|
|
|
ACCUUCCAAUAACAAUUACAAAUUUUUUAAUUCAAAACCCUUAUAUAAAUUAGUAUCCAAAAAAAACUUUAAUUUAAACAACAGUACUGUAAAGGAAUAAAUGAAGUACAGUAAAGUAUAGAUUAACACUAGUACCUUUUGCAUUAUGGUUUAACGAGAUUAUUUUAUAUUAUAAUAUCACUAGAAAAAAAAGGAGCUAUAUAUAAACUUUAUUAAUGUAGCAAAAUUAAAUUAAUGAUUUAUUUAUAGAAGUUAAAUGCAUGCCGUCUUUUUUGAUAGCUAGUUAAAAGAGAAAAGUAUAUAAGUACUAAUUUAAAUUACUAAAAAUUAUUUUUUAAUAUACCGUAAUUUAAAUUACAAUUUUAUUAGGCUAAGCUAAUAAAAUUUAAAAGAAAAUUGUUAACCUUUAAUUAAUGUAAGCUUAAUAGUAGCUAUCAUAUUAAUAGUUCUUUAACAAAUAAAAUCAAAAAUUAUACCUAAUUUCUUUUUAAUAUCUUUUCUUAUUUAAAAUUUAAAAACUUAAAUUAGUUUAUGUUAAAAUGAGUAUUAAAAUCAAAUAUAGUUUAUAAAGCCCAAGAAUAAAAACUUUUAAACAAAAAAAUAUUAUAAAUGUAAAAAAGGAACUCGGCAAAUUCUAGCCCCGCCUGUUUAUCAAAAACAUCGCUCUUUGAAAAUUAUUAAUAAAGAGUCGUGCCUGCCCAGUGAAAUUUUAAACGGCCGCAGUACCCUGACUGUGCUAAGGUAGCAUAAUAACUUGUUUUUUAAUUGAAAGCUUGUAUGAAUGGCUUGACGUGGGCAAGACUGUCUCUAUUACAUUAAAUAAAAAUUAAUUUUUAAGUGAAGAAGCUUAAAUAAUCUCAAAAGACGAAAAGACCCUAUCGAGCUUUAAAUUUAUGUAUAAAUAAAAUCUUUUAGAAAAACAAAAUUUAUAUCCAUUUUUAGUUGGGGCGACAAAAGAACAAAUAAAGCUUCUUUUUAUUAUGUAAAUUUAUAAAUUUAUAGAGCCAUAAUUAUGAUUAAAAGAAAAAGCUACCGUAGGGAUAACAGCAGUUAUUUUUUCAGAGAGUCCUAAUCGAAGAAAAAGUUUGCGACCUCGAUGUUGGAUUAAAGUAACUUUUAAGUGCAGAAGCUUAAAAUAAGUGGGUCUGUUCGACCCUUAAACCUUUACAUGAUCUGAGUUCAGACCGGCGUAAGCCAGGUUGGUUUCUAUCUUUGAGCUAAUUAUUUAUGUUUUAGUACGAAAGGACCAAACAUAACAAAUAAUUUGCCCACUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((........................................((((......((....))....))))...............((....))...............)).....(.(((.......)))..((((........))))((((((......((((((.....))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((((((........)))).))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((((((.......................)))))))))).)...((((((((((......))))))))))...(((......))).....((((....(((..(((.........)))..))).....(.((......)).).))))...............................))))))(..((((((...........))))))..).....))))))((.....((......................................................((((...((((((((.(((.............(((((((((..(([....(....]))..(((((((((.......)..))))))))..((((.(((..((((....))..)))))((((((......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))...)))....(((((........))))).....(((((.(((.((......((((.(((((((.(((((.((((((((.......................)))))))).)))))..((((.....))))((((((..........))))))(.(((.((((....))))))).........(((....)))....)......)))))..))))))........(.((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..(((((((((......)))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..))))))))........((((((((...............))))))))((((...))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......................(((((((((((....(((...(((((((.....(((((...(((((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).))))))))....)))...))))).....)))))))..((((((((((....((......(((((.(((((.(((((.(((((((.(((......)))))))))).........((((..((((.(((.((((..(((...((..(((.(((((((((((.....))))))))))).......(((((...(((((((((((((.....((((.....)))).....)))))))))))))....)))))..)))...))...)))..)))).))).))))..)))))))))..((((((((((((.......))))....(((((((((((.(((((..........................(((((((((.((((.....(((((((.((......(((((......)))))...)).))))))).................(((((.((((..............)))))))))...............)))).)))))))))...(((........)))..((.(((((.....)))))..))...)))))))))))))))).((((.((..(.((((((((.(..........(((((..((((......(((((((...))))))).......((((((.....))))))..))))...)))))).)).)))))).)..)).))))..))))))))...........))))).)))))..))....))))))))))..))).(((.....((((((.(((((((...(((((......))))).((((((((.................(((........)))(((...((((((((.......).))))))).....((((((((....))))))))..)))..........)))))))).)))))).).))))))......((((..((((((((...((.......))...))))))))))))....)))...)))))))))))....((((((((......))))))))..(((((((..((((((.....(((((.........((((....))))(((((....))).))..)))))......)))))).((((((((((((((..((.(....).)).)))))))...))))))).))))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....((..(((((...((((((((.(((((..((((.((((((((...............))))))))..((...(((((((..(((......(((...((((.......((((........(((.(((((((((((..(((((....(((((((((.((....((((((((..(((((....(((.(((((((.............))))))).......((((..((((((.((((....(((.......((((..(((((((((((.....)))))))))))...))))......)))((((((((((((((((((....)))))).......))))))))))))..(((((((((((......)))))))))))))))......(((((((......(((((((..((((.......))))....)))))))......)))))))...))))))..))))...)))..))))).