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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00507



RNA: CRW_00507
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.ff.ffff)))...F.(((((((..(((FFF..FF.))).....)))))))...))))...(((....)))((((((.....)))))).(((((((((.........))))))).)).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((.((((((.....((((((((((.(((...(((((......)))))(((...).eee.....))EEE...)))...)))))))))).........))))))........(((((((((.......)))))))))......(((((..dddd)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((.....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....)).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((....(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).)....))))))).)))..).)))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....g.gggggg...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............))......GGGGGGG)))...)))))))(((((((....)))))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((iiii.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..((((((...((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...((((((((((((.((.....))))))))))....))))...))))...)).(((((((....)))))))..)))))...)))...))))........))))))..))....)))))))))))IIII..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((((((((((((((.....))))))).)))))))))))(...).......(((((((((..((c....(....C))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((....))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))...(((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..aaaaa..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).AAAAA))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((bb....bbbbbb((.((((((.......))))))...))bb)(.(((BB....BBBBBB....((((((((<...(..>)))))))).(((....))).BB))).).....(((((((.((..DDDD..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..))))))))))(...hhhhhhhh..((((.(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...HHHHHHHH..((((((...))))))..(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.(((((.....))))))))((((((..(((((((....((((((.....((((((.....))))))(((((((((......)))).).))))...))))))....(((....)))(((((((...))))))).(((((((((.........))))))).))(((..((((((.................(((((((((((..........((((.((...((((....(((((((((((...((((((.(((((((.(((........(((((.........((((((....))))))......(((((.......))))).)))))..((((....((((((((.(((.(((.....)))..((((((.........)))))).......(((((((....)))))))..)))......((((.(((....))).))))...))))))))..))))...))).......((((((.((.........((((((((....(((.(((.(((..........(((.(((((((((.(...((((((.((((..........((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).(((.....)))......)))))).....(((((...(((((............(((((.(((((((...(((((((...(((((((..(((..(((((((.(((.((((.((((((.(((..(((((.((..(((..((.....(((((...)))))..((((((((..((((((.((((((((((((((((((((....(((......))).....(((..((....(((((..(((....)))..))).....))....))..)))...))))))..))))))))))......(((((((((......((..(((......)))..))..((((.(..((((((((.((........(((...............)))...((((.(.((((((....))))))).))))..(((((((.((((((((((((..((..((((....))))..)).....))))))...(((..(((....)))..)))((((....((((((.....))))))))))...(((((...))))))))))).))))))).)).))))))))..).)))).(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).....((((...((((((.(((((((((((.(((((.((((((((((((((....))))))))))..)))).............((((((....((((((((((((((((.((..(((((........(((((....))))).................((((.......))))......))))).....(((((..(((.(((((...(((......)))))))))).)..).))))...)).).)))))))))))))))...........((((.(((....(((......))).....))).)))).))))))......))))).))))))...))))...).))))))..)))).)))))))))(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))...))))).)))......))))))).....((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).))....))).).)))))).)))))))).......))..)))..)))))))..))).))))))..)))).)))....((((.......)))).........)))))))..)))...((((.......((((((((.....))))))))..(((((....((((((((....)))))))).)))))))))......)))).))).)))))))))))))).)).)))..((((((.....)))))))))))))).))..)))).))))))).))))))))).))).((((...........))))..((((..(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((....((((....)))))))).(((....)))))))...)))))).)))))))))))......((((....))))...............))))))))...)))))))..))))))....((((..(((((((.(((........)).).)))))))..)))).(((.((((((((((((....))))))).))))).))).)))))))))))....))))........)).)))).....((((......((.((((((((((..(((((((..(((..(....)..)))..)))))....))....)).)))))))).))))))..))))))).))))....((((((....))))))...)))))).)))...(((....)))....(((((...........))))).....))))))).......(((.(((..(((((.....)))))......((((......)))).))).)))....((((((((.(((..(((((....)))))....))))))).)))).))))))......))))))..))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((..(((((.....