|
|
|
GGUAAAUCAUUUUUUAUUGUCUUAGUAGAGGAGAUAGAAUUAGACGUUUAAGCGGCGAUAGAUAAUAGAUAGUAGCGUGAGUGAAGGUUAAAUAAAUUAAACAGUGAAGUAUCGGUGGUGAGCACUCGCACCUUUUGCAUCAUGGCUUAUACUACUUUUUAUGCUGAGGAAGUAUCCCGAAAGUUUUGUGAUCUACUUUCUUACUUUACAGGUUGGCGUUAUAUUUGCUAUCUGGAGAUGGGGAGAUAGUGGCGAAAUACUUUUCGCACUGGUUGAUAGCUGGUUAUUCCGGAAAUAUAUUUAAGUAUAGUCUUCGGUUGAUGGGGUUUACAGUUUGAUAAUUCUAAUAGUAUUUGGGCUGUUUUUCGAAGGGGUCAGCCCCCUCAGGCUAAGCUGAGGGGGCUAUUUUAAAGGAUGGUUAAUUAAGAAUGGAAAGGCUAAGAAGUGGGCUUGAAGGAGUUAUCUUUAUGGAGUGGGUUAAACCACAAAUGAGCCUUGUAUAAUAAAUUAAAUUUUAUCUAUCUUUGUGUUGUACGGAAUCUCUUUUUGAAACAAUAAUUAUAGAGGUGAUAAUGUAAAGAUGAGUAGUCGAGAAGUUGUAAGUGUUUUAAGGUCGGGGAAAGAAACGUAAGGUUAUGUUCCGUAUUUUUAAAAAAAGCUAAAGGAACUCGGCAAAUAAGGGGACCGCCUGUUUAUCAAAAACAUGGCUCCCUGAGCAAUAUGGGGGGUCGUGCCUUCCCGGUGAGCUUGCGGGCUUAAACGGACGCGGUAAAGCGUGCUAAGGUAGCUAAAUUAUGGCCUAUUAAUUGUAGGUCCUGUGAAUGGUUUGACGAGUUUCCAACUGUCUCUAGUUUUUUUUGGUGAACUUGAAUUGGAUGUGCAAAUGCUUCCAUGGGUAAGAAAGACGAGAAGACCCCGUGAAGUUAGAAAUUUAAGUUAUUGGGAAGUUCCAAGGCUAUUUGUGGCCGAAUCGUUGAGGAGCACUAGAACUUAGUGUUUCAGAAGGGGUGAAUAAUAGCAGUUUUGGCUGGGGCAGCAAAGGAGCAAAGCUAGACUCCUUUAGGGUGUAAAACAGAUGUGUUACGACCCACAAACAUUAAGGUGUGAUUAUCAGAAGAAGUUACUCCGGGGAUAACAGCGUAAUCUGUCUUGAUAGUUCUUAUAGAUGGGCGGGUUUGCGACCUCGAUGUUGGCUCUGGAUAUCCUAAGGCUUGUAGGCGGUCUUGAGGGUUGGUUCGUUCGCCCAUAAAAAUCUGACGUGAGCUGAGUUCAGAUCGGUGAAAGCUAGGUCGGUUUCUAUCUUCUUUCUUUUAAAAUUGGGCUUUAGGGUACGAAAGGACAUUUAGUUCCAGGUGAUGGCCUGUAGUGUGUGAUUUUAGAAUAAUUUUAAUAUAAAAAAGUUUAUCUAUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
......((.......((...((....)).......................((.....))..............((....))....)).................)).....(.(.(((....))))..((((........))))(((.(((....((((........))))...((.(...((((.((...((((((((((((....((((.((((.........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((.............(((((((((...............)))))))))....)))))..)...((((((((((......)))))))))).....(((.......)))...((((.....((((((...(((..(((........)))..)))....(...((......)).).....))))))........................)))).........))))))(.((((((((........))))))))..).....))))))((.....((................................................................((((((((.(((.............(((((((((..(([....(....]))..(((((((((....).))))))))..((((.(((..(((((((....)))))..)))))((((......))))(...).....(........((((((.....)))))))........))))...)).)))))))....))).))))))))....))....)))....(((((........)))))......((((.(((.((......((((.(((((((..(((((..(((((((...................................................................)))))))..)))))..((((.....))))((((((..........))))))(.(((((((((((....))))))).))))......((((.....))))....)....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.(((((((.....)))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))............((((((((...............))))))))(((((....)))))..........(((((..............)))))..............
