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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00518



RNA: CRW_00518
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.ee.eeee)))...E.(((((((..(((EEE.EE.))).....)))))))...))))...(((....)))(((((((.....))))))).(((((((((...........))))))))).))....((((((.....((....))......)))))).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((....(((((.....)))))......((((((((((((((....)))))(((((........((((((((((.(((...(((((.......)))))(((...).<<<.....))>>>...)))...)))))))))))))))...)))))).))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..bbbb)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))).....(.((((((((((....))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....)).(((((.....)))))......)))))))))))))..((.(...((((.((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((.(((((((((((....(((...(((.((((...(((((((....))))).))...)))).)))..)).)....))))))))))..)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....[[[[[[[............(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))...)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))............)).....]]]]]]])))...)))))))((((((((((...))))))))))....))))))(.(((((((.(((......(((((.(((....))))))))...))))))))))..).....))))))((......((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((iiii.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..((((((...((((..(((...(((((((((((..........)))))).((.((((....(((.......(((((((.((.....)))))))))..)))...))))...)).(((((((((.....)))))))))..)))))...)))...)))).........))))))..))..)).)))))))))IIII..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((((((...)))))))))(...).......(((((((((..((a....(....A))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..(((....)))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...))..)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ggggg..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).GGGGG))))))))))))))))))...(((((.((((......))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((hh....hhhhhh((.((((((.......))))))...))hh)(.(((HH....HHHHHH....((((((((f...(..F)))))))).(((....))).HH))).).....(((((((.((..BBBB..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...cccccccc..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...CCCCCCCC..(((((....)))))..(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........((((((((((.((((..((((((.(((((.....(((((((......(((......))).((((((((((.((((.....)))).)))..(((((.((....(((....)))..(((((.....)))))...((((((((((.........))))))))))))........((....))....)))))..((((((((((...................(((((.....((.....))....)))))...((((.(((((.((.....)).)))))...))))...((((((((((.((((((((........(((((((((((((((((..(((((..((..(((((..((((..(((((....((((((.......))))))((.(((....))).)).))))).....((((((((.........))))))))...))))(((((....)))))..)))))...(((((.....((((.....)))).......((....))................(((.....))))))))........))..))))).....(((.((((...((((..(((((((((((........)))))).........(((((((....((((..(((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).......)))))))..)))).((((.......)))).............)))))))...))))).))))...))))))).((((((((((...((((((..........))))))..((((((((............(((((((...........(((((.(((.((((((...(((((((.(((((.(((((..(((....)))..)))))..(((..(((.((((((.((((((......)))).))...(((......(((((.(....((........))..).)))))..(((((((.((......)).)))))))....)))....))))))..)))...)))...)))))......(((.(((((((.........((((.(((.(((((....))))).(((((((((....((((((...((((.......(((......(((((.((.((.(((.(((((.((((.......((((..((((...(((((((((((((((((..(((((((((.....)))))))))(((..(((..(((..(((((.(((.....(((((...(((((((..((((((((.................((((((...............((((((......))))))..(((....(((((.((...)))))))...))).)))))).....((((..(((.(((...(((...(((....)))...)))...)))...)))..)))).)))))))))))))))..))))).....)))...)))))..)))...))).)))........)))))))))))....))).))))))).......(((((((.((.....)))))))))..))))...)))).)))))))).)).)).)))))........)))..............(((((......))))).))))...))))))..))).))).)))....))).)))).....(((....(((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))))........(((((((.(((.((((.....(((.(((((..((...))..))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....)))......((((((....))))))))))..((..((.......(((((((..((((((.......................((((((((....(((.(((....((((.(((((((((((((...(((((.....((((((.....))))))..((((.....))))...(((((......(((((((..(((.((.(((((((((......((((((((......))))).))).....(((..((((.......)))).))).))))))).))))((((((....((.(((....))).))))))))...))).)))))))....((((((((....)))))))).))))).....