((((((((((((((..((......((((((....((.........))((((((..(((........))).....)))))).))))))....(((....)))((((((.....))))))...(((((((.........)))))))....))...(((((......((....)).......)))).)....................(((((.....((.....))....)))))..((((.((((((.....((((.(((((.(((...((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).)))).........))))))........((((((((.........)))))))).....((((((......)))))).))))........))))))).))...............((....))..))))..........(((....)))..............).....)))))))).........((((..(((((.....)))))..))))...(((((.((................................(((....((((((((((..(((((.(((((((..(((.......))).....((((((.(((...........))).))))))(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))....((.(((((........))))).))....)))))))))))((((....(((...........(((((........)))))..................(((((..........(((.(((((.......(...((((((((...((((((.......)))).))...))))))))...).......)))))..))).(((((.........((((((((((......))))))))))....)))))....((((((((.........))))................((.....))....))))..))))).....((.....(((((((......(((((((((...........(((((.......................)))))....))))...(((...............)))..)))))..(((((((....))))))).........((.(((((....((......((((((((....))))))))..))....)))))..))....)))))))......))......(((((.......)))))..)))....))))..))))))))))))......(((((.....((((..(((((.(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))...................(((((((((....((((.((((..(((((((......)))))))....))))....((((((((((((..........))))))))....))))...............(((((....))))).....))))..........(((......((((......))))......))).....)))).)))))..)))))...(((((((((........(((.....((((.(((....((((((((.(((...............((((....(....).....))))..((((((..((((..(((.....)))...))))..)))))).............(((((((....(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..)))))))).(((((...((((.(((....)).........(((((....))))).........).)))).....(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)....))))).....)))))))....))).)))))))).))))))).....)))...((((........)))))))))))))..............(((((.(((((((.((((...((.(((((.(((((((((((.((((.(.........(((((....(..((..((((((((....))))))))........))..).....)))))).)))).)))))))))))...(((.((((((.....)))))))))....))))).))....))))..((((.....))))((((((...........)))))).......(((((((..(((((((.......)))))))....((......))....)))))))...(((...(((......)))...))).(((....))).............((((((((((.......))))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))))))))))).(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))..))))))))))....)))...((((((((..((((.(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))...(((((...))))))).))))).......................((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).))).....((....)))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(.(((((.....))))))....(((((((((((.(((.......)))..))))).......(((((((....((((......))))...)))))))..........(((....)))(((((((...))))))).(((((((((.........))))))).)).......((((.(.(((..........))).))))).....................((((((..((.((.....))..))))))))..((((((((((....(((((.(((((....(((((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).))))...).....))))))).......((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).)))..........))))))(((..(((((...........((((((((.............(((....)))............((((..((((((((.((((((((..((((..(((((.....)))))..))))......)))))))..((((((.......(((((((((((((..((....((........(((((...((....))..)))))....)))).....)))))))))))))))))))....................)))))))))..))))(((......)))......(((((.(((((.(((((.((())).)))))))(((((((((....(.((((((.....(((..............)))((.(((.((((((...(((((....)))))..((((((.....(((((((((......((...((((((((.(.(((((((.....))))).)).).))))))))..)).......))))).))))....)))))).....(((((((((((....)))))))))))....(((......))).((((((()))...))))(((..........................)))...(((.......)((((((((.(((((.......))))).)))))......(((......)))...))).....))(((((((.................((.....(((....((((((.((((((((((((....))))))).........(((((.......((((((..((((((((....)))))))).....))))))))((((..((((()))))..)).(((....(((((((.....)))))))))).....(((...((..((((((((..((.....))))))))))....)))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))))(((((((((((((...((((.....(....(((..((((((((((((((....))))))))))..)))(((....((((((((((.((.....)))))))))))....))))..............(((((....)))))........)...)))......).........))))...))....)))))))))))..)))((((...(((......)))))))(((((....)))))......((((((....)))))).......................))))).))))))....)))...))(((((..((((..(((.....)))...))))..)))))(((((((...........)))))))(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..(((((((((((((((((..((((...(((.(((((....)))))...))).))))))))))(.....((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........(((.........)))((...(((((.....)))))(((((...))))).))