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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00547



RNA: CRW_00547
Rfam family: -

GGUCAAGUGACCAAGGGCUUACGGUGGAUACCUAGGCAUUCAGAAGCGAUGAAGGGCGCGGUAACCGGCGAAACGCUUCGGAGAGCUGGAAACAAGCUUUGAUCCGGAGAUACCCGAAUGAGGCAACUCCUUGUACUAUCUACUGAAUAGAUAAGUAGAUAAGAGCGAACUCGGUGAACUGAAACAUCUUAGUAACCGAAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGAUUCUCUUAGUAGCGGCGAGCGAAACGGGACCAGCCUAAACUAUCGAGCUUGUCUUGAUAGGGUUGUGGGACAGCAUAAUGAUAUCGCGCGAAUUAGAAGAAGCAAUUGAAUGUUGCACCUUAGAGGGUGAAAGUCCCGUAUUCGAAAAUUCAAACGAGUUAGCUGUAUCCCGAGUAGCAUGGGGCACGUGAAAUCCCGUGUGAAUCUGCGAGGACCACCUCGUAAGGCUAAAUAUUCCUGAAUGACCGAUAGCGCAACAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGCAGGGGAGUGAAAUAGAAUAUGAAACCGUAAGCCUACAAGCAGUAGAAGGAUGUUGACAUCUGACUGCGUGCCUGUUGAAGAAUGAGCCGGCGACUUAUAGGUAGUGGCAGGUUAAGGUAAAGAAUUACUGGAGCCCUAGCGAAAGCGAGUUUGUAUAGAGCGUUUUGUCACUAUUUAUAGACCCGAACCCGGGUGAUCUAACCAUGGCCAGGGUGAAGCUUGGGUAAAACUAAGUGGAGGCCCGAACUGAUUAAUGUUGAAAAAUUACCGGAUGAGUUGUGGUUAGGGGUGAAAUGCCAAUCGAACCCGGAGCUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGUGUUGAGGCGCAGCGGUUGAGAUUAUAACUUAGGGGUAAAGCACUGUUUCGGUGCGGGCUGCGAGAGCGGUACCAAAUCGAGGCAAACUCUGAAUACUAAGUGAACACUCAGCCAGUUAGACAGUGGGGGAUAAGCUCCAUUGUCAAGAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGUUAAGGCCCCUAAAUAGUAGCUAAGUGGCAAAGGAGGUGGGAGUGCUUAGACAACCAGGAGGUUUGCCUAGAAGCAGCAAUCCUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCAAGCGCUCCUGCGCCGAAAAUGAAUGGGACUAAGCUAUUUGCCGAAGCUGUGGGAUGUACUAAAAAAUUAUAUACAUCGGUAGGGGAGCGUUCCGUCAUAGGUUGAAGCAUUUACGUGAGUAAGUGUGGACGAUACGGAAGUGAGAAUGUCGGCUUGAGUAGCGAAAACAUUGGUGAGAAUCCAAUGCCCCGAAAACCUAAGGGUUCCUUUCGGAAGGCUCGUCCACGAAGGGUGAGUCAGGACCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGAUAACGGGUCAAAAUUCCCGUACCGUUUAUUGUUUGUGUAGAGGGACGGAGAAGGCUAUACCAGCCGGUGAUUGGUUGUUACUGGUUUAAGUAUCUGAGGCUUUGAGAGAUGGAGAAAACAUCUUGAGCUGAAGUACAAAUACGAUACGUAGGACAGUUUUUCCUUGUGAAAGAUUCGAAUACGGAAGUGGUUAGAUGUCACGCUUCCAAGAAAAGCUCUAAACACGUUAAGCAAUAAAUGCCUGUACCCAAAACCGACACAGGUGGGUAAGUAGAGAAUACUAAGGGGCGCGAGAUAACUCUCUCUAAGGAACUCGGCAAAAUAGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCCCUUUUUAUAAGGGCCGCAGUGACCAGGCCCAGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGGUCUCCGCAAAUUCGUAAGAAGAAGUAUGGGGGCUGACGCCUGCCCAGUGCCGGAAGGUUAAGGAAGUUGGUUAGCCAUUAGGUGAAGCUAGCGACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCAGGUAAGUUCUGACCCGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCGGAGAGAGACUCGGCGAAAUAGACAUGUCUGUGAAGAUGCGGACUACCUGCACCAGGACAGAAAGACCCUAUGAAGCUUUACUGUAGCCUGAUAUUGGGUUCGGGCUUUUCUUGCGCAGUAUAGGUGGGAGGCUAUGAUAGAAUCCUUGUGGGGAUUCUGGAGCCGUCAGUGAGAUACCACUCUGGAAGAGCUAGAAUUCUAACUUUAAGCCGUUAUCCGGCUAAAGAACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAAGUAACGGAGGCGCGCAAAGGUUCCCUCAGGCUGGACAGAAAUCAGCCGAAGAGUGUAAAGGCAGAAGGGAGCUUGACUGUAAGACCUACAAGUCGAACAGGAACGAAAGUUGGCCUUAGUGAUCCGACGGUACCGAGUGGAAGGGCCGUCGCUCAACGGAUAAAAGUUACUCUAGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCAAGAGUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAACCUGGGGCGGUAGUACGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUUAAAGCGGUACGUGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCAUAUCCGGUGCAGGCGUUAGAGCAUUGAGAGGAAGCUCUCCCUUGUACGAGAGGAUCGGGAGGGACACACCGCUGGUGUAUCAGUUAUCGUGCCAACGGUAAACGCUGAGUAGCUAUGUGUGGAGAGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGUGGGAAGCCCACCUCAAGAUGAGUGCUCUCAUCGCCAUCGAGCGAGUAAGAUCACGGCAAGAACAGCCGUUUUAUAGGUGUUAAGUGUAAGUGUAGUAAUACAUUCAGCUAAGACAUACUAAUAGAUCGAGGGCUUGACUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((((.....(((((((.dd.dddd)))...D.(((((((..(((DDD..DD))).....)))))))...))))...(((....)))......(((((((((.........))))))).)).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((....((((((((.....))))))))......((((((((......((.(((...(((((.(((...(((((.....)))))(((...).hhh.....))HHH...)))...)))))...)))))..))))..)))).....(((((((((.......)))))))))......(((((..cccc)))))..)))).....)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))).....(.(((((((((((....)))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((.((((..(((((....)))))..))))...((....)).(((((.....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((....(.(((((((..(.(((...((((((((...(((((((....))))).))...))))))))..)).).)..)))))))....)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....f.ffffff...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))..........))......FFFFFFF)))...)))))))((((((.............))))))....))))))(.((((((.((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((....((((..((...((((.((...((.....)).))))))....(([[[[.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((((((((((...((((..(((..(((((((((((...........))))))....((((....((((....(((((((.....))))))).))))...))))......((..((((....((((((((.....))))))))....))))))..)))))....)))...))))........))))))..))))...)))))))))))]]]]..)).