CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00512



RNA: CRW_00512
Rfam family: -

UAAAGUAAAUGUAAUAAGGGCAUUUGGUGGAUGCCUUGGCACUAGAAGGCGAUGAAGGACGUAAUACGUUGCGAUAAGCUUCGGGGAGUUGCGAAUAAACUUUGAUCCGAAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCACCUAAUUUGUUAGGUAUUAUAUAGUCAAUACAUAGCUAUAUAAGGCGAACCCAGCGAACUGAAAUAUCUAAGUAGCUGGAGGAAAGGACAUCAACCGAGACUCCGUUAGUAGUGACGAGCGAACGCGGACCAGGCCAGUGACUUCAAAAAAAUAACUAAAACAAUAUGGAAAGAUUGACCAUAGAGGGUGAUAGUCCCGUAUAGGUAAAAAGUUUGAAGUUUUUGAGUAAGGCGGGACACGUGAAAUCCUGUUUGAACAUAGGGGGACCACCCUCUAAGCCUAAGUACUCUCUAGUGACCGAUAGUGAACAAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGUACCCCGACAAGGGGAGUGAAAUAGUAUCUGAAACCAAAUGCUUACAAGCAGUCGGAGCAAGCAUAUUUAUAUGUCUUGUGACGGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAGUUUAUCUAGCAAGCUUAAGCCGUUAGGUGUAGGCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGUUUAGUUAGAUGAAUUAGACCCGAAACCGGGUGAUCUAGCCAUGGCCAGGUUGAAAGCGGAGUAAAAUCCGCUGAAGGACCGAACCCACUACUGUUGAAAAAGUAGGGGAUGAGCUGUGGUUAGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACUCGGAUAUAGCUGGUUCUCCGCGAAAUCUAUUUAGGUAGAGCGUUAUAGCGAUUACCAUCGAAGGUAGAGCACUGAAUGAGCUAGGGGGUUCUACAGACUUACCAAACUCAAUCAAACUCCGAAUGUCGAUGAGUACAGCAUAGCAGACAGACUAUGGGUGCUAAGGUCCAUAGUCGAGAGGGAAAAAGCCCAGACCGCCAUCUAAGGUCCCUAAAUCAUGACUAAGUGUUAAAGGAUGUGAGAAGACCAAAACAACUAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUAGUCUAAAUAAGUUUUCUUGCGCCAACAAUGUAACGGGGCUCAAGUCAUGUACCGAAGAUGCGGAUUUAUGCAUUUAGCAUAAAUGGUAGCGGAGCGUUCCGUAAGCCUGUGAAGGUAAACUGUAAGGUUUGCUGGAGGUAUCGGAAGUGAGAAUGCUGACAUAAGUAGCGAUAAAGAAUGUGAGAAACAUUCUCGCCGAAAGUCCAAGGGUUCUUGCGUAAAGUUAAUCUGCGCAAGGUUAGUCGGCCCCUAAGGUGAGGCUGAAAGGCGUAAUCGAUGGGAAUCAGGUUAAUAUUCCUGAACCUAAAGGAUGUGACGAAAAUAGUAAAUUGUAUAGUCUUAUUGGAUUGAUUGUGCAGUGAAUAUUUUCCAGGAAAUAGCACCUUUAUUAUAGACCGUACCCAAAACCGACACAGGUGGACAGGUAGAGUAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACGAUGCUGAAGGAACUAGGCAAAUUACAUCUGUAACUUCGGAAGAAAGAUGACCUGUGUAUGGGCAACCAUAUGCAGGUGGCACAAGUUAGGGGGUAGCGACUGUUUAUUAAAAACACAGGGCUCUGCAAAGUCAAUAGACGACGUAUAGGGUCUGACGCCUGCCCAGUGCUGGAAGAUUAAAAGGAGGGGUGUAAGCUCUAAAUUGAAGUCCCAGUGAACGGCGGCCGUAACUAUGACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAUGGCGUAACGAUUUCCCCACUGUCUCCAGUAUCGACUCAGCGAAAUUGAAUUCUCCGUGAAGAUGCGGAGUUCCCGCGGUCAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUUGCACUGGUAUUAGAAAUCAAAUGUGCAGGAUAGGUGGGAGACUACGAAGCAGAGGCGUCAGCCUUUGUGGAGUCACUCUUGAGAUACCACCCUUUUGGUUUUUGAUAUCUAACCGAGACUCUUGAAUCAGGGUCCGAGACAAUGCAUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCCAAAAAGUAACGGAGGCGCGCGAUGGUUAGCUCAGGUUGGUCGGAAAUCAACUUUUAGAGUGCAAUGGCAUAAGCUAGCCUGACUGCGAGUCUGACAAGACGAGCAGAGACGAAAGUCGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCCGAGUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGAAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUGAUUUCCAAGCGUCCAUAGCGACGAAAUCGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGGAGAAGGUCCCAAGGGUUCGGCUGUUCGCCGAUUAAAGUGGUACGUGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGUGUAGGAAGUUUGAGAGGAGCUGCCUUUAGUACGAGAGGACCGAGGUGGACGUACCCCUGGUGGACCAGUUGUCGUGCCAACGGCACAGCUGGGUAGCUAAGUACGGAAGGGAUAACUGCUGAAUGCAUCUAAGCAGGAAACCCACCUCAAAACUAGACUUCCCCAUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAUUGAUUUACUUUG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((.......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.ii.iiii)))...I.(((((((..(((III.II.))).....)))))))...))))...(((....)))((((((....)))))).(((((((((.........))))))))).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((....(((((((((.......(((...(((((......)))))(((...).aaa.....))AAA...)))........)))))))))........(((((((((.......)))))))))......(((((..<<<<)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((((((....)))).)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((....)))..))))...((....)).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((.((..(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).)....))))))).))).)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....e.eeeeee...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))........)))))))))))))............))......EEEEEEE)))...)))))))((((((((.....))))))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((ffff.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((.(((...(((((((....((((.((((((..........)))))).))))