RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00527

RNA: CRW_00527
Rfam family: -

			UAGCACAGUCUUAACGAUGGAUGUCUUGGUUCCUACAGCGAUGAAGGCCGCAGCAAAAUGCGAUACGCAAUGAAAAUUGCAGUGACUGUGAAUCAUCAGAAUGCUGAAUGUAAACUACACCAAUUCCUUCGGGGAAUAGUGGUACUCCUACAGAAAAUGUUUGAUUUGAUGUUAGGAGGGCAAAUCCGCCGAAUUUAAGCAUAUAAUUAAGCGGAAGAAAAGAAAAUAACUAUGAUUCCUUUAGUAACGGCGAGUGAACAAGGACCAGCUCAAACGGUUAAUCCUUCGUUUGGUGCAAACCUUUCGACGGAAUUGUCGUUGAAUUAUUCCAUGAAUGCCUUUAAUUUGAGCAAAGUGAGCAGGAAUGCUUCCCCAUAGAGGGUGAAAGGCCCAUAGUUCUUUUUAAUUUAUUCAUUGGAAUUUUUCAUGCCGAGUCGUGUUCUUUGAGAUUGGAGCACUAAUACGUGUGAUACAUUUCACAUAAAGCUAAAUAUGUGUAGGAGACCGAUAGCAAACAAGUACCGUGAGGGAAAGAUGAAAUAGUACUCAGGAAUGAGCAAUUAAAUAGUACCUGAAAUCGUUAAGAUGGAACGGAUUAAGAGAGAAAACAAGUAAAGAGGGGAAUUUUUAAUUUUUUUUGUUAUAAUUCUCUUCUUUAUUAAAAGAAACAUCAGUGAUUAAUUUAAUUUCAAUAAAGCAAUCCCCUGAAAUUCAAAAUUUCUUUUAAUUUUCUUUUCACUUUCUCCCCGCACUAAUGUGGGGAAAACUGGCUUUAUUUCUUCAAUUAUUUUUUUUGCUGAGGAAUUUUAAAAUUAUUUGAAUUUUUCUUCUUAUAAUUUAAGUUGUUUCUAUAUAGUACUUUCUUAACCCACUCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUCUAGCAAAUGUGCAAGUGUAUAUGAUUCUUUAAACAUUUCUCUUUUUAAUAUACGCAUAAUUAAUGUAAUAUGUUUCUUUAUUGUAGAUUUGUGUGGUGUUUAAUUUUUAUUAAAUCCCCACUUUGCAUACAUCCGGUAAGCAAUUAUGCUUUAUUGAGUACGAGCAUAUUUGGUAGGACCCGAGAGGCUUUGAACUAAGCGUGAUGAGAUUGAAGUCAGACGAAAGUCUGAUGGAGGAUCGAGUUGAUACUGACGUGCAAAUCGUUCAUUUCAAUCACGUUUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAAAAGCCUAUUAGCUGGUUAUUUUCGAAAGAUCUCUCAGGAUCGCUGGAGUUGAAUUAAUAUAAUUUUACCAGGUAGAGAUAAUGAUUAGAGGAAUCAGGGAAAUCGUUUUCCUUGACCUAUUCUCAAACUCCCAAUAGGUAAAAAGGGCGAAAUAACUCAACUUGUAUUUCACUCAUAUUAAAUAAAAUAACUCCAAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGAGGGAUGCUCCUAACGCUUGGAUAAGGUGCCUAAAUAUUCGCUCAUGAGAUCCCAUAAAAGGUGUUGGUUCAUAAUGACAGUAGGACGGUGGUCAUGGAAGUCGAAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCUACCGAAUGAACUAGCCCUGAAAAUGGAUGGCGCUAAAGCGGAUUACCGAUACCAAGCCAUAAAAAGAACAGAAAAAAUUUAUUUUUUUUUUAGAAUCUUUUUAUGAGUAGAAAAUCGUGGGGUUUGUGUUGAAGCGAAAUACGUGAGUUUUCGUGGAACAUCUCCCUAGUGCAGAUCUUGGUGGAAGUAGCAACUAUUCAAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGUGGAGAAGGGUUUCUUGUCAACUGUGAUUGAACAAGAGUUAGCCGCUCCUAAGGGAUAGCUGAAAAGUGUUUAAAAGGGGGUUCCUUCCCCGUCUCAAAAGGGAAACAGGUUGAUAUUCCUGUGCCAAUAGUAUUAUGAGUUUCUUAGAUGGUAACAUAUAUAUAAAUGAACUCCUUUACAUAGGCUUUACACUCGGGGUGCGUUUUCUUUGCACUUUACCUUUAUAACAAACCUUGGAAUCAAUUUACUUGGAGAAGAGGUUCGUUGAACUCAAUUCAAAAAAUUUCUUGAACGGGGUUUUCGGAUUCAGUUCAUUUUAUUUUUUGUUUUGUAGCAAUAGUAAUUCGUUUUUAUGAAUUAUCCGAAGUGGUAAGGACUAUCCUUGAAAAAAGGAGGGAACGGCUUUGUAAACUUGGUUUCUUCUGAUUCCAUUUUGCUUUGCUAUACUCUUAAUACUUGUAUGAGCGUACCAACAACCGCAUCAGGUCUCCAAGGUUAACAGCCUCUGGUUAAAUAGAAAAAAGUAGGUAAGGGAAGUCGGCAAAAAUAGAUCCGUAACUUCGGGAAAAGGAUUGGCUCUGAGGACAUUAGAAAAGAGAAGAAAAAAAGAGGGUCGAAAAUAAAAUUGCAGUCUUAUUUGCUUUUCUUUCGAUUUGCUUGUAAUCUGCUUUUUCUUUUUCUUCUUUCUUUUUUUCUCCCCCUCUUUUCGCCUUCACUUUAUUGUAAUUUUAUUACUUUAAUUUGAUACCUAUAAUGUUAACUCAGAACUGAAACGGACAAGGGGAAUCCGACUGUUUAAUUAAAACAUAGCAUUGUGAAAAGCCACAACUGGUAUUAACACAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUUUGAAUGUCAACUUGAUGAAAUUCAAUCAAGCGCAGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUACUUGCUAUCUAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCAAAAUCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUUACUCUAGUCUGGCUUUGUGAAACGACUUAAGAGGUGUAGCAUAAGUGGGAGUAGAAACUGAAAUAUGUUUUUACGACAGUGAAAUACCACUACUUUUAAAGUUGUUUUACUUAUCCAUUUAUAGGGAAAUAUAUUAUGCUUUAUCCUUCGGGAAGGCAUUCUGAUAUUAUUUGAAUUUUUAAGAAACUUGUUUCUUAUUUUUCUCCCAUUUCUAUGGAGACAUAGCCAGGUGGGGAGUUUGACUGGGGCGGUACAUCUGUUAAAUAUUAACGCAGAUGUCCAAAGACAAGCUCAAAGAGAACAGAAAUCUCUUGUAGACUAAAAGGGGAAAAGCUUGUUUGAUUUCUAUUUUCAGAACAAGUAGAAAACGUGAAAGCGUGGCCUAUCGAUCCUUUAUAUUUGCAAAAUGACGUAAAUUACUUACUACUGUGCAUAUAGAGGUGUCUGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCUGCCAAGCGCUCCUAGCGACGUAGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAUCAUUGGGACGCAGAAGUCUCAAAGUGUCGGAUUGUUCACCCGCUAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGAAUUUUAUUAUAUUUUUUAUAUAUACAUAUAGUAUUGUGACAGUAAUCCAACUUGGUACGAGAGGAUUAGUUGGUUCAGACAAUUGGUACAGCAAUUGGUUGACAAACCAGUGUUGCGAACGUAAGUCUGUUGGAUAAUGGCUGAACGCCUCUUAAGCCAGAAACCAUGCUGAUUAAACAAUACUAUUUCGUUCUUUUUUGUUUCCUUUUUUACUGCUAAUGUAAAAGAGAAAUUAUAUAUGUACCUUUUUUUGGUACAUAAAUAAUCCUAUCACCUUUUUCGUGAGCUGUGAGCUGUGAGCUAGGCAAUAGUUCUUUAACAACAAAAAAGAAUUGCACAAACUGUAGACGACUUUUUUGCCUCAGGGUGCUGUAAACAUGAAAGUAAACUUUGUUUUACGAUCUGUUGAGGCUUAUCCCUAGUGGUAAAGUGUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((....((((((((.(((...............(((((...((....))....)))))((((((((((((((.((((((....((((((((((((((..(((((.((((..((((..(((((((((((((....))))))))))))).))))))))...)))))..))))))))))))))..........................(((((...))))).....)))))).......)))))..)))))))))(...).......(((((((((..((c....(....C))..(((((((((...((((....))))..)..))))))))..((((.(((..((((((.(..(((....(((((....)))))....))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....))....(((((........)))))..aaaaaaa..aaa.aa......aaaa.aaaaaaa.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ddddd..((((((((........)))))))).......)).).DDDDD)))))))).))))))))))...(((((.....(((((((((...((((((..(((....)))))))))....)))))...........(((((((....)))))))......))))......))))).....)))))))....))))..((((.....))).)((((((...........))))))a({{....{{{{{{((.((((((.......))))))...)){{)(.(((}}....}}}}}}....((((((((<....(..>)))))))).(((....))).}}))).).....aaaaaa...aaa.))))))....................AAA.AAAAAA....A)...AAAAA..AAAAAA........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....AA..AAA.AAAAAAA.............................((((((((..((((.((((((((...............))))))))(((((...(((...(((((((((((....))))))..)))))...))).))))).(((....(((((............)))))....))).)))).....))))))))......((((((((((((..(((((((((.......)))))))))..((((((((((((((.......))))))))))))))......................................................))))))))))))..((((((((((.......)))))..(((((((((.((..(..(((.(((((((((......)))))))))))))...))....)))).)))))..)))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((..(.....(((((((...(((((...((((((...((.((((......))))....(((((....)))))(((..(((........)))...)))............(((.(.((((....)))).).)))(..((((((((......((((((((..((((......(((......)))........))))..)))))))).........(((((.(((((((...(((......((.....)).....)))....(((((((.((.....))..((...(((....)))...))..(((((............)))))..............))))))).....(((((....))))).(((.....))).........))))))).)))))........................((......(((((((........))))))).......(((((......)))))....))........))))))))..)...............((....))................((((....)))).............))....)))))).....)))))((.(((((((((.......(((((((((((((((..((((.......)))).))))))))))))))).(...(((((((((((((..((..(((((..((((((((........((((.(.((((...............)))).).))))((((((((....))))))))......)))))))).....)))))..))..))))))).........(((((((..(((......)))..)))))))....))))))....)....))))))))).))..((((........)))).((((((.((..(((..........((((((((.........................)))))))).........(((((((((((((((((.........(((.((.(((((((....))))))).)))))..(((.(((.....))).)))..(((((((..........)))))))((((((.....((.....(((.........((((.....((((((((((((((....))))))).....((((((((((((...(((((..................)))))....((((((((..........(((((((((...................((((......))))...((((.....((.(((((...(((((..................