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.....(((.(((((((((((((...((..(((...((((.(((((........(((((..(((((....(((..........))).((((.(((..(((.((((....)))))))...))).)))).)))))..))))).)))))))))..)))...))((((.(((((..(((((((((..(((((....((((((....(((((...((((((..((((((((....((((.((((((....)))))))))).......((((.((((((((((..(((((....)))))..((((..(((((.....(((((....(((((((((.......((((((((((((((.....((((.(((((((((((......)))))))))))))))..)))))))))...))))).......(((((........)))))...)))))))))...(((..(((((((...((((((((.(((((((..((((((..((((((((...(((((((..((((((((((.(((((((((((((((.....(((((...((((................)))).....)))))..))))))))))..))))).....(((((....))))))))))))..(((((((((((((..(((((((((((.........((((((((((((.......(((((((((((.........)))))))))))....((((.........))))..)))))))..)))))......)))......((((...(((((((((((.....)))))))..))))..))))...)))))).....)).....)))))))))))))..)))...))..))))).......(((((.(((((..................))))))))))..))))))))..))))))........)))))))))))))))....((((((..((((((((((...)))))))))).((((((((......((((.((((..((((...))))....))))...)))).)))))))).........))).))).......)))))))...))).....)))))..)))))..))))....)))))).))))))))....))))))))))))))...)))))(((((((((...(((((((.((((((.......)))))).(((((((.......))))))).))))).))...)))))))))...))))))..)))))...)))..))))))....)))))...)))).))))))))))))).((((((((((..(((...((((......(((........)))........))))..)))....)))))))))).....)))..)))))))))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((((...(((....................((((.(((((.((((((.....................((((.((...((((...........))))....)).)))).)))))).))))).)))).....(((((((.....................))))))).......(((((.((((.......))))))))).............(((.((((((....)))))))))........((((.((((((((((..(((((....)))))....................((((((.....................))))))..............(((((((((((......)))))))))))............................................(((....................)))........((((((((.(((((((...(((((.((((((((.....(((((((((((((.....((((((..................)))))).)))))))))))))................................(((.......................)))......((((((((((((.(((((((((.(((((...((((((.....(((.....)))((((((((((((.......)))))))))))).....(((..(((((....)))))...)))((((......))))..........(.........)..(((.....))))))))).......))))).))))))))........).))))))))))))............((((.(((....))).))))((((..................)))).........)))))))).))))).........)))))))))))))))............(((((((((.....)))))))))..........................(((.....)))(((((((..........))))))).((((((((.((....)).)))).))))...................................))))).)))))))))..........................((((((((((...(((((((.....................((((((.......)))))))).)))))....)))))))))).........................................)))...)))))))))))))..........................................(((((....)))))................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((......((((((.((((..........((((.....))))................((((((((.....(((..........))).....(((((.(((.(((((((...........))).)))).))).)))))....))))))))..(((....)))......))))....)))))).........(((((((((..(............(((((((..((((((((((.(((.........................((((.(((((((((((((((((....)))))..((((..(((((((.....(((((((((...............)))))))))....(...(((((((((((((((((......)))))))))))......(.(((((((..............((((((.(...((((.(((....((....))......))).........))))...).)))))).............(((((...(((((((((((((((.....(((((.(..(.........)..)..)))))...................((((((......(.(((.((((.....(((((.....((.......))...))))).........)))).))).).....)))))).....((((....(((.((((.....))))..))).))))..))))))))((((......))))((((.........)))).......(.((((......)))).).)))))))..)))))..(((((((.....))))))).......(((............)))))))))).).(((((((((......