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.(((..............(((((...((....))....)))))((((((.....))))))(...).......(((((((((..((g....(....G))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((.(((((((..(((....)))...))))))).))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....))).)))))))).))))))....)))....(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.((...(..eeeee..(((......((((((((....))))))))...)))......))..).EEEEE))))))))))))))))))...(((((.((((.....))))))))).....)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((ii....iiiiii((.((((((.......))))))...))ii)(.(((II....IIIIII....(((((((({...(..})))))))).(((....))).II))).).....(((((((.((..CCCC..))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....)))))......)))))..)..)))).)...).(((((((....))).))))....))..)))))))))))(...<<<<<<<<..((((...(((((((...............)))))))((((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).))))))..(((....(((((...........)))))....))).))))..)...>>>>>>>>..((((......)))).(..(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((....))))))...))).))))).)))...)))).)..)))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((....(((((.(((....)))))))).....((.(((((((.((((((......(((((....(((((..(((((((....).))))))....(((......)))...)))))..(((.(..(((((((((((.........))))))))..(((..((((((((.(((((......))))).((((..((....((.(((.....((((((((((....((((.((.(((((((((((((.(((...((((((((.....))))))))..(((((.((...(.....)...)).))))).....(((..(((((.....)))))..)))..))).))...))))))).))))...(((((...(((((.(((.((((((((((.((((((((.........)))))))).(((((((((((....))))))....................(((((...((((..((((((.....(((..((((........((((.....))))............((((....)))).))))....(((((((..(((((....)))))..)))).))).......(((((.(((..((...(((((((((((((((((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....)))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).)))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).))..))).))))).))).....))))))..))))..))))).)))))...)))).)))))).)))...((((((((..(((((((....))))).))..)))))))).)))))))))).....(((((((.((.(((.....((((((((((......))))))))))..(((((...((.(((...............((((((...((((.(((....)))...((..(..(((((((((.(((.....(((((.((((.........)))).)))))....((((.((....)).)))).))))))))))))..).)).............))))..(((((((((.(..(((((.((((((.((........))))))))(((..(((.((..((((((.((((((...((((((((....))))))))...((((((....))......))))(((.....))).....((((((.......))))))..(((((((((....)))...))))))..(((((..((.....))..)))))..)))))).(((...(((....)))...)))))))))..(((((........)))))..((((((((((((((((..((((..(((((((.((...((.(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))..............))..)))))))))...................(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))...)).)))...)))..))))).).))))))))).........))))))..........((((((.(((..((..(((......)))..))..))).)))))).))).))))))).......(((((..........))))).))))).)))))))............)).))))...(((....)))...(((..(((.(((((((((((.....((((((.((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))..((((...((.((((((.......)))))))).((((((...........((((((.....))))))((((((...((((((...(.((((..(((((((((.....)))))..))))...))))))))))).....).))))).)))))).)))).((((.((....(((((.(((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((((.(.(..((((.....(..((((....(((((((((....))))))))).))))..)......))))..).).))))))))).)))).....(((((.((((.....)))))))))..)))))))))))..)))))...((((((((.(((((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).))))))))((..(((((((.((........))))))))).))........))))))..))))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..))...))....((((((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....)))))......)))....))))))))).....(((((((....))).)))).))))...)))))))))))))))))......(((((....))))))))..))))))))))))).....((.(((((...))))).)).))).))...))..))))...)))))))).)))..)))..).)))......)))))....(((((..(((((...)))))....))))).)))))))))))))..))..........((((.((((.......)))).....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))..))))))))).)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))(((((((((((((....(((..(((((((((..........(((.((........))......(((((((..(((.......))).....)))))))...)))..((((((....((((((((...((((((.........))))))((((((....((((((.....((....))......))))).).........((....))....))))))...((.....))....(((((.((((.(((........(((.((((((.........))))))))).........(((...(((((.(((...(((((.....)))))........(((.......)))...)))...)))))...))).)))))))..)))))....((((((((.........)))))))).....))))))))...))))))..............))))))).))...............((....))....)))........((((.....))))..................)))))))))).....((((.....(((((....)))))..))))..((((((((........(((...........)))..))))))))..................(((((((.((....))(.(((..((((((..((......))..))))))))).)....(((((...((((((((((((..(((....((((((......)))))).....)))............(((....)))