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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00516



RNA: CRW_00516
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.gg.gggg)))...G.(((((((..(((GGG.GG.))).....)))))))...))))...(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))).)).))....((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(((.((......)))))(((...).ddd.....))DDD...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..ffff)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....)).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).)....)))))).)))).)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....h.hhhhhh...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....HHHHHHH)))...)))))))(((((((...)))))))....))))))(.((((((((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((bbbb.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((.......((..((((((...((((..(((..(((((.((((((.........))))))((..((((...(((((((((((.((.....)))))))))....))))...))))...)).(((((((((....))))))))).)))))...)))...))))........)))))).))..)))))))))))BBBB..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((((((((....))))))))))))(...).......(((((((((..((<....(....>))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((....))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..eeeee..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).EEEEE))))))))))))))))))...(((.((((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ii....iiiiii((.((((((.......))))))...))ii)(.(((II....IIIIII....(((((((({...(..})))))))).(((....))).II))).).....(((((((.((..FFFF..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...aaaaaaaa..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...AAAAAAAA.(((....))).(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....)))).(((((((((.....(((..(((((((((((........((((((.....)))........(((((((..(((.......))).....)))))))...)))...((((....))))((((((......))))))....(((((((.........)))))))..........((.((......((....))......))))......................(((((......((.....)).....))))).((((....((((((((....))))))))......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((........((((.........))))...(((.......)))...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))........((((..(((((....)))))..))))..(((................))).....((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))..)...)))).)))))).((((.....(((((....(((((((((((..((((....(((((......))))).....))))...........((((........)))).....))))))))))).(((....)))........)))))....(((((((.((.........)).....((((....((((((((((....(((((.....(((...(((((((.....((((((.....))))..))....)))))))..)))......)))))..)))..))))))).....((((((((((......))))))))))............)))).....)))))))..))))............((((((......((.((((((((.(............(((((.(((((.......))))).))))).......((((......((((((((...(((......)))............(((((....((((..........)))).(((((((...))))))).........(((((((..((((((....(((((.((....)).)))))...)))))).......))))))).((((((((........((((((.......))))))..((((((..........(((((((.............)))))))..))))))((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........))))).((.((.....(((((...)))))..))))....................((((((.........))))))....(((((..((((.((((((..........)))))).....))))..)))))...(((((((.........)))))))...........))))))))..........)))))..))))))))....))))).))))))))..))..((((((((.(......((....))...(((...(..(((..(((((((....................((((....(....).....)))).(((((((((((......))))))))))).((((((....(((((..(.((((((...........)))).)).).((...(((....)))...))....))))).((((((..(..((((...........(((((((.....((....))...(((((........(((.........)))((((((.......)))))).....)))))...)))))))(((((.......)))))..)))))..))))))...........))))))....))))))).))).)....)))..).)))))))).............((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.(((((.((((((((..((((((((((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))))))))))))))....((.((((((.....))))))))......))))))))..)))))..((((.....))))((((((...........))))))........((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....((((..((((....))))..))))..........((((........))))(((((.((........)))))))..............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))...((((((((........(((((.......))))).......(((((.((.....(((((....)))))....))..))))).......))))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((..((((((((.((((((((....((..........(((.....)))........((((((((.(((.......)))....))))))))..........(((((((((((((((((......)))).........((((.........))))(((((....)))))..(....((((........))))...)...(((((((........)))..))))(......((.....)).....)((.....))(((.((((((((....))))))))..))).(((((((((.....((((.......((((((((((.(((..(((...((((.........))))....)))............)))...)))))))))))))).)))))..))))((...((((((((.........))))))))...))(((((((....))))))..).............................(((....((....))....)))....(((.((((....)))).)(........)))................(..((.((((..((((((()))))))..))))..)).....)..(...((((((((..(((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))).)))))))).)......