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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00545



RNA: CRW_00545
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((....((((((((.(((..............(((((((((..(((.........)))...(((((((((............)..))))))))..((((.(((...(((((......))).)))))((((((.....))))))(...)..............(((((...)))).)..........)))).)).)))))))....))).)))))))).)))).............(((........))).........(((.(((.((.....((((.(((((((.(((((.((((((((................................................)))))))).)))))..((((.....))))((((((...........))))))..((...((((.......))))...((...(((......)))...))..((.......)).))..........(((.....)))...........)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((.((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))....((((((((...............))))))))(((((...(((....))).)))))...(((..(((((............)))))...)))............((((.......))))...........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......(((((..................................................................(((((.(((..(((((((.(((((...(((.(((........((....))..........((....))..........))))))......((((((.((..((((....(((((((.((((...((((..((((((.((((((.................(((((((.((((.............((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))))))).))))).......((((((((.((...(((((.(((.....)))......(((((..(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..))))).)))))..)).))))))))...))))))..(((((.......(((....(((..(((.........)))..)))....))).(((((..((((((...................((((((.....))))))...................))))))..((((((...))))))..(((...(((((....)))))..)))........((((..(((((((..((((..(((((...((.....)).))))).(((((((..(((...)))...((((...........))))...................)))))))...))))....)))))))..)))).........))))).))))).))).)))............((((.(((((.....)))))...((((((((..(((......)))..)))))))).......(((....(((((....)))))..))).)))).....)))))))))))))))..)))))).))).)))............)))))..((((....((((((((((.....((((((......((......))......)))))).(((((........((((((...........))))))..(((((...)))))..))))).))))))))))...((....))...................((((((((((((.....((((((.((((((.....((..(((((((........((((..(((.((((.......)))))))..))))....................................((((((.((.....))))))))((((((......((((...(((..((((..(((((((((.....(((......))))))))))))..((....))..))))..)))))))......(((((((....)))))))...)))))))))))))..))......)))))).....((((....))))))))))......))))))))))))..........(((((((((..((.(....).)).))))))))).))))..)))))))....)))....(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))....)))))..((((.......))))..))))).).)
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................((((....)))).............................................................................................(((.......)))............................................................................(((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))................(((((((((....)))))..))))......................(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))...........((..........))..(((((....)))))..(((.....(((...(((((((......(.......((((....)))))......)))))))...)))......)))..((((((.....))))))..........................((((((.....)))))).((((((.......................................))))))....((.................)).................(((.((((....................................................................................)))).))).....................(((.......)))....((((((((................)))))))).......(((...((((((....))))).))))((((((.....))))))..(((((((.(....).)))))))...........................((((((((((((((.((((((......................))))))))))..........((((((..(.....)..)))))).......................))))))))))..............................((((((((((((.....((((((((.(((((..(((((((...........))))(((..(((.((((.......)))))))..))).......................................((((.((.....))))))((((((((..((((((....)).))))...(.(((((((((.................)))))))))..)......(((......)))...........(((((......)))))....))))))))......................)))..)...)))).))))))))......))))))))))))...........((((((((..((.(....).)).))))))))(((((..((......))..)))))..(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))...........((((.......))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((......................................................(((((....((((((...(((....((....))......))).(((((((((((((....)..........(((((((................((........((((((...............))))))..............((((...........((((........))))))))............))...((((((.((((..(((......)))....((..((((........))))..))....)))).))))))((((.....((.(((((((((((.....((((.((((((.........((((....))))...(((((...(((((((((.............))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))...................(((((.....(((((((.((((((((((((((......(((((((.........((...((....))...))......)))))))..............(..(((((.......)))))..)...................(((..(((((.....)))))))))))).................(((...)))..((((((.........(((...(((((.............)))))......((((((..((((((............................(((........(..(((((((......................)))))))..).....................(((((..((((((((...((((..........((((((....................))))))...((.((((.......(((........)))..((((((.....))))))....))))))........................))))........((((.(((((...............................))))).))))...))))))))......((((((..(.....)..))))))...............((((....))))..........)))).)..................))).........(....).))))))..))))))..)))))))))..........))))))))))(.((((.......)))).)......................................)))))))...))))).((((((.................((....))..........(((((((((....(.......)