..........))))))))))))((.......)).......))))).....((((((((((.((((...(.........((((((((((((......((((((.......(...(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...).......)))))).....))))))).....((((((((((......))))))))))............((((((((((((.......(((.((............)).)))......)))))..((((.......(((((((((.((((.........)))).))))....((((........)))).)))))...(((......)))...........(((((...(((((((((((...((((..((((((.............)))))).))))((((((((((((((......(...((((((((....))))))))..).....((((((.(((.......(((.....))).....((((((.......)))))).(((..........))))))))))))...(((((((((.....)))))))))....((...(((...(((....)))...)))...))...(((((........))))).((.(((((.......))))))))))))).....(((.(((((((((((((.....)))))))))....((((....(((((...((((((.......)))))))))))...))))..........((((.....(((((((.....))))))).....))))....))))))).....))))))))..(....(((((....................((((((.............))))))....................))))).)((((......)))).........))))).))))))((((......))))..(((((((((((((.....))))))....((.(((..((((((((..((((...........))))((((((((...(((....)))...))..))))))....)))))....(((((((..((((..((..(((((...(((....)))....)))))..))..)))))))))..)))))((((((.......))))))....))).))...))))))).........))))).....))))..............))))))))))))))))).)))))..)))))...........(((((........)))))..((((((((.((((.......(((((.(((((((.((((...(((((((..((((((.(((((((((.(.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))).))))))))).))))))...(((..(((((.....))))).))).....)))))))....))))...((((((((....((((((...........))))))........((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....((((..(((......)))..)))).(((....))).))))))))....(((((((.((........)))))))))............)))))..))))))).......(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((((((.((((((......))))))...))))((((.....)))).......)))))..)..)))).).....(((((((....))).)))).))))......))))))))....((((((((..((((..((((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))....((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((......))))........(((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))........)))))))..)))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((..(((((((((((((.((((..(...((((.......))))...)..)))).)).........(((((((((((((....).)))))...)))))))...((.......))............(((((((((.........)))))))).)(((.((((((((..(((((......))))).)))))......((((.((....))..))))...............((((((((((((((((....((((((((.....))))))))))))).....((((((.......(((())))..................))))))(((((....)))))...))))))).)))).....((....))))).)))........(...((((((((.........))))))))...)((((((((....))))))).)....................................((..........))(.......)((((.....))))..................)))))))))))(((.(((((((..((((((()))))))..)))).))).)))....(.(((((((((((..(((((((((((((((((((..(((((....)))))..)))).(.((....)).)((((.....))))....)))))))))))))))(((((....)))))..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).))).)).))))))))))))((.....(((((...(((((........().)))))(((((.....((((....))))((((((((((......((((((......((...(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))....)).....)))))).....))))))).))).((((((((((......))))))))))....(((......)))...(((.(((((..(((........(((((((.(((..(...((..((((((((((((.((...((((((((.((((.........)))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))).))..........)..))).))))))).)))..))))))))((((((.(((....)))..))))))....)))))((.((((((.....(((...((((((((....)))))))).)))...))))))))..........(((.(((((((.....((((((.......)))))).......((((....))))((((((((..(((((((((.....)))))))))....(((......)))))))))))...........(...(((((........))))).)((((((((((((((((((((...................((((((((((.....))))))))))((.((((((..(((((...((((((.......)))))))))))..)(((....)))))))).)).....(((((((.....)))))))........(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))....(((((...(((......))))))))((((.....))))..((.....((((....))))............(((......)))))....((((....))))(((())))((.....))(((((..........)))))(((((..(((((.....)))))..((((((((....(((.......)))...))))))))..)))))(((..(((((((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))))))))..))))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).(((.......)))(..........)(((((((((.....)))))..))))..((((((())))))).....(((((.....)))))............................(((((.((((((((((((((((.(((((((((.(.(..((((...(.((.((((....(((((((((....))))))))).)))).)).)....))))..).).))))))))).)))))....((((.(((((.....)))))))))..)))))))))))..)))))....((((((((..(((((((...........))))))))))..((((((((((.((((((.......))))))...)..(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..))))...(....).....))))).((..(((((((.((........))))))))).))...........)))))))...........))).(((((((((...((.......))...))))))))))))))))....)))))))))))).((((((((((((......))))))..))))))(((((((((((........((((.......((((((((..(((((((....))).))))))))))......)).........