((((((((((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....))).)))..)))))).....)))))))).).......(((((....))))).((((((((...(((((((((.(...(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))....).)))).)))))..))))))).)((.((((((((((......))))))))))))..(((.(((((((((..(((.(((((..(((........(((((((.((((((((...........)))))(...(..(..(((((.(((((.......))))).)))))...).).((((......(((((.....)))))....))))(...........)).))).))))))).)))..))))))))(((((((...)))))))((((.....((.(((((((..((((...(((((.((....)).))))).).)))))))))))).....))))..((............((((((.......))))))))(((((((((........((((((...((.....)).)))))))))))))))((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))..........(((((.....)))))(((((((((..((.((((.(((((.((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))...((((((((()))))))))...))))).))))...))))))........)))))..........((((((((.....((.....)).....))).)))))........((((......(((((((....)))))))..))))............(((((.....(((....))))))))((((((((((((....)))))))))))).............((((((....(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...)..)))))))).((((((((.((.((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).........)))))).....))))))(((((((((.....)))))..))))........(((((((((....))))))).))...................(((((.(((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((.(.........((((((.(((((....((((((((....)))))))).))))).))....(....)))))).))))))))))))))))...((..((((((.....))))))))....))))))))))..)))))............(.(((((((...........))))))).)(..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))).((((..((((....))))..)))).(((....))).........((..(((((((((.........))))))))).)).........))))).)).)))))..((.....))((((((((...((.......))...)))))))).........(((((......))))).((((((((((((....))))))).))))))))))))))..))).................))))))))).(((((((....))).))))...))))..........................((((...(((((((.......))))))..........)..))))(((....)))))..((((....))))(((((((....))))))).............))))))))..))))))..)).))..))))..(((.....))).(((((..(((((((..........(((((.......))))).........))))))))))))((((....))))............................)))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((...[[[[..))))))..]]]]...((((......(((((((......)))).....((((((((.(((.......)))....))))))))...)))...((((....)))).....))))....((((((...[[[[[[[.))))))..]]]]]]]......(((..[[[.....)))...]]](((((...[[[[.(((((((........)))..)))))))))..]]]]...((((...(((.....)))...((((((((....))))))))..))))(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(((.(((....))))))(((......)))............)))...)))))))))))))).)))))..)))).....((((((((.....[[[.))))))))...]]]((((((....))))))...........(((((.....................[[[[..)))))...]]]].......((((....))))(((........))).((((((...(((.[[[[[)))((((..(((((....)))))..)))).......]]]]]....((((((((...((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))..(((........((((.....)))))))..))))).))))))))........((((((((((((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))).((((...)))).)))..)))))).....)))))))).....(((.[[[[)))...]]]](((((.[[[[..........)))))....]]]](((((...((((....))))((((....))))[[[[...)))))...]]]]........((((((((((((((((.(((((((((........)))))))))....(((......))).)))............)))))).......)))))))(((((....[[[....)))))...]]]....(((((.(((((.......))))).))))).....((((((..[[[[[[.....(((.(((......))))))..))))))..]]]]]].(((..[[[[[.....)))..(((((((...)))))))]]]]]....(((((((..((((((....(((((..........)))))...)))))).......)))))))(((((..[[[.......((((((.......)))))))))))....]]]..))))))....(((.[[[[[.))).....]]]]].(((((((((...(((...(((....)))...)))...)))).[[[[[)))))...]]]]]..((((....(((((.....)))))........[[[[[[.....)))).....]]]]]]...........(((..(((((..(((((((((((..........)))))))....))))..)))))[[[[[)))(((((((....)))))))(((........)))...]]]]](((...[[[)))..]]].(((.[[[[[[........)))..(((......))).]]]]]].((((..[[[[......(((((((....)))))))......))))..........((((......))))]]]].((((((((((((((((....))))))))))))....[[[[[[[[))))......]]]]]]]]..........((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((.......((((((...........)))))).......))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..[[[.....))))((((((.....)))))).]]].....))))))...(((((...(((((((((.....)))))..))))))))).....((((((......))))))..((((((((((.((((.......))))........(((((.((((((((((((((((((((((((((..(((.......)))...(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..)))))))))))))))........((((((.....)))))).....)))))))))))..)))))..(((((...)))))((((((...........))))))......(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))(((...[[[[.)))(((..((((....))))..)))..]]]]...(((....[[[[[...))).........]]]]]((((((((...[[[[[.........))))))))..((((......))))]]]]](((((((((((((((((....))))))).)))))(((((.....))))).....)))))....(((..[[[))).(((((((....))).))))...]]]...))))))))))....((((((((.........(((((........[[[[[........)))))..]]]]]......(((((((((((.[[[))))))..)))))...........]]]..(((....(((((.......[[[.)))))....)))......]]]..))))))))...(((.((((....))))[[[[[)))....]]]]]....((((((((.(((....(((((.[[[)))))...)))..))))).))).....]]].............