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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00533



RNA: CRW_00533
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ......................((((.......))))((((((.....((((((....)))))).((.(...((((((...((((((((((((.(((((((.......))))))).))))))))))))..(((.....)))..))))))......).))...........................................(((((.(((..(((.......)))..)))...(.((......)).).))))).......................(.((((((((....))))))))..).....))))))..........................................................(((((((..(((.........)))..((((((.....))))))..((((.(((..((((...))..)))))((((((......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))....)))))))................................(((((........)))))..((((((((.(((.((......(((((((((((.((((((((((((((....))))))))))))))..((((.....))))....................................)))))..))))))........((((.((((((.....((.......))....))))))))))..........(((((((((((..((.((((((.....))))))....)).(((((.....))))).......)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))))))).........(((((((...............)))))))(((((...))))).(((((((....)))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((((.(((((((((((..(((............((((((....)))))).............)))...)).)))))))))(((((((((((.((((....((((((..((((((((((((....)))))...((((((..(((((.((((((((....((((.((((((((.(((((.(((((..((((((((....(((((((((....))))))))).((((....)))).)))))))).((((((((.((..((((((.........))))))..))))))))))))))))))))..(((((((((..........))))))))).....))))))))..((((((..(((((((................))))))).((((((((......(((((...(((((...............)))))..)))))....(((..(((((((.(((((....))))))))))....))..))).......)))))))).......))))))...((((((((...(((((((.........)))))))..)))))..)))..))))...))))))))..(((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))......(((....(((((((((...)))))))))..)))............))))))..)))))))..)))))...)))))).....)))))))..))))))..))))...............(((((((((((((((.....((((((...((.((((....)))).))..))))))....)))).))))).(((.((((((...(((...((((((((((((....)))))))).))))..))).....)))))))))...))))))..))))))..)))))...)))))))...(((((((....)))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((((.....))))..............((((....))))((((((((((((((((.(...((((((((..(((..................))).))))))))......(((....))))))))).........)))))))))))...........((((((.....))))))....((((((((((((((((.......)))))))))..(((((....))))).)))))))......................(((((((((....)))))))))....((((((((((.........)))))))))).................................(((((((................))))))).(((((((...)))))))...((((((((((....((........(((..........(((((...(((((.(((((....)))))))))).........................................................................................................)))))........)))(((((((((((((....)))))))))))))))....))))))))))............(.......)....................(((....)))........((.(.(((((...(((.......)))..))))).).))................((((((((..(((.(((((((.((.((.........)).)).))))))).))).)).))))))........................((((((((....))))))))................................................((.......))..(((((((....)))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((..((((..............................(((((....)))))........(((((((.(..(((((((((.(.(((((...........))))).).)))))))))..............).))))))).......((..((((...(((((.........)))))....))))..)).((((((((((((((((.......))))))))...(((((....))))))))))))).))))..)))))..)))))(..(((((((((....)))))))))..).((((((((((.........)))))))))).(((((.....((((((((((.....(((((.((((((..........((((.....))))...((((((.....))))))))))))((((...............))))(((((......))))).........((..(((((.........)))))..)).((((((..........))))))..)))))...)))))))))).....))))).....(((((((......))))))).................(((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((((.....)))).((((....(((((.....)))))...))))....))))))..)))))))..............((((....(((.......)))...)))).((((....(((....(((((((((((....(((.(((((((.((..(((......))).)).))))))).)))....))))))........................((((((........))))))..((((((....))))))))))).......)))...))))................)))).(((((((....)))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((...((.........(((((.....)))))...))..))))).((((....))))((((((((((((((((.(..(((((((((.(((((((..(.......))).)))))))))))))).....(((....))))))))).........)))))))))))..........(((((((.....)))))))...((((((((((((((((.......)))))))))..(((((....))))).)))))))......................((((((((((()))))))))))((((((((((((((((....)).))))))))))..))))...........................(((((((....(((....)))..))))))).(((((((...)))))))...((((((((((.((.(((......((((.........((((((...(((((.(((((....)))))))))).........((((((..........))))))...................................(((((((......)))))))...................)))))).......))))((((((((((((....)))))))))))))))..)))))))))))).........(((((.....))))).................((((())))).......(((.(.(((((.(.(((.......)))).))))).).))).(((())))(((...(((((((((.(((.(((((((.((.((.........)).)).))))))).)))))).))))))..)))