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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00522



RNA: CRW_00522
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ......((((((((.........(((((((((((....(((...(((((((((((.......(((((((...........)))....((((((((((((((.(((((((((....)))))).))).))...))))))))))))...))))...(((....)))....(((((...))))).....((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((.............................(............)........(((((((.....))))))).....(((((..[[[[)))))..))))..)..)))))))))))..............((....))...)).........((((....))))............)....))))))))))).....(.(((((((((((.......)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..................................((....)).(((((.....))))).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((((((((((((....(((...(((((((((((((((((((.....))))))).))))))))))))..)).)....)))))))).)).....))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....g.gggggg.............(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))...........)).....GGGGGGG)))...)))))))((((((((.........))))))))....))))))(.(((((((......((((((((((....))))))))))....)))))))..).....))))))b(.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((<<<<.((...(((.(.(((...))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((.((((((.(((...((((..(((((((......)))))))..))))........)))..))))))...)))))))))))>>>>..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))).((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((....)))(...).......(((((((((..((f....(....F))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((((((((.((((((...)))))))))).))))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....B))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..eeeee..(((......((((((((....))))))))...))).......)).).EEEEE))))))))))))))))))...(((((((((......))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))(({{....{{{{{{.....{{)(.(((}}.....}}}}}}....((((((((h...(..H)))))))).(((....))).}}))).).....(((((((..((..]]]]..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...dddddddd..((((.(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((.....))))))..)))))....))).)))))).(((....(((((...........)))))....))).))))..)...DDDDDDDD..((((....)))).(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)...))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((((((((.............................................)))))))))).......(((((((((((((((((((((.((......)).)))))))......))))))))))))))....((((((((((((......))))))))))))...........(((((.......((((.(((((((((((((((.....................................................................................................(((((.......)))))..............................................................................................................................((((((((((((.......))))))))))))..(((((((..........)))))))(((((((((((((((((...............................................((((((.......))))))......))))))))))))))))).........((((....(((((((((((((((......))))))))....................((((.((((........))))))))........)))))))((((.....))))...............................................(.(((((((((((((((((.............(((((((((((....((((((((((((((....)))))))))))))).......)))))))))))..............((((((((((......))))))))))...((((......))))......((((.....((((((((((((((((((((((((.........))))))))))))))))))))))))....))))....................((((........))))..............................((((..............))))..........................(((((((((((.....((.(((((((....(((((((((.(......).)))))))))..))))))))).....)))))))))))........(.((((((.......)))))).).............((((((((((((((..........((((((((.(((...(((((((((((((....................((((....................((((((((.................((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))).....)))))))).................................................(((((((...((((((((((((.....(((.....(((((......................................................................................................))))).....(((((...((((((...............................................))))))...)))))(((.........))).....(((..........))).((((((.....))))))...........................))).)))))))))))))))))))........))))((((((....))))))..)))))))))))))..))).)))))))).........(((.....((((...............))))....)))))))))))))))))......((((((((....))))))))......................))))))))))))))))).)......(((((........)))))......................)))).........(((((((((...........))))))).))......((...((((((((....)))))))).))......((((...(........)...)))).((((((((((((((.....)).))))))))))))..............(((((...........................((((((..((((((((.................))))))))............................(((((((((......))))))).))....))))))...........))))).........(((((...(((((((....))).)))).)))))..(((((((....)))))))..........)))))))))))))))))))....(((((((((..........................))))))))).........................................................................((.(((((((((((((............................))))))))))))).))............................)))))...............))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......)))))).............((((........(((((((((..............((((((((...........(((((((........)))))))((((((....((((((((..((((((..(((((((((((........)))))))))))..))))))(((((......((((((.....((....))