|
|
|
AUAUGGCUGAAUUACUUGUUAAAAAUUCUAGAUAGAUAUUUGAAACAUCUAUUGUCUUAGUAAAGGCGAAAGAAAGGAAAAUUAAUAUUAAAGUACCGAGAGGGAACAAUAAAAGCUUCUAAAAAACAACUAAAUAGUGUACUUUUCGCAUCACGGCCUAGCAAGAGUAAAAUUUGAAUUAACUUUCUCGAAAGCCGGCGAGCUAUCUUUUUCUGGUUUUUUAGAACAUUUAUGCUAUUAAAAAUGUGGCAAAAUUUUAAUAAAAGGAAAAGAUAGCUGUAAUACGCUUUUCGCGCUGGUGAUAGCUAGUUCUUCCAAAAAGGUAUAUAAGUGCCGAGGCGAGUGAAAUGCCUAAGGCUAAAAAGCUAGCAAAGGUUUCCUCAGCCUAAAAAGACUUAAGGAUAAGCUUAAGUCUAAAACGGAAAAUAGUAGUGUUAUUAACUCAAUGUAGGCUUGAAACUAGCCAGCAUAUAAAGUCUGUUAUAAGAUAGUUCUAUAAGAAAAAAGAUUUAUUUACUCACCUCUCCGUAAAAGAAUGGAAGUAUAGUUUUUAAUAUAAAAACUUAUGCUAAUGCUAGGAUGAGUAUUUUACCAGUUGGUAUCGCGGGCUAAUACAUUAAAUUAUGCCCUAUUUUUCUAUAAAAACUUUUAAAUUAGGAAGAAGGAACUCGGCAACAAUAUGCCUCGCCUGUUUAGCAAAAACAUGGCUCUUUGAAAAAAACUAAUAAAGAGUCGGACCUGCCCAGUGAAGUUUUAACGGCCGCGGUACUCUGACCGUGCAAAGGUAGCAUAAUCACUUGCCUUAUAAUUGAAGGCUGGUAUGAAUGGUUUGACGAGGGCAUAACUGUCUCCUUCCUAAUUAUUAGAAUUUGACCUGUGGGUGAAGAGGCCCAUAUAAAACUGAAGGACGAGAAGACCCUGUCGAGCUUUAGAAGAAAGUAGGCUAAAAUAUAUAAGUAACUAUAAAGCUACUCUUAUUCAUUGGUUGGGGCGACAAGGGAACAAUAGAAGCUUCCCUUAAUAAAUAAACAUAUAUGUAAGGAUCCAGGAUUCCUGAUUACAAAAAUUAGUUACCGCAGGGAUAACAGCAUAAUCUUUUUUGAGAGACCUUAUCGAAAAGGGGGGUUGUGACCUCGAUGUUGGACUAGGAUAUCCCGAAGGUGCAGAAGCCUUCGAUGGUUGUCUGUUCGACCAUUAAAAUCCUACAUGAUCUGAGUUCAGACCGGCGUGAGCCAGGUCAGUUUCUAUCCUCAGUUUUUUACUCAGGCCUAGUACGAAAGGAUCGGGCUGGGGAAAAAAUUUCUAUAGUAGAAAAGAUAUAAUUUUUAACUUAAGAUUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((.......((..........................((....))...(((((.....((.....))....)))))...............((....)).....))........))......(.(((....)))..((((........))))((((((....(((((.......)))))...((.(...((((((...((((((((((((......................(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......)))))).....).))..((((((....(((((....))))).(((((((.(((((......((((....)))).......)))))))).))))...((((((((((......))))))))))..(((......))).........(((...(((..(((.........)))..)))...(...((......)).).)))...........................................))))))(.(((((((((...)))))))))..).....))))))((.....((..(((....)))((((.((((((((.......)))).)))).......))))......((.....((((((((.(((.............(((((((((..(([....(....]))..(((((((((.......)..))))))))..((((.(((..((((...))..)))))((((((......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).))))))))..))))....)))....(((((........))))).....(((((.(((.((......((((.(((((((.((((((((((((..........................))))).)))))))..((((.....))))((((((..........))))))(.(((.((....)).))).........((((...)))).....).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).((((.....)).)).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..))))))))......((((((((...............))))))))((((...))))...(((.(((((.......))))).)))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((.........(((((((((((((.(((((.....(((((.(((.(((((((....))))))).)))......................((....))((((.....(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((....))))..(((((((((((.((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((........(((....)))........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......)))))))).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...))))))))..(((((((.....))))).))..............(((((((...((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..(((((....))))).........)))))))..))))...(((((((......))))))).......))))))))))))).....)))).))))).).)))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......)))))))))...................((((((.((((..(((.((((((...((........)).....))))))..(((((....((((((((((.........))))))))))..)))))..))).((((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))).))))...))))))))))......)))).(((((((....))).)))).))))).......((((((((.(((.((((..((.(....).))..)))).))))))))))))))))..)))).........)))))))))...)).))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...((...((((((...((((..((((((.........)))))).(((((....)))))........))))..))))))..)).(((((..((((((........((((((((....((.(((....))))).((((((((.((.(((((..(..((((((...((((.....(((((((..(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))((((((((((......((((((....))))))..((((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....))))...))).)))))))...(((..((((((((.......))))....))))..(((((((.......(((((((..(((((((.((......(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).))))))...((((....))))))..((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((...((((....((((....(((((((((((...(((((.......((((((((((...........)))))))))).(((((((...(((....)))..)))((((((......))))))...)))).)).)))(((((.(((((.......))))).))..)))..)).....))).))))))..))))))))))))))))..))))))).....(((((((......)))))))...)))....)))))))........)))).)))))...)))))))..(((..........))).....))))..))))))..).....))))))))))).))))......)))))))))))))).........(((....)))..((((((((.(((((((((((.......)))).....)))))))..((((((..(((((((((((....))))..)))))))(((((....))))).))))))..)).))..))))....)))))...))))...((((((((......))))))))..........((((((((((((..(((((((....))).))))..(((((((......(((((..(((.(((((..............))))))))..)))))........))))))).............))))).))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((.........)))))