|
|
|
GUUGGCUACUAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUCUAACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUUGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGAAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUUGCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUGUGUCCGCCUCCGAGAGGAGUCGGCACACCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGAGGUGAGCUUAGAAGCAGCUACCCUCUAAGAAAAGCGUAACAGCUUACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGGGGUAACUAUGACCCUCUUAAGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGACGUGGUCGCCGAUGUGCAGCAUAGGUAGGAGACACUACACAGGUACCCGCGCUAGCGGGCCACCGAGUCAACAGUGAAAUACUACCCGUCGGUGACUGCGACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGACAGAGACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUAAUGGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAAGCCAUCAUUCAUACG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..(((.............))).(((((.......)))))..................(((((.......))))))))))))....
|
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((((((((....(((((((((((((.((((((((.((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...)))....((.......)).....(((((.....)))))((((..((((((.....((....))......))))).)....................((((((.....((.....))....)))))).(((((....((..((((....))))....))......))))).)))))))))))).....(((((((....(.((((......)))))........(((.......)))....)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............((((((........))))))......(((......)))..........)))))....)))))))))..(.((.(((((((((((.....((((...........))))(((((....)))))............(((....))).))))))))))).)).)...........(((((((...(((((((((((((..(((...(((((...)))))...)))...((....)).....((((...((((...))))...)))).(((((......)))))...)))))))))))))((((.(...((((((...(((((((((((...(((...(((((((....)))))))....))).....(((..((.............)).)))....)))))))))))(((.......))).....))))))......).))))((((((....(((((....))))).((.((((...(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))))).......)))))).....((((((((((.....)))))))))).((((((..((.(((((.(....((.......)).....).))).....))))..))))))...((((((((((((((.......(((((.((((..((((......................))))......)))).)))))...))))))))................(((......)))))))))............(((((.......)))))........))))))..(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).).......)))))))))))))))))))....((((((.......))))))((((..((((((.......(((((((...........)))))))....((((((((...((((((............)))))).....))...(((((........)))))..(((((((((((....)))...((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))................)).).)))))))))...(((....)))..)))).((((((.....((.......))...))))))......((......(((((....)))))((((((((((((.....))))))))....((((.(((((..((((((...((((............((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....(((((..(((.....((((......)))).....))))))))....)))))))...((((((..((......))...))))))..(..(((((.......)))))..).......))))...)).))))((((((..((((....))))...)))))).......((((((........))))))((((((((..(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((......((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....))))))))))))))))))).......((((....)))).....)))))))....)))).......(((.....(((((((((.......))))))))).)))...((((((((.((((((.......))))))...)).(((....)))...))))))....((((((((((.......)))))))))).(((....)))((((.(...).))))....(((((.......)))))..............)))))..)))))))...........((((((((...((.......))...))))))))...............(((((((((((..((.((((((......))))))...))..((((.....))))......)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))).)))))))).....(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...(((....(((((..(((....))).....)))))....))).)))))..(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))).)))))...(((((.......)))))........(((((((.....(((((..........)))))....))).)))))))).............))))......)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))........((..(((((..(((((...........))))).)))))))..((.((((((...(((.......)))......)))))).)).......................(((((.....)))))......((((((..(((((......))))).))))).).....................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..(((((........)(((((...((.((((....)))).))((((((.(((((((.((.(((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..)))))....(..........).................(..(((((((......)))))))...)..((((....))))..((........))..(.(((((((((((...((.((((((((((((.(..((((((.(((....(.((.(((((....)))))..)).)...))).))))..))))))))))))))).))(((....)))...))))(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).....))))))).)........(((((....)))))..((((((((.(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))))))...))..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))....((((((((....))))))........(.((((((((((...(...(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))))..)))))))))))(((.........)))..........)).................))...)).)))))))..))))))......)))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........(((((((((...((....))....((((((.......)))))))))).........)))))((((((((..((.....))))))))))........((((..((((((.((.....))..)))))).....)))).(((((........)))))(.((((((((.((......((..((((((((...(((((((((((((....))))))((...(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))....))....)))))))...)))))))).)).......))..)))))))).)........(((((((((((((...((.((((.......)))).))))))(((((..(..((((((((.((((............((((.(((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))....).))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((.(.(((....))).).)..))))))))....((((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..))))))))(((.(((((((((.(....))))..)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))))))............(((((........))))).........((((.((((....(((((.(((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))).....(((((.....(((((((((.......)))))))))))))).(((((((((.((((((.......))))))...)..(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).((.......))(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......)))))).))))))))).......(............)...............))))))))..))))).)))))))))...................((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......))))))))..)))))(((((((.....))))))..).(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).)))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))........((((((........((((((((....(((((..............[[[[[[...[[[)))))..]]]......]]]]]]...........(((.[[[[)))....(((((.....)))))]]]]...(((((..(((((.[[[[[))))).)))))....................]]]]].....(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....)))))))).(((.[[[[[[[....)))..................(((.((((....)))).))).]]]]]]]..((((....[[[....))))....]]](((((((........)))))))......(((((..[[[[.))))).(((..........))).....]]]]..(((....(((((((......)))))))......[[[)))...]]]..................(((((((((........((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....))))).....(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....((((((((((((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))))))..))))))