......))))).)...................((((((.....((.....))....))))))..)))))........................))))))))..)))))).))))))))(((((((.....))))))).....))))))))).))))....(((((((((.....((((((((((.......(((((....)....................((((((((((...............................(((((((((((.........)))))))))))..((((((............))))))(((((((((((((((((.......(((....(((......))).....))).............((((((.......))))))......))))))))))))))))).................(((((((((((........((((((........))))))..........(((((.(((........))))))))....)))))))))))..(((...(((..................((((.(((((((...((((((((........((((((((......))))))))..........(((((((((((....((((((.(((((((....))))))).)))))).......)))))))))))..))))))))..(.((((((((((......)))))))))).)))))))).))))........((((((....(((((((.((((((...(((((((.........)))))))...)))))).)))))))...))))))...)))(((((((((....((((((......((((.(.((..........))).......................((((((..(.((((((.......))))))..)...))))))..........)))).........(((((((((((((((((((((...........................(((((................(((((.......))))).(((.........)))((((((((((((((.....(((...(((.((((((...((((.......)))).....................(((((........)))))..(((((((((((..((((.((((...((((((.((((((......)))))).))))))...........)))).))))..)))))))))))............)))))).)))..))).(((((((((((........(((((((...((((((((((((......((......(((((...............)))))...(((((........))))).......))(((((((.............(((((((((...(((....)))...))..)))))))((((.(((((..(((((((...(........((((((..............)))))).......).)))))..))))))).))..))...)))))))..((((..........))))(((((.......)))))...............................)))))))))))))))))))(((.......(((((....))))).....))).(....((((..........))))....).......................))))))))))).........))))))))))))))......((((((((....)))))))))))))..(((((........))))))))))))))))))).......(((((((......))))))).....)))))))....(((((((.((((.....))))((((((...........)))))).......((((....((((((((....))))))))......)))).......................((((((.((((((..........)))))).))))))........)))))))...............)).)))).)))))))))..(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........((((((..(....((.((((((......))))))...))...).....((((........)))).....))))).).....(((((((....))).))))....))).(((((((....)))))))........))))))))))...))))........((((((((((.............(....).....))))))))))..................)))).))))))....................................((((((((.(((((((.((................)).))))).)).)))))))).(((((.(.((((.....((((....))))......)))).).)))))..........))))))))).
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((((.(((...))).))))))...(((((((....(((((((...)))))))))))))).))))))))......(((((((((((((((((((((.(((....))).)))))))......))))))))))))))....((((((((((((......))))))))))))....................(((((((.((((((.......................((((((..................))))))...((((((.(((...))).(((((..((((((((((......)))....(((..((((((((.....)))))))).))).((((......)))))))))))..)))))......))))))......))))))........))))))).((((((.........((((((((((((((.(((((((((...(((.....)))...))))))))))))))..))))))))))))))).(((((((..((((((((...(((((((((((((((((.(((((.((((...(((......)))....))))..)))))....(((((((((.....)))))))))....)))))))))))))))))........(((((((((((((((((((((.((((..(((((((......)))))))...))))...(((((.(((........))))))))...))))))))))))((((.....)))))))..)))))).....)))))))))))))))((((((((((.....(((.(((((((........))))))))))....(((((((((((....((((((.(((((((....))))))).)))))).......)))))))))))))))))))))....((((((((((......))))))))))...((((......)))).....((((((((..(((((((.(((((((..(((((((.........)))))))..))))))).))))))).....((((((((.......))))))))((((........)))).)))))))).((((((...(((..........)))...))))))......(((((((.......)))))))..((((.(((((((((((........(((((((....((((((((............))))))))..))))))).......)))))))))))....))))..((((((.......))))))...............((((((((((((((..........((((((((.......((((((.((((((......((((.....(((((((((.........(((((((((((((((((((((((.....))).....((((((((((((((.((((..........)))).))))))))))))))....)))))))))))...)))......((((....)))).(((((....)))))..))))))((((((((...(((((((((((.(((((((((.......((((.((((..((((..((((....)))).(((..((((.....)))).)))...(((((.....)))))(((.....(((...(((....)))...)))......)))(((.(((((...((((((...(((......(((((((((.(((.....)))))))))))).))).))))))...))))).)))..........))))..)))).))))......)))))))))............((((..(((.........)))..))))..)))))))))))))))))))........)))))))))....)))).....)))))).))))))......)))))))).........((((...(((((((((......))).))))))..))))))))))))))))))..(((.((((((((....)))))))))))(((.[[[[[[.)))..]]]]]].......(((((((.....(((((((((......)))))))))......)))))))........((((....[[[[[(((((((...........)))))))......))))(((.((((((((....)))))))).)))....]]]]]...........(((((....[[[[[[.[[[[[[..)))))...]]]]]].]]]]]]...........(((((((((((........)))......(((..((((((((.........((((((((.(((((((......(((.....)))))))))).))))).))).(((((((((((......)))))).))))).))))))))..)))....)))))))).(((...........(((((((....))).))))[[[[))).(((((((....))))))).((((((((.......))))))))......]]]].......((((((...((((...((((((((((((...)))))))..)))))...)))).))))))..((((((((((((...((((.(((((......)))))))))...............((((....))))......))))))))))))...........((((((((.((((....)))).))).................)))))...((((((....)))))).
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