((((((......)))))).............((((.......))))........(((((.(((.(((((.(((((((((((.((((.(.((.(((.....(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....).)))).).)))).)))))))))))...(((.((((((.....)))))).)))...))))).)))..))))))...((....(((.(((((((...........))))))).))).((((((((((((((((((.....))))))))..)..(((....)))..)))))))))................))))))))))))).....))))))).....((..((((((((((.......)))))))))).))..................)))))).))).))(((((((((((...((.......))...))))))))).)))))))).)...)))))))))..((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....................)))..(((((((....))).)))))))))..........(..(((((......)))))..)(((((((..((.(....).)).))))))).....(...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)(((((..(((.(..(((((...........)))))..).)))..)))))........))))))))((((...)))))))))...)))(((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...))..)))))).)))............))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((...((((....))))..))).....((((......[[[[[[....))))........(((((((....((((......))))...)))))))]]]]]](((.(((....)))[[[[[[)))..]]]]]]....................(((((((.........[[[[............)))))))..]]]].....................((((((.......[[[........))))))..]]](((((((.....((((.(((((.(((...((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).))))...[[[[..)))))))...]]]]((((((((...[[[...)))))))).....(((((((....)))))))........]]]((((.(((....))).))))........(((..[[[....)))........]]]...(((.........[[[..))).....]]]....(((((((..((((..(((((.....)))))..))))......)))))))..((((((.......(((((((((((((..((((.............)))).............((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((..((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))))...[[[.[[[[[.....))))))...]]]]]..]]].(((.....(((((....)))))................[[[[[[))).......(((.....((((((((((...........)))..))).)))).....)))....]]]]]]........((((((((...(((((((((((....)))))))))))....(((......)))..(((((.........[[[[[.............)))))........]]]]].(((...[[[[)))....]]]].........(((((((((...........(((.....((((.......)))).[[[[[[)))...........]]]]]].....(((((.......[[[[[..(((((((....))))))).)))))..(((((((.(((..((((((..((((((((....)))))))).....))))))...)))))))))).......]]]]].....(((((((.....))))))).(((((.....[[[[...((((((((...........))))))))....)))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).]]]]..............(((((.................((((((((((....))))))))))...(((....[[[[[[[[[[[..))).......]]]]]]]....]]]]..((((((.......(((((....)))))[[[[[...........))))))................]]]]].(((((...)))))....)))))..((((..((((((..((((((....))))))...)))))).[[[...)))).........]]]............(((......)))...(((....[[[[[[[..[[[[..[[[)))..]]]...]]]]..]]]]]]]...........)))))))))(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))...))))).)))......)))))))..((((..[[[.....))))((((((.....)))))).]]].....(((......[[[[[)))..]]]]]..))))))))..(((((...)))))...(((......[[[[[[[...))).(((((...((((.......))))...........))))).]]]]]]].((((....))))........(((((.[[[[[..(((((....((((((((....)))))))).)))))))))).......]]]]]..(((........[[[[...)))..((((((.....))))))...]]]].(((....[[[)))......]]]........((((((...........)))))).(((..(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..[[[[))).((((....))))]]]].(((....)))........(((..((((((((((....[[[)))))))))).)))...............]]]((((...[[[.((((((((((((.....(((......)))))))))).))))).))))..]]].(((...[[[[((((((((((((....))))))).)))))...)))....(((((.....)))))..]]]]((((((....(((((((....))).))))...)))..[[[.....)))...]]]........(((.(((((((...............))))))).[[[[[)))((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).]]]]]...(((....(((((.....[[[[[.)))))....)))......]]]]].(((......((((((...))))))......[[[[)))...]]]]...(((....((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...[[[)))..]]]........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((.(((((.....))))))).((((((((((((.(((...((((((((...((((((.....))))))((((.((((......))))...)))))).))))))....(((....))).((((((...))))))..(((((((((.........))))))).))...((((((((...((......((((.......(((..((.......))..))))))).((((....(((((((((((...((((((.(((((((.........((((.(((((....(((((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).))))(((((((.(((.(((.....)))((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))......((((.(((....))).))))...)))))))((((.((..(((....(((((((((((.((((.(((...(((..........)))...))).........((((.(((((((((.....((((((.((((...(((((...(((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..(((((...))))).....))))))))))))))))))...((((..(((((((((.(((((..((((...((((((......))))))....))))..)))..(((((........)))))(((((.(((((..(((.((((.(((.(((((..............)))))..))).))))....(((.....))).((..((((((.....(((((((((...........((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))...........))))).))))....))))))