((.....(((((((....)))..)))).))..))))))))).....)))))).....).......(((((....)))))..(((((..(((((....)))))..........))))).......(((((((((...((((((((........((..((((.((((...))))))))..))........)))))))).(((.....((((....))))....)))...)))))))))......)))))))..))))))..))))).)))))))))((.((((((((...((.......))...)))))))..)))(((((.(.(....(.((((((...((.((((((.......))))))...)).(((((((((...............))))..)))).).)))))).)......).).))))).))).)))))))))).............((((....))).)..............))))))))..)))))))))..........................)))))))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((((.......((.(((((((((((((...(((((....))...........(((((.(((((.((((((....(..............).((((.(((..((((.(((....)))))))...))).)))).)))))).))))).)))))...(((((((((...................)))))))))......(((((.((((.......)))))))))(((((((.....((((.((((((....)))))))))).......((((.((((((((((..(((((....)))))..((((..(((((.......(((((((((...............)))))))))..............(((((((((((......)))))))))))............................................((((...((((....))))...))))..((....((((((((.(((((((..((((((.(((((((((...((((((((((((((.....((((((..................)))))).))))))))))))))...........................((..(((((.....(((....).))...)))))....))((((((((((((.(((((((((.(((((...((((((.....(((.....)))((((((((((((.......))))))))))))((((.(((.(((((((())))))))..)))((((......))))...))))..(((.......))).(((.....))))))))).......))))).))))))))........).))))))))))))............((((.(((....))).))))((((..................))))........))))))))).))))))(......))))))))))))))))....))......((((((((((...))))))))))..........................((((...))))(((((((..........))))))).((((((((.((....)).)))).)))).....(........).....)))))..))))....))))).))))))))).....)))))))..............((((((((((..((((((((((((((.......))))))..((((((.......)))))))).))))).)..))))))))))....((((((............))))))((((....))).))))...)))))))))))))))(((((((((...((((.(....).))))..(.....)(..(((((....)))))..).....)))))))))............))))))).))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.........(((((((((((((...((((......((((.((((((((((((.(((((.((((((....(((..........))).((((.(((..((((.(((....)))))))...))).)))).)))))).))))).)))))(((..((((...((((((.......(((...)))(((((.(((((((.((((..((((...(((((((.((((((((((......((((.(((((....)))))))))..(((.......((((....(((..(((((....)))))...))).....((((((.((((((((......(((((......(((.((((((((((..........(((((((((((......)))))))))))......))))))))))......)))))))).........((((((((......((((((((((((...((((......))))..)))..((((((...(((((......))))).((((((((..((((.....((((((...(((........))).)))))).))))..))))))))....((((((........(((.((((((((.(((((.....(((.....)))...)))))...))))))))...))).......))))))..))))))...((((..(((((((.....(((((((((((.........))))))))))).......)))))))..))))..........((((......))))...))))))))).......)))))))))))))))).))))))........)))).......))))))))))))).......)))))))((((...((((............))))....))))...))))....))))..))))))).))))).........))))))..))))..)))))))))).))))...))))...........(((((((((...(((((..((((((((.....((((....))))((((...(((((((..........))))))).((((((((..........)))).))))...((((((.((((((((((.........)))))).............(((.(((((((((..((((...))))....)))))))))))).)))).)))))).)))).(((((((((((((((.......)))))).)))))..)))))))))))).......))))).....))))))))).(((((((....))).))))...))))))))))))).(((((((((((.(((.((((.(((....((((.....))))...)))....)))).)))...)))))))))))..........)))))))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.........(((((((((((((...(((.((((..((((..................)).))..)))).)))..................(((((.(((.(((((((...........))).)))).))).))))).((((((((.((((..((.(((((.(((((((((((.(.(((.((((((((((..(((((.((((.......)))))))))))).))))))).)))).))))))).(((((((.((((...(((..((.