|
|
|
AAAACAAUAAAGGUAAUAGAUAGUGUAUAUUUAUUUAGUGAUUUUAUUAAAUAAUAGUACUGUGAAGGACACUAUGAAAUUAUAACUAUGCCAAUACAAUAAUAAAUUAUUAUGUACCUUUUGCAUCAUGGGUCAGCUACUUAAUAAACAUAAAAAUAAAUCAAAUUUAAAUGUUUAUUGGACCCGAAACUGCUACGAGCUUGUUAUUAAUAAGUAUGAUAUAACAUGACUGAACCGGUGUCUGUAGUAAAAGACUCGGAAGAUUAAUAACAAGGAGUGAAAGGCUAAUCAAGUGCAGUGAUAGCUGGUUCCCGGCGAAAUCUAUUUAGGUAAAGUGGUAAUCAAAGACAAUUAAAGAUAUAUAAUAAUUGAUCUAUAAAUACUAAUCAGACAUAAAGCGGUAAGGUCUUAUGUCAAAAGGAAAAAAGUCCUAAAGUGAAGUUAAAGUCCCUAAUUGUUUUUUUUUAAAGAAAAUUUUACGUAUUGUAUAAAGAUCUCAUAAAGAUUAGCUUAGAAGCAGUUAUUCUAUAAUGAAAGCGUAGUAGCUCAUAUGUUUAGUACAGUAAGUAAACAAAUGUCCGGGAAUAAGAAAGAACUGAAACUCACUAAAAGAAAGUAAAAAGAAUAUUUCUUUUAGUAGCUGGGCGUUCUAUAAAAAAGAAUUUAUAUUUUAUAAAAAAAUAUAAGUAGUAUAAUGGAUACAUCAUAUAGAAUUGAGAUUGCUGACAUUAGUAACAAUAAGUUUAAUUAAACGGCCGAAAGUCUAAGGUUUUAUCAAGUGAAACGGUAUAUAUCAAAGCCGUACCACAAACCAACGCAGGUAGACUACAACAAUAUUGUAAGGCCAAGAACAAACUAUUUAUAGGGAACUCGGCAAAAUACGUAAUAGACUUCGGUUAAAAGACGCCUCUAAUAGAGGAAAAUAUAAAAGAUUGCUGCAACUGUUUACCAAAAACACAUGGCCAUGCAAACAAAACAAGUAUAUGGCCUGACACCUGCCCAAAGGCUAUCGGCAAACGGCAGCUGUAACUCUAACGGUUCUAAGGUAGCAAAACCCCUUGACGUUUAAUUGGCGUCGCGCAUGAAUGGUGUAAUGAUGGCAAUAGCUGUCCCAUAAAUAGAUUCUGUGAAUUUGAAUUACCCGUGCAGAUGCGGGUAUUUAAGCACUGGACGAAGAGACCCUAUGACACCUUUACAUGAUGAUAUUCCAAAGAUAAAUAGAUCUUUAUGUGGAAAAAGUAAUACAAUAAUAGAAAAAUGUUUGACUUUGUCGCGAAAUGUCCGUCGCAUGCGACGCGACAAAAACCACAAAUGAUACUAGAAAUUAGUAAAGGAAUAUACAUAUGUUUCACUGGGGCGGUGGUUCGUUAAAAAGUAACGCGAGCAAUCAAAGGCUUUGUAAAACCUAAACUAGAAAACAAAGCUUAACUGUAAGGAUCACAAGCCAAGCAGAUGUUCGUCUGGCGUGCGACGCGCUGAAAAGCAGGAAGUAAAGACCCAAUUAAAAUUGUCUUUUAAUUGAUCAACGGAUAAAAGGUACGCUAGGGAUAACAGGCUAGUACGCGCCUAGAGUUCAUAUCGACGCGCGUGUUCGGCACCUCGAUGUUGGAUCAUCGCGUCCUAAAGCUGCACAAGGUUUUAAGGGUUAGGUUGUUCACCUAUUAAAGCGGUACGUGAUCUGAGUUCAGAACGCUGCGAAGCAGUUCGGUUUCUAUCCGUGCUUAGUAAUGUGUGAUAUGUUAAGGAUUAUGAGUACGAAAGGACCAGUAGAUUCUAAACCUCUGGUGAAUUUGUUGUCAAAAAAGGCAUAGCAAAGAAGCUAAGUUUAUAAAAAAGCAUAAAACACAGGUAUAGUAUAUGAUAACAUAUAUGGAUUUGUAAGACUAAAAAGAGAGAUCUUAAAAAAAAGAAGAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((....)).............((....))..............................((....))...............................(((((.....)))))..((((........))))((((((....((((((((((.....(((((...))))).))))))))))..((.(...((((.((...((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((.....(((((((((...........)))))).))).....)))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((...........(((((((..........(((((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...))))))))))))).................))))))))))...)))))))((((((((............))))))))....))))))(.(((((((.........((((((((((((......)))))..)))))))...........)))))))..).....))))))..............((((....))))((((....((((..((..((...))......((((..........))))..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))).((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((...)))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...........)..))))))))..((((.(((...(((((...)))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).))))))).....))).)))))))).)))).............(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.((.(((((.(((((...(((((((..((((((((.........(((((.....(((................................................))).............))))))))))).)).............)))))))...)))))..((((.....))))((((((...........))))))..((..((((((((......((.....))....))))))))..(((((((((......))))))))).(((((((.....))).)))).(((....)))..))..........(((((((((.....)))))))))............)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))..((((((((..((((..(((((((................)))))))((((((...(((....((((((((((....)))))..)))))....))).))))))......((((.......))))..)))).....)))))))).....(((((.......)))))........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((((....(((((((.......)))))))....)))))))......((((..((..((...((.((((..((((((((((((((..(((................((((((...(((((..((((..((((((((((((((((..((((.......))))..))))))))))..((((...((((((((..((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))((((((...(((......((((((((...(((((...))))).............(((((((..(((..(((((((((((..(((...((((.......................(((((((..(......)..)))))))...((((......))))........))))..)))..)))))))))))..)))......))))))).))))))))...(((((.....)))))........)))..))))))...........))))))))..(((.((((((.(......).)))))).)))..))))........(((((((......(((((((((((............)))))))))))....(((.((((((((.......(((((((((((.....))))))))))).((((.....))))....))))))))..((.((((((................((((....)))).(((((.(((((..(((((......(((..(((((..........)))))..))))))))...((((((..............