..)).(((((((((........)))))))))....(((......)))..)))..)))))...)))))..)))))))))))..))))........(((((...((.(((((.(((((.((.(((((.......))))).)).........(((......))).(((.....))).((((((((((...........((((((((((((((....(((((((((...((((((....)))))).((((((((.((((((.(((..((((((..((((((((....)))))))).....))))))...))))))))).......(((((((....(((((((.....))))))).(((((.((((...)))).(((((((..((.....))))))))).....)))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))..(((((((((((((...((((....((((..(((..(((((.((((((((....)))))))).....(((..(((((.....))))))))...((((((((.....))).))).)).((....))..(((((....)))))....)))))...)))....))))........))))...))....))))))))))).((.(((((...(((......))))))))))........((.....((((.(((....((((((((.(((.....(((..((((....((((.((((....)))).))))((((((..((((..(((.....)))...))))..))))))((((((...........)))))).(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((((.((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))..))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..))).....)))))..)))).)))......))).)))))))).))))))).....)).((((((((......)))).)))).)))))))..((((.......))))...)))))))))))))))))...)))).)))).)))).)))))))))))).((((((((((((....((((((((....)))))))).))))).))))......)))..)))))))))).))...))))).(((.((((((.....)))))).)))...))))).)))).))))))..))))))))).)))).))))....((.(((......))))).(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))...........))))).))))))..........))).)).)))).((((..........))))......)))))))..))))))....(((((.(((((((..((........))...))))))).))))).(((.((((((((((((....))))))).))))).))).)))))))))))....))))...))...)))))))).(((((((....))).)))).))))))))).(((((..((((((....))))))..))))).....((((.(((((..((.......))..))))).)))).(((((((((((....))))))..)))))..((((...(((((..(((....(((((...........)))))....)))..)))))....)).)).((((((((((...))))))....)))).(((((.......)))))......((((((((.(((..(((((....)))))....))))))).)))).))))))......))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...................................................................(((((((.((((........))))....))))))).........((((....))))((((((...))))))....(((((((.........)))))))..........((((...(((..........)))..)))).......................((((..................))))...(((((((((((.....((((.(((((.......((((((....))))))......(((((.......))))).......))))).)))).........))))))........((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))))))).....................((((..(((((aaaaaaaaaaa..............(((....)))............((((..((((((((....(((....((((..(((((.....)))))..))))........))).....(((((.......(((((((((((((........((.....)).(((((...((....))..))))).............))))))))))))))))))......................))))))))..))))((........))))))).........(((.(((((........))))))))....(((((((((((((..............................................................((((.....(((((((((...........((((((((...((((((.......)))).))...))))))))...........)))))).)))....)))).......((((((((((......))))))))))....(((......))).....................................................(((.......))).(((((.(((((.......))))).))))).......((......))......................................................(((((((((.(((((((....)))))))......................(((....((((((((....)))))))).......)))........((((((((...............(((((((.....)))))))..................((((((((..((.....)))))))))).........(((...(((...(((....)))...)))...)))..<<<<<))))))))>>>>>....((((((((.......ccccccccc.........((bb((((((((((....))))))))))....))(((....(((((((((..........)))))))))....)))...............(((((....))))).....BB......................................))))))))...CCCC.CCCCC...........((((((((................(((..((.....((((((((....................(((...............)))...((((((..(((...(((.....)))....)))..))))))((((({{{...{{{{{{{)))))..(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..)))))))..((((.(((...((((((..((((.......(((((....))))).......))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))..(((((........))))).......))))........}}}}}.}}..}}}))))))))..)).)))............(((........))).))))))))...............................))))))))).....(((((((((((.((((...((.((......(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).......))))...)))).)))))))))))....((.((((((.....))))))))...................................(((((((...........)))))))......((((((((.((((((((.....))))))))......((....))...))))))))............................(((....))).............((((((((((.......)))))))))).................................(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))...........((((((....((((((((((((....)))))))).))))(((((.....))))).............)))))).........(((((....))).)).....))))))))))))).....................(((((((............[[[)))))))..........]]]...(((((((((((....))))))..)))))................(((....(((((...........)))))....)))