(((((...........)))))(((((...(((.....))).))))).(((((...((((...(((((((((((....))))))...)))))...)))).)))))..........))))(...........)(((((...))))).....((((((....))))))((......))............)))..))))))))....((((((((((.((((..((((((....))))))).)))..))))).))).))......)))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))....(((((.(((....))))))))........(((.....[[[)))................((((((((((((.......)))))...)))))))...]]]....(((....))).((((..((((((((.........))))))))...))))..(((((..(((((......))))).)))))................................(((((..((((........(((((....((((((((.....))))))))))))).[[[[[............))))...............((((.....))))(((((....)))))...]]]]].........(((((....))))).)))))..((((..[[[[.))))(((((........)))))......((((((....))))))...]]]]......................(((.....[[[[))).......]]]].......(((..[[[[[))).......(((..((((....))))...)))...(((((((..(((((....)))))..)))).)))]]]]].......((((((((...(((((((((((((((((((..(((((....)))))..)))).......(((((..(((.....)))))))))))))))))))))))........((((((..((((((((......((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).)))........))))))))(((.....)))......)))))).....))))))))....(((..[[[[)))...]]]]..(((((((......((((((.(((...((((((...))))))..(((((....)))))))).....(((.....)))......)))))).....))))))).(((.((((((((((......))))))))))...[[[[.))).(((..(((.....)))..)))]]]]......(((((...(((((((....((((((((((((.....(((((((((.((((.........)))).))))....((((........)))).))))).)))))))))))).(((........)))..........))))))).)))))(((.[[[[[)))......]]]]].....(((.((((.((((((((((..........((((((((....)))))))).)))).(((....))).))))))..(((.....))).....((((((.......))))))))))....)))...((((((.....(((.[[[[[.))).........]]]]].))))))..(((...(((....)))...)))..(((...[[[[[))).....]]]]].((((((...............))))))....(((...[[[[)))......]]]]...((((.......[[[[[...(((((...((((((.......)))))))))))..)))).......]]]]]..(((..[[[[[[[)))....]]]]]]].......(((((((.[[[[[.....))))))).........]]]]].........(((.....[[[[))).......(((......))).]]]]..((((((.....[[[[[[[[[(((....)))))))))........(((......)))......((((....))))..]]]]]]]]]......(((((...[[[....)))))((((...(((((.....)))))...)))).]]]...(((....))).........((((.....[[[))))...(((....)))..]]]..(((((((.(((....)))..))))))).((((..[[[.))))....]]]((((((.[[[...))))))....]]].(((.....[[[[((((((.....)))))).)))....]]]]........((((..(((((((((.....)))))..))))...))))...((((((......))))))...(((....[[[.)))......]]]..........(((((.((((((((((((((((.((((((((((((...)))..(((((..((((....(((((((((....))))))))).))))(((.....))).)))))..))))))))).)))))....(((((.((((.....)))))))))..)))))))))))..)))))..(((....[[[)))((((((...........)))))).]]]..(((((((((..((((((.......))))))..........[[[[[...)))))))))..((((..(((......)))..))))............]]]]]..(((..(((((((...[[[[[[....))))))).)))...........]]]]]]..(((.............[[[[)))....(((......)))..]]]](((((.((((..((((((((((((((((....(((((((......))))))).....(((((.....)))))......)))....))))))))......(((((((....))).)))).....))))).)))))))))...........(((......[[[[[[)))...(((.....)))]]]]]]..((((.[[[[)))).(((((((((((....))))))...))))).]]]]...((((...........[[[[[....))))...]]]]].((((((.......(((((.[[[[[)))))......]]]]].....(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))..)))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....)))).(((((((.((((((.(((((...(((.((..(((.((..(((((((((((((((......))(((((((((((((....).)))))...)))))))...(((((((((((.....))))))...(((((((.........))))))).(((((....(((((..(((((......))))).)))))...........((....))..((((((((((.((.((((.(((((((((((((.(((...((((((((.....))))))))..(((((.((...((...))...)).))))).....(((..(((((.....)))))..)))..))).))...))))))).))))...........((((((((((((((((((((.((((((((.........))))))))..((((((((((....)))))(((((((((...((((((...(((((...((((..((((((.((..(((...(((........((((.....))))............((((....)))).))).(((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))...(((((.(((.(((....(((((((((((((.((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).))).)).)))))))))))((((..............))))...))).))).))))).)))...))))))))..)))).(((((((((......((((((...........(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...........)))))).....))))))).))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...((.(((((((((((((....((((((...((((..((.(((..((((((((((((.(((.....(((((.((((.........)))).)))))....((((.((....)).)))).))))))))))))))).(((..........((((....(((((((((((.(((((((((((((.((........))))))))....((((....((((((.....((((..((((((((....))))))))...)))))))))).(((.....)))(((.....))).....((((((.......))))))))))...((((....))))((((((((..(((((((((.....)))))))))....(((......)))))))))))....(((....))).(((((........)))))..((((((((((((((((..((((........((.....)).(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))...((((...)))).((..(((((((.....)))))))))......(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))(((.