(((((.(((((........................((((((....(((....(((....))).....)))((((.....)))).............))))))....(((((.....)))))..))))).)))))......((.((.....)).))..))))))....))))).)))))...))))))))....)))...)))))))..))))))...))))...((((((.....))))))..(((((...((((....((((((....)))))).......(((((((...)))))))...))))))))).))))))))))).(((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((.(((((((((.(((((......)))))..(((((..(((((...(((............)))...))))).........(((((((((....))))).))))....))))).....((((((...))))))..))))))).)))))))....((((((((.((((..((((.........(((((((.....(((((((((.................)))))))))..((((..((........))..)))).)))))))(((((((((.....(((....)))..........((..(((((((((.....))))))))).))............)))))))))...))))..))))...))).)))))...)))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((....(((((.....)))))))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))))..((((..((((((........(((..(((((...(((((.((.........)))))))...)))))..)))....((((.((((......)))).)))).......))))))..)))).)))))))).))))))..))))..))..))..))..))))..((((....))))..............) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((....((((((((((....))))))))))..............))))))...........(((((((.....................((((((((.......((((((.......((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))).............((((((((((((.....((......))........((((.((((........))))))))...)))))))))))).................................((((((((...............................(((((((....................................((((((((((......))))))))))...((((......))))....................))))))).................((((((((((((......................................................................))))))))))))........))))))))..................(((((((((((............))))))))))).......................(((((((((((.....)))))))))))..................................................................(((((.((((((.((((.......((((((((((..........)))))))))).))))..............(((.......)))..............................................))))))))))).........(((((...))))).........................................(((((((...............)))))))..(((.(((((..................))))).))).................................(((((.......)))))((((..............((((((....))))))((.............(((..((((((.((((((((....)))))))))))))))))...................................(((((((((((((......))))))..((((.................................(((((((((.........(((....))))))))))))..)))).......................)))))))..............)).......((((((((.....)))..)))))......(((((((((.................))))))))).......................................)))).............................(((((((((.....)))))))))...........))))))))..................((((((((...((.......))...)))))))).........(((((......)))))......((((((......))))))......(((((.....)))))..........................((((..(((...)))))))..........(((((((..((((................)))).))))))).....(((((..............)))))..................)))))))(......)..................................(((((((....)))))))............................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....(((((((.....)))))))........)))))............((....))..((.((((..(...(.((((((((...................(((((.....))))).(((((.(((((...((((((((((...................))))))))))..((((.((((((......(((((((((((.............................((((........)))).(....).))))))))))).........(((((((.............(((.......)))...((((.(....(((((((........((((((((((..(((....(.........................(((((((.((......)).)))))))...............(....).....)....)))..))))))))))((((....))))))))))).........).))))........)))))))......))))))...(((.(.....(((......)))....)...)))............((....)).))))...................(.(((((((((((............))))))))))).)...((((((((.......)))))(((((((((.....)))))))))......(((((.....(((............)))......)))))..........((((....)))).)))....(((....(((((.....(((..(((((..........)))))..)))...........(((((((.................(((.((......(((....)))....)).)))...............................((((.....))))........................))))))).)))))....(((((((...............)))))))..(((((...(.....((((((.......(((................)))....))))))..........((((((.....))))))......)...)))))......)))...))))).)))))....(((((.....)))))....((((((........))))))..(((((((.(((.((((...(((((....(((((.((((.(((((((((((((((........))))).(((((........(((..............))..).....(((((((...................)))))))....)))))......................))))))).)))))))..((((.....))))((((((...........))))))........