................AAAAAAAAAAA.......)))).............................((.((.(((......(((((....))))).......)))))..)).............))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((.(((((.....))))))).((((((((((((.(((...((((((.....((((((.....))))))((((.((((......))))...))))...))))))....(((....))).((((((...))))))..(((((((((.........))))))).))...((((((((...((.................(((..(.........)..))).....((((....(((((((((((...((((((.(((((((..........................((((((....))))))......(((((.......))))).((((...((((....((((((((.(((.(((.....)))((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))......((((.(((....))).))))...))))))))..))))....)))).....((((....)...........................................((.(((((((((.....((((((.((((...(((((..((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).))).)))))))))).(((.....)))......))))))................................(((.(((((((...(((((((...(((((((...........((((.((.((((.((((((.(((..((((.(((..(((...(.....(((((...)))))..((((((((..((((.((((..((((((((((((((((....(((......))).((((.........))))(((..............)))........(((......))).))))))..))))))))))......(((((((((..........(((......)))....((((((....((((((((.((........((.(((.................))).)).(((((((....))))))).......(((((((.((((((((((((..((((((((....)))))))).....))))))....((..(((....)))..)).(((....(((((((.....))))))))))....((((...)))).)))))).))))))).)).))))))))....))))))((((.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........))))).....((((...((((((..((((((((((..((((...(.((((((((((....))))))))))...)((..(((((.....))))))).....(((((((((((((...(......).........(((((....)))))(((((............)))))........((......)).......((...))..((.(((((...(((......))))))))))...................)))))))))))))(..........)((...........(....(..(....)..)....))).............))))..))))))...)))).....))))))..)))).)))))))))....((((.....))))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).......(((.(.((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))))))......(((.........))).....)))).)))))))).......)...)))..)))))))..))).))))))..)))).)))))).((((.......)))).........................((((....)))).(((((.....)))))..((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))......)))).))).)))))))))))))).))).(((.((((((.....)))))).)))...))))).)))).))))))..))))))))).))((((((...........))))))......(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......)))))))))).....((((..........)))))))...)))))))..))))))....(((((.(((((((..((........))...))))))).))))).(((.((((((((((((....)))))))).)))).))).)))))))))))....))))...))...)))))))).(((((((....))).)))).))))))))).(((.(..((............))..).))).......((.(((((..((.......))..))))).))...(((((((((((....))))))..)))))....(....(((((..(((....(((((...........)))))....)))..))))).....)....((..((((((...))))))......))((......))..............((((((((.(((..(((((....)))))....))))))).)))).))))))......))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.(((((.....))))))))((((((((((((.(((...((((((.....((((((.....))))))((((.((((......))))...))))...))))))....(((....)))(((((((...))))))).(((((((((.........))))))).))...((((((((...((.(...............(((...............))).....((((....(((((((((((...((((((.(((((((..........(((.(((((.......((((((....))))))......((((((....).))))).[[[[..))))).)))((((((((.(((.(((.....)))((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))......((((.(((....))).))))...))))))))..........]]]].....((((...................................................(((((((((.....((((((.((((...(((((..((((((.......(((((((((((((..((((.............)))).............(((((...))))).....)))))))))))))))))))...((((((..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).))).)))))))))))((({{{..)))......)))))).(((......}}}............)))....(((.(((((((...((((((((..(((((((.........(.((((.((.((((.((((((.((((.((((.(((..(((.(((.....(((((...)))))..((((((((...(((((((((.<<<<<<<)))))))))....(((......))).((((.........))))(((..(((....)))..)))........(((......)))............>>>>>>>......(((((((((..........(((......)))....((((((....((((((((..............(((((............).))))....(((((((....))))))).......(((((((.((((((((((((..((((((((....)))))))).....))))))...(((..(((....)))..)))(((....(((((((.....))))))))))...(((((...))))))))))).)))))))....))))))))....))))))((((.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........))))).....((((...((((((..((((((((((.(((((.....((((((((((....))))))))))...(((..(((((.....))))))))....((((((((((((((...................(((((....)))))(((((............)))))......((((......))))...((((...))))((.(((((...(((......))))))))))..................))))))))))))))(((......)))..................((((....))))......aaaaa.........))))).))))))...))))AAAAA))))))..)))).)))))))))...(((((.....)))))(.(((((((.....(((....))).......))))))))......((.((.((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))..))))((((((.......))))))