...)))))))........).)))))))).....)FFFF..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((((((((....))))))))))))(...).......(((((((((..((g....(....G))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((....))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ddddd..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).DDDDD))))))))))))))))))...(((.((((((......))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))(({{....{{{{{{((.((((((.......))))))....)){{)(.(((}}....}}}}}}....(((((((([...(..])))))))).(((....))).}}))).).....(((((((.((..>>>>..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...hhhhhhhh..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...HHHHHHHH...(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..((((...((((((...((.((((.((((..((....((((..(((((....))))).....((((((((((((.......)))))...)))))))..(((((...(((....)))..((((....))))...(((((((((.........)))))))))(((..(((((((.(((((...(((((((((((..((((....((.......))....))))...................((((((...(((((((....((..........(((........)))...(((((....(((((((((...(((((((.....((((((.(....).))))))......)))))))........((((((......))))))....))))))))).((((...(((((.....(((((.((.(((........((....))((((((((.......((((.....))))........(((((.((....)).)))))........((((..(((((((((....)))).)))))..)))).)))))))).))).)).))))).....((((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))(((((....)))))...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))))))))..))))))))).......))....))))))).))))))....)))))))))))...((((...((..(((((......))))).))....)))).((((((((.((((.(((((((.((..(((((.....((((((.....))..))))........(((((..(((((((((........)))))))))...(((((..((((((((............((((((.......((((.....))))..((.((..(((((((.......(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))..))))...........))))))....((((((((((......(((((((((((.....))))))))..((((.((((.(((((...((((.(...((((((((....))))))))).))))..)))))..((....((((((((............(((((((.....))))))).(((((..((((..(((((((((((((.........)))))))))...(((...(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..(((((........)))))...((((((.(((...(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))).........))))))))).....)))...))))...(((......)))))))................((((((((.((((.((((((((.((.((((.(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((....)))))))))))).)).).)))).((((.(((.(((((((.............((((((((....(((.......)))...)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).)).....)))).....)).))))))))..(((((............(((((.....(((((.....))))).....)))))....(((((.(((((((((((((.(((.((((..((((((((((((((((.....(((....((((....))))...((((((((....))))))))((.(((........))).))..)))))))))))))))))))....((.((((((......))))))))......)))).)))..))))).......(((((((.((((.(((........(((((.(((.((..((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).............))))).)))))..)))..)))).)))))))........))))))..))))))).......)))))...))))))))))))....((((.....)))))))))......))))))))...))....(((((((((......)))))).))))))).))))....))).......)))))))))).)))))))).(((((((....))).))))..))))).)))))..)))))...)))))))))))))..((..((((..((.(....).)).))))..).)...))))))))....)))))...(((((...))))).))))))).))).....)))))(((....(((((...........)))))....)))..............))))))..)))).)))).))....))))))......((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...)))).))))))))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.....((((((((((.....(((..(((((((((((((.........(((....((((((......(((((((..(((.......))).....))))))).(((((....(((....)))((((((....)))))).(((((((((.........))))))))).......(((((.....((....))......))))).)))))(((..((....))...))).......)))))).......)))....((((.............................(((((..(...)..)))))(((((((...(((((((.....((((((........))))))......)))))))........((((((......))))))....)))))))...))))..)).)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....))))))))))....)))((((..(((((((((....)))).)))))..))))...((((((((((.(.(((.((((..((..(((((((((((..((((...((....))...))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))).....((...(((......((((((((((((..((((....(((((......))))).....))))....((.(((((........))))).))....)))))))))))))))....))....((((((...(((...(((((..((((.....((((.....(((((.((......))..)))))...........(((((((...((.....((((((.....