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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00530



RNA: CRW_00530
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ........((.((.......((.....))...)).))...(.((...))..((((........))))((((((.......((..(((....))).))..((.(...((((((...((((((((((((....................((((((((........))))))))..).))))))))))).(((.....))).....))))))......).))..((((((....(((((.....)))))......((((((((((......))))))))))....(((......))).................(((..(((.(((..........))).)))....(..((......)).).)))........))))))(..((((((((.....)).))))))..).....))))))((.....((.....((.....((((((((.(((..............(((((((((..(([....(....]))..((((((((......))))))))..((((.(((..(((((...)))..)))))((((((......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)))))))))....))).))))))))..)))).....)))...(((((........)))).).....(((((.(((.((......(((((((((((..((((((((((((.....))))))))))))..((((.....))))((((((........))))))(.............(((......))).....)......)))))..))))))........(((.((((.......)))..))))..........(((((((((((..((.(((((((....)))))))...))..((((.....)))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..))))))))...((((((((...............))))))))(((((....)))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (................(((((.(((((......(((.((((((.....(((((((((((.((((..((((((.((((((......))))))((((((..(((..((((((((..((((((((((((..((..(((((....(((((......))))).....)))))...)).)))))))))))).((((...))))....))))))))(((((.((((..((((((......((((((((((((((((....((((((((......))))))))............((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).))))....))))))))))))))))........)))))))))).))))).....)))..))))))........))))))))))))))).))))))..((((((...(((((.((............)).)))))...))))))...........(((((((((....)))))))))((((((((((...((((....))))..)))((((((......))))))...)))))))...........))))))..))).....((((.(((((((.((((..(((((..(((((((((((((.............))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((............((((((((((((......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)))))))..)))))...........)))))))..)))))))......)))))..................(((.((((((..((...((((((.(((((((((.....)))))))))......((((.....)))).....))))))))..))).))).)))(((((((....))).))))...)))).)))))))))))((((((((..((.(....).)).)))))))).....))))).))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((..(((((...((((......((((..........)))).......))))..))))).))))))).)).)))))(((((((...(((.(((((((((((((((((((((......(((((....(((((......))))).....)))))......)))))))))))).(((((((...)))))))...(((((..(((((..(((((((......((((((((((((((((....((((((((......))))))))...((((((((((......))))))..)))).((((((((((((....))))...)))))))).......))))))))))))))))........))))))).......(((...((((((....((((((((.((((((.(((....))).)))))).....))))))))..((((((((((.....((((....((.((((.......))))..(((((((((....)))))))))....)).(((...((((....))))..))).(((((......)))))))))((((((((.((....((((((((((..............))))))..(((((((((...((((((((((((((..((((((..............))))))......(((((((((...(((((((........((((((((((((((........((..((((((((((((......((((((...))))))..(((((...((((....))))..))))).)))))))..)))))..)).......)))))))..))))))).............)))))))..))).))))))..))))))..)))).))))..(((((((((.....)))))))))..)))))))))..))))..))))))))))...)).)).)))))).))))))..))).))))))))))....)))))))))...((((((((...............)))))))).....)))..)))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................((((((((((...................((((((....((((((((((((..(....(((((...(((((......)))))...).)))).....).)))))))))))).(((((((...)))))))))))))............))))))))))..((((((((((((((((....((((((((......)))))))).............(((.(((((((.((..(((.((((.....)))).)))..))))))))).))).....))))))))))))))))......................................(((((((.........)))))))...........(((((....(((((..................)))))....)))))...........(((((((((....)))))))))............((...........))....(((((......))))).........(((...............................................)))....................................((((((....))))))........................((((((((((((((......((((((.....)))))).......((((((...))))))...((((...((((....))))..))))...........................)))))))..))))))).....................................................(((((((((.....)))))))))...............((((((.................)))))).