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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00535



RNA: CRW_00535
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ....((.......((..........................((....))...(((((.....((.....))....)))))...............((....)).....))........))......(.(((....)))..((((........))))((((((....(((((.......)))))...((.(...((((((...((((((((((((......................(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......)))))).....).))..((((((....(((((....))))).(((((((.(((((......((((....)))).......)))))))).))))...((((((((((......))))))))))..(((......))).........(((...(((..(((.........)))..)))...(...((......)).).)))...........................................))))))(.(((((((((...)))))))))..).....))))))((.....((..(((....)))((((.((((((((.......)))).)))).......))))......((.....((((((((.(((.............(((((((((..(([....(....]))..(((((((((.......)..))))))))..((((.(((..((((...))..)))))((((((......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).))))))))..))))....)))....(((((........))))).....(((((.(((.((......((((.(((((((.((((((((((((..........................))))).)))))))..((((.....))))((((((..........))))))(.(((.((....)).))).........((((...)))).....).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).((((.....)).)).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..))))))))......((((((((...............))))))))((((...))))...(((.(((((.......))))).)))..........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((.........(((((((((((((.(((((.....(((((.(((.(((((((....))))))).)))......................((....))((((.....(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((....))))..(((((((((((.((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((........(((....)))........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......)))))))).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...))))))))..(((((((.....))))).))..............(((((((...((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..(((((....))))).........)))))))..))))...(((((((......))))))).......))))))))))))).....)))).))))).).)))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......)))))))))...................((((((.((((..(((.((((((...((........)).....))))))..(((((....((((((((((.........))))))))))..)))))..))).((((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))).))))...))))))))))......)))).(((((((....))).)))).))))).......((((((((.(((.((((..((.(....).))..)))).))))))))))))))))..)))).........)))))))))...)).)))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((...((...((((((...((((..((((((.........)))))).(((((....)))))........))))..))))))..)).(((((..((((((........((((((((....((.(((....))))).((((((((.((.(((((..(..((((((...((((.....(((((((..(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))((((((((((......((((((....))))))..((((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....))))...))).)))))))...(((..((((((((.......))))....))))..(((((((.......(((((((..(((((((.((......(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).))))))...((((....))))))..((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((...((((....((((....(((((((((((...(((((.......((((((((((...........)))))))))).(((((((...(((....)))..)))((((((......))))))...)))).)).)))(((((.(((((.......))))).))..)))..)).....))).))))))..))))))))))))))))..))))))).....(((((((......)))))))...)))....)))))))........)))).)))))...)))))))..(((..........))).....))))..))))))..).....))))))))))).))))......)))))))))))))).........(((....)))..((((((((.(((((((((((.......)))).....)))))))..((((((..(((((((((((....))))..)))))))(((((....))))).))))))..)).))..))))....)))))...))))...((((((((......))))))))..........((((((((((((..(((((((....))).))))..(((((((......(((((..(((.(((((..............))))))))..)))))........))))))).............))))).))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((.........)))))(((((((....)))))))....................................................................................((((.......(((...................)))....))))...((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))................((((((....))))))...........(((((....))))).(((((((.((((..(((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......)))))))))..............................((((.((((.......)))).))))............................................((((((....(((((......)))))((((((((((((.....))))))).)))))..........))))))....(((....))).....((((((((.......)))).))))......................((((((((((..................((((......(((((.....))))).(((((((((...........)))))))))...........................((((((......))))))................(((.(((((.......))))).)))..................)))).........))))))))))..............(((((((......)))))))....................................................................................................(((((((..........)))))))...........................................................................(((((((((.........))))))))).((((....))))....(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))))..........................(.(((((((....))).)))).).(((((.....((((((((.(((.(((((.((.(....).)).)))))))).)))))))).......)))))............................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...