RNA Secondary Structure Atlas
- RNASTRAND
- CRW_00524
RNA: CRW_00524
Rfam family:
-
|
|
|
AAAACGACUCUCGGCAACGGAUAUCUCGGCUCUCGCAUCGAUGAAGAACGUAGCGAAAUGCGAUACUUGGUGUGAAUUGCAGAAUCCCGUGAACCAUCGAGUCUUUGAACGCAAGUUGCGCCCCAAGCCUUCUGGCCGAGGGCACGUCUGCCUGGGUGUCACAAGCGACCCCAGGUCAGGCGGGAUUACCCGCUGAGUUUAAGCAUAUCAAUAAGCGGAGGAAAAGAAACUAACAAGGAUUCCCUUAGUAACGGCGAGCGAACCGGGAAGAGCCCAGCUUGAAAAUCGGACGUCUUCGGCGUUCGAAUUGUAGUCUGGAGAAGCGUCCUCAGCGACGGACCGGGCCUAAGUUCCCUGGAAAGGGGCGCCAGAGAGGGUGAGAGCCCGUCGUGCCCGGACCCUGUCGCACCACGAGGCGCUGUCUACGAGUCGGGUUGUUUGGGAAUGCAGCCCCAAUCGGGCGGUAAAUUCCGUCCAAGGCUAAAUACGGGCGAGAGACCGAUAGCGAACAAGUACCGCGAGGUAAAGAUGAAAAGGACUUUGAAAAGAGAGUCAAAGAGUGCUUGAAAUUGUCGGGAGGGAAGCGGAUGGGGGCCGGCGAUGCGUCCUGGUCGGAUGCGGAACGGAGCAAUCCGGUCCGCCGAUCGAUUCGGGGCGUGGACCGACGCGGAUUACGGUGGCGGCCUAAGCCCGGGCUUUUGAUACGCUUGUGGAGACGUCGCUGCCGUGAUCGUGGUCUGCAGCACGCGCCUAACGGCGUGCCUCGGCAUCAGCGUGCUCCGGGCGUCGGCCUGUGGGCUCCCCAUUCGACCCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUCUGACAUGUGUGCGAGUCAACGGGUGAGUAAACCCGUAAGGCGCAAGGAAGCUGAUUGGCGGGAUCCUCGCGGGUGCACCGCCGACCGACCUUGAUCUUCUGAGAAGGGUUCGAGUGUGAGCAUGCCUGUCGGGACCCGAAAGAUGGUGAACUAUGCCUGAGCGGGGUAAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAAGCCCGCAGCGAUACUGACGUGCAAAUCGUUCGUCUGACUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACCAUCUAGUAGCUGGUUCCCUCCGAAGUUUCCCUCAGGAUAGCUGGAGCUCGGACGCGAGUUCUAUCGGGUAAAGCCAAUGAUUAGAGGCAUUGGGGGCGCAACGCCUCGACCUAUUCUCAAACUUUAAAUAGGUAGGACGUGUCGGCUGCUUUGUUGAGCCGUCACACGGAAUCGAGAGCUCCAAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGCGGGAUGAACCGGAAGCCGGGUUACGGUGCCCAACUGCGCGCUAACCUAGAACCCACAAAGGGUGUUGGUCGAUUAAGACAGCAGGACGGUGGUCAUGGAAGUCGAAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCUGCCGAAUCAACUAGCCCCGAAAAUGGAUGGCGCUUAAGCGCGACCUAUACCCGGCCGUCGGGGCAAGAGCCAGGCCUCGAUGAGUAGGAGGGCGCGGCGGUCGCUGCAAAACCUAGGGCGCGAGGCGCGGAGCGGCCGUCGGUGCAGAUCUUGGUGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGGCCGAAGAGGGGAAAGGUUCCAUGUGAACGGCACUUGCACAUGGGUUAGUCGAUCCUAAGAGUCGGGGGAAACCCGUCUGAUAGCGCUUAAGCGAACUUCGAAAGGGGAUCCGGUUAAAAUUCCGGAACCGGGACGUGGCGGUUGACGGCAACGUUAGGGAGUCCGGAGACGUCGGCGGGGGCCUCGGGAAGAGUUAUCUUUUCUGUUUAACAGCCUGCCCACCCUGGAAACGGCUCAGCCGGAGGUAGGGUCCAGCGGCUGGAAGAGCACCGCACGUCGCGUGGUGUCCGGUGCGCCCCCGGGCGCCCUUGAAAAUCCGGAGGACCGAGUGCCGCUCACGCCCGGUCGUACUCAUAACCGCAUCAGGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUGGUCGAUGGAACAAUGUAGGCAAGGGAAGUCGGCAAAAUGGAUCCGUAACUUCGGGAAAAGGAUUGGCUCUGAGGGCUGGGCUCGGGGGUCCCAGUUCCGAACCCGUCGGCUGUCAGCGGACUGCUCGAGCUGCUUCCGCGGCGAGAGCGGGUCGCCGGCUGCCGGCCGGGGGACGACUGGGAACGGCUCUCUCGGGAGCUUUCCCCGGGCGUCGAACAGUCAGCUCAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCCGACUGUUUAAUUAAAACAAAGCAUUGCGAUGGUCCCUGCGGAUGCUAACGCAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUGUCUACUAUCCAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCAGAAUCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUCCGACUUUGUGAAAUGACUUGAGAGGUGUAGGAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCAAGUGAAAUACCACUACUUUUAACGUUAUUUUACUUACUCCGUGAAUCGGAGGCCGGGGUACAACCCCUGUUUUUGGUCCCAAGGCUCGCUUCGGCGGGUCGAUCCGGGCGGAGGACAUUGUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCACAUCUGUUAAAAGAUAACGCAGGUGUCCUAAGAUGAGCUCAACGAGAACAGAAAUCUCGUGUGGAACAAAAGGGUAAAAGCUCGUUUGAUUCUGAUUUUCAGUACGAAUACGAACCGUGAAAGCGUGGCCUAUCGAUCCUUUAGACUUCGGAAUUUGAAGCUAGAGGUGUCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCAGCCAAGCGUUCAUAGCGACGUUGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAUCAUUGUGAAGCAGAAUUCACCAAGUGUUGGAUUGUUCACCCACCAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGCCCGCGUCGCGAUAGUAAUUCAACCUAGUACGAGAGGAACCGUUGAUUCGCACAAUUGGUCAUCGCGCUUGGUUGAAAAGCCAGUGGCGCGAAGCUACCGUGCGCUGGAUUAUGACUGAACGCCUCUAAGUCAGAAUCCGGGCUAGAAGCGACGCAUGCGCCCGCCGCCCGAUUGCCGACCCUCAGUAGGAGCUUAGGCUCCAAAGGCACGUGUCGUUGGCUAAGUCCGUUCGGCGGAACGGUCGUUCGGACCGCCUUGAAUUAUAAUUACCACCGAGCGGCGGGUAGAAUCCUUUGCAGACGACUUAAAUACGCGACGGGGUAUUGUAAGUGGCAGAGUGGCCUUGCUGCCACGAUCCACUGAGAUUCAGCCCUUUGUCGCUAAGAUUCGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......