(((..(((((....)))))..))).)))))..)))))..((((......))))...)))))))).))))...))).)))..))))))))...(((((((...........)))))))))))))..))))))).((((((((...))))))))(((..((((....))))...(((((....((((..((((....))))..)))).(((....))).))))).))).))..))))).))))))).....)))..))))))))))...)))))))...)))))).))).)))))..((((((...((.......))...))))))))))))).....((..((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).....))))))))..))))))))))...))))))))))))..))))).(.((((...((((((......(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))...)))))))))))...)))).)........)))))))).)))...........))))))))))))).))))...)))))))....)))))))))))).))))))..).)))))))........((((((((.((..((.(((((....)))))))..))..))))).)))......)))))))))))).).)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............(((......((((((.((.((....((((....))))......)).))......(((((((..(((.......))).....)))))))..........(((....)))(((((((.....))))))).((((((((((.........)))))))))).......((((((.....((....))......)))))).........))))))......)))...(((((((((((.............(((....((((((((...((((((((......(((.(((((((...(.((((.............)))).)...)).....(((((.......)))))..................)))))...))).........))))).)))(((((((((.......((((((((.........))))))))............((((((...(((((((................(((.....((((.....((....))...............((((.....))))...................((...((((......(((((((.((((....)))).)))))))................((.((((.((....)).))))))..))))..)).......))))......))).((....)).)))))))......))))))........((.(...(((((...(((.(((.(.((.(.(((.(((((((((......((((.....))))......))))........((((........)))..).((((((((....((((((......(((........((((.(...........((((((.....(((..........(((((.......((((((((.(.....(...(((.((((.(.(((((........))).)).).)))).)))...).....).))))))))...((((((............))))))..)))))(((((((.....((......(((((((((.........(((........)))((((............))))...)))..))))...(((((((((.(((((.......)))))..))))....((((........)))).)))))......(((((.........)))...)).......))......))...)))))))...((((((.....)))))))))....))))))..((((((...((......((((..(((....))).))))..))...)))))).......).))))................((((((.......)))))).)))...((((...))))))))))....)))))))))))))....))).).)).))))..)))........)))))...).)).......(((((........)))))..((((((((((.((...(((((....(((........(((.((((((((........))))))))...((.(((..((((((.....)))).........(((((((((((.(......).)))..))))).))).......))....))).))............))).))).......)))))...))....))))))))))...)))))))..)).))))))))..........((....))...)))..(...(((..((((((((.((...............(((((....(....).....)))))(((((((((...)))))))))........((((((((((((...(((((.....)))))..))((((......(((....)))..((..((((((....))))))..)).((((((..(((...((...(((((..(((....)))...)))))...))...)))))))))...(((((((((.......))))....((((..........))))(((((.......))))))))).)....))))........)))))).)))))).)))))))).)))...)..........((((((......))))))..((((((((.(((.((.....(((((.(((((((.((((...((((((...((((((((((.(((((.(.........(((((..((.......((((((((....))))))))....))............)))))).))))).))))))))))...((((..((((......)))).))))......))))))....))))...((((((((....((((((...........))))))........((((((((.((((((.......)))))).)...(((......))).)))))))....((((..((((....))))..)))).(((....))).))))))))....(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((((...((((((((((...............))))))).(((((...(((....(((((..((((....)))).....)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..)))....))))))))))((..(((........)))..))....))))).))))))........((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))............))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.....((((((((((((...........(((.(((..(((((....))))))))..)))........((((((.....(.((((.....)))).)))))))..........(((....)))((((((((...)))))))).((((((((((.........)))))))))).......(((((((........))))).))...(((((.........)))))..................................(..((((((((((((.....)))))..)).)))).)).(((((())))))...(((((((......)((((..(..........((((((.....)))))).........).......((((((.......))))))))))))))))...(((((((..((...((((((((.........))))))))...))(((((((....)))))).)................((((....))))......)))))))..((...............((((.....))))............))....))))))))))).)...(((((((.((((....)))).)))))))......(((((.......)))))..((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))........((((.((((.....)))).))))..))))))))))))))((((.......))))((.((((((((...((((((...((((((......))))))....))))...........(........)(((.....................................)))))...)))))))).)).((((............))......(((((((...((((((((.(....((...(((.((((.(.((((((......)))).)).).)))).)))....))...).))))))))