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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00520



RNA: CRW_00520
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.gg.gggg)))...G.(((((((..(((GGG.GG.))).....)))))))...))))...(((....)))(...)..(((((((.((........))))))).)).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((....((((((((....))))))))......((((..((((......................((...((((.......))))(((...).hhh.....))HHH...))...................))))....)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..{{{{)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..(((......)))..))))...((....)).(((((.....)))))......)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..((((((((((((....(((....((((((((...(((((((....))))).))...))))))))..)).)....)))))))).)))..))))).))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....i.iiiiii...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))...........)).....IIIIIII)))...)))))))(((((..(((...)))..)))))....))))))(.(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((eeee.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((.(((((((((...((((..(((...(((((.((((...........))))((..((((...(((.((((..(((((........))))))))))))...))))...))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...))))........))))))..)))....)))))))))))EEEE..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((((........)))))))(...).......(((((((((..((f....(....F))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..((((....))))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....((.(((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ddddd..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).DDDDD))))))))))))))))))...(((((.((((......))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((bb....bbbbbb((.((((((.......))))))...))bb)(.(((BB....BBBBBB....((((((((a...(..A)))))))).(((....))).BB))).).....(((((((.((..}}}}..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...[[[[[[[[..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))).(((....(((((...........)))))....))).))))..)...]]]]]]]]..(.(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))..)))).)...)))).))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.......((((((((((....(((..(((((((((((..............................(((((((..(((.......))).....)))))))...(((.....)))...((((......(((.((((.......)))).)))....))))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))).((((....((((((((....))))))))...(.(((((((((.............................((((.......))))((((....))))....)))).................((((((....))))))))))).)..((((((((.........))))))))......(((((......)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....))).........(((.....)))..................))))))))))........))(((((((.........((.((((((((((.(((........))).)))).)..((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....))))......)))))))))))))(((.((....((((((...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...((..(((((........))))).))....)))))))))))((((....))))......))))))........))...)))......((((......))))))))).)).......(((((((((.....((..((((((.(((((...((((....))))..(((.(.((((((.........((((..(.((((((((.......((..(..((((((((((......)))))))))).)..))......(((((((((....((...(((((((...((((((((..............((((((((((.......(((((..(((.((((....)))))))..........((((........)))).)))))...)))))))))).(((........)))......((((((((((..........((((((((((...)))))))))).(((((((.(((((((((..(((......((((((((....))))))))...))).))))))............................((((((.......)))))).......((((....)))).(((((((...(((((((............(((((...(((......(((....)))..............(((((........)))))..........)))...))))).)))))))....(((((((....(((((.........)))))......)))))).).....(((((((........))))))).))))))).)))..)))))))..(((((...((((..((((((.((....)).).)))))....(....((((.....(((((((.........(((..((((((.........)))))))))..)))))))........)))).).(((((....)))))........))))......(((((...............)))))..)))))........)))))))))))))))))).((..((((...(((((.....)))))...))))..))...(((....))).......)))))))...)).((((..(((((((..((((..((..((((((..((((....))))...))))))..))..)))))))))..))((((((((.((((....(((.......................)))....)))).))))).)).)....))))....)))))))))....(((((..(((((((((((...............)))....(((((......((((((((.(((..(.....(((((.((((((..((((...((((((((.((((((.(((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))))))).)))))).)..((((.((((......)))).)))).....)))))))....)))).......((((..((((((((...........))))))))