((((((((........((((((...........))))))......)))))))).))).)))))..)).)))))..))))...)))))....((((.....((((....))))...))))...)))))..)))))).)))........)))).......))))...)))....((..((((((((...........))))))))..)))))(((...(((....)))...))).)))))))..))..(((((((...)))))))))))...)))))..))))))))..)))))))..)))......(((((((((.((((.(((.((((.(((((............)))))))))))).(((((((...(((............)))((((((..((((((..(((((....)))))....((((((((......(((((........)))))(((((..(((...(((((((..........))))))).....((((((((....))))))))..)))..)))))...)))))))).))))))...))))))........(((((((((.......(((((..(((((.................)))))...))))))))))))))))))))))))).(((((((((((...(((((.....)))))..(((((......(((.......))).((((((....))).))).))))).))).)))))))).(((..((((((((...............))))))))..)))..)))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................(.(((((................))))).)...................(((.((((((................................................)))))).)))..............((((...............))))................................(((((((((.......)))))))))((((((((....))))(((((((((((((.....((((.....)))).....))))))))))))).(((((((((((......)))))))))))...........(((((........((((((..((((.......))))..))..))))........))))).............((((....))))..............))))..........((((((....)))))).....................................................................................................(((........)))......(((.......)))...((((((((...........))))))))...(((........................(((((......)))))...................................(((...........))).......)))...................................(((((((......))))))).....................(((((...(((((...................................................................((((((..........)))))).......(((((((....)))))))..........................)))))....)))))(((((....)))))............................................................((((((((......)))))))).....(((((.....)))))..........................(((((((....))).))))...............((.((((((((((((((..((.(....).)).)))))))...))))))).))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.................................................................................((....))..........((((((((((.((((............)))).)).((((((....(((...((.(((((........)))))...................(((((((.............)))))))....................))...))).....)))))).(((((..((((((((((.(((...(((((((((((.(((.......(((((((((((((.......................)))))))))))))..((((((((.(((...)))))))))))..((((((((.(.(.((...((......(((..((((.......))))..))).......(((....))).............))...)).).).))))))))...))))))))))).)))......................((((((((.......((((..............((((.................))))...(.......)..))))....))))))))..........(((........)))....))).))))))))))....((((((((...........))))))))........................)))))............)))))))))))))(((......((..(((((.......)))))..)).......))).(..(((((((((.......(((..((((.((((((.........(((((((......)))))))....((((((.((.((((....(((..(((((((....(((((......))))).........................((((.(....).))))......................(((((((.(((.......((((((....))))))...........))).))))))).)))))..))..)))......((((...((((((....((.......))...))))))..))))...........(((((..........(((((((......)))))))......(((((.....)))))...............)))).).....(((((((....))).))))..))))..))))))))....))))))))))..)))..(....)...................)))))))))..) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................(((((((.((.((.(((((................))))).))...)).)))))))....((((.((((((.......((..........(((..........))).....))......)))))).))))((.(((((..((((((((..(.......)..))))))))))))).)).....................((((((((((.....))))))))))((((((((....))))(((((((((((((.....((((.....)))).....))))))))))))).(((((((((((......))))))))))).((((((...(((((((......(((((((..((((.......))))..))..)))))......)))))))...........(((((....))))))))))).......)))).........(((((((....)))))))....................................................................................................(((........))).....(((((.....)))))..((((((((...........))))))))(.((((((((..((..........))))..(((((......)))))(((.....)))..............(.......)(((((.........)))))....)))))).)........................((....))(((((((......))))))).....................((((((..((((((.........(((((((.....................)))))))..(..........).......(((((((..........)))))))..((((((((((((())))))))))......)))