...................((((((((....))))))))...(((((....)))))..............................((((.....)))).((((((((()))))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.((((........((((((...))))))..))))))))))))....(((((((((((((((((((((((((..(((((((((.((((((..(((...)))...))))))))))))))).....(((....)))))))))........))))))))))))).))))))..((((((((...))))))))...((((((((....(((((((((....)))))))))(((((....)))))))))))))......(((((((........)))))))....((((((...(((((((((((((((((.........))))))))))..)))))))..))))))....(((((((((.[[[[[[[[.........)))))))))......]]]]]]]].......(((((...(((((...(((...)))...)))))..)))))...(((((...((((((.((((....))))))))))...(((...((((((..........)))))))))))))).....((((((.(((.(((((......(((((((......)))))))...))))).)))))))))...(((((((.......(((((((((((((....)))))))))))))......(((....(((((((((...)))))))))..)))....((((((...)))))).)))))))......................(((.[[[[[.)))..]]]]]..(((((((..(((((.....((((((........(((((((.....((((....))))....)))))))........))))))....))))).((((..(((.....((((((((....))))))))..((((((....)))))).(((.....))).)))..))))..)))))))............(((((((....)))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((..(((((((((((.(((((...)))))............((((((....))))))............(((((.(((((((((.((((((...((.....))..)))))))))))))))...(((((....)))))(((((((.(((.(((.(((((((((...(((((.((((((((...))))))))...((((((((.....((((((((....)))))))).(((((....))))))))))))).(((((((((....((((((.........))))))...))))))))).((((((((((.........)))))))))).((((((....((((((((((....((((((..(((((((................))))))).(((((((...)))))))(((....)))((((.........))))..(((((((.((....)).))))))).(((((....)))))((((.....)))).((((((..........))))))..))))))..))))))))))....)))))).........)))))..))))))))).))).))))))))))....(((((.(((((((....((((((((((((....))))))))))))))))))).))))).(((((((((...)))))))))......................)))))..(((((((...((.(((.(((((...(((.......)))..))))).....((((.......)))).(((((((((.(((.(((((((.((.((.........)).)).))))))).)))))).))))))...))).))...))))))).((((((((((((....)))))))).))))......)))))))).)))..)).(((((........))))).(((((...))))).(((((((....)))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................(((....)))...((((((((((((((.....((((((((....(((.............)))....)))))))).................))))))).........)))))))..................................((((((((((((((((.......)))))))))).(((((....)))))..))))))..........................................((((((((((((((((.........))))))))))..)))))).........................(((((((................))))))).((((((.....)))))).....((((([[.............)))))........................(((((....)))))..((((.....(((((.............................................................................(((((((...((..(((..(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).......]]..........................................))))))..)))))))..............(((((...(((.......)))..))))).....................((((((....(((.(((((((....((.........))....))))))).)))....))))))..........................{{.........)))}})).)))))))...........................))))).....))))............(((((((....)))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.(((((......(((((.....)))))...........((((((....))))))...................(((((((.....((.....(.....)....))....)))))))....(((((....)))))(((((...(((.(((.((((..............((((((((...))))))))...(((((((......((((((((....))))))))..((((....))))..)))))))..(((...(((............)))..))).................((((((((((.........))))))))))..(((((....((((((((((....((((((..(((((((................))))))).(((((((...))))))).....(((((...............))))).(((((.((....)).)))))...(((((....))))).(((.....)))..((((((..........))))))..))))))..))))))))))....)))))..........(((......))))))).))).)))..)))))......(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).............(((.((((.....)))).))).................))))))..)))))))..............(((((...(((.......)))..))))).....((((.......)))).(((((((((.(((.(((((((.((.((.(......))).)).))))))).)))))).)))))).((((............))))...((((((((....))))))))..(((((......)))))..................)))))..))).((((.....))))..((((((....)))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((....(((((((((((.......(((((((...((((.(((((((.((((((((..(((((((....((((((((.(((((((...((.....))..)))))))))))))))....((((....))))))))))).....)))))))).((((((.((((((((((....(((((((((((..(((((((((((((((.((((.((((.((((((..((((((((((............(((((((.(((((((........))))))))))))))......(((((((((((((((((.........))))))))))..)))))))..)))))))))))))))).)))).)))).))))......))))))))))).....(((((((...)))))))...((((((((((.((.(((((.(((((((........(((((((.....((.(((..(((((.........)))))..))))).(((((((((.......(((......)))....((((((...(((((((.........)))))))..))))))....)))))))))........)))))))......)))))))(((((((((....))))))))).))))).)).)))))))))).)))))))))))..)))).......)))))).))))))...........)))))))))))....(((((...(((.......)))..))))).............))))))).(((((((((.(((.(((((((.((..((((....)))).)).))))))).))))))).))))).)))))))))))....(((.....((((((((....))))))))..