((((((((((.....(((..(((((((((........(((((((........))).......(((......................)))......))))...(((...)))((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((......))))))))).))))))......((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((..((((((((((((((((.(....)))))))))))))))))....((((((.((((.(((((((.(((((((...(.((((......)))))..(...)..((.......))....)))))))..)).))))).....)))))))).))........(((((((........))))))).....(((((........)))))..))))........))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))).....((((((((((((....(..(((((((.......((((((((((....)))))))))).........))))))))...(((((((.(((((((((((((((.......(((((((.....))))))).......)))))))))))))))..........(((((...........((((....))))...))))).....)))))))......)).))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..(((.(((((((....)))))))..)))...((....))....(((((..(((.....)))...))))).((((((((...((....))...))).))).))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...((((.((.((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....)))))..(((((((..........((((((((....(((....((((((((((..((((((.(.....)))))))))))))))))..)).)....)))))))).(((((((((.........)))))))))...........))))))).....((((((((((.....))))))))))....(((......)))...(((((((...(((......(.(..(((..................(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))...................))))))))...)))))))(((((((((.........)))))))))....))))))(.((((((((((......((....(((....)))))...))))))))))..).....))))))..............((((((.......))))))((((.....((((..((...((((((...((.....)).))))))......(((.((...(((((.(((....))))))......(((....)))....))....))...(((((........)))))..((((.(((((((...((((....))))......((((((...((((.(((((((.(((((((((.........))))))...(((((.....(((((((((((((.....))))))))))))).....)))))......(((((((.....)))))))..)))...))))))).)))).........))))))...........)).))))))))).)))..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((((((((((.(((((((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))).))))....))))))))...(((((....)))))..)))))))))......)))))..)))))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..((((((((.(.((((....)))).)...))))))))..((((.(((..((((((.(..(((....(((((....)))))....))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))............(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.........(((((..((....))............))))))))))))).))))))))))...(((((.....((((....(((((...)))))...............(((((((....)))))))..))))..))))).....)))))))....))))..((((.....))).)((((((...........))))))..((....((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....(((((((((.......))))))))).(((....))).))..........((((((.((((.......)))))))))).........)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))))))).((((((((..((((.((((((((...............))))))))(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))...)))..))))).(((....(((((...........)))))....))).))))...))))))))....((((((((.....................((((....)))).......................(((((..((((......))))..))))).........................))))))))..((((((((((.......)))))....(((((((((.((..(..((((.((((((((......)))))))))))))...)).....))).))))))...)))))..
