CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00519

RNA: CRW_00519
Rfam family: -

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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((...........(((.[[[))).......]]]...........((((...(((((..........(((.........(((.(((..................(((....)))((((((((....)))))))).((((((....)))))).......(((((..(((((......))))).))))).((((................)))).........................))))))....aaaaaaaa)))..AAAAAAAA.))))).......((((...))))((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).(((((((((.((((....(((((((((((...)))))))))))....((((((((....))).)))).)((((.....(.(((....)))))))).((((................))))......(((((....))).))........((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).))).(((((........(((((((..((((((((((((((..((((..(((.....)))..)))).............((((.....))))....((((((((....))))))))...)))))))))))))).((((....))))....(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).)))))))))))....(((.(((((.(((....)))...)))))..)))(((((....(((((....)))))..(((((((.(((.(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....))))))))).))).))))))).....(((((((.(((....))).))))))).....(((......)))...(((.(((((..(((.((((....))))............((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))...((((........))))....)))..)))))))))))))............((((....))))...)))..))))))))((((((((.....))))))))....)))))((((((((..((((......(((((.((.....)))))))...)))).))))).)))...)))))))........))))).((((((.......))))))....)))))))))..)))((((((((..(((...)))))))))))....(((((.(((..((((..(((....))).).)))..)))...(((((........)))))..(((((((((((....((((((...(((((.((((.(((((.(((......))).....(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....))))......)))))..))))..))))).........))))))......)))))))))))))))).((((..(((......)))..))))((((....))))))))))...))))...)))))))))...........................((((....))))..((((((((((((((.....)))))))))))).))......bbbbbbbbbbbb...((((.....))))...(((((((.....(((....))).......))))))).bbbbb...(((.((((((..(((........(((((....)))))........)))))))))..))).((((((.......))))))..bbbb))))......BBBB((((((.....))))))..........BBBBB..BB.BBBBBBB.BBB.{{{..........................(((((((....)))))))..((((((((.(((........(((((.(((((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))))))))))...(((((.....)))))..)))))).)))..)))))...((((((.(...(((((((...........))))))).....((((((((((.((((((.......))))))................).)))))))))..((((..(((.(...))))..)))).(((<<<<)))..)))))))....((((((.(((........)))))))))...........)))))).)).))))).......(((((((((((.((..............))))))))).))))....((((((((((((((((((((((((((((......))))))).))))(((((>.>>>))))).....)))....))))))))........)))))).(((((......)))))..)))))))))))....((((((((....(((((((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....))))........(((((.......)))))...(((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).)..)))}}})))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(.((((..((((((((.((((((....((((((((...((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((((..(((((((((((....)))))))).((((((....)))))).)))..(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))..))))).((((.((((.((((....((((...(((((...((((((((.....))))))))((((((((.((((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))).(((((...(((((((((((...)))))))))))...)).)))....))).)))))..)))))........(((....)))......((((....((....))....)))).......)))).(((((.((((...(((((((((...((.(((((((.(((((((((((((((((....))))))))))).)))...)))))))....(((((((...(((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...)))))))))))))..(((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).(((((........)))))..(..((...((.(((((((((((...(((.....(((((.(((((.......))))).)))))....((((.((....)).)))).)))..))))))))))))).....((.(((.((((....)))).))).))..))..)..((((((((.....))))))))....)))..((((((((..((((......(((((..((....)))))))...)))).))))).)))...)))))))...............((((((.....((((.(.((((....((((..((..((((((((...........))))))))....(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((.((.((((((((.((....))..)))).))))))..(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..((((....)))).....)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).))))).))....(((......)))))))((((((....)))))).)))).).))))..)))))).))).))..(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).)..))))))))).).))).))).)).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....((((((((((((...(((((.(((((.(((..(((((..(....)..)))))...)))..(((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......)))))..))))).))))).((((((((.((.(((...(((......(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).....))).))).))))).)))))...)))..))).))).))).....))))))))))))......))))...)))))))..))))))...........(((((.....)))))...))))))))(((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....))))).....)))))......))))))....(((((((....))).))))......))))))))..)))).).((((((((.(.((((.(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))..((((.....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...))))...)))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..........................................................((((..(((.(((.(((((((.....(((.(((............................((((((((....)))))))).