(((((((....))).))))...................((((((((..((.(....).)).))))))))(((((....)))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......)))....(((((.(((((......................(((((((.((.....(((......(((((.......(..((((((...........))))))..)((((((((((((..(...(((((....(((((......))))).....)))))...)..))))))))))))..(((((.....)))))......(.....((((.((............((((((((((((((((......((((((.....((((.........(((.(((............))).)))..............))))....))))))............))))))))))))))))...........((((((((....((((....................)))).......)))))))).....(((((((...(((((.((............)).)))))...)))))))..........(((((((........)))))))......)).))))....)))))).....)))(((((......))))))))))))))((((.....(((..((((..................))))..)))....))))......(.(((((.((((((.........)))))..).))))).)...............((((.(((.((((...(((((((((((((.......((((((.....)))))).....(((...(..(((.......(((((.................))))).......))).)..)))..........))))))..)))))))......(((...((........))...)))...........((((.(((((((.((((((((.....)))))))).......((((.....))))...).)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..))))..))).))))...((((((((...............)))))))).....))))).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................(((((.....................((((((((((........((..(((....((((((....((((((((((((..((..((((((...(((((......)))))...).)))))...)).)))))))))))).(((((((...))))))))))))).......)))))))))))))))..((((((((((((((((.(((((((((((......)))))))).....)))....((((.(((((((.(((.(((.((((.....)))).))).)))))))))).))))....))))))))))))))))......................................(((((((.........)))))))...)))))..(((((((...(((((..................)))))...)))))))..........(((((((((....)))))))))..((((((((..((...........)))))((((((......))))))...)))))(((((.........(((((................)))))........)))))..((((((.......(((((...((((.........((((((....))))))....)))).)))))))))))....((((((((((((((......((((((.....))))))(......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)........................)))))))..))))))).....(((................)))..........................(((((((((.....))))))))).........(.....)(((((.(.............).)))))(.(((((((....))).)))).).................((((((((..((.(....).)).))))))))(((((....)))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((..........((((((......)))))).....(((........((((((((((.(((.....)))(((....((((((((..((((((((((((......(((((....(((((......))))).....)))))......))))))))))))...(((((...))))))))))))).......)))..)))))))))).....(((((((((((((....((((((((......))))))))....((((((((((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).)))).....(((((.....)))))....)))))))))))))))))))))..)))))))....(((((((..[[[[[[.)))))))....]]]]]]..........(((((..................)))))..((((((((((((......(((((((((....)))))))))((((((((((...((((....))))..)))((((((......))))))...))))))).......)))))....))))))).......(((((((.........(((((..(((((((((((((.(((......)))))))))..((((((....))))))..(((.....))))))))))....((((((((((((((.......((((.((((((((((((......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)))))))..))))).....))))..)))))))..)))))))......))))).)))))))....((((((..[[[[))).))).....]]]]..(((((((((.....)))))))))...(((((.......[[[[[[........)))))....]]]]]].(((((((....))).))))........((((((.....[[[[[[[[.......))))))..]]]]]]]](((((....)))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((..............((((((......)))))).....((.((((..((((((......))))))..)))).)).....(((((((((((((((((((((......((((((...(((((......)))))...).)))))......)))))))))))).(((((((...))))))).(((((((((((((((((((.......)))))))))((((((((....((((((((((......)))))))..)))....)))))))).((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).......(((((((((.((((((.....((((.((..((((..((((((((.....)).))))))..))))..)).)))))))))).)))))))))....)))))))))).((((((((((.(((((((.((((((((..((((.......((((((((((((....)))))))))..))).(((((....(((((((((((.((.((((((......))))))....(((.(((((....(((..((((((..(((...)))...))))))..)))...))))).))).((((..(((.(((((..(((((.(((.....((((((....))))))))).))))))))))..)))..))))))))))))))))).....(((((((.((.(((....))).)))))))))))))).......((((..(((((....))))).)))).))))..)))))..))).)))))))........((((((.(......((((((....((((..........)))).....))))))..))))))).(((((((((.....)))))))))(((((.((((.....))))..)))))......)).)).)))))).(((((((....))).)))).......)))))))))