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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00511



RNA: CRW_00511
Rfam family: -

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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((.((((((((((((((..........))))..........................((((((ccccccccc..................))....((((...((((....))))((((((....))))))..(((((....)))))(((((.((((((..................(((((.........(((((......)))))((((((((((...........(((......)))....((((((((((((((.......((((((....))))))......((((.......)))).........))))))))))))))............((((((((.........))))))))......(((((......)))))..............((..(((((((((............((....))...((..........((((.....))))....................................((((..((((....))))..))))....))........)))))))))..)).(((((((((((((..(((((........((....((....))....))......)))))........)))))))))))))........(((((((..((((((((((((((((.....((((((......))))))......))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))))(((.....)))......))))))).....................))))))))))....(((((..((....)).....)))))..................)))))...)))))).)))))...............(((((((...........))))))).......<<<...<<<<<<<<<..<<<<<<<<<<..(((......)))...(((((((.....(((((.........(((((..................................((((.(((((.......))))).))))...............................(((((.((............((((((((.......................((((((....))))))................................((((({{{{)))))............................................(((((((.....)))))))...................(((((((..((.....)))))))))......................(((....)))..............(((((........)))))........................................(((((((((((....)))))))))))..(((....((((((((((((...........))))))))..))))....))).......((((((....))))))...................}}}}......))))))))..............)).)))))(((((((.(((......)))..))))))).(((((((((((..(((((((....)))))))...(((((((.......))............((......((.(((((..........)))))))............((((((.((((..((((.........))))..)))))))))).........(((((((((...(((....)))...))..))))))).......(([[..((((((..((((.......(((((..((....))...))))).......))))))))))....))((((((.......))))))))((((..........)))).aa]]....)))))AA.......(((((((((.(((..((((...((((((((......(((((((((..........((((((......)))))).......(((((..(((bbbb...))).....BBBB....)))))..........)))))))))(((((.....)))))....))))))))....((((((((....))))))))......)))))))...))))))))).......))))))))))).........))))).......))))).....)))))))............<<<<<<<(((((((...........))))))).......<<<<<<....<<<<<..)))).>>>>>....................>>>>>>....((((..(((......)))..)))).(((....))).............((((((((((.......)))))))))).......................................>>>>>>>...........>>>>>>>>>>..>>>>>>>>>....>>>CCCCCCCCC..((((((((((........)))))).))))..))))............................(((.((((.(((((....))).)))))).))).)))))))))).)))))((((((((........(((((((...............))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........)))))))).((((.....))))....(((((((((.......))))))....(((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)).....))).....))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((.((((((((((((((..........)))).........(..((......)(.....(((.(((((((((((......((((.....((((.(((((((((.((((....))))((((((....))))))..(((((....))))).......((((.....(((......)))....)))).......((((((......)))))).(((((((((((........(((......)))....((((((((((((((.......((((((....))))))......((((.......)))).........))))))))))))))............((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))....)))))))).((((((((.((.........((....))...............(((((...))))).((.........))..........(((.........((((..((((....))))..)))))))........)).)))))))).((.(((((((((((((((..((((..((.....))..))))...((.....))..((((.....))))....))))))))))))).)).))............(((((((((((((((.....((((((......))))))......))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))..((((...(((((((..((((((.....))))))...........(((((....)))))(((((..((((...))))..)))))........((.(((((..((.((((.....))))..))..))))).))...(((((((((.((.....)).))))))).))...(((((((((........)))))))))....(((......)))..((((((.(((...((((((...((((.(((.....((((((....(((...(((.(((....))).((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))....(.(((.((((((..((((.......((((.((........)))))).......((((..((((((....)))))).)))).........(((...((((........(((((....))))).....))))..)))..))))....)))))).))).)........(((((((.....))))))).)))