....))))))))).........((((((........)))))).)))))).))))))))))....))))))))))).))..........)))).................(((((((....))).))))..))))))).......)))))))))))).....................(((((...(........).)))))...((((......))))...)))))).......)))))..........((((.......))))..)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................((.(.(((((()))))).)..)).................................(((....)).............................................(((.......))).).............((((((....(((......(((((.............))))))))(((.............(((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).))))))))))....))))))...(((((((((....)))))..))))((.....((((....))))...(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..........((((........)))).((((((())))))).((((.....(((...(((((((......((.(....)(((....)))))......)))))))...)))......)))).(((((((...)))))))..................))......(((((((...)))))))((((((((((((....)))).........................))))))))..(((((.............)))))..............(((((.(((((.......................................((((........................))))...........))))).)))))..................(((((.....)))))...((((((((................)))))))).......(((...(((((((())))))).))))((((((.....))))))..(((((((.(....).)))))))..........(((.......)))....((((((((((((((.((((((......................))))))))))..........((((((..(.....)..))))))..((((.....))))........))))))))))..............................((((((((((((.....((((((((.((((((.(((((((.((.....)).))))(((..(((.((((.......)))))))..)))(((......)))...........................((((.((.....))))))((((((((..(((((((()))).))))..((.(((((((((.....(.......)...)))))))))..)).(((.(((......))).)))......(((((((....)))))))...))))))))......................))).))...)))).))))))))......))))))))))))...........((((((((..((.(....).)).))))))))(((((..((......))..)))))..(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))...........((((.......))))((())).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((.((((......((((((...........((((....))))....((((((......)))......))).))))))......(((........)))....)))))))).....................(((..[[[..)))..]]]...((((((((....((((((...............................(((((...[[[[.....)))))...((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).))))))]]]]....))))))...(((((((((....)))))..))))............(((((((((.[[[.....(((((((((.............)))))))))..)))))))))((((((((((......))))))))))..]]].....(((((......))))).(((((....))))).((((.....(((...(((((((......((((....))))...(((...)))...)))))))...)))......))))...(((((((.......................)))))))....(((((((...))))))).(((...(((((....)))))..)))...........((((....((((((((..(((((.............))))).(((((((..(((...)))...((((...........))))......(((....)))...)))))))...........)))))))))))).............)))))))).....(((.................(((((.....)))))...((((((((..(((......)))..))))))))...))).(((....(((((....)))))..))).(((.(((((....[[[...))))).)))...]]]...............((((.[[[[[.)))).....]]]]].((((((.((((((......................)))))).[[[[[))))))..((((((...........))))))..(((((...)))))..]]]]]..((((..(((........)))...))))............((((((((((((.........(((((...)))))..(((..........)))..((((..(((.((((.......)))))))..))))..............(((((.........((((....[[[[[[.)))).....]]]]]]........)))))..(((((((........[[[[[[[[[.....))))))).....]]]]]]]]]....((((.(((......)))[[[[[.....(((((((....)))))))..))))(((((.....))))).....]]]]]......((((....))))..(((....))))))))))))))).(((.....(((((......)))))....)))..........(((((....[[[[[[....)))))........(((((.(((....))).)))))...]]]]]].........((((.......))))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((.......................................((((((......((((.((((....)))).)).)).(((......)))..........)))))).((((.((((((((((((((..(((((..........((((((..((........)).(((.......)))((.((((((((.....(((...))).(((.(((((.((..((((........))))..))...((........)).(((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))(((......))).(((.(((.((....))))).))).((((((....((((....))))...(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..........(((((......))))).(((((....)))))..((((..(((((((((((((((.........)))((((((....)))).))...((((((................((((((((((...))))))..))))..............)))))).(((((((...))))))).(((...(((((....)))))..))).(((((.................))))).................)))))))..))))).)))).)))))).((((.(((....................)))..........((((...))))..............))))..)))))...))))))))))).))..((((..((((...(((((((.((((.....))))....((((((((..(((......)))..)))))))).......(((....((((......))))..)))((((((.....))))))..(((((((........)))))))....(((.(.(((.(((((..........)))))))))))).((((((......((......))......)))))).)))))))))))..((((((...........))))))..(((((...)))))...)))).)))))).(((........)))...................((((((((((((.....((((((((.((....))..((((...........)))).((..(((.((((.......)))))))..))((((......)))).(((.............)))....((((((.(((...))))))))).((((((.(((((.....((((.........)))).........(((((((((((......((((...))))))))))..))))).(((((..((.(((((((....)))))))...)).(((((.....))))).....)))))..))))).)).)))).))))))))......)))))))))))).)))))....))))))))))..))))................(((((..((......))..)))))..(((((.(((((.(((....))).)))))..))))).....))))..((((.......))))..))))).)).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..............((((...............................................................................(((..((((((((....)).............................................................((((((((..................................................................((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).))))))............{{{{{{{{{{{......{{{.{{{{{{........................