...((((((((..((........)).)))))))).....))))).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((..((................................((.................((((..................................((((((((((((.......(((((...(((((......)))))...)).))).......))))))))))))..((((((...)))))).....................{{{))))...((((((((((((((((....((((((((......)))))))).................((((((((....((..((((.....))))..))...)))))))).........)))))))))))))))).........}}}...........................((((((.........)))))).....................(((((..................)))))....................(((((((((....)))))))))................................(((..[[....))).))...]].........................................................((((((............................(((((......)))))..............))))))....((((((((((((((......((((((.....)))))).............................................................................)))))))..))))))).....................................................(((((((((.....))))))))).............................................(((((((....))).))))...................((((((((..((........)).))))))))...<<..))>>))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((.....................(((((((((((.((((..((((((...(((((((((...(((((.(((((.....))))).)))))((((((((((((......((((((...(((((......)))))...).)))))......)))))))))))).(((((((...)))))))...................)))))))))..((((((((((((((((....((((((((......))))))))...............(.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).).......))))))))))))))))............((((..((((((((.....)).))))))..))))..))))))))))))))).)))))).(((((((...(((((.((............)).)))))...)))))))..........(((((((((....))))))))).(((((((((..(..(......)...).(.((((((......)))))))...))))).)))).....(.(((.....((((.(((.(((.(((((((.(((...(((((..(((((((((((((.............))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((......((((((.....))))))........(((((...)))))...(((((..(((((....))))).)))))..........................)))))))..)))))))......)))))...................((.(((.((........(((((.(((((((((.....)))))))))......((((.....)))).....))))).....))..))).)).(((((((....))).))))....))).)))))))))))))))))...)))..).(((..(((...)))..))).))))).))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((...((((.(((.......((.....(((((((((((.((((..((((((...((((((((((............(((.((.((((((((..((((((((((((..((..(((((....(((((......))))).....)))))...)).)))))))))))).((((...))))....))))))))....)).)))..))))))))))..((((((((((((((((....((((((((......))))))))............((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).))))....))))))))))))))))............((((..((((((((.....)).))))))..))))..))))))))))))))).)))))).(((((((...(((((.((............)).)))))...))))))).....))...(((((((((....))))))))))))))))..))))))............((..[[[[[.))...]]]]]((.{{{{{.)).......(((((((.....((((.(((.((.((((((((.((((..(((((..(((((((((((((.............))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((............((((((((((((......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)))))))..)))))...........)))))))..)))))))......)))))..................(((.((((((..((...((((((.(((((((((.....)))))))))......((((.....)))).....))))))))..))).))).)))(((((((....))).))))...)))).)))))))))))))))))...))).))))...}}}}}......(((((....)))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......)))....(((((.(((((.....................(((((((((((.((((..((((((...((((((((((..(((((.(((((.....))))).)))))((((((((((((......((((((...(((((......)))))...).)))))......)))))))))))).(((((((...)))))))...(((........))).))))))))))..((((((((((((((((....((((((((......))))))))............(((..(((((((.....(((.((((.....)))).)))....)))))))..)))....))))))))))))))))............((((..((((((((.....)).))))))..))))..))))))))))))))).)))))).((((((((..(((((..................))))).).)))))))..........(((((((((....)))))))))((((((((((..(((((....))).)).(.((((((......)))))))...))))).)))))...((((((.....((((.(((.(((.(((((((.(((..((((((..(((((((((((((.((((...).)))))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((.(((..(((((({{{{.))))))...))).((((((...))))))..(((((..(((((....))))).)))))...........}}}}...........)))))))..)))))))...[[[))).....(((....)))..].]].....<<<<.......<<<<<..(((((((((.....)))))))))...)))((((.....))))......>>>>>....>>>.>......(((((((....))).))))....))).)))))))))))))))))...))).)))(((..