CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00552



RNA: CRW_00552
Rfam family: 5S_rRNA

CGACCUGGUGGUCAUCGCGGGGCGGCUGCACCCGUUCCCUUUCCGAACACGGCCGUGAAACGCCCCAGCGCCAAUGGUACUUCGUCUCAAGACGCGGGAGAGUAGGUCGCUGCCAGGUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((..(((((((....)))))))..)))))))...)))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))))
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((((.......((((.............))))........))))))....((.......((.(((......))).)).......))..............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).))).......(((((..((((.......)))))))))....))))))))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......((((((....................................))))))................((((....))))..............))))))))))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....(((((.((..)).)))))....)).))..)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...))))))...)).......(((.((((....)))).)).....).....)))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.(.(((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))).))))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......((((((.........((((.[[[[[[))))...(((((....)))))).......)))))....((((....))))..]]]]]]......))))))))))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((((((((..))))))))....)).))..)))))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))((...)).((((..((((.........))))..)))).))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))............((([[....)))..]]..........))))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((.(((((((((..))))))))))(((((((((..))))).))))(((((((((((((.((((((...)))))))))))))))))))..))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((...((((((((.....((.........(((((....)))))))....)))))).)).((.((....((((((((..))))))))....)).)).))))))))))...
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((......(((((...................(((....))).........)))))....(.....)..(.((((((....)))))).)...........))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))((...))..((.((((....))))..........))..))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......(((((((......)))))))((((((...((((..))))...(((....)))............(((((..)))))..))))))......))))))))))).
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))).
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((....(((((((........((((.............)))).........))))).)).((.((....((((((......))))))....)).))..))))))).....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((.((..)).))))).)..)))))).)))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.(.....(((((.(....).))))).....).))..)))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((.((..)).)))))..).)))))).)))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.(.....(((((.(....).))))).....).))..)))))))))...
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(((((((.(....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((...))..(((((.(....).)))))............))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((.(((..((..(((......)))..))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)))........((((((((....)))).........)))).))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...........(((((((((....)))).....)))))....))))))))))).
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))..............)))))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....(((((((........((((.............)))).........))))).)).((.((....(..((........))..)....)).))..)))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).))(((.((....((.((((....)))).))....)).))).))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((.(((..((..(((......)))..))(((((((((....(((((....(((....)))...)))))..)))(((....)))...))))))..))).))..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((......(((((((......))))))).(((((((((..))))).)))).((((((.......)))(((.((.((((.......)))))))))))).))))))))))).
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.....(.((.((.((..)).)).))...)...))..)))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((.((...((((((....(((((.................))..)))...))))))................((((....))))...........)).))..))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..(..(((..((..(((......)))..))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..)))..)..))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....))))...(((((((....)).)))))((((............(((((.................)))))....((((....)))).))))..((((....)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....)))).(((<<<<.))).....>>>>.((((((((........[[[[[))))......{{{{{{.]]]]]....((((....)))).)))).....}}.}}}}.........