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((.((...(((((((.((((((((.((.(((((((.(((.((((......)))).(((.(((.((((((((.....((..((((((.................(((....))).((((((......))))))........((((....)))).((((((((....))))))))....(((((......))))).((((((((((..((........))..)).))))....((.....))....))))...(((((....(((((((....))))))))))))......(((((.....((((.......((((((((((...(((.(..(((.(((...((..(((......)))..)).))).)))))))..)))))))))))))).)))))((((((((((.((((((((.........))))))))...(((....))).((.(((((...(((...(((.(((((.(((..(((....(((((......((((((((...(((......((((....))))(((........)))....((((.(((((..(((((.((((..((((......))))..))))..(((((((((.((..((((((((...((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))).))))))))........((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))..)).......(((((((((((.(((((((((...(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))).)))))..))))))).))..(((((((((........)))))))))....(((......))).((((.........))))(((..............))).......((((((((.(((((((..(((((.(((.(((((.......))))).)))......((((.((....)).)))).((((.(((..(((((((((........(((.((((..............)))).)))(((((((...))))))).(((.....((.(((((((.((.((...(((((.((.....))))))))).)).))))))))).....))))))))).))).......((((((.......)))))))))))))(((((((....(((((((...((.....)).)))))))))))))).((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........))))).((.(((....(((((...)))))))).))...(((((..((..(((((.((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))...(((((((....)))))))...)))))....))..))))).(((......)))...)))))..))))).))..)))))))).(((......))).((((...((.((.((((......(((((((....)))))))..)))).))..))...))))((((......)))).......((((((((((((((....))))))))))).))).((((((((..........))))))))..........(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((.(((((.(.((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))..)))))).))).........))))))))))).(((.........((((((.....)))))).))))))))))))......)))))))))).(((((.....))))).)))).........((((((((......))))).)))((((..(((.((((.......))))........(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.(((.......))).).(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....))).)).))))))))))))))))....((.((((((.....)))))))).....)))))))))..)))))....)))..)))).(((((((...........))))))).)))....))))))))...)))))....)))..)))))))).)))..)))....)))))..)).((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).))))(((((((.((........))))))))).))))))..))..)))))))).))).)))....(((.((((((((...((.......))...))))))))..))).)))...))))))))).....((((((((((((....))))))).))))).((((.....))))......(((((((((.((..((((...(((((((....))).)))).(((((..(((.(((((.....(((((((((.....))))).))))...))))).)))...)))))......)))))).))))))).)).(((.(((((...((((((((....)))))))).))).)).))).))))))))..)))))))....))..))))..((((...)))).(((((..(((((((..........(((((.......))))).........))))))))))))..((((..........)))).(((.......)))......)))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((((((.........(((((((((................................((((((((.(((.......)))....)))))))).........((((....)))).((((........))))..........((.........))(((((((....)))))))................................(((........))).........................................((((((((....))))))))......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((.......(((([[.......[[))......]].....]]..)).)))...)))))))))))))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......((((((....))))))..............))))))).))........(((....((....))....)))........((((....))))..................))))))))))).......(((ff.(((ggg...gg)))fff)))...((((((.......((((((((....(((((((........(((...(((.....)))hhh)))bb.((....))..(((.......)))...........))))))).........((((((((.(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))..((....))....))..)))))).....))))))))..........(((......)))...(((((((...(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))).)))))..))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...................................................................(((((.(((((.......))))).)))))................................................................................(((((((...)))))))............(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))...........................((((((.......))))))...................((((((.............)))))).........((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))............((.......))............................(((((.........))))).....(((((..(((((((((((..........)))))))....))))..)))))........(((((((....)))))))........................................................................................................((....))((((...................(((((...............)))))((((((((((((....))))))))))))............(((((((.....(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..(((...((...(((((..((<<<.))>>>)))))...))...)))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........)))).((eee........))EEE.......)))))).....))))))){{{{{{{{.))))}}}}}..}}}...........(((((((....))))))).......................aaa.....aa...(((((.((((((((((((((((((((((((((..................