((..............)).)))))).....))...............((((...((((((((((......))))))))))............((.((((((.((......))(((((((.....((((.((((..............................(((((.(((((.......))))).)))))......(((......)))))))))))............((((.(((...............(((((((.......((....(((...(((((((.....))))))).....)))...))(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..))))).............................((((((.....))))))..(((....((((.......((((((((.........))))))))....(((((.(((...(((...(((....)))...)))...)))...((((........))))(...((((((.(((...((((((.....(((((((((((..........)))))))))))....)))))).........)))))))))...)...............)))))......)))).((((.....))))..))))))))))..............................(((((...............)))))((((((((((((....))))))))))))))).)))))))))))(.(((..((((...........)))).))).).....(((....))).........))))))..)))))).)))))))...)))).....))))((((....)))).............(((((...(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)....((............)))))))...))))))))...................(((((........)))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...((.((((..((((((((((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).)))))))))))))))).......((((((......))))))........)))).))....))))..((((.....))))((((((...........)))))).......(((((((((.((((((.......))))))....))((......))....)))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).............(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))........)))))).))..))))))).).))))))))))...((((((..(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...((.....(((((...........)))))....))))))))..............((......(.(((((.......))))).)....))((((..(.....(((((....)))))....)...))))..................)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..(((((((.....))))))......((..............((((.....))))..(..((.((((((((((((.......)))))...))))))).)).)..(((((((((....((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((((((..(((((....))..))).))))).(....((.......))....)(((((..(..((.....))...))))))...(((...............................(((.........)))(((((((((...(((((((.....(.((((((.....)))))))......)))))))........((((((......))))))....))))))))).))).....((...(............).......))(((..........)))......(.((((.....)))).)..........(..........)((((....))))((((..(((((((((....)))).)))))..))))(((((((((((.......(((...)))((((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))))(((((....)))))..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))))(((((..((((..((..(((((((.((.(((((.((.((((....(((((....))))))))(.(..((...(((((((((.....(((...(((.((((.(.(((((((.....))))).)).).)))).)))..)))......)))))).)))..)).).)......((((((((((......))))))))))....(((......))).((((.........)))).(.....(((((((.(((......((.(((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))))))))..............)))..)))))))..((((((.(((((((((((((.....))))))))....((((((()))))))..(((((((..((((((((....)))))(..((((((.(((...(((((((((....(((...............)))(.....)))))))))))))....(.......(((((((((..(.....))))))))))....((((((..........))))))..........(..((((..(((((........))))).))))..))..(...((((((((....(((((((((((..........)))))))))))...)))))))..).......)))))))....)..............)))..))))))).....((((.....))))...................((((..........))))........))))).))))))..........((((((((((((....))))))))))))...........)(((........(((((.....)))))(.(((((((((...(((.......))))..)))))))))(((((.(((..(((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))..........)))))........)))..(((....)))..................(((..(((((((....)))))))))).((.((((.........)))).)).........(((((.(((.((((.(((..(((((.((((((.((.(((((..(((((((((((.(...((((((((....))))))))).))))..))........))))).))))))).)))))).))))))((.((((((......))))))))...)).)))).)))..))))).........(((..(((((((...........))))))))))...(((((((((((((((((.....))))))))...).((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).......).)).))))).))))))))).))..)))).)))))......)))))))))))..............((((((((((((...((.......))...))))))))).)))..........((((((((((((((((((((((......)))))).)))))(((((.....))))).....)))....)))))))).)))).(((((((....))).))))(((((.................(((.(((((.....))))).)))...........)))))((((((..(((((...((((.(.(((((((((((....))))..))))))).).)))).)))))....((.(..(((((...........)))))..).))))))))