(((((((.................)))))))....((((..((........))..))))..((((((...(((.....)))(((....)))..............(((((((((.....)))))))))....))))))..)))))....))))).......(((..(((((((...((.......))...)))))))...)))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).........(((((...)))))....))))..))))))))))....(((((..(((((...(.((.....)).)...............(..(((((...((((...(((((((((......))))..)))))...)))).))))).).....)))))..)))))))))))))....).)..))))..))..(((.(((((.............))))).))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((((..((((((((((....))))))))))..)).(......).))))))).............((((......(((((.....)))))(((((((((.......(((((.......((((((((((..((((.......))))..))))))))))))))).........((...((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))..))................(((((.....((.((((((((............................(((((((((((..(((..............................(((((((.((......)).)))))))...((((......))))..............)))..))))))))))).............(((((.((((((((.((....((((..(((.(((((.......))))).)))...)))).(((......))).......)).)))))))).))))).......)))))))).)).....))))...(..(((((((((((.((.......))))))))))))).)......((((((((.......(((((((((((.....))))))))))).((((.....))))....)))))))).......(((......)))........(((((())))))((((((.((((((.(((((......(((..(((((..........)))))..))))))))........)))))(((((.....)))))..(((.........(((....))).......)))................)))))))........(((((...)))))...................)...(((((.....)))))((.(((((((...((.......)).)))))))))....(((((.....((.....))....)))))((((.......))))....((((..........))))((((((.....))))))((((..............((((((....))))))...............(((..((((((.((((((((....)))))))))))))))))((((((((....((((...........((((.((((((((((((((((......)))))).(((((.....((...(((............)))...))((((((((.........(((((())))))))))))))..))))).....(((((.....)))))..))))))).)))))))......)))).(((.((((((((.....))..)))))).)))..(((((((((.....((.....))...)))))))))..((((..((........))..))))...))))))))..)))).....(((....)))..............(((((((((.....)))))))))..........)))))))))..............((((((((((((.(.((.......)).).))))))))).)))....(((((......))))).(((((((((((......))))))).))))(((((.....)))))..................((....))(((((((....))).)))).(.......)(((((((.(((((................)))))))))))).....(((((..(.........).)))))......(....)......))))((((......))))......................((((((...(((((((....)))))))..))))))..........(((....)))................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((((((...(((((..((((...((((...))))...)))))))))..)))))))..........)))))))..((((.(((((...))))))))).............(((((........(((((((((..((((.......))))..))))))))).)))))......(((.....((((((((((((...((((......))))......((((.((((........))))))))...))))))))))))...[[[..)))...]]]..(((((((((.((((((((((......((((....)))).....(((((((.....((((((...........)))))).((((((...(((..((((((((((............)))))))...((((......))))....))))))....((((.......((((((((...((((...(((((.((((((((.......((((..(((.(((((.......))))).)))...))))(((((((........))))))).)))))))).)))))....(((((((......................(((((((((((............)))))))))))..)))))))))))..))))))))(((((((((((.....)))))))))))........))))......)))))).....))))))).....((((........((((....))))((((..........(((...)))..(((..(((((..........)))))..)))..(((......)))....(((((.....))))).))))........))))......)))))).))))......(((....(((....))).....)))(((((...)))))............)))))))))..(((((.............[[[[[[[......)))))....]]]]]]].......((((.....[[[[[[))))......((((((.......))))))....]]]]]]......(((((((...........(((((((((..((((......((((((....))))))))))...(((((((...)))))))...(((((((......))))))).((((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((...(((((((((((((......)))))).(((((......(((.(((............))))))..((((((((.........((((....))))))))))))..))))).....((((((...))))))..)))))))...)))))....((((((((.((((..((((.....................(((((((((.....(((...)))...)))))))))..((((................)))).......((((((((((.....(((....)))..............(((((((((.....)))))))))(((....))).....))))))))))..))))..))))...))).)))))...)))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((....(((((.....)))))))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))..)))))))))..)))))))...........(((...[[[[[....))).......]]]]]...(((..[[[[.)))..]]]]((((.[[[..))))..]]].................((((((...(((((((....)))))))..)))))).........((((....))))............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((..((.((((((((((....)))))))))))).)))))).(((..((.((((..((((((((((((((..