|
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.((((((..(((..........((((((((((.....(......((.(((((...(((((((.((..........((.((((..........(((((.........(((((((((((.(((.(((((.....(((.((((((((((((.............))))))).)))))......((((((...................))))).).....................(((........(((..(((..((.....((((((((((......(((((((.(....))))))))......(((((.(..((((.((((.(((((((.((((((....((.((((....))))))........((((....)))).....))))))..)).))))).....))))))))...........(((((((........)))))))...(.((((((......)))))).).......).)))))......((((((.....((((((((....)).............((((((......))))))......))))))....))))))((((((((((((((((((((((...((((((((((((((..(((((.((((....)))).)))))...)))))).))))))))..))..((((.((((((((((((((.....(((((((.........))))).))....))))))))))))))))))......((((((((((....))))(((....)))....))))))..((((....))))...)))).)))))))...((((........)))).....((((...((((.((((((..((..((((((......))))))..(((........)))....(((((....((....))....)))))....((((((..((....))..)))))).....))..)))))).))))((((((.(...((((((...((((((((..(((((.....(((((((....))))))).....))))).........((((...........))))......))))))))........((....))..))))))......).))))))))))...))))))))).....)))))).)))))).)))..))).....)))....))).....))))))))..)))).))))))).......((((((...........)))))).)))))(((.(((((.........))))).))))))).)).....)).)))))))...))))).......))....)...))))))))))....)))...))))))..(((.((((.............(((....((((.....))))...))).............(((.((((((((.....................((.(.(((........))).).))..........((((............((((....)))).........((...(((((((((.........)))))))))....)).))))(((((((.((((((.....(((((..(.....(((((.((((.(((((((......(((((((......((.....((((((.......))))))((((.(((((((....(((((((((((...........)))))))................(((((((.....(((...(((...(((....)))....)))...)))..(((((........)))))((((((..((((((((........((....((...((((((..((((..(((((((...(((((((....))))))).......(((((.((..(((((.....((((...)))).....)))))...))))))).....(((((((((........)))..)))))))))))))))))..........))))))...))..))))))).))).))))))....(((....(((.(((((..............(((((((.((((..............(((.......))).........(((((....(....).....)))))))))..)))).))).(((((((((((((((((.....((.((((((.(((.((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))).))).)))))).)).....))))))))...(((((....)))))..)))))))))....................))))).)))....)))...)))))))................((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((..((((.((...(((......(((....)))......))).))))..)))))))))..))))....)))))))..))...))....................(((((((((((((((((..............(((.(((((((((.........(((.........((((((........))))))((((((((((((........(((((.((((((((...((..(.(((.(((.(((((((((((((((((..........(((((..((....))............))))).))))))).))))))))))...(((((.....)))))((((((......((((((.(....((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))...).)))).))....)))))).))).))))((((((((...........)))))))).....)).))))))))(((((.......)))))...........))))).....))))).)))))))..(((((.(.((..........(((....)))............(((((((..((........))..))))))).))).))))))))...)))))))))..)))((((.......))))))))))).))).)))))))...........(((((..((.....))...)))))....))......))))))).........((((.(((.......)))...)..))).(((....(((((((....))).)))).......))).))))))).)))).))))).........)..)))))............((((..(..((((...((((..((((((((((((....))))))..)))))).))))..))))((((((((.(((((...........))))).))))))).).)..))))..))).))).)))))))..))))))))..))).....(((((....)))))...)))))))))))))...............(((.(..(((((((.(..((((.(((...............))))))).(((......)))...).)))))))....).)))...(((((....(.(((((.(..(((((......)))))..))))))).......)))))