......)))...))))))....))).)))).))))))..))).(((((((((((..(((...(((....)))....)))........((((........))))..((((((((((.((((........))))....(((((((.(((((((((((....)))))))))))..(((....((((((((((((...........))))))))..))))....))).......((((((....))))))....(((.((....)).)))....(((.....)))................))))))).(((((((.(((......)))..))))))).(((((((((((.((((((((....))))))))..((.((((.......)))).))((..((((((.....((.(((((.((....)).))))))).......((...((((((.((((..((((.........))))..))))))))))....))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).....(((((.(.((((((..........((((....)))).........(((((.....))))).))))))..))))))((((.......)))).))))))...)).....((((.((((((.....))))))......(((((((((.(((..((((((.((((((((.....((((((((((.......................(((((.......((((..((((.......)))).............))))...)))))..))))))))))((((((.....)))))).))))))))....((((((((....))))))))...)).)))))))...))))))))).))))..)))))))))))..((...((((....))))..))..)))))))))).)))))..))))))..))))))(((((((...........)))))))......)))))))...))))..))))))))))))).....))))..((((....))))......((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).((..((((..........))))..))......((((((((((((...((.......))...))))))))).))).........))))))))))).(((((((((((......)))))).)))))..))).....)((((.....)))))..)......(((.(((((.((((....))).)))))).))).)))))))))).)))))((((((((..((((..(((((((..((........)).))))))).(((((.(.((((...(((((((((((....))))))..)))))...))))))))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))((((((...))))))...(((((((((.......)))))))..((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).....)).....))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....(((((.((((((((((((((..........))))......................(((.((((.(((((((((((((....((((.....((((.(((((((((.((((....))))((((((....))))))..(((((....))))).......(((((((.........)))......)))).......((((((......)))))).(((((((((((........(((......)))....((((((((((((((.(((...((((((....))))))......((((.......))))...)))...))))))))))))))............((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))....))))))))(((((((((.(((..(((..........................(((((...)))))(((.........)))........((((.........((((..((((....))))..))))))))...)))))).)))))))))...(((((((((((((((..((((.............))))..............((((.....))))....))))))))))))).)).....((((((...((((((((((((((.......((((((......))))))...........(((.(((((.(.....))))))))).)).))))))))))))(((.....)))[[[[...)))))).....................(((((....)))))(((((..((((...))))..))))).......(((.(((((..(((((((.....))))).))..))))).)))..(((((((((...........))))))).))...((((((((((......))))))))))....(((......))).....(((.(((...(((((((..((((.(((.....((((((....(((...(((.(((....))).((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))......(((.((((((.(((((......(((((.((........)))))))......((((..((((((....)))))).))))........((((...((((........(((((....))))).....))))..)))).)))))...)))))).)))..........(((((((.....))))))).)))......)))...))))))....))).)))))))))))..))).(((((((((((..(((...(((....)))....))).......(((((........)))))(((((((((((.((((........))))....(((((((.(((((((((((....)))))))))))..(((....((((((((((((...........))))))))..))))....))).......((((((....))))))...((((..........))))...((((...))))................))))))).(((((((.(((......)))..))))))).(((((((((((.((((((((....)))))))).....((((.......))))..(((.((((((((....((.(((((..........)))))))......(((...((((((.((((..(((((......).))))..))))))))))....)))..(((((((.....(((....))).......))))))).....(((((.(.((((((.........(((((....)))))........(((((.....))))).))))))..))))))(((((....).))))))))))).).)))...(((((.((((((.....))))))....(.(((((((((.(((..((((((.((((((((.....((((((((((................(((....<<<<<<......<<<<<.((((.......)))).....)))....>>>>>..>>>>>>..))))))))))((((((.....)))))).))))))))....((((((((....))))))))...)).)))))))...))))))))))))))).)))))))))))..(((..((((....)))).)))..))))))))))))))))..))))))..)))...(((((((...........)))))))......]]]]............))))))))))))).....))))..((((....)))){{{{..((((..(((......)))..)))).(((....)))(((((...)))))((((((((((.......)))))))))).....((((((.....)).))))..........((((((((((((.................))))))))).))).......))))))))))))).((((((((((((....)))))))).))))..)))).)))((((((...))))))....}}}}.(((.((((.(((((....))).)))))).))).)))))))))).)))))(((((((((.((((..(((((((...............))))))).(((((.(.((((.(((((((((((((....))))))..))))).))))))))))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))((((((...)))))).....