((((((...((....))...))))))..((((((...........))))))......(((((.....((((...((((...((((...................(((..((..((((.(((((.....))))).)))).))..)))...((((...(((((......((((((..........((....))...((((...(((.((((((((.........(((((..(((.................(((.....)))((.....)).)))..))))).....)))))))))))....))))..)))))).)))))..(.((...(((((((.((((((((((....((((((........))))))....)))))))))).............((((..(((......((((((.((....))))))))...)))..))))..........)))))))...))).......((((((.(....).)))))).........))))..................))))....))))))))....)))))((((((((..(((....))).........((((......))))..((((.....(..(((((........)))))..)..........))))))))))))..)))))....))))).))....)))).....)))))))))(((.((((((((((.......)))))....(((((........((..(...........)..)).......(((((.......(((..((((((((....(((((.(((((....))))).)))))....))))))))..)))........(((((((((....)))))))))((((((......(((((((...........(((((((((...............)))))))))..((((.((...((((.((((((...........)))...(((..........))).........(((.((.......))..))).....)))...)))).....)).))))..........)))).)))....))))))..........(..(((((((((((((((((((((..(((((((((((((..(((((..(((..((((..((((..((...((....))...))..)))).))))..)))..)))))..))))))))))))).....))))))))....(((..(((..(((((...)))))..)))..)))......)))))))..)))))).).....))))))))))...))))).)))..............((((((((....((((....)))).....))))))))..)))).))))...........))))))))))))....)))))))..))))........)))((((((.......))))))....))..))))))...(.((((((.......)))))).)...((((((((.........(((((((....((((..(((....))).........((((((........))))))....(((((((((........)))))))))......((((.(((..............)))...))))..))))....)))))))((((((((........))))))))...((((......)))).......((((......))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))).))...))))))).............(....(((((((....)))))))....)(((((..(.(((((....)))))....)..))))))..)))))((((((.((((((((...........))))))))))..((((((((((...))..........(((((.........))))).....))))))))...((((((...........)))))).((((....)))).))))......(((((((((.((((.......((((.....))))...)))).)))))))))...........(((((((.(((((((...(((((.......)))))...((((((...(((((((................((((((((((((((.(((((((......))))))).)....((.........))....)))))))..)..)))).).....(((((((....))).))))...........((....(((......(((((.......)))))...((((((((((.......(.((((((...(.(....).)..)))))).)(((((..........((((((((((....)))))..)))))........))))).(((....(((((............)))))....)))..........))))))))))....)))......))((.(((((((((.......))))))))).))((((.((((((((.......)))))))).)))).....((((.......)))).....)))))))..)))))).....(((((((.........))))))).........................((((((.((......(((((.............)))))......))..)))))))))))))..)))))))..)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((........(((.........)))......[[[[[....((((......))))....(((((....)))))...)))))))..]]]]]....(((.....)))......((((.((((....))))....)))).((((((((....(((((((......((((.....))))..[[[[[..[[[[)))))))..]]]]..]]]]].....................(((((..........[[[[....)))))...]]]]...((((...(((.(((...(((....)))...))).)))........((((..((((((((((((...((((...((((.....(((((....))))).........((((.....))))...))))...))))..)))))).))))))..)))).))))(((.(((((((........)))))))......((((((......))))))...))).......))))))))...........................................(((((...................))))).....(((((((((......(((((((((......((((((((((((((((..((((.......)))).))))))))))))))))...((((((((((((((.............((((((((.......(((((...((((((......))))))..))))).....((((((((....))))))))......))))))))................)))))))...((((..(((((((..(((......)))..))))))))))))))))))