(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..))))))))))))))))...(((..(((((.....))))))))....))))))))))..)))))..............(((((((...........))))))).....(((((((((..(((((((.....))))))).....(((......))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...............BBaaaHHH....))))))AAAFFF...GGGGG.......AA((....AAA............((((((((...((.......))...))))))))..........................((((((((((((....)))))))).)))).((((.....))))...........................(((((((....))).))))..........................................(((.................)))..............((...(((((((((((....))))))..)))))...))...........(((....(((((...........)))))....)))..............dddd..((cccccc))........(((((.......))))).........CCCCCC))DDDD((((....)))).....FF.....................)))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((((((.......(((((((((((.............((((......)))).....((((((((.((.((......))))..))))))))..........(((....))).((((((......))))))........((((....)))).((((((((....))))))))....(((((......))))).....((((((..((........))..))).)))....((.....)).....(((.....)))...((((((((....))))))))......((((((((((....)))).......((((((((((...((..(..(((.(((.......(((......))).....))).)))).))..))))))))))........))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..............))))))).))))......(((....((....))....)))........((((....)))).((........)).....)))))))))))....(((((((..((((......))))..)))).)))..((((.(((..((((((((...((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))).))))))))........(((((((..(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))))))))))).(((.....)))...)..)))))).....))))))))))).))))..((((....))))..((((((((....(((.((((.....(((...((((((((...((.((((.....))))..))...))))))))..)))......))))..)))...))))))).)...(((((((((........)))))))))....(((......)))...(((...(((..(((...................(((...............)))..........(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).(.(....).)...((.(((.........))).))..........)))..)))..)))(((((((...)))))))((((.....((.(((((((.((.((...(((((.((.....))))))))).)).))))))))).....))))((((((((((((((..((((((.......))))))..(((((((((........((((((.............))))))))))))))).(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........))))).((.(((....(((((...)))))))).))....................((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))...(((((((....)))))))...))))))..))))))))...(((......)))..(((.(....).))).............(((......)))................(.......(((((((....)))))))...)...............((((...............))))(((((((((((((....)))))))))))).)......(((((((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).((((((..(((.((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))..))).((((((.......))))))...(((..........))).((((((.....)))))).........))))))..)).))))))).)))).((..((((...))))..)).......((((((((......)))))).))(((........))).....(((((.((((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.(((.......))).).(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..))))))))))))))))....((.((((((.....)))))))).....)))))))))..)))))....(.(.......(((((((...........))))))).....(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....))).....).).....(((((((.((........))))))))).............)))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))........((((((........(((((((((((....)))))))).))).(((((.....))))).......((((((..((((((......(.((((....))).).)(.(((((..(((.(((((.....(((((((((.....))))).))))...))))).)))...))))).).....(.....)....))))))..))))))....((((((((....))))))))......(((....(((((...........)))))....)))..((((...)))).(((((..(((((((..........(((((.......))))).........))))))))))))................))))))((.......)).......)))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....((((((((((({{{{{{.(((((((((((.............((((......)))).aaa.(((((((((((.((......))))).))))))))...aaa...((((....))))((((((......))))))........((((....)))).((((((((....))))))))....(((((......))))).....((((((................))).)))........................((((....((((((((....))))))))))))..((((.(((((....)))))......((((((((((...(((.(..(((.(((.......(((......))).....))).)))))))..))))))))))............)))).....((((((((.........))))))))......((((((....))))))..............))))))).))))......(((................)))........((((....))))(((........)))....)))))))))))....(((((((..(((((....)))))..)))).))).(((((.(((..((((((((..(((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))............(((((.....)))).)...))))).)))))))).)......((((((((((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((.((...)))))))))).)).))))))))))).((((...)))).)))..)))))).....))))))))))).)))))(((((....))))).((((((((...(((((((((.....(((...((((((((...(((((((bbb..))))).))...))))))))..)))......)))).)))))..))))))).).(.((((((((((......)))))))))))...(((.[[[[.)))...(((..((((..(((........((((((....................................(((((.(((((.......))))).)))))....((((..........))))..........cccc...(((.....dddd)))...ccc)))))).)))..)))).)))(((((((...)))))))((((.....((.(((((((.........(((((.((.....)))))))......))))))))).....))))((((((((((((((..(((((((....).))))))..(((((((((........