(((((...(((......))))))))((((.....)))).((((((((.......(((((((.(((..((..(((......)))..))..))).))))).))..))))))))......))).)))))))...((((((((((((..(((((.....)))))..((((((((....(((.......)))...)))))))).((((((.....((((.((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))(((.....))).((((((.......)))).)).((((..........))))((((((.....))))))))))))...))))))..)).))))))).)))((((.....)))).)))))).)))))....)))).........)))....((((...))))..........))).))..)))))))))).(((((((((((.((((.(((((((((......((((.....((.((((....(((((((((....))))))))).)))).))......))))......))))))))).)))).....(((((.((((.....)))))))))..)))))))))))))))..))))))))))))))))((((((...........)))))).......(((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))).(((((((.....))).))))...))))))......))))))))).(((..(((((((.((........))))))))).))).))))).......))))..))))).))).))))).)))......(((((.(((((((.((............))))))))).))))).))))..(((((((((......)))))).)))...((((.....)))).(((((.((.((((..((..((((....(((((((....))).))))..))))..))..))))..)).))))))))))))))))).))))).((((......)))).)))))...((.(((((...))))).)).)))))))))))..((.....))))..)).))).)).)))...))).)).)))))).)))).)))..(((((...)))))((((...)))).((((((.((((......))))........(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)).))))...)))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((..(((((((((((.........(((((((((................................((((((((((((.......)))))...)))))))..........(((....))).......((((((((.........))))))))..........((((...((..........))..))))............((....)).........................(((((((.........((((((((.....)))))))).........................................(((((.....)))))................))))))).....................................((((((((.........))))))))......((((((....))))))..............))))))).))...............((....))...............((((.....))))..................)))))))))))....(((((....(((((....))))).)))))..............((((((((((....((((((((((((((((((..(((((....)))))..))))...((....))...................)))))))))))))).(((((....)))))..((((((((((((((((((...((((((......))))))....)))).............................)).)))))))))))).....................................(((((..(((((............(((((((......((((((...........(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...........)))))).....))))))).....((((((((((......))))))))))..((....................((..........................(((...((..((((((((((((.((...((((((((.((((.........)))).))))....((((........)))).)))))))))))))))))).)).........................)))..........((((((.............))))))............((((((...........((((((((....)))))))).......))))))............................((((((.......))))))..(((((.(((....)))....)))))..((((((((({{...)))))))))....(([[[(((...(((....)))...)))...))...(((((........)))))...(((((((((((((((((((....((..............(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..))))).........................))...................(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))).....((((((...((......)))))))).....................(((.....((((((((..................(((((...............)))))((((((.....))))))............(((((((.....(((.......)))...(((((((((...(((....)))...))..))))))).(((((((((...((((((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))))))))...)))((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....)))))).........)))))).....)))))))...<<...))))))))>>))).............(((........bbbb)))....BBBB.............................(((..((((((((((((((((.(((((((((......((((........((((....(((((((((....))))))))).)))).........))))......))))))))).)))))....((((.(((((.....)))))))))..)))))))))))...))).....))........(((((((...........))))))).....aaaaaaaa)).((((((.......))))))...................AAAAAAAA..(((...(((......)))...)))..((....)).....]]]......(((((((.((..}}....))))))))).......................................cc............)))))...)))))CC...............))))))))))..((((((((((((......)))))))..)))))(((ddddd))).............................(((((((....))).))))........................((((ee..eee....))EEE...................................(((...(((((((((((....))))))...)))))...)))..................................(((((...))))).....fffffEE..))FFFFF....................(((((..DDDDD))))).......(((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).............)))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))....((((.((((((..((((...(((.((..(((.......(((((((((((.(......).(((((((((((((....).)))))...)))))))....(((...(((....))).((((.(((((((((.........)))))))).).))))..(((((..(((((......))))).)))))......((((.((....))..)))).......(((((...(((((((((((((.(((...((((((((.....))))))))..(((((.((...(.....)...)).))))).....(((..(((((.....)))))..)))..))).))...))))))).))))..(((((....))))).))))).....((...((((((((.........))))))))...)).((((((....))))))......................((...(((....(.(((((((...