....((........)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...)))...(((......((((...[[[[[)))).......))).......]]]]](((.[[[[)))..((((........))))]]]]...........(((....)))..((((...(((....)))...)))).((((((((((((.(((......))))))))).)))))).......(((((.[[[[[.............)))))........]]]]]...(((..[[[[))).....(((........)))]]]].(((((.(((((....(((((((((...))))))))).........((((..((((.((((.(((((((.((((((......(((((....))))).........((((....)))).....))))))...))))))).....)))))))).))))))))).)))))..((((......[[[[))))..((((((......))))))..]]]].....(((........)))...(((..[[[[[[[))).................((((((......)))))).....]]]]]]]......(((((((((...((((((((((((......(((((((((((((..(((((.((((....)))).)))))...)))).)))))))))...(((((((.(((((((((((((((.......(((((.........))))).......))))))))))))))).....(((.((((((((((....)))((((....))))..))))))).))))))))))......))).))))))))).))).))))))....(((((......))))).......(((......((((((......))))))..[[[))).....]]]..(((((((.((((....))))...)))))))(((((((((((((((...)))))..))))).........[[[.)))))............]]]...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))(((..[[[...[[[[)))....]]]].]]]...))))))))))).........((((...[[[[[[..))))...]]]]]]..(((.......[[[...)))....(((((((((....)))))))))..]]].....(((((.....[[[[[))))).........]]]]].(((((((...........)))))))..((((....[[[[((((....))))))))....(((.........)))..(((.((((.(((((.....))))).))))..)))((......))...]]]](((....[[[[))).......]]]].(((....((((.....))))[[[))).......]]](((....[[[[[[....(((........))))))...((((........))))..]]]]]].........(((((((..((((...((((....))))...))))....[[[..)))))))....]]]...((((..[[[[[[.))))((((((((((((((.............((((...)))).)))))))))).))))......................]]]]]]........((((...[[[[))))........]]]](((((((..[[[[.....)))))))....]]]].(((.......[[[[)))..]]]].....((((((....)))..((((....)))).[[[[[))).....]]]]]((((((.((((((((((((((....))))).....(((((((((((..((((....(((..((((((....)))))).......(((((.....((((((....((((...))))....)))))).....)))))...)))..)))))))))..............(((((....))))).........)))))).........))))).))))))))))..........(((.[[[[.)))......]]]]....((((...[[[[[[..........)))).......]]]]]]........(((.....[[[.)))...]]]((((((((((((((((.(((((((((((((((((.....(((((((((.(((.(((..((((((..(((((....)))))..))))))..))).))).))))).))))....))))))))..((((((....)))))).)))))))))......)))))..)))))...((((..(((((..(((((((...((((((............((((((((.((((..........)))).)))))))).......((((.(((((.(((...)))...((((....))))....))))))))))))))).((((((.......))))))((((.....(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).))))...)))))))..)))))(((.........)))....)))).))))))((((.((((((...(((..(((((((((........)))))))))..))).....)))))).....(((((((((((((((((((((.....((((....))))..)))).((((......)))).))))))).))))))))))...(((((.....)))))...(((((...))))).........))))..(((((((....)))))))..(((.[[[[[.)))..]]]]].((((((..(((((((((..(((...[[[[[............)))(((...))).]]]]]...(((((((((.[[[[[.)))))).)))..((((.((((....)))).)))).]]]]]........((((..[[[[...))))....]]]].......((((((((((.((((((...))))))))))))).)))..........(((((((.........))))))))))))))))..(((...[[[[[[[[.....))).....]]]]]]]].....(((...(((((((((......)))))..))))..))).......))))))..(((((..........[[[[...(((((((....))).)))).......))))).....]]]].(((((((............(((...[[[..)))...]]]((((.[[[[[.....))))((((((((((((....)))))..))))))).......]]]]](((((((.(((((...[[[.....))))).))))))).......]]]........(((((((((......((((((........(((((....))))).[[[[[.......))))))...(((((..((((......))))..))))).]]]]]...................)))))))))..........................)))))))((((......[[[[[[[[[(((((......))))).)))).((((...))))...]]]]]]]]]