(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))......................................{{{{{{..............((((((.................................))))))..................((((((.....))))))..........................((((((.....)))))).......................................................(((((.............))))).......................................................................................................)))))))).....(((..........((((((((.................(((((((..................))))))).......(((....(((((....)))))..))).((((.......))))....((((((........)))))).............................<<<<<<<<......((((((......................))))))))))))))......((((((...........))))))...................)))..>>>>>>>>...............................((((((((((((.....((..((((...........((((...........))))}}}}}}...((((.......))))..............................................((((............))))...............................(((((((((.................))))))))).........((........))...........((...}}}}}}}}}))...}}}}}}}}}}}..................................))))bb))....BB))))))))))))..........))))))[[)))..............]].....aaaaa...)))).......AAAAA..(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))...........((((.......))))..))))).)).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((...................................................(((..((((....))))..).)).(((......))).......(..........)...(((.((((((((((..(((((..................((........)).(((.......)))...((((((((.....(((...)))........((((((.............)))))......((........))..((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))).(((......)))..((.(((.((....))))).)).((((((.....((((....))))...(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..(((......)))........(((..(((((....))))).((((.....(((...(((((((......((((....))))....((...))....)))))))...)))......)))).(((((((...))))))).....)))..........))))))..(((((((...))))))).......(((((....)))))..(((...))).....(((.((((((.((((((.(((((...((.....)).))))).......((.(((...))))).((((...........)))).......))))))........................))))))...)))...).........)))))))).(((.((((.........(((((((.((((.....))))....((((((((................)))))))).....(((((....((((......))))...(.((((((.....)))))))...)))))...........(((.....)))...((..(((((..........))))).)).....((((((......((......))......)))))).)))))))......((((((...........))))))..(((((...)))))...)))).)))....(((........)))...................((((((((((((.....((((((.((((((.....((..((((((.........((((..(((.((((.......)))))))..))))...........(((((......)))))..........(((((.(((...)))))))).((((((..((((((....)).))))...................(((((.(((((......((((...)))))))))...)))))..(((...))).((((((....))))))....)))))).))))))..))......))))))......(((....))).))))))......)))))))))))).)))))....))))))))))...)))................(((((..((......))..)))))..(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))...........((((.......))))..))))).)).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((.......((((...((((....((((((.((.((.....((((((......((((.((((....)))).)).)).(((......)))..........))))))..((((....((((((((((..(((((...(((((..........((........))...(((((((..((...((....((((...((((..((.((((((((.............(((((.(((((((.((((.............((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))))))).))))).....(((((((((....)))))..))))..)))))((((....(((((..(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))...((.....(((((......)))))...........((((((((((..(((((((((.(((((......((((....)))).......(((((..((((((...................((((((.....))))))...................)))))).(((((((...))))))).(((...(((((....)))))..)))........((((..(((((((..((((..(((((...((.....)).))))).(((((((..(((...)))...((((...........))))...................)))))))...))))....)))))))..)))).........)))))...........(((.................(((((.....)))))...((((((((..(((......)))..))))))))...))).)))))..)))).......)))))..(((.(((.((..((((.((...(((..(((.((((...(((.....)))..)))))))....)))....((((((((((.....((((((......((......))......)))))).(((((........((((((...........))))))..(((((...)))))..))))).))))))))))...((....)).................)).((((((.......))))))))))..))...))).)))..............))))))))))..((((.......))))....)).)))))....)))).............))))))))....(((((.(((.....))))))))........((((((....)).)))).))..(((((((((.....(((......))))))))))))...))))...)))).))....(((((.....(((((((....)))))))......(((((.....))))).....)))))....))..))))))).(((((((....))).)))).)))))..)))))....)))))))))).)))).........)).)).))))))....))))...)))).......(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))...........((((.......))))..))))).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..(((.........<<<........................((((......((((.((((....)))).)).)).(((......)))......aaa.))))...AAA..((((((((((((((..(((((..........(((..................(((.......)))...((((((((....((((...))))(((.(((((((((.............))))))..................(((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))(((......))).(((.(((.((....))))).)))((((((.....((((....))))...(((((...(((((((((.............))))))))).))))).....((((((((((.(...)))))))))))..(((......))).............(((((....))))).((((.....(((...(((((((.(....((((....))))...(((...)))..))))))))...)))......)))).(((((((...)))))))..................))))))..(((((((...))))))).......(((((....))))).((((...))))....(((((((((((((((((.(((((.............))))).{{{{{{((.(((...))))).((((...........)))).......)))))))......}}}}}}...........))))))..))))....)))...))))))))))).(((.((((..((((...(((((((((((([[[[.)))))...((((((((..(((......)))..))))))))...(.(((((...((((((....))))).).(.((((((.....)))))))...)))))).........(((((...)))).)]]]].(((((..........)))))......(.((((((....