(((..((((((.....((((.....)))).............(((....))).((((.(((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))....(.((((((((((....(((((((((((((.((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....)))).....))))))))))))).(((((....)))))...(((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).))).)).))))))))))).........(((........((((......))))..((((((.....((((....))))...(((((((......((((((...........(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...........)))))).....))))))).....((((((((((......))))))))))....(((......)))...(((.(((((..(((........((..(........)...((..((((((((((((.(((.....(((((.((((.........)))).)))))....((((.((....)).)))).))))))))))))))).))...................))....)))..))))))))((((((.............))))))....))))))..((((((.....(((...((((((((....)))))))).)))...)))))).........((((((((...(((((...((((((.......))))))..(((((((((....))))...)))))..(((((.(((((....((((.(((.(((.(((((((...(((....)))...(((....))).(((((........)))))..((((((((((((((((..((((..(((((..(((......(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))...((((...))))....))).)))))....((.....))......(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))(((((((((...(((......))))))).((((.....)))).....((((........((((((.(((..((..(((......)))..))..))).))))))....((((((((.....)))))).))...((((...(((((..(((((((((((....((((.((((((((....(((....)))......)))))))).((((((.....((((.((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))(((.....))).((((((.......))))))..((((..........))))((((((.....))))))))))))...))))))......(((..(((((((((.....)))))..))))...))).....(((((.....(((((.....))))).....)))))........................((((((........))))))(.((((..................((((....(((((((((....))))))))).))))....(((......)))...)))).).............((((.(((((.....)))))))))....))))..)))))))))))...)))))..))))((((((...........))))))))))...(((((((((.((((((.......)))))).....((......)).).)))))))).(((.(((.....)))..)))..)))))(((....))).)))))))...))))))..))))..))))).))))).))).....(........))).............))))))))(((((((.................)))))))...)))........))))))))))).((((((((((((......)))))))..))))))))).))))))..)))...))))))))...))).))....(((((((....))).))))...(..............(........)...(((((....))))).(((......))))..)))....((.(((((...))))).)).)))))))))))..((((....))))....))).)).)))...))).)..)))))).)))).(((..(((((...)))))....)))((((....)))).......(((((......(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))....)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))....((((.((((((.(((((...(((...............(((..................(((((((((((((....).)))))...)))))))...((((...(((....))).((((.((((((((((......).)))))))).).)))).((((((..(((((......))))).))))).)(((.((((...........)))).(((((.(((((...(((((((((((...(((...((((((((.....)))))))).((((((...................))))).)...(((..(((((.....)))))..)))..)))......))))))).))))..(((((....))))).)))))..........((((((((.........)))))))).....(((((((....)))))))..)))))...))).(((...(((..((((.(.((.(((((((...(((..((((((.....((((.....))))............((((....))))((((.(((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))....(.(((((((((((..(((((((((((((((((((..(((((....)))))..)))).............((((.....))))....)))))))))))))))(((((....)))))..((((((((((((((((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).))).)).)))))))))))).......(((((.....(.((((......)))))...........(((((....)))))(((((((((.((.(.((((((...........(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...........)))))))))..))))))).))..((((((((((......))))))))))....(((......)))...(((.(((((..(((....(((((((.(((.<<<))).......((((((((((((.(((.....(((((.((((.(......))))).)))))....((((..........)))).)))))))))))))))................>>>..))))))))))..))))))))((((((.(((....)))..))))))..........(.((((((.....(((...((((((((....)))))))).)))...))))))).........(((((((((((((((...(((((((....).))))))..(((((((((....))))...)))))..(((((.(((((....((((.(((.(((.(((((((...(((....)))...(((....))).(((((........)))))..((((((((((((((((..((((..((((((.(((.....((((((((((.....))))))))))...(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))...((((...))))....)))))))))...((((...)))).....(((((((.(........))))))))........))))..))))...))))))))))))((((.((((...............)))).((((.....)))).....((((.......(((((((.(((......(((......)))......))).)))))).)..((((((((.....)))))).))...((((..((((..((([[[[[[[[[[.........((((((((.......{{{..........)))))))).((((((.....((((.((..((((......(((((((.(((....)))..)))))))......))))(((.....))).(((((((....).))))))..((((.((.....))))))((((((.....))))))))))))...))))))..)).)..))))((((((((.....)))))..)))............(((((.....(((((.....))))).....)))))........................((((((........))))))((((((}}}...............((((....(((((((((....))))))))).))))...((((......))))..)))))).............((((.(((((.....)))))))))..........]]]]]]]]]]...........))))((((((...........))))))))))