(((((.(.........)..(((((((.........))))))).....))))).)))...(((((....................((....)).................................(((............)))..((..............((((.(..((((..(......((((((.((((((((((((.....((.(((((((((((..........)))))........)))))).))...)))))))))))).......((.....))))))))....)..))))..).))))..(((((....)))))...((.(((.....(((...)))......))).))...))(((((((((((......((((((((......))))))))....(((((........(((....(((.((.((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).................)).)))......)))...)))))...........((((.((((((.......))))))..))))..(((((((.((((((...((((....))))....((((((((.......)))).))))......................((((((((((.(((.............(((((((((..(((((.....))))).(((((((((...........)))))))))(((((...(((((...(((.....)))((((((......))))))..((((((...........))))))..........))))).......)))))..)))).)))))....))).))))))))))...............(((((........)))))..((((((((.(((.((((...((((((..(((((...........)))))...........(((((((....(((..((.............)))))...(((((((..........)))))))....................((((........))))............))))))).))))))............(((......)))..((((......))))((((......)))).....((((.((((((....(((((((......)))))))(((((((......)))))))....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..))))..))))))))))).))))))..)))))))...........)))))))))))...)))))..............(((((((........))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((((.........)))))(((((((....)))))))..........................((....))..........................((....))..........(.....((((.......((((.............)....)))....)))).).((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))................((((((....))))))..........((((((....)))))((((((((.((((..(((..((((....)))).....)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).)))).....((((......(((....)))..........)))).....(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))................................)((((......)))))....(((((.....)))))((((((((((...........))))))))))..((((.((((((((...........((((((......))))))....((((((......(((.(((((.......))))).))).......(((((((.((((((....))..(((((((.........).........(((((((......))))))).......))))))........)))))))))))((((................................))))))))))....)))))))).)))).....((((((((.......).))))))).....................(((.......((((((((.......)).........))))))............(((((((((.........)))))))))(((((....)))))...(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))))........)))......(((..((..(.(((((((....))).)))).).((((((....((((((((.(((.(((((.((.(....).)).)))))))).))))))))......))))))((.......)).....))...)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.[[[[[....))))..]]]]]..((((...((((......(((.(((((((....))))))).))).....))))...))))...(((((....((((.......(((((((((.......(((....))).......((((....(((((....(((((((.(((....))).(((((((.....(((((((((((((((((((((......((((((..(((.((((((.......)))))))))))))))....))))))))))))))...............)))))))....((((((.((((......(((((....)))))(((((((((((..(((((...((((......))))..(((((((((...(((((..(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((......(((....)))..........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))..((((....))))..)))))....)))))...((((......))))..))))(((.....(((((..(((((((((...........))))))))).....(((...)))..))))))))...((((((......))))))...)))))......)))))))))))......))))))))))......((((((((.((((..........((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......))))))........)))))))))))).....)))))))..(((....((((........)))).)))))))))).......)))))..))))...........))))))))).(((((....(((....)))...)))))((((...(((((((((((.......)))).....)))))))..((((((...(((((((((.........)))))))))(((((....))))).)))))).....)))).))))...)))))..........((((((((......))))))))...........(((.[[[[[.)))(((((((....))).))))..........]]]]](((((((((....(((((..(((.....)))..)))))((((...))))...)))))))))...((((((((......)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....(((((((((((((.(((((.(((.(((((.(((.(((((((....))))))).))).(((.....((((.((((.(((.((((((((........................(((....))).(((((((.((...........))))))))).............))))))))..((((.(((.(((((((((((((..(((.(((((..((((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((....))))))...........(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......)))))))))....)))))...))).))))))).......((((.((((.......)))).)))).....((((......))))......(((((........))))).(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).))))))...((((....)))).))).))))..))).))))))))...))).((((((((...............))))))))..((((((((((......))))((((((((((.....))))).(((((((((...........)))))))))...((.(((.((((((.........((.(((((......))))))).((((((((........((((.((((((((..((.(((........((((((((.((((........((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....))))))))))))...........))).))..))).))))))))).......))))).))).))))))))).))))))).(((((((..........)))))))..............((((((.((((.((((...)))).............((((((....)).))))........(((((((((.........)))))))))(((((....)))))((((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).))))))))))).))))...))))))))))....)))))).(((((((....))).)))).)))))...(((.(((.....))).)))((((((.(((.....))).)))))).....))).)))))..)))).........)))))))))....))