((((..(((((..(((((....)))))...))))).)))).)))))..))))..((....)).((((((......))))))...)))))))...(((((((((((......))))))))))).))))...))))).))..)).)).))))))))........((((((.((((((.....))))))....((((......)))).((((((((.......(((((......))))).((((((((((((((.(...((((((..................)))))))))))))))))))))....((((((...((...(((.((((((((....((((...(((.....)))...))))....))))))))...)))..))...)))))).......((((..((((((((.....))))).))))))).(((((((((.((((.((((((((.(((((.(((((((((((((...((((((((......))))((((...))))........(((((((.....)))))))))))....)))))).)))))))))...(((((((((((((((((((((.(((((((((............(((((.(((((..................))))))))))....)))))))))...((((....)))).(((((....)))))..........(((((((((.....))))))))).((((((((........((..(((((.(((...))))))))..))........)))))))).((((((((.((....)).)))).))))....((((....))))...)))))))))))...)))..)))))))........((((((...((....))..))))))))).))))..)))))))).))))).)))).....(((((((((((.......)))))).))))).)))))))).))))))......(((((.(.((((...((((......))))))))).))))).))))))))))))).(((((((((((.((..((((.((((...(((........)))...)).)).))))....)).)))))))))))..........)))))))))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.........(((((((((((((...(((.........................(((((............................................................................))))).......................((((............)))).........((................{{{{{{)).((((((......(((.((((((....)))))))))........((((.((((((((((....................................((((((((.................))))))))..............(((((((((((......))))))))))).......................................................................((((...((((((((.(((((((......................(((((((((((((.....((((((..................)))))).)))))))))))))........(((((((((..(((.((((((((.(((((...................)))))...))))))))...)))...((((((((.(((((.........................((((((((((((.......))))))))))))............((......)).........(((......)))....................(((((((.....))))))).........))))).))))))))))))).))))......((((((((..(((((((((((..........[[[[))(((((..................))))).]]]]....))))))))).))))))))....)))))))))))))))...)))).....(((((((((.....)))))))))..............................................................(((((((...((....)).))).))))...................................))))).))))))))).....)))))).}}}}}}........((((((((((............................((.((((((.......))))))..))........)))))))))).........................................)))...)))))))))))))..(((((((((...............................(((((....)))))........)))))))))...........)))))))))))))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.........(((((((((((((.....(........)..((((((..(((((.(((((.((((((....(((..........))).((((.(((..(((.((((....)))))))...))).)))).)))))).))))).)))))..((((((((((((.(((.....))).))..)))))))))).....((((.(((((.......)))))))))............((((.((((((....)))))))))).......(((.(((((((((((..(((((....)))))..((((..(((((((...(((((.((((((......((((((......))))))....(........(((((((((((......))))))))))).............................((((((...(((..(((((....)))))..)))......((((......)))).....))))))......(((........)))...(((((((.(((((.....((((((..................)))))).))))).)))))))...................(((.((((((((....((((...(((.....)))...))))....))))))))...))).....((((((.(((((..(((((..((((((((.....))))).)))))))).(((......((((.........)))).....)))...............((((......))))(((.....)))........(((((((.....))))))).........))))).))))))............................(((((................((((..(((((..................))))).))))........)))))...((((....)))).(((((....)))))..........(((((((((.....)))))))))..(((((((........((.......((((...))))......))........)))))))).((((((((.((....)).)))).))))......)))))).))))))))))))..))))....))))).)))))))))