..((((((((((.((((((.......))))))................).)))))))))(((.(((.....)))..)))...))))(((....))).)))))))...))))))..))))..))))).))))).))))).(((........))))))..........)))))))((((((((.................)))))))).)))))......)))))))))))).((((((((((((......)))))))..))))))))).))))))..)))...)))))))))).))))))))))(((((((....))).))))............((((...............(((((....)))))aaaa))))..AAAA..))))......(((((...))))).bbb..bbbbbb))).BBBBBB.....BBB..........)))...))).)).)))))).))))((((.((((((...))))).)..))))....................(((......(((((((((.......)))))..((((((((((.((((..((((((....))))))).)))..))))).))).))))))....)))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))....(((((.(((....))))))))........(((((((.((((((......(((((....(((((..(((((((....).))))))....(((......)))...)))))..(((.(..(((((((((((.........))))))))..(((..((((((((.(((((......))))).((((..((....((.(((.....((((((((((..(((((.(...(((((((((((((.(((...((((((((.....))))))))..(((((.((...(.....)...)).))))).....(((..(((((.....)))))..)))..))).))...))))))).))))......(((((..(((((((.(((((((((((((.....(((((.(....).)))))..((((((((((....)))))(((((((((...((((((......((((((.(((......((....))...((((........((((.....))))............((((....)))).))))....(((((....(((((....))))).))))).)))))))))......((((((((...(((((((((((((((((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....)))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).)))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))..(((....(((.((...((((..(((((((.......((((((..((..((...(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))....))..)).))))))......((((((.....((((((((((......))))))))))..(((((((.(.(((.((.((..........((((((...((((.(((....)))...((..(..(((((((((.(((.....(((((.((((.........)))).)))))....((((.((....)).)))).))))))))))))..).)).............))))..(((((((((.(..(((((.((((((.............))))))(((..(((.((..((((((.((((((...((((((((....)))))))).((((.(((....)))....)))).(((.....))).....((((((.......))))))..(((((((((....)))...))))))..(((((..((.....))..)))))..)))))).(((.(.(((....))).).)))))))))..(((((........)))))..((((((((((((((((..((((..(((((((.((...((.(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))..............))..)))))))))...................(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))...)).)))...)))..))))).).))))))))).........))))))..((((......))))...))..)).)))......(((((((.((((.(((((...(.(.((((((.....))))))).).((((((.(.(((((..(((((((((((.....(((.....(((((..((((((((((((((((((((((.((.(((.(((((...((((((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))))))))...))))).)))..........(((((.((((((...........((((((.....))))))((((((...((((((...(.((((..(((((((((.....)))))..))))...))))))))))).....).))))).)))))).....)))))....)).))))))...))))).....(((((((........))))))).)))))))).)))....))))).((((....(((((((((....))))))))).))))....))).(((((...(((((.....))))).......(((((.((((.....)))))))))....))))).)))))))))))...))))).))))))))))))...)))).)))).))).......).))))))).)))))).......)))))))....)))).)).)))...)))...(((((((((.....))).)))))).))))))......))))))))).(((..(((((((.((........))))))))).))).)))))....)))))))..))))))...)))))))((((((...((.......))...)))))))))))(((((..((..((((((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....)))))......)))....)))))))))..)).(((((((....))).))))...........))))).).)))))..(((..(((((....)))))...)))..)))))))))).....((.(((((...))))).)).))).))...))..))))...)))))))).)))..)))..).)))......)))))....(((((..(((((...)))))....))))).)))))))))))))....((((((((..((((.((((.......)))).....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))....))))).)))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))...............................................................(((((((((((((....)).))))...)))))))..........(((....))).......((((((((.........)))))))).........(((((..(((((......))))).)))))...........((....)).....................(((((((((((.........((((((((.....))))))))...((((.((...(.....)...)).))))...........(((((.....)))))................))))))).))))................................((((((((.........)))))))).....(((((((....))))))).............................................................((((.....)))).............................(((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))....((((.(((..((...(((((((((((((((((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....)))))))))))))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((...(((........)))..)))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).))..))).))))......................................((((((...........(((((((((..(((((((....))))).))..)))))))))...........)))))).................((((((((((......))))))))))..........(((((((......(((((..(((.........................((..(..(((((((((.(((.......(((..((...........))..))).........................))))))))))))..).)).........................)))..)))))