RNA Secondary Structure Atlas
- RNASTRAND
- CRW_00546
RNA: CRW_00546
Rfam family:
-
|
|
|
AUCAUGCAUUGGAUGGAUGCCCGGGCAUUGAGAAGGAAGGACGCUUUCAGAGGCGAAAGGCCAUGGGGAGAGAGAGCGUCUGUGAUCCAUGGAUCUCCGAUCGGGAAACCGUAUCCAAGCUCCGUGGCUAGUCUGCGCUCUUUGGACUUUUCAAACUUAGCGAACUGAAACAUCUGAGUAGCUAAAGGAAGGAAAAUCAACCGAGACCCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAGAGCGGAACAAGGGUUUUCAUCAAAAGAAAUCCGAAGCGGUUUCAUUCGAUUUGUUGUGGAUUGGAUGAUGGAAAAACCAGCAAGCAGCAAGCGUAGGCUGUGUUGCCGUAGCGCGCCUACGGAGUUGUACAAAGUCAGCAUUGGGGCGCAAGCAUAGGCAACACAGGACGGGGUGGGGCGCGCAGUGAACUGGUUUUCUAAAAAGAUUGGAAGAUCCGGCCAAAGAAGGUGAUAGCCCUGUUCAUUCGUUCCCAUGGUUCGAUCCUUCCCAGUAAAACGCGGCGUGUUCGAAUGAUGAUCGCUUUUACGCGAGAAAGGGGGACCACCCUCUAAGCCUAAGUAUUCCUCAAUGACCGAUAGCGUACAAGUACCGUGAGGAAAGGUGAAAAGAACCCCAAUCGGGAGUGCAAUAGAGAACCUGAGAUCCGAUGCGAACAAUCAGUCGAAGGAGCGGACGCGGGCGCACUCACUCUAACGGCGUACCUUUCGCAUGAUGGGUCAGCGAGGAAAUGGGAACAGCGGCUUAAGCCAUUAGGUGUAGGCGCUUUCCAGAGGUGGAAUGGAAGAUUUACGUUCUUCCUAUUUGACCCGAAACCGAUCGAUCUAGCCAUGAGCAGGUUGAAGAGAGCUCUAACAGGCCUUGGAGGACCGAACCCACGUAUGUGGCAAAAUACGGGGAUGACUUGUGGCUAGGGGUGAAAGGCCAACCAAGAUCGGAUAUAGCUGGUUUUCCGCGAAAUCUAUUUCAGUAGAGCGUAUGAUGUCGAUGGCCCGAGGUAGAGCACUCAAUGGGCUAGGGUGGCCCCCAUUUCGCUUUACCAACCCCAGGGAAACUCCGAAUACAGGCCGUCAUCCUUAGUACAGACAGACUGAUUGGGUGCUAAGAUCCAAAGUCGAGAGGGAAACAGCCCAGAUCGUACGCUAAGGUCCCUCAAGCAAUCACUUAGUGGAAAAGGAAGUGAUCGAGCGAUGACAACCAGGAGGUGGGCUUGGAAGCAGCCAUCCUUUGAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCUAGCUCCAUGGCACCGAAAAUGUCUCAGGGCUCAAGUGAUUCACCGAAGCGACGAGACCUUGAAAGCUGCUUUUUCAAGUGUCAGUAGCGGGACGUUCUGUCAAUCGGGGAAGGUUUUUGGUGACAAGACCUGGAGAUAUCAGAAGUGAGAAUGCUGACAUGAGUAACGAGAAAUCCUCUCAAAAACACGAUCGCCUGCCAGUGGAAGGCUUUCUGCGUUCAGUCAAUCUACGCAGAGUGAAUCGGUCCCUAAGGAACUCCCGAAAGGGCUGCCGUCCGAUGGGUACACGAAAGUGACGAAGUUGCUUUGACUACUGAACCAUGCCUGGAUCGUCGGAGCGAAUUGGAUGAUCGGGCCGAGGGCUGCCCCCUCUUCCCCUCGCUCUCCUUUCCUUAAUAUUCACCGUCGAGUCAUCAAAGCCGUCAACUAAUUCGGAGGGGCUCGGCUGGCCCGGUCGCCCUACGCUACUGGCGCUUCCAAAGGCGAACGUCUCGUCUUUGGCGACCAGCAAAGCAAACGGAGGGAGGGCUAAAACCUUUCGUUUUGAAGCAAGGGAUGAGCGCGAAAGCCGUUGCGCUUCCGUACACGCGCAUACUCUUGCUCCGUCGCGCGUUAGGUUAGGUUAGUACUUAGUACUUAACUUAGUACAAUAACGCGCAGCCGUUUUGGGCGGACACGGUUCUCUAAAGGCGAAGACUCUGAAGUGGGCGAACACUCGCCGCAGUGGGCGAACAUGCCGGCUCCCGGCUCCGCGCACCUGCUGACACCUUUCGAAGCACUUUCACGUGUGAACCGAAGUCGUCUUGUCCUUCCUUUCUCAUUUCAGUCCUCGCCUUUUUCAUCUUCCGUAGGGGCCUUUAGUCUUUUGAUUAGAGUAGAGGUCGCGAGAGAGCAGAGCGUACCGCCCUGCCAUAGUCGCGAGGAUCUUAAUAGUCGGUCGCGACUGUUGUCAUAGUCAACGACGGUUUAAACUUCCAGGAAAAAACUUCGUAUUGGGAGGGCGAUCCUCCCGGUGAACUGACCGUACCCCAAACCGACACAGGUGAACAAGUAGAGUAUACUAGGGCGCGUCGAGAGAACCAUGUCGAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUCCUAUCUUUUGAUUAGGAAAGCGGCACAUACCAGGGGGUAGCGACUGUUUAUUAAAAACACAGGACUCUGCUAAGUGGUAACACGAUGUAUAGAGUCUGACACCUGCCCGGUGCUGGAAGGUCGGAAGGAGAAGUGUGAUAAGCUUUGAAUGGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCAGUAACUCUAACUGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGCAUAAGUAGCGACCUGCACGAAUGGUGUAACGACUGCCCCGCUUGCUCCGACAUGGACCGGGUGAAAUUGAAUUCUCCGUGAAGAUGCGGAGUACCAACGGCUAGACGGUAAGACCCCGUGCACCUUGACUAUAGCUUCGCAGUGACAACCUUGAUCGAAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGUGGUGACACACAACGACCAAUCCUGAAAGACCACUCUUUCGUCUAAGGAUGCCUAACCGCCGCACCGAUCAUUCGGGGGGGGGCGGGACACUGCGAGGUGGGUAGUUUAUCUGGGGCGGAUGCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGUGUGCGAAGGUAGGCUCAAGCGUUGAUUCUGCUCGUGAGCGUAAUGGUAUAAGCCUGCCUGACUGUGAGACCGACUGUCGAACAGAGACGAAAGUCGGCCAUAGUGAUCCGGGAGUCCCGUGUGCAAGGGCUCUCGCUCAACGGAUCAAAGGUACGCCGGGGAUAACAGGCUGAUGACUCCCAAGAGCUCUUAUCGACGGAGUCGUUUGGCACCUCGAUGUCGACUCAUCACAUCCUGGGGUUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUCGGUUGUUCGCCGAUGAAAGUGGUACGUGAGUUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUUGGUUCCUAUCUACCGUUGGUGUUAAAGGGAGAACUGCGAGGAGCCAACCCUAGUACGAGAGGACUGGGUUGGGUCAACCUAUGGUGUACCGGUUGUUAUGCCAAUAGCAGCGCCGGGCAGCUAAGUUGGUAUGGAAGAACUGCUGCGCCGCGGGAAAUCCUUCUCUAUACAAGUUCUCGUACGAGGUUUUUGAACAGAACUUCGAUAGGCGAGAGGUGUAAGCACCGCGAGGUGUGAAGCGAUCUCGUACUAAACGAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((.................................................................................................................(.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))(((((((((((....)).)))))))))(...).......(((((((((..(({....(....}))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((.......))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..[[[[[[[[.[[[.[[......[[[[.[[[[[[[.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..ccccc..((((((........)))))).......)).).CCCCC))))))))))))))))))...(((((...((((....)))).....))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))[(<<....<<<<<<((.((((.......))))...))<<)(.(((>>....>>>>>>....(((((((d....(..D))))))).(((....))).>>))).).....[[[[[[[.[[..))))..]]]]]]]]].....]).....]]]]]..]]]]]]........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....]]..]]]]]]]]]]]........((((((((..((((..(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).))))))..(((....(((((....)))))....))).))))......))))))))..((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).))).)))..