......((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....((((..(((......)))..)))).(((....))).))))........(((((((.((........))))))))).............))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.(((.((......)).)))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....)...))))))))))).......)))))......))))))))......))))).........)))))))).)....)))).((((((((((......)))))...)))))...))))))).))).................))))).))))))...))....)))))))))..)))))))...((((((((((.....))))))....((((((((.(((.....((((....))))....)))..))))).)))..))))................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((.........(((((((((.............(((.(....).))).....(((((((((((((....).)))))...)))))))....((.....))(...((((.......(((((((.......))....))))).))))...)(((((..((((......)..))).))))).................((..((((((..((.((.....))..))))))))..)).....((((((((....))))))))......((((((((.....(((((((...((((((........((.((((.(..((.(((((....)))))..))).)))).)).....))))))...)))))))))))..))))((...((((((((.........))))))))...)).((((((....))))))..............))))))).)).............................(.......)((((....))))..................))))))))))((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).))))..................((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))(.((((.....)))).)....)))))))))))))))(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((((((...((((..................)))))))))).....(((((....))))).((((.((((.((.((((((((............((((.((((..(((((((....))))).))..)))).))))...........))))))).))).).)))..))).)...((((((((((......))))))))))....(((.((((((((((.......((((..((((((..((((.((((.((((((...(((((((((((((((......((((((((((.((((....))))))....)))....((((........)))).)))))..))))))))))))(((((...........(...((..((((((..........((((((((((...))))))))))))))))...)))(((((((.(((......((((((((....))))))))...))))))))))........)))))...............((((((.......)))))).(((..........))).))))))))).)))..).)))).))))))))))(.........)((...(((....)))...)).........(((((........)))))..........................((((..(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((..((.....(((((((........)))))))..))..))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...))))(((((((((((((.((.................(((..((((((.........)))))))))(((((.....))))).(((((((..(((..((((((((.(((....(((...(((((((((.....(((....))))))))(((((.((.......)))))))..))))..))((((((((((...(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((..(((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))..))))((((((.......))))))....(((..(((((((............))))))))))........))))))...).))))))).)))))).)))))))).))))((.......)).))))))(((.((...........)).))).....(((....................)))..............)).)))))))))))))...(((((.......))))).....((((((((....)))))))).((((((.(((((((.(....)((.((..................((((.((((......)))))))).....((((((((((.......))))))))))(.((((((((...........)))))))).)..(((((((((((((((((.......))))))..))...((....))...)))))))))..((((..(((......)))..))))((((....)))..)......((..(((((((.((........))))))))).)).................)).))........((((((((((((...((.......))...))))))))).)))..))))))).))))))......(((((((.((......)).)))).)))))))))))))..)))...................((((.((.(((((((....))).))))))))))..................((((...........(((((((..((.(....).)).))))))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...))))).........(((((...........)))))........((((.....)))))))).....((((((((((.....))))))....((((((((.(((.((.(((((....))))).)))))..))))).)))..))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((........................................(((.......((((((((((((.......)))))...)))))))....)))...(((....)))....(((.[[[[[[.....))).....]]]]]].........(((((..(((......[[[.))).)))))......]]].......(((..[[[[[[.....)))..........]]]]]].(((((...((((((((....))))))))......((((((((((.....(((((...((((((..(((......((((.......(((((....)))))......)))).)))....))))))...)))))))))))..)))).....((((((((.........))))))))......((((((....)))))).)))))......((((..(((................[[[)))..))))...]]].......((((....))))..................))))))))))....((((((((..(((((....)))))..)))).[[[[))))............]]]]..((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))............((((.....))))......)))))))))))))))(((((....)))))...(((((((((((..((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....)))))))))))((((....))))........((((((((((((......((((((..(((((....)))))(((((........))))).))))))...)))))..)))))))((((((((((....))))).........[[[..............