(((((((....)))))))....................................................................................((((.......(((...................)))....))))...((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))................((((((....))))))...........(((((....))))).(((((((.((((..(((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......)))))))))..............................((((.((((.......)))).))))............................................((((((....(((((......)))))((((((((((((.....))))))).)))))..........))))))....(((....))).....((((((((.......)))).))))......................((((((((((..................((((......(((((.....))))).(((((((((...........)))))))))...........................((((((......))))))................(((.(((((.......))))).)))..................)))).........))))))))))..............(((((((......)))))))....................................................................................................(((((((..........)))))))...........................................................................(((((((((.........))))))))).((((....))))....(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))))..........................(.(((((((....))).)))).).(((((.....((((((((.(((.(((((.((.(....).)).)))))))).)))))))).......)))))............................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...(((((.(.........)..(((((((.........))))))).....))))).)))...(((((....................((....)).................................(((............)))..((..............((((.(..((((..(......((((((.((((((((((((.....((.(((((((((((..........)))))........)))))).))...)))))))))))).......((.....))))))))....)..))))..).))))..(((((....)))))...((.(((.....(((...)))......))).))...))(((((((((((......((((((((......))))))))....(((((........(((....(((.((.((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).................)).)))......)))...)))))...........((((.((((((.......))))))..))))..(((((((.((((((...((((....))))....((((((((.......)))).))))......................((((((((((.(((.............(((((((((..(((((.....))))).(((((((((...........)))))))))(((((...(((((...(((.....)))((((((......))))))..((((((...........))))))..........))))).......)))))..)))).)))))....))).))))))))))...............(((((........)))))..((((((((.(((.((((...((((((..(((((...........)))))...........(((((((....(((..((.............)))))...(((((((..........)))))))....................((((........))))............))))))).))))))............(((......)))..((((......))))((((......)))).....((((.((((((....(((((((......)))))))(((((((......)))))))....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..))))..))))))))))).))))))..)))))))...........)))))))))))...)))))..............(((((((........))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((((.........)))))(((((((....)))))))..........................((....))..........................((....))..........(.....((((.......((((.............)....)))....)))).).((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))................((((((....))))))..........((((((....)))))((((((((.((((..(((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).)))).....((((......(((....)))..........)))).....(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))................................)((((......)))))....(((((.....)))))((((((((((...........))))))))))..((((.((((((((...........((((((......))))))....((((((......(((.(((((.......))))).))).......(((((((.((((((....))..(((((((.........).........(((((((......))))))).......))))))........)))))))))))((((................................))))))))))....)))))))).)))).....((((((((.......).))))))).....................(((.......((((((((.......)).........))))))............(((((((((.........)))))))))(((((....)))))...(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))))........)))......(((..((..(.(((((((....))).)))).).((((((....((((((((.(((.(((((.((.(....).)).)))))))).))))))))......))))))((.......)).....))...))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.[[[[[....))))..]]]]]..((((...((((......(((.(((((((....))))))).))).....))))...))))...(((((....((((.......(((((((((.......(((....))).......((((....(((((....(((((((.(((....))).(((((((.....(((((((((((((((((((((......((((((..(((.((((((.......)))))))))))))))....))))))))))))))...............)))))))....((((((.((((......(((((....)))))(((((((((((..(((((...((((......))))..(((((((((...(((((..(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((......(((....)))..........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))..((((....))))..)))))....)))))...((((......))))..))))(((.....(((((..(((((((((...........))))))))).....(((...)))..))))))))...((((((......))))))...)))))......)))))))))))......))))))))))......((((((((.((((..........((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......))))))........)))))))))))).....)))))))..(((....((((........)))).)))))))))).......)))))..))))...........))))))))).(((((....(((....)))...)))))((((...(((((((((((.......)))).....)))))))..((((((...(((((((((.........)))))))))(((((....))))).)))))).....)))).))))...)))))..........((((((((......))))))))...........