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((((....(((((...........)))))((((((....)))))).............................................((((((((...............................................................................((((((((((((((..(((.(((((..((((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))..........................................((((((((...(((((((((.........))..........................(((...........(((((((((......))))))))).....((((((((...(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))............................................(((((((((.(((((......)))))((((((((((((.....))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).)))((((((((.......)))).))))))))))))...............<<<<<<<<...))).)))))))...))))))))..(((((((.....))))).))((((((.............))))))..........(((((((.............((((........)))).......(((........((.(((((.......))))).))........(((((((.((((...........((>>>>>>>>................((((((......))))))...........)).........))))))))))).........................................))).......)))))))..........{{{{{{....))))))))}}}}}}.................................((((....................))))..............(((((((((.........))))))))).................(((((((..(((((.(((((((((......)))))))[[)).)))))))))))).]].........................(((((((....))).))))..............(((((((.((((.((((..............)))))))).)))))))....................))))))))))...........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((((.(((((.(((.(((((.(((.(((((((....))))))).)))...........................(((.........(((((((((....((.(((....))))).((..((((.......................................(((((((.....((((((((((((((...(..((((((..(((.((((((.......)))))))))))))))..).)))))))))))))).......))).)))).((((((....))))))...(((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....)))......................((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).........................(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..((((((((...............))))))))........((((......))))..((((((((.....))))).))).(((((...........))))).......((.(.(((((((..........(.((((((......))))))).((((((((......(((.(((((.......))))).)))......((((((((.((((........(((((((((((.....))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....)))))))))))).......................................))))).)))..)))))))).)).))))..)).......))))))))).)))..................((.(((((.((((...)))).............((((((....)).)))).......((((((((((.........)))))))))).((......))...(((((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).)))))))))))).))....)))))))..((((((.(((((........))))))))))).)))))...(((.(((.....))).)))((((((.(((.....))).)))))).....))).)))))..)))).........)))))))))...........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((........((((..(((((((....))).))))..))))(((.(((((((....))))))).))).[[[[..............(((((....((((.......(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((....))))..(((((((((((.((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((((((((..((((.((((.......)))).))))...((((((.((((.(((....)))))))......))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))......))).)))))).......)))))))).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...)))))))).((((((((.....))))).))).............(((((((...((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..(((((....))))).........)))))))..))))...(((((((......))))))).......))))))))))))).....)))).))))).)).))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......))))))))).(((((....(((......))).))))).(((...(((((((...((........)).....)))))))..((((((...(((((((((.........)))))))))(((((....))))).)))))).....)))..))))...)))))...))))...((((((((......))))))))....]]]]..((((((((((((..(((((((....))).))))..((((((((((.(((.....))).)))(((((..(((.....)))..)))))...............))))))).............)))))).)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((.((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((....))))))).))).......................................(((((((((....((.(((....))))).....((((.(...(((..((((...........((((((.aaaaaaa(((.........((((((((((((((..(((.((((((..(((.((((((.......))))))))))))))).)))))))))))))))))............))).((((((....))))))..((((.....(((((....))))).(((((((.(((..((((...((((......))))..)))))))))).))))....(((((((((......))))))))).....))))......(((.......)))..((((.((((.......)))).)))).....((((......)))).................))))))..bbbbbbbbb.(((((......)))))(((((((((((((...)))))))).)))))..))))BBB.BBBBBB...((((....))))....((((((((.......)))).))))..((((((((((((....))))...))))))))........((((......))))..((((((((.....))))).)))((((((...........))))))............(((((((.........(.(((((((...).))))))).((((((((......(((.((((((....).))))).))).......(((((((.((((........((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).)).....)))))))))))......AAAAAAA..(((..........))).........))))).))).))))))))))..)))))..<<<<.....)))))))))>>>>......(((....))).(((..((((.((((...)))).............((((((....)).)))).......((((((((((.........))))))))))(((......))).(((.((((((..(((((...(((((((......))))))).....)))))))))))..)))...)))).)))(((((((.(((((........)))))))))))))))))...(((.(((..{{{))).)))((((((.(((.....))).)))))).}}})))).)))))..))))......[[[[))))))))......]]]].