((((.(((((...)))))))))((((((((.((..(((((.......((((((((((..((((.......))))..)))))))))))))))....((......))((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))))))))))))....((((((((((.....(((((...)))))..((((((((((((....(((((((((..(((((((((...........)))))).)))..............(((((((.((......)).)))))))...((((......)))).((.(((((((.............((((((((...)))))))).(((((((((.......(((((.....))))).(((....(((((((((((((((.(((.(((......))).....(((((..........))))).(((((((((...................((.(((((((((((............))))))))))))))))))))))............(((((((((((.....))))))))))).((((.....)))).)))))))))))...)))))))......)))........((((....)))).(((((...((((.(((((......(((..(((((..........)))))..))))))))......(((....(((((.....)))))..)))................))))....)))))..)))))))))..))))))).))........(((((...)))))...........)))))))))....((((.....)))).((.(((((((...((.......)).)))))))))(((.(((((.....(((...)))....))))).))).(((.....))).....(((......)))...(((((((.....))))))).((((.....))))...((((((....)))))))).))))))))))))))..))))))..(((((((......))))))).((((((((.(((...(((((((.............(((((.(((((((((.(((((......)))))...((((..(((((...(((............)))...))))).))))....(((((((((....))))).)))).....((....)).(((((.....)))))..))))))).))))))).((((((...))))))..(((((.....)))))((((((.....(((((((((.................)))))))))..((((..((........))..)))).)))))).(((((((((.((...(((.....)))...)).......(((((((((.....)))))))))...............)))))))))((((...((((........))))...)))).....((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((....(((((.....)))))))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))....((((..((((((.....(((((((.(((((...(((((.((.........)))))))...))))).(((......))).((((......))))..)))))))...))))))..)))).)))))))).))))))..))))..))..))).(((((((........)).))))).............. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((............................................))))............(((((((.......................(((((.......(((((..(((((..((((((((((..((((.......))))..))))))))))...................((((((((((((....(((......))).......((((.((((........))))))))...))))))))))))...................((((((((..(((.((((gg((.................................((((((...........))))))..................(((((.............eee)))))...((((...EEE))))...........................................(((((.((((((((.............(((.(((((.......))))).))).........((aaa...))...AAA.....)))))))).))))).....dd))gg))....................(((((((((((............)))))))))))..GG..DD...............(((((((((((.....))))))))))).................................................................((((....(((..............(((..(((((..........)))))..)))...............))).((((.....))))..))))..................GG..))..))).............(((....)))........(((((...))))).............))))))))....................((((((.................))))))...((.(((((.....((.....))....))))).))..................................((((((.....))))))[[.................[[.....)))))]])))))...........((......(((.((((((((....)))))))))))..{{))...........................((((..(((((((((.((((........))))..(((((....(((...(((............)))...)))((((((((..((((.....))))....))))))))...)))))......(((.......)))...))))))).)).))))...............((((((...........))))))......(((((((((.................)))))))))..................................bbbbbbb]].....(((....)))..............(((((((((.....)))))))))............)))))BBBBBBB..............(((((((...((.......)).ff)))))))...(((....cccc))).....CCCC.FF((.((((((......))))))..))...((((.....))))...........................................................}}.......(((((..(((((......................(((((..............)))))...(((................<<<<)))...>>>>.............)))))..))))))))))))((((((....))))))............................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((.....((((((((((....))))))))))...)))))).........((((..((((((((((((((..(((.((((((...)))))))))......((.....(((((.......((((((((((..((((.......))))..)))))))))))))))..............((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))..)).........................(((((...)))))...................((((((....(((((((((...........)))))).)))..............(((((((.((......)).)))))))...((((......))))..(.(((((((.................((.......))....(((((.((((((((...(((((.....))))).(((.......)))..............((((((........))))))..)))))))).))))).......((((......................(((((((((((............)))))))))))..))))(..((((((((......(((((((((((.....))))))))))).((((.(((....))).))))..........((((((....))))))