((((((....)))))).............)))..)))))..))))))............(((((((....)))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(((((...(((((((((...)))))).....)))...((((((....)))))).....((((.........(((((((((.((((((..............)))))))))))))))...(((((....)))))<<<<<<.<<<<..))))................(((((((((...)))))))).).((((((((.....((((((((....)))))))).(((((....))))))))))))).((((aaa(((((.[[[....)))))..))))]]].....AAA.....((((((((((((....)).)))))))))).((((((....((((((((((....((((((..(((((((((...........)).))))))).(((((((...))))))).....(((((...............))))).(((((..........)))))...(((((....)))))((((.....)))).((((((..........))))))..))))))..))))))))))....)))))).....(((((((......))))))).....>>>>>>>>>>......(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).............(((((........bbb)))))..BBB............))))))..)))))))..............(((((.(.(((..{{{..)))).)))))}}}..((((.......)))).(((((((((.(((.(((((((....(.(((....))))....))))))).)))))).)))))).((((.((((...))))))))..(((((((((....))))))))).((((((....)))))).(((.....)))......)))))..))))(((((...))))).(((((((....)))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((((....((((((((..(.......(((((((...((((.(((((((.((((((((..(((((((....(((((((((.((((((...((.....))..)))))))))))))))....((((....))))))))))).....)))))))).((((((.((((((((((....(((((((((((..(((((((((((((((.((((.((((.((((((..((((((((((............(((((((((.(((((........))))))))))))))......(((((((((((((((((.........))))))))))..)))))))..)))))))))))))))).)))).)))).))))......))))))))))).....(((((((...)))))))...((((((((((.((.(((((.(((((((......(.(((((((.....((.(((..(((((.........)))))..))))).(((((((((.......(((......)))....((((((...(((((((.........)))))))..))))))....)))))))))........)))))))).....)))))))(((((((((....))))))))).))))).)).)))))))))).)))))))))))..)))).......)))))).))))))...........)))))))))))....(((((...(((.......)))..))))).............))))))).((((((.(..(((.(((((((.((..((((....)))).)).))))))).)))..).)))))).)..))))))))....(((.....((((((((....))))))))..((((((....)))))).............)))..)))))..))))))............(((((((....)))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...)))...(((((((.((((.((...........))))))((..(((((......)))))..))...((((((((((.((((((.......)))).....(((((((((.((......)).)))).))))).)).).))))))))).((((((..))))))...((...)).(.(((((((.....))))))).)...((((((((((((((((..)).))))))))))))))((((((((..((...((((..(((..)))..((((...))))(((((((((..)))))))))..(((((((..((((((..(((...)))..)))))))))))))(((((((((((((..)(((((.(((((((((((..((((..))))))))))))))(((((((...)))))))((((.((((((((.......)).).))))).((.......))..((((((((((((((......))))))))))))))))))((((((..........))))))..))))))..))))))))))))....((......))(((..))).(.(((.((((((((.(((........)))((((..)))).(((((((((((((((((((..))))))))))))))...........)))))(((((..))))).((((((((((.(((((...)))).(((........)))..((.(((((((.(((((...(((.......)))..))))))))))).)))...).....((((((.((((.((((.(((((((((..(...........)))))))))).))))))))..))))))((.((......))...)))))))))))).(((.(((((((..)))))))))))))))))).))).)))))..((..)).))..))))))))..)))))))...((((((((..))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................((((((.............................))))))......(((......))).........................................................(((((((............................(((......)))..))))))).................................................((((((((...........))))))))....................................((((..................)))).........................(((((...............)))))......................................................................................................................................................(((((((.((((...((((((((((((....))))))))))))..............((((((((.....))))))))..................))))...)))))))..............(((((...(((.......)))..)))))............((((..(..((((((....(((.(((((((.((...(((....)))..)).))))))).)))....)))))).)..))))..................................................................................................((((((....)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((..((((.(((((....................(((((((...(((((((((((((((((((........(((((((((.((((((...((.....))..)))))))))))))))...(((((....)))))............))))))))))))).))))))..((((((((...)))))))).......))))))).......((((((((.((((.......)))).)))))))).)))))))))..)))))..))))).............((((((...(((((((((((((((((.........))))))))))..)))))))..))))))......(((((..(..(((((((.....(((((..((..((((((...(((..((((((.((..(((....))))).))))))......))))))))).....))..)))))(((((.(((((....)))))((((((((...(((((..((((((((((.(((.....)))))).)))))))....((((((((((.(((..((((.((((((..((((((...(((((.(((((.((.....(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).........((..(((((((((...)))))))))..)).............))))))..)))))))..(((..(((((..(((((...(((.......)))..))))).))))).....(((((..(..(((((((((.(((.((((((..((..((((....)))).))..)))))).)))))).)))))).)..))))).)))....)).))))))))))...)))))).))))))))))...))).)))))).))))...........)))))...)))))))).....))))).)))))))..)..)))))