..((((.((.....))))))((((((.....)))))).........((((.........)))).........)))))))).......)).))))..)))))))).))).))))))..)))).)))))))((((.......)))).........................((((....))))((((((.....))))))(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....)))).)))))))))))))))))).))).(((.((((((.....)))))).)))...))))).)))).))))))..)))))))))...((((((...........))))))......(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......))))))))))......(((((.....)).)))))))...)))))))..))))))....(((((.(((((((.(..............)))))))).))))).(((.((((((((((((....)))))))).)))).))).)))))))))))....))))..)))...)))))))).(((((((....))).)))).))))))))).(((((..(((((......)))))..)))))......(((.(((((...............))))).)))..(((((((((((....))))))..)))))..(((((..(((((..(((....(((((...........)))))....)))..)))))..).)).)).....((((((...))))))......((((......))))..........(.((((((((.(((..(((((....)))))....))))))).)))))))))))......))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.(((((.....))))))))((((((..(((.......((((.(((....((((((.....)))))).(((((((((...((((((((((((.((..........((((....))))((((((...))))))........)).)))).)))).)))).(((.......(((((((.(((...((.(((........)))))............(((.....((((.....)))).((((((....((((((...(((((((.((..((((.(((((.(((...((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).))))..)).....))))))).......((((((((.........)))))))).......((....)).))))))..((((......((((.(((....))).)))).(((...((....))................(((....))).......((((((((....(((.(((.(((..........(((.(((((((((.(...((((((.((((..........((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((..((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....)))))))))))).......(......)..)))))).....(((((...(((((............(((((.(((((((...(((((((...(((((((..(((..(((((((.(((.((((.((((((.(((..(((((.((..(((.((.(((((.(((((..((..((((((.(....).((((((((..(....)..))))))))..)))))).)).(((((...((((.((((...(((((........(((....)))........))))).(((.......))).(((((.(((((.......))))).))))).............)))).....((((((.(..((((((((....((((.(((((((((................(((((..(((((((....))))))).....(..(((((((.(((..((((((..((..((((....))))..)).....))))))...))))))))))..)....))))).....(((((((.....))))))).......))))).(((...)))......)))))))).))))))))..).)))))).....))))..(((....)))...((((.((((..(((((........)))))..(((((((((((..((.((((...(((.....((((((((.(((((((((....)))))))))...))))....(((((((((((..((....))..)))))))....)))).........))))..(((((....))))).......)))...))))((((...((.....))...)))).)).))))))))))).......))))...)))).....)))))..)))).).))))).)).((((.(((....((((((((.((...(((.((......(((((....(....).....)))))(((((((..((((..(((.....)))...))))..))))))).)).))).((((((((((..(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))...))))).)))......))))))).....((.(((..((((..((.(((((........))))))).))))..))).))...)))))).)))))).)))))))).)))))))...)))..)))))))..))).))))))..)))).)))....((((.......)))).........)))))))..)))...((((.......((((((((.....))))))))..(((((....((((((((....)))))))).)))))))))......)))).))).)))))))))))))).)).)))..((((((.....)))))))))))))).))..)))).))))))).))))))))).)))(((((...........))))).((((..(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((....((((....))))))))..((....)).))))...)))))).))))))))))).)))...)))).))))))..)))......))).)))))))........((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..)))..)))))))))..))).))))(((((((....)))))))..((((.(((((....(((((.....)))))(((((.((((.((((.(((((((....))).))))...(((((((((...(((((((((((((((.(...((((((......(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))..)))))))))))...(((((..(((....(((((...........)))))....)))..)))))..).))))))))..(((((.....)))))......((((......))))..))))))).))))))))).....)))).))))..)))))..)))))))))...)))))))))......))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((............((((((..............((((((.(((...((((((.....((((((.....))))))(((((((((......)))).).))))...))))))....(((....)))(((((((...))))))).(((((((((.........))))))).))...((((((((...((...((((............................................(((((((((((...((((((.(((((((.(((..........(((((.......((((((....))))))......(((((.......))))).......)))))....((((((((.(((............((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))......((((.(((....))).))))...)))))))).........))).......((((((.............(((((((..........................((.(((((((((.(...((((((.((((..........((((((.......(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))))))))...((((((..(((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..)).))))))))))).................)))))).....(((((....((((............(((((.(((((((...(((((((...(((((((.....(((((.((((.((.((((.((((((.(((..((((..((..((.....(((((.(((((..((..((((((.(....).(((((((((........)))))))))..)))))).)).((((.....................................................(((.......))).