....))))))).....(((((((.((......)).)))))))....(((......))).((((.........)))).((..((((((((((.((..........(((((.((((((((....))))((((.(((((.......)))))..))))....((((........)))).........)))).)))))...((.......))...))))))))))))..))...((((..(((((((((.....))))))))).)))).)).(((((((((...(.......(((((.(((....))))))))....)..))))).......))))...................((((((.......)))))).......((((...))))........((((((((.((..((((((......(((((....(.......)..)))))(....)...(((..(((((........))))).)))(((((..........)))))..............((((((((((((........))))))))..(((.((((.((((((((((..(((((((.((((((((((((.(..(........)..).))))).(((((((((((((...((..((((((((.(((((...(((((......)))))........((((......)))).((((....(((......))).))))...(((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))))........(((((...............)))))(((((((((...)))))))))........((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....))).........))))).))))))))))................(((((((..((((((....)))................((((((((((((..(.(((((..((((.(((((((((((((.............((((((.....))))))..........(((((...........)))))((((((...))))))((((((((...(((((((((((......)))))).)..))))(((..((((.......)))).))).))))))).)(....)....((((((((((.(((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))).))))))))))..)))))(.((((......)))))..)))))))).)))))))).)))))).))))))))...(((((((...........)))))))...)))..))))))).((((((((...)))))))).....((((....))))....(((((.(.((((..((((....))))..)))).)((....)).)))))..((....(((((((.((........)))))))))....))...........((((.(((((.((........)).)))))..))))..(((((((.((............)))))))))).))))))))).)))(((((((......))))))).))))))).))).))))...)))))))))).)).)))))))))((.(((((((....))).)))))).......................(((((((((((((((((((.........(((((..((.......))..))))).(....)((((((((((....))))))...)))))))))))..........(((....(((((...(....)..)))))....))).))))....)))))))))))))).)).)))))))).........(((((.......)))))....((((((((.(((.((.(((((....))))))).)))..))))).)))............))))))))..
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........((((((((((.(((...((((((.(((((.....((((((.......(((......))).((((((((((.((..((((......((((((..(((((......))).((((....))))..((((((.(((((((((((((.........)))))))).(((((.....((((...((....(((((.((((.(((((.........))))).....((((((.....((.....))....)))))).(((((.(((((.(((...))).))))).(((((((((((.(((....(((((.(((((......))))).((((.(((......))).))))...((((........)))).....((((((.......)))))))))))..))).))))))).))))....((((((((.........))))))))......((((((....)))))).)))))...)))).....(((.(((....)))...))).((....))...)))))...)).))))((((..(((.............)))...))))..............(((((.((((....)))).))))).))))).((((((.......))))))..(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))........((((.(((((...))))).))))..))))))))))))).((((.......))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((((.(((........)))))))).)).))))))))))).)))))))))))...))..))))))))))..)).))))))))))...(((((((((((((..(((((((...((((((((......((.....((((((.((((.((.....)).)))).....))).))).....)).....))))))))....)))))))..)).(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((.(((((....(((((.........(((((((((........((((.(((.(((((....))))).(((((.((....)))))))...((.(((.....(((......(((((.((.((.(((.(((((.(((.......((((((........)))))).((((((((((.((((((((.((((((.(((...))).)))))).))).(((((...((......(((((.(((....))))))))..))...)))))...((((.((((((................((((((......))))))..(((((.((((...)))).(((((((((......)).))))))).....)))))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))....)))))).))))..((((.((.(((.....)))...))..)))).))))).)))))))))).........((..(((.......(((((((.((.....)))))))))..)))..)).))).)))))))).)).)).)))))........))).......))).)).(((((......)))))...(((..((((......))))..)))....))).)))).........((((.....))))...)))))))))....((((((.....(((((((((....(((.((((.((((((........(((.(((((((((...))))))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....)))......((((((....)))))).((...(((....))).....)).))))))))))))).(((..((((((((......((((((((....(((.(((....((((.(((((((..(((..........))).((((((.....))))))..((((.....))))...(((((......(((((((..(((.((.(((((((((......((((((((......))))).))).....(((..((((.......)))).))).))))))).))))((((((....((.(((....))).))))))))...))).)))))))....((((((((....)))))))).))))).((..(((..(((((....)))))..))).)).......(((((.(((......))))))))))))))).))))...))).)))..)))))))).(.(((((((...........))))))))(((((((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).((((((.((........))))))))......((((..........))))((((..............))))...(((((.(((((((.((............))))))))).))))).))))