|
|
|
CGACCUGGUGGUCAUCGCGGGGCGGCUGCACCCGUUCCCUUUCCGAACACGGCCGUGAAACGCCCCAGCGCCAAUGGUACUUCGUCUCAAGACGCGGGAGAGUAGGUCGCUGCCAGGUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((..(((((((....)))))))..)))))))...)))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((.......((((.............))))........))))))....((.......((.(((......))).)).......)).............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).))).......(((((..((((.......)))))))))....))))))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((......((((((....................................))))))................((((....))))..............))))))))))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....(((((.((..)).)))))....)).))..)))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...))))))...)).......(((.((((....)))).)).....).....)))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.(.(((((((((....(((((((((.......)))..)))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))).))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((......((((((.........((((.[[[[[[))))...(((((....)))))).......)))))....((((....))))..]]]]]]......))))))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((((((((..))))))))....)).))..)))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))((...)).((((..((((.........))))..)))).))))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))............((([[....)))..]]..........))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((.(((((((((..))))))))))(((((((((..))))).))))(((((((((((((.((((((...)))))))))))))))))))..))))))))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((((.....((.........(((((....)))))))....)))))).)).((.((....((((((((..))))))))....)).)).))))))))))... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((......(((((...................(((....))).........)))))....(.....)..(.((((((....)))))).)...........))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)))((...))..((.((((....))))..........))..))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((......(((((((......)))))))((((((...((((..))))...(((....)))............(((((..)))))..))))))......))))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)))((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((....(((((((........((((.............)))).........))))).)).((.((....((((((......))))))....)).))..)))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((.((..)).))))).)..)))))).)))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.(.....(((((.(....).))))).....).))..)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((.((..)).)))))..).)))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.(.....(((((.(....).))))).....).))..)))))))))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....(((((((.(....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((...))..(((((.(....).)))))............))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((.(((..((..(((......)))..))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)))........((((((((....)))).........)))).))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...........(((((((((....)))).....)))))....))))))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))..............)))))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....(((((((........((((.............)))).........))))).)).((.((....(..((........))..)....)).))..)))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((.(((..(((((((......)))))))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..))).))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).))(((.((....((.((((....)))).))....)).))).))))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((.(((..((..(((......)))..))(((((((((....(((((....(((....)))...)))))..)))(((....)))...))))))..))).))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((......(((((((......))))))).(((((((((..))))).)))).((((((.......)))(((.((.((((.......)))))))))))).))))))))))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((....((((((((.....((((((((.......))..))))..))....)))))).)).((.....(.((.((.((..)).)).))...)...))..)))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((.((...((((((....(((((.................))..)))...))))))................((((....))))...........)).))..))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((....((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).)).((.((....((.((((....)))).))....)).))..))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(..(((..((..(((......)))..))((((((.......(((((....(((....)))...)))))....((((....))))..))))))..)))..)..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....))))...(((((((....)).)))))((((............(((((.................)))))....((((....)))).))))..((((....))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....)))).(((<<<<.))).....>>>>.((((((((........[[[[[))))......{{{{{{.]]]]]....((((....)))).)))).....}}.}}}}......... |