(((...)))..))).))))).))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((.......((((((..((((((....(((...(((...(((((((.....(((((((((..((((((((..(((.((.((((((((..((((((((((((..((..(((((....(((((......))))).....)))))...)).)))))))))))).((((...))))....))))))))....)).)))))))))))......((((((((((((((((....((((((((......))))))))............((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).))))....)))))))))))))))).........(((((((((...........(((((....((((((((.((((((.(((....))).)))))).....))))))))........(.(((....))))....)))))....(((((......(((((((((....)))))))))((((((((((...((((....))))..)))((((((......))))))...))))))).......)))))....)))))))))..))))))))).((((((((((((...((((((((((((((..((((.......(((((((.((((((....))))))........................((((((((((((((............((((((((((((......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)))))))..)))))...........)))))))..)))))))..............))))))).......))))..))))))..)))).))))..(((((((((.....)))))))))..))))))))).)))......)))))))...)))....)))....(((((((....))).)))).)))).))..))))))...((((((((..((.(....).)).)))))))).....))))).))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...((......))...((((((.(((..((.(((((........))))).))))).)))).))..((((((((((.............((.((.(((((((...((((((((((((.(.((.(((((.(.(((((........))))))...)))).).)).)))))))))))))..((((((...)))))))))))))....)).))...)))))))))).)))))))(((((((((((...(((((((((...).))))))))..(.(((((((((((((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))(((((..))))))))))))..)))))))(..)....))))))))))).((((.((((((((((((((((((.(..........................).)))))))))....(((..((..(((.................(((((((..((((((((((((..)))))))))).....(((..)))((((((..))).((((((((((........))))).))))).).))))..)))))))...)))..))))).(......)(((((.((((((..((.((((.(((((.((..((((((..((((((((......(((........))).)))))))))))))))).))))).((((((((((..))..((((((((((((...)))))))..)))))((((((...))))))..(((((..((((((..)))))).)))))(((((.((((((.((......)))))))).))))))))))))..(((((((((.(.(((....)))((..))((((((........)..)))).)(((((((((.....))))))))).).))))..))))).((((...))).))..(..).....))))))((((((((..)))).)))))))).)).))))).).)))))).).).).)))(......)(((...))).((((((..))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((.(((((..........((((((......(((((..(((((..............((((((((((...................((((((....((((((((((((..((..((((.(...(((((......)))))...)..))))...)).))))))))))))..((((((...)))))).))))))............)))))))))).........(((((((......((((((((......))))))))............((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).))))..................................)))))))..........((((...(((((((.........)))))))....((((...((((((...(((((.((............)).)))))...))))))...........(((((((((....))))))))).............((((....))))..........)))).)))).))))).))))).............))))))...........((.((((((((.(((...(((((..(((((((((((((.............))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((.................((((..........................(((((..(((((....))))).)))))....))))..................)))))))..)))))))......)))))...................((.(((..........((((((.(((((((((.....)))))))))......((((.....)))).....))))))........))).)).(((((((....))).))))....))).)))))))))).((((((((..((.(....).)).)))))))).....))))).))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((..((((..(((((((.....((((((......)))))).....(((.(((.....(((((((((..((((((((..(((.((.((((((((..((((((((((((..((..(((((....(((((......))))).....)))))...)).)))))))))))).((((...))))....))))))))....)).)))))))))))......((((((((((((((((....((((((((......))))))))............((((.((((((((....(((.(((((...))))).)))...)))))))).))))....)))))))))))))))).........(((((((((...........(((((.(((((((((((.((((((.(((....))).)))))).....))))))))..........(((....)))..))))))))....(((((......(((((((((....)))))))))((((((((((...((((....))))..)))((((((......))))))...))))))).......)))))....)))))))))..))))))))).....(((..(((((..(((((((((((((.............))))))..((((((....)))))).............)))))))....((((((((((((((............((((((((((((......((((((...))))))..(((((..(((((....))))).))))).)))))))..)))))...........)))))))..)))))))......)))))..)))...........))).)))...))))))).....(((((((((((((((...........................((((((.((((......))))..)))))).(((((((....))).)))).................)))))).)))))))))..(((..((.....))..))).))))..))))).