...)))))))))....((((..[[[[))))..]]]]..((((((...(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))))).......)))))).(((.((((((((((.....))))))))))....[[[)))...]]]...((((((((..(((..........((((((....))))))......(((((......(((.(((((.(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))....))))).))).(((.........)))........))))))))..))))))))..((((.....[[[[))))....]]]]..........((((((((..[[[.((((((((....))))))))...)))))))).........]]].........((((((.....((((((.......))))))[[[.....[[[[...[[[[[[[[[[[.))))))....]]]]]]]]...]]].]]]]...]]].....(((..[[[[[[.........(((...(((((........))))).)))...)))......]]]]]].((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........(((......[[[[[)))..........]]]]].((((((......(((....))).((((....((((.....((((((((.((((........((((((((((.....(((....))))))))((((((((((...)))))))))).....)))))..(((((((.....(((((((((.......((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))))))).....)))))......)))))))....)))))))))))).)))).....((((((......)))))).))))...)))))).((((.[[[[[.....)))).....]]]]](((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..)))))......(((((.[[[[((((((((.......))))))))))))).......(((..((((((.......))))))..)))]]]]..............(((...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))[[[..)))..]]].....((((((.....))))))...(((((((...............[[[[.......)))))))(((....))).....(((((((((((((....))).))))..))))))]]]]..((((((((((((......)))))).))))))(((..[[[[[)))..............]]]]].........((((((....)))..[[[[[.[[[[[[.[[[..)))..]]]]]]]]].]]]]].....((((((((.....[[[[......))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).]]]]........(((((.((((((((((((((.....))))))..)))...))))))))))..(((((..[[[.....)))))...]]]..))))))............................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((.((((..((((..(((((...........))))).))))))))....((((((...(((.......)))......)))))).((((.....))))...((((.....(((((.....))))))))).((((((((.(((((......)))))...((((((.......((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((((.(((((((((.(.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..)))))))))))))).....(((.......))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))((((.(((((.(((..(((((((((.......))))))))).))....((..(((..((((((.......))))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))).(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))(((((..((.(((.......(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))).))...((((((.....))))))..))))).))))))))((((.(((...(((((((...))))..))).))).)))).............)))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))((((....((((((((((((((((..ddddddd..))))).............((((((...(((.......)))......))))))...........................((((...{{))))........(((((..(((((......))))).))))).............}}....................((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).DDD.DDDDeeeeeeeeeeeeeeeee...eee..........eeeeee......((((....))))..eeeeeee.eeeeeee.............(((.......(((((((........)))))))......ccccc)))....CCCCC................)))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))((((.....((.((((((((((((....((((((.(((.........(((((....))))).........))).))))..)).)))))))))))).))...........bbbbbb(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))...))))BBBBBB.........(((((....))))).(((ffff..)))..(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..........FFFF....(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..(((([[[[[[[.))))....)))))......((((((....))))))...........................(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...((((((((...(((.........))).))))))))............................EEEEEEE..EEEEEEE.....EEEEEE(((((........((((((((....))))))))<<<<<))))).........(((((..(((..............((((((.......)))))).......)))...))))).(((((((...........))))))).......>>>>>...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))(((.((((((..((......))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))...((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..)).....(((((((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))))))........(((((.((((((.....))))))))))).....)).)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......))))))).)))))))).....................................EEE.EEE..EEEEE.EEEEEEEEE..]]]].]]]..........(((((((..((((..((((((((..aaaaa........))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).........(((AAAAA......)))........((((((((....(((((..........)))))...)))).)))).............................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((.((((..((((..(((((...........))))).))))))))....((((((...(((.......)))......))))))....((....((((...)))).....(((((.....)))))..))...(((((..(((((......))))).))))).......................(((((((((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).((((....((((((((((((((.((((....((((((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.((.(((((.((((.((((.....(((((.......)))))...((.................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....))))).))..(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...)))))))))))))).))).....((((((..((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).((((..(((((....)))))......))))..(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..)))))).))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((..(((((((((.((.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..))))))))))).))...................))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))......((((..((((((((....))))))))((((((..(..........(((((............)(.....(((((((....)).)))))..)...........)))).(((((((...........)))))))...)..))))))...((((((.((.....))..))))))..........(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))).)))).)))))).(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......((((((.((((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))..............((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.(((((((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))).((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......))))))))))))))..((..(((..((((((.......))))))..)))..))...(((........)))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))...(........(((((.((((((.....)))))))))))......)..))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))..(((.....))).......(((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))...))))..((((((.....))))))........((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))).)))))).))).....)))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))((((((.(((..(((((..(((((.(........)))))).))))))))....((((((...(((.......)))......))))))..((((....((((...))))...(.(((((.....)))))).)))).(((((..(((((......))))).))))).......................(((((((((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....)))))(((((....((((((((((((((.((((....((((((...((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.((.((((((((((.((((.....(((((...{{{.)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((......((((.(((....(.((.(((((....)))))..)))....))).)))).....)))))))))))).