....))))))................(((((((((....((((((.((((((.......)))))).(((((((.......))))))).)))))).....)))))))))......(((((.(.((((...((((......))))))))).))))).))))))))))))).(((((((((((.((..((((.((((...((((.....).)))...)).)).))))....)).)))))))))))..........)))))))))))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((.......(((((((((((((...((((......((((.((((((.(((((.(((((..(((((....(((..........))).((((.(((..(((.((((....)))))))...))).)))).)))))..))))).)))))(((..((((...(((((........((((..((.(((((.(((((((.((((..((((...((..(((...((((((..(((((((((.((((((....))))))...((.....((((.((((..((.(((.(((((....)))))...))).(((.(((((..((((((((......(((((....((....((((((((((..(((.....(((((((((((......))))))))))).)))..))))))))))...))....))))).........((((((((......(((((((((((((..((((......)))).......((((((................((..((((((((..((((.....((((((...(((........))).)))))).))))..))))))))..))((((((...((...(((.((((((((.(((((.....(((.....)))...)))))...))))))))...)))...))..))))))..))))))..((((((((((((.......(((((((((((.........)))))))))))....((((.........))))..)))))))..)))))....))))..))))))))).......))))))))))))))))..))))).)))))..)))).)))).)).))))))))).))))))..)))..))((((...((((...((....)).))))....))))...))))....))))..))))))).)))))..))..)))))))))..))))..))).)))))).))))...))))...........(((((((((...(((((..((((((((..((((..((..(((((..(((((..((((......(((((..((....((((((((.((....)).)))).))))...(((((..((((................((((.((....)))))).(((.(((((((((...((.......))...)))))))))))).))))..))))))).)))))...))))...))).))...)))))..))..))))....)))))))).......))))).....))))))))).(((((((....))).))))...))))))))))))).(((((((((((.((..((((.((((...(((........)))...)).)).))))....)).)))))))))))......))))).))))..)))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.......(.(((((((((((((.................(((((((.(((((.(((((.(((((((((.(((((.....)).))).aaaa.aaa..(((.((((....))))))))))AAA.AAAA.)))))).))))).)))))..((((((((((...((((...)))).....)))))))))).....((((.(((((....ddd)))))))))..........((((((.((((((....)))))))))).))....((((.((((((((((..(((((....)))))..((((..(((((((...(((((.((((((......((((((......)))))).............(((((((((((.(...)))))))))))).(((((........<<<<.))))).....((((((..((((..(((((....)))))..)))).....((((......)))).....)))))).....(((((>>>>..))))).((((((((((((((.(((({{{{{{.)))..............}}}}}})))))))))))))))............(((...(((.((((((((((..((((...(((.....)))...))))).).))))))))...)))...((((((((..((((..(((((..((((((((.....))))).))))))))((((..((((((.(((...)))..))).))).))))..............((((......))))((((...))))....(((((((((((.....)))))))..))))...))))..))))))))............(((((((((....ccccccccc.(((.........[[[)))cccc..))))))))).........CCCC..]]].....CCCCCCCCC.(((((....)))))(((((....)))))..........bbbbbbbbbb)))BBBBBBBBBB.(((((((.............((((.((((...)))))))).............))))))).((((((((..........)))).))))......)))))).))))))))))))..))))....))))).)))))))))...)))))))................(((((((((...(((((((.((((((.......)))))).(((((((.......))))))).)))))).)...)))))))))...DDD(((((.(.((((...((((......))))))))).))))).))))))))))))))(((((((((((.....((((.((((...((((.....)).))...)).)).)))).......)))))))))))..........)))))))))))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((.......(((((((((((((...((((......((((.((((((.(((((.(((((..(((((....(((..........))).((((.(((..((((.(((....)))))))...))).)))).)))))..))))).)))))(((..((((.(.(((((........((((..((.(((((.(((((((.((((..((((...((..(((...((((((..(((((((((.((((((....))))))...((.....((((.((((..((.(((.(((((....)))))...))).(((.(((((..((((((((......(((((.(..((....((((((((((..(((.....(((((((((((......))))))))))).)))..))))))))))...))..).))))).........((((((((......(((((((((......((((......))))...((((((((((................((..((((((((..((((.....((((((...(((........))).)))))).))))