((((((....))))))........((((..(((((......))))).))))............((....))...............................))))))........))))))).))).)))...)))).....((((.....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))).))))..........(((((((((((...))))))))))).............................................................((....)).....................................(((((......(((((((((..((((((((((((((....))))))))))).)))...(((........((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))........((((((...(((((((..((((((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........)))))))).)).))..))))))).(((.....)))......))))))...............((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).))))..................................................((.(((((((((((...(((......((((.(((((.......))))).))))......(((.(......).)))..)))..)))))))))))))............((((....))))................((((((((.....)))))))).........((((((((..((((......(((((..((....)))))))...)))).))))).)))....))))))........)))....(((((.......))))).....)))))))))......(((((((...........)))))))..)))))....(((..(((...(((....)))...)))..))).......................................((((((..(.((((((((.((....))..)))).)))))...(((.(((....((((((((((((((((.(......).))))))).....)))))))))))).)))...................)))))).............................((((.....((((....)))).((((..(((......)))..))))))))......((.(((((...........((((((((.((...(.((((......(((((....(....).....)))))((((((((((((.....)))))))))))).)))).).(((((((((((((.(((((((((.........((((((((....(((....)))......))))))))...((((........((....)).........(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))....................((((((.....)))))).................)).))))))).)))))).))))))))..................((((((......))))))..........................................)))))))...........................((((((....))))))...((((((((....))))))))............................................................................................(((((((...........))))))).....((((((((...((((((.......))))))......(....).......))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).........................................................................................................................................((((((((((......))))))).))).(((((.....)))))..........................(((((((....))).)))).......................((((((((.(..(((...............................(((((...(((((.((((((.(((((....)))))....)))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..)))....).))))))))..((((.....)))).........(((.........))).....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))..........)))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((((((((..((.((((((((((((((.....(((..((((((.((..((((..(((.((..(((((((....((((.(((.(((((...((((((....(((...(((((((((((....)))))))).((((((....)))))))))...))).(((.(((((......))))).)))..(((.(((....((....))..))))))......)))...)))...)))))))))))).......)))))))..)).)))...))))..))((((((....(((..((((((.((((.(((...((((((....))))))........((((....))))....)))...))))..)))))).))))))))).(((((...(((((((((((...)))))))))))...)).))).)).))))...)))..))))........)))))).))))..)).((((....((....))....))))........((((((.(((((.........((((..((((.(((((((((..((((((((..((((....))))..))))).)))........((....((((((...((((((((((((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))....((((((((....))))))))...)))))))))))))).(((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..))))))))..(((.((....(((((((((((..........((((((((((...(((....(((((((((.((....))))))).))))......((((.((....)).)))).)))..)))))))))).(((.........))).)))).))))))).((((....((((((((.((((.....)))).((((...((((.....))))..))))..........))))))))...)))).)).)))..)))..........))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))(((((((...........)))))))....((((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........))))).((((((((((((((...((((((.((.((((((((.((....))..)))).)))))).(((((.......((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))...(((....)))...))))).....))))))..(((...((((((.....((((((((..((((....(((((....)))))((((..(((......)))..))))))))....((..(((..(((.((((....((((((((.((.....((((......(((((.....(((....))))))))((((((((((((.....)))))))))))).))))...(((((((((((((.(((((((((.........((((((((....(((....)))......))))))))...((((.(((..((((....)).))..))).(((((....)))))......))))...))))))))).((((((.......))))))........(((...(((...((((((.....))))))......)))...)))..)).))))))).)))))).)))))))).)))))))....)))...((((((......))))))..((((((((.(((......(((((.((((((((..(((((.(((..(((((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..))))))...(((((.....)))))..)))))..)))..)))))......((((.(((((((((((....((((((...((.((((..((((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))))))))).((....((((((.(((........)))))))))....))........))))))...)))).....))).)))).))))..))).)))))..(((((..(((((.....)))))..)))))(((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....)))))).)))))..(((((((....))).))))........))))))))))).)).))))))))......))))))((((............((....))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...)))).....)))....))))))..))))))))))))))........))))))))).((((.....)))).......))))))....)))))..)))).((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...))))...)))))))))....