(.((......))).....))))))))))))))))))..((((((...........))))))..(((((...)))))...)))).)))))).(((........))).(((....)))........((((((((((((.....(((((((((((((.........((((((.........((((..(((.((((.......)))))))..)))).........(((((((......))))).))......(((((.((((...)))))))))((((((..((((((....)).)))).........(((((.....ccccccccccc.)))))((((...))))CCCCCC..CCCCC..(((...)))(((((((....)))))))...)))))).))))))..........))))))......(((....))))))))))......)))))))))))).)))))....))))))))))..))))...)))..........(((((....>>>.......)))))..(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))........(((bbbb.)))...BBBB..))))).)).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..................................................................(((((.(((..(((((((.(((((...(((.(((........((....))..........((....))..........))))))......((((((.((((((((((.((.((((((((....((((((.(((........((((((.............))))))...................((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))).)))....)))))).....((((((((.((...(((((.(((.....)))......(((((..(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..))))).)))))..)).))))))))........((((((((.((((.(((((....(((((((......((((....))))...(((...)))...)))))))..(((((......((....(((((((((...................((....)).(((..((((((...)))))))))..)))))))))....))....)))))...))))).))))...(((((((((..(((((...((.....)).))))).(((((((..(((...)))...((((...........))))...................)))))))...........))))))))).).)))))))......)))))))).))..(((.................(((((.....)))))...((((((((..(((......)))..))))))))...))).(((....(((((....)))))..)))((((((.....))))))...)))))).))..)).))).)))............)))))..((((....((((((((((.....((((((......((......))......)))))).(((((........((((((..(.....)..))))))..(((((...)))))..))))).))))))))))...((....))...................((((((((((((.....((((((.((((((.....((..(((((((........((((..(((.((((.......)))))))..))))....................................((((((.((.....))))))))((((((......((((...(((..((((..(((((((((.....(((......))))))))))))..((....))..))))..)))))))......(((((((....)))))))...)))))))))))))..))......)))))).....((((....))))))))))......))))))))))))..........(((((((((..((.(....).)).))))))))).))))..)))))))....)))....(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))....)))))..((((.......))))..))))).)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..............((((....((((((................................................................................((....))................................((........))..........................................................................(((..............((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))).)))...........................................................(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......)))))))))).........................................................................................................................(((((((...)))))))..........................(((((((...)))))))........((((....))))...................................(((((...(.......).)))))..((((((..(((...)))....((.............))....................))))))............................................................................((..........((((((((..(((......)))..))))))))....((((((....(((((....)))))...(.((((((.....)))))))...))))).).......................))...............................((((........................))))...............((((((..(.....)..))))))..((((.....)))).................................................((((((((((.....................................................((((.......))))..............................................((((..(((...))).)))).((((((..((((((....)).))))....................((((.((((.......(((.....))).))))...)))).................................))))))..........................................(((....))).)))))))))).........................................))))))....)))).......(((....(((((.(((((.(((....))).)))))..))))).........((.....)).....)))..))))).)).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((..............((((....((((((.(((((....(((((((......((((.((((....)))).)).))...........((((....(((........))).((....))....))))..)))))))...............((........)).)))))......(((..(((((((....((((....(((..(((((..............(((((.(((((((.((((.............((((((.((((..((((....))))...((((.((((........))))))))....)))).)))))))))))).))))).....(((((((((....)))))..))))..))))).......((((((..(((((...(((((((((.((.......)).))))))))).))))).....((((((((((......))))))))))..((((((..(((((......)))))...((((.(((((((..((((.(((((....(((((((......((((....))))...(((...)))...)))))))..(((((......((....(((((((((...............((........)).(((..((((((...)))))))))..)))))))))....))....)))))...))))).))))...(((((((((..(((((...((.....)).))))).(((((((..(((...)))...((((...........))))...................)))))))...........)))))))))...)))))))....((((.....((((..(((..............))).)))).............((((((((..(((......)))..))))))))...(((((((....(((((....)))))..)))((((((.....))))))...)))).))))))))..))))))....))))))..)))))..))).....((((((((((.....((((((......((......))......)))))).(((((........((((((...........))))))..(((((...)))))..))))).))))))))))...)))).......................((((((((((((.....((((((.((((((.....((..(((((((........((((..(((.((((.......)))))))..))))....................................((((((.((.....))))))))((((((......((((..((((.........)))).........(((((((((((......((((...))))))))))..))))).))))......(((((((....)))))))...)))))))))))))..))......)))))).....((((....))))))))))......))))))))))))..(((.((((.....)))))))..)))))))..)))....))))))....))))......(((((...(((((.(((((.(((....))).)))))..)))))........(((.....)))...))))).))))).)).