......(...........((((...(((((.............(((..(((((..........)))))..)))..(((......))))))))((((.....))))..)))).........)...))))))))..).((........)).....))))))).).........(((((...))))).............))))))(....(.(.......).)....(((((((...((.......)).)))))))..(((.(((((.....(((...)))....))))).)))..................).............(((((((.....))))))).((((.....))))...((((((....)))))).......(((((((...)))))))...(((((((......))))))).((((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((.(((((((((.(((((......)))))..(((((...((((...(((............)))...))))(((((((...(((.....))).....)))))))....))))).....(((((.....)))))..))))))).))))))).((((((...))))))..(((((.....)))))((((((.....(((((((((.....((.....))...)))))))))..((((..((........))..)))).)))))).(((((((((.....(((....)))..............(((((((((.....)))))))))...............))))))))).......((((........)))).....)))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((((((..........)))).))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))....((((..((((((........(((..(((((...(((((.((.........)))))))...)))))..)))....((((.((((......)))).)))).......))))))..)))).)))))))).))))))..))))...........((((((........)).))))............... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((..(((.((((((((((....))))))))))).))))))).........((((..((((((((((((((..(((.((((((...)))))))))((((((((.....(((((.......((((((((((..((((.......))))..)))))))))))))))..............((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))..))))))))..........(((......(((((aaa)))))........((((......(((((((((..(((((((((...........)))))).)))..............(((((((............)))))))...((((......))))....(((((((................................(((((.((((((((...((((([[[[.))))).....................].]]].(((((((........))))))).)))))))).)))))....((((((.AAA...................(((((((((((.((.......)))))))))))))...))))))(((((((((.....(((((((((((.....))))))))))).((((.(((....))).))))...((((...((((((....)))))))))).(((((........((((...((((((...(((......(((..(((((..........)))))..))))))..........))))))((((.....))))..))))......))))).))))))))).....................)))))))...........(((((...)))))...........)))))))))...(((((.....)))))((.(((((((...............)))))))))(((.(((((.....(((...)))....))))).))).(((.....)))....................(((((((.....))))))).((((.....))))...((((((....))))))...)))){{{{{{{)))}}}}}}}.(.((((((((....)))))))))((((((((.(((...(((((((.(((((.(.(((.(((((.(((((((((((((((......)))))).(((((...((((...(((............)))...))))(((((((..(((....<<<))).>>>)))))))....))))).....((((((...))))))..))))))).))))))).((((((...))))))..(((((.....)))))((((((.....(((((((((.....(((...)))...)))))))))..((((................)))).))))))((((((((((.....(((....)))..............(((((((((.....)))))))))(((....))).....))))))))))......((((........)))).)))))))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((.(((..........)))..))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))...(((((..((((((.....((((((..(((((...(((((.((.........)))))))...)))))..)))....((((.((((......)))).)))).)))...))))))..))))))))))))).))))))..))))..........(((((((........)).))))).............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((....(((((((.......)))))))....)))))))......((((..((..((...((.((((..((((((((((((((..(((................((((((...(((((..((((..((((((((((((((((..((((.......))))..))))))))))..((((...((((((((..((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...))))))))))))..((...(((((((((..((((((((...(((((...))))).............(((((((..(((..(((((((((((..(((..............................(((((((..(......)..)))))))...((((......))))..............)))..)))))))))))..)))......))))))).))))))))...(....).....)))))))))....)).....(((......)))..))))))))..(((.((((((.(......).)))))).)))..))))........(((((((......(((((((((((............)))))))))))....(((.((((((((.......(((((((((((.....))))))))))).((((.....))))....))))))))..((.((((((................((((....)))).(((((.(((((..(((((......(((..(((((..........)))))..))))))))...((((((..............(((((.(((((........................((((((....(((....(((....))).....)))((((.....)))).............))))))....(((((.....)))))..))))).)))))......((.((.....)).))..))))))....))))).)))))...))))))))....)))...)))))))..))))))...))))...((((((.....))))))..(((((...((((....((((((....)))))).......(((((((...)))))))...))))))))).))))))))))).(((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((.(((((((((.(((((......)))))..(((((..(((((...(((............)))...))))).........(((((((((....))))).))))....))))).....