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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00509



RNA: CRW_00509
Rfam family: -

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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((....((((((((((((((...............(((.cc((........hh......(((((dddd....)))))DD..DD..............(((....)))(((((((....))))))).(((((((((.........)))))))))))....)))(((((.(((..........))).))))).......................................(((.((((((....((((....(([[[[..[[[[[.((.....<<))((....))..>>))......)))).....)))))).)))....]]]]]..]]]]HH...........((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))...CC........))))))).))...............((....))..)))))........((((.....))))..................))))))))))).............((((ii.....))))..................................(((((((((((((.................II..................(((.......))).....)))))))))))))..((((....))))..(((((((((((((((((((.(((((...............((((((.......((((((...............................)))))).......................{{{{{{))))))......(((((....)))))..(((((((..((((((((((((....(((...((((.((..((.(((....)))..))..))))))...)))...)))......)))))).)))....))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))......}}}}}}.......(((((((((((................(((((..((((..........(((((.(((((.......))))).))))).......((......))..........))))..))))).............(((((.................(((((((((((((((....)))))))..............(((...fffffff..((((((((....))))))))fffff...)))..............................(((((((.....)))))))..................(((((((...((.....)).)))))))...............(((...(((....)))...)))........(((((........)))))....(((((((((.......((((((................((((((((......))))))))...........((((((((((((.((.....)))))))))))..)))...............((((((.....))))))..................FFFFF.......))))))........)))))))))...................FFFFFFF.....((((.....))))...........(((..((((((((.((...............(((((...............)))))((((((((((((...(((.....)))....)))))))))))).........((((((((((.....(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(((...((((((..((((..((((((((((..((....))...)))))..)))))))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..........))).(((((.......)))))..........))))).....))))))).))).)).)))))))).)))..............(((((((....)))))))...))))))))...........)))))..........)))))))))))......))))).)))))))))))...))))))))((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......................(((((((..((((((((((.......................((((((((((((.......((..((.(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....)))))))..................)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......)))))))))).....((((..........))))...............aa))gg))..(((((.((((((...GG((AA.......)).)))))).))))).....((((((((((((....)))))))).))))...))))))))))))...................(((....(((((((....))).)))).ee)))................................EE................))))))))))....))))))).(((...bbbbbbbbbbb))).BBBBBB..BBBBB.................((....(((((...........)))))....))......................(((((.....)))))....(((((((((.......))))).....(((((((..((...((((((....))))))..))...))))).))....)))).....))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..............(((....))).......(((..((((((....(((((.((((.((.(((....(((((((((((((.((((.....)))).((((((((((((.....(((....))).((((((....))))))...((((((((.........))))))))((((((.((.(((((.(((..........))).))))).)).........(......)...................((....(((......)))....)).............((((((((((((......((((((....(.((((...((((((((.(...........................((.((((((((.........))))))))..)).(((((((....))))))).................((((((............((((((((.((...(((.........((((.....))))............)))....)).)))).)))).....((((..(((((.....)))))..)))).................))))))....((((((((((((((..(((((..(......).)))))...((.....))..((((.....)))).....)))))))))))))).((((....))))...((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((........)).))))).)).))))))))).)))......((((.....)))).(((((........)))))......(((((....)))))..(((((((..(((((((((.....(((....(((.((((...((.((((.....))))..))...)))).)))..)))......)))))).)))....))))))).....(((((((((........)))))))))....(((......))).((((((.((((..........))))))))))..........((.((((((..(((((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))..((..(((......)))..)).))))))))..))))))))......)..))))))))...))).).)......)))))).(((((((....)))))))......))))))))))))..(((......)))(((((....)))))...(.((..(((((((((((...