........))))))))).....))))))))).((((.....[[[[[[[[..(((....)))..))))....]]]]]]]]................((((((.((((.....))))..))))))..................((((.(((((((....)))))))..))))...(((((......[[[..[[[[)))))...]]]]..]]]((((...................((((......((((((((((((.((((((((((((((....)))))))...(((.(((.(((.(((....)))))).))))))..))))))).))))(((((((..........((((((((((........)))..)))))))...((((((((...((((((((((((..(((((((..(((((((.....(((....(((....(((..(((((((((....))))))))))))....)))..)))......))))))).(((.((((((..........)))))).))))))))))......))))))).)))))((((.(((((.....))))).))))..))))))))))))))))))))))).......))))........))))................(((((((((.....(((((.....[[[....)))))....]]]..((((((((...((((..[[[...))))...]]]...........(((............))).....)))))))))))))))))....((((((((((..((((((((......))))))))....))))))))))........(((((((((...(((((...((((((.........))))))..)))))..))))).[[[......)))).......]]]....((((((........)))))).......(((.........((((((((((......))).)))))))[[[[[)))(((....)))..]]]]].............((((.[[[[[[))))........]]]]]](((((.[[[[[[[)))))......]]]]]]].((((((.(((.(((....))).....)))..)))))).....................((((((((.......))))))))............(((((((((..................(((.....[[[[[)))..]]]]]((((((((.[[[[[))))))))........]]]]]...............((((((((..(((((((((....)))))))))....(((..[[[[[)))..]]]]]......((((((((.......[[[[[..[[[))))))))....]]].]]]]].))))))))..................(((.[[[......)))....]]].)))))))))...(((.[[[[)))...]]]]....(((((((((.....(((((((((......((((......)))).((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((((..(((((.......((((..((((......................)))).)))).......)))))..))))))))))))))....))))))))....(((..(((..(((((...)))))..)))..)))......)))))))..))))))........(((((..(((((((...(((((((...........((((((((....((((....)))).....))))))))....(((((.....(((((((((.(((......))).)))))...)))))))))))))))).((((((.......))))))((((.....(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).))))...)))))))..)))))....(((((....)))))..((((.((((((........))))))....(((((((((........)))))))))(((((.((((((((.((((((((((((((((((.(((((((..............((((((((........))))))))....(((......)))))))))).))))))))))))....((((((...(((((((((...((((((..(((....)))))))))....)))))....(((....(((((((....)))))))...)))))))....(((((....)))))..)))))))))))).))))))))....(((((((((((...)))..))))))))....(((((((((..((((((.......))))))..................)))))))))..(((((((((.......))))))))).....)))))))))....))))))))))...)))))....)))).....)))))))))..((((((...........(((...[[[[[...)))...]]]]].(((((.[[[[[[)))))............]]]]]].........((((((...[[[[[.........(((((((......)))))))...)))))).......(((.......))).....]]]]]((((...(((((((....))).))))......))))................(((((.....))))).....((((((((((....(((..[[[[[[...))).........]]]]]]..(((((........[[[[[(((((((....))))))).((((....))))))))).(((....(((((............)))))....)))]]]]].....))))))))))...(((((((((((((..(((((((((.......)))))))))..(((((.((((((((.......)))))))).)))))....(((((((......)))..))))(((..[[[[[[)))..]]]]]]......)))))))))))))))))))..........(((...((((((..((((.(((...((((.....(((((......)))))....))))..)))....))))...))))))..))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((..(((.(((((..((((((((.....(((((..(((.((((......))))....(((((....)))))....(((((...(((((....(((((...((...((((((...((((....))))(((((.(..((((((((..((((.....))))..)).))))))..)...(((((..((((.........))))..))))).............)))))......((((((..((((........((((....((((((((((........)))))))).))...)))).(((((....))))).((((..((((((((((((...((((...((((.....(((((....))))).........((((.....))))