..........)))))))))))((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...)))).))))))))))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((.....))))))))...........((((((..[[[.......))))))......((((((((((((.......)))))...)))))))...]]]...((((....))))........((((.(((((.....[[[))))).)))).......]]]....(((((..(((..........))).)))))....................(((.[[[[...)))....]]]]..((((((...(((((((................(((........)))...(((((....(((((((((...(((((((.....((((((........))))))......)))))))........((((((......))))))....))))))))).((((...(((((.....(((((.......................((((((((.......((((.....)))).((((....((((..........)))))))).....((((..(((((((((....)))).)))))..)))).))))))))........))))).....((((((((((((((..(((((.(((....))).))))).......(((((..(((.....)))))))).))))))))))))))(((((....)))))...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))))))))..))))))))).............))))))).))))))...(((((((.(((((..(((....))).))))).....)))))))...(((...(((((.[[[)))))..)))..........]]]......(((.....[[[[.[[[)))....]]]....]]]](((((((((........))))))))).((((((......))).[[[[....)))..]]]].........((((.....)))).....(((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))))))............(((.[[[[..........)))....(((..((((((((.....))))))))....)))]]]].(((((...((((.....((((((((....))))))))..))))..)))))(((....[[[[[.)))...]]]]]....(((((((.....))))))).(((....((((..(((((((((((((.........)))))))))...(((...(((...(((...(((....)))...)))...)))....((((.....((((((.................(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))))))))).....))))........)))...))))...(((......))))))).((((.....))))..)))......(((..((((((((....((((..........(((((.....(((....))))))))((((((((((((....))))))))))))......)))).(((((....(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((.......(((((....))))).......))))))))))...))))).)))......)))))))........(((..((((.....(((((........)))))...))))..))).......)))))........)))))))).))).........(((..((((((......)))))))))(((.[[[[...)))...]]]]..((((....))))..............((((((((((((((((....(((((..[[[[[..((((.....((((((((....))))))))..))))..))))).....]]]]]..)))))))))))))))).......((((((......))))))......................((((......[[[..[[[[[[[)))).......]]]]]]]]]]...((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.......[[[[[...((((....)))).)))).(((.....)))............]]]]]......(((..(((((((((.....(((......)))))))))))).[[[[)))...]]]].((((((((((((.(((((((......)))))))..)))(((((.....))))).....)))....)))))).(((....(((((((....))).))))[[[))).....]]](((((.....((((((((..........(((((......)))))...(((((((.(((((...((((...((((((((...(((...)))))))))))...)))).)))))..........(((((...........))))).....))))))).....)))))))))))))......(((((..[[[[.)))))......]]]].(((......(((((....)))))..[[[[[)))........]]]]]................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..(((((((((((((((((.(((((((((((.((..((..(((.(((((....))))).....((((((((((((.......)))))...))))))).(((((....(((....))).(((((....)))))..(((((((((.........))))))))).......(((((..(((..........))).))))).))))).........(((...(((.((((....)))))))......)))....((.((((...((((....................))))...)))).)).(((((((((...(((((((.....((((((........))))))......)))))))........((((.((.......)).)))).)))))))))..)))..)).)).))))))).))))......((...((((..........))))....)).((((.....)))).........))))))...))))))))))).......((((..(((((((((....)))).)))))..))))(((((((((((......((((...))))(((((((((((((((((....(((.(((....(((((...((....))..)))))..)))))))))).))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((((((..((((..((..(((((((....(((((..((((((....(((((....)))))..(((((.((...(((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)))......)))))).)))..))))))).....(((((((((........)))))))))....(((......)))...((((.((((..(((........(((((((.(((((((..((.(((((((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........))))))))))))).......))))...)))..))))))).)))..))))))))((((((((.....))))))))....))))))(((((((...((((.....((((((((....))))))))..))))..))))).)).....((((((.(((..........(((((((.....))))))).(((...........))).((((((((.........)))))))).)))))))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).((....)).......(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))).(((........)))(((((((.((((.((((....(((......))).....))))........(((..