((((......)))).((((..(((((((.....))))))).(((...........))).((((((...((.....)).))))))....)))).((((((.(((...(((....)))...)))..))))))..(((........))))))))))))))..)).).................(((....)))((((((((......))))))))...........(((((((((((..((.....)).))))))))..)))...............(((((((...)))))))...(((((....(((....((((.....(((((....)))))..((..........)).........(((......))).....((((.....))))....((((((((....))))))))..))))...))).....)))))(((..((((....))))..)))(((((((((((...(((.....)))....))))))))))).((.......((((((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((.(.(((.((((((..((((..(((((((((((.((....))..))))))..)))))))))))))))..))))((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....))))))..........)))))..)).))))))).).(((((.....)))))................((((((......)))))).....(........(((.......)))).......................)).....))..(((((....)))))...(..((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))))........)........(.(((.(((((((..((((((((((......((((((..((((.((.((((((((.((((...))))((((((((((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..))............)))))))..(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).(((.((((((((((((....)))))))).)))).)))..((..(((((.....)))))......)).(((....(((((((....))).))))...)))...)))))))).))))))..))))))...(((.....)))..........))))))))))....))))))).))).).(((((((((((....))))))..))))).......................(((((...........))))).....))))))......))))))))..))))....))))))))))))).....))).)).)))).)))))...(((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)).))))))..))).))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..............(((....))).......(((..((((((....(((((.((((....(((....((((((((((((((((((.....)))).((((((((((((.....(((....)))(((((((....))))))).(((((((((ccc..cccc)))))))))(((((....(((((.(((..........))).)))))..........(((......)))...........(((...(((.......(((..............(((.......hhhhhhhhhhhh....)))fffff....ffffff)))bbbbbbb..)))............................((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))........<<<<<<<..<<<<<<.........)))((((((((......(((.........((((.....))))............))).......)))).)))).....((((..(((((.....)))))..))))......(((((......>>>>>>....((((((((((((((..(((((.((......)))))))..............(((((...))))).....)))))))))))))).((((....))))...((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((..............))))).)).))))))))).)))......((((.....)))).(((((........)))))......(((((....)))))..(((((((..(((((((((.....(((....(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))).)))....))))))).....(((((((((((....)))))))))))....(((......))).(((((..((((..........)))).))))).>>>>>>>..((.((((((..(((((.(((.....(((((.(((((.......))))).)))))......(((......))).....))))))))..))))))))..........BBBBBBB...FFF.FFF......FFFFF..(((((((....)))))))...(((HHHHHHHHHHHH...(((aaa.)))((((((.eee))))))........(((((((((((...((((......)))).((((..(((((((.....))))))).(((...........)))(((((((.............)))))))...)))).((((((.(((...(((....)))...)))..))))))..(((........)))))))))))))).......................(((....)))(((((((((....)))))))))...........((((((((((((.((.....)))))))))))..)))...............(((((((...)))))))...(((((...((((.((.((((.....(((((EEE.)))))..(((........))).........(((..AAA.))).....((((.....))))....((((((((....))))))))..)))).))))))....)))))((((.((((....)))).))))(((((((((((...(((.....)))....)))))))))))...........(((((((((((..(((((.....)))))..(((((((.....(((....))).......))))))).(((((.(.(((.((((((..((((..(((((((((((...........))))))..)))))))))))))))..))))(((((((....).))))))..((((.......ddd))))((((((.....)))))).......DDD)))))..)).))))))).))(((((.....)))))................((((((...{{{)))))).}}}.........((((.......)))).....)))..........................(((((.ggg)))))GGG(((((((((((((...((((((((....)))))))))))))).))))......)))........[[[[[.[[[[[[[[.[[[[[[[[[[.....(((((((..((((.((.(((((((((((((...))))((((((((((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....)))))))..................)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....)))((((.....))))((((((((((.......)))))))))).....((((((.....)).))))................)))))))..(((((.(((((((....(((((...)))))))))))).))))).(((.((((((((((((....)))))))).)))).)))..((((((((((...))))))....)))).(((....(((((((....))).))))...)))..))))))))).))))))..)))))).)((((.....))))...))))).]]]]]]]]]]]...]]]]]]].]]]]]((((((((((((....))))))..))))))....CCCCCCC...........(((((...........))))).....))))).......))))))))..))))...)))))))))))))).....)))