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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00525



RNA: CRW_00525
Rfam family: -

AACGCCCCGCCGGCGGAUGCCUCGGCCCGGGCGGCGACGAAGAGCGCGGCGGAGCGCGAGACGCGGUGCGGACCCGCCCGCCCCGAGAAGCACCGACCCUCGAACGCAGCGCGCCCCGGCGCCGCCGCCUCGGCGCCCGCGCGGCCCGAGGCGGCGGGGGCGACGGGCGGAACUUAAGCAUAUCAGUACGCCCCGGAGGAGAAACCAACCGGGAUUCCCCGUAGCGGCGAGCGACGCGGGAGGAGCCCGCCCCGAAGGCGCGCUGUGGGGCGCAGGCGCAGGCCCGCCGCGAGGGGGCCCGAGGGCCCCGCCCGAGAGGGUGCAAGCCCCGUACGGCGGCCGCCGGGCCUGCGCGGCGAGUAGCGCUGCUUGAGCGUGCAGCGCGAAGGGAGGCGCGGCCCUUCCAAGGCUAAAUACGCCCCGGGACCGAUAGCGGACCAAGUAGCGCGAGCUAACGGUGAAAAGGACGCCCUGCGGCCGCUCAAAAGACCUGAACCCGGCCGGCCGCCGGCCCGCCGGCCCCGUCUCGAAACACGGACCGAGGAGCCACGCGCCGCGGCGAGCCCGAGGGAGCCCCCGCGGCGGAGCGAGCGCGAGACGCCCCGGGCCCGCCGCGCCCCUGCGGGCGUGCGCGGGCCGAGCCGCGGCGCGUGGGCCCGAAAGGCGGUGAUCUAUGCCCGGCGAGGGCGAGGCCGGGCGAAAGCCUGGUGGAGGCCCGCCGCGGUGCUGACGCGCAGAUCGCUCGUCGGAGCCGGGCAUGGGGGCGAAAGACUCAUCGAACCGCCUGGUAGCUGGUUGCCUCCGAAAUGUCUCCCAGGACAGCCGCCGCCCCGCAGUUGCGGCCCGUAGAGCGCUGGCCGGCGGGAGCGGGGGGCCUGCCCCUCGCCCGCCCCCCAAACUCCGAAGGGCCGCGCCGCCCCGCCGCUGGCCUGGGCGGGGCGGGCGAAUGCGGGCGGCGCGUGGGCCCCUCCUGGUAAGCAGGACGGGCGAGGCGGGACGAUCCGGACGCCGGGCCAGGGUGCGCCGCCGGGGCCCGCGGAACGGCGUCGGCCGGUCCCGACAGCUGGAAGGUGGCCCCAGAAGUCGGCAUCCUCCAGGGAGUGUGUAACAACCCACCAGCCGAAUCGGCCGGCCCGGAAAAUGGAGCGCGCCGGAGCCCCGGACCCGCGCCCGGCCGCCGCGCGCGGCGGGUAGGAGGCCGCAGAGGCCCCGGGGGCGAAGGCGGCGCGCAGGCCCCGCCGGACCGGCCUCUGGUGCAGAUCUCGGCAGCAGUAGCCGCUACUCCGCGCCCCGGAGGACUGAGGGGGAGACGGGUUCCGCGGCGCCUGCAUCUGGCCGCGGGUGACUCGGGCCUAAGCGGCGGGUGAAGACCGGGAAGGGGCGUGCCCGCCCGUCGAACGGGGAGCCGGCGGAGACUCCGGCAGGCGCGGCCCCCGCGGAGACGCCCGCCCCCCGGCGACGCGCACGGGGACCGCGGCGGGCGGCGCCCCGGCCCGCGAACGCCCCGCAGCCCCCGGACGCCUUGCGCGGAGAGGGGGGCCCGGGGGCGGACCCCGCGCGUCCCCGGCCGCCCCUGAAAAGCCGGGGGGCGCCGGCCGCGCGCCGUACCGACCGCAGCAGGACUCCGGGGUCAGCAGCCUCUAGCGCGGGAGCGAACGCGGCUCAGGGAAGUCGGCAAGCCGGCUCCGUAACCUCGGGAAAAGGAGUGGCUCUGACGGCGCGCCGGGUCAGAACUGGAACGGACGCGGGGAUCCCGACUGUUUACUAGAAACACAGCGUCGCGAGGGCCGCACCCGGCGCUGGCGCGACGUGAUUUCUGCCCAGUGCCACGACCGUCACCGUGAAGCGAUCCGCCGAAGCCCUGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCGGGCAAUUUCCGACGUGCAUGAAUGGACCAACGAGGAUCCCACUGUCCCGAGCCGCGCCUCCGGAGCCUCCAGCCUCGGGAACGGGCGAGGGCCGGCCAGCGGGGCAAGAAGACCCUUUUGAGCUUGACUCCAGCCCGGGCCUGUGGGGCGGGGCGGCCGGCGCAGCGCACAGGGGAGGCCGCGCCCCUGAGACACCCUGACGGCCGCCGCCGCCCCGCUCACCCGGUCGCGCGGGGACCCGCCCGGGCGGGGAGUUCGGCUGGGGCGGCGCGCCUGCUACACCGGACCGCAGGCGUCCCACGGCGGGCUCAGCGAGGACGGAGACCUCCCGCGGAGCAGAAGGGCACAAGCCCGCCCGACCCGCGCCCCCCGUGCCGGCGCGGGCCGCGAAAGCGGGGCCUACCGAUCCUUCGCCGCCCCGGCCGCGGGCGCGGAGGUGGCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCCGCCGAGCGCCCGCAGCGACGCGGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUACCGUCCGCGCGCACCGGCGCGGAAGCGUCGGAUUGUUCACCCGUUCAAGGGAUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGGCCCCGGGGCCAGAGCACGGCGGGCCAGUACGAGAGGAACGCCCGCCGCGGGCGCCCAGCCCCGCGGUUGCCCGCCGGGGCAGGCCCGCGCGCCCGGGCCCGGGGGCCUGGCGCUACCGCCUCUAAAGCGCCACCCCCCCCUCCGGCCCCGCCGGGCCGCCGCCCCAGCCCCGUGCCCCGUCGCCGAGGCGGCCCCCGCCCGGGAGACCACCCCGGGCGGGCGCUCUGUACGGCGCCAGGGCCUGCGAUCGGCCUGGGGACGCGCCUGCAGGAGCGCGGGGCGGGCGCGCGGCCCACUUGCU
