|
|
|
ACACCCCCGUGCCCAUAGCACUGUGGAACCACCCCACCCCAUGCCGAACUGGGUCGUGAAACACAGCAGCGCCAAUGAUACUCGGACCGCAGGGUCCCGGAAAAGUCGGUCAGCGCGGGGGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((..((((((((....))))))))..)))))))...))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((((((...((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))..........((.(((((....))))).)).......))...))))))))).)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((...((.(((((....(((((((.............))))..)))...)))))..))..........((.(((((....))))).)).......)).)............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((((((.............))))..)))...)))))....))...((((..(((((((....))))).))....))))....)))))))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........(((((.....((((................)))).......)))))...............(((((((....))))).))............)))))))))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.......(.....(......).....).......))..))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....((((((.....(........))))..)))...)))))..))(((.((....((.(((((....))))).))....)).)))..)))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....((.(((((....(((((((.............))))..)))...)))))..))(((.......((.(((((....))))).)).......)))..)))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((.........(((((((........))))..)))...)))))..))(((.((....((.(((((....))))).))....)).)))..)))))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....((((((.....(........))))..)))...)))))..))(((.((....((.(((((....))))).))....)).)))..)))))))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........(((((..........((((...[[[[[...)))).......))))).................(((((....)))))........]]]]]..)))))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))..))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((....))))).........((((..[[[......)))).(((...))).]]](((............[[[[)))...]]]](((.....)))....)))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((...((((.(........))))).)))...)))))..)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((...((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))..........((.(((((....))))).)).......))...)))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((.(([[.............))]].)))...)))))..))(((.......((.(((((....))))).)).......)))..)))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.....(((((((....(((((((.((......))..))))..)))...)))))).).(((.((....(((((((......)))))))....)).))).))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.......(((((((.........))))))).......))..))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((...((.(((........))))).)))...)))))..)).((........(((((((....))))).)).......))...)))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((..))))))................(((((.(((((..(((...)))....(((................))).....))))).....)))))..)))))))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((((((.............))))..)))...)))))..)).((.......((.(((((....))))).)).......))...)))))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....(((((((........((((..(......)...)))).........))))).))(((.((....(((((((......)))))))....)).)).).)))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.((((((((....)))))))).)..)))))).))))))))..... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.(.....((.((..........)).)).....).)).)))))))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.((((((((....))))))))..).)))))).))))))))..... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.(.....((.((..........)).)).....).)).)))))))))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.......(..((..........))..).......)).).)))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((...((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))..........((.(((((....))))).)).......))...)))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........(((((....(((...((.(((........))))).)))...)))))....(((........(((((((....))))).)).......)))..)))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((..........((((.......)))).....(((((.....(((((.................)))))....(((((....)))))........)))))..)))))))))).. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.(((....(((((.......((((.............))))........)))))........)))......(((((....)))))...............)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((((........((((.............)))).........))))).))(((.((..........((....))..........)).)).).)))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((...((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))..........((.(((((....))))).)).......))...)))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((.(((.((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))....)))...((.(((((....))))).))............)))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))..))(((.((....((.(((((....))))).))....)).)))..)))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((.((.((((((((((((((((.(((..)..).).))))..))))))).)).))).).).)))...((..(((((..((((.((..))))))))))))).)))))))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....((.(((((....((((.((.............)))...)))...)))))..))(((.....(.((.((.((...).).)).))...)...)))..)))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........(((((....................................)))))..............((.(((((....))))).))............)))))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....((.(((((....(((((((.............))))..)))...)))))..)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........(((((....(((.....((((........))))..)))...)))))....(((.((....(..(((((....)))))..)....)).)))..)))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.....)))).((((.......))))..((((((......)).))))..........((((...........(((((....)))))(((.....)))....))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((........((((((.......)))...((((((......)).))))........)))......(((.....(((((....)))))(((.....))).))))))))))))).. |