..))))))))..))((((((...((...(((.((((((((..(.((((.....(....)......)))).)..))))))))...)))...))..))))))..))))))...((((..(((((((.....(((((((((((.........))))))))))).......)))))))..)))).))))...(.((((......)))).).))))))))).......))))))))))))))))..))))).)))))..)))).)))).)).))))))))).))))))..)))..))((((...((((...((....)).))))....))))...))))....))))..))))))).)))))..))..)))))))))).))))..))).)))))).))))...))))...........(((((((((...(((((..((((((((...(((........(..((((...((((((((.......).))))))).((((((((.((....)).)))).))))...(((((..((((................((((.((....)))))).(((.(((((((((...((.......))...)))))))))))).))))..))))).))))..)..(((((((((((.......)))))).)))))..))).)))))))).......))))).....))))))))).(((((((....))).))))...))))))))))))).(((((((((((.((..((((.((((...(((........)))...)).)).))))....)).)))))))))))......))))).))))..)))))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((........(((((((((((((...((((......((((.((((((..((((.(((((..(((((....(..............).((((.(((..(((.((((....)))))))...))).)))).)))))..))))).)))).(((..((((.(.((((((................(((((.(((((((.((((..((((....(..(((...((((((..(((((((((.((((((....)))))).............................((((....))))........(((.(((((..(((((((.......(((((....((....((((((((((..(.......(((((((((((......)))))))))))...)..))))))))))...))....))))).........((((((((......(((((((((......((((......))))...(((((......................(..((((((((..((((.(...((((((..................)))))))))))..))))))))..).((((((........(((.((((((((..(.((((.....(....)......)))).)..))))))))...))).......))))))...............................((((...................))))......................)))))...(.((((......)))).).))))))))).......)))))))).)))))))..))))).))).................))))))))).))))))..)))..).((((...((((.((......)).))))....))))...))))....))))..))))))).))))).........))))))).))))..))).)))))).))))...))))...........(((((((((...(((((..((((((((..............(..((((...((((((((.......).))))))).((((((((.((....)).)))).))))...(((((..((((................((((.........)))).(((.(((((((((.................)))))))))))).))))..))))).))))..)..(((((((((((.(....))))))).)))))......)))))))).......))))).....))))))))).(((((((....))).))))...)))))))))))))..((((((((((.((.........(....)............((((......))))....)).))))))))))........)))).......)))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((......((.(((((((((((((...((((......((((.((((((.(((((.(((((..(((((....(((..........))).((((.(((..((((.(((....)))))))...))).)))).)))))..))))).)))))(((..((((...((((((..(((....)))....(((((.(((((((.((((..((((...((..(((....(((((..(((((((((.((((((....)))))).........(((((..((.((((.((........((..(((((.((((.(((((..(((((((((....(((((((((.......((..((((...((((.....((((.((((((((((......))))))))))..((((((...........)))))).......))))..))))..))))..)))))))))))....))..((((......))))...)))))))..).))))..........(((..((((((((..((((.(...((((((..................)))))))))))..))))))))..)))....)))))))))..))........)).))))....((((((....))))))............))..)))))..((((((((.(((((......((((((((((((.......(((((((((((.........)))))))))))....((((.........))))..)))))))..)))))..(((.(((....)))))).......(((((((.....))))))).........))))).))))))))..))))))))).)))))...)))..))((((...((((.((......)).))))....))))...))))....))))..))))))).))))).........))))))..))))..))).)))))).))))...))))...........(((((((((...(((((..((((((((...(((........(..((((...(((((((..........))))))).((((((((.((....)).)))).))))...(((((..((((................((((.((....)))))).(((.(((((((((...((.......))...)))))))))))).))))..))))).))))..)..(((((((((((.......)))))).)))))..))).)))))))).......))))).....))))))))).(((((((....))).))))...))))))))))))))).(((((((((..((..((..((((...((((.....))))(((((....))))).....)))).))..))..))))))))).)))))))))))))))..... |