((((((.............)))))))))))))))((((...(((...(((....)))...)))...)))).(((((........)))))....(((....(((((...)))))))).......................((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))...(((((((....)))))))...))))))..))))))))...(((......)))...........CCC......DDDD.....(((......)))..............((((......(((((((....)))))))..)))).............(((.................))).((((((((((((....))))))))))))...CCCC.(((((((((((((..(((((.....)))))(.(((((((((.(.(((....)))..)))..))))))))(((((((.(((.((((((..((((.......((((((...........)))))).......))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).........))))))..)).))))))).)))).....((((...))))...........(((((((((....))))))).))(((........))).....(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..(((.......)))...(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..))))))))))))))))....((.((((((.....))))))))....))))))))))..)))))...((((((..((.(((((((...........)))))))).)..(((((((((..((((((((AAA)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...))))))....(((((((.((.....BBB)))))))))...........)))))).)).)))))AAA....(((.((((((((.................))))))))..))).........(((((((.((((((((((((((((....)))))))).))))(((((]]]].))))).........((((..((((((.....(((((((....))).)))).(((((..(((.(((((.....(((((((((.....))))).))))...))))).)))...)))))..................))))))..))))(((...((((((((....)))))))).)))..(((....(((((....}}}}}}.)))))....)))..((((...)))).(((((..(((((((..........(((((.......))))).........))))))))))))<<<<))))>>>>..)))))))(((.......)))......)))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((......(.((.(((((..(((...(..((.......))..)....(((((((......)))).....((((((((.(((.......)))....))))))))...)))....(((.(((((((((.((((((.(((((.(((((.(((((((.........)))))))...........((((.(.(((((......))))).)))))....(((((............(((((......((.....)).....))))).((((....((((((((....)))))))).....((((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(((.(((....))))))........(((.......)))...)))...)))))))))))))).)))))..)))))....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..))))......))))).))))))))))....(((....((....))....)))........((((....))))..........))))))....(((((((......(((((((..(((((....)))))..)))).))).(((((.(((..((((((((...((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))).))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))))).)))))..((((((.((((...(((((((...(((((((((.....(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)))......)))).)))))..))))))))))).(((((((((........)))))))))....(((.((((((((((.(((((.((((.((((((........((((....)))).((((((((((...(((..((((....(((((.(((((.......))))).)))))...((((((.(((.(.(((.((.(((((((((.(((.(((..((((((..((..(((...........((((.(((((((((.(((..(((((((.(((((.....((.(((((((.((.((...(((((.((....)).))))).)))).))))))))).....))))).)))...........((((((.......))))))..))))..)))..((.(((((...))))).)).))))))....)))...)))).(((...(((.(.(((....))).).)))...)))..(((((........)))))...)))..))..))))))..))).((((((((((..((..(((..((((.((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))..)))...(((((((....)))))))...))))..)))..))..)))).(((.((((((...(((((....)))))..((((.((.........((((((((....(((.......)))...((((.((.(((..((((((((.((..(((((((......(((((....(....).....)))))..((((((((((....)))))))))))))).)))..(((((((((((((..(((((.....))))).(((((.(((((..(((....)))........((((((((((.(((((...((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))...))))).)))........)))))))..))))).))....))).((((((.....)))))).(((.(....))))...)).))))))).)))))).)))))))).)))..))...))))..))))))))..(.(((.((....))))).).)))))).....(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..................(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..))))))))))))))))....((.((((((.....))))))))....))))))))))..)))))...((((((..(..(((((((...........)))))))..)..(((((((((..(((((((.....))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...)))))).((((((((....)))......((((....))))..))))).)))))).)).))))).....)))))).)))))))))..))))))).))))).))))).))))))).)))..)))))))..)))))))))))))))).)))).))).....)).))))))))))..)))..)))))).))))))).))))))))).(((((((....))).))))...))).)))..))))).)).).((((((((.(((((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))..)))))...)))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))...((((((((........(((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...))))))))))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((((((.........(((((((((................................((((((((..................)))))))).........((((....)))).....................................................................................(((..(......................................................((((((((....))))))))................................((((((((.........................(((......)))...................)))))))).).)))................((((((((.........))))))))......(((((......)))))..............))))))).))...............((....))...............((((....))))..................)))))))))))...(((((((((..((((....(((((((((((.....(((((.(((..((((((((...((((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))).))))))))