...............))))))...))))))(((((....)))))((((((...((.......))...))))))...................((..........((((((((......)))))))).....(((((.....)))))................))((....))(((((((....))).))))............((.((.((((((((((((((..((.(....).)).)))))))...))))))).)).)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((((((.....(((((...(((((((((((........(((((((...............))))))).....))))))))....)))...))))).....))))))).....(((((........))))).............((((..[[[[[[[.....))))....]]]]]]].............((((((........))))))...........(((((((((((.....)))))))))))...............(((((((((((((.....((((.....)))).....))))))))))))).(((((((((((......))))))))))).((((((...(((((((......((((((((.((((.......))))...))))))))......))))))).(((((....((((((....))))))..)))))...))))))..((((((...((((((((((......)))))...))))).))))))...............(((((.((((..............))))))))).........................((((...[[[...))))......]]].............(((.((((((((...........)))))))).)))...(((.......[[[[[[...)))((((((......)))))).]]]]]]((((........))))..........(((((.........)))))...(((((((((................................(((((((......)))))))(((((.........(((((((((((((..((((((...(((((......))))).((((((((...........(((((.(((........)))(((...(((((((..........))))))).....((((((((....))))))))..))).....))))))))))))).))))))...)))))).((((....))))))))))).(((.(((.(((.............))).)))))).......)))))..(((..[[[[[[[))).....]]]]]]].....(((((.....)))))..(((((.......[[[.........(((((((....))).)))))))))..]]]((((.(((((....[[[[[[[))))).)))).......]]]]]]].......)))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((..((.(((((((.((((((..............((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).)))))))).)))))).((((((......((((.....((.(((((........))))).)))))).....))))))..(((((.(((((..((((((((.............))))))))))))).))))).(((((.((((.((((.(((((((((((.....)))))))))))..(((((....))))).(((((((((((.....((((.....)))).....)))))))))))...(((((((((((......)))))))))))..........(((((((......((((((((.((((.......))))...))))))))......)))))))............((((....)))).((.(((((((((.....((.((((((...........)))))).))...))))))))).))(((((.......))))).(((((.((((..............))))))))).................(((((..(((.....(((........)))...))).)))))......(((.((((((((...........)))))))).)))...(((...(((....)))...)))((((((......))))))....))))))))..))))).((((((.....)))))).)))))))..)).)))).(((((((((..........((((.(((((............))))))))).(((((.((((((((((((((.((.....(((((.....((((((.....(((((((.(((........)))...........((((..(((((......(((((((((.((((...........((((((((((.((((((....((((((....))))))........)))))).))))))...)))).((....))(((((....))))).(((((...((.......))...)))))..)))))).)))))))..)))))..)))).((((((((((......))))))...))))(((((.....))))).........)))))))...)))))).(((((((....))).)))))))))...))))))))...)))))))).))))).............................)))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((<<<<<<<<...............))...........................................................(((((.................................................................................................................((((((((...........(((((((((((((..(((aaaa..)))AAAA.....))))))))))))).(((((((((((......)))))))))))...........((((((......(((((((..((((.......))))....)))))))......))))))..............((......))..............))))))))....................................................................................................)))))...................(((........))).......................((((((((((...........((((.......((((((...................((({{......)))}}................((.....((.......))[[[[.))......]]]].....)))))).......)))).......................(((((((......))))))).....................((((((..((((((.............................................(((........))).......((((((..........))))))........(((((......)))))..........................))))))...))))))......bbb.....bb))))))))))...............BB...BBB.........................((((((((......)))))))).....(((((.....))))).....>>>>>>>>.............(((((((....))).))))...............((.((((((((((((((..((........)).)))))))...))))))).))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).)))))))).....(..(((...........................(((((..(((((((..............((.(((...(((((((...((.....................................................(((((((((((.....)))))))))))((((.((........(((((((((((((.....((((.....)))).....))))))))))))).(((((((((((......)))))))))))