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....((((((((((.((..(((((...((.....(((.(((((((....))))))).))).((((...(((((.............((((..(((((..(((((((((.......(((....)))...(((.((((.((.(((((....(((((((...((((.....((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............))))))))))))))........((((((..((((((....(((((((.((((.....(((((....))))).(((((.......)))))..))...)).)))))))...((((((...((((((...(((((((((......))))))))).............(.(((.......))))....)))))).)))))).)))))).......((((.(((......(((((((..(((((((.........(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((((.(((.....(....)..(((((((.((((((((.....))))).))).......................((((((((((((.(((((.(((......((.(((((......)))))))......)))....))))).(((((.......))))).)))).....))))))))..)))))))....))).))))))))))..))))))).....(((((((......)))))))......))).)))))))))).....)))).))))).).)))))))..(((..........))).....))))..))))))).......))))))))))).))).......)))))))))(((................(((((....((((.((.(..((((((.....))))))..)))....))))....)))))..(((((((((.........)))))))))))))))))..))))...(((((((..(((((.(((((((((......)))))))..)).)))))))))))).)))))..)))).))..)))))......(((((((....))).))))..(((((((....((((((((.(((.((((..((.(....).))..)))).)))))))))))......)))))))...)).))))))))))....))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((.....((((............(((.(((((((....))))))).))).......................................(((((((((.....(.(((....))))..((..((((....(((((....(((((((............((((((((.(((((((((.((((((((((((((......(((((.......((((((.......))))))....)))))....))))))))))))))........((((((..((((((....(((((((..........(((((....)))))..(((.........)))...........)))))))...((((((...((((((...(((((((((......))))))))).................................)))))).)))))).))))))......................((((((..(((((((.........(((((((((.(((((......)))))(((((.(((((((...)))))))..)))))......))).))))))...((((....))))....((((((((.......)))).))))..))))))).............((((((((((.((......(....)..(((((((.((((((((.....))))).))).......................((((((((......(((...........(.((((((......)))))))..............)))..(((((.......)))))..........))))))))..))))))).....)).))))))))))..))))))......(((((((......)))))))..............)))))).....)))).))))).).))))))).............................))))))).......)))))..))))..)).......)))))))))................................................................................(((((((((.........)))))))))..................................(((((((......)))))))..(((..........)))...........................(((((((....))).)))).....)))).....(((((((......(((..((.(....).))..))).....))))))).....................)))))))))...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((....(((((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((....))))))).)))..(((..............((.((....))..)).....(((((((((.............((((....(((((.......(..(((((..(((.(((.((......)).))))))....((((((.((((((((((((((.((((....)))).....((((((.......)))))).............)))))))))))))).......((.....))))))))....)))))..)........((((((((...(((((((..(((.(((..((((...((((......))))..))))))))))..(((((..(((((((((......))))))))).....(((((((((..(((.((..((((..(((..((((.......))))..)))...((((((........(((....)))........))))))...(((((((((.(((((......)))))(((((((((((((...))))))).))))))......))).)))))).......))))..)).))).(((((((.......)))).))))))))))))................))))).........)))))))...)))))))).((((((((.....))))).))).....)))))..)))).......((((..(((..((((((((.........((.(((((......))))))).((((((((......((..(((((.......)))))..))......((((((((.((((.....((.((((((((((((...)))).........(((((((......))))))).......)))))).))..)).))))))))))))..........((((..................))))...))))).))).))))))))..))).))))..........))))))))).(((((....(((....)))...))))).))).((((((..(((((..............((.(((....(((((....((((((((((.........))))))))))..)))))..))))).........((((((....(((((((......))))))).((((((......)))))).....))))))..))))).)))))).(((((((....))).)))).)))))...(((.(((.....))).)))(((((..(((.....)))..)))))....)))).)))))..)))).........)))))))))....))))...