....)))).)))))..((((((((.(.....((((((....))))))......)))))).)))))))))..))).))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......((.((...(((....))).))))..(((..((((((....(((((.((((.((.(((....(((((((((((((.((((.....)))).(((.((((((((....((((....))))((((((....)))))).((((((((((.........)))))).(((((((.((.(((((.(((..........))).))))).))..................(((((((((.(((((((((((..((..(((.((((.....((((((..((((((.(((...(((.((....)).)))......(.((((....)))))...)))...))))))..))))))...((((((..((((((((.........)))))))).....((((((......))))))..(((((((((..(((......(((((.((((((....((....))....((((.......((((((((.((((............((((..(((.((((((...((((.(..(..(((((.....)))))..)..)..((((..........))))..((.(((.......))).))..))))...)))))).))).(((...((.....))..)))....)))).(((((((((((.(((((((..((((....))))..((((.((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((........)).)))))..).))..))))((((.......((((.....)))).(((((((((..(((..(((.....(((((....)))))..(((((((..(((((((((.....(((....(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......))))).))))....))))))).....((((((((..(....)..))))))))...)))..)))........((((((....(((.((....((((((((((..((((((((...(((((..((((.....)))).(((((.(((((.......))))).)))))................))))).(((((((.(((((((.((((.........((..(((((.........((....((((..(((((((....))))))).)))).)).((((((((...((((.(...((..((((....))))..))).))))..))))).)))...........)))))..))....(((((((.....))))))).((((.....((...(((((((.(((..((((....))))..(((((.(((((((.....(((.(.(((....))).).)))..((((..(((((........)))))..(((((((((((..((...((((((...((((((...(((.(((((((((....))))))))).........(((((.((((((((.((.....))))))))))...(((....)))....((..((((((.....))))))...)))))))..)))..)))))).......)))))).....)).))))))))))).......))))))))))).((((((.(..((((.....))))..).))))))....)))))..))).))))))).)).....)))).))))..((((....))))...(((((((((((((...(((.....)))....))))))))))).)).......))))))))).)))))))))))))....((((.(.((.(((...(((....)))...))).))).))))..(((.(((...((((((..((((..(((((((((((.((....))..))))))..)))))))))))))))...))))))..)))))))))))).)))...((.(((..(((((..((((((.....))))))..)...))))..))).))..)))))).)))))))))..))))..(.((((((........)))))).).))))....))))))))))))))))))......))))....(((((((((((.(((.((((((((((((..(((.((((.(.((.((.((...(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....)))))).).)))).)))..))))))...(((.((((((.....)))))))))...)))))).)))..))))).(.((((((((.(((((((((...........))))))).))..(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).)))))))).)..((((((((((.......))))))))))...........)))))).))))))))....(.....)....))))...).)))))))))).)))..)))))))))..))))))...)))).)))..((((((((((((....))))))).))))).))..)))))))))))...((((((.((((.((.(((....(((((((....))).))))...))).....))))))...........((((((...((((((((......((.(((.(((((((.(......)))))))).)))))..((((((....)))))).....))))))))...)))))).......))))))........))))).))))...))))))).))))))))))))....)))...))))))))))))).....))).)).)))).)))))..((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))))))))..))).))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...............................(((..((((((....(((((.((((.((.(((....(((((((((((((.((((.....))))..((.((((((((.....(((....)))(((((((....)))))))..(.((((((.........)))))).((((((..((.(((((.(((..........))).))))).))........................((...((((((........((((.(((((((.(((((((.(..(((...((((((((((((......((((((....((((((...((((((((((.(....).((((((................((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))........((((((((((.((((.((............((....))......((.......((((.....)))).....................((((((......((.((((....))))..)).........))))))....))....)).)))).(((((((((((((((((((..(((((..(.....)..)))))..............((((.....)))).....)))))))))))).((((.....((((((..((((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.((.((........)).))))).)).))..))))).)))..((........))..))))))...(((((((((((((......(((((....)))))....(((((..(((.(((((.....(((....(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))..)))....))))))))))..(((((((((........)))))))))....(((......))).....)))))))).))))...))))))).))).))))))).....((..((..(((((.(((......((((.(((((.......))))).))))...((..(((......)))..)).))))))))..))..))..)))))))).))))))))...))).)))......)))))).(((((((....)))))))......))))))))))))..((((....)))).)))..))))))))............................................(((((((.....)))))))((((....(((((.....(((((((...((.....)).)))))))...((((((......(((.(.(((....))).).)))...(((..(((((........)))))