((((....)))))))))..]]]((((((((((((((......))))))))))....(((......)))...)))).......((((.[[[...))))......]]].......((((((((((((......(((((((((.(((((....)))))....))))....((((........)))).)))))..))))))))))))(((....[[[.)))..]]].....((((((...[[[....((((((((((...))))))))))))))))..]]].(((((((.(((......(((..(((....)))..)))...)))))))))).........(((................((((((.......))))))[[[)))........]]]..((((((.[[[[[[[.....))))))........]]]]]]].(((...(((....)))...)))((((....(((((........)))))..(((((.........(((...))).((((..(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((.........(((((((........)))))))......))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...)))).......)))))...))))..............((((((.......[[[[[[))))))..]]]]]].(((........[[[[[..(((((....))))).......))).........]]]]]....((((....))))(((((((((((........)))))))....[[[.....))))((((...(((((.....)))))...)))).]]]...(((....))).........((((.....[[[))))...(((....)))..]]]..(((((((.((((....))))..))))))).((((..[[[.))))....]]]((((((.[[[...))))))....]]]..(((((((.(((.[[[))).))))))).......]]]..((((......[[[[[[))))..]]]]]]..(((....[[[[.......)))(((((((....))).))))......]]]]............(((((........((((((..(((((((((((((((.(((((((((...........(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..))))))))).))))).....((((.((((......))))))))...))))))))))...))))))....)))))...((((((((...........))))))))....(((((((((..((((((.......))))))..........[[[[[...)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).]]]]].(((....[[[[[[..)))........]]]]]]...............((((....[[[..))))..((((((((((((.....(((......)))))))))).))))).]]].(((..[[[[[[)))..((((((((((((...)))).))).))))).]]]]]]...(((((.....[[[[.........)))))(((((..(((....)))..))))).]]]]...((((((.[[[[[....)))))).......((((((.......)))))).(((...)))..]]]]]...(((((((((((((((((....))))))...))))).[[[[)))))).............]]]]............(((..(((...(((((...))))))))..))).((((((((((.....))))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..))))................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((.((.((((.((((((((.((((.((((..((((............((..(((((..(((((((((((((((((....).)))))...)))))))..(((((..(((((((.((((.......((((((..((.....))..)))))).))))....(((((..(((..........))).))))).(((((((....(((((.(((((((...((..(((((((((....(((((.((((.....((((((((....)))))))).(((.......)))............(((.............))).))))..)))))(((((....)))))...((((((..(((.....(((((....))))).(((((.((((((((.((((((((.........))))))))......((((((....)))))).((........))(((((.(((((....((......)).((((((......((((.......((((....)))).((........))......(((((.(((....))).((((..(((((....)))))..)))).((((.(((........))).))))...(((((((((((((.(((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))(((......)))........((((((((((((......((((((..(((((....)))))(((((........))))).))))))...)))))..)))))))))))).((((....))))))))...))))))...((((((.......(((((..(((((((..........((((((((((......))))))))))....(((......)))....(((.((((..(((........(((((((.(((((....((.((((((((((((......(((((..((((.(((....)))))))..........((((........)))).)))))..))))))))))))))........))...))).))))))).)))..))))))).((((((((((...)))))))))).....(((((((...)))))))..((...((((((((....))))))))..))...))))))).....)))))...))))))........((((((.......))))))((((((.((((((.(((....)))..))))))..))...))))))))).))))).((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))....((((((((((((..((((....((((..(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((..((.....(((((((........)))))))..))..))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...)))).........)))).......)))))))))))).((((..(((((.........)))))))))(((((.....))))).(((((..(((((....))))).........(((....))))))))....((((....))))..(((((((((........))))))).))......((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))...)))((((((.......))))))...((((..(((((((.(((....))).))))))))))).......))))))..)).))))))).))).(((.....))))))))).))..)))))..(((((((....))).))))....)))..))))))................))))).))))..)).))))))).)))))..))))))))))....))))..))))).(((((...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......(((((((..((((...((((....((((.((((......)))))))).....((((((((((((...))))))))))))..((((((((...........))))))))....(((((((((..((((..((.....(((.....)))..))..))))...)))))))))..((((..(((......)))..))))((((((....(((((((.....(((.(((......)))))))))))))))))))...))))...))))..))))))).......((((((((((((...((.......))...))))))).)))))..))))))).)))))).....((((((((.((......)).))).))))).((((.....))))......))))).)))).)))))