........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))))).)))))..(((((..(((((((.((..........(((....(((((.....((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))...(((...(((((...........(((((.(((.(((((((((........)))))))))....(((......))).)))..((......)).))))).............)))))..))).......)))))...))).....)).)))))))..))))).))))))))))).......................(((..((...(..(.(((((......(((..(....((((((((((..(((((((.(((((((...)))))))((((.((.(((.(((((((.((......(((((.((....)).)))))...)).)))))))..........(((((.((....(....).((((.......))))))))))).........(((..(((((((...(..((((((((((..((((..(..((((...(((.(.(((....))).).)))...))))....)..)))).((((((...........(((((((((.((((.((((................((((.((((((.........))))))(((.(((((..(((((((((((.(......).)))))))....))))..)))))..)))...(((((((....)))))))...)))).................((.((((((...(((((....)))))..((((.((.........((((((((.................................((((((((.((..(((((((......(((((....(....).....)))))..((((((((((....)))))))))))))).)))...(((((((((..(((((((.............(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((.(((((...((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))...))))).)))......)))))))....................((((((.....)))))).(((.(....)))).......)))))).))).)).)))))))).................)))))))).....((.........))....)))))).....(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..................(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..))))))))))))))))....((.((((((.....))))))))....))))))))))..)))))..............(((((((...........))))))).....(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))...................................................)))))).)).))))).....)))))).))..))))..((((..(((((((.((............)))))))))..)))).))))((((.(((((((....)))))))..)))).((((.....))))..)))))))))................(((((((....))).)))).....................))))))........))))).((((((.......))))))..)))))..)...)))))))...))).))).)).)))).....))))))).))))).))))).............(((((...........))))).........(((.....))).........)..)))..........(((((.......)))))........))))).)..)...))...)))..)).))..)))))...))))...........)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......((((((((((.......(((((((((((....((((.....((((......)))).....((((((((.(((.......)))....)))))))).(((((...((((....)))).........(((((.(((..(((((((((.........))))))).))..))))))))))))).......))))..((((((((((((..(((........))).....))))....((.....))....))))...((((....((((((((....)))))))).....((((((((((.....((((.......((((((((((...(((....(((.(((...((..(((......))).))..))).))).)))..)))))))))))))).)))))..)))))....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..))))...)))).))))))).)))).(((..(((....((....))....)))........((((....))))...........)))....))))))))))....(((((((((..(((((...(..((((((((.....(((((.(((..((((((((...((((((((..((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).....))))..))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..))))))).((((...))))......)))))).....))))))))))).)))))..(((((..(((((((.((.(((......((((...(((((..(..((((((((.((((....))))((((....)))).)))))))).(((((...(((((.....(((((((((((.(((.(((((((((........)))))))))....(((......))).))).(((......)))))))).......)))))))))))..))).)).)..)))))..)))))))..)).)))))))..))))).))))))))..)....((((........(((((.....)))))..(..(.(((((..(((((((..(....((((((((((..(((((((.(((((((...)))))))((((.((.(((.(((((((.((..(...(((((..(....)..))))))..)).)))))))..........(((((............((((((.......))))))))))).........(((..(((((((.....(((((((((((..((((..(..((((...(((...(((....)))...)))...))))....)..)))).(((((((.((((.....(((((.....)))))..((((((......((((.(((...((((((((((((.(((.(((((((.(((((..(((((((((((.((.....)))))))))....))))..)))))((((((..(((((((....)))))))..((((((((((((((.....((((......((((.(((.....(((((((((.((..((.....))..)).))).))))))...((....))......))).))))..((((((((.((..(((((((......(((((.....(((....))))))))..((((((((((....)))))))))))))).)))..(((((((((((((..(((((.....)))))..(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..((((..((...((((((.((....))..))))))...))..))))))))))...)))((((((.......)))))).....((.(((.........((((((.....)))))).)))))...))))))..)).))))))).)))))).)))))))).)))))))))))))..((((((((......))))).)))..)))))..((((...((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((..................(((((....((((((((....)))))))).)))))...(((((....)))))..)))))))..)))))))....((.((((((.....))))))))....))))))))))..)))))....((((((((((.((((((..........((((..((((...(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))......)))).))))(((....)))..)))..))).)))))))..)))...)))))).)).))))).......(((.((((((((...((.......))...))))))))..)))..))...))))..))))))..((((((((((((....))))))).)))))))))).)).)))))).....)))))))))..)))..)))).(((((((....))).)))).)))))).......))))..)))))))........))))).((((((.......))))))..)))))).....)))))))...))).))).)).)))).....))))))).))))).)))))..((..(((....(((((...........)))))....)))..(((.....))).....))..)..)))).........(((((.......)))))...)))..))))).)..)..))))......))).))..)))))...))))...........)))))))))..