....(((....)))(((((((....)))))))...(((((((.........))))))).........((((((.....((....))......))))).)....................(((((.....((.....))....)))))..((((...((((((((((((.....(((....)))..)))))))))))).....(((.((((((..((((((((....))))))))(((((..((((.((((((((.(((...(((((......)))))........(((.......)))...)))...))))))))))))))))).))))))...))).....((((((((.........)))))))).....((((((......)))))).)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....))))))))))......(((((..(((((.....)))))..))))).(((((...........((((((........((((((((((..(((...(((....)))...)))...((....))..((((.....))))......))))))))))...((((.(...((((((..((((((((((((..((((....(((((......))))).....))))....((.(((((........))))).))....))))))))))))((.......))......))))))......).))))((((((....(((((....)))))..(((((((....((((((((.....((....(((((.(.......(((((.....))))).....))))))......))......)))))))).....))))))).(((.((((((((((......))))))))))....(((......)))....)))(((((..(((......(.(((((((..............(((((((((((.......((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).))))...))))))))))).(((.........)))......)))))))))))..)))))(..(((((((.....))))))).)..))))))..((((((((((......(((((.((....)).)))))...))))))))))........)))))).............(((((((.....)))))))((((((....(...((((.(((((((...........)))))))...........((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))..............))))..).....))))))......((((((...............(((((.....)))))(((((....(((.....((((.(((.....))).......((((.......(((((...((((.((((..(((((((((((...((....)).))))).....((((.(.((((.((((((.((.....)))))))).....)))))..))))......(((((((...))))))).))))))...))).).))))........))))).)))).............))))..)))....)))))...))))))................)))))......(((..((((((((..................(((((....(....).....)))))(((((...(((..((((((.....))))))..)))....)))))....(((((...(((((((...((((...........))))((((((((...(((....)))...))..))))))..(((((.(((...((((((.....((((.....(((((.((....))..)))))....))))....))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))(((((.......)))))..........))))).....)))))))...))))))))))))).)))..............(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.((((((.(((((.(((.((((..(((((((((.((((((.(.........(((((..(((.((...((((((((....))))))))...)).))).........)))))).)))))).)))))))))...(((.((((((.....)))))).)))....)))).)))..))))).......((((....((((((...........))))))))))....((((((((.((((((.......))))))...))((((....))))..))))))....((((..((((....))))..))))........((((((.(....).))))))...((((((....((....))....))))))....)))))..).))))).......(((((.(.((((...((.......))...)))).).)))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..(((((((((((((...............)))))))))((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))).....((....(((((...........)))))....))..))))......))))))))...(((......))).....(((((((((........)))))....((((((((..(.....(((((.........)))))....)...))))).)))...))))....)))).)))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((...[[[.......)))...((((....)))).]]]......((((((((.......((((...[[[[[[...))))................]]]]]].(((((....(((....)))(((((((....)))))))...(((((((.........)))))))....))))).(((((..(((((......))))).))))).((((................)))).......(((((((((......(((.((((((..((((((((((((.....(((....)))..))))))))))))......)))))))))..((((((((....))))))))(((((..((((.((((((((.(((...(((((......)))))........(((.......)))...)))...)))))))))))))))))....(((...........[[[[[[[[)))......]]]]]]]].....(((((((....)))))))..............(((((..(((....))).[[[[((((((......)))))).......((((....)))).....)))))...]]]].....((((((((.....(((((..(((((.....)))))..)))))(((.(((((.(((((.(((.......((((.((((((((((..((((..(((....)))..)))).............((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((((((((((((......((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))........))))))).(((.....))).)))..)))))))....))).)))))...))))).)))..))))))))..(((((((.(((((((((((.((((....))))((((((......((((((...)))))).(((....))))))...))).....)))))))..))))))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((....)))[[[.(((....)))..))))...]]].((((((((((((......(((((((((.(((((.......))))).))))....((((........)))).)))))..))))))))))))(((.........)))(((.......[[[.)))......]]]((((((.(((((.(((......))).))))).((((((((((......(((((.(((...))))))))...))))))))))....)))))).(((.....[[[[....(((((((.....))))))).)))...(((((...........))))).]]]]....(((.(((((..[[[[[.))))).)))....]]]]].((((..(((....))).(((((........)))))..[[[[.......))))...]]]]..(((((........((((.....(((((((((.(((((((...))))))))))).))))).....))))..[[[..)))))..]]]....((((((....))))))