(((.[[[[[.)))(((((((....))).))))..........]]]]](((((((((....(((((..(((.....)))..)))))((((...))))...)))))))))...((((((((......)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((((((((((.(((((.(((.(((((.(((.(((((((....))))))).))).(((.....((((.((((.(((.((((((((........................(((....))).(((((((.((...........))))))))).............))))))))..((((.(((.(((((((((((((..(((.(((((..((((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((....))))))...........(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......)))))))))....)))))...))).))))))).......((((.((((.......)))).)))).....((((......))))......(((((........))))).(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).))))))...((((....)))).))).))))..))).))))))))...))).((((((((...............))))))))..((((((((((......))))((((((((((.....))))).(((((((((...........)))))))))...((.(((.((((((.........((.(((((......))))))).((((((((........((((.((((((((..((.(((........((((((((.((((........((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....))))))))))))...........))).))..))).))))))))).......))))).))).))))))))).))))))).(((((((..........)))))))..............((((((.((((.((((...)))).............((((((....)).))))........(((((((((.........)))))))))(((((....)))))((((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))).))))...))))))))))....)))))).(((((((....))).)))).)))))...(((.(((.....))).)))((((((.(((.....))).)))))).....))).)))))..)))).........)))))))))....))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((((....(((((...........)))))((((((....)))))).............................................((((((((...............................................................................((((((((((((((..(((.(((((..((((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))..........................................((((((((...(((((((((.........))..........................(((...........(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))............................................(((((((((.(((((......)))))((((((((((((.....))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))...............<<<<<<<<...))).)))))))...))))))))..(((((((.....))))).))((((((.............))))))..........(((((((.............((((........)))).......(((........((.(((((.......))))).))........(((((((.((((...........((>>>>>>>>................((((((......))))))...........)).........))))))))))).........................................))).......)))))))..........{{{{{{....))))))))}}}}}}.................................((((....................))))..............(((((((((.........))))))))).................(((((((..(((((.(((((((((......)))))))[[)).)))))))))))).]].........................(((((((....))).))))..............(((((((.((((.((((..............)))))))).)))))))....................))))))))))........... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((((((((.(((((.(((.(((((.(((.(((((((....))))))).)))...........................(((.........(((((((((....((.(((....))))).((..((((.......................................(((((((.....((((((((((((((...(..((((((..(((.((((((.......)))))))))))))))..).)))))))))))))).......))).)))).((((((....))))))...(((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....)))......................((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).........................(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..((((((((...............))))))))........((((......))))..((((((((.....))))).))).(((((...........))))).......((.(.(((((((..........(.((((((......))))))).((((((((......(((.(((((.......))))).)))......((((((((.((((........(((((((((((.....))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....)))))))))))).......................................))))).)))..)))))))).)).))))..)).......))))))))).)))..................((.(((((.((((...)))).............((((((....)).)))).......((((((((((.........)))))))))).((......))...(((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).)))))))))))).))....)))))))..((((((.(((((........))))))))))).)))))...(((.(((.....))).)))((((((.(((.....))).)))))).....))).)))))..)))).........)))))))))........... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((........((((..(((((((....))).))))..))))(((.(((((((....))))))).))).[[[[..............(((((....((((.......(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((....))))..(((((((((((.((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((.((((.(((....)))))))......))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...)))))))).((((((((.....))))).))).............(((((((...((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..(((((....))))).........)))))))..))))...(((((((......))))))).......))))))))))))).....)))).))))).)).))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......))))))))).(((((....(((......))).))))).(((...(((((((...((........)).....)))))))..((((((...(((((((((.........)))))))))(((((....))))).)))))).....)))..))))...)))))...))))...((((((((......))))))))....]]]]..((((((((((((..(((((((....))).))))..((((((((((.(((.....))).)))(((((..(((.....)))..)))))...............))))))).............)))))).)