((((.(((....((((((((..................(((((.....(((....))))))))((((((((((((....))))))))))))((.(((.((..((((.(((.(((((((.............((((((((....(((.......)))...)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).)).....))))))))))).)))))))).)))))))...)))....((((((......))))))..(((.(((((((((.......(((((((......(((((..((...))..))))).((((.((((((....(((((..(((((((((..((...((((((((....))))))))...))...))))......))))).)))))...)))))).))))..((.((((((......))))))))........))))).))...))))))))))))((..(((((((...........)))))))..))..((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....)))))))))))))).)))))...))))))).))..)))).)))))).....)))))))))))...((((.......((((((((((((...((.......))...))))))).))))).....((((......))))..(((((((((((......)))))).))))).((((.....)))).....(((......((((.(((((((.(((((((....))).)))).((((((.((((((.(((........(((((.....))))).(((((......))))).))).))))))(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..))))))..(((((...........))))).))))))).)))).......))).))))....(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((......)))))..))).))))).)))...)))).))))))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.......(((((((((((((((((...(((((((((................................((((((((((((.......))))))...)))))).........((((....))))(((((....)))))..(((((((((.........))))))))).......(((((..(((..........))).))))).............................................................((((((((.................((((.........)))).gg(((kk...kk)))..............)))))))).........(((((((KK.........))))))).....((..(((..KK)))GG)).............))))))).))...............((....))...............((((.....)))).........))))))...))))))))))).......((((..(((((((((....)))).)))))..))))(((((((((((.................(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((((((..((((..((..(((((((....(((((.((..........((((....)))).................((ll....((((((..............[[.[[))))))...]]..]]...llll.lllllll......lll..))..............LLL.((((((((((......))))))))))....(((......)))..(((((((.....((..(((...(((.((...............(((((((((((bb.....(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))))))((..........<<<<<.........................((((((((.....))))))))....................(((((((..((((((((cc..))))))))..............(((..(((((.((((.............ii)))).))...)))II))).................(((((((..((.....)))))))))................(((...(((....)))...)))........(((((........)))))................(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))).............................CC..........))))))).....((((.....))))..))(((..(((....((((((((.((...............(((((...............)))))((((((((((((....))))))))))))...........(((((......((((...........))))((((((.....(((....))).......))))))eeee....(((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...)))((((((.......))))))...(((..fff..fff)))...(((((........)))))....FFF..FFF.......))))).....)).)))))))).))).)))..........(((((((....)))))))......................>>>>>...................(((((.hhhhhhhhhhhh..hh.)))))........((((((((.....((((((((EEEE))))))))..)))..))))).............HHBBHHHHHHHHHHHH........aa)).)))...)))AA))...........)))))...LLLLLLL.LLLLddd))(((((((...........)))))))DDDLL.(((((((...(((((((.....))))))).......(((....)))...)))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).........)).)))))...))))))).))..)))).)))))).....)))))))))))..............(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))...........((((((....(((((((((((......))))))).))))(((((.....))))).............)))))).......(((((((....))).))))(((....................................{{{{{..............)))((}}}}}.(((((...((((...(((((((.(((jj..)))JJ.)))))))...)))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...)).........................((((.......))))........(((((........(((((....)))))........)))))................))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.((((..(((((((.....)))))))((((((((((((((.........((((......)))).....((((((((((((.......)))))...)))))))..((((....(((....)))((((((....)))))).(((((((((.........))))))))).......(((((..(((..........))).))))).)))).((.......))....((.(((((....)))))))......((........).).............................((.........)).(((((((((...(((((((.....((((((........))))))......))))))).........(((.((.......)).)))..))))))))).))))