..(((((...(((((((......((((((((.((((.......))))...))))))))......)))))))...........(((((....)))))))))).....)))))).................(((((......))))).........................))...))))))).)))))..........................)))))))...)))))...)))..)..(((........))).....(((((.....)))))..((((((((...........))))))))..((..(((.................((.((((((......))))))))...))).)).....((..((((((.....))))))..))..............(((((((.......(..........................(((((((......)))))))....(......).........((((((..((((((...(((((......))))).((((((((.................(((........)))......(((((((..........))))))).....((....((((((....))))))..)).........)))))))).))))))...)))))).((((....))))........)....................................................((((((((......)))))))).....(((((.....))))).................(.(....).)((((((....))).)))....................(((((((((((((..((........)).)))))))...)))))).)))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((((((.........((((((((((.((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).))))))))......((((((..((.(((..((((..((((.((.((((((((((((((((..............((.(((...((((((((.((((.(((((((..(((((((((((..((((.(((.((((..(((...((..(((.(((((((((((.....))))))))))).......(((((...(((((((((((((.....((((.....)))).....)))))))))))))....)))))..)))...))...)))..)))).))).))))..))))..))))))).......(((....))).)))).))).((((((.((.(((((((..(((((....((((((....))))))..))))).........................(((((......))))).)))))))..)).)))))).....)))).)))))))).))))).....((((....)))).........))))))))).)))))))...)).))))..))))..)))....(((.(((((.......(((.((((((((...........)))))))).))).((....))........)))))))).(((((......))))))).))))))............)))))))..))).[[[[))))))))...]]]]...(((((((((....((((........................(((((((......)))))))..............(((((..((((((..((((((...(((((......))))).((((((((.................(((........)))(((...(((((((..........))))))).....((((((((....))))))))..)))..........)))))))).))))))...)))))).((((....))))..))))).))))(((((..(((((((...((....(((((..((..((((((((..((((.((((((((......)))))))).....(((((.....)))))........)))).))))))))..)).....(((....))).)))))....)).)))))))(((((...........))))).....)))))................)))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((........(((((((((....((((.....((((........................((((((((........(((((((cccc...........))))))).....))))))))....(((.((((.........................(((((((((((((((...(((........bb.bbb(((eeeeeeee.eee...)))....(((((........)))))(((((.......)))))........bbbbbbbbbbb..)))BBBBBBBBBBB(((((((....))).(((((((((((((..(((dddd..)))DDDD.....))))))))))))).(((((((((((.(...)))))))))))).((((((...(((((((...((.((((((((.((((.......))))...))))))))))....)))))))...........(((((....)))))))))))......))))..........((((((.[[[[[))))))]]]]].........(((.........))).EEE.EEEEEEEE.BBBBB..........................)))))))).))))))).)))).))).(((........))).....(((((.....)))))..(((((((<<<<<....<<<.))))))).......(((................((.((((((......))))))))..))).............((((((.....))))))....)))).....)))).{{{{{{{............>>>.(((((.......)))))((((((((......))))))).)...................((((((.(((((((...(((((......))))).((((((((................((((........)))).....(((((((..........))))))).(((((.....((((((....))))))...))))).....)))))))).))))))..)))))))(((((....))))).>>>>>...........{{{(aaaa)))))))))......)}}})))...(((.......((((((((......)))))))).....(((((.....))))).....CCCC....))).(((....)))((((((....))).))).........AAAA......((((((((((((((...............)))))))...)))))))}}}}}}}... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((((((((....(((...(((((((.....(((((...(((((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).))))))))....)))...))))).....)))))))..((((((((((....((......(((((.(((((.(((((.(((((((.(((......)))))))))).........((((..((((.(((.((((..(((...((..(((.(((((((((((.....))))))))))).......(((((...(((((((((((((.....((((.....)))).....)))))))))))))....)))))..)))...))...)))..)))).))).))))..)))))))))..((((((((((((.......))))....(((((((((((.(((((..........................(((((((((.((((.....(((((((.((......(((((......)))))...)).))))))).................(((((.((((..............)))))))))...............)))).)))))))))...(((........)))..((.(((((.....)))))..))...)))))))))))))))).((((.((..(.((((((((.(..........(((((..((((......(((((((...))))))).......((((((.....))))))..))))...)))))).)).)))))).)..)).))))..))))))))...........))))).)))))