|
|
|
UGCCUGGCGGCCGUAGCGCGGUGGUCCCACCUGACCCCAUGCCGAACUCAGAAGUGAAACGCCGUAGCGCCGAUGGUAGUGUGGGGUCUCCCCAUGCGAGAGUAGGGAACUGCCAGGCAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).(((((((..((((((((...))))))))..)))))))...)))))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((..........(((((...)))))..........)).............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....((((((((...))))))))....)).))...)))))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((((....................................))))))...))........((((((((...))))))))............)))))))))). |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....(((((((....)).)))))....)).))..)))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....)))...........((((((((((..................(......)..........)))))))))).(((...((....)).)))..)))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.......((((....)))).((((((((((....................................)))))))))).......((....))..))..))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.((....(((((((.....)))))))....)).))...)))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...))))((....))...((((((((((.....((..........(((....)))..)).....))))))))))((((..(((....))))))).)))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((((((((....)))).[[[[[[[[[[.....(((....)))...[[[[[.))))..]]]]].]]]]]]]]]]......(((....))).....)))))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.......(((((((.....))))))).......))...))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((...((.((...(((..((...))..)))...)))).))))))))))((((..(((....))))))).)))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((......((((([[[[[[[[[[.......))..))).....))...............]]]]]]]]]].....................)))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.....))))))))))).)))))))))).)))(((((((((((((((((...)))))))))))))))))).))))))))))). |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((...((((((((....(((((((((.......))..))))..)))...)))))).))..(.((....((((((((...))))))))....)).)..))))))))))... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((....((((((((.....(.((((.............))))...)....)))))).))..........(.(((((.....))))).)...........)))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((((((((..))))).[[[[[[[[[[..................[[[[[.))))..]]]]].]]]]]]]]]]((((............)))).)))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((.((((((((....(((((((.............))))..)))...))))...))))..))))..((((((((...))))))))............))))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.((....(..(((((...)))))..)....)).)).).))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).))))).)..)))))).)))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.((....((.((((....).))).))....)).)).).))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))((((((..(.(((((((....)).)))))..).)))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).))(((.((....((.((((....).))).))....)).)).).))))))))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((.....((((((...(.....)...))))..))....)))))).))(((.......(..((((....)).))..).......)).).))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))(.(((.(((....))))))).)))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......((((((.......((((.............))))........)))))).............((((((((...))))))))............)))))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.......((((((.......((((.............))))........)))))).............((((((((...))))))))............))))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.((....(..((.........))..)....)).)).).))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))((((..(((....))))))).)))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((((.....(((....)))...(((((.......))))).))))))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((.((((..))))((((.(((..)..).).))))))))).)).(((.((((((........)))))))))...(((.((((..)))))))).)))))))))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((.((((((((....(((.(((.............)))...)))...)))))).))....))))(.(((((((....)).)))))...)........))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).((((((((.(..................(((((.......))))).).))))))))....(.(((....))))....)))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....((((((((....(((((((.............))))..)))...)))))).)).((.......((((((((...)))))))).......))...))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((....)))).(((((((..(.....(((....)))...(((((.......))))).)..)))))))..(((.(((....))))))..)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.....))))..((((((((((.............)))).........(((((.......)))))...))))))..((((............))))..))))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((..[[[))).((((......)))).....)))................(((((..]]]..))))).(((((((.....)))........((((....))))...)))) |