........))))))).))).............(((..........)))........((((.....))))........(((((.((....)).)))))........((((..(((((((((....)))).)))))..))))...((((((((((...(((.((((..(.(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......((((.....(((((.((((...((....((......(((((.((......))..)))))......))....))...)))).)))))..))))....(((((((.((...(((..((..............)).))).....(((.(((((..(((((((((........)))))))))...(((((..((((((((............((((((.......((((.....))))..((.(((((((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........)))))))))))))...........))))))....(((((((((..........((((((((.....))))))))....(((((....)))))..((((.....((((((((....))))))))..))))..(((...(((.........................((((((.....))))))))))))..............((((((((.........))))))))................(((...(((....)))...)))...(((..(((((........))))).)))...((.......(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...)))))))............)).......................((((((.(((((....((((.....))))....((((((.((((.((((((((.((...............(((((.....(((....))))))))((((((((((((....)))))))))))).((....))..((((.(((.(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..(..(((..((((...((((((.....))))))......))))..)))..).....)))).....)).))))))))..(((((............(((((.....(((((.....))))).....)))))....(((((.(((((((.(((((.(((.((((..((((((((((((((((...........(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..))))))))))))))))....((.((((((......))))))))......)))).)))..)))))..........((..(((((((...........)))))))..))..((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......)))))...))))))))))......((((.....))))....)))))...)))))).........((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).......))))))))).)))))))).(((((((....))).))))..))))).))))).)))......)))))))))...)..)))))))...))))))))))...(((((((.(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..........(((((...........))))).....)))))))....................(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((......)))))..))).))))).)))...)))).))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..(((((((.....)))))))((((((((((((((.........((((......)))).....((((((((((((.......)))))...))))))).(((((....(((....)))((((((....)))))).(((((((((.........))))))))).......(((((..(((..........))).))))).)))))...............((.(((((....)))))))......................(((((((.................................aaaaaaaaa...aaaaaaa.....aaaaaa.)))))))AAAAAA......AAAAAAA..............................AAAAAAAAA.))))........))))))).)))............((((bbb.bbbb..))))...(((.((((.....))))........(((((..........)))))........((((..(((((((((....)))).)))))..))))...((((((((((...(((.((((....((((((((((((((((((((.(((....))).))))).............((((.....))))..)).))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((.(.....))))))))).)).))))))))))).(((.....)))......((((.....(((((.((((.................(((((.............))))).................)))).))))).......ee.eeeeeee.ee...................................eee.eeeee..((((((((((......))))))))))...eeeee..eeeeeeee.((((.((((...(((((........(((.....)))...((.(((((((((((.......(((((((((.(((((.......))))).)))).......(((......)))..)))))........)))))))))))))...........))))).....dddddddddd.))))))))((((((((.....))))))))....(((((....)))))..((((.....(((((((([[[.))))))))..)))).(((...............................(((((((.....)))))))...)))............(((((((((.........)))))))))eeee...........(((...(((....)))...)))..((((..(((((........))))).)))).....(((...(((((((.(..(((((((((((..........)))))))))))..)))))))).{{{.....)))}}}.............]]]......eeeeee.eeeee....((((.....))))..eeeeeeee.eeee.((((((((.(((...........(((<<<<<.))).(((....)))>>>>>((((((((((((....))))))))))))(((....))).((((((((.(((((((.((........(.((((((((....(((....)))......)))))))))(((.(((((...((((((..((((.......(((((....))))).......))))))))))...))))).)))....)))))))))))).....(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).......)))))....))).))))))))..eeeee............(((((.....(((((.....)))))ccccc)))))....eeeee.eeeeeee.(((((.(((.((((....(((((((((((((............(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))...)))))))))))))......((.((((((.(...)))))))))......)))).)))..)))))CCCCC.........(((((((...........)))))))......((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....)))