..))....))))))))))..))).(((.....((((((.(((((((...(((((......))))).((((((((.................(((........)))(((...((((((((.......).))))))).....((((((((....))))))))..)))..........)))))))).)))))).).))))))......((((..((((((((...((.......))...))))))))))))....)))...)))))))))))....((((((((......))))))))..(((((((..((((((.....(((((...((....((((....))))..(((....)))..)).)))))......)))))).((((((((((((((..((.(....).)).)))))))...))))))).))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.........((((..(((((((((..)).((((..(((((((((....(......)...)))))))))...((((..)))).)))).(((((((((.......)))(((((((((.(((....((.(((((((((((((((((((((.(.((((...(((......)))...(..).(((((((((((((((((((((...((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))...............)))))))))).))))).)))))))))..(((((((..)))..(.(((((((((((((((((((....)))))).......))))))))))))).)((((((((((((..))))))))))))..((........))((((.(((((.(((((((((((((.((((..((((((((.((((((...((((((((((((((.......)))))..(((((((((((((((....................))))))))..)))))))...))))))))..)..)))))).))..)..))))))))).))))((((....)).))(((((..(((((((.(...).)))))))..))))).(....(((((...((.(.((((((......(((((((((..(((((((((.((...)).)))))))))(((..(((..)))..((..))...)))..(((((........)))))...(((((......)))))))))))).))(..)((((((......).))))).).)))))).)).))))).)..))))))))).))))).))))))))((((((...).))))).)))))).))))))...((((.(((......)))..(((((((.(((.((((((((....)))))))).))))))))))...(((........)))....((.(((........)))))...))))))...))).))))))))))))))).....((((..)))))))))))((((((((((...)))).(((((....)))))))))))((..))..((..((....))..))))))(.......)..)))))...((..))(((((((((.(...))))))))).)((((((((((((((..((((.((((((((((...(((((..)))))...).))))...)))))........((...))(((((...........)))))....))))..)))))).))((((...)))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.......((((((((((.........................................(((((((........(((((((...............))))))).....))))))).......................................(((((..((((((...............((.(((...((((((((.((((................................................((..((......))..))....((((.((((((((.((((......(((((((((((((......(((.....)))......))))))))))))).(((((((((((......)))))))))))..((((((..(((((((......((((((((.((((.......))))...))))))))......)))))))........................))))))...)))))))))))).))))................................................)))).)))))))).)))))...........................))))))...)))))...........(((........)))........................................................((((.....................................................(..((((((.....))))))..).................))))....................................((((((......))))))......................((((((.(((((((...(((((......))))).((((((((.........................((((..(((...(((((((..........))))))).....((((((((....))))))))..)))..))))....)))))))).)))))).).))))))......................................)))))))))).........)))))))...........(((((((......)))))))......(((((.....)))))...((((.........((((....))))(((((....))).))..))))...............(((((.(((((((..((.(....).)).)))))))....)))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((.(((........................................((((((((.((.....(((((((...............)))))))..)).)))))))).....((.(((((((.((((.(((((((.((((((((((....((......(((((.............(((((((.(((......))))))))))......((((((((..((((((((((((...........((((((((((((((((.....)))))))))))...(((((.......(((((((((((((.....((((.....)))).....))))))))))))).(((((((((((......)))))))))))..........(((((((......((((((((.((((.......))))...))))))))......)))))))..............)))))....(((((((((.((((.....(((((((.((......(((((......)))))...)).))))))).................(((((.((((..............)))))))))...............)))).)))))))))..)))))...(((.((((((..........(((((((..((((((((...........)))))))).((((.((((..((..........)).((.(((((......)))))))...)))))))).......))))))).......(((((.........)))))..)).)))).))).....))))......)))))))).))))))))...)))))..))....))))))))))......((((.((((((.((((((...(((((((..((((((((.....................))))))))...((((..((((((((.................((((((((((.((((((....((((((....))))))........)))))).))))))...)))).....(..((((((....))))))..).......))))))))..))))..)))))))....))))))................((((((((......)))))))).....)))))).))))....)))))))...((((((....((((((.((((((....))).))).(((....)))..))))))......))))))..)))).)))))))))..........))).))))))........ |