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((......(((((..(((..(((((((((((((........((((((((.(((((.(((((((.((((......)))).))).((((..(((((..(((((.....((((((..(((((.((((((((((.(((.....)))))))))))))(((((((.(((((((............((.((.(((..(((.((((...((....))..)))))))..)))))..((..(((((((((...(((((.((..(((.(((((((((((((..((((((((.((((((...((((((....)))))).(((.(((((((.(..(((((((..((.((((((((((((.((((..(.....(((((((........))))))).....)..))))))))).((((.(((.......))).(((((((...(((((.((...((((....))))..((((.......))))....)))))))................(((((((.((((..((((.((((((................((.((..((((((((((((((....(((.(((....))).)))(((.(((..(....).))).)))((((((((((((((....))))))).)))))))..)))))))))))))).))))...(((((((((((..((((((((.(((....(((((((....)))))))((((((..(((((....((((((.((.....)).)))))).(((((((...((..(((........)))..))))))))).)).))).))))))....((((((((......((((((((((.(((...(((((((...(((...(((..(((((..((((((((....)))))))))))))..)))..)))....))))))).((((((((((.(......))))))))))).....))))))))))).))..((((.(((((.....))))).))))..)).)))))).)))...))))))))..)))).))))))))))))).))))..)))))))))))))))))).....)))).))))))))).....(((((...(((....))).(((........)))..)))))...(((((((((......(((((.((.((((((...((..(((((((....((((((....))))))...((((((.((...((((((((((.((...(((((((((.((((((.((((..((((..(((.(((.(....).))).)))..))))...((((((((.((((.((.(((.(((((.(.((((((..(((.(((((((....((((.(((....).))))))...((((((((((....(((((..(((.((((((..((((.....))))..(((((.(....).))))).)))))).))))).)))...))))))))((((((((...))).)))))...)).))))))).)))...)))))))...).)))).))))).)))).......)))))))).((((((((.((((((((......).))))))))))).)))).......)))).))).)))....)))))))))..)).((......)).)))))))))).)).)))))).)))))))..))..((((((((.((((.(((((..(((((.((((....(....).....))))))))))))))..(((((((..(((....)))..))).))))(((((((((.(((((((((((.......((((((((((.((((....)))).))..))))))))..((((.((....(((((((........))))..)))....)).))))..))))))))))).((((((.......))))))....(((..(((.((((..(((((((.....))))))).))))...))))))..)).)))))))....)))))))))))).)))))).)))))))(((.((....)))))..))))))))).)))))))..)...)))))))..((((.((((((.((((((((..(((((((((((((((((...(((..(.((((((.(....).)))))).).....))).)))))))).)))))))))...((((......)))).....))))))))..)))))).))))))))))))).))))))...........))..))))))))))))).)))...)).)).)))...)))))))))..)).)).((((....))))..))).))))))))))).))))))))))).((((((....((((((....(((....)))..))))))((.((((((((...((((((.((..(((((((....)).)))))...))...))))))..)))))))).))..))))))..........))))).)))))..))))....)))))))))...(((((((....)))))))...((((.(((......))).((((..(((((.......((((((((.....(((.......)))...((((((....))))))..)))))))).)))))))))...))))..))))))))...(((..(((((((((....))).)))))).))).))).)))))))))).(((((..(((((((...........)))))))..)))))....))).)))))((((((((((((..((((((((((((..(((((.((.(((.((((((((((.......)))))))))).)))))...)))))