(((((((((((......)))))).))))).((((.....)))).))))))))....))).))))))))).......)))))).((.((((((((.(.(((((((.(((((((..............))).)))).))))).)).))))))))).))..(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))...)))))....))))).)).((((..(((((...)))))....))))......))))))))))).))))))))))).))))))....)))))))........((((((((.((.((..(((((....)))))..))))..))))).)))......))))))))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........................((((((.(((((.....((((((.................(((.((((((.............................................(((((((.....))))))).((((((((((.........)))))))))).................................(((((.........)))))......(((((.................................(((((.....)))))..............ee...ee.ee.eee...............((.((((((((((((...(((((((.........................((((((.......))))))......................((...((((((((.........))))))))...))...................................((((....)))).........((....))...............((((.....)))).............)))))))..............(((((((.((((....)))).)))))))...............((((((.....(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))........((((.((((.....)))).))))..))))))))))))).((((.......))))...ccccccccccc))))))...((((((......))))))...(((((...((....(((........))).........CCCCCCCCCCC........................................................................((((((((......((...((..((((...((((((......)))).))...))))..))....)).....))))))))................(((((((............)))))))....(((......)))..............((((((((.ddddddddd.....................(((((((....)))))(((.(((((.......)))))..)))......((<<<<......))...........))>>>>...............))))))))DDDDDDDDD.............(((((((((.....)))))))))............................................................................................((((((.......))))))........((.....))..(((((((...........)))))))..............................................(((((........))))).......................................(((..((((............))))..........((.((((((((((..(((((((.(((((((((((((((..........)))..))))).((((((((((((.........................(((((......)))))....................................................(((........(((((..(((....))))))))......))).........(((((((.(((..((......(((.(((((((((...))))))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....))).......(((((....)))))..))................(((((((..((((((.......................((((((((((((.....((....((((.((((((((.(((..........))).....((..........))...........(((...bbbbb...)))(((((((...........(((((((....((..((((((......)))))).....))......((((.......)))).....)))))))............................................)))))))....((((((((....)))))))).BBBBB...........(((......))).....................((((......))))...)))))))).))))..))...)))).))))))))...(((((((...........)))))))))))))..))))))).(((((((.....))))))).....(((......)))............((((..((((..[[))))..)))).(((....))).............]]..))).))))))).............................((((.((((..............aa))))..))))..(((((((.((.AA.........)))))))))..))))))))).)))(((((((......))))))).))))))).))).))))...)))))))))).))......)))....{{{.(((....)))))}}})))))...))))))))))))...))........((((..(((((((...............))))))).....)))).......(((((((((((....))))))...)))))..........))))).(((....(((((EEE.EE.....)))))..EE)))EE..............))))))..))).))))))))))).))))))....................(((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)).............))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.((((((((((((.((..((((((.(((((.....((((((.........(......)(((((((((((((.(((.......))).))).((.....((......))...)).((((((((...)))))))).((((((((((.........))))))))))........((((((........)))))).((((((((((........((......))...((....................))..((..(((((((((.(((...))).))))).)))).))..((......((....((.(((........)))..))....))....(((((.......))))).........(.......)(((...........)))((.(((((((....))))..(((((((.((((((((....(((((((....((.....(((((((....))))))).(........).)).......(.....)..........((....))...............(((((((..(((.............)))...))))............(((((((.((((....)))).))))))).(((((((((......((((((....(((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))........((((.(((((...))))).))))..))))))))))))).((((.......))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))..((.....)).........(...........)...((((((................((..(((((((...((((((((......(.....((.((((.((((.((.....)).)))).....)))).))......).....))))))))....)))))))..)).(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((((.((((..(((......(((((((((.(((.(((......(((((.((((((((....))))).(..(((((.......)))))..)(........((........))...........)))).)))))