((((.....[[[[[[[((((((((............))))))))....))))..]]]]]]]..(((((.....[[[[(((.....)))....)))))..((((((((((...))))))).)))]]]]..((((((((.........))))).[[[[..))).......]]]].....(((..[[[[[[..)))..]]].]]].....((((((((((((((((.(((..((((((((................(((((((.....(((....)))))))((((((..((((..((((((.....))))))..))))...)))))))))(((((...(((((((....(((((.....)))))..((((((((((..(((....)))..)))..))))))).(((((.(((...((((((..((((.(((....(((((...........)))))....))).))))))))))...)))((((((.......)))))).....((((...........((((((.....))))))))))......))))).....)))))))...))))))))))))).)))..)))..))))...(((((((....)))))))........(((((((((.......))))..))))).......)))))))))(((((((((.((((((......(((..((((...(((..(((.((((((((....))))))))....)))..)))....))))..))))))))).))))))))).......((((((.....)))))).(((.[[[[.))).............]]]]((((....((((((...........))))))))))..(((((((((..((((((((...))))))))[[[..((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))..]]].....((((((((((.((((....)))))))))).[[[...))))............]]](((....[[[..)))..]]].....(((.[[[[[[[.)))............]]]]]]]..)))))))))(((((((((((......)))))).)))))(((((.....)))))....(((...[[[[[.)))(((....(((((((....))).))))...)))...........]]]]]...............(((((((((.......[[[[[...)))))))))...]]]]].....((((((((((((....))))))..))))))...))))))))((((.......(((((.....[[[[[.)))))((((....)))).]]]]].....)))).((((......))))....(((((((((........)))))....((((((((...(((..(((((.........)))))....))).))))).)))...))))............... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.(((((.(((.((.....((((((....)))).))(((((..((((((((.((((.((.((..(((((((((((..(((((((((.(((((((....(((((.(((...(((....)))(((((((....)))))))..((((((((((((......(((((((.........(((((..(((((......))))).))))).............((..(((((((...((..(((((((...(((((((((.((((((..(((((((..(((..((.(((....)))))..))))))))))......)))))))))..((((((((....)))))))).......(((((((((((....(((..(((((......)))))..))).....))).....)))))).)).....)))))))))))))..))...(((((((..((((((((((((.........))))))))...((((((..(((((((((((...((((..(((.(((((((((((..((((..((((...((....))...))))......((((((((((((..(((((....(((((((((.................(((((..(((.((....)))))..))))).((.(((((..((..(((((.((...((((.((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....))..((((.....))))......)))))))))))))).......(((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))))....)).)))))))..))))).)).)))))))))....))))...)..)))))))).))))..))))..)).....((....(((......(((((.....((((.((((...((((.....))))..((....)).)))).....(((((((..(......)..)))))))..)))).....)))))...((.((((((.(((.(((...((((..((((..((.....((.((((((((..((..(((...((((.(((.((((.......)))))))))))....((((.((....)).)))).))).))..))))))))))..))...)))).((((...((((((((.((((.(((...((((((.((((..(((......)))..)))).((((((((((......(((((..(....)..)))))...))))))))))....)))))).((((.((.((((....(((((((.....))))))).......(((((..((...))..))))).)))).))))))...)))...)))).......(((..(((.....((((...((..(((...(((((........))))).))).....))..))))...)))..))))))).))))....))))...(((((((((.(((((((...))))))))))).)))))...))))))).))).)))))))).)))...))..))))))))))))...))))..(((....((((((((..((....))..)))))))).(((((...((((.((((((.((.....))))))))........((((.(((...((((((((((...))))))).))).(((..((.(((((.........))))).))))).)))))))....))))..)))))..))).)).))))))))).)).))))...))))..)))))))....)))))))..)).....))))))).....((((((....((((....))))))))))(((..((((..((((((.....))))))))))((((((((((((.((.((((((((((.((((((..(((........((((((((((((((..(((....)))..)))..))))))..((..(((((...((((((..((((.(((....(((((.((....))..)))))....))).))))))))))...)))))..))..((...(((((((((....(((....((((..((((((.....))))))((((.((...(((((....)))))..(((((..(((....)))...)))))..........(((((((....)))))))..)).))))......))))..((.(((..(((..(((((.....)))))..)))...))).)).)))....)))))).)))...)).)))))..(((..(((....)))..))).)))..))))))......)).))))))))....(((....))).)).)))))).))))))..((((((.......)))))))))..)))))))))))))))..((((((...........)))))).(((..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))))))......)))))((((((.((((....)))))))))).)))))))........(((((...(((..(((((.(..(((((((....(((((.(((((((.((..((.....))))))))))).)))))...)))...(((((((......))))))).))))..).)))))..)))........))))).......((((((.(((((((....))).)))).(((((..((((((.((..(...(((.....((.....))..)))...)..))))))))..)))))....))))))))))).))))..))...)))))))))..)).)).))))..)))))))).....((....(((((...........)))))....))..)))))...........)).)))))))).))........(((((((((........)))))....((((((((..((....(((((.........)))))...))...))))).)))...))))...))))).)))... |
|