...))))...))))..)))))).))))))..)))).))))....(((((((........)))))))......((((((......))))))...))))))...))))))...))...)))))........((....))....))))).......((((....)))).......))))).)))...)))))((((((((...((.(((((((((......((((((((((((((((..((((.......)))).))))))))))))))))...(((((((((((..(..((..(((((..((((((((.......(((((...((((((......))))))..))))).....((((((((....))))))))......)))))))).....)))))..))..)..)))).........(((((((..(((......)))..)))))))....)))))))........))))))))).))..))))))))......))))))))..))))).....((((((.((((((((((..............(((..(((((((...(((((((..........(((((((....((((.....(((.((..((((((....))))))..)))))......))))...)).))))))))))))..)))))))...))).....(..(((((((((...((((......((((((((.(((.((((((((((((((....)))))))....((.(((.(((.(((....)))))).))).))..))))))).))).(((((((..........((((((((((........)))..)))))))...((((((((....(((((((((((...........(((((((.((..(((....(((....(((..(((((((((....))))))))))))....)))..)))))....))))))).(((.((((((.(.......))))))).))).............))))))).)))).((((.(((((.....))))).))))..))))))))))))))))))))))).......))))........(((((((..(((((((....(((((((((.......(((.....(((....)))......)))..((((((((..((((.(((........))))).))........((((((...........)).)))).)))))))))))))))))..((((((((((((..((((((((......))))))))....)))))))))).))........)))))))..(((((...((((((.((....))))))))..))))).((((((.........(((((((........((((((.....(((((((((.....((((...(((....(((.....((((((((((..(((((((....(((((...(((....)))..)))))....)))))))..(((((.....))))).((((....)))).))).)))))))..)))...))).)))).....))).))))))))))))..............((((((((..(((..(((((........((((((((.......))))))...)).........(((((((((..........((((....(((.((((..((((((..(((((........)))))..)))))).))))))).((((((..............((((((((..(((((((((....))))))))).(((((((((((((.....)))))......(((((((((...............)))))))))....))))))))..))))))))..............))))))...))))..(((......))).)))))))))...))))).....................((((.((((((((((((........((((......))))..((((((..(.(((((((((((((((((((((.(((((((((((..(..(((((..(((..((((..((((..((...((....))...))..)))).))))..)))..)))))..)..)))))))))))....))))))))....(((..(((..(((((...)))))..)))..)))......)))))))..))))))........(((((..(((((((((..(((((.....)))))..((((((((....((((....)))).....)))))))).....(((((..(((((((((((.(((......))).)))))...))))))...........((((((.......))))))....)))))(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))..)))))((((((((((...((((......((((((..((...(((((((......(((((((((........)))))))))......((((((((..((((.((((((((((((.((((((........(((((..((((((((........))))))))............))))))))))).))))))))))))....((((.....(((.(((((...((((((..(((....)))))))))....)))))....(((....(((((((....)))))))...))).)))....(((((....)))))....)))).))))..)))))))).((.((((((((...........)))))))))).....)))))))........(((..((((((((..((((.....(((....((((...((.(((((((((.......))))))))).))...))))....)))...(((((((((((..((((.......((((.....)))).....)))))))))))).))).....))))..)).))))))..))).))..)))))).....))))..)))))).))))....)..))))))...)))))))).)))))))).(((((((......))))))).)))..)))..))))).))))))))))))).))))))).))))...(((((((....))).))))........)))))..)..................))))))))))..((((((((((..(((((.......(((((..((((((.((((..(..((..(((.......(((((.((((((....)))))))))))...((....)).)))..))...)..))))...))))))..)))))......))))).....))))))))))...(((((((((((((..(((((((((.......)))))))))..(((((.((((((((.......)))))))).))))).................(((((((..(((........))).)))))))......)))))))))))))))))))...)))))))......((((((..((((.(((...((((.((..(((((......)))))..))))))..)))....))))...))))))))))).

---