((((((...))))))..))))))).)))))))....((((((((.((((..((((.........(((((((.....(((((((((.................)))))))))..((((..((........))..)))).)))))))(((((((((.....(((....)))..........((..(((((((((.....))))))))).))............)))))))))...))))..))))...))).)))))...)))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((....(((((.....)))))))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))))..((((..((((((...(((.(..(((.(....).(((((.((.........)))))))..)))..).))).....((((.((((......)))).)))).......))))))..)))).)))))))).))))))..))))..))..))..))..))))..((((....))))............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((...((((...((((.................)))).))))..)))))))...((((((((((((((......................((((....(((((..((((..((((((((((((((((..((((.......))))..)))))))))....................((((((((((((.((((((......)))).))...((((.((((........))))))))...))))))))))))........((((((((..(((((((....((((.....)))).............(((((((..(((..(((((((((((...........................(((.....(((((((..(......)..)))))))...((((......))))..)))..............)))))))))))..)))......)))))))..)))))))..............)))))))).............................................................................................(((((((((((............)))))))))))..........(((((........(((((((((((.....)))))))))))...................)))))..........................................(((((.(((((..(((((......(((..(((((..........)))))..))))))))...((((((.....(((.......)))...............................(((((.....(((....(((....))).....)))(((((...)))))..............))))).......................................................))))))....))))).))))).............................)))))))...))))...((((((.....))))))..((((............((..((....))..)).......(((((((...)))))))........)))).))))).))))..(((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((.(((((((((.(((((......)))))..(((((..(((((...(((............)))...)))))..........((((((((....))))).))).....))))).....((((((...))))))..))))))).)))))))....((((((((.((((..((((.........(((((((.....(((((((((.....((.....))...)))))))))..((((..((........))..)))).)))))))(((((((((.....(((....)))..........((..(((((((((.....))))))))).))............)))))))))...))))..))))...))).)))))...)))))..((((((.((((((((((......))))))).)))))))))....((((((.....(((((((.....(((.......))).))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))).....((((..((((((..............(....).(((((..............))))).................((((.((((......)))).)))).......))))))..)))).)))))))).))))))..................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((....(((((((.......)))))))....)))))))......((((..((..((...((.((((..((((((((((((((......((((((((((........(((((((..(((((((((.......((((((((((..((((.......))))..))))))))))))))).....(((((((((((((((((((((.((((((......))).)))...((((.((((........))))))))...)))))))))).(((((....((.(((.((..(((((..((.((((((((((......((((....)))).(((((((....(((((((((((..(((..............................(((((((..(......)..)))))))...((((......))))..............)))..)))))))))))..........((((..((.((((((.....(((((.....))))).(((....((((((((((((((.(((((((((((........))))))).((((............(((((((((.....((......)).......(((((((((((............)))))))))))..)))))))))............(((((((((((.....))))))))))).))))..........)))))))))))...)))))))......))).)))))).))..))))....((((...((((((..((........(((..(((((..........)))))..)))........))...))))))...(((....)))..))))........)))))))...)))))).))))......(((....(((....))).....)))((((.....))))............))..)))))..)).)))))..........(((((((...((.......)).)))))))..(((.(((((.....((.....))....))))).))).)))))...)))))....)))))).....(((((((((.........(((((((((..((((......((..((....))..))))))...(((((((...)))))))...(((((((......))))))).((((((((.(((...(((((((.(((((.......(((((.(((((((((((((((......)))))).(((((..(((((...(((............)))...))))).........(((((((((....))))).))))....))))).....((((((...))))))..))))))).)))))))....((((((((.((((..((((.........(((((((.....(((((((((.................)))))))))..((((..((........))..)))).)))))))(((((((((.....(((....)))..........((..(((((((((.....))))))))).))............)))))))))...))))..))))...))).)))))...)))))..((((((.((((((..((......))..))).)))))))))....((((((.....(((((((....(((((.....)))))))))))).(((.(((.((((....)))).))))))...)))))).))))))).)))))))))))..))))))))))))))))))...))))...)))))))(((((.((.........))))))).))))))))))......(..(.((((......)))).)..)....................)))))))).))))))..))))..))..))..))..))))..((((....))))............... |