(((((.(((((.......))))).))))).................................................................................(((((((....))))))).....................((((((..((..((((....))))..)).....))))))..............................(((((((.....)))))))........((.....))..(((((((...........)))))))..........(((...(((.(.(((....))).).)))...)))........................(((((((((.......(....)...............((((((((((....)))))))))).............((((((((..(......)..)))))))).....((..((((((.......(((((....)))))................))))))..))..................)))))))))..........................))))..)))).).)))))....(((..(((....((((((((.((...(((.((.......((((....(....).....)))).(((((((..((((..(((.....)))...))))..))))))).)).)))..(((((((((..(((((((.............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((.(((((...((((((..((((..((((.(((((....)))))...))))))))))))))...))))).)))......))))))).....((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).))...)))))).))).)).)))))))).))).)))....))..)).))))..))).))))))..)))).)))))))))))...(((..............................(((......)))..............................((((((((....))))))))...)))..........)))).))).)))))))))))))).))).))..((((((.....)))))))))).))).))..)))).))))))).))))))))).)).(((((...........))))).......(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((....((((....))))))))..((....))..................)))))))....................................))))))...)))))))..))))))(((.((((..(((((((..((........))...)))))))..)))).....((((((((((((....)))))))).)))).))).))))))))))).....))))..))...)))))))).....(((....)))......))))))))).((..((((((......................................................................))))))...))..................((....)).....(((((...........)))))......))))))................((((((...))))))......((((......))))................((((.(((..(((((....)))))....)))))))..................))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((.(((((.....))))))))((((((..(((.......((((.(((....((((((.....)))))).(((((((((...((((((((((((..(..........((((....))))((((((...))))))........)..)))).)))).)))).(((.......(((((((.(((.....((((.......(((..((.......))..))).....((((.....)))).((((((.(((((...((((.((((((.((..((((.(((((....(((((((((....))))))......(((((.......))))).)))...))))).))))..)).....))))))........((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).))))......(((..(((....)))..))).......))))).......(((.........(((....))).......((((((((....(((.(((.(((..........(((.(((((((((.....((((((.((((...........(((((.......((((..(((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))..)))))))))....((((((...(((((((..((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))..))))))).(((.....)))......)))))).....(((((...(((((............(((((..((((((...(((((((...(((((((..(((..((((..(.(((.((((.((((((.(((..(((.((((..(((..((.....(((((...)))))..((((((((..((((((.....((((((((((((((((....(((......))).....(((..((....(((((..(((....)))..))).....))....))..)))...))))))..)))))))))).........((((((......((..(((......)))..))......((((((.((((.((((..(((..(((((((...(((..(((((....((((..(((((((....))))))).))))..(((((((..(((((((((((..((..((((....))))..)).....))))))...(((..(((....)))..)))((((....((((((.....))))))))))...(((((...))))))))))..))))))).((((((..(((((.((((..(((((..(((.((((((....(((((((........(((((........)))))((((.((((...((((((.(((((((((((.(((((.(((..(((((((((....)))))))))....((((.(((((.....)))))......(((((((((((((((..((..((((((.((....(((((....)))))....))..........))))))..))....(((..(((((....))))).......((.(((((...(((......)))))))))).............)))..)))))))))))))))..........))))........))).((((((..((((..((....)))))).))))))..))))).))))))...)))))....))))))..)))))))))))))))..(((((.....)))))......))))))..(((....)))..))).)))))..))))...)))))..))))))..)))))......(((((....))))).)))...)))))))......((.((((((.......))))))))......)))...))))..((((((.....)))))).)))).)).)))).....))))))....)))))).)))))))).......))..)))..)))))))..))).))))))..)))).)))....((((.......)))).........)..))))..)))...((((.......((((((((.....))))))))..(((((....((((((((....)))))))).)))))))))......)))).))).)))))))))))))..))).))..((((((.....)))))))))))))).))..)))).))))))..))))))))).)))(((((...........))))).((((..(((((((((.((((((((.....)))))))).....(((....)))..)))))))))..((((....((((....))))))))..((....)).))))...)))))).)))))))))))........))).))))))...))))....))).)))))))........((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..)))..)))))))))..))).))))(((((((....)))))))..((((.(((((....(((((.....)))))(((((.((((.((((.(((((((....))).))))...(((((((((((...(((((((((((((.((..((((((......(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))..)))))))))))..))((((..(((....(((((...........)))))....)))..)))).....))))))))..(((((.....)))))......((((......))))..))))))).))))))))).....)))).))))..)))))..)))))))))...)))))))))......))))))))..