...)))((((((...(((.((....)).))))))))).)))))))))))))).)))))))....)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((......(((((..(((..((((((((((.............................((((.(((....))))))).....((((..(((((..(((((.....((((((..(((((.((((((((((.(((.....)))))))))))))(((((((.(((((((..................(((..(((.((((...((....))..)))))))..)))....((..(((((((((...(((((.((..(((.(((((((((((((..((((((((.((((((...((((((....)))))).....(((((((....(((((((..((.((((((((((((.((((..(.....(((((((........))))))).....)..)))))))))(((((.(((.......))).(((((((...(((((.((...((((....))))..((((.......))))....)))))))................(((((((.((((..((((.((((((.((.((.....)))).((.((..((((((((((((((..(((...((......))..)))((.(((..(....).))).)).((((((((((((((....))))))).)))))))..)))))))))))))).))))...(((((((((((..((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))(((.(((..((((((.((.....)).))))))..)))))).......(....).....(((..(((((((((((....)))))........(((......)))...(((((((.((((...(((((((...(((...(((..(((((..((((((((....)))))))))))))..)))..)))....)))))))(((((((((((.(......))))))))))).)...))))))))))).....((((.(((((.....))))).)))).))))))..)))......))))))))..)))).))))))))))))).))))..)))))))))))))))))).....)))))))))))))).....(((((..((.....)).(((.(......).)))..)))))...(((((((((......(((((.((.((((((...((..(((((((....((((((....))))))...((((((.((...((((((((((......(((((((((.((((((.((((..((((..(((.(((.(....).))).)))..))))...((((((((.((((....(((.((((....(((((...(((.(((((((....((((.(((....).))))))...((.(((((((....(((....((((((((((..(((((...)))))..(((((.(....).))))).)))))).))))..)))...))))))).((((((((...))).)))))...)).))))))).)))....)))))......)))).)))...)))).......))))))))((((((((.(((((((((......).))))))))))).)))))......)))).))).)))....))))))))).....((......)).)))))))))).)).)))))).)))))))..))..((((((((.((((.(((((..(((((.((((....(.....)....))))))))))))))..(((((((..(((....)))..))).))))(((((((((.(((((((((((.......((((((((...((((....)))).....))))))))..((((.((....(((((((........))))..)))....)).))))..))))))))))).((((((.......))))))....(((..((..((((..(((((((.....))))))).))))....)))))..)).)))))))....)))))))))))).)))))).)))))))(((.((....)))))..))))))))).)))))))......)))))))..((((.((((((.((((((((..(((((((((((((((((........(.((((((.(....).)))))).).........)))))))).)))))))))...((((......)))).....))))))))..)))))).))))...)))))).))))))...........))..))))))))))))).)))...)).)).)))...)))))))))..))....((((....))))..))).))))))))))).)))))))))))(((((((....((((((....(((....)))..))))))((.((((((((...((((((.....(((((((....)).)))))........))))))..)))))))).))..))))))).........))))).)))))..))))................(((((((....)))))))........(((......)))..........((((...(((((((....))).))))......))))..((((((....)))))).............................................(((((.(((....)))..))))).........)))))))))).(((((..(((((((...........)))))))..)))))....))).)))))((((((((((((..((((((((((((..(((((.....((.((((((((((.......)))))))))).))......)))))...)))((((((...(((.