(((((...)))))eeeeee....)))).......EEEEEE............EEEEE..EEEEEEE.......EEEEE...EEEEEEEEEEEE((.((((.......)))))).EEEEE...EEEEEE........(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))EEEE..DDDDDDDDDD.EEEEEEEE.(((((((....))).))))..EEEEE.EEEEE.EEE......EEEEEEEEEEE....)))))))...))))))))))...(((((((.(((((...((((..((((((((((((....))))))..))))).).)))).)))))..........(((((...........))))).....)))))))...))).....BBBBBBB..(((((((((.......)))))....((((((((.(.(((..(((((......)))))..))))))))).)))...)))).))))))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..(((((((((((((((((.(((((((((((((((..(((((..(((....(((..(......((((((((((((.......)))))...)))))))..((((...((((....))))(((((....)))))..(((((((((.........))))))))).......(((((..(((..........))).))))).)))).(((..((....))...))).......)..))).)))..(((((......)).))).)))))...............((((.(....).))))....(((((((((...(((((((.....((((((.(....).))))))......)))))))........((((((......))))))....))))))))).))))........))))))).))))......((.....((....)).....))........((((.....)))).........))))))...))))))))))).......((((..(((((((((....)))).)))))..))))...((((((((((...(((.((((..(((((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))).(((((....((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))...(((((.((((...(((...(((((....))))).)))....((..(((((......))))).))...)))).)))))..)))))...(((((((.((..(((((.....((((((.....))..))))........(((((..(((((((((........)))))))))...(((((..((((((((............((((((.......((((.....))))..((.((..(((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........)))))))..))))...........))))))....((((((((((....(((..((((((((.....))))))))....(((((...(((((...((((.(...((((((((....))))))))).))))..)))))(..(((((.(((((.......((((....((((((.....)))))))))).....)))..)).)))))..)..........))))))))...((((((((((((...(((.(.(((....))).).)))...)))..(((((........)))))...((((((.(((...(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))).........)))))))))..((((.(((.((((....((((((((((((....((((.....))))..((((((((.((((.((((((((.((.((((.(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((....)))))))))))).)).).)))).((((.(((.(((((((.............((((((((....(((.......)))...)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..((((..((.(((((........))))))).))))..))).)).....)))).....)).))))))))..(((((............(((((((...(((((.....))))).))..)))))....(((((.(((((((((((((.(((.((((.((...(((((.((((((...((..((..(((((..((((.....((((((((....))))))))..)))).((....))...)))))..))..)).)))))).))))).((.((((((......))))))))...)).)))).)))..))))).((((....(((..(((((((...........))))))))))...((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).))))...(((..(((((((.((........))))))))).))).......))))))..))))))).......)))))...))))))))))))......((((....))))...))))).).))))))............(((((((......))))))).)))).)))))))..)))))))))..)))))))))).)))))))).(((((((....))).))))..))))).)))))..)))))...))))))))).)))..)))))))...))))))))))...(((((((.(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..........(((((...........))))).....)))))))....................(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...)))).))))))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..((((...((((((...((.((((.(((..............(((.....)))..................((.................................(((....))).(((((....)))))..((((((((...........))))))))(((..(((((((..((((................((((....((.......))....))))...................((((((...(((((((...........................................((((((((...(((((((.....((((((.(....).))))))......)))))))..............................))))))))..((((...(((((.....(((((.((..(.........((....)).(((((((.......((((.....))))........(((((.((....)).)))))........((((..(((((((((....)))).)))))..)))).)))))))...)..)).)))))......(((((((((((((..(((((.(((....))).)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))))))))..))))..................))))))).))))))..............................((((......)))).............((((((((..(((.(((((((.((............((((((.....))..))))........(((((..(((((((((........)))))))))...(((((..((((((((............((((((.......((((.....))))..((.((..(((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........)))))))..))))...........))))))....((((((((((..........(((((((.....))))))).............(((((...((((.....((((((((....))))))))