............)))..)))))))))))))))..))))))))((((((((((...))))))))))....))))))..((((.....(.......).....((((((......)))))).)))).............)))))).....))))...))))).)))...)))))))))))))))..((((...)))).....((.........)).)))))))....))).))(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))....(((((..........)))))...(.....(....(((((((....(.((.........)).).......(((.((((((((((..(((((((.((((((((((((.((..........))...))))).((((((((((((...((...((..(((((........(((((......)))))...(((..((((......))))..)))....(((......))).........((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))).......)))))..))...)).(((.....(((.(((((((((...))))))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((((...........((((((....))))))(((((((((.....((((((...(((((((.(((....)))))).))))........((((((((....(((.(((....((((.((((((((.(((..........))).((((((.....))))))..((((.....))))...(((((........((((((...)))))).(((((((......((((((((......)))))).)).....(((..((((.......)))).))).)))))))................(((.(((..((((.(((...))).))))..))).)))..((((((((....)))))))).))))).....(((..(((((....)))))..)))(((.....)))....((((......))))...)))))))).))))...))).)))..)))))))).(.(((((((...........)))))))..)..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....)))).((((((.((........)))))))).))))))........))))..)))))........)))))....))).........(((((((.((............)))))))))..))))))))).))).((((((......))))))..))))))).))).))))...)))))))))).)).).)))))))......).((....))(..((((((((...(((((((.(((((((..............))).)))).))))).))..))))))))..)............)....(((((((((((....))))))...)))))..........((.....))......((.............))(((...))))))))))).))))...))))))).))).))))))))))).))))))..............(((....)))..)).))))....)))))))).)))))...((((............))))....))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.((((((((((((.....((((((.(((((.....((((((.................(((((((((((((.(((({{{{.)))).))).......(((......))).....((((((((...)))))))).(((((((((((......).))))))))))........((((((........)))))).((((((((((.......(((......))).((((.............aaaaa)))).....(((((((((.(((...))).))))).))))................(((...((((......))))..............(((((((...))))))).............(((.((((((.......))))))..(((((((....))))..(((((((.((((((((....(((((((...........(((((((....)))))))..................(((.......))).............................((((((((..(((.............)))...))))............(((((((.((((....)))).))))))).(((((((((......(((((((..((((((((((((((..((((..(((((....)))))..))))........((((.(((((...))))).))))..))))))))))))))((((.......))))..((((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))))))))))))(((.....)))......(((....}}}}...))).((((((................((.((((((((...((((((((...........(((.((((.((((...........)))).....)))).)))...........))))))))....))))))).))).(((((((............)))))))....(((......)))...((((.((((..(((......(((((((((.(((.(((......(((((.((((((((....)))))....(((((.......)))))..........((((........))))..........))).)))))(((.....))).)))..)))))))))))))))..))))))))((((((((((...))))))))))....))))))((((((...................(((((((....))))))).))))))..........))))))).....))))...))))).))))..))))))))))))))).(((((...)))))..................)))))))....)))...(((.(.(((...(((....)))...)))..))))..(((((........)))))....(((((..AAAAA...)))))...<<<.....<.<<<<<<<<...(((((((.....))))))).....<<<<.<<<<<<<<<<..<<<<<<<.<<<<<<<((((((((..........)))..))))).<<<<<<<<<<<<<..(((......(((((........(((((......)))))...(((..((((......))))..)))....(((......)))........(((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))))......)))))......))).........(((.(((((((((...))))))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..))))))))).(((((((...........((((((....))))))(((((((((.....((((((...(((((((.(((....)))))).))))........(((((((((...(((.((((...((((.((((((((((((.(.......)))))((((((.....))))))..((((.....))))...((((((.......((((((...))))))((((((((......((((((((......)))))).)).....(((..((((.......)))).))).))))))).)....(((.......[[[.[[[..[[[[.[[[)))]]].]]]]..]]].]]]..((((((((....)))))))))))))).....(((..(((((....)))))..)))((((...)))).((.((((......)))))).)))))))).)))).).))).)))).)))))))).(((((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((((...)))))))).....((((....)))).)))))))))..((((..((((....))))..)))).(((....)))((((.....))))(((((((.((........)))))))))))))))........))))..)))))........)))))))..............<<<<<<<.<<.....)))....>>>>>>>>>>.>>>>>>>>>.>>>((((((((...).))))))).>>>>>>>.>>>.>>>>...>>>>>>>>>>.>>.>>>>>>>>>>>........>>>......((((((.......(((((..((((((..............))).)))..)))))...bbbb)))))).........BBBB.......(((((((((((....))))))...))))).......