..))....)))).))))...))))))))....)))).)))).)).))))..))).((((((..((((((.......)))))).(((...))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...)))))..(((....(((((...........)))))....))).(((((...)))))))))))...((((.(((((.....))))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..))))................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((.............((((...((((((.......((((((((((((.......))))))...))))))...........((....))..........(((((.............)))))........(((((cc..cc.................))......................((((((.....((.....))....))))))((.......((((((((....))))))))......(((((((((.....((((((...(((((..........((bbbb.....))(((((....)))))......BBBB.........)))))...)))))))))))..)))).....((((((((.........))))))))......((((((....))))))....................................ddddddd...................((((....))))............................((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))).....((((((((((....(((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....))))......)))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((((....))))...........(((...(((((((((.((((...(((((....))))).......((((((((..((((((((...(((..(((...((((..((.((......{{))ee))..)))).......................((((.(((((...((((...((((((((((......))))))))))..(((((((.................................((((((.((..........((((((((((((......(((((((((..((((....)))).....))))....((((........)))).)))))..))))))))))))................)).))))))(((((((((((((..(((((((((.....)))))))))............(((((((.(((......((((((((....))))))))...)))))))))).....((((.((((((............((((((.......))))))(((((...(((....))).(((((.((((((.(((((..........((...........<<))..(((....)))....>>........(((((........)))))......................))))).....(((...(((((.(((((.........)))))....(((((..........(((((((........))))))).......))))).....(((((((((((....))))))))))))))))...))).......(((((((((((((....((.............(((((..(((((.........))))))))))((((.....))))..(((((....(((..((((((((.((...........(((((((((...............)))))(((((((........)))))))..))))....(((((((((((...(((.......)))...((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))...)))((((((.......))))))....((...((((((..............)))))).))........))))))..)).))))))).))..)).)))))))).))).aaa..........))))).....)).............AAA.....(((....................))).................)))))))))))))....))))))...)))))........[[[[.....)))))]]]]..)))))).))))..................................(((.((((......)))))))...)))))))).)))))..................((((((((...........)))))))).......)))))))...))))))))).....))))..........((((........((((((((............))))))))...(((....))).))))........((((((EE((}}......)).))))))..............................))))))......))))))))))))..)))).)))).)))))))))..)))...))))))))))...((((((((.((......)).)))).)))).dddd))...DDDD......DDDDDDDCC..CC..))).(((.(((((....))).)))))........))))))...)))).................(((((((...............))))))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...))))).........(((((...........)))))................))))))).......((((((((((.....))))))........((((.(((....(((((....)))))...)))..)))).......))))................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((.((.((((.((((((((..(((.(((............))).)..((..(((((..(((((((((((((((((....).)))))...)))))))...(((.....)))...((((.......((((((..((.....))..)))))).))))....(((((..(((..........))).))))).(((((((....(((((.(((((((...((..(((((((((.....((((..(((.....((((((((....))))))))..((.......))...........(((............)))....)))...)))).(((((....)))))...((((((..(((......(..........)..(((((.((((((((.((((((((.........))))))))......((((((....))))))...........((((.((.(...(....((......))........................((((....)))).((........))............(((....))).((((..(((((....)))))..)))).((((.(((........))).))))...(((((((((((((.(((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....)))).......))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))(((......)))....).).)))))).(((((......((((((...((((....)))).(((((........))))).))))))...)))))..(((.((((..(((((((....))))).))..)))).)))...(.((........((((...(((((((..(((.....((((((((((......))))))))))....(((......)))..((((.(((((..(((........(((((((.(((......((.((((((((((((......(((((..(((.((((....)))))))..........((((........)))).)))))..)))))))))))))).............))).))))))).)))..)))))))))(((((((((...))))))))).)))..(((((((...)))))))..(....((((((((....))))))))...)...)))))))......))))....)).)...........(((.((((..(((..((((((...((((((.