..))))..)))))............................(((((((.....)))))))...................((((((((.........))))))))................(((.(.(((....))).).)))........(((((........)))))................(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...))))))).....................................((((((.(((((....((((.....))))..((((((((.((((.((((((((.(((((((.(((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((....)))))))))))).)).).)))).((((((((.(((((((.............((((((((....(((....)))......)))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...(((((....)))))...))..))))))))))...))))).)))......))))))))))..((.(((..((((...((((((.....))))))......))))..))).))....)))))....))).))))))))..(((((............(((((...(((((((.....))))).))..)))))....(((((.(((((((((((((.(((.((((..((((((((((((((((...........................((((((((....)))))))).........................))))))))))))))))....((.((((((......))))))))......)))).)))..))))).((((....(((..(((((((...........))))))))))...((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).))))....((..((((((..((........)).)))))).))........))))))..))))))).......)))))...))))))))))))....(((.......)))....)))))...)))))).............((((((......))))))...........................)))))))))).)))))))).(((((((....))).))))..))))).)))))..........))))))))))))....(..((((..((.(....).)).))))..).....))))))))....))))....((((.....)))).))))))).)))..........(((....(((((...........)))))....))).............))........))).)))).))....))))))......((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...)))).))))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..((((.((((((.((((((((.((..((...(((.(((...((((((((((.(((.((....((((((((((((.......)))))...)))))))...))))).((((....)))).............)))))))...)))....))).)))...))..))....(((((..(((..........))).)))))....)))).)))).)))))).....(((((((......(((..((((.((((..(((....(((.((((((...((((...((.((((((...((((((((......)))..)))))))))))..))....)))).....)))))))))..))).....(((((..((((.((((((...(((((((....))))))).((((...(((((.....(((((.((............((....))((((((((.......((((.....)))).((.....(((((.((....)).))))).....)).((((..(((((((((....)))).)))))..)))).)))))))).....)).)))))......(((((((((((((..(((((..((....))..)))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))))))))..))))...))))))..)))).....((((..((((((...((((....((((((..(((((.((...(((((((((.....(((...(((.((((....((((((.....))))..))...)))).)))..)))......)))))).)))..))))))).....(((((((((........)))))))))...(((((..((((((((............((((((.......((((.....))))..((.((..(((((((.......(((((.(((.(((((.......))))).)))........(((......)))..)))))........)))))))..))))...........))))))....((((((((((......(((((((((((.....))))))))..((((.((((.((((((((((((....((.....))...)))))))).)))).....(((.((((....((((((((............(((((((.....))))))).(((((..((((..(((((((((((((.........)))))))))...(((.......((((((..(((....))).((((((((....))).)))))...((((((..((....)).......(((((((....(((((((((((..........)))))))))))...)))))))))))))....)))))).......)))...))))...(((......))))))).((((.....))))..((((((((.((((.((((((((.((.((((..((......(((((.....(((....))))))))(((((..(((((....)))))..))))).))...)))).((((.(((.(((((((.............((((((((....(((.......)))...)))))))).(((.(((((....(((((..((((..((...(((((....)))))...))..)))))))))....))))).)))......))))))))))..((..((..((((...((((((.....))))))......))))..))..)).....)))).....)).))))))))..(((((............(((((.....(((((.....))))).....)))))....(((((.(((((((((((((.((..((((..((((((((((((((((.((((((((...((((....))))...((((((((....))))))))........)))))......)))...))))))))))))))))....((.((((((......))))))))......))))..))..))))).((((....(((..(((((((...........))))))))))...((((((((.((((((((.....)))))))).....((((....)))).))))))))...((((..((((....))))..)))).(((....))).))))...(((..(((((((.((........))))))))).))).......))))))..))))))).......)))))...))))))))))))....((((.....)))))))))......))))))))...)))).))).((((((......))))))....)))).))))....))).......)))))))))).)))))))).(((((((....))).))))..))))).))))))...((....(((((((((..........(((((......)))))...(((((((.(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))..........(((((...........))))).....))))))).....)))))))))))..))))..))))))..)))).))))).....))))...((((....)))).....))))...)))......))))))).)))).))))))))))))))