..(((((((((((.......((..((...((((((.......((((((((......))))))))...............(((((((............)))))))...(((....))).....(..(((((((...)))))))...).............)))))).......))..))........))))))))))).......)))..)))))).....))))).((((.....))))..))))..........(((((((((((.......(........).......)))).(((((.......(((((((((((...(((.....)))....)))))))))))...........((((((((..(((((((.............(((((((.....(((....))).......))))))).(((.(((((...((((((..((((..(((((((((((.((....))..))))))..)))))))))))))))...))))).)))......))))))).....((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).))...)))))).)).))))))))))))....................(.(........).)....((((((((.(((.((..((((((((((.(((..............(((((((((((..(((.((((.(.((.((......((((((((((...((((((((....)))))))))))))).)))).......)))).).)))).)))..))))))...(((.((((((.....)))))))))...))))).(((((..((((..(....((((((((((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....)))))))((...........))...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((..((.......))..)))))).......................................)))))))..((((..(((((((....(((((...))))))))))))..))))..)..((((.(((((((....)))))))..))))...))))..)))))........))).))))....)))))).(((((((....))).))))...))...)))))))))))................))))))).)))).......(((.(((((((.(......)))))))).)))....))))))...((((......(((............)))..........)))).........))...........))))))..)..))))))))...)).....))))))))))))).....))).)).)))).)))))..((((((((..((...((((((....))))))..))...))))).)))))))))..))).))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(((((((((((....(((((((((((((((((((........)))..((((((.(((...((((((..(((((........))))).(((((((..(((((....((((....))))((((((....))))))..(((((((((.........)))))))))......((.(((((.(((..........))).))))).))..............)))))..)).............(((.((((((....((((....(((...........)))((..(((.((....)).))).)).....)))).....)))))).)))....)))))..))))))....))).((.((((..((.........))..))))..))..((((((....)))))).))))))....)).))))))).))...............((....))..)))))........((((.....))))..................))))))))))).....((((((..(((((.....))))).(((.((..((((((((((...((..((((..((((((..(((((((..(((((..(.....)..)))))........(((((..(((....))).))))).)))))))..))))..((((....)))).(((((.((((((.((((((....((((((......))))))...(((((((((((.(((((((.(....(((........((((.(((.(((((((...((((...........(((((........)))))......(((((....)))))))))..((((((....(((..(((..(((..........))).((((....)))).)))..)))....)))))).)))))))....))).)))))))...))))))))...(((((((((........)))))))))....)))....(((((((..(((..((((..((((((((((((..((.....(((...((.((..((..(((((.(((....(((((((((.((....))))))).))))....((..(((......)))..)).))))))))..))..)))).........((((((((...........(((.(((((((((((((((....))))).(((((.....((((((((...((((.....((..((((....))))..))..))))..))))).)))...))))).(((((((........(((((((.....)))))))((((....(((((.....(((((((...((.....)).)))))))...(((((((.....(((...(((....)))...)))..((((..(((((........)))))..(((((((((((..((...((..((...((((((.......(((((((((....)))))))))....(((..(((((.(((((((..((....))..)))))))...(((....)))....((..((((((.....))))))...)))))))..)))..)))))).......))..)).....)).))))))))))).......))))))))))).....))))).((((.....))))..))))..........((((((.((((..((...((......))...))..)))).(((((.(((((((((((((((((...(((.....)))....))))))))))).))....))))..((((((..(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..(((((((((((.((....))..))))))..)))))))))))))))...))))).)))......))))))).....((..((..((((...((((((.....))))))......))))..))..))...))))))....))))).))))))))))).))..........((((((......)))))).))))))))))...)))..)).))))))..)))...))..))))))))....((((((..(((.((((...((.((.((...(((((((((....((((((((....)))))))).))))).)))).....))))))...)))).)))..)))))).......((((((.....))))))..)))).....((((((..((((.(((...(((((((.((..(((.............(((((((..(((((((((..(((((((.....))))))).....((......))...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).((((...(((..((((((..((.......))..)))))).)))..)))).....))))))).........)))..)).)))))))..((((..(((((((....((((.....)))))))))))..)))).))).((((((((((((....))))))).)))))...))))..))))))......))))..)))..)))))))......(((....)))..))))))))..))))))))))))......)))))....))..))))..))..))))))))))..)).)))...(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))))..)))).)))))..........))))))....(((((..((((....).)))....)))))....(((((.(((((.....)))))....(((((((((.......)))))....((((((((..((...(((((......)))))..))...))))).)))...)))))))))))))))))..