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((..((((...((((((((((((((.((((((....((((.((((((.(((((((.....((((....))))......(((....))).((((..((((((.(((((((((((((.((((........(....(((((.....((....))......))))).....)..............(((((((.....((.....((....))(((((..(((((((........)))))))......))))).......(((((((...((((.(........).))))...))))))))).....((((((((((...(((((((...((.((((........)))).))..)))))..))...)))))))))).))))))))))).))))))...))))))).................((((((((.......(((((..((((((....((((.(.((((((.(((((((((((.........(((((.(((...........((((......))))((((.((((.(((((((....((((.....((((((..........................)))))).............(((....)))(((((....................(((((((......(((...((((.((............)).))))...)))......)))))))...(((((.((...(((((((.....((((.....(((..........))).....((((.((......((((((.......))))))........))....((((((..((((((((((((..((((.....(((.((.....)).)))....))))....((.(((((........))))).))....))))))))))))(((.........)))..))))))......))))....)))).....)))))))......)).............)))))........)))))....)))).))))))).)))).))))......((.......))............))).))))).................((((..((((((......))))))))))....(((......)))........(((((((................))))))).....))))).))))))((.......(((....((((((((........((....((....))...)).....)))))))))))...)).)))))).).)))).......)))))).........)))))((((((((.....(((((((.......)))))))((((((((.....((.(((((..(.(......(((.(((((....))))))))...).)..))))))).....))))))))((((..............))))............((((((.......)))..(((((((...........)))))))....(((((.(.....((....(((....)))...))).))))))))..(((....))).....))))))))..............))).)))))..)))))).....))))....(((..(((((.....)))))..)))..))))))))))))).)....((((((((.............(((..........))).((((..(((((((...(((........(((.((((...(.((((((((((.....)))))))))).).))))...)))..((((((.(((((.......(((((((...................)))))))....(((((..........)))))..))))).)))))).((((((((.(((((((((((((...)))).)))))))))....)))))))).((((((.(((((((..(((........(((((((.((((..((((((((............((((((((.......((((.....))))........))))))).)..(.((((...(((........)))...)))))..................)))))))))))).)))))))..((.((((.(((....(((((((.(((.......))).))))))).))).))))...)).))).)))))).((.((((((((((.(((.......)))..)))))))))).))........).))))))....))).)))).............(((((((((.....))))))))).......)))..))))........)).)))))).................))).))))...................................((((......))))(((.((((....))))..))).....))..)))))))...((((((......((((...(((((.....)))))(.(((((((.(...(((....)))...)...)))))))).....((((((((((((....(............(((((....(((..........(((.........)))((((((.......)))))).(((((..........)))))..........)))....))))).....((((((((((((((.(((...((((.........................(((((........)))))..(((((((.((((.((.....(((((.(((((...((((...((((((((((....(((....((((.(.........(((((.....((..................)).......)))))).))))....)))........(((((.(.((((....))))...).)))))..))))))))))....))))..(((((..(((.((((((((...........)))))))).)).(((((((((.(..((((.............))))........).)))))))))..((((..(((.....)))..)))).(((....))).............((((((.(((........)))))))))..)..)))))....)))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.(((((........)))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))........))))....))).))..(((((((.((..(....)..))))))))).................))))))))))))).....))))))))))))))))....))))))......((((......))))....)))))))...).)))...))))..(((((((((.....))))))))).(((((((((.((....(((((....)))))...))..)))))).)))...... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.