(((((((.......)))))))..((((((((........(((((....)))))........))))).)))............))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((..(((((..(((((((..........)))).......(.(((((((....(((((.(((((.(((((((((..(.((.((((..(((((.(((...(((...(((((...(((.((((((....))))))..(((((....)))))........))).((..((...))..))....))))).)))...(....)..))).)))))((((((((((((.((((...((((....((((.....((..((((((((((.(((...((((((....))))))......((((.......))))...)))...))))))))))..))......((((..((((((((.........)))))))).......((....))...))))..)))).......(((..(((((((((............((....)).....((((((....((((.....))))...........................((((..(((((....((((....)))).))))))))).))))))...)))))))))..)))((((..(((((((..((((..((.....))..))))...........((.((((.....)))).)).)))))))..))))..))))..(((((((...((((((((((((.((.....((((((......))))))......))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......)))))))........)))).))......))))))))))..)))).))...............(((((.((((((((((((((((.(((.((..(((((((.((((...(((.(((...(((((..(((((...((((.......((((((.(((((((((........)))))))))............((((...(((((((.((..((((((..(((...(((((.(((...........((..(((((......((..((((.(((((.......))))).))))...))..(((((.....(((((.(((((((((.((((.(((((........(((((((.....((((((.(((......)))((((((....)))))).))))))....)))))))....)))))..))))...(((((.((((((((((.(((((.....((((.......((....))........(((((((.....))))))).(((((..((((...))))(((((((..((.....))))))))).....)))))......))))..(((....)))......)))))...)))))))))).)))))......))).))))))))))).....((((((..(((..((((((((((((((....)))))))))....(((....((((((((((((.(........)))))))))..))))....))).......((((((....))))))....)))))...))).((...))........))))))..))))).....)))))..)).(((((((.(((......)))..))))))).(((((((((((.((((((((....))))))))..((((((..((......)).(((.....(((((((..((.(((((.((....)).))))))).(((..(((...((((((.((((..((((.........))))..))))))))))....)))..(((((((((...(((....)))...))..)))))))...(((((((...((((((..((((.(((.(.(((((..((....))...)))))).)))..))))))))))...)))((((((.......))))))...)))).)))...))))))).)))...))))))..((((...(((((((((.(((..((((((.((((((((.....((((((((((........(((........))).((((((......(((((.((((.......))))............)))))..))))))..))))))))))((((((.....)))))).))))))))....((((((((....))))))))...)).)))))))...)))))))))))))...)))))))))))..)))....))))).)))..))))))..)).))))))).(((.....))))))).))))))))))...))))).)))))..))))))(((((((((..((((.((.(.(((((....)))..)).).)).)).)))))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((....(((..((((((((((.......)))))))))).)))...)))....)))).)))))))......(((.......)))...)).))).)))))).))))))))))...)))))..)..)))))))))..(((((((((((......)))))).))))).))))).))))).........)))))))).....(((..((((..(((....)))..))))..))).)))..)))))..))))((((((((.((((...(..((((..((.(....).)).))))..).(((((.(.((((...(((((((((((....))))))..)))))...))))))))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))(((((.....)))))...(((.(((.(....).))).(((((....(((((..((....(((((....)))))...))...)))))..))))).))).....))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((..(((((..(((((((..........)))).........((((((.....((((..((((..(((((((((.......((((.((..((((..((((((((..(((....))).((((((....)))))).........((((...(((((.((((((................(.(((((.................(((((...((((((((((((.((((...((((....((((.....((..((((((((((.......((((((....))))))......((((.......)))).........))))))))))..)).......((...((((((((.........)))))))).......((....))....))...)))).......(((..(((((((((............((....))...............(((((...)))))....................................(..(..((((....))))..)..)..............)))))))))..)))((((..(((((((..((((..((.....))..))))............(.((((.....)))).)..)))))))..))))..))))..(((((((((.(((((((((((((((.....((((((......))))))......))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((.(....).))..))..)))))))........)))).))......))))))))))..(((((((..((((...))))..)))))...))....)))))....))))).).)))))).)))))...(((.(((...(((((..(((((...((((.......((((((.(((((((((........)))))))))............((((...(((((((.((..((((((........((((..(((((..((.(((((...(((.....((((...((((.(((((.......))))).)))).........(((((((((((..(((((((..((((((((((....).))).((((..(.....((((((.(((......)))((((((....)))))).))))))....)..)))).))))))....((....))......))))))))))))))......))))...))))((....))........(((((((.....)))))))(((((....(((..(((((((.(((...((((.....((((((.(((.((((...(((((......(((....))).......((((...