(((.........)))......)))..........((((...)))).)))))).))))...))))))).))).))))))))))).))))))(((.......))).(((....))).....))))....)))))))).))))).(.((((............)))))...))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.......((((.((((..((((((.(((((.....((((((..................(((((((.((((.(....)))))....)))))))..((((....((((((....(((((((.....))))))).((((((((((.........))))))))))........((((((........)))))).((((((((((..................(((((((....(((((.......((..((((..(((..((..(((((((((..(((((((..(.((((.(((((....))))))))).)...))))))).((((((((((((..(((((..((....(((..(((...((((.....((((((.......))))))...)))).)))..(((((((..(((((((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))........))))).....((((.....))))....)))))))..)))..............((((.....))))............))..))))).....(((.((((..(((((.((((....)))).)))))..((((((.((....(.(((((((....((((..(((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).......)))))))..)))).((((.......)))).............))))))).).)))))))).....))))))).((((((((((...((((((..........))))))..((((((((............(((((((...........(((((.(((.((((((...(((((((.(((((.(((((..(((....)))..)))))..(((..(((.((((((.((((((......)))).))...(((......(((((.(....((........))..).)))))..(((((((.((......)).)))))))....)))....))))))..)))...)))...)))))......(((.(((((((.........((((.(((.(((((....))))).(((((((((....((((((...((((....((.((((.....(((((.((.((.(((.(((((.((((.......((((..((((...(((((((((((((((((..(((((((((.....)))))))))(((..(((..(((..(((((.(((.....(((((...(((((((..((((((((.................((((((...............((((((.......)))))).(((....(((((.((...)))))))...))).)))))).....((((..(((.(((...(((.(.(((....))).).)))...)))...)))..)))).)))))))))))))))..))))).....)))...)))))..)))...))).)))........)))))))))))....))).))))))).......(((((((.((.....)))))))))..))))...)))).)))))))).)).)).)))))....(....)...)))).)).....(((((......))))).))))...))))))..))).))).)))....))).)))).....(((....(((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))))........(((((((.(((.((((.....(((.(((((..((...))..))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....)))......((((((....))))))))))..((..((.......(((((((..((((((.......................((((((((....(((.(((....((((.((((((((.(((..........)))((((((.((((((((((..(((.((((((((((...........))))))).)))..)))...(((((((((..(((((.((((((......))))))....)))))....((((.......)))).....))))))).)).......)))))))))).....(((((.((.....((((.((((((...((.((((((((....))))))))....)).....(((..(((((....)))))..))).)))))).))))...)))))))..))))))..)))))))).))))...))).)))..))))))))...(((((((...........)))))))))))))..))))))).(((((((.....)))))))(((..((((....))))...(((((....((((..((((....))))..)))).(((....))).))))).))).))..))))).))))))).....)))..))))))))))...)))))))...)))))).))).)))))..((((((...((.......))...))))))))))))).....((..((((((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))....)))))))))..)).....))))))))..))))))))))...)))))))))))))))))))))))...)))..(..((((..((.(....).)).))))..).....))))..))...(((((((((((....))))))...)))))...))))).)))))))(((....(((((..((....)).)))))....)))..)))))).)))).))))))....))))))))))))))).))))))..).)))))))..(((((.(((((.....))))).(((((....))))).....)))))..)))))......(....)))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((........((((.((((..((((((.(((((.....((((((.................(((.((((((.............................................(((((((.....))))))).((((((((((.........)))))))))).............................((((((((.....................................................(((((((((.((.....)).))))).)))).....................................((((((((((((..(((((..((..(((((.................((((((.......))))))...........................((((((((.........))))))))......((((((....)))))).))))).........................................................(((.....))).............))..))))).....((..((((.((((((.((((....)))).))))))................(((((((....((((..(((((((..((((..(((((....)))))..)))).........((..((((.....))))..))...)))))))..)))).((((.......)))).............)))))))................)))).)).(((((((((.....(((........))).........((((((((..............................(((((.(((.((((((...(((((((.(((((.(((((..(((....)))..)))))..(((...((.((((((.......................(((......(((((.......(........).....)))))..(((((((.((......)).)))))))....)))....))))))..))....)))...)))))......(((.(((((((.........((((.(((.(((((....))))).(((((((((....((((((...((((....((.((((.....(((((.((.((.(((.(((((.((((.............((((......((((((((((((((.(.((((((((.....)))))))).(((..(((..(((..(((((.(((.....(((((...((((((...(((((((..................((((((................(((((......)))))...(((....((((..