((....)).))))))))).)))))))))))))).)))))))....)).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((......(((((..(((..(((((((((((((........((((((((.(((((.(((((((.((((......)))).))).((((..(((((..(((((.....((((((..(((((.((((((((((.(((.....)))))))))))))(((((((.(((((((............((.((.(((..(((.((((...((....))..)))))))..)))))..((..(((((((((...(((((.((..(((.(((((((((((((..((((((((.((((((...((((((....)))))).(((.(((((((....(((((((..((.((((((((((((.((((........(((((((........)))))))........))))))))).((((.(((.......))).(((((((...(((((.((...((((....))))..((((.......))))....)))))))................((((((.(((((..((((.((((((................((.((..((((((((((((((....(((.(((....))).)))(((.(((.........))).)))((((((((((((((....))))))).)))))))..)))))))))))))).))))...(((((((((((..((((((((.(((....(((((((....)))))))((((((..(((((....((((((.((.....)).)))))).(((((((...((..(((........)))..))))))))).)).))).)))))).....(((((((......((((((((((.(((...(((((((...(((...(((..(((((..((((((((....)))))))))))))..)))..)))....))))))).((((((((((.........)))))))))).....))))))))))).))..((((.(((((.....))))).))))..)).)))))..)))...))))))))..)))).))))))))))))).))))..)))))))))))))))))).....)))).))))))))).....(((((...(((....))).(((........)))..)))))...(((((((((......(((((.((.((((((...((..(((((((....((((((....))))))...((((((.((...((((((((((.((...(((((((((..(((..((((((.((((..(((.(((........))).)))..))))...((((((.((((..........))))......((((((.((.(((((((....((((.(((....).))))))......)))))))..(((.(((..(((.....))).))))))...)).)))))).))))))..)))))).)))..((((...(((....))).(((((((((((...(((..((((((((((((.((((((.((....))))))...((((((...((((((...(((.....))).....))))))...))))))..))))))).)))))))..))).........)))))))))))..)))))))))))))..)).((......)).)))))))))).)).)))))).)))))))..))..((((((((.((((.(((((..(((((.((((....((...))....))))))))))))))..(((((((..(((....)))..))).))))(((((((((.(((((((((((.......((((((((((.((((....)))).))..))))))))..((((.((....(((((((........))))..)))....)).))))..))))))))))).((((((.......))))))....(((......((((..(((((((.....))))))).))))......)))..)).)))))))....)))))))))))).)))))).)))))))(((.((....)))))..))))))))).)))))))......)))))))..(((..((((((.((((((((..((((((((((((((((((((...))).((((((........))))))...........)))))))).)))))))))...((((......)))).....))))))))..))))))..)))))))))))).))))))...........))..))))))))))))).)))...)).)).)))...)))))))))..)).)).((((....))))..))).))))))))))).))))))))))).((((((....((((((....(((....)))..))))))((.((((((((...((((((((...(((((((....)).)))))..))....))))))..)))))))).))..))))))..........))))).)))))..))))....)))))))))...(((((((....)))))))...((((.(((......))).((((.....((((...(((((((....))).))))......)))).((((((((....(((.......)))))))))))))))...))))..))))))))...(((..(((((((((....))).)))))).))).))).)))))))))).(((((..(((((((...........)))))))..)))))....))).)))))((((((((((((..((((((..(((((..(((((.(((((((.((((((((.......))))))))((((((......)))))).))))).))..))))).))))).(((.((....)).)))))))))))))).)))))))....)).