(((....)))..))))))..(((((.((.......(...........)(...(((....)))...))).)))))..(((((........)))))....((((((((((((..((((....((((..(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((..((.....(((((((........)))))))..))..))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...)))).........)))).......)))))))))))).((((..(((((.........)))))))))(((((.....))))).)))))).(((((....)))))...))).)))).)))....(((((.....(((....))))))))(((((((........))))))).........((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((..((..(((((((.((((....))))..)))))))..))..))))))))))...)))((((((.......))))))...((((..(((((((.(((....))).))))))))))).......))))))..)).))))))).)))...(.....)..)))))).))..)))))..(((((((....))).))))....)))..))))))................))))).))))..)).))))))).)))))..)))))))...........................((((((((....)))))))).((((((.(((((((......(((((((..((((...((((....((((.((((......)))))))).....((((((((((((...))))))))))))..((((((((...........))))))))....(((((((((..((((..((..................))..))))...)))))))))..((((..(((......)))..))))((((((....(((((((.....(((.(((......)))))))))))))))))))...))))...))))..))))))).......((((((((((((...((.......))...))))))))).)))..))))))).))))))......(((((((.((......)).)))).))).(((((.....)))))...........)))).)))))..))....((((....))).))).))))....)))).)))).)).))))..))).((((((..((((((.......)))))).(((...))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...)))))..(((....(((((...........)))))....))).(((((...)))))))))))...((((((((((.....))))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..))))................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((....((((.((((((((.((((..(((......................(((((..(((((((((((((((((....).)))))...))))))).(((((.....))).))((((dddd...((((((.............)))))).))))....(((((..(((..........))).))))).(((((((....(((((.(((((.........(((((((((...................((((((((.bbb))))))))..(((((((.(((...........(((.((((...)))))))..........)))..(((((....)))))...(((((((.(((....((((((....))))))(((((.((((((((.((((((((.........))))))))......((((((....))))))...........(((..((((<<<((((.............(((.........))).......((((....))))........................((((....))))((((..(((((....)))))..))))(((((.(((........))).)))).)((((((((((((((((((((..(((.(...))))..))))))...........((((.....)))).......))))))))))))))(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((.(...)))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))(((......))).)))).)))).))).(((((...{{{((((((..(((((....)))))(((((........))))).))))))...)))))......((((..(((((((....))))).))..)))).......((((........[[[[[..(((((((..(((.....((((((((((......))))))))))....(((......)))..((((.(((((..(((........(((((((.(((......((.((((((((((((......(((((..(((.((((....)))))))..........((((........)))).)))))..)))))))))))))).............))).))))))).)))..)))))))))(((((((((...))))))))).)))..(((((((...))))))).......((((((((....)))))))).......))))))))))).]]]]].......................((((..(((...(((((...((((((.(((....)))..))))))..(((((.....>>>.............(((...(((....)))...))).)))))..(((((........)))))....((((((((((((..((((....((((..(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((..((.((..(((((((........)))))))))))..))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...)))...)))).........)))).......)))))))))))).((((..(((((.........)))))))))(((((.....))))).)))))..(((((....)))))...))).))))........((((.....((((....))))))))(((((((........)))))))......((.((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((......(((((((.((((....))))..)))))))......))))))))))...)))(((((((....).))))))...((((..(((((((.(((....))).))))))))))).......))))))..)).))))))).)))))......}}}.)))))).))..)))))..(((((((....))).))))....)))).))))))........))))))).))))).))))...BBB.))))).)))))..)))))))..............(((...DDDD...cccccccc))).CCCCCCCC.((((((.(((((((......(((((((.(((((...((((....((((.((((.(...))))))))).....((((((((((((...))))))))))))..((((((((...........))))))))....(((((((((..((((..(((................)))..))))...)))))))))..((((..(((.(...))))..))))((((((....(((((((.....(((.(((......)))))))))))))))))))...))))...)))).)))))))).......((((((((((((.....(((......)))))))))))).)))..))))))).))))))(((((((((((((.(((...).)).)))).))))(((((.....))))).....))))).)))).))))).........aaa.)))AAA.))))))))....)))).))))....))))..))).((((((..((((((.......)))))).(((...))).(((((.......((((((((((((((....))))))...))))).....))))))))..(((....(((((...........)))))....))).(((((...)))))))))))...((((((((((.....))))))....((((((((.(((.((.