(.....).))))...))).)))))).....((((..(((.(((...(((.(.(((....))).).)))...)))...)))..))))..))))))).))))))..))))).....)))...)))))..)))...))).)))......).)))))))))))....)))....)))).......(((((((.(.......)))))))).........)))).)))))))).)).)).)))))....(....)...)))).)).....(((((......))))).))))...))))))..))).))).)))....))).))))............(((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))))........(((((((.(((.((((.....(((.(((((..((...))..))))).)))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....)))......((((((....))))))))))..((..((.......(((((((...............................((((((((.....((.(((....((((.((((((((.((((...(((((.....((((((.....))))))..((((.....))))...(((((......(((((((..(((.((.(((((((((......((((((((......)))))).)).....(((..((((.......)))).))).))))))).)))).(((((....((.(((....))).)))))))....))).)))))))....((((((((....)))))))).))))).....(((..(((((....)))))..))).)))))..))))...((((......))))...)))))))).))))...))).))...))))))))...(((((((...........)))))))........))))))).((((((((...))))))))(((..((((....))))...((((((...((((..((((....))))..))))..((....)).)))))).))).))..))))).)))))))..........))))))))))...)))))))...)))))).))).))))).................................................((((((.(((.((((((((((......))))))).))).(((((.....))))).....))).....))))))...........))))))))...)))))))))...)))))))))))).....................................................................((((((....))))))........................(((....(((((...........)))))....)))....)))).))))...))))))..))).))))))))))).))))))..).)))))))..(((((..((((.....))))..(((((....))))).....)))))...))).......(....)))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((.......((((.(((...(((((..(((((.....((((((.......(((......))).((((((((((.((((.....)))).)))..(((((.((.....))...(((((((((((.....))))))).((((((((((.........)))))))))).........)))).........)))))..((((((((((...................(((((.....((.....))....)))))((..((((..(((((.....))))).....)))).))..((((((((((.((((((((........(((((((((((((((((..(((((..((..(((((..((((..(((((....((((((.......))))))((.(((....))).)).))))).....((((((((.........))))))))...))))(((((....)))))..)))))...(((((.....((((.....)))).......((....))................(((.....))))))))........))..))))).....(((.((((...((((..(((((.(((((........)))))..........(((((((....((((..(((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).......)))))))..)))).((((.......)))).............)))))))...))))).))))...))))))).((((((((((...(((..(..........)..)))..((((((((............(((((((...........((((..(((.((((((...(((((((.(((((.(((((..(((....)))..)))))..(((..(((.((((((.((((((......)))).))...(((..((..(((((..(..(.(........))..).)))))..(((((((..(......)..)))))))))..)))....))))))..)))...)))...)))))......(((.(((((((.........((((.(((.(((((....))))).(((((((((....((((((...(((((......(((......(((((..(.((.(((.((((..((((.......((((..((((...(((((((((((((((((..(((((((((.....)))))))))(((..(((..(((..(((((.(((.....(((((.(((....))).....(((((...(((((........((((((...............((((((......))))))..(((....(((((.((...)))))))...))).)))))).....((((..(((.(((...(((...(((....)))...)))...)))...)))..)))).)))))...)))))....))))).....)))...)))))..)))...))).)))........)))))))))))....))).))))))).......(((((((.((.....)))))))))..))))...))))..))))))).)).)..)))))........)))..............(((((......))))))))))...))))))..))).))).)))....))).)))).....(((.....((((..(((..(((((..(((....))))))))..))))))).........((((((..(((.((((.....((..(((((..((...))..)))))..))....((((((...(((...(((((.....)))))..)))))))))...(((....)))......((((((....))))))))))..((..((.......(((((((..((((((.......................((((((((.....((.(((....(((..(((((((((((((...(((((.....((((((.....))))))..((((.....))))...(((((......(((((((..(((....(((((((((......((((((((......))))).))).....(((..((((.......)))).))).))))))).))..((((((....((.(((....))).))))))))...))).)))))))....((((..((....))..)))).))))).....(((..(((((....)))))..))).)))))..)))))..((((......))))...))))))))..)))...))).))...))))))))...(((((((...........)))))))))))))..))))))).((((((((...))))))))(((..((((....))))...(((((....((((..((((....))))..)))).(((....))).))))).))).))..)))))..)))))).....)))..))))))))))...)))))))...)))))).)))..))))..((((((...((.......))...)))))))))))))..((.((..((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))))))..))))...))))))))..))))))))))...))))))))))))..)))))....(((...((((((......(((.(((((..((.......))..))))).)))..(((((((((((....))))))...)))))))))))...)))...........)))))))).)))...........))))))))))))).))))...))))))).....)))))))))))..)))))....)))))))..(((((.(((((.....))))).(((((....))))).....)))))..)))))......(....)))))))))..