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((.((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((....))))))).))).......................................(((((((((....((.(((....))))).....((((.(...(((..((((...........((((((.aaaaaaa(((.........((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))............))).((((((....))))))..((((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....))))......(((.......)))..((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).................))))))..bbbbbbbbb.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))..))))BBB.BBBBBB...((((....))))....((((((((.......)))).))))..((((((((((((....))))...))))))))........((((......))))..((((((((.....))))).)))((((((...........))))))............(((((((.........(.(((((((...).))))))).((((((((......(((.((((((....).))))).))).......(((((((.((((........((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....)))))))))))......AAAAAAA..(((..........))).........))))).))).))))))))))..)))))..<<<<.....)))))))))>>>>......(((....))).(((..((((.((((...)))).............((((((....)).)))).......((((((((((.........))))))))))(((......))).(((.((((((..(((((...(((((((......))))))).....)))))))))))..)))...)))).)))(((((((.(((((........)))))))))))))))))...(((.(((..{{{))).)))((((((.(((.....))).)))))).}}})))).)))))..))))......[[[[))))))))......]]]]. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....((((((((((.((..(((((...((.....(((.(((((((....))))))).))).((((...(((((.............((((..(((((..(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((((....(((((((.((((.....(((((....))))).(((((.......)))))..))...)).)))))))...((((((...((((((...(((((((((......))))))))).............(.(((.......))))....)))))).)))))).)))))).......((((.(((......(((((((..(((((((.........(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((((.(((.....(....)..(((((((.((((((((.....))))).))).......................((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..)))))))....))).))))))))))..))))))).....(((((((......)))))))......))).)))))))))).....)))).))))).).)))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......)))))))))(((................(((((....((((.((.(..((((((.....))))))..)))....))))....)))))..(((((((((.........)))))))))))))))))..))))...(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).)))))))))))).)))))..)))).))..)))))......(((((((....))).))))..(((((((....((((((((.(((.((((..((.(....).))..)))).)))))))))))......)))))))...)).))))))))))....))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((((.....((((............(((.(((((((....))))))).))).......................................(((((((((.....(.(((....))))..((..((((....(((((....(((((((............((((((((.(((((((((.((((((((((((((......(((((.......((((((.......))))))....)))))....))))))))))))))........((((((..((((((....(((((((..........(((((....)))))..(((.........)))...........)))))))...((((((...((((((...(((((((((......))))))))).................................)))))).)))))).))))))......................((((((..(((((((.........(((((((((.(((((......)))))(((((.(((((((...)))))))..)))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((((.((......(....)..(((((((.((((((((.....))))).))).......................((((((((......(((...........(.((((((......)))))))..............)))..(((((.......)))))..........))))))))..))))))).....)).))))))))))..))))))......(((((((......)))))))..............)))))).....)))).))))).).))))))).............................))))))).......)))))..))))..)).......)))))))))................................................................................(((((((((.........)))))))))..................................(((((((......)))))))..(((..........)))...........................(((((((....))).)))).....)))).....(((((((......(((..((.(....).))..))).....))))))).....................)))))))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((....(((((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((....))))))).)))..(((..............((.((....))..)).....(((((((((.............((((....(((((.......(..(((((..(((.(((.((......)).))))))....((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............)))))))))))))).......((.....))))))))....)))))..)........((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((..((((..(((..((((.......))))..)))...((((((........(((....)))........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......))))..)).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...)))))))).((((((((.....))))).))).....)))))..)))).......((((..(((..((((((((.........((.(((((......))))))).((((((((......((..(((((.......)))))..))......((((((((.((((.....((.((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).))..)).))))))))))))..........((((..................))))...))))).))).))))))))..))).))))..........))))))))).(((((....(((....)))...))))).))).((((((..(((((..............((.(((....(((((....((((((((((.........))))))))))..)))))..))))).........((((((....(((((((......))))))).((((((......)))))).....))))))..))))).)))))).(((((((....))).)))).)))))...(((.(((.....))).)))(((((..(((.....)))..)))))....)))).)))))..)))).........)))))))))....))))... |