[[[[))))).....]]]]............(((((....)))))...((((((((((..[[[[[[[[[....((((....))))...((((((....))).)))....)))))))))).....]]]]]]]]].....(((((.[[[[[[.....)))))...]]]]]]....((((((((((.......(((.....[[[[[.....)))........]]]]].....(((((((........))))))).........((((((((..(((((((.(((((.....(((..(((((............(((...((((((((((.....((((((.(((.((((........)))).))))))))).......)))))))))).))).....(((.(((.(((((((.((((((((((.....))))))))))..(((......))).........)))))))))).))).)))))...)))...)))))....)))))))...))))))))...((((...[[[))))...((((((....))))))........]]](((((((....[[[[[...(((....)))..))))))).(((.......)))...]]]]]((((((.....[[[.((((...(((....(((........)))..))).......)))).))))))..]]]....(((.[[[[..))).....]]]]..(((.((((((.((((.((((.((((.(((....))).))))))))))))...(((.((((((((((.......)))))).)))).))).....((((((..((((((((((((..((((...(((.(((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))....))))))))))))(((.........)))..)))))).........)))))))))....(((((....)))))........(((((((((((...((((((((.......((((((...)))))).......)))))))).......(((....))).......)))))))...[[[[[[[[.))))..........]]]]]]]].((((.......((((((...(((...........)))....)))))).....[[[[[[[..)))).....]]]]]]].((((........(((((.[[[[[.)))))......]]]]]...................))))..(((...[[[[))).((((.......))))....]]]]............(((((((((..(((((((((((.....)))))))).)))......(((((.(((......[[[[[)))...(((((....)))))]]]]].....(((..(((......)))....))).....((((.....)))).....(((....[[[[....)))..]]]].((((((((...........)))))))).......)))))...(((...(((....))).[[[[.)))....]]]](((....))).....)))))))))............(((...[[[[[[[...))).....]]]]]]]((((.[[[[[[.))))............]]]]]]..................((((((((.......(((..........)))...))))))))(((((((((((((...((((...)))).....((((((((.....)))))))))))))))........[[[[[[[[[[.))))))...]]]]]]]]]]...((((((((..((((((((......))))))))[[[[...........))))))))..(((((((((((.(((((((((((((...)))).)))))))))....)))))))).(((......))).)))]]]]...(((...[[[[[))).......(((......)))]]]]]...(((.[[[..)))(((((...)))))..]]].........(((...(((((..((((......))))....)))))..)))...)))))))))).........((((((((........(((..(((...((((((((.(((.......))).)))))))))))..)))((((.(((...))).)))).......))))))))..........(((((((((((((((........)))))))))..................((((.(((((((((((...)))))))))))..((((((.....(((.((((...((((((....((((.....))))....(((((((((..................))))))......((((((((.((((....))))..(((((.(((((.........)))))....))))).)))...))))).)))..(((((.....)))))..((((((((....(((....)))......))))))))..))))))..))))..)))..))))))..))))..((((((((((.......(((..[[[)))......]]]((((((.[[[...))))))....]]]..........)))))))))).....))))))(((((.....)))))......(((.((((((.((((...)))).))))))..........((((((......))))))[[[[...))).....]]]]......((((((((((((((((.(((((((((((....(((((..((((.(((((((((.(((.....(((....)))......))).))))))......)))...))))..)))))...(((..........((((....))))........))).)))))))))))..))))))..((((((((....)))))....)))......)))))))))).(((((((((....(((((....((((....))))))))).....)))))))))..((((....[[[[[[.[[[.))))...]]].]]]]]]......(((((((((((.(((........)))))))).[[[...))))))..........]]](((((......[[[[[[[[[.........)))))...]]]]]]]]].........((((.[[[[[))))..(((((((((((......)))))).)))))..]]]]](((((..........((((.......((((....(((((((....))).))))....))))..))))[[[[[[(((........))).)))))..]]]]]]..((((((((((.((((.[[[..)))).(((...)))..]]].((((((((....))))))))..((((((((..((((.[[[[[[[..))))))))).))).(((....)))..]]]]]]]...(((((((.(((((((((.....)))))))))....))))))).(((..(((((....)))))...))).))))))))))...... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((...(((((((...((((.((((((....(((((....)))))....((((((((((.(((((((((.......(((((((.((..((((((....))).)))..)).))))))).......))))))))).((.(((((...((((((..(((..........))).))).)))...))))).))...((((...((((.....))))...((....)).(((((.(((((.(((((..........((..(((((..((..(..((((((((...((((............))))...))))))))......((((((((((...((((((((.((..((((........))))..))))))))..))...))))))))))....)..))..)).)))..))..((((((((((((.....)))))))).))))........))))).)))))))))).))))))))))))))....)))))).))))....)).)))))..)).))))..((((((.(((((((.(((...((((((((...(((((((((((......((((...((((....(((.......((....))...((((((..((((((..((((((.((((.........((((..((((....(((........)))..((((.((..((....))..)).))))..((((((((((((.(((((..(((((.(((((....((((..(((((......((((((..(((((((((((((((...(((..(((((((((.......)))))).)))..))).....((((((..((((((..((.((((((((((.((.(((......((((.....)).))...(((..(((((((......(((((((..((((.(((((.((((......((....)).....(((.(((.(((.(((((((((((..((((((..(((..((((((((((...(((((((...((((((((.......(((((.....))))).......)))))))).......(((....))).......)))))))................((((..(((((........)))))))))....(((......)))..))))))))))(((((((((.......((((...))))....((((((((..((((...(((....(((((((..(((....))).))).))))....((..(((......)))..)).)))..))))...(((...((.....))..((((((.((((((......((((.((((((((..((((((.((((((.....(((((((((((((....(((((...(((.....(((((((.(....))))))))...)))..)))))((.((....)).))..((((...((((.....))))..........(((((..(..(..(((....)))..).(((((....(((.(((..((.((((((((((..........(((((((.((((((((((((((..((.(((....)))))....(((((..(((....((.(((....))).)))))..)))))))))))))...(((..(((((.....)))))..)))...(((((((((((.............((((((((.......(((..........)))...))))))))..((..(((((((...(((.....))).....((((((((.....))))))))))))))).)).........)))))))))))...(((((..(((..((.(((((((((((.(((((.((((......)))).))....))).))).)))))))).))....)))..)))))..(((((((((.(((.....))).)))))..))))..)))))).))))))).)))).)))))).))....))).)))..))))))..)))))..)))).)))).(((.(((.....(((((...)))))..))).))).))))))))).....)))))))))))).((....)).......)))))))))))).....)))))).)))))).)))....))).)))))..)))))))))..........)))..))))))..))))).))))))..))))))))))))))))))))))....((.((((....(((((((((((((((....)))))).((((.(((((...((....))...)))))))))...(((((((...))))))).))).))))))((..(((...(((......))).....((((.....)))).)))..))....)))).)).((((((......))))))......))))))).((((....))))....(((.(((((((....)).))))).)))..)))))))...)))..)))..)).))))...........(((((((((...(((....)))...))..)))))))...)))))).))..)))))).))))))..))))..((((((((((....((((....((.(((.....))).((((((.......))))))........))...))))))))))))))....)))).))))))).))))))....)).))).))))))))).(((...(((.(((((((..........((((((......))))))))))..))))))..)))...)))))))))).((..((((((.(((((((((((.((.(((((..((((.(((((((((.((((....(((....)))....).))).))))))......)))...))))..))))).)).....(((((...((((....)))).....)))))..)))))))))))..))))))....((((.((.(..(((((...........)))))..).)).(((((((((....(((((....((((....))))))))).....))))))))).((((((...((((((.(((........))).)))))).))))))....((((((.(((........)))))))))))))..))...)))))))))))).))))..))))..(((((((((...((.......))...)))))))))..)))))))))).................(((((..........))))).)))))).....)))))).)))....))))...)))))))))))))))..(((....)))....)))))))).)))..(((.((((((....((((((.......((.(((((((.(((........)))))))))).))..((..(((((((.(((((.(((((((((((((.((.....)).)))..)))))))))..).))))).)))))))..))......)))))).((((..(((((((.(((((((((.....)))))))))....))))))).)))))))))))))..)))))))))))))((((.....)))). |
|