(((((........)))))(((((((((((((((.........(((((.............(((((((((....)))))))))....(((....((((((((((((.(........)))))))))..))))....))).......((((((....))))))................................)))))......))))))))))).(((.(((((((.(((......)))..))))))).......((....((((((((....))))))))..)).....)))....)))).))))...))))).....((.(((((.((....)).)))))))...)))).....((((((.((((..((((.........))))..)))))))))).........(((((((((...(((....)))...))..)))))))..)))))))))...(((....)))..))))..(((((..((....))...))))).))).))))))).)))...))))))))....))))).)).)))))...))))....(((((.((((((.....))))))......(((((((((......((((...((((((((.....((((((((((....................................((((...((.......))..............))))...........))))))))))((((((.....)))))).))))))))....((((((((....))))))))......))))......))))))))).)))))..(((((......)))))..............))))))..)).)))))))..((.....)).)))).))))))))))...))))).)))))..)))))).))))............)))))))).))))..)).))))....................((((..(((......)))..))))..((....))..............((((((..((.......))..)))))).....................................((((((((...((.......))...))))))))...............)))))))))..((((.((((((......))))))..))))..))))..))))..........))))))......(((..((((..(((....)))..))))..))).)))..)))))..))))((((((((....(...(..((((..((.(....).)).))))..).(((((.(.((((...(((((((((((....))))))..)))))...))))))))))...(((....(((((...........)))))....)))..)........))))))))((((((...))))))...(((..((.(....).))...........(((((..((....(((((....)))))...))...)))))........))).....))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((..(((((..(((((((..........)))).........(((((((....(((((.(((((((((((((((..(....((((.((..((((.(((((((((..(((....))).((((((....))))))......((((((((..(((((.((((((....(((......)))..(((((...((.......))...((((((..((((((((((((.((((...((((....((((.....((..((((((((((..(((..((((((....))))))......((((.......)))).....))).))))))))))..))......((((..((((((((.........)))))))).......((....))...))))..)))).......(((..(((((((((............((....)).....((((((....((((.....))))...........................((((..(((((....((((....)))).))))))))).))))))...)))))))))..)))((((..(((((((..((((..((.....))..))))...........((.((((.....)))).)).)))))))..))))..))))..(((((((...(((((((..(((.((.....((((((......))))))......))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......)))))))........)))).))......))))))))))..(((((((..((((...))))..)))))...))...))))))....)))))...)))))).)))))...(((.(((...(((((..(((((...((((.......((((((.(((((((((........)))))))))............((((...(((((((..(..((((((..(((((.((((..(((((..((.(((((...(((.....((((...((((.(((((.......))))).)))).........(((((((((((..(((((((..((((((..(((.....))).((((..(.....((((((.(((......)))((((((....)))))).))))))....)..)))).))))))....((....))......))))))))))))))......))))...)))).(((.....)))....(((((((.....)))))))(((((....(((..(((((((..((...((((.....((((((.(((.((((...(((((.((...(((....))).......((((...(((((........)))))(((((((((((((((((.(((((...((.....(((....(..((((((((....))))))))..)..(((....((((((((((((...........))))))))..))))....))).......((((((....))))))....)))......))...))))).((((...))))...)))...)))))))))).(((.(((((((.(((......)))..))))))).......((....(((..(((....)))..)))..)).....)))....)))).)))).))))))).....((.(((((.((....)).)))))))...)))).....((((((.((((..((((.........))))..)))))))))).........(((((((((...(((....)))...))..)))))))..)))))))))...(((....)))..))))..(((((..((....))...))))).))..))))))).)))...))))))))....))))).)).)))))...))))....(((((.((((((.....))))))......(((((((((.(((..((((((.((((((((...(((...((((((...((((....(((((((((..((.(((....))).))...((((.......))))....))))))...)))))))))))))...))).((((((((.....)))))))).))))))))....((((((((....))))))))...)).)))))))...))))))))).)))))..(((((......)))))...)))))......))))))..)..))))))).(((.....))))))).))))))))))...))))).)))))..)))))))))))).))........)))))))))))))..)).))))...(((....(((.((((..((((..(((......)))..)))).(((....))).(((....(((..((((((..((.......))..)))))).)))...)))...))))..((((.......))))..(((((((((...((.......))...))))))))).))))))....)..)))))))))..(((((((((((......)))))).))))))))))).))))).........)))))))......(((..((((..(((....)))..))))..))).)))..)))))..))))((((((((...(((((...))))).......((((...........(((((.(.((((...(((((((((((....))))))..)))))...))))))))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))(((((.....)))))...(((((((((.......))))))...((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))....))).....))))))))..