......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((...((((((..(((........((..(((((((((.......((((......))))....)))))))))...))...(((((((...((((.(((..(((((......((((((((((..((((.(((..((..(((.((((((((((((.(((......))))))))).))))))...(((((((..(((((..(((.((((........((((....((((((.((((((....)))).))..((((((((....(((.....((((..........((((((((.....))))))))....((((((..(((((((.((((.(((((((.((((((....((.((((....))))))....((..((((....)))).))..))))))...))))))).....)))))))).))).......(((((((........))))))).....((((((......)))))).)))))).....))))......)))...))...((((((((....)))............((((((......)))))).......)))))...))))))((((((((.((((((((((((..(...(((((((((((((..(((((.((((....)))).)))))...)))).)))))))))((.(((((((.((((((((..(((((.....(((..((.........))..).))....)))))..)))))))).....(((.((((((((((....))).(((....)))...))))))).)))))))))))).)..))).)))))))))..((((........)))).(((.((..(((((((.(..(((......((((((......))))))...((((...........(((((((.((((....))))...))))))).(((((((..((....))..)))).))).))))..)))..).)))))))..))...(((((((...(((((((..((((((.....(((((((....))))))).....))))).........((((..(.....)..))))....)..)))))))...(((........))).)))))))......)))))))))))..))))))))))..)))))))..)))))((((....))))...))))))).)))..))..)))))))....)))))))))).(((..(((((((...........)))))))))).(((((.(((.((((....)))).))))))))...)))))..)))...))))((((.(((((.....))))).))))...)))))))...)))...))))))...))(((((..(((((((((...(((((..(((.....(((.((((((.((((......(((((..(((((................)))))...((((........)))).)))))..)))).)))))))))....((((...((((....))))...))))..((..((((((((((.........))))))))).)..)).))).(((((....))))).....)))))))))).(((((((.(((((....((((((....(((((((..(((((((...((((.(((.(((((((.....((.....))...)))))))))).))))(..((((((...(((((..(((((((.......((((..(((..(((..((((((((((....)))..((((...(((((.(((((........)))))((((((.((((((((((((((....)))))((...(((((((((((..((((..((.((.(((((((....)))))))......(((((.((..((((((....((((...))))....))))))...)))))))...)))).)))))))))....(((((((((.......)))))))))........))))))...))....))))).)))))))))).((((((...(((...(((((((((((((((......((..((((((.((((.....(((((((.((((.(((...........((((......))))......((..(.(((((((((((.((((((((.((((((((.....(((((((((.(((.(((..((((((..(((((....)))))..))))))..))).))).))))).))))....))))))))..((((((....))))))..))))))))......)))))..)))))).)..))...))).(((((((((((.((((((............((((((((.((((((....))..)))).)))))))).......((((.(((((.(((((.((........)).)))))....))))))))))))))).((((((.......)))))).........(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).))))))).)).)))))))))))..)))).))........))))..))..((((((.(((((..(((((((((........)))))))))..))).))..)))))))))))).))...)))))))..)))...((.(((((..((((....))...((((......)))).............))..)))))(((((.....))))).)).))))))..))))).......((((...(((((((....))))))).....)))).))))...)))))))..)))..(((((((((((((((.((((((((...........))))))))))........)))).(((((..(((..(((((.((((((((....((((......((((......(((.....))).......))))..(((....)))..))))...((((((((((.(((((.....)))))))))))).)))......))).))))))))))..))).)))))..)))))))))..(((.((((....))))...))))))..)))))))))))...)))))....(((((......)))))))))))..)..))))).)))))))))..(((..(((.((..((((...(((((((....))).))))......))))..)).))))))(((((((..((((...........(((((..((..(((((((.......))).))))..((((((((((((....)))))..)))))))..))..))))).(((((((.(((((...........))))).)))))))))))...))))))).)))))).))))))))..))))......)))).(((((....)))))...)))))..(((((..((.....((((((((.((..(((((.....))))).....(((....))).)).)))))))).(((.....)))...))..)))))........(((((((((((((...(((((....(((((......)))))...)))))..)))...)))))..))))).......... |
|