((((((((((((..............................(((((.(((((((..((((((((....)))))))).......((....))..................(((((...((((((.......))))))..(((((.(((....)))....)))))..(((((.(((((....((((.(((.(((((((((((...(((....)))..........((((((.(((((....((((((.((.(((((.......))))).)))))).)).((((.....))))..))))).))))))..........(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))......((...(((((..((((((((.....((.....))......(((((((...........)))))))..))))))))....(((.(((((((......((((((........(((.((....)).))).((((.....))))........).................((((((..((......(((((((.((((.(((((...(.(.((((((.....))))))).).((((((.(.(((((..(((((((((((.....(((......((((..(((((((((((.....((((((.((..((..((((....(((((..((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))))))).......((((((.......))))))....)))).))....((((.(((((((..(........(((.(....))))......((((..(((((((((.....)))))..))))...))))....................).))))).)).)))).....)).)))))).............(((((((........))))))).)))))))).)))....))))..........(((((((((....))))))))).........))).(((((...(((((.....))))).......((((.(((((.....)))))))))....))))).)))))))))))...))))).))))))))))))...)))).)))).)))..))...))))))....((((((.......))))))...........))))).......))))))))))....)))))...)).......(((....))).))))))).).))))))..))))..))))).))))).)))))............((((.........))))...(...(((((((.................)))))))....).....................))))))).))))))))))))))))).....)))))))...................................(((((((....))).))))..........................................................................................((((((....))))))................................................((((.....)))).......(((......)))..................((((.((((.......))))......(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).))....)))).............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....))))....(((((.(((....))))))))........((((((.(((((((......(((((.....(((((((((((((....).)))))...)))))))....((....(((....))).(..(((((((((((.........))))))))..(((..((((((((.(((((......))))).((((..((....((.(((.....((((((((((....((((.((.(((((((((((((.(((...((((((((.....))))))))..(((((.((...(.....)...)).))))).....(((..(((((.....)))))..)))..))).))...))))))).))))...(((((...(((((.(((.((((((((((.((((((((.........)))))))).(((((((((((....))))))....................(((((...((((..((..((.....(((..((((........((((.....))))............((((....)))).))))(((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).)))........((((((((...(((((..((((((((((((..(((((....)))))..))))...((....))..((((.....))))....))))))))..)))))........((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...(((..((((........)))).)))..).))..))))))).(((.....)))......)))))).....))))))))..))).....))..))..))))..))))).)))))...)))).)))))).)))...(..(((((..(((((((....))))).))..)))))..).)))))))))).....(((((((.((.(((.....((((((((((......)))))))))).((((((...((.(((...............((((((...((((.(((....)))...((..(..(((((((((.(((....((((...((((......))))...))))......((((.((....)).)))).))))))))))))..).)).............))))..(((((((((....(((((.((((((.............))))))(((..(((..(..((((((.((((((...((((((((....)))))))).((((.(((....)))....)))).(((.....))).....((((((.......))))))..(((((((((....)))...))))))..(((((..((.....))..)))))..)))))).(((...(((....)))...)))))))))..(((((........)))))..((((((((((((((((..((((..(((((((.((...((.(((((((((.....)))))))))....(((.((..(((((...((((((.......)))))))))))..)))))..............))..)))))))))...................(((((((...........)))))))........))))..))))...))))))))))))...)..)))...)))..)))))...))))))))).........))))))..........((((((.(((..((..(((......)))..))..))).)))))).))).))))))))......(((((..........))))).))))).)))))))............)).))))...(((....)))...(((..(((.(((((((((((.....((((((.((((..((..(((((((.(((....)))..)))))))..))..))))..((((...((.((((((.......)))))))).((((((...........((((((.....))))))(((((....((((((.....((((..(((((((((.....)))))..))))...)))).)))))).......))))).)))))).)))).((((.......(((((.(((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((((......((((.....(..((((....(((((((((....))))))))).))))..)......))))......))))))))..)))).....(((((.((((.....)))))))))..)))))))))))..)))))...(((..(((.(((((((((...........))))))).))..(((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..)))))))))..((((..(((......)))..)))).(((....))).)))..)))....(((((((.((........)))))))))...........))))))..))))))).......((..((((((((...((.......))...))))))).)..)).....((..((((((((((((..(((((((((......)))))).)))..(((((.....)))))......)))....)))))))))..)).(((((((....))).)))).))))...)))))))))))))))))......(((((....))))))))..))))))))))))).....((.(((((...))))).)).))).))...))..))))...)))))))).)))..)))..)...)).....)))))....(((((..(((((...)))))....))))).)))))))))))))....((((((((..((((.((((.......)))).....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).)))...))))....))))).)))