(((((....)))))..........((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).................(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....))))..(((..(((((....)))))......)))...(((((}}}.)))))(((((....))))).(((((((((.(.(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))...)))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......(((.(((((((((.((.....((((((((((.((((.......))))).))))......((((......)))).)))))..))))))))))))))...................))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......(((((.((((((((....))))))))((((((.((((........((((((.aaaa.....))).))).(((((((....)).)))))......AAAA........((((((((...........)))))))))))).))))))...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((.(.(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))..)))))))))..............))))))))))))).)))))).(((((..(((......((((.......))))...))))))))((((((((.((((.[[[[[[.[[[[[[.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))..(((....)).).((((((((....(((....)))......))))))))....((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))(((.(((((((.(((....))))..)))))))))..(((((.......)))))........))))))))))......[[[[[[[.[[[[))))]]]]..]]]]]]]((((((<<<...))))))>>>((((......))))((((.(((((...(((((.(((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......))))))))))))))(.((..((((.((((((.......))))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((.......(((((.((((((.....))))))))))).....))))))))).)).)))))...........((((((((.................))))))))))))).))))..]]]]]]]]]]]].((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((...)))))bb.b.((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))..))))).((((((.....))))))........((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))).)))))).))).....)))))).BBB.... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..)))..((((..((.((..(..((((((.....(((....)))...(((.....))).........)))))).)..)).))..))))..(((.(((.(((((((((((..((((((.......((((((......)).))))......((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((.((((.((((...((..(((..((((((...(((((((((((...(((((((.(((((((.((.((((((....(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))...((((..((((....((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..(((.((((...(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))...))))))).))))...(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))..))))((((((....)))))).........(((((((...........(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))).(.((((((((...(((.........))).))))))))).....)))))))...))))))...)).)))))))..)))))))......((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((.(....((((((((..((((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.....................(((((.((.......)).)))))..((.((((.((((((....)))...)))..(((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).)))))....((((((......))))))....)))).)).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((.((..((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))..)).)))...((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))............).))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).))))).))))))..........))))))..)))..)).))))..))))))))).))))))))).....))))))).))))..(((((((((.......((((((..(.(((((.(.(((.((.((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....))).......)))))).)))).)))))...)..))))))...(.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))).....)))))....))))))))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..)))..((((..((.((.................((....))....((((...))))...................)).))..))))................((((...((((((........((.(........)..)).......((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((..(((..............((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((.............(((((((........)))))))......(((((.......)))))...................................(((((((......))))))).....................................................(((((((..(((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))........................(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))))))...............(((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..........................(((((......)))))..........((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...)))))))))).........................................))))))...)).)))))))..))))))).....)))))).....(((((((.((((((((....))))))))(((((((...(((((((...(((((..((((((.(((......((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...............((((((............))))))............(((........))).))).))))))))).))..(((....(((((((((......((((((((..((((((((((((...................((((...))))...............(((..(((((((...(((..(((..((((((............................(((((....(((((...............(((....))).......)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))..((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..((((((..((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))..))..)))).((((....)))).....))))))))..))))))))))))).))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))....)))))))........................(((....)))........)))))))..)))))))(((((((......)))))))...................................................))).))))).)))))))))......)))).........(((((((((.......(((((((...(((((.(.(((.(..((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...))))..................))))..))))).))))).....))))))).....((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))......)))))....))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((((.((((((((((...(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((....(((.....))).....(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).((((..((..(((....((((......)))))))......(((((((((((...(((((((.(((((((.((.(((((((((.(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))...........((((.(((((..((.....(((((((......)))))))....((((.(((((..(((((((......(((.((....))))).((..(((((((((((..(((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).)).)).))))).....(((.(((((((((...(((.....((..((((((.(((.((((....)))).)))))))))..))...)))....)))))))))))).....(((((((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..............))))))..))))((((((....))))))))))).))))((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...))))))))))...)).....)))))..))))................))).))))))...)).)))))))..)))))))......((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((..((((((((((((((.((((...(((((....(((.....))).....))))).....(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))........((((((((..((((((..((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))..))..)))).((((....)))).....)))))))))))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))).))))).....))..)))).))))))))))...(((((((....))).)))).......)))))))..(((((..((((((((((.......(((((((...(((((...(((.((.((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....))).......)))))).)))..))))).....))))))).(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..))).)))))....)))))....))))). |