(((((....))))).)))))..))))).)))..))))..))))..........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((((((........((((((.....(((((((............(((((..(((((((((.....(((((((((((((....).)))))...))))))).....))....((((..((((.((...(((.((((.......)))).))).)).)))).((((((((..((.....((((((.((.((.(.((((((((....(((((.(((((((...((..(((((((((.....(((.....)))...((((((((....))))))))..(((((((...............(((((((((..........((((.......)))).....)))))))))..((((((..(((..........((((((....))))))..(((.((..(((((((((.((....(((((((((.....(((..((((.((((((...((((..((((....))))..((....))...))))...))))))....((((((.((..(((((.((((((((..................(((.(..(((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))))..).)))..(((((...((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....))))......)))))))))))))))........((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).)))))))))))((((....))))......)))))).....)))))..))))))))..(((((....)))))..((((...((((.((.((((((((((.......(((..((((..(((((((....))))).))..))))..)))..((((((......(((((..(((((((..(((.....((((((((((......)))))))))).((((((((....(((..(((..(((((..(((........(((((((.(((((....((.((..((((((((......(((((..((((.(((....)))))))..........((((........)))).)))))..))))))))..))))........))...))).))))))).)))..)))))...((((((((((...)))))))))))))..)))....)))).))))..)))...(((..(((....)))..))).......))))))).....)))))..(((((.((((.....((((((.......))))))((((((.((((((..((.....))..))))))..))...)))).)))).))))).((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))................))))))..........(((...(((((.(((((.........)))))(((.((((((..((.....(((((((........)))))))..))..))))))..)))(((((((((((....))))))))))))))))...))).))).)))))))..)).))))...(((((((........(((((..(((((.........)))))))))).))))))).)))).)))))((((((((....)))))...((..((.((...(((((((((.....(((....)))))))).((((((........))))))...))))..))))..))..))).)).)))))).........))))..)))...(((....)))..))))))))).....((((.((((((.(((((..((((..((..((..(((.((((....))))..)))..))..))..)))))))))...((..(((((.((((....((..((...))...))..((((......)))).)))).))))).((.(....)))....))..))))))...(((((.....)))))..))))......)).)))))))))...)).)))......)))..))))))........))))))).))))).))))..)).))))))).)))))..)))))))).))).)).))))))....(((((...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......(((((((..((((...((((....(((((.((((...(((((...)))))..((..(((((((.....)))))))..))..((((((((...........))))))))...)))).)))))..((((((.......)))))).(((((....(((((........((((((((............))))))))...(((....))).))))).......(((((((.((........)))))))))))))).))))...))))..))))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))))))).)))))).....((((((((.((......)).))).)))))(((((.....))))).....)))))..))..))))))))..(((((((....))).)))).))))....)))))))..)))))......(((((.(((((((((((..((.(....).)).))))))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...))))).........))))....(((.(((.....))).)))...)))))..))))))))))))).((((.(((((.....))))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..)))).)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(........(((.((.((((.((((......(((((((((................................(((((((((((((....).)))))...)))))))...........((....)).........((((((.............))))))............................................................(((((.....((.....))....)))))..........((((((((....))))))))..............................................((((.......(((((....)))))......)))).......................................((((((((.........))))))))......((((((....))))))..............))))))).))...(((......(((((((........(((((......((((....))))............................((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).))))......((((((((((..((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....))))......)))))))))))))))...(((..((((((...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........)))))))).)).)))))))))))((((....))))......)))))).....((..(((((.((((...(((((....))))).......((((((((..((((((((...((((.((((...........((((....)))).(((..((((......................(((((((((((...((((...((((((((((......))))))))))..(((((((...(((((((((.........((((((((...(((((((.(((.........((..((((((((......(((((..((..((((....)))).))..........((((........)))).)))))..))))))))..))...............))).)))))))(((.((..(((((.((((((((((...))))))))))(((((.......(((((((.(((......(((..(((....)))..)))...))))))))))...........((((((.(...........(((.((((..(((...(((((....(((((.......(((((...((.....)).)))))......(((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...((((((((.................((((((................................((((.........))))....................(((((((........))))))).................(((((((((((....))))))))))).........................................))))))..)))))))).)))))............)))))(((((.....))))).)))))..(((((....)))))...))).)))).)))....(((((.....(((....))))))))(((((((........)))))))........)))))))...........))))).....)))))...)).)))..(((....)))......)))))))).(((((((((...((((((..((((..((..((..(((.((((....))))..)))..))..))..))))))))))...))).................................................................))))))...)))))))))....................((((...(((....((((((......)).))))...)))))))............((((.........((((((..(((((((((((((((.(((((((((..................((((.....((((((((....))))))))..))))...................))))))))).))))))....((((.((((......))))))))....)))))))))...)))))).....))))...((((((((...........)))))))).......)))))))...)))))))))....))))))........(((((........((((((((............))))))))...(((....))).))))).......)))))))........................))))......((((.........)))).))))......)))))))))))))..))).)))).)))))..))...))).))))))))))....((((.(((.((......)).)))..))))........))))).......)))))))....))).((..((((..(((....)))..))))..))...)))).)))).)).)))........((((...(((((((.....(....)....))))))).(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...))))).......................................(((.....)))..))))....((((.(((((.....))))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..))))..........).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((((....((((.((((((((((((((((..((..(((......(((.((....(((((((((((((....).)))))...)))))))..)))))....(((...((((......(((.((((.......)))).)))....))))...))).)))..)).....((((((((.(((......(((((.(((....((..((((((.....((.....))....))))))..)).....((((..((....))..)))).(((.......)))............))).))))).......))).((((.((....(((((....)))))...)).))))............)))))))).)))))))......(((((((((((((.........))))))))......((((((....)))))).........)))))))))))).))...............((....))...))))........((((....))))..................))))))))))((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))).........(((.(((((((((((((((((((((((((..(((......)))..)))))..((....))..((((.....))))......)))))))))))))).(((((....)))))...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))..)))))))((((....))))........((((((((((((......((((((..(((((....)))))(((((........))))).))))))...)))))..)))))))...(((((((....))))).)).)))))))))....(((((((.((((((((..(((((((..(((.....(((((((..(......)..))))))).((((((((....(((..(((..(((((..(((........(((((((.(((((....((.((..((((((((......(((((..((((.(((....)))))))..........((((........)))).)))))..))))))))..))))........))...))).))))))).)))..)))))...((((((((((...)))))))))))))..)))....)))).))))..)))...(((..(((....)))..))).......))))))).....)))))(((((((.((((.....((((((.......))))))((((((.((((((.(((....)))..))))))..))...)))).)))).))))).))........((((.((((((.(((.(((((((..(((((........)))))....((((..(((.((((..((..((((...((((...........(((((((((...(((((...(((((....))))).((((((........((((.(((((((((..(((((.((..(((((((((((....)))))))))))...)).))))).))))..)))))..)))).....))))))............((((..((((..(((......)))...((((((.....))))))(((((..(((((....))))).........(((....))))))))....((((....))))..(((((((((........))))))).))......))))..))))..)))))...)))))))))..((((((((....(((....)))......))))))))...))))(((....(((((..((((..((..((..(((.((((....))))..)))..))..))..)))))))))....)))..))))..)).....)))).)))..))))....))))))).)))....(((.((.(((.......))))).)))..(((((.(((.((((..(((((..((((..............(((((((....))).))))..(((((((((((((.....(((((.....(((((.((.(((((.......(((((..(((....)))...((((((((.((((...........((((((((....)))))))).((((((.(((((((......(((((((..((((...((((....(((((.((((...(((((...)))))..((..((..(..(...)..)..))..))..((((((((...........))))))))...)))).)))))..((((((.......)))))).(((((....(((((........((((((((............))))))))...(((....))).))))).......(((((((.((........)))))))))))))).))))...))))..))))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))..))))))).)))))).)))).(((((((.((......)).))).)))).))))))))..))))).......)))))))))))))))))..(((((((....))).)))).))))).....)))))))).....)))).(((((..(((((((((.......)))))..((